ECLI: ECLI:NL:RVS:2022:2557

Titel: ECLI:NL:RVS:2022:2557 Raad van State , 07-09-2022 / 202106900/1/R2

Gerecht: Raad van State

Datum uitspraak: 2022-09-07

Zaaknummer: 202106900/1/R2

Proceduretype: Hoger beroep

Onderwerp: Bestuursrecht

Rechtsmacht: NL

Taal: nl

Uitspraaktype: Uitspraak

URL: https://data.rechtspraak.nl/uitspraken/content?id=ECLI:NL:RVS:2022:2557

---

Bij besluit van 24 april 2020 heeft het college van gedeputeerde staten van Utrecht aan de [vergunninghouder] een vergunning op grond van de Wet natuurbescherming verleend voor de wijziging van de melkveehouderij aan de [locatie 1] in Driebergen-Rijsenburg. Deze zaak gaat over de uitstoot van stikstof (emissie) uit een emissiearm stalsysteem dat voor de melkveehouderij is ontwikkeld (A1.13). Emissiearme stalsystemen zijn van belang voor de reductie van stikstofemissies uit de veehouderij. Die reductie is nodig om de stikstofdeposities op Natura 2000-gebieden te verminderen. Bovendien maken deze stalsystemen het in sommige gevallen mogelijk dat bedrijven groeien zonder dat de stikstofemissies toenemen. [vergunninghouder] exploiteert een melkveehouderij aan de [locatie 1]in Driebergen-Rijsenburg. De [vergunninghouder] heeft een natuurvergunning aangevraagd voor de bouw van een nieuwe melkrundveestal met een emissiearm stalsysteem (A1.13) en het intern verplaatsen van dieren van stal D naar stal C.

202106900/1/R2. 
     Datum uitspraak: 7 september 2022 
     AFDELING 
     BESTUURSRECHTSPRAAK 
     Uitspraak op het hoger beroep van: 
     het college van gedeputeerde staten van Utrecht, 
     appellant, 
     tegen de uitspraak van de rechtbank Midden­-Nederland van 22 september 2021 in zaak nr. 20/1926 in het geding tussen: 
     Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en Vereniging Leefmilieu, beide gevestigd te Nijmegen, 
     en 
     het college. 
     Procesverloop 
     Bij besluit van 24 april 2020 heeft het college aan de [vergunninghouder] een vergunning op grond van de Wet natuurbescherming (hierna: Wnb) verleend voor de wijziging van de melkveehouderij aan de [locatie] in Driebergen-Rijsenburg. 
     Bij uitspraak van 22 september 2021 heeft de rechtbank het door MOB en Leefmilieu daartegen ingestelde beroep gegrond verklaard en het besluit van 24 april 2020 vernietigd. Deze uitspraak is aangehecht. 
     Tegen deze uitspraak heeft het college hoger beroep ingesteld. 
     MOB en Leefmilieu hebben een schriftelijke uiteenzetting gegeven. 
     Het college en MOB en Leefmilieu hebben nadere stukken ingediend. 
     De Afdeling heeft de minister van Infrastructuur en Waterstaat op grond van artikel 8:45 van de Algemene wet bestuursrecht verzocht om inlichtingen te geven over de Regeling ammoniak en veehouderij. 
     De Afdeling heeft de zaak ter zitting behandeld op 14 juni 2022, waar het college, vertegenwoordigd door mr. H.J.M. Besselink, advocaat te Den Haag, en MOB en Leefmilieu, vertegenwoordigd door ir. A.K.M. van Hoof, rechtsbijstandverlener te Gennep, zijn verschenen. Voorts is ter zitting [vergunninghouder], vertegenwoordigd door [gemachtigde], gehoord. De minister van Infrastructuur en Waterstaat, vertegenwoordigd door drs. ing. A.M. Uijtdewillingen, mr. A.H. Schoppers en drs. F.J.G. Bouman, is verschenen om inlichtingen te geven. 
     Overwegingen 
     Samenvatting van de uitspraak 
     1.       Deze zaak gaat over de uitstoot van stikstof (emissie) uit een emissiearm stalsysteem dat voor de melkveehouderij is ontwikkeld (A1.13). Emissiearme stalsystemen zijn van belang voor de reductie van stikstofemissies uit de veehouderij. Die reductie is nodig om de stikstofdeposities op Natura 2000-gebieden te verminderen. Bovendien maken deze stalsystemen het in sommige gevallen mogelijk dat bedrijven groeien zonder dat de stikstofemissies toenemen. 
     1.1.    Voor de berekening van de stikstofemissie uit stalsystemen zijn in de bijlage bij de Regeling ammoniak en veehouderij (hierna: Rav) emissiefactoren opgenomen. Voor emissiearme stalsystemen in de melkveehouderij zijn lagere emissiefactoren opgenomen dan voor traditionele stalsystemen. Die lagere emissiefactoren zijn gebaseerd op metingen bij proefstallen. In deze uitspraak is de vraag aan de orde of de emissiefactor die voor het emissiearme stalsysteem A1.13 in de Rav is opgenomen bij de beoordeling van een aanvraag voor een natuurvergunning kan worden gebruikt. Die vraag is door MOB en Leefmilieu aan de orde gesteld. Zij menen dat het emissiereducerend vermogen van emissiearme stalsystemen wordt overschat. De lagere emissie(factor) voor emissiearme stalsystemen wordt volgens MOB en Leefmilieu in de praktijk niet gehaald. 
     1.2.    De Afdeling komt in deze uitspraak tot dezelfde conclusie als de rechtbank. Die conclusie is dat verschillende onderzoeken concrete aanknopingspunten bevatten dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stallen in de melkveehouderij de werkelijke ammoniakemissie van deze stalsystemen waarschijnlijk onderschatten. Uit die onderzoeken volgt ook dat nader onderzoek nodig is naar de factoren die van belang zijn voor de goede werking van die systemen. Zolang de oorzaken van de twijfel over de juistheid van de emissiefactor niet duidelijk zijn, kan de emissie van het emissiearme stalsysteem A1.13 niet met behulp van de Rav-emissiefactor voor dat stalsysteem met de vereiste zekerheid in kaart worden gebracht. Een berekening van de emissie met de Rav-emissiefactor voor stalsysteem A1.13 kan daarom nu niet zonder meer worden gebruikt in een voortoets of passende beoordeling voor een natuurvergunning. 
     De Afdeling realiseert zich dat deze uitspraak de besluitvorming over aanvragen voor natuurvergunningen in de melkveesector voor dit moment aanzienlijk bemoeilijkt en vertraagt. Het voorzorgbeginsel dat aan artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn ten grondslag ligt en de strikte uitleg die het Hof van Justitie daaraan geeft in een voortoets en passende beoordeling, laten echter een andere uitkomst van de uitspraak niet toe. Voor de melkveesector en de andere betrokkenen bij de natuurvergunningverlening is van belang dat de resultaten van het onderzoek naar factoren die van belang zijn voor de goede werking van het emissiearme stalsysteem, zoals dat door de minister is aangekondigd, op een zo kort mogelijke termijn beschikbaar zijn. 
     Inleiding 
     2.       [vergunninghouder] exploiteert een melkveehouderij aan de [locatie 1]in Driebergen-Rijsenburg. De [vergunninghouder] heeft een natuurvergunning aangevraagd voor de bouw van een nieuwe melkrundveestal met een emissiearm stalsysteem (A1.13) en het intern verplaatsen van dieren van stal D naar stal C. Volgens de aanvraag zullen 110 melkkoeien worden gehouden in de emissiearme stal en 19 melkkoeien, 60 stuks jongvee en 1 stier in een traditionele stal. Stal D zal in gebruik genomen worden als werktuigenberging en opslagplaats. De totale stalemissie is 1176,3 kg/NH3/jr, en de emissies van verkeer, intern transport en verwarming zijn 30,17 kg/NOx/jr. Het melkvee zal niet worden beweid. 
     2.1.    Het college heeft de natuurvergunning verleend voor het houden van het aangevraagde veebestand in de aangevraagde stalsystemen. De vergunning is verleend omdat de aangevraagde situatie leidt tot een gelijkblijvende of afnemende depositie ten opzichte van de referentiesituatie. Het college heeft de omvang van de emissie berekend met behulp van de emissiefactoren die voor de aangevraagde stalsystemen zijn opgenomen in de Rav (hierna: Rav-emissiefactor). 
     2.2.    MOB en Leefmilieu stellen in beroep dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stalsystemen niet geschikt zijn om in een voortoets de omvang van de emissie uit zo’n stalsysteem te berekenen. Volgens MOB en Leefmilieu worden de (lagere) Rav-emissiefactoren bij emissiearme stalsystemen in de praktijk niet gehaald. Ter onderbouwing van hun standpunt verwijzen zij onder meer naar (1) het CBS-rapport ‘Stikstofverlies uit opgeslagen mest’, uit oktober 2019, (hierna: CBS-rapport) en (2) het advies van de Commissie Deskundigen Meststoffenwet (hierna: CDM) hierover aan het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit, van 18 juni 2020 (hierna: CDM-advies). 
     2.3.    De rechtbank heeft de vergunning vernietigd omdat het college geen vergunning kan verlenen als uit de voortoets volgt dat de aangevraagde situatie ten opzichte van de referentiesituatie niet tot een toename van stikstofdepositie leidt. Een dergelijke situatie is sinds 1 januari 2020 niet meer vergunningplichtig. 
     Daarnaast overweegt de rechtbank dat het CBS-rapport en CDM-advies concrete aanknopingspunten bieden voor het oordeel dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stallen de werkelijke ammoniakemissie van deze stalsystemen waarschijnlijk onderschatten. Dit rapport en advies geven volgens de rechtbank ook voldoende aanleiding om aan de juistheid van de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem A1.13 te twijfelen. Daarbij betrekt de rechtbank dat de naleving van de technische en gebruikseisen die beschreven zijn in het bij het stalsysteem behorende leaflet van belang zijn om de Rav-emissiefactor te halen, terwijl het college niet de mogelijkheid heeft daarop te handhaven en te controleren. Daarom is onvoldoende zeker dat het stalsysteem overeenkomstig het leaflet zal worden gebruikt. De rechtbank komt dan ook tot de conclusie dat met de toepassing van de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stallen onvoldoende zeker is dat de wijziging van de veehouderij als een situatie van intern salderen kan worden aangemerkt. Daardoor is niet op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen heeft en geldt de reguliere vergunningplicht en het vereiste dat een passende beoordeling wordt gemaakt. 
     De standpunten in hoger beroep 
     Het hoger beroep van het college 
     3.       Het college betwist de beslissing van de rechtbank dat de vergunning moet worden vernietigd niet. Het hoger beroep is gericht tegen de overwegingen van de rechtbank over de toepassing van de Rav-emissiefactor voor de berekening van de emissie uit een emissiearm stalsysteem. 
     3.1.    Het college stelt dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat uit de door MOB en Leefmilieu aangehaalde stukken, waaronder het CBS-rapport en het CDM-advies, kan worden afgeleid dat de Rav-emissiefactor voor het stalsysteem A1.13 in dit geval niet kan worden toegepast. De emissiefactoren voor vrijwel alle door het CBS onderzochte stalsystemen zijn niet tot stand gekomen op basis van meetprotocollen, zoals die nu gelden voor onder meer stalsysteem A1.13, maar op basis van andere, oudere methoden. In het CBS-rapport zijn slechts twee moderne rundveestallen betrokken, te weten A1.10 en A1.13, maar uit het CBS-rapport is volgens het college niet af te leiden of de algemene conclusies die het CBS trekt, ook en zo ja in welke mate, gelden voor de stallen met die Rav-codes. Verder wijst het college erop dat het CBS-rapport en het CDM-advies geen definitieve conclusies bevatten. Bovendien kan de oorzaak van een eventuele verminderde werking van een emissiearm stalsysteem ook te vinden zijn in het stalmanagement, bijvoorbeeld doordat niet gehandeld wordt conform het leaflet. Dat is een kwestie van handhaving en daarmee is niet gezegd dat de Rav-emissiefactor niet kan worden gehaald. 
     Een en ander neemt volgens het college niet weg dat het CBS-rapport en het CDM-advies wel reden geven om nader onderzoek te doen. De minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit en de staatssecretaris van Infrastructuur en Waterstaat hebben aan de Tweede Kamer aangegeven dat maatregelen worden genomen om te waarborgen dat reductie van emissies niet alleen in theorie, maar ook in de praktijk plaatsvindt. Daartoe worden onder meer de praktijkmetingen van emissiearme stallen op bedrijfsniveau geïntensiveerd, wordt onderzoek uitgevoerd naar stalmanagement van emissiearme stallen en wordt onderzocht of direct continue bedrijfsmonitoring van emissies door het gebruik van sensoren mogelijk is. Verder zal binnen het aangekondigde Kennisprogramma Stikstof onderzoek worden uitgevoerd om meer inzicht te krijgen in het verminderen van onzekerheden omtrent stikstofberekeningen. 
     De algemene conclusies uit het CBS-rapport en het CDM-advies en het gegeven dat naar aanleiding daarvan wordt bezien of sommige emissiefactoren of meetmethoden aanpassing behoeven, geven volgens het college geen aanleiding om nu niet uit te gaan van de Rav-emissiefactor. Die emissiefactoren zijn gebaseerd op de beste wetenschappelijke kennis en zijn op zorgvuldige wijze en op basis van wetenschappelijke inzichten vastgesteld. Bij de beslissing op de aanvraag voor een natuurvergunning moet het college zich baseren op de op dat moment best beschikbare wetenschappelijke kennis. Die ligt voor het stalsysteem A1.13 vast in de huidige Rav-emissiefactor. Een andere factor zou snel arbitrair zijn en niet te rechtvaardigen tegenover een aanvrager. 
     3.2.    Het college stelt voorts dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat onzeker is of de voorwaarden uit de leaflets worden opgevolgd omdat het college niet het bevoegde bestuursorgaan is voor de handhaving van de bepalingen in het Activiteitenbesluit milieubeheer waarin die naleving is geregeld. De naleving van de leaflets is volgens het college voldoende gewaarborgd omdat op het wel bevoegde bestuursorgaan - in dit geval het college van burgemeester en wethouders - een beginselplicht tot handhaving rust. Tot slot bestaat er, anders dan de rechtbank veronderstelt, voor het college ook op grond van de Wnb een handhavingsbevoegdheid. Immers, als er meer emissie plaatsvindt dan er in de referentiesituatie kon zijn, dan is de activiteit toch natuurvergunningplichtig. 
     De schriftelijke uiteenzetting van MOB en Leefmilieu 
     4.       MOB en Leefmilieu wijzen erop dat de CDM op basis van het CBS-rapport stelt dat het zeer waarschijnlijk is dat de NH3-emissiebeperking door emissiearme stallen wordt overschat. Behalve het CBS-rapport zijn daarvoor volgens de CDM ook aanwijzingen uit de praktijk. Door toezichthouders worden herhaaldelijk vloer- en hokbevuiling in emissiearme stallen en urine plassen op emissiearme vloeren gesignaleerd, ook als de stal voldoet aan de technische eisen. Ook dit wijst op een hogere ammoniakemissie dan op basis van de Rav-emissiefactor mag worden verwacht. Daarnaast wijst de CDM op metingen die zijn uitgevoerd door Mineral Valley Twente. Uit die metingen bleek ook dat er nauwelijks een verschil is tussen de emissies van emissiearme en traditionele stallen. 
     De bevindingen van de CDM zijn, zo stellen MOB en Leefmilieu, voorts bevestigd in het recentere onderzoek ‘Monitoring van methaan, ammoniak-, en lachgasemissies uit melkveestallen" van Mosquera et al (2021), WUR-rapport 1286. De meetresultaten van deze studie ondersteunen de juistheid van de Rav-emissiefactor voor traditionele huisvesting, maar de als ‘emissiearm’ aangeduide staltypen bleken nauwelijks minder ammoniak uit te stoten dan traditionele stallen (gemiddeld 12,5 kg per koe tegen 13,9 kg per koe). In dat rapport wordt ook geconcludeerd dat het management veel meer invloed heeft op de emissie dan het type vloer. De emissie van emissiearme stallen is volgens MOB en Leefmilieu afhankelijk van te veel verschillende factoren die per bedrijf kunnen verschillen. 
     Verder hebben MOB en Leefmilieu erop gewezen dat voor de emissiearme stalsystemen in de melkveehouderij in het Nationaal Emissiemodel voor Ammoniak (NEMA) niet meer wordt gerekend met de Rav-emissiefactor voor die systemen, maar dat op die emissiefactor een correctiefactor wordt toegepast, waardoor gerekend wordt met factor 13 (permanent op stal) of 11,90 kg (met beweiden). 
     Omdat de geclaimde emissiereductie van de emissiearme stalsystemen wetenschappelijk niet zeker is, kan de emissiefactor voor de emissiearme stalsystemen volgens MOB en Leefmilieu niet gebruikt worden in de voortoets of passende beoordeling. 
     Verder valt er volgens MOB en Leefmilieu wel wat af te dingen op het standpunt van het college over de zorgvuldige totstandkoming van de Rav-emissiefactoren en de geschiktheid om deze toe te passen in het kader van de Wnb. Zij verwijzen op dit punt naar het deskundigenbericht van de Stichting Advisering Bestuursrechtspraak voor Milieu en Ruimtelijke Ordening (hierna: STAB) dat als bijlage is gevoegd bij de uitspraak van de rechtbank Oost-Brabant van 8 april 2022, ECLI:NL:RBOBR:2022:1323. 
     Tot slot onderschrijven MOB en Leefmilieu het standpunt van de rechtbank over de (on)mogelijkheden van handhaving van het leaflet. Zij voegen daaraan toe dat de naleving van het leaflet niet waarborgt dat de emissiefactor wordt gehaald. 
     De behandeling van het hoger beroep 
     De beschrijving van het stalsysteem 
     5.       In deze zaak is het emissiearme stalsysteem A1.13 aan de orde. Dit emissiearme stalsysteem heeft een Rav-emissiefactor van 6 kg/NH3/jr per dierplaats. Hierop wordt in de Rav een korting van 5% toegepast als het melkvee ten minste 720 uur per jaar in de wei staat. 
     Stalsysteem A1.13 is een ligboxenstal met roostervloer voorzien van cassettes in de rooster-spleten en mestschuif. Volgens het bij dit stalsysteem behorende leaflet is de ammoniakemissiebeperking gebaseerd op versnelde afvoer van urine door de cassettes met hellende groeven in de roosterspleten, waardoor er slechts weinig tot geen urine achterblijft en de omzetting van ureum naar ammoniak minder plaatsvindt op de vloer, maar in de mestkelder. Daarnaast vindt ammoniakemissiebeperking plaats door het beperken van de uitwisseling van kelderlucht en stallucht door middel van afsluitkleppen in de roosterspleten. 
     In het leaflet is als gebruikseis opgenomen dat de mest tenminste iedere twee uur van de vloer wordt verwijderd met de mestschuif. Wanneer een mestrobot wordt toegepast dient de mest ten minste gemiddeld iedere twee uur van de vloer te worden verwijderd. Het met mest besmeurde vloeroppervlak waar de mestschuif niet kan komen dient minimaal twee keer per dag handmatig te worden gereinigd. 
     Rol en betekenis Rav-emissiefactor in de natuurtoets 
     6.       De Rav is een regeling op basis van de Wet ammoniak en veehouderij en biedt onder meer het toetsingskader voor de omgevingsvergunning voor het wijzigen van een inrichting. De Rav is geen regeling die bij of krachtens de Wnb is vastgesteld. Uit eerdere uitspraken van de Afdeling volgt dat bij natuurvergunningen voor het bepalen van de omvang van de emissie van agrarische bedrijven aansluiting gezocht kan worden bij de emissiefactoren uit de Rav (bijvoorbeeld ABRvS 23 november 2016, ECLI:NL:RVS:2016:3108). 
     6.1.    Het bepalen van de hoogte van de emissie is zowel van belang in de voortoets als in de passende beoordeling. In de voortoets moet op grond van objectieve gegevens zijn uitgesloten dat een project op zichzelf of in combinatie met andere plannen en projecten significante gevolgen heeft. In de passende beoordeling moeten op basis van de beste wetenschappelijke kennis ter zake, alle aspecten van het plan of het project die op zichzelf of in combinatie met andere plannen of projecten de instandhoudingsdoelstellingen van een Natura 2000-gebied in gevaar kunnen brengen, worden geïnventariseerd. Toestemming kan op basis van een passende beoordeling worden verleend als de zekerheid is verkregen dat de activiteit de natuurlijke kenmerken van een Natura 2000-gebied niet zal aantasten. Daarvan is volgens het Hof van Justitie sprake als er wetenschappelijk gezien redelijkerwijs geen twijfel bestaat dat er geen schadelijke gevolgen zijn. Het Hof heeft meermalen geoordeeld dat het voorzorgbeginsel ten grondslag ligt aan artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Het voorzorgbeginsel speelt zowel in de voortoets als in de passende beoordeling een rol. 
     6.2.    Het voorgaande betekent dat de emissie uit stallen in een voortoets of passende beoordeling met de vereiste zekerheid in kaart moet worden gebracht. Alleen als de Rav-emissiefactor die vereiste zekerheid biedt, kan het college bij natuurvergunningen voor het bepalen van de omvang van de emissie van emissiearme stalsystemen de emissiefactor uit de Rav toepassen. 
     De onderzoeken over emissies van veehouderijen 
     Het CBS-rapport 
     7.       Het CBS-rapport is een studie naar stikstofverliezen uit mest in stallen en mestopslagen van een groot aantal praktijkbedrijven in de periode 2015-2017, op basis van stikstof en fosfaatgehalten in veevoer, dierlijke producten en mest. Uit het CBS-rapport blijkt dat de totale stikstofverliezen uit stallen en mestopslagen groter zijn dan eerder berekend met NEMA. De verschillen in stikstofverliezen zijn groter bij stalsystemen met vaste mest dan bij stalsystemen met drijfmest. Bovendien blijken de stikstofverliezen uit emissiearme stallen gemiddeld genomen niet kleiner te zijn dan die van gangbare stallen. Ook over rundveestallen met drijfmest wordt in het algemeen geconstateerd dat de "onverklaarde stikstofverliezen" ('rest-N') uit stallen en mestopslagen groter zijn bij emissiearme stallen dan bij reguliere stallen. 
     7.1.    In het CBS-rapport staat dat er een verschil is in de stikstof-fosfaatverhouding bij excretie (mest die wordt uitgescheiden) en bij mestafvoer, dat niet wordt verklaard uit berekende emissies van ammoniak en overige stikstofverbindingen. In het rapport wordt geconcludeerd dat dit verschil relatief groot is bij emissiearme huisvesting, wat doet vermoeden dat de veronderstelde effectiviteit van emissiearme huisvesting wordt overschat. Voor veel emissiearme stalsystemen zijn de emissiefactoren niet gebaseerd op metingen van ammoniakemissie in de desbetreffende stal, maar afgeleid van de gemeten emissies in andere stalsystemen. Dit introduceert volgens het CBS-rapport een onzekerheid in de berekening van de ammoniakemissie uit emissiearme systemen. Specifiek met betrekking tot rundveebedrijven is daarbij nog overwogen dat de emissie per dierplaats kan veranderen door ontwikkelingen in de veehouderij, waarbij als voorbeeld is genoemd de overgang naar meer open stallen voor melkvee en een groter vloeroppervlak per dier. De open stallen zorgen voor meer ventilatie en een groter vloeroppervlak per dier, wat betekent dat de mest over een grotere oppervlakte verspreid wordt. Beide dragen bij aan een toename van de ammoniakemissie. Vanaf 2008 is het aantal nieuw in gebruik genomen stallen sterk toegenomen, met een piek in 2014. Van de nieuw in gebruik genomen stallen is vanaf 2013 de helft of meer emissiearm. De huidige emissiefactoren per dierplaats voor rundvee zijn gebaseerd op metingen aan melkveestallen in de periode 2007-2012. Het is mogelijk dat de emissie per dierplaats in de nieuwe generatie melkveestallen hoger ligt dan de emissie destijds. Daarnaast is door de krimp van de melkveestapel de capaciteit van nieuwe en bestaande stallen niet volledig benut, wat ook betekent dat het vloeroppervlak per dier is toegenomen. 
     7.2.    Behalve onzekerheden in de gebruikte emissiefactoren voor stalsystemen zijn er volgens het CBS-rapport nog andere mogelijke oorzaken die kunnen bijdragen aan de verklaring van het verschil in stikstofverlies. Bij mestopslag buiten de stal kunnen de stikstofverliezen groter zijn dan waar nu van wordt uitgegaan in NEMA. Verder is het mogelijk dat de afgevoerde mest niet representatief is voor alle geproduceerde mest of dat de mestmonsters geen goed beeld geven van de samenstelling van de mest. Ook kunnen de excretiefactoren voor een bedrijf afwijken van de gemiddelde praktijk. De effecten van een aantal van deze factoren zijn in het rapport aan de hand van gevoeligheidsanalyses onderzocht. Op basis daarvan kan geconcludeerd worden dat sommige factoren kunnen leiden tot een kleiner of groter stikstofverlies op basis van het verschil in de stikstof-fosfaatverhouding. Het is volgens het CBS-rapport echter niet waarschijnlijk dat daarmee het verschil in stikstofverlies kan worden verklaard. Bovendien geven de genoemde factoren geen verklaring voor het feit dat bij reguliere huisvesting het verschil tussen het stikstofverlies op basis van de stikstof-fosfaatverhouding en het verlies op basis van emissiefactoren kleiner is dan bij emissiearme huisvesting. 
     7.3.    Het CBS-rapport geeft ook informatie over het stalsysteem A1.13 dat in deze zaak aan de orde is. Ook voor dit staltype wordt vastgesteld dat sprake is van verlies aan stikstof die via de mest wordt uitgescheiden, die niet verklaard kan worden. 
     Het CDM-advies 
     8.       De CDM heeft op verzoek van het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit een analyse uitgevoerd van de mogelijke implicaties van het CBS-rapport. 
     Het CDM-advies onderschrijft de bevinding in het CBS-rapport dat een deel van het berekende verschil van de totale N-verliezen uit stallen en mestopslagen volgens de CBS-methode en de NEMA-methode waarschijnlijk wordt veroorzaakt door een onderschatting van de NH3-emissies uit emissiearme stallen en enkele andere stalsystemen. Een ander deel is waarschijnlijk het resultaat van een onderschatting van overige N-verliezen (N2O, NOx en N2), vooral bij stalsystemen met vaste mest. 
     Volgens het CDM-advies geeft het CBS-rapport aan dat de totale gasvormige stikstofverliezen uit emissiearme stallen van vergelijkbare grootte zijn als die van gangbare stallen. Dit impliceert volgens de CDM dat de effectiviteit van emissiearme stallen in de praktijk minder groot is dan de Rav-emissiefactoren aangeven. De resultaten van de CBS-studie kunnen echter niet gebruikt worden om met voldoende zekerheid af te leiden met hoeveel procent de NH3-emissie uit emissiearme stallen in de Rav-waarden en de emissie-inventarisatie wordt onderschat in de praktijk. De resultaten van de CBS-studie leiden tot de conclusie dat de emissies van NH3, N2O, NOx en N2 uit stallen en opslagen en bij mesttoediening herzien moeten worden. 
     De CDM heeft een lijst met acht acties opgesteld om te komen tot een betere analyse van de effectiviteit van emissiearme stallen. Er is meer systeembenadering en in-situ monitoring van emissies nodig; een veelheid van factoren bepaalt het succes (of het falen) van emissiearme stallen. Er is tot nu toe onvoldoende verificatie en controle geweest. Monitoring van emissies uit stallen maakt een betere controle mogelijk. De CDM adviseert om een onderzoeksplan met korte en lange-termijn onderzoek op te stellen en uit te voeren door vertegenwoordigers van de betrokken ministeries, landbouworganisaties, (internationale) onderzoeksinstellingen, omgevingsdiensten en bouwers. 
     8.1.    Over een mogelijke verklaring voor de onderschatting van de emissie uit emissiearme melkrundveestallen staat in het CDM-advies het volgende (p. 15). "Uit een experimentele studie van Snoek et al. (2017) bleek dat emissiearme vloeren in melkveestallen effectiviteit verliezen bij tekortschietend mestmanagement. De CDM-werkgroep sluit niet uit dat vooral NH3-emissies uit de melkveestallen groter zijn dan in de berekeningen (en vergunningen) tot nu toe is aangegeven. Het emissieoppervlak per melkkoe is in nieuwe (vergrote) melkveestallen relatief groot omdat er minder koeien zijn dan eerder begroot bij de bouw van de stal (door de invoering van het fosfaatrechtenstelsel, is het soms niet mogelijk geweest om het aantal koeien te houden dat eerder werd begroot)". 
     8.2.    Verder staat in bijlage 2 van het CDM-advies over de vraag of er andere aanwijzingen zijn die iets kunnen zeggen over de effectiviteit van emissiearme stallen het volgende: "Ervaringen van deskundigen in de onderhavige CDM-werkgroep geven aan dat emissiearme stallen complexe systemen zijn, d.w.z., de emissiebeperking wordt door een complex van factoren beïnvloed. Ze pleiten voor meer systeembenadering, waarbij rekening wordt gehouden met alle factoren die de grootte van de NH3-emissies uit stallen en mestopslagsystemen beïnvloeden. Belangrijke factoren zijn: het (dier, voer, mest, stal) management door de veehouder, voersamenstelling, vloertype, werking en frequentie van mestschuiven (mestrobots), ventilatie, voerbakkenplaatsing, en mestmixen […]. Ook de staat van het onderhoud en de slijtage van materialen en technieken beïnvloeden de grootte van de NH3-emissies uit stallen. De CDM-werkgroep is daarom niet verbaasd dat de effectiviteit van emissiearme stalsystemen minder zou zijn dan eerder gedacht, omdat een systeembenadering en -aanpak te veel ontbreekt in de praktijk van emissiearme stallen. Bij de huidige emissiearme stallen ontbreekt een ‘managementprotocol’, d.w.z. een overzicht van aanwijzingen en voorschriften om emissiearme stallen effectief te maken, en er ontbreekt (jaarlijkse) controle zoals bij een APK". 
     Het WUR-rapport 
     9.       Het WUR-rapport, dat door MOB en Leefmilieu is ingebracht, beschrijft de resultaten van onder meer ammoniakemissiemetingen onder praktijkcondities op 18 melkveebedrijven met reguliere (traditionele) stallen en emissiearme stallen. 
     In dit rapport staat dat de ammoniakemissie van de groep van 12 bedrijven met een roostervloer (traditioneel stalsysteem) gemiddeld 13,9 kg NH3 per dierplaats per jaar met een standaardfout van 0,93 kg NH3 per dierplaats per jaar was. Dit gemiddelde wijkt volgens het WUR-rapport niet significant af (p=0,585) van de emissiefactor van 13 kg NH3 per dierplaats per jaar die is opgenomen in de Rav (n=12). De overige bedrijven waren uitgerust met verschillende typen dichte vloeren (= emissiearm stalsysteem) voorzien van een (voorlopige) emissiefactor. De gemiddelde Rav-emissiefactor over deze zes bedrijven was 9,5 kg NH3 per dierplaats per jaar. De gemiddelde gemeten ammoniakemissie bij deze bedrijven was 12,5 kg NH3 per dierplaats per jaar met een standaardfout van 1,32 kg NH3 per dierplaats per jaar. Daarmee wijkt de gemiddelde gemeten ammoniakemissie significant af (p=0,035) van de gemiddelde emissiefactor op basis van de Rav-waarden en is ook niet significant lager (p=0,365) dan de emissiefactor voor roostervloeren (13 kg NH3 per dierplaats per jaar) (n=6). 
     Bevatten de onderzoeken aanknopingspunten dat de emissie uit emissiearme stallen wordt onderschat? 
     10.     Het CBS-rapport had, zoals het college terecht opmerkt, niet tot doel de effectiviteit van emissiearme stallen te verifiëren. Het doel van het CBS-rapport was ‘om na te gaan of de verschillen in de verhoudingen van stikstof en fosfaat in de excretie en in de afgevoerde mest op een bedrijf tot robuuste schattingen leiden van de gasvormige stikstofverliezen uit stallen en mestopslagen’. In het CBS-rapport zijn de gasvormige stikstofverliezen per diercategorie, stalsysteem en jaar gepresenteerd in % van de hoeveelheid N die door het vee in een heel jaar is uitgescheiden. De berekende totale stikstofverliezen uit stallen en mestopslagen volgens de in het CBS-rapport gebruikte methode zijn groter dan de som van de berekende emissies volgens NEMA, die grotendeels zijn gebaseerd op de Rav-emissiefactoren. Dat verschil wordt uitgedrukt in ‘rest N’. Uit het CBS-rapport blijkt dat de ‘rest N’ groter is bij emissiearme stallen dan bij gangbare stallen en dat de totale gasvormige stikstofverliezen bij emissiearme en gangbare stallen van vergelijkbare grootte zijn. 
     Het CBS-rapport gaf de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit aanleiding om aan de CDM onder meer de volgende vraag voor te leggen: ‘Welke conclusies kunnen worden getrokken over de effectiviteit van emissiearme stallen in de praktijk op basis van het CBS-rapport? In welke mate zijn de emissies onderschat?’ Daarop heeft de CDM in haar advies geantwoord: "De CBS-studie geeft aan dat de effectiviteit van emissiearme stallen om ammoniak te reduceren minder groot is dan de emissiefactoren van de Regeling ammoniak en veehouderij (Rav) aangeven. […]". 
     Dat het CBS-rapport niet tot doel had de effectiviteit van emissiearme stalsystemen te verifiëren laat, zo leidt de Afdeling uit het voorgaande af, onverlet dat de uitkomsten van het onderzoek naar de gasvormige stikstofverliezen uit stallen en mestopslagen, met name de ‘rest N’ bij emissiearme stalsystemen, voor de CDM aanleiding waren voor de bevinding dat de ammoniak emissiebeperking door emissiearme stallen zeer waarschijnlijk wordt onderschat en dat de effectiviteit van emissiearme stallen minder groot is dan de emissiefactoren van de Rav aangeven. 
     10.1.  Uit het CBS-rapport en CDM-advies kunnen, zoals het college terecht stelt, alleen algemene conclusies en bevindingen worden afgeleid. Dat komt door de opzet van het onderzoek in het CBS-rapport waarbij onder meer geen gebruik is gemaakt van bedrijfsspecifieke informatie (zoals dier-, voer-, mest-, en stalmanagement) die wel van invloed kan zijn op de stalemissie. Dat het CBS-rapport en CDM-advies geen definitieve conclusies bevatten over de effectiviteit van specifieke stalsystemen, zoals in dit geval A1.13, neemt naar het oordeel van de Afdeling niet weg dat de bevindingen en conclusies in het rapport en advies - in algemene zin - ook betrekking hebben op emissiearme stalsystemen in de melkveehouderij. Van belang is daarbij dat in het CBS-onderzoek ook moderne emissiearme stalsystemen voor melkvee, zoals staltypen A1.10 en A1.13 zijn betrokken. Uit bijlage B7.1 van het CBS-rapport (p. 43 en 44) kan worden afgeleid dat bij 189 stallen met het staltype A1.13 in de drie onderzoeksjaren een verlies van gemiddeld tussen 5 en 12% van de stikstof die via de mest wordt uitgescheiden (excretie) niet verklaard kan worden uit de gasvormige verliezen die berekend worden op basis van de ammoniakemissiefactor voor dit stalsysteem en de stikstofverliezen in de vorm van onder meer lachgas. Voor de 154 stallen met het stalsysteem A1.10 was dat gemiddeld tussen 5 en 13%. Voor het staltype A1.100, dat een traditioneel staltype is, is bij 7.500 stallen een stikstofverlies berekend van gemiddeld 1 tot 6% over de drie onderzoeksjaren. Deze uitkomsten impliceren, zo wordt ook bevestigd in het STAB-verslag dat MOB en Leefmilieu hebben overgelegd, dat de ammoniakemissiefactor voor traditionele stallen voor melkrundvee (drijfmest) beter overeenkomt met de praktijkprestaties dan de ammoniakemissiefactor voor het emissiearme staltype A1.13 (en A1.10). Verder onderstreept het WUR-rapport de constatering in het CBS-rapport dat emissiearme melkveestallen in de praktijk (vaak) niet beter presteren op ammoniakemissie dan reguliere, niet-emissiearme stallen, en bovendien slechter presteren dan op basis van de Rav-emissiefactor zou worden verwacht. 
     10.2.  Over de vermoedelijke overschatting van de effectiviteit van emissiearme stallen wordt in het CBS-rapport in algemene zin geconstateerd dat voor veel emissiearme stalsystemen de ammoniakemissiefactoren niet op metingen zijn gebaseerd maar afgeleid zijn van de gemeten emissies in andere stalsystemen. Dat gaat, zoals het college terecht stelt, niet op voor het stalsysteem A1.13 waarvoor wel metingen bij de proefstal zijn uitgevoerd. Daarmee is echter, anders dan het college kennelijk beoogt te stellen, niet gezegd dat de algemene bevindingen in het CBS-rapport niet opgaan voor emissiearme melkveestallen. In het CBS-rapport staat immers eveneens dat een deel van de emissiefactoren op metingen is gebaseerd, en dat dat in ieder geval geldt voor de emissiearme stallen voor melkvee, die ook in het CBS-rapport zijn betrokken. Bovendien gelden ook de andere mogelijke oorzaken voor het niet halen van de emissiefactor in de praktijk (zoals stalmanagement), voor de emissiearme melkveestallen. 
     10.3.  Gelet op het voorgaande ziet de Afdeling in dat wat het college naar voren brengt geen aanleiding voor het oordeel dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat het CBS-rapport en het CDM-advies niet de zekerheid geven dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stalsystemen te laag zijn ten opzichte van de praktijk, maar wel concrete aanknopingspunten bevatten dat de Rav-emissiefactoren voor emissiearme stallen de werkelijke ammoniakemissie van deze stalsystemen waarschijnlijk onderschatten. 
     De Afdeling is van oordeel dat - in het licht van het voorzorgbeginsel - niet voorbijgegaan kan worden aan de uitkomsten van het CBS-rapport en CDM-advies. Zoals eerder overwogen volgt uit de rechtspraak van het Hof van Justitie dat het Hof bij de toepassing van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn een strikte uitleg van het voorzorgbeginsel voorstaat (ABRvS 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1603, r.o. 17.5). Dat komt ook tot uitdrukking in de woorden dat in een voortoets op grond van objectieve gegevens moet zijn uitgesloten dat een project significante gevolgen heeft. 
     Bij het voorgaande betrekt de Afdeling dat het CBS een gerenommeerd instituut is en dat de CDM de onderzoeksmethode en toepassing daarvan die aan het CBS-rapport ten grondslag ligt heeft gecontroleerd. De CDM concludeerde dat het onderzoek robuust is en de conclusies kan dragen. Verder is van belang dat uit het CBS-rapport volgt dat het gaat om een wezenlijk en omvangrijk probleem. Uit het CBS-rapport en het CDM-advies komt het beeld naar voren dat er grote onzekerheid is of emissiearme stallen wel doen wat ze beloven. In dat verband wijst de Afdeling erop dat de CDM-werkgroep de afwezigheid van een duidelijk verschil in stikstofverlies tussen emissiearme stallen en gangbare stallen en de grote post ‘rest N’ bij emissiearme stallen als ‘verontrustend’ beoordeelt. De emissie uit emissiearme stallen zou nauwelijks minder zijn dan de emissie uit gangbare stallen. Gezien het voorgaande is de Afdeling met de rechtbank van oordeel dat het CBS-rapport en CDM-advies voldoende aanknopingspunten bevatten om aan de juistheid van de Rav-emissiefactor voor het stalsysteem A1.13 te twijfelen. 
     Wordt door naleving en handhaving van het leaflet voldaan aan de vereiste zekerheid? 
     11.     Niet in geschil is dat het voor een goede werking van een emissiearm stalsysteem essentieel is dat het systeem wordt uitgevoerd en gebruikt overeenkomstig de systeembeschrijving die is opgenomen in het bij het stalsysteem behorende leaflet. Het nummer van het bij het stalsysteem behorende leaflet is opgenomen in bijlage 1 bij de Rav. De systeembeschrijving bevat eisen over de technische uitvoering van het systeem en eisen over het gebruik van het systeem. De eisen over de technische uitvoering van het systeem betreffen eisen over de uitvoering van de vloer, de cassettes, de mestkelder en mestafvoer, de mestschuif, het emitterend vloeroppervlak, en de registratieapparatuur voor de schuifbewegingen van de mestschuif. De eisen over het gebruik van het systeem gaan over de frequentie van het gebruik van de mestschuif of mestrobot waarmee de mest van de vloer wordt verwijderd, de frequentie van het handmatig reinigen van de vloerdelen waar de mestschuif of mestrobot niet kan komen, de gebruiksduur van de wachtruimte en de frequentie van het reinigen daarvan, de frequentie van de controle en indien nodig het onderhoud van de mestschuif, de cassettes en de afsluitkleppen en de eisen waaraan het registratiesysteem op de mestschuif of mestrobot moet voldoen. 
     11.1.  Artikel 3.123 van het Activiteitenbesluit milieubeheer bevat regels over de goede werking van een huisvestingssysteem. Dit artikel luidt: 
     "1 Ten behoeve van de goede werking van een huisvestingssysteem en het voorkomen dan wel voor zover dat niet mogelijk is het zoveel mogelijk beperken van emissies naar de lucht, wordt ten minste voldaan aan het tweede en derde lid. 
     2. Een huisvestingssysteem is uitgevoerd overeenkomstig de bij dat huisvestingssysteem behorende technische beschrijving, bedoeld in de bijlage bij de regeling op grond van artikel 1 van de Wet ammoniak en veehouderij. 
     3. Degene die een inrichting drijft waarin landbouwhuisdieren worden gehouden in een huisvestingssysteem, draagt er zorg voor dat het huisvestingssysteem wordt gebruikt en onderhouden overeenkomstig de voorwaarden die noodzakelijk zijn voor een goede werking van het huisvestingssysteem". 
     11.2.  Artikel 3.123, tweede lid, van het Activiteitenbesluit milieubeheer bevat een rechtstreekse verwijzing naar de eisen over de technische uitvoering van het systeem in het leaflet. Verder is niet in geschil dat in het derde lid met de woorden ‘overeenkomstig de voorwaarden die noodzakelijk zijn’ wordt verwezen naar de gebruikseisen die in het leaflet zijn opgenomen. 
     11.3.  Het college meent dat verzekerd is dat de Rav-emissiefactor kan worden gehaald als het stalsysteem conform het leaflet is gebouwd en wordt gebruikt. MOB en Leefmilieu onderschrijven dat standpunt niet. Volgens hen zijn er ook andere factoren relevant waarom de Rav-emissiefactor voor emissiearme stalsystemen niet wordt gehaald en waarom de Rav-emissiefactor niet geschikt is om toe te passen in het kader van de Wnb. 
     11.4.  De Afdeling is anders dan de rechtbank van oordeel dat het feit dat het college niet het bevoegde bestuursorgaan is voor de handhaving van de naleving van de bepalingen in het Activiteitenbesluit milieubeheer, maar het college van burgemeester en wethouders, niet betekent dat daarom niet of onvoldoende verzekerd is dat het leaflet wordt nageleefd en gehandhaafd. Het college stelt dan ook terecht dat het van de naleving en handhaving van het leaflet mag uitgaan. Het betoog van het college slaagt op dit punt. 
     11.5.  De Afdeling deelt echter niet de veronderstelling van het college dat door naleving en handhaving van het leaflet verzekerd is dat de Rav-emissiefactor voor emissiearme stallen kan worden gehaald. In het CDM-advies staat dat emissiearme stalsystemen complexe systemen zijn en dat de emissiebeperking in emissiearme stallen door een complex van factoren wordt beïnvloed. Belangrijke factoren zijn: het (dier, voer, mest, stal)management door de veehouder, de voersamenstelling, vloertype, werking en frequentie van de mestschuiven (mestrobots), ventilatie, voerbakkenplaatsing en mestmixen. Ook de staat van onderhoud en de slijtage van materialen en technieken beïnvloeden de grootte van de NH3-emissies uit stallen. Verder staat daarin dat in de systeembeschrijvingen (lees: leaflets) van de stallen een aantal kritische aspecten van emissiereductie niet is opgenomen, zoals rantsoensamenstelling. 
     Volgens het CDM-advies is gericht empirisch onderzoek nodig naar specifieke managementfactoren die zien op een goede werking van emissiearme stalsystemen. Bij de huidige emissiearme stallen ontbreekt volgens de CDM een ‘management protocol’, dat wil zeggen een overzicht van aanwijzingen en voorschriften om emissiearme stallen effectief te maken en er ontbreekt een jaarlijkse controle, zoals bij een APK. Volgens de CDM is vereist dat er sensoren beschikbaar komen om NH3-concentraties in stallen te kunnen meten en rekenprogramma’s om NH3-emissies uit stallen te kunnen berekenen. Het alternatief is om de systeembeschrijvingen van emissiearme stallen verder te detailleren en middelvoorschriften (managementprotocol) verder uit te werken. Zowel het managementprotocol als het meetinstrumentarium per staltype dienen ontwikkeld en getoetst te kunnen worden. 
     Met andere woorden: uit het CDM-advies kan worden afgeleid dat nader onderzoek nodig is naar de factoren die bepalend zijn voor de goede werking van emissiearme stalsystemen in de melkveehouderij. Daarbij gaat het ook om factoren die niet zijn terug te voeren op de technische of gebruiksbeschrijving uit het leaflet. 
     Kan er zolang er geen duidelijkheid is over de oorzaak van de mogelijke onderschatting toch gebruik gemaakt worden van de Rav-emissiefactor? 
     12.     Het college stelt dat het nader onderzoek dat nodig is naar aanleiding van het CBS-rapport en CDM-advies niet betekent dat de Rav-emissiefactor nu niet kan worden toegepast. Het college moet zich immers bij de beslissing op de aanvraag voor een natuurvergunning baseren op de op dat moment best beschikbare wetenschappelijke kennis. Voor de berekening van de emissie uit emissiearme stallen is dat de Rav-emissiefactor die daarvoor is vastgesteld. 
     12.1.  De Afdeling is van oordeel dat de rechtbank terecht heeft geconcludeerd dat er concrete aanknopingspunten zijn voor twijfel aan de juistheid van de Rav-emissiefactor voor emissiearme stallen in de melkveehouderij. Zolang die twijfel niet is weggenomen kan de emissie van het emissiearme stalsysteem A1.13 niet met behulp van de Rav-emissiefactor voor dat stalsysteem met de vereiste zekerheid in kaart worden gebracht. Een berekening van de emissie met de Rav-emissiefactor voor stalsysteem A1.13 kan daarom nu niet zonder meer worden gebruikt in een voortoets waarin op grond van objectieve gegevens moet worden uitgesloten dat een project significante gevolgen heeft. Op de zitting heeft het college betoogd dat zolang geen alternatieve emissiefactoren zijn vastgesteld, de bestaande Rav-emissiefactoren gebruikt kunnen worden en heeft daarbij een vergelijking gemaakt met milieunormen. Artikel 2.7 van de Wnb en artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn bieden echter geen ruimte om de Rav-emissiefactor voor stalsysteem A1.13 zolang onduidelijk is of deze factor kan worden gehaald, te gebruiken in een voortoets of passende beoordeling voor de beoordeling van de Wnb-vergunning(plicht). Het voorzorgbeginsel dat aan artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn ten grondslag ligt en de strikte uitleg die het Hof van Justitie daaraan geeft in een voortoets en passende beoordeling, staan daaraan in de weg.. 
     Conclusie toepassing Rav-emissiefactor 
     13.     Gelet op wat hiervoor is overwogen is de Afdeling van oordeel dat de rechtbank terecht heeft overwogen dat met de toepassing van de Rav-emissiefactor voor het emissiearme stalsysteem A1.13 de emissie uit deze stal niet met de vereiste zekerheid kan worden vastgesteld. Daardoor is niet op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat de aangevraagde wijziging van de melkveehouderij ten opzichte van de referentiesituatie significante gevolgen heeft. Het gevolg van deze conclusie is dat het project daarom vergunningplichtig is en passend beoordeeld zal moeten worden. 
     De Afdeling realiseert zich dat deze uitspraak de nadere besluitvorming over de aanvraag voor de natuurvergunning bemoeilijkt en vertraagt. Het voorzorgbeginsel dat aan artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn ten grondslag ligt en de strikte uitleg die het Hof van Justitie daaraan geeft in een voortoets en passende beoordeling, laten echter een andere uitkomst van de uitspraak niet toe. De resultaten van het door de minister aangekondigde en het door het CDM geadviseerde onderzoek naar de factoren die van belang zijn voor een goede werking van het stalsysteem zijn voor het alsnog te nemen besluit van belang. Voor de melkveesector en de andere betrokkenen bij de natuurvergunningverlening is dan ook van belang dat de resultaten van dat onderzoek op een zo kort mogelijke termijn beschikbaar zijn. 
     13.1.  De overige argumenten van MOB en Leefmilieu over de wijze waarop de Rav-emissiefactor voor stalsysteem A1.13 is vastgesteld en of deze geschikt is om toe te passen in het kader van de Wnb, behoeven nu gezien het vorenstaande geen bespreking. 
     Referentiesituatie [vergunninghouder] 
     14.     Het college stelt dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat de emissie voor de melkveestal in de referentiesituatie met 5% moet worden verlaagd, omdat de maatschap het melkvee vanaf 2016 beweidt. De rechtbank hecht hier volgens het college voor het bepalen van de referentiesituatie ten onrechte waarde aan de feitelijke situatie. De vergunde situatie is hier leidend en daarin is, gelet op de toegepaste emissiefactor van 13 kg, uitgegaan van permanente opstal. 
     14.1.  MOB en Leefmilieu stellen dat de natuurvergunning waaraan de referentiesituatie wordt ontleend, is verleend voor een veehouderij met beweiden. In de motivering van die vergunning is aangegeven dat uit de aanvraag blijkt dat beweiden wordt toegepast en in de vergunning staat dat die conform de aanvraag wordt verleend. Dat in die vergunning in tabel 2 een emissiefactor van 13 kg is gehanteerd voor de melkkoeien is dan ook onjuist. De ammoniakemissie die de destijds aangevraagde activiteit vertegenwoordigt moet op basis van de huidige inzichten (13 -5% = 12,35 kg) worden berekend. 
     14.2.  De rechtbank heeft overwogen (r.o. 44-45) dat de Afdeling in de uitspraak van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1604 heeft geoordeeld dat de wijze waarop het vee wordt gehouden relevant is voor de beoordeling van de gevolgen van de melkveehouderij voor stikstofgevoelige natuurwaarden in Natura 2000-gebieden. De emissie uit stallen van bedrijven waar het vee een deel van de tijd wordt beweid is lager dan bij bedrijven waar het vee permanent op stal wordt gehouden. In het geval melk- en kalfkoeien ouder dan twee jaar ten minste 720 uur per kalenderjaar worden beweid, mag de emissiefactor van de stal met 5% worden verlaagd. Op de zitting heeft de vertegenwoordiger van de veehouderij toegelicht dat de koeien vanaf 2016 worden beweid. Dit betekent naar het oordeel van de rechtbank dat het college bij het nemen van het nieuwe besluit bij de referentiesituatie de emissiefactor van 13 kg NH3 per koe per jaar met 5% zal moeten verlagen. 
     14.3.  De Afdeling overweegt het volgende. De referentiesituatie voor het houden van vee in stallen is ontleend aan de natuurvergunning die op 13 april 2016 is verleend. In de vergunning staat dat de bij de beschikking behorende aanvraag deel uitmaakt van de beschikking. De vergunning is verleend voor het houden van 90 melk- en kalfkoeien ouder dan 2 jaar in stalsysteem A1.100 en het houden van 35 stuks jongvee tot 3 jaar in stalsysteem A3.100. Voor stalsysteem A1.100 is gerekend met een emissiefactor van 13 kg/ha/jr. Dat is de emissiefactor die hoort bij melkvee dat permanent op stal staat. Bij melkvee dat wordt beweid wordt volgens de Rav een korting van 5% op de emissiefactor toegepast. 
     In de vergunning staat verder: "Uit de aanvraag blijkt dat er wel beweiding wordt toegepast. Gelet op de onlosmakelijkheid met het huisvesten van dieren in stallen, zijn de effecten van deze handeling betrokken bij de beoordeling. Ten aanzien van effecten van beweiding verwijzen wij naar Bijlage 1, waarin de uitkomsten van berekeningen omtrent ammoniakverliezen als gevolg van beweiding worden gepresenteerd. […] Hieruit blijkt dat als gevolg van gestage reducties van stikstofgehalten in weidegras, de ammoniakverliezen als gevolg van beweiding voor de aangevraagde bedrijfssituatie gereduceerd zijn ten opzichte van de referentiesituaties. De afname van emissie is daarmee gegarandeerd. Gelet op deze grote afname en het feit dat het bedrijf op circa 7.500 meter van het dichtstbijzijnde Natura 2000-gebied ligt en beweiding plaatsvindt op de percelen rond de bedrijfslocatie (de zogenaamde huispercelen) en daarmee ook niet of nauwelijks wijzigen is de reductie van stikstofdepositie als gevolg van beweiding daarmee ook gegarandeerd. Nadelige effecten als gevolg van beweiden zijn daarmee uitgesloten". 
     14.4.  De Afdeling leidt uit het voorgaande af dat de natuurvergunning van 13 april 2016 is verleend voor een melkveehouderij die het vee beweidt én dat de gevolgen van het beweiden op de gronden die daarvoor worden gebruikt bij die vergunning zijn beoordeeld. Daarin verschilt deze situatie van de situatie die aan de orde is in 12.5 en 12.6 van de uitspraak van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1604, waarop het college op de zitting heeft gewezen. 12.5 en 12.6 van die uitspraak gaan over de vraag in welke gevallen een geldende natuurvergunning al dan niet aanvulling behoeft met een beoordeling van de gevolgen van het weiden van vee op de percelen die daarvoor worden gebruikt, omdat die beoordeling niet heeft plaatsgevonden bij de verlening van de natuurvergunning. In die gevallen kan - alsnog - op grond van het aangevraagde staltype of de toegepaste korting van 5% op de emissiefactor voor het stalsysteem worden vastgesteld of de natuurvergunning betrekking had op een melkveehouderij die het vee al dan niet beweidt. 
     14.5.  Omdat de natuurvergunning van 13 april 2016 is verleend voor een melkveehouderij die het vee beweidt, heeft de rechtbank terecht overwogen dat bij het alsnog te nemen besluit de emissiefactor van het stalsysteem A1.100 in de referentiesituatie met 5% moet worden verlaagd. Anders dan het college betoogt heeft de rechtbank op dit punt niet de feitelijke situatie doorslaggevend geacht voor de referentiesituatie, maar de in 2016 vergunde situatie. De feitelijke situatie komt daar, zo volgt uit de informatie die het bedrijf op de zitting bij de rechtbank heeft gegeven, mee overeen. 
     14.6.  Het betoog slaagt niet. 
     Conclusie hoger beroep college 
     15.     Het hoger beroep is gelet op wat is overwogen in 11.4 gegrond. Het bestuursorgaan dient met inachtneming van de uitspraak van de Afdeling en de uitspraak van de rechtbank, voor zover deze niet of tevergeefs is aangevochten, een nieuw besluit te nemen. 
     16.     Het college hoeft geen proceskosten te vergoeden. 
     Beslissing 
     De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State: 
     verklaart het hoger beroep gegrond. 
     Aldus vastgesteld door mr. R. Uylenburg, voorzitter, en mr. B.J. Schueler en mr. G.T.J.M. Jurgens, leden, in tegenwoordigheid van mr. J. Verbeek, griffier. 
     w.g. Uylenburg 
     voorzitter 
     w.g. Verbeek 
     griffier 
     388