ECLI: ECLI:NL:RBOVE:2025:3739

Titel: ECLI:NL:RBOVE:2025:3739 Rechtbank Overijssel , 12-06-2025 / ak_23_725

Gerecht: Rechtbank Overijssel

Datum uitspraak: 2025-06-12

Zaaknummer: ak_23_725

Proceduretype: Eerste aanleg - meervoudig

Onderwerp: Bestuursrecht

Rechtsmacht: NL

Taal: nl

Uitspraaktype: Uitspraak

URL: https://data.rechtspraak.nl/uitspraken/content?id=ECLI:NL:RBOVE:2025:3739

---

Beroep n.a.v. de weigering van het college om een natuurvergunning in te trekken. De rechtbank heeft eerder twee tussenuitspraken gedaan. Het beroep is gegrond. De rechtbank bepaalt dat de rechtsgevolgen van het vernietigde besluit in stand blijven. Het bestreden besluit was niet deugdelijk gemotiveerd. Naar het oordeel van de rechtbank heeft het college met de aanvullende motiveringen alsnog inzichtelijk gemaakt met welke maatregelen anders dan gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning binnen een afzienbare termijn uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie op het dichtstbijzijnde Natura 2000-gebied. Daarom is deze intrekking niet nodig ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn en heeft het college in redelijkheid kunnen weigeren om de natuurvergunning gedeeltelijk in te trekken.

RECHTBANK OVERIJSSEL 
   
   
     Bestuursrecht 
   
   
     zaaknummer: ZWO 23/725  
   
   
     
       uitspraak van de meervoudige kamer in de zaak tussen 
     
       
       Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en Vereniging Leefmilieu , beide uit Nijmegen, eisers (gemachtigde: mr. V. Wösten), 
     
     
       en 
     
     
     
       
         het college van Gedeputeerde Staten van Overijssel  (hierna: het college), verweerder  
       (gemachtigde: mr. R.D. Reinders). 
     
     
     
       Als derde-partij neemt aan het geding deel  [bedrijf] B.V.  uit [vestigingsplaats] (hierna: [bedrijf]) (gemachtigde: ing. B.H. Wopereis). 
     
     
     
   
   
     Inleiding 
     1.	In deze einduitspraak beoordeelt de rechtbank het beroep van eisers tegen de weigering van het college om de vergunning op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 voor het bedrijf van [bedrijf] (hierna: de natuurvergunning) gedeeltelijk in te trekken. Deze uitspraak is een vervolg op de tussenuitspraken van 2 mei 2024 (hierna: de eerste tussenuitspraak) en 27 november 2024 (hierna: de tweede tussenuitspraak). 
     
     
       1.1. 
       Eisers hebben het college verzocht om de natuurvergunning in te trekken voor zover deze betrekking heeft op de melkrundveetak van het bedrijf. In een besluit van 15 februari 2023 (hierna: het bestreden besluit) heeft het college dit verzoek afgewezen.  
       
     
     
       1.2. 
       Het college heeft op het beroep gereageerd met een verweerschrift. De rechtbank heeft het beroep op 15 februari 2024 op zitting behandeld. Op deze zitting heeft de rechtbank het onderzoek gesloten. Voor informatie over wie op deze zitting aanwezig waren, wat op de zitting is afgesproken en de na de zitting ingediende nadere informatie verwijst de rechtbank naar de overwegingen 1.3 en 1.4 van de eerste tussenuitspraak.  
       
     
     
       1.3. 
       In de eerste tussenuitspraak heeft de rechtbank een gebrek geconstateerd in het bestreden besluit. De rechtbank heeft het college in de gelegenheid gesteld om dit gebrek binnen twaalf weken te herstellen. Het college heeft in reactie daarop een aanvullende motivering van 24 juli 2024 (hierna: de eerste aanvullende motivering) ingediend. Eisers hebben naar aanleiding daarvan op 7 oktober 2024 een zienswijze ingediend. Daarop heeft de rechtbank bepaald dat een nadere zitting achterwege blijft en heeft zij het onderzoek opnieuw gesloten. 
       
     
     
       1.4. 
       In de tweede tussenuitspraak heeft de rechtbank geoordeeld dat het college het in de eerste tussenuitspraak geconstateerde gebrek met de eerste aanvullende motivering niet volledig heeft hersteld. De rechtbank heeft het college opnieuw in de gelegenheid gesteld om dit gebrek binnen twaalf weken te herstellen. Het college heeft in reactie daarop een aanvullende motivering van 18 februari 2025 (hierna: de tweede aanvullende motivering) ingediend. Eisers hebben naar aanleiding daarvan op 17 maart 2025 een zienswijze ingediend. Daarna heeft het college op 15 april 2025 nog gereageerd op het verzoek om schadevergoeding van eisers. De rechtbank heeft vervolgens opnieuw bepaald dat een nadere zitting achterwege blijft en heeft het onderzoek voor de derde maal gesloten. 
       
     
   
   
     Beoordeling door de rechtbank 
     
     
       
         Samenvatting 
       
     
     2. De rechtbank is van oordeel dat het college met de combinatie van de eerste en tweede aanvullende motivering het in de eerste en tweede tussenuitspraak geconstateerde gebrek in het bestreden besluit heeft hersteld.  
     
       Naar het oordeel van de rechtbank heeft het college met deze aanvullende motiveringen alsnog inzichtelijk gemaakt met welke maatregelen anders dan gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning binnen een afzienbare termijn uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie op het dichtstbijzijnde Natura 2000-gebied Vecht- en Beneden-Reggegebied (hierna: het Natura 2000-gebied). Daarom is deze intrekking niet nodig ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn  (hierna: de Hrl) en heeft het college in redelijkheid kunnen weigeren om de natuurvergunning gedeeltelijk in te trekken op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wet natuurbescherming (hierna: de Wnb). Daarnaast is de rechtbank van oordeel dat het college op grond van de tweede aanvullende motivering in redelijkheid heeft kunnen besluiten om geen gebruik te maken van de bevoegdheid om de natuurvergunning gedeeltelijk in te trekken op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c of d, van de Wnb. 
       Eisers krijgen gelijk dat het bestreden besluit niet deugdelijk was gemotiveerd. Daarom is het beroep gegrond en wordt het bestreden besluit vernietigd. Omdat het college het bestreden besluit nu wel deugdelijk heeft gemotiveerd, bepaalt de rechtbank dat de rechtsgevolgen van dit besluit in stand blijven. Eisers krijgen een schadevergoeding wegens overschrijding van de redelijke termijn voor de behandeling van het beroep. Hierna legt de rechtbank uit hoe zij tot dit oordeel komt en welke gevolgen dit heeft. 
     
     
     
       
         Tussenuitspraken 
       
     
     3. Voor een weergave van de relevante feiten en omstandigheden, het recht dat in deze zaak van toepassing is, de relevante jurisprudentie en de standpunten van partijen (zoals deze zijn ingenomen tot het moment van de tweede tussenuitspraak), verwijst de rechtbank naar de eerste en de tweede tussenuitspraak. 
     
     4. In de eerste tussenuitspraak heeft de rechtbank, kort gezegd, overwogen dat het college in het bestreden besluit, in het verweerschrift en op de zitting onvoldoende inzichtelijk heeft gemaakt waarom de gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning niet nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. De rechtbank heeft geoordeeld dat het college niet inzichtelijk heeft gemaakt met welke maatregelen, anders dan gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning, binnen een afzienbare termijn uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied. De rechtbank heeft het college in de gelegenheid gesteld om dit gebrek te herstellen. Het college heeft naar aanleiding daarvan de eerste aanvullende motivering ingediend.  
     
     5. In de tweede tussenuitspraak heeft de rechtbank geconstateerd dat het college in de eerste aanvullende motivering geen nadere informatie heeft gegeven over de vereiste daling van de stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied. Het college heeft geen informatie gegeven over de vraag of een enkele daling voldoende is dan wel welke specifieke daling bereikt moet worden om verslechteringen en verstoringen die significante effecten kunnen hebben op soorten en habitattypen waarvoor het Natura 2000-gebied is aangewezen te voorkomen. De rechtbank heeft geoordeeld dat zonder deze informatie niet kan worden beoordeeld of het college inzichtelijk heeft gemaakt dat met andere maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn. Daarnaast heeft de rechtbank in de tweede tussenuitspraak geconstateerd dat het college in de eerste aanvullende motivering niet is ingegaan op de vraag of de natuurvergunning is verleend in strijd met artikel 6, derde lid, van de Hrl. Voor zover het college van mening is dat dit het geval is, heeft het deze omstandigheid ook niet (kenbaar) betrokken bij zijn keuze tussen het gedeeltelijk intrekken van de natuurvergunning en andere passende maatregelen. Op grond daarvan heeft de rechtbank geconcludeerd dat het college het in de eerste tussenuitspraak geconstateerde gebrek in het bestreden besluit niet heeft hersteld. 	De rechtbank heeft het college opnieuw in de gelegenheid gesteld om dit gebrek te herstellen. Naar aanleiding daarvan heeft het college de tweede aanvullende motivering ingediend. Naar het oordeel van de rechtbank gaat het hierbij (net als bij de eerste aanvullende motivering) om een aanvulling van de motivering van het bestreden besluit.  
     
     6. Deze uitspraak bouwt voort op de eerste en de tweede tussenuitspraak. De rechtbank blijft bij al wat zij in deze twee tussenuitspraken heeft overwogen en beslist, tenzij hierna uitdrukkelijk anders wordt overwogen. Het staat de rechtbank niet vrij om terug te komen van zonder voorbehoud gegeven oordelen in de tussenuitspraken. Dit is alleen anders in zeer uitzonderlijke gevallen. 
     
     
       
         Hebben eisers nog belang bij de beoordeling van het beroep? 
       
     
     7. Het college stelt zich op het standpunt dat het beroep niet-ontvankelijk is, omdat eisers geen belang meer hebben bij de beoordeling daarvan. Daartoe voert het college aan dat eisers het intrekkingsverzoek hebben gedaan om te voorkomen dat de stikstofemissie van de melkrundveetak herleeft door intern salderen. Het college wijst erop dat de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (hierna: de Afdeling) in een tweetal  uitspraken van 18 december 2024 de rechtspraak over intern salderen heeft gewijzigd.  Volgens het college heeft deze wijziging tot gevolg dat bij de beoordeling van de door [bedrijf] ingediende aanvraag voor een nieuwe natuurvergunning, waarin een beroep wordt gedaan op intern salderen, toepassing moet worden gegeven aan het additionaliteitsvereiste. Dit betekent dat in die procedure moet worden beoordeeld of de beëindiging van de melkrundveetak al dan niet nodig is als passende maatregel als bedoeld in artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Het gedeeltelijk intrekken van de natuurvergunning is volgens het college niet nodig om het doel van eisers te bereiken. 
     8. De rechtbank is van oordeel dat eisers nog belang hebben bij de beoordeling van het beroep. Zij licht dit hierna toe. 
     
     
       8.1. 
       Het is vaste rechtspraak van de Afdeling dat de bestuursrechter alleen dan tot het beoordelen van rechtsvragen geroepen is als dat van betekenis is voor het geschil met betrekking tot een besluit van een bestuursorgaan. Daarbij geldt dat het doel dat appellant voor ogen staat met het ingestelde rechtsmiddel moet kunnen worden bereikt en voor hem feitelijk van betekenis moet zijn.  De vraag of belang bestaat bij de beoordeling van een beroep wordt beoordeeld naar de stand van zaken ten tijde van de uitspraak. Daarbij kunnen dus omstandigheden worden betrokken van na het bestreden besluit. 
       
     
     
       8.2. 
       Het beroep is gericht tegen de afwijzing van het verzoek om de natuurvergunning van [bedrijf] gedeeltelijk in te trekken. De rechtbank stelt vast dat eisers met dit beroep willen bereiken dat deze vergunning alsnog gedeeltelijk wordt ingetrokken en dat daarmee wordt verzekerd dat de stikstofemissie van de melkrundveetak van het bedrijf gestaakt blijft. Naar het oordeel van de rechtbank kan uit het beroepschrift niet worden afgeleid dat het doel van eisers is beperkt tot het voorkomen van interne saldering met het desbetreffende deel van de vergunning. Omdat het beroep niet enkel ziet op het voorkomen van intern salderen is de rechtbank van oordeel dat eisers het door hen beoogde doel met het beroep kunnen bereiken. De vergunning maakt het immers mogelijk dat [bedrijf] weer melkrundvee gaat houden op het bedrijf en dat de stikstofemissie van die (momenteel gestaakte) activiteit herleeft. Dit kan worden voorkomen door het gedeeltelijk intrekken van de vergunning. Wat het college heeft aangevoerd over de gewijzigde rechtspraak over intern salderen doet hier niet aan af. 
       
       
         
           Heeft het college het geconstateerde gebrek hersteld? 
         
         
           Standpunt van het college 
         
         9.	In de tweede aanvullende motivering heeft het college het bestreden besluit nader gemotiveerd. In deze motivering heeft het college het volgende aangevoerd. 
       
       
     
     
       9.1. 
       Uit het beheerplan van het Natura 2000-gebied, gelezen in combinatie met de gebiedsanalyse voor dat gebied in het kader van het Programma Aanpak Stikstof 2015-2021 (hierna: PAS) volgt dat de totale stikstofdepositie in dat gebied moet afnemen om behoud te borgen dan wel verslechtering te voorkomen, maar uit die plannen blijkt niet eenduidig hoe groot en binnen welke termijn die afname moet worden gerealiseerd. De conclusie van de PAS-gebiedsanalyse is dat, ondanks de overschrijding van de kritische depositiewaarden voor verschillende habitattypen, gewaarborgd is dat geen verslechtering optreedt. Bij die conclusie is ervan uitgegaan dat sprake is van een afname van stikstofdepositie en dat daarbij niet eenduidig is aangegeven hoe groot en binnen welke termijn die afname zich moet voordoen, anders dan dat de afname niet zodanig hoeft te zijn dat de kritische depositiewaarden niet meer worden overschreden. Ook uit de natuurdoelanalyse van het gebied volgt dat een daling van stikstofdepositie nodig is om verslechtering te voorkomen. In deze analyse wordt inzichtelijk gemaakt dat de stikstofdepositie op grond van de meest recente, beschikbare inzichten in AERIUS Monitor (versie 2022) een dalende trend laat zien en wordt geconcludeerd dat aanvullende (bron)maatregelen moeten worden genomen om de stikstofdepositie in het gebied verder omlaag te brengen. Ook in deze analyse wordt niet eenduidig aangegeven hoe groot en binnen welke termijn die afname zich moet voordoen met het oog op het voorkomen van verslechtering. Daarom kan ervan worden uitgegaan dat aan de instandhoudingsdoelstellingen van het gebied kan worden voldaan als aannemelijk is dat een (blijvende) daling van stikstofdepositie op gebiedsniveau wordt gerealiseerd.  
       
     
     
       9.2. 
       Er is sprake van aanvullende bronmaatregelen die leiden tot een blijvende daling van stikstofdepositie. Dit volgt uit de eerste aanvullende motivering, waarin uiteen is gezet dat aanvullende bronmaatregelen worden genomen ten opzichte van de maatregelen die in de natuurdoelanalyse zijn betrokken. Belangrijk onderdeel daarvan zijn de bedrijfsbeëindigingen in het kader van de Landelijke beëindigingsregeling veehouderijlocaties (hierna: de Lbv), de Landelijke beëindigingsregeling veehouderijlocaties met piekbelasting (hierna: de Lbv-plus) en de Maatregel gerichte aankoop (hierna: de MGA-1). In de tweede aanvullende motivering is de volgende stand van zaken weergegeven. Drie bedrijven binnen een straal van 25 kilometer van het Natura 2000-gebied nemen deel aan de MGA-1. Het effect daarvan is een afname van de totale depositie op hexagonen met stikstofgevoelige natuur in het Natura 2000-gebied van 7.562,71 mol stikstof per hectare per jaar (hierna: N/ha/jaar). Doordat de vergunningen van deze bedrijven al zijn ingetrokken en deze bedrijven al zijn beëindigd, doet dit positieve effect zich nu al voor. Daarnaast nemen 93 bedrijven binnen een straal van 25 kilometer van het Natura 2000-gebied deel aan de Lbv en Lbv-plus. Al deze bedrijven hebben reeds een overeenkomst ondertekend. Van deze 93 bedrijven hebben 78 bedrijven een natuurtoestemming in de vorm van een natuurvergunning of omgevingsvergunning met een verklaring van geen bedenkingen op grond van de Wnb. Het effect van de beëindiging van deze 78 bedrijven is een afname van de totale depositie op hexagonen met stikstofgevoelige natuur in het Natura 2000-gebied van 36.366,53 mol N/ha/jaar. De overeenkomst die deze veehouderijen hebben getekend voorziet erin dat zij hun activiteiten binnen twaalf maanden na ondertekening beëindigen. 12 van deze 78 bedrijven hebben al een tweede voorschot aangevraagd. Eén van de vereisten hiervoor is dat een verzoek om intrekking of aanpassing van de vergunning is ingediend. Van één bedrijf is de natuurvergunning al ingetrokken. De overige 15 van de genoemde 93 bedrijven hebben een natuurtoestemming in de vorm van een milieuvergunning. Deze bedrijven zijn buiten beschouwing gelaten bij de depositieafname van 36.366,53 mol N/ha/jaar, waardoor het effect in potentie nog groter is.  
       
     
     
       9.3. 
       Op grond hiervan moet worden geconcludeerd dat aan het vereiste van artikel 6, tweede lid, van de Hrl kan worden voldaan en dat het deel van de natuurvergunning dat ziet op de melkrundveetak niet hoeft te worden ingetrokken als passende maatregel. Daarbij is mede van belang dat de depositie door de melkrundveetak van 486 mol N/ha/jaar zeer klein is in vergelijking tot de (blijvende) depositiedaling als gevolg van de maatregelen uit de Lbv, Lbv-plus en MGA-1. Hieruit volgt dat de gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning niet binnen afzienbare termijn - op zichzelf of tezamen met de genoemde maatregelen - tot relevante verbetering kan leiden. 
       
     
     
       9.4. 
       Ook artikel 5.4, eerste lid, onder c, van de Wnb geeft geen aanleiding tot het intrekken van de natuurvergunning. Intrekking op grond van dit artikellid is een discretionaire bevoegdheid, waarbij de betrokken belangen moeten worden afgewogen. Het belang van de rechtszekerheid weegt in dit geval zwaar, omdat sprake is van een onherroepelijke natuurvergunning. Dit geldt temeer omdat het gaat om een locatie die recent is aangekocht door een partij die de investering juist met het oog op de bestaande vergunning heeft gedaan. Daarnaast is ook in dit kader van belang dat sprake is van een (blijvende) daling van stikstofdepositie en van aanvullende maatregelen die leiden tot een verdergaande daling, en dat de gedeeltelijke intrekking van de vergunning in het licht van de effecten van die maatregelen ook niet zou leiden tot een relevante verbetering. De omstandigheid dat de vergunning is verleend op grond van het PAS is geen reden om hier anders over te oordelen.  
       
       
         
           Standpunt van eisers 
         
         10.	Eisers stellen zich in hun zienswijze van 17 maart 2025 op het standpunt dat het college in de tweede aanvullende motivering nog steeds niet deugdelijk heeft gemotiveerd waarom is geweigerd om de natuurvergunning gedeeltelijk in te trekken. Daartoe voeren zij het volgende aan. 
       
       
     
     
       10.1. 
       Het college heeft niet aangetoond dat sprake is van een voldoende daling van de stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied. Uit de natuurdoelanalyse van dat gebied en het bijbehorende advies van de Ecologische Autoriteit en een rapport van B-WARE  blijkt dat voor meerdere habitattypen in het gebied een verslechtering als gevolg van hoge stikstofconcentraties niet kan worden uitgesloten. Bovendien blijkt uit de natuurdoelanalyse dat voor meerdere natuurwaarden geen goede herstelmaatregelen beschikbaar zijn en dat de te hoge stikstofconcentraties tot ver voorbij 2030 dreigen aan te houden. In het advies van de Ecologische Autoriteit staat dat de in de natuurdoelanalyse voorgestelde richting voor nieuwe maatregelen onvoldoende aanknopingspunten biedt om verdere verslechtering te voorkomen en de Natura 2000-doelen te behalen. 
       
     
     
       10.2. 
       Van de door het college genoemde voorgenomen intrekking van andere vergunningen staat niet vast dat deze daadwerkelijk zullen plaatsvinden, noch dat deze voldoende zijn om de noodzakelijke emissiereductie te realiseren. Daarbij is mede van belang dat de (rechtbank: ten tijde van de zienswijze missionaire) regering het voorgenomen beleid dat werd uitgewerkt in de gebiedsplannen en het daarvoor gereserveerde budget volledig heeft geannuleerd. 
       
     
     
       10.3. 
       Het college heeft onvoldoende gemotiveerd waarom zij in de omstandigheid dat de natuurvergunning is verleend op basis van de gebrekkige passende beoordeling van het PAS, geen aanleiding heeft gezien om de natuurvergunning gedeeltelijk in te trekken. Het college heeft te veel waarde gehecht aan de rechtszekerheid van de ondernemer en te weinig aan de betrokken natuurwaarden. Dat de bijdrage van de melkrundveetak van het bedrijf aan de stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied relatief klein is, is geen reden om af te zien van intrekking. De natuurschade door stikstofdepositie wordt voor een zeer groot deel veroorzaakt door emissiebronnen die ieder afzonderlijk minder dan 1 mol depositie veroorzaken. Daarom zal de natuurschade ook moeten worden aangepakt met bronmaatregelen voor deze relatief kleine projecten. De door het college beschreven andere maatregelen zijn vooralsnog volstrekt onvoldoende. 
       
       
         
           Oordeel van de rechtbank 
         
         11.	Naar het oordeel van de rechtbank heeft het college met de tweede aanvullende motivering, gelezen in combinatie met de eerste aanvullende motivering, alsnog inzichtelijk gemaakt met welke maatregelen anders dan gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning binnen een afzienbare termijn uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied, zodat een dreigende verslechtering en/of verstoring met significante gevolgen voor soorten en habitattypen kan worden voorkomen. Daarom is deze intrekking niet nodig ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl en heeft het college in redelijkheid kunnen weigeren om de natuurvergunning gedeeltelijk in te trekken op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb. De rechtbank legt dit hierna uit. 
       
       
     
     
       11.1. 
       Op grond van artikel 6, tweede lid, van de Hrl zijn lidstaten verplicht tot het treffen van passende (preventieve) maatregelen die nodig zijn om verslechteringen en verstoringen die significante effecten kunnen hebben op de soorten en habitattypen waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen te voorkomen. Het Hof van Justitie van de Europese Unie heeft in een arrest van 14 januari 2016 geoordeeld dat de lidstaten bij het nemen van passende maatregelen beschikken over een beoordelingsmarge, mits gewaarborgd is dat er geen verslechtering of verstoring plaatsvindt. Het is met andere woorden aan de lidstaten te beoordelen welke maatregelen worden getroffen, maar deze maatregelen moeten worden uitgevoerd als verslechteringen of verstoringen dreigen. 
       
     
     
       11.2. 
       Op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb moet het college een natuurvergunning intrekken of wijzigen als dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Het feit dat een natuurvergunning onherroepelijk is, wil niet zeggen dat de intrekking daarom niet als passende maatregel kan worden aangemerkt. Onder omstandigheden kan intrekking zelfs noodzakelijk zijn om aan de eisen van artikel 6, tweede lid, van de Hrl te voldoen. 
       
     
     
       11.3. 
       De hoge stikstofbelasting op het Natura 2000-gebied leidt tot een verslechtering van de natuurwaarden in dat gebied. Daarom zijn passende maatregelen nodig die (onder meer) zijn gericht op de daling van de stikstofdepositie op het gebied. De gedeeltelijk intrekking van een natuurvergunning kan zo’n passende maatregel zijn. Dit zal in de meeste gevallen echter niet de enige mogelijke passende maatregel zijn waarmee de stikstofdepositie op het gebied kan worden beperkt. Het college heeft beoordelingsruimte bij de keuze van de te treffen passende maatregelen. Het college zal in het besluit op een verzoek om intrekking van een natuurvergunning inzichtelijk moeten maken op welke wijze het invulling heeft gegeven aan de beoordelingsruimte die hij heeft bij de keuze van de te treffen passende maatregelen. Het college moet inzichtelijk maken met welke maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn, zodat een dreigende verslechtering en/of verstoring met significante gevolgen voor soorten en habitattypen kan worden voorkomen. Het college moet uitleggen welke andere maatregelen zijn of zullen worden getroffen, binnen welk tijdpad deze maatregelen worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze effectief zijn. Als het college de intrekking van de natuurvergunning niet als passende maatregel wil inzetten, terwijl dat wel zou kunnen, moet het college inzichtelijk maken waarom de intrekking geen deel hoeft uit te maken van de maatregelen die wel worden getroffen. 
       
     
     
       11.4. 
       De rechtbank is van oordeel dat het college zich, gelet op de in overweging 9.1 weergegeven motivering, op het standpunt heeft kunnen stellen dat ervan kan worden uitgegaan dat aan de instandhoudingsdoelstellingen van het Natura 2000-gebied kan worden voldaan als aannemelijk is dat een (blijvende) daling van stikstofdepositie op gebiedsniveau wordt gerealiseerd, zodat een dreigende verslechtering en/of verstoring met significante gevolgen voor soorten en habitattypen kan worden voorkomen.  
       
       
         11.4.1. 
         Naar het oordeel van de rechtbank heeft het college dit standpunt kunnen baseren op de omstandigheid dat uit het beheerplan van het Natura 2000-gebied weliswaar blijkt dat een afname van de stikstofdepositie noodzakelijk is, maar dat daaruit niet eenduidig blijkt hoe groot en binnen welke termijn deze afname moet worden gerealiseerd. 
         
       
       
         11.4.2. 
         De rechtbank stelt vast dat de door het college en eisers genoemde natuurdoelanalyse is vastgesteld op 28 maart 2023. Het door eisers genoemde advies van de Ecologische Autoriteit over deze natuurdoelanalyse is gegeven op 12 oktober 2023. Hieruit volgt dat deze analyse en dit advies nog niet beschikbaar waren op het moment van het nemen van het bestreden besluit. Reeds daarom is er geen aanleiding om te oordelen dat het college bij het nemen van dat besluit uit had moeten gaan van de doelstellingen die worden genoemd in die documenten.  Daarbij komt dat ook uit de natuurdoelanalyse niet eenduidig blijkt hoe groot en binnen welke termijn de afname van stikstofdepositie moet worden gerealiseerd. Bovendien zijn de effecten van de Lbv, Lbv-plus en MGA-1, die een belangrijke rol spelen in de motivering van het college, nog niet meegenomen in de natuurdoelanalyse en het advies van de Ecologische Autoriteit daarover. 
         
       
       
         11.4.3. 
         De rechtbank is van oordeel dat uit het door eisers genoemde rapport van B-WARE niet kan worden afgeleid dat het college er niet van heeft kunnen uitgegaan dat aan de instandhoudingsdoelstellingen van het Natura 2000-gebied kan worden voldaan als aannemelijk is dat een (blijvende) daling van stikstofdepositie op gebiedsniveau wordt gerealiseerd. Daartoe overweegt de rechtbank dat in dit rapport vooral wordt ingegaan op de herstelbaarheid van de desbetreffende habitattypen in het algemeen en dat dit rapport niet ingaat op de staat van deze habitattypen in het betreffende Natura 2000-gebied.  
         
       
       
         11.4.4. 
         De rechtbank concludeert dat ervan kan worden uitgegaan dat sprake is van een noodzakelijke daling van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied als aannemelijk is dat een (blijvende) daling van stikstofdepositie op gebiedsniveau wordt gerealiseerd door de wel getroffen passende maatregelen. 
         
       
     
     
       11.5. 
       De rechtbank is van oordeel dat het college met de eerste en tweede aanvullende motivering aannemelijk heeft gemaakt dat met de bedrijfsbeëindigingen in het kader van de Lbv, de Lbv-plus en de MGA-I binnen afzienbare termijn een (blijvende) daling van stikstofdepositie op gebiedsniveau zal worden gerealiseerd. Naar het oordeel van de rechtbank heeft het college in de eerste en tweede aanvullende motivering voldoende geconcretiseerd wat de effecten zullen zijn van de beëindiging van een groot aantal andere, in de omgeving van het Natura 2000-gebied gevestigde bedrijven in het kader van de Lbv, Lbv-plus en MGA-1. Naar het oordeel van de rechtbank heeft het college ervan kunnen uitgaan dat voldoende aannemelijk is dat deze bedrijven daadwerkelijk (gedeeltelijk) zullen worden beëindigd, nu daartoe reeds overeenkomsten zijn gesloten en in enkele gevallen de natuurvergunningen al zijn ingetrokken. Ook heeft het college in de tweede aanvullende motivering inzichtelijk gemaakt tot welke daling van de stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied deze bedrijfsbeëindigingen zullen leiden, wanneer deze zullen plaatsvinden en vanaf wanneer daarvan dus gevolgen kunnen worden verwacht voor de natuurwaarden in het Natura 2000-gebied. Deze bedrijfsbeëindigingen in het kader van de Lbv, Lbv-plus en MGA-1 zullen tezamen uiteindelijk leiden tot een afname van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied van 43.928 mol N/ha/jaar. Een deel van deze depositieafname (van ten minste 7.562,71 mol N/ha/jaar) is nu reeds gerealiseerd. Daarnaast heeft het college naar het oordeel van de rechtbank aannemelijk gemaakt dat de totale daling van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied als gevolg van de genoemde regelingen waarschijnlijk nog groter zal zijn dan 43.928 mol N/ha/jaar. Naar het oordeel van de rechtbank is niet aannemelijk dat het gewijzigde kabinetsbeleid invloed zal hebben op de gevallen waarin al een overeenkomst is gesloten, laat staan op de gevallen waarin de vergunning al is ingetrokken. Hieruit volgt dat het college met de aanvullende motiveringen inzichtelijk heeft gemaakt met welke maatregelen anders dan gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning binnen afzienbare termijn uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied.  
       
     
     
       11.6. 
       Verder is de rechtbank, gelet op het voorgaande, van oordeel dat het college alsnog inzichtelijk heeft gemaakt waarom de gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning geen deel hoeft uit te maken van de maatregelen die wel worden getroffen. Naar het oordeel van de rechtbank heeft het college hierbij mede van belang kunnen achten dat de stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied als gevolg van de melkrundveetak van het bedrijf (486 mol N/ha/jaar) relatief klein is (ongeveer 1%) ten opzichte van de afname van de stikstofdepositie op dat gebied als gevolg van de bedrijfsbeëindigingen in het kader van de Lbv, Lbv-plus en MGA-1. Hieruit volgt dat de gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning niet binnen afzienbare termijn zou leiden tot een daling van stikstofdepositie. 
       
     
     
       11.7. 
       De rechtbank concludeert dat de gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning niet nodig was ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Dit betekent dat artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb het college er niet toe verplichtte om de natuurvergunning gedeeltelijk in te trekken.  
       
       
         12.	Daarnaast is de rechtbank van oordeel dat het college op grond van de tweede aanvullende motivering in redelijkheid heeft kunnen besluiten om geen gebruik te maken van de bevoegdheid om de natuurvergunning gedeeltelijk in te trekken op grond van artikel 5.4, eerste lid, aanhef en onder c of d, van de Wnb. Zij licht dit hierna toe. 
       
       
     
     
       12.1. 
       Op grond van artikel 5.4, eerste lid, van de Wnb kan een natuurvergunning worden ingetrokken indien: 
       c. de vergunning in strijd met wettelijke voorschriften is verleend, of 
       d. de omstandigheden sinds het tijdstip waarop de vergunning is verleend zodanig zijn gewijzigd, dat deze niet, niet zonder beperkingen of voorwaarden, of onder andere beperkingen of voorwaarden zou zijn verleend, als deze omstandigheden op dat tijdstip zouden hebben bestaan. 
       
     
     
       12.2. 
       De rechtbank overweegt dat uit artikel 5.4, eerste lid, van de Wnb volgt dat het college bevoegd is een natuurvergunning in te trekken als één van de daar genoemde omstandigheden zich voordoet. In het kader van de toepassing van deze discretionaire bevoegdheid moet het college de daarbij betrokken belangen tegen elkaar afwegen. 
       
     
     
       12.3. 
       Tussen partijen is niet in geschil dat de natuurvergunning is gebaseerd op een gebrekkige passende beoordeling, nu die beoordeling is gebaseerd op het PAS. De Afdeling heeft geoordeeld dat die passende beoordeling niet voldoet aan de vereisten van artikel 6, derde lid, van de Hrl.  Dit leidt er niet toe dat de natuurvergunning van rechtswege nietig is, maar het betekent wel dat de schending ongedaan moet worden gemaakt.  Daarom moest het college de omstandigheid dat de natuurvergunning is gebaseerd op een gebrekkige passende beoordeling meewegen bij de beoordeling van het intrekkingsverzoek van eisers. 
       
     
     
       12.4. 
       In de uitspraak van de Afdeling van 18 december 2024  is overwogen: “De door een lidstaat op grond van artikel 6, tweede lid, van de Hrl te treffen passende maatregelen kunnen inhouden dat het bevoegd gezag, na het afgeven van een vergunning voor een project met een beoordeling die niet voldeed aan de vereisten van artikel 6, derde lid, van de Hrl, achteraf op grond van het tweede lid onderzoekt welke gevolgen de uitvoering van dat project heeft voor het Natura 2000-gebied in kwestie. Dit betekent dat het bevoegd gezag achteraf een nadere beoordeling voor een reeds toegestane activiteit kan uitvoeren. Een dergelijk onderzoek is echter alleen verplicht als dit onderzoek de enige passende maatregel is om te voorkomen dat de uitvoering van het betreffende project ertoe leidt dat er zich een verslechtering voordoet of dat er storende factoren optreden die gelet op de doelstellingen van de Hrl een significant effect zouden kunnen hebben (vergelijk het arrest van het Hof van 10 november 2022, AquaPri, ECLI:EU:C:2022:864, punt 38 tot en met 42).” Dit betreft derhalve de (hiervoor in overweging 11 en verder besproken) beoordeling in het kader van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb. In het kader van artikel 5.4, eerste lid, van de Wnb blijft een belangenafweging aan de orde, ook in geval van een PAS-vergunning als deze onherroepelijk is. 
       
     
     
       12.5. 
       Naar het oordeel van de rechtbank heeft het college in dit geval de rechtszekerheid van [bedrijf] en het vertrouwen dat [bedrijf] mocht ontlenen aan de onherroepelijke natuurvergunning zwaarder kunnen laten wegen dan de (natuur)belangen die zijn gemoeid met het gedeeltelijk intrekken van de vergunning. Naar het oordeel van de rechtbank hoefde het college in de omstandigheid dat de natuurvergunning is gebaseerd op een gebrekkige passende beoordeling geen directe aanleiding te zien om deze vergunning gedeeltelijk in te trekken. Het college heeft in dat kader groot belang kunnen hechten aan de omstandigheid dat de beëindiging van meerdere andere bedrijven in het kader van de Lbv, Lbv-plus en MGA-1 leidt tot een (blijvende) daling van stikstofdepositie. Met de gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning kan in verhouding tot die bedrijfsbeëindigingen slechts een kleine afname van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied worden gerealiseerd, waardoor de bijdrage aan de depositieafname slechts beperkt zou zijn. Ook het belang van de rechtszekerheid van [bedrijf] mocht daarbij een rol spelen. Hieruit volgt ook dat het college – anders dan eisers hebben gesteld – wel rekening heeft gehouden met het natuurbelang. 
       
       13. Dit brengt de rechtbank tot de conclusie dat de door eisers aangevoerde beroepsgronden en zienswijzen niet slagen en dat het college het in de tussenuitspraken geconstateerde gebrek met de eerste en tweede aanvullende motivering heeft hersteld. 
       
       
       
         
           Is de redelijke termijn voor de behandeling van het beroep overschreden? 
         
       
       14. Eisers hebben de rechtbank verzocht om hen een schadevergoeding toe te kennen wegens overschrijding van de redelijke termijn voor het behandelen van het beroep. 
       
       15. De rechtbank is van oordeel dat de redelijke termijn, bedoeld in artikel 6 van het Europees Verdrag voor de Rechten van de Mens, is overschreden en dat het college daarom een schadevergoeding van € 500,- moet betalen aan eisers. Zij zal dit hierna uitleggen. 
       
     
     
       15.1. 
       Het is vaste rechtspraak van de Afdeling dat voor een zaak waarbij het besluit is voorbereid met toepassing van de uitgebreide voorbereidingsprocedure van afdeling 3.4 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb), zoals hier het geval is, de redelijke termijn begint te lopen op het moment dat beroep is ingesteld tegen dat besluit. De behandeling van het beroep mag ten hoogste twee jaar duren.  De rechtbank heeft het beroepschrift ontvangen op 13 maart 2023. Tussen die datum en deze uitspraak zijn twee jaar en ongeveer drie maanden verstreken. Hieruit volgt dat de redelijke termijn met ongeveer drie maanden is overschreden en dat het verzoek om schadevergoeding moet worden toegewezen. 
       
     
     
       15.2. 
       In zaken waarin de rechter een tussenuitspraak doet, wordt de overschrijding van de redelijke termijn in beginsel volledig toegerekend aan het bestuursorgaan, tenzij in de rechterlijke fase de redelijke behandelingsduur is overschreden.  In dit geval zijn beide tussenuitspraken gedaan binnen de redelijke behandelingsduur van twee jaar na ontvangst van het beroepschrift. Daarom is de rechtbank van oordeel dat de overschrijding van de redelijke termijn moet worden toegerekend aan het college. 
       
     
     
       15.3. 
       Het uitgangspunt is dat voor de schadevergoeding wegens het overschrijden van de redelijke termijn een tarief wordt gehanteerd van € 500,- per half jaar waarmee die termijn is overschreden, waarbij het totaal van de overschrijding naar boven wordt afgerond.  Daarom wordt het college in dit geval veroordeeld tot betaling van een bedrag van € 500,- aan eisers als vergoeding voor door hen geleden immateriële schade. 
       
       
     
   
   
     Conclusie en gevolgen 
     
     16. Gelet op het in de eerste en tweede tussenuitspraak geconstateerde motiveringsgebrek in het bestreden besluit, is het beroep gegrond. De rechtbank vernietigt het bestreden besluit wegens strijd met artikel 3:46 van de Awb. Omdat het college met de eerste en tweede aanvullende motivering het gebrek heeft hersteld, laat de rechtbank de rechtsgevolgen van het bestreden besluit met toepassing van artikel 8:72, derde lid, onder a, van de Awb in stand. Dit betekent dat de natuurvergunning niet gedeeltelijk wordt ingetrokken. 
     
     17. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, moet het college aan eisers het door hen betaalde griffierecht vergoeden.  
     
     18. Omdat het beroep gegrond is, krijgen eisers een vergoeding voor de proceskosten die zij hebben gemaakt. Het college moet die vergoeding betalen. De vergoeding wordt met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht als volgt berekend. De bijstand door een gemachtigde levert 3 punten op (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen op de zitting en tweemaal 0,5 punt voor het indienen van schriftelijke zienswijzen na een bestuurlijke lus). Elk punt heeft een waarde van € 907,- en het beroep heeft een wegingsfactor 1. Daarom wordt de vergoeding vastgesteld op € 2.721,-.  
     
   
   
     Beslissing 
     
     
       De rechtbank: 
     
     - verklaart het beroep gegrond; 
     - vernietigt het bestreden besluit; 
     - bepaalt dat de rechtsgevolgen van het vernietigde bestreden besluit in stand blijven; 
     - draagt het college op het betaalde griffierecht van € 365,- aan eisers te vergoeden; 
     - veroordeelt het college in de proceskosten van eisers tot een bedrag van € 2.721,-; 
     - veroordeelt het college tot het betalen aan eisers van een schadevergoeding van € 500,-. 
     
     
       Deze uitspraak is gedaan door mr. J.W.M. Bunt, voorzitter, en mr. W.J.B. Cornelissen en mr. drs. F. Onrust, leden, in aanwezigheid van mr. F.F. van Emst, griffier. De uitspraak is uitgesproken in het openbaar op 
     
     
     
     
     
     
       
         
         
         
           
             
               griffier 
             
             
               voorzitter 
             
           
         
       
     
     
     
       Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op:  
     
     
   
   
     Informatie over hoger beroep 
     Een partij die het niet eens is met deze uitspraak en de tussenuitspraken, kan een hogerberoepschrift sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin wordt uitgelegd waarom deze partij het niet eens is met deze uitspraak en de tussenuitspraak/tussenuitspraken. Het hogerberoepschrift moet worden ingediend binnen zes weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. Kan de indiener de behandeling van het hoger beroep niet afwachten, omdat de zaak spoed heeft, dan kan de indiener de voorzieningenrechter van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State vragen om een voorlopige voorziening (een tijdelijke maatregel) te treffen.  
   
   
     Richtlijn 92/43/EEG van de Raad van 21 mei 1992 inzake de instandhouding van de natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna.  
   
   
      Zie de uitspraken van de Afdeling van 24 augustus 2011, ECLI:NL:RVS:2011:BR5704, en 15 augustus 2012, ECLI:NL:RVS:2012:BX4694. 
   
   
      Zie (onder meer) de uitspraak van de Afdeling van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Afdeling van 2 juni 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1166, rechtsoverweging (hierna: r.o.) 2.2. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Afdeling van 26 januari 2022, ECLI:NL:RVS:2022:234, r.o. 5. 
   
   
      Eiseres verwijst naar het rapport “Herstelbaarheid van door stikstofdepositie aangetaste Natura 2000-habitattypen: een overzicht” van B-WARE van 2022. 
   
   
      Zie het arrest van het Hof van Justitie van 14 januari 2016, Grüne Liga, ECLI:EC:C:2016:10. 
   
   
      Zie de uitspraken van de Afdeling van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71, r.o. 6 en verder, en 30 april 2025, ECLI:NL:RVS:2025:1971, r.o. 81.5. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Afdeling van 14 februari 2024, ECLI:NL:RVS:2024:625, r.o. 49.3. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Afdeling van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71, r.o. 6.5. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1603, r.o. 28.1. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Afdeling van 14 februari 2024, ECLI:NL:RVS:2024:625, r.o. 42.3. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Afdeling van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923, r.o. 14.1. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Afdeling van 27 juli 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2157, r.o. 12.1. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Afdeling van 27 juli 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2157, r.o. 12.4. 
   
   
      Zie de uitspraak van de Hoge Raad van 19 februari 2019, ECLI:NL:HR:2016:252, r.o. 3.10.1.