ECLI: ECLI:NL:RBNNE:2025:2979

Titel: ECLI:NL:RBNNE:2025:2979 Rechtbank Noord-Nederland , 18-07-2025 / LEE 22/1102 en 22/1441

Gerecht: Rechtbank Noord-Nederland

Datum uitspraak: 2025-07-18

Zaaknummer: LEE 22/1102 en 22/1441

Proceduretype: Eerste aanleg - meervoudig

Onderwerp: Bestuursrecht

Rechtsmacht: NL

Taal: nl

Uitspraaktype: Uitspraak

URL: https://data.rechtspraak.nl/uitspraken/content?id=ECLI:NL:RBNNE:2025:2979

---

Volgt

RECHTBANK NOORD-NEDERLAND 
     Zittingsplaats Groningen 
     
     
       Bestuursrecht 
     
     
     
       Zaaknummers: LEE 22/1102 en 22/1441 
     
     
   
   
     uitspraak van de meervoudige kamer van 18 juli 2025 in de zaken tussen 
     
     
       
         1.a.	Vereniging Milieudefensie (afdeling Leeuwarden ), gevestigd te Amsterdam, eiseres sub 1.a, 
       	(gemachtigde: [gemachtigde] ), 
       
         1.b.	Landelijke Vereniging tot Behoud van de Waddenzee , gevestigd te Harlingen, eiseres sub 1.b, 
       	(gemachtigde: mr. drs. Th.C. van Gelder), 
       
         1.c.	Vereniging It Fryske Gea , gevestigd te Olterterp, eiseres sub 1.c, 
       	(gemachtigde: mr. drs. Th.C. van Gelder), 
       
         1.d.	Stichting Friese Milieufederatie , gevestigd te Leeuwarden, eiseres sub 1.d, 
       	(gemachtigde: mr. drs. Th.C. van Gelder), 
       
         1.e.	Vereniging tot behoud van Natuurmonumenten Nederland , gevestigd te Amersfoort, eiseres sub 1.e, 
       	(gemachtigde: mr. drs. Th.C. van Gelder), 
       hierna gezamenlijk te noemen: eiseressen sub 1, 
       
         2.	Stichting Groene Ster Duurzaam! , gevestigd te Leeuwarden, eiseres sub 2, 
       	(gemachtigde: mr. drs. Th.C. van Gelder),  
     
     
     
       en 
     
     
     
       
         de staatssecretaris van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur (voorheen: de minister voor Stikstof en Natuur),  verweerder, 
       (gemachtigde: mr. R.D. Reinders). 
     
     
     
       Als  derde-partij  heeft aan het geding deelgenomen: de staatssecretaris van Defensie, te Den Haag, vergunninghoudster, 
       (gemachtigde: mr. J.G. Bos). 
     
     
   
   
     Inleiding 
     
       1.1. 
       In deze uitspraak beoordeelt de rechtbank het beroep van eiseres tegen een aan vergunninghoudster verleende natuurvergunning  voor militaire activiteiten en burgermedegebruik op de vliegbasis Leeuwarden. Met het besluit van 31 januari 2022 (het bestreden besluit) heeft verweerder de gevraagde vergunning verleend op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming (Wnb).   
       
     
     
       1.2. 
       Tegen het bestreden besluit hebben eiseressen beroep ingesteld bij de rechtbank. 
       
     
     
       1.3. 
       Verweerder heeft verweerschriften ingediend. Eiseres sub 2 heeft daarop nog een reactie met stukken ingediend. 
     
     
       1.4. 
       De zaken zijn gelijktijdig behandeld op de zitting van 24 september 2024. Eiseres sub 1.a is vertegenwoordigd door haar gemachtigde en [naam] . Eiseres sub 1.b is vertegenwoordigd door haar gemachtigde en [naam] . Eiseressen 1.c tot en met 1.e zijn vertegenwoordigd door hun gemachtigde. Eiseres sub 2 heeft zich laten vertegenwoordigen door haar gemachtigde. Verweerder heeft zich laten vertegenwoordigen door zijn gemachtigde, mr. [gemachtigde] , ing. [gemachtigde] en [gemachtigde] (Rijksdienst voor Ondernemend Nederland). Vergunninghoudster is vertegenwoordigd door haar gemachtigde, [gemachtigde] en [gemachtigde] . 
       
     
     
       1.5. 
       Op grond van artikel 8:68, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) heeft de rechtbank besloten tot een heropening van het onderzoek, omdat het onderzoek niet volledig is geweest. Daarbij heeft de rechtbank bij brief van 27 januari 2025 partijen in de gelegenheid gesteld om inhoudelijk te reageren op twee uitspraken  van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (AbRvS), waarbij de rechtspraak over intern salderen is gewijzigd. 
       
     
     
       1.6. 
       
         Namens eiseressen sub 1.b tot en met 1.d en eiseres sub 2 is bij brief van  
         17 februari 2025 een nadere reactie in het geding gebracht. 
         Namens eiseres sub 1.a is bij brief van 26 februari 2025 een nadere reactie in het geding gebracht. 
         Verweerder heeft bij brief van 28 februari 2025 een nadere reactie in het geding gebracht. 
         Vergunninghoudster heeft bij e-mailbericht een nadere reactie in het geding gebracht.  
       
       
     
     
       1.7. 
       De rechtbank heeft partijen bij brief van 17 april 2025 verzocht om toestemming te verlenen om de zaken zonder nadere zitting af te doen. 
       
     
     
       1.8. 
       Verweerder heeft bij brief van 13 mei 2025 de gevraagde toestemming verleend. 
       
     
     
       1.9. 
       Geen van de andere partijen heeft binnen de gestelde termijn verklaard gebruik te willen maken van het recht ter nadere zitting te worden gehoord. 
       
     
     
       1.10. 
       De rechtbank heeft op 27 mei 2025 het onderzoek gesloten en heeft bepaald dat binnen zes weken na de verzenddatum van de brief uitspraak zal worden gedaan. 
       
       
         
           Totstandkoming van het bestreden besluit 
         
       
       
     
     
       2.1. 
       
         Vergunninghoudster heeft op 30 september 2020 een aanvraag om natuurvergunning op grond van de Wnb voor militaire activiteiten en burgermedegebruik op de vliegbasis Leeuwarden bij verweerder ingediend. 
         Aan deze aanvraag om natuurvergunning heeft vergunninghoudster de navolgende stukken ten grondslag gelegd: 
       
       - rapport “Militaire vliegactiviteiten in Nederland met bijlagen”;  
       - rapport “Effecten grondgebonden gebruik Leeuwarden, Eindrapport deel 2 Leeuwarden”; 
       - rapport “NLR met toelichting op de stikstofberekening NLR-CR-2020-344”; 
       - stikstofberekeningen op basis van versie 2020 van het rekeninstrument AERIUS-Calculator. 
     
     
       2.2. 
       
         Verweerder heeft vergunninghoudster bij brief van 6 november 2020 verzocht om de aanvraag om natuurvergunning aan te vullen. Daarbij heeft verweerder de behandeling van de aanvraag om natuurvergunning opgeschort tot 5 januari 2021. 
         De gevraagde aanvulling betreft het bepalen van de referentiesituatie, vragen met betrekking tot de effecten van het grondgebonden gebruik op vliegbasis Leeuwarden en de stikstofdepositie als gevolg van aan de vliegbasis Leeuwarden gerelateerde activiteiten. 
       
       
     
     
       2.3. 
       
         Op 13 november 2020 heeft de Minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit, op grond van artikel 3:10, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb), besloten tot toepassing van afdeling 3.4 van de Algemene wet bestuursrecht (uniforme openbare voorbereidingsprocedure) bij de voorbereiding en bekendmaking van de besluiten op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb voor de projecten:  
         (…), 
       
       - Vliegbasis Leeuwarden; 
       - Oefenterrein Vliehors Range. 
       Dit voorbereidingsbesluit is op 14 december 2020 gepubliceerd in de Staatscourant (Stcrt. 2020-65117). 
       
     
     
       2.4. 
       Vergunninghoudster heeft de aanvraag bij brief van 15 februari 2021 aangevuld. 
       
     
     
       2.5. 
       Verweerder heeft vergunninghoudster bij e-mailbericht van 4 maart 2021 aanvullende vragen gesteld. 
       
     
     
       2.6. 
       Vergunninghoudster heeft desgevraagd bij brief van 11 maart 2021 de aanvraag aangevuld en tevens een actueel rapport “Ecologische effectanalyse militaire vliegactiviteiten Deel 2” overgelegd. 
       
     
     
       2.7. 
       
         Verweerder heeft op 27 april 2021 een ontwerpbesluit tot het verlenen van de gevraagde natuurvergunning voor de vliegbasis Leeuwarden genomen. 
         Verweerder heeft dit ontwerpbesluit gepubliceerd in de Staatscourant van 26 april 2021 (Stcrt. 2021-20721). Het ontwerpbesluit heeft ter inzage gelegen in de periode van 28 april tot en met 8 juni 2021. 
       
       
     
     
       2.8. 
       
         Eiseressen sub 1 hebben een pro forma-zienswijze, gericht tegen het ontwerpbesluit, bij verweerder ingediend. De zienswijze is bij brief van 26 juni 2021 aangevuld. 
         Eiseres sub 2 heeft bij brief van 26 juni 2021 een zienswijze, gericht tegen het ontwerpbesluit, bij verweerder ingediend. 
       
       
     
     
       2.9. 
       Naar aanleiding van de ingediende zienswijzen heeft verweerder een Nota van Antwoord opgesteld. 
       
     
     
       2.10. 
       Aan het bestreden besluit heeft verweerder volgende stukken ten grondslag gelegd: 
       - Voortoets “Militaire vliegactiviteiten in Nederland Fase 2, deelrapport IC CTR Leeuwarden 2018”; 
       - Voortoets “Militaire vliegactiviteiten in Nederland Fase 2, Hoofdrapport 2018”; 
       - Ecologische effectanalyse “militaire vliegactiviteiten Deel 2: Vliegbasis Leeuwarden (PB); 
       - Rapport “Beoordeling effecten van grondgebonden gebruik op Vliegbasis Leeuwarden op N-2000 gebieden en beschermde soorten”; 
       - Brief 16 februari 2021 ministerie van Defensie over aanvullingsverzoek; 
       - Rapport “NLR-CR-2020-344-Hzv-1 Stikstofdepositie luchthaven Leeuwarden”; 
       - Berekening AERIUS-bijlage 20210201142852-RmelA8imY2WM-grond ; 
       - Berekening AERIUS-bijlage 20210201133338-RSsfRFQX5qWC-LV ; 
       - Berekening AERIUS-bijlage 20210201114918-Rs293LA7j4cF-totaal ; 
       - Memo “Systematiek bepalen bestaande rechten en referentiesituatie Vliehors/ Leeuwarden”. 
       
     
   
   
     Beoordeling door de rechtbank 
     
     
       3.1. 
       De rechtbank beoordeelt de verlening van de natuurvergunning voor militaire activiteiten en burgermedegebruik op de vliegbasis Leeuwarden te Leeuwarden. Zij doet dat aan de hand van de beroepsgronden van eiseressen.  
       
     
     
       3.2. 
       De rechtbank stelt voorop de grote defensiebelangen in te zien, maar dat dit gegeven onverlet laat dat ook voor vergunninghoudster geldt dat zij over een rechtmatige natuurvergunning moet beschikken. 
       
     
     
       3.3. 
       Eiseressen zijn natuurorganisaties en kunnen zich niet verenigen met het bestreden besluit, onder meer omdat verweerder niet van de juiste referentiesituatie is uitgegaan en omdat de passende beoordeling (PB) niet voldoet aan daaraan op grond van de wet en vaste jurisprudentie te stellen eisen. 
       
     
     
       3.4. 
       De rechtbank komt tot het oordeel dat het beroep gegrond is. Het college heeft het besluit niet voldoende zorgvuldig genomen en heeft onvoldoende gemotiveerd waarom de vergunning aan vergunninghoudster verleend kon worden. Het college moet daarom een nieuw besluit op de aanvraag nemen. Hierna legt de rechtbank uit hoe zij tot dit oordeel komt en welke gevolgen dit oordeel heeft. 
       
     
     
       3.5. 
       De voor de beoordeling van het beroep belangrijke wettelijke regels en beleidsregels zijn te vinden in de bijlage bij deze uitspraak. 
       
       
         
           Overgangsrecht Omgevingswet 
         
         4.	Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur in werking getreden. Als een aanvraag om een natuurvergunning is ingediend vóór het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet, dan blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk vóór dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt.  
       
       
     
     
       4.1. 
       De aanvraag om een natuurvergunning is ingediend op 30 september 2020. Dat betekent dat in dit geval de Wnb, zoals die gold vóór 1 januari 2024, van toepassing blijft. 
       
     
   
   
     Feiten 
     
     
       
         Project 
       
       5.	De bestreden natuurvergunning is verleend voor de exploitatie van vliegbasis 
       Leeuwarden. Het project omvat de luchtgebonden en grondgebonden activiteiten. 
     
     
     
       5.1. 
       
         De luchtgebonden activiteiten bestaan uit vliegverkeer van met name F-35 
         jachtvliegtuigen en een MQ-9 (een onbemand drone vliegtuig). Op vliegbasis Leeuwarden 
         worden ook (inter)nationale oefeningen en training verzorgd waarbij vliegtuigen van andere bases of uit het buitenland tijdelijk worden gestationeerd op de vliegbasis. Het gaat om de oefeningen ‘Frisian Flag’ en de ‘Weapon Instructor Course’  (WIC). 
       
       
     
     
       5.2. 
       De grondgebonden activiteiten bestaan uit: 
       - het proefdraaien van F-35 jachtvliegtuigen (in en voor shelters); 
       - het proefdraaien van helikopters; 
       - support equipment (platformverkeer); 
       - stookinstallaties voor verwarming van gebouwen; en 
       - verkeersbewegingen op het terrein en verkeer op de ontsluitingsweg vanaf de 
       toegang tot de vliegbasis tot de N357. 
       
       
         
           Leeswijzer 
         
       
       6. De rechtbank bespreekt hierna eerst het inlassen van de zienswijze (overweging 7-7.2). Daarna bespreekt de rechtbank de vraag of verweerder uitgegaan is van de juiste referentiesituatie voor het grondgebonden- en het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis Leeuwarden (overweging 8 - 8.10). Vervolgens zal de rechtbank ingaan op de vraag of de PB voldoet aan de daaraan te stellen eisen op grond van de wet en vaste jurisprudentie. In de kern gaat het dan om de vraag of in de PB de effecten van het project vliegbasis Leeuwarden op een zorgvuldige en controleerbare wijze in kaart zijn gebracht (overweging 9 - 15.6). Vervolgens zal de rechtbank ingaan op de overige gronden met betrekking tot de PB (overweging 16). Daarna zal de rechtbank ingaan op vragen voor wat betreft de vergunning voor bepaalde tijd (overweging 17 - 17.1), de voorschriften (overweging 18), de verzochte compensatie van de natuurschade (overweging 19 - 19.2) en de doeltreffende rechterlijke voorziening (r.o. 20 - 20.2.2). Daarnaast zal de rechtbank ingaan op de verzoeken om schadevergoeding wegens schending van de redelijke termijn (overweging 21 - 21.4).Tot slot volgt een conclusie en wordt ingegaan op de proceskosten (overweging 22 - 22.1). 
       
       
         
           Inlassen zienswijze 
         
       
       7. Eiseres sub 1.a betoogt dat de inhoud van haar zienswijze van 26 juni 2021 tegen het ontwerpbesluit dient te worden beschouwd als herhaald en ingelast in haar beroepsgronden. Hetzelfde geldt volgens eiseres sub 1.b voor haar zienswijze van 22 juni 2021 tegen het ontwerpbesluit voor de Vliehors Range. 
       
     
     
       7.1. 
       Verweerder stelt zich op het standpunt dat in de Nota van Antwoord Zienswijzen gemotiveerd is ingegaan op de zienswijze van eiseres sub 1.a. Onder verwijzing naar vaste jurisprudentie van de AbRvS  is verweerder van mening dat door eiseres sub 1.a aangevoerd moet worden waarom de weerlegging van de desbetreffende zienswijze in het bestreden besluit onjuist zou zijn. Daarnaast wijst verweerder erop dat de zienswijze van eiseres sub 1.b van 22 juni 2021 betrekking heeft op een ontwerpbesluit voor een locatie op Vlieland die in dit geval niet ter beoordeling voorligt. 
       
     
     
       7.2. 
       Voor zover eiseres sub 1.a in het beroepschrift verzoekt de inhoud van haar zienswijze als herhaald en ingelast in het beroepschrift te beschouwen, overweegt de rechtbank dat in de Nota van Antwoord Zienswijzen, behorende bij het bestreden besluit, is ingegaan op deze zienswijze. Eiseres sub 1.a heeft in haar beroepschrift geen redenen aangevoerd waarom de weerlegging van de desbetreffende zienswijze in het bestreden besluit onjuist zou zijn.  Daarnaast overweegt de rechtbank dat verweerder er terecht op heeft gewezen dat de door eiseres sub 1.b ingediende zienswijze van 22 juni 2021 betrekking heeft op een ontwerpbesluit voor de Vliehors Range op Vlieland waarop het bestreden besluit niet ziet. Deze grond van eiseres sub 1.a en b slaagt niet. 
       
       
         
           Referentiesituaties 
         
       
       8. Aan het bestreden besluit heeft verweerder ten grondslag gelegd dat op de Europese referentiedatum voor de grondgebonden activiteiten een toestemming bestond die gevormd werd door de geluidszone, zoals vastgelegd in de vergunning op grond van de Wet geluidhinder (Wgh) van 1 juli 1993. Deze vergunning bevat een geluidszone van 50 dB(A). In de beschikking op grond van de Wet milieubeheer (Wm) van 14 juni 2001 zijn geen beperkingen opgenomen voor stikstofemissies vanwege proefdraaien, support equipment, verbrandingsinstallaties en wegverkeer ten opzichte van de situatie in 1994. Met deze beschikking is de vastgelegde geluidzone van 50 dB(A) bestendigd en daarmee is de vastgelegde geluidszone in 2001 te beschouwen als de referentiesituatie. Bij beschikking van 5 september 2019 is het proefdraaien van de F-35 jachtvliegtuigen ten opzichte van het  toegestane gebruik in 1994 beperkt. De referentiesituatie voor de grondgebonden activiteiten wordt gevormd door de beschikking op grond van de Wm van 14 juni 2001 en de beschikking milieuneutrale verandering van 5 september 2019. Verder heeft verweerder voor wat betreft de luchtgebonden activiteiten aan het bestreden besluit ten grondslag gelegd dat op de Europese referentiedatum een toestemming bestond die gevormd werd door de geluidscontour, zoals vastgesteld op 22 maart 1993, waarmee de geluidhinder maximaal  
       35 Kosteneenheden (Ke) mocht bedragen rondom de vliegbasis. Met het Luchthavenbesluit Leeuwarden van 3 mei 2013 is de 35 Ke­contour rondom de vliegbasis bestendigd, en is het aantal recreatieve vluchten beperkt tot 6.000 per jaar. Daarmee legt het Luchthavenbesluit een beperking (maximaal 6000 recreatieve vluchten per jaar) op ten aanzien van de 35 Ke-contour die op 22 maart 1993 was vastgesteld. Het aantal militaire vluchten kent geen beperking in aantal en is (indirect) beperkt via de 35 Ke-contour. Deze geluidscontour bepaalt daarmee de referentiesituatie, ook wat betreft stikstofdepositie. Daarmee is de vastgelegde geluidscontour in 2013 te beschouwen als de referentiesituatie. 
       
       
         8.1.1. 
         Eiseressen sub 1 betogen dat de referentiesituatie in dit geval onjuist is vastgesteld. In dit verband voeren eiseressen sub 1 aan dat de geluidzone van 50 dB(A) en de geluidcontour van 35 Ke betrekking hebben op geluid en niet een directe koppeling met stikstof hebben. Daarnaast wijzen eiseressen sub 1 op de uitspraken van de rechtbank Oost-Brabant van 8 december 2021 inzake de Amercentrale  en van 21 januari 2022 inzake Rendac.  Bepalend is welke activiteiten in de referentiesituatie daadwerkelijk zijn uitgevoerd. Daarbij komt in de visie van eiseressen sub 1 dat de milieuvergunning van 14 juni 2001 al opgevolgd had moeten zijn door een nieuwe omgevingsvergunning. Gelet daarop dient volgens eiseressen sub 1 op grond van de uitspraken van de rechtbank Oost-Brabant minimaal beoordeeld te worden met welke maatregelen de stikstofdepositie op de natuurgebieden kan dalen. Dat is ten onrechte niet gebeurd, aldus eiseressen sub 1. Eiseressen sub 1 betogen verder dat er veel te veel stikstofemissie als “verworven recht” is genoteerd door vergunninghoudster. In dit verband wijzen eiseressen sub 1 op het door hen overgelegde overzicht van de wettelijke 35 Ke-geluidcontour en de benutte geluidsruimte in de jaren 2013, 2018 en 2019. In de visie van eiseressen sub 1 volgt daaruit dat de geluidcontour al wordt overschreden wanneer er veel minder wordt gevlogen dan volgens vergunninghoudster maximaal is toegestaan. Volgens eiseressen sub 1 zijn met de komst van de F-35 en de vier MQ-9 alle bestaande militaire activiteiten van de F-16’s dusdanig veranderd, dat geen sprake meer kan zijn van bestaand gebruik. De (destijds) bestaande militaire activiteiten zijn daarnaast niet helder vastgelegd, aldus eiseressen sub 1. 
         
       
       
         8.1.2. 
         
           Eiseres sub 2 betoogt dat verweerder ten onrechte uitgaat van de situatie sinds 2013 op basis van bestaande rechten. In dit verband wijst eiseres sub 2 erop dat Nederland vanaf  
           2 april 1979 (ten aanzien van de Vogelrichtlijn) en 21 mei 1991 (ten aanzien van de Habitatrichtlijn) gebonden was aan de in de richtlijnen opgenomen beschermingsregimes. In de visie van eiseres sub 2 had op dat moment toestemming voor militaire vliegactiviteiten moeten worden aangevraagd, maar is dat niet gebeurd. Daaruit volgt volgens eiseres sub 2 dat er geen bestaande rechten zijn. Eiseres sub 2 betoogt verder dat verweerder de aanvraag om natuurvergunning onjuist heeft beoordeeld. In dit verband voert eiseres sub 2 aan dat uit jurisprudentie van het Hof van Justitie van de Europese Unie (het Hof)  en Nederlandse rechters  volgt dat ongebruikte “gebruiksruimte” vervalt en dat het niet zonder meer is toegestaan om terug te vallen op toestemmingen voor projecten die zijn verleend zonder passend te zijn beoordeeld. Daarnaast betoogt eiseres sub 2 dat niet intern kan worden gesaldeerd met rechten die zouden bestaan op het moment van inwerkingtreding van de Hrl en de Vogelrichtlijn, dan wel op basis van de vergunningen uit 2003 en 2013. In dit verband wijst eiseres sub 2 erop dat het aantal operationeel inzetbare F-16 vliegtuigen in de periode 1992-2018 sterk is teruggebracht. Gelet daarop zou de referentieperiode in de visie van eiseres sub 2 dienen te worden bepaald op de laatste drie tot vijf jaar van die periode van teruggang in het aantal vluchten, de datum van uitspraak van het Hof in de PAS-zaak  of de datum van aankomst van de eerste F-35 op vliegbasis Leeuwarden. 
         
         
       
     
     
       8.2. 
       Verweerder stelt zich op het standpunt dat de referentiesituatie in dit geval op juiste wijze is vastgesteld. Verweerder wijst erop dat de Europese referentiedatum de datum is waarop artikel 6 van de Hrl van toepassing werd op Natura 2000-gebieden (in samenhang gelezen met artikel 7 van de Hrl voor zover het gaat om Vogelrichtlijngebieden). De vroegste Europese referentiedatum is 10 juni 1994. In tegenstelling tot hetgeen eiseres sub 2 aanvoert, waren de gebiedsbeschermingsregimes van de Vogelrichtlijn en Hrl op 2 april 1979 en 21 mei 1991 niet van toepassing op de betrokken Natura 2000-gebieden. Op die data was het dan ook niet mogelijk om een natuurvergunning aan te vragen voor vliegbasis Leeuwarden. Dat was op 10 juni 1994 echter ook niet nodig, omdat het op de referentiedatum toegestane gebruik werd voortgezet. Het toegestane gebruik op de referentiedatum - voor zover dat later niet is beperkt - is de referentiesituatie, ook wel “de bestaande rechten”. Het Luchthavenbesluit uit 2013 bestendigt de geluidcontour die gold op de referentiedatum. Uit jurisprudentie van de AbRvS  volgt dat niet de feitelijke situatie van belang is voor de referentiesituatie, maar het toegestane gebruik. Het toegestane gebruik wordt afgebakend door de 50 dB(A) geluidzone en de milieuneutrale wijziging (grondgebonden gebruik) en de 35 Ke-geluidzone (luchtgebonden gebruik). Binnen de 35 Ke-geluidzone wordt een realistische vlootmix gemodelleerd, aan de hand waarvan de stikstofdepositie in de referentiesituatie kan worden bepaald. Er is geen directe koppeling tussen geluid en stikstof, maar de omvang van de stikstofdepositie in de referentiesituatie kan er wel uit worden afgeleid. Voor zover eiseres sub 2 verwijst naar twee arresten van het Hof, is verweerder van mening dat daaruit niet volgt dat ongebruikte “gebruiksruimte” vervalt. Rechtsoverweging 85 van het PAS-arrest uit 2018 gaat over artikel 6, tweede lid, van de Hrl (de verplichting om passende maatregelen te treffen), terwijl de bestreden natuurvergunning is verleend op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl. Het arrest uit 2022 gaat niet over Natura 2000-gebieden of de Hrl, maar over broeikasgasemissie-rechten. Daarvoor geldt een ander juridisch stelsel. De genoemde uitspraken van de rechtbank Oost-Brabant wijken af van de vaste jurisprudentie van de AbRvS dat de referentiesituatie wordt gevormd door het toegestane gebruik. In de referentiesituatie zijn alle onderdelen van vliegbasis Leeuwarden gerealiseerd. Op de Europese referentiedatum kon er worden proefgedraaid, getaxied, gevlogen met jachtvliegtuigen en werden gebouwen verwarmd. Eiseressen wijzen erop dat er in de periode 1992 tot en met 2018 minder luchtgebonden gebruik was dan op de Europese referentiedatum was toegestaan. Dat vormt echter - ook volgens de rechtbank Oost-Brabant - geen beperking van de referentiesituatie, omdat het mogelijk was om het luchtgebonden gebruik weer uit te breiden, zonder dat daarvoor een natuurvergunning of omgevingsvergunning nodig was. Het feitelijk gebruik van vliegbasis Leeuwarden is niet relevant voor de referentiesituatie. Het gaat om het toegestane gebruik op grond van - in dit geval - een milieuvergunning of geluidzone. Daarbij is het tijdsverloop sinds verlening van de toestemming niet relevant.  
       
     
     
       8.3. 
       Een natuurvergunning is verplicht als een activiteit zoals hier aan de orde, afzonderlijk of in samenhang met andere projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. Dit staat in artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb. Op het moment dat de natuurvergunning aan vergunninghoudster werd verleend, was het vaste rechtspraak dat de gevolgen van de voorgenomen activiteit mochten worden bezien in relatie tot de gevolgen van de bestaande vergunde situatie bij beantwoording van de vraag of op voorhand kan worden uitgesloten dat een project significante gevolgen kan hebben (intern salderen met de referentiesituatie).  
       
     
     
       8.4. 
       In twee uitspraken van 18 december 2024  heeft de AbRvS haar rechtspraak over intern salderen gewijzigd. Die wijziging houdt kort gezegd in dat de referentiesituatie niet meer mag worden betrokken bij de vraag of significante gevolgen van een project op voorhand zijn uitgesloten. Dat betekent niet dat de referentiesituatie geen enkele rol meer speelt bij de beoordeling van de gevolgen van een project. Intern salderen met de referentiesituatie mag nog wel als mitigerende maatregel worden betrokken in de passende beoordeling van de gevolgen van een activiteit. Dat kan als voldaan wordt aan de daarvoor geldende voorwaarden, waaronder het additionaliteitsvereiste. Dit vereiste houdt in dat een maatregel die naar zijn aard ook als instandhoudingsmaatregel of passende maatregel zou kunnen worden ingezet, als mitigerende maatregel in een passende beoordeling kan worden betrokken als deze maatregel niet nodig is krachtens artikel 6, eerste of tweede lid, van de Hrl. 
       
     
     
       8.5. 
       De referentiesituatie die bij intern en extern salderen kan worden ingezet, wordt ontleend aan de natuurvergunning voor de toegestane activiteit op de locatie waarop de voorgenomen activiteit is voorzien. Bij het ontbreken van een natuurvergunning wordt de referentiesituatie ontleend aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum. De referentiedatum is de datum waarop artikel 6 van de Hrl van toepassing werd op het betrokken Natura 2000-gebied. Voor gebieden die ter uitvoering van de Vogelrichtlijn  zijn aangewezen, is de referentiedatum 10 juni 1994, tenzij een gebied later is aangewezen. Voor gebieden die ter uitvoering van de Hrl zijn aangewezen, is de referentiedatum voor de gebieden die in deze zaak van belang zijn 7 december 2004. Wanneer na de referentiedatum een toestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen voor Natura 2000-gebieden dan de activiteit die op de referentiedatum was toegestaan, dan geldt die latere toestemming als referentiesituatie. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd . 
       
     
     
       8.6. 
       In het aanwijzingsbesluit van de vliegbasis Leeuwarden als militair luchtvaartterrein uit 1960 waren geen beperkingen aan het gebruik gesteld. In 1986 is in de planologische kernbeslissing Structuurschema Militaire Terreinen-1 (hierna: het SMT-1) een indicatieve Ke-geluidscontour vastgelegd. Op grond van de Luchtvaartwet is op 22 maart 1993 een geluidszone ingesteld. Voor de vliegbasis Leeuwarden gold per die datum ook van rechtswege een geluidszone op grond van de Wgh. Op 10 juni 1994 was voor de vliegbasis Leeuwarden ook een vergunning op grond van de Hinderwet van kracht. Op 14 juni 2001 is een revisievergunning milieu verleend voor de grondgebonden activiteiten van de vliegbasis Leeuwarden. In 2005 is een algehele herziening van het SMT-1 vastgesteld: SMT-2.  
       
     
     
       8.7. 
       
         De Hinderwetvergunning vormt mede een toestemming als bedoeld in overweging 8.5 voor het luchtgebonden gebruik van deze vliegbasis, maar biedt geen inzicht in de exacte begrenzing van dit gebruik. Met de planologische kernbeslissing SMT-1 is evenwel de toestemming voor het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis begrensd door middel van geluidscontouren. Deze contouren golden ten tijde van de vroegste referentiedatum op  
         10 juni 1994 en vormden de toegestane begrenzing voor het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis. Het SMT-1 kan naar het oordeel van de rechtbank dienen als uitgangspunt voor de beoordeling van de gevolgen van het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis ten tijde van de referentiesituatie voor de betrokken Natura 2000-gebieden. 
       
       
     
     
       8.8. 
       In het SMT-1 zijn geluidszones opgenomen die als doel hebben om de activiteiten van de vliegbasis te begrenzen met het oog op de geluidhinder van het vliegverkeer in de omgeving van de vliegbasis. Deze contouren creëren binnen de zogeheten controlzone (CRT) die door de luchtverkeersleiding van de vliegbasis wordt beheerst, een begrenzing van het vliegverkeer doordat de geluidsproductie op steeds groter wordende afstanden van de basis steeds lager dient te zijn. Dit is relevant tot een vlieghoogte van 3.000 voet, de hoogte vanaf waar het type vliegtuigen waarmee van en naar de vliegbasis Leeuwarden wordt gevlogen geen verstorende invloed meer heeft. 
       
     
     
       8.9. 
       Ook in SMT-2 zijn geluidscontouren op basis van Ke weergegeven. Deze contouren zijn beperkter dan de contouren uit het SMT-1.  Dit betekent dat het toegestane gebruik van de vliegbasis in zoverre is beperkt. In samenhang met hetgeen hiervoor is overwogen onder 8.5 betekent dit naar het oordeel van de rechtbank dat de Ke-contouren van het SMT-2 dienen als referentie voor het maximaal toegestane gebruik. Niet is gebleken dat het feitelijke gebruik een overschrijding oplevert van de contouren in het SMT-2. Dit brengt met zich dat verweerder zich terecht op het standpunt heeft gesteld dat voor wat betreft het luchtgebonden gebruik van de vliegbasis Leeuwarden de referentiesituatie op een juiste wijze is bepaald. In de genoemde uitspraken van de AbRvS van 18 december 2024 is overwogen dat in het geval dat de onderdelen van de milieuvergunning zijn gerealiseerd en niet structureel buiten gebruik zijn gesteld, de gevolgen van de vergunde situatie als uitgangspunt kunnen worden genomen. De feitelijke invulling van de onderdelen is niet relevant.  Gelet hierop heeft verweerder zich naar het oordeel van de rechtbank terecht op het standpunt gesteld dat mag worden uitgegaan van de vergunde situatie. Daarbij heeft verweerder in aanmerking kunnen nemen dat alle onderdelen van de vliegbasis Leeuwarden zijn gerealiseerd en in gebruik waren ten tijde van het bestreden besluit, en niet structureel buiten gebruik waren. Dit betekent dat het betoog van eiseressen dat er in de periode van 1992 tot en met 2018 minder luchtgebonden gebruik was dan op de Europese referentiedatum niet tot de conclusie leidt dat de referentiesituatie is beperkt tot het aantal vluchten dat in die periode is gevlogen. Deze grond van eiseressen slaagt niet. 
       
     
     
       8.10. 
       Naar het oordeel van de rechtbank heeft verweerder zich met betrekking tot de referentiesituatie voor het grondgebonden gebruik van de vliegbasis Leeuwarden eveneens terecht op het standpunt gesteld dat de wijze waarop die is vastgesteld juist is. Verweerder heeft voor de bepaling van die referentiesituatie terecht verwezen naar de geluidzone van 50 dB(A) op grond van artikel 59 van de Wgh die gold op 10 juni 1994, de revisievergunning van 14 juni 2001 en een milieuneutrale wijziging van 5 september 2019. Met die milieuneutrale wijziging is het proefdraaien met de jachtvliegtuigen F-35 beperkt. Gelet daarop heeft verweerder zich terecht op het standpunt gesteld dat de referentiesituatie voor het grondgebonden gebruik van vliegbasis Leeuwarden wordt gevormd door de geluidzone uit 1993 en de milieuneutrale wijziging uit 2019. In hetgeen eiseressen naar voren hebben gebracht, ziet de rechtbank geen grond voor een ander oordeel. Dit betekent dat verweerder bij het bepalen van de referentiesituatie van de juiste uitgangspunten en methodiek is uitgegaan. Deze grond van eiseressen slaagt niet. 
       
       
         
           PASSENDE BEOORDELING 
         
       
       
       
         
           Beschikt verweerder over voldoende informatie om de beoordeling te kunnen maken? 
         
         9.	De rechtbank stelt voorop dat uit de genoemde uitspraken van de AbRvS van 18 december 2024 volgt dat bij de wijziging van een bestaand project waardoor niet langer sprake is van de voortzetting van een-en-hetzelfde project of de realisering van een geheel nieuw project, eerst moet worden bezien of op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten dat het nieuwe project op zichzelf (inclusief standaardonderdelen in het ontwerp van het nieuwe project, maar zonder daarbij mitigerende maatregelen, waaronder intern salderen te betrekken), significante gevolgen heeft voor het Natura 2000-gebied. Indien significante gevolgen niet op voorhand kunnen worden uitgesloten, ontstaat gelet op artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb een vergunningplicht en zal een passende beoordeling moeten worden gemaakt, waaruit de zekerheid wordt verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied niet zal aantasten. De gevolgen die zijn toe te rekenen aan een bestaande vergunde situatie kunnen – onder voorwaarden – als mitigerende maatregel in de passende beoordeling worden betrokken. 
         Verder volgt uit de genoemde uitspraken van de AbRvS van 18 december 2024 dat in de natuurvergunning voor een project waaraan een passende beoordeling ten grondslag ligt waarin intern salderen als mitigerende maatregel is betrokken, gemotiveerd moet worden dat het behoud van de staat van instandhouding door het treffen van instandhoudingsmaatregelen is gewaarborgd, dan wel dat het herstel van de staat van instandhouding mogelijk blijft (het additionaliteitsvereiste). 
         Tot slot volgt uit de genoemde uitspraken van de AbRvS van 18 december 2024 dat de wijziging van de rechtspraak over intern salderen direct van toepassing is in lopende natuurvergunningprocedures en dus ook in toekomstige natuurvergunningprocedures. 
         De wijziging van de rechtspraak over intern salderen betekent dat de grondgebonden en luchtgebonden activiteiten onderdeel uitmaken van het project vliegbasis Leeuwarden en in zijn geheel moeten worden beoordeeld in de passende beoordeling (PB). 
       
       
     
     
       9.1. 
       
         Eiseressen sub 1 plaatsen kanttekeningen bij het feit dat vergunninghoudster informatie als staatsgeheim aanmerkt of van vitaal belang verklaart. Allereerst is het geheimhouden van gegevens over stikstofemissies volgens eiseressen sub 1 niet toegestaan op grond van artikel 34 van het Besluit militaire luchthavens. Ten tweede kan verweerder zich volgens eiseressen sub 1 niet op het standpunt stellen dat er geen significante negatieve effecten op de natuur zullen zijn, aangezien verweerder informatie over het aantal vliegbewegingen en de aard van de vliegtuigen (onder andere motorvermogen) van vergunninghoudster niet heeft mogen ontvangen. Ten derde is het gebrek aan transparantie over de milieugegevens in de visie van eiseressen sub 1 in strijd met het Verdrag van Aarhus.  
         Eiseres sub 2 betoogt dat vergunninghoudster geen beroep op geheimhouding uit hoofde van staatsgeheim/vitale gegevens kan doen, omdat zij zelf de gegevens over aantallen vluchten en specificatie naar vliegtuigtypes openbaar heeft gemaakt. 
       
       
     
     
       9.2. 
       
         Verweerder stelt zich op het standpunt dat in Appendix B van het NLR-rapport uit februari 2021 is toegelicht hoe de emissies van het vliegverkeer met behulp van de NLR- rekentool LEAS-iT zijn berekend. De gegevens die niet geheim zijn worden wel vermeld, aldus verweerder. Verweerder wijst erop dat op bladzijde 4 van het bestreden besluit is toegelicht welke gegevens geclassificeerd zijn. Het gaat dan om de concrete prestatieprofielen van de militaire luchtvaartbewegingen, de vliegbewegingen per vliegtuigtype en emissiegegevens. Het aantal sorties per vliegtuigtype wordt overigens wel bekend gemaakt, zoals ook blijkt uit het beroepschrift. Dit is in de visie van verweerder in lijn met artikel 34 van het Besluit militaire luchthavens. Volgens verweerder is dit evenmin in strijd met het Verdrag van Aarhus, omdat toegang tot milieu-informatie kan worden beperkt indien de bekendmaking een nadelige invloed zou hebben op nationale defensie (zie artikel 4, vierde lid, onder b, van het Verdrag van Aarhus). Verder wijst verweerder erop dat getoetst is of de beoogde situatie binnen de referentiesituatie past. Daarvoor waren voldoende gegevens voorhanden, aldus verweerder. Zolang de militaire activiteiten van vliegbasis Leeuwarden binnen de geluidscontouren blijven, is het volgens verweerder zeker dat de stikstofdepositie lager is dan de toegestane depositie in de referentiesituatie. Dat laten 
         de Aerius-berekeningen ook zien. Dit wordt in de visie van verweerder verklaard door het feit dat de F-35 meer geluid maakt, waardoor minder vliegtuigbewegingen mogelijk zijn. 
         Verweerder ziet overigens niet in wat het verwijt van eiseres sub 2 concreet is. Eiseres sub 2 heeft verweerder niet verzocht om bepaalde gegevens te ontvangen om het bestreden besluit beter te begrijpen. Zij stelt slechts dat vergunninghoudster de al openbaar gemaakte gegevens niet geheim kan houden.  
       
       
     
     
       9.3. 
       De rechtbank overweegt dat uit vaste jurisprudentie van het Hof en de AbRvS de navolgende uitgangspunten kunnen worden afgeleid waaraan het onderzoek in het kader van een PB onder meer dient te voldoen: 
       - het onderzoek dient betrekking te hebben op alle soorten en habitattypen waarvoor het Natura 2000-gebied is aangewezen; 
       - het onderzoek dient betrekking te hebben op de gevolgen van het maximale gebruik van de aangevraagde/vergunde activiteit. 
       Over deze vereisten heeft het Hof in het arrest van 7 september 2004  overwogen dat in een PB op basis van de beste wetenschappelijke kennis ter zake, alle aspecten van het plan of het project die op zichzelf of in combinatie met andere plannen of projecten de instandhoudingsdoelstellingen van dit gebied in gevaar kunnen brengen, moeten worden geïnventariseerd. Dit betekent dat alle mogelijke effecten van de vergunde activiteit in een passende beoordeling moeten worden bezien teneinde te kunnen beoordelen of is verzekerd dat de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied niet worden aangetast door die activiteit. 
       
       
         9.3.1. 
         Verder dient uit vaste jurisprudentie van de AbRvS  te worden afgeleid dat een bestuursorgaan op het advies van een deskundige mag afgaan, nadat het is nagegaan of dit advies op zorgvuldige wijze tot stand is gekomen, de redenering daarin begrijpelijk is en de getrokken conclusies daarop aansluiten. Deze zogeheten vergewisplicht is neergelegd in artikel 3:9 van de Awb voor een uit de wet voortvloeiende adviseur en volgt uit artikel 3:2 van de Awb voor andere adviseurs. Als een partij concrete aanknopingspunten voor twijfel aan de zorgvuldigheid van de totstandkoming van het advies, de begrijpelijkheid van de in het advies gevolgde redenering of het aansluiten van de conclusies daarop naar voren heeft gebracht, mag het bestuursorgaan niet zonder nadere motivering op het advies van de door hem geraadpleegde deskundige afgaan. Zo nodig vraagt het bestuursorgaan de adviseur een reactie op hetgeen een partij ten aanzien van het advies heeft aangevoerd.  
         
       
     
     
       9.4. 
       Op grond van artikel 4, vierde lid, aanhef en onder b, van het Verdrag van Aarhus kan een verzoek om milieu-informatie worden geweigerd indien de bekendmaking een nadelige invloed zou hebben op: internationale betrekkingen, nationale defensie of openbare veiligheid. 
       
       
         9.4.1. 
         Op grond van artikel 34 van het Besluit militaire luchthavens (Bml) zijn met betrekking tot de geluidsbelasting door militaire luchtvaartuigen de prestatiegegevens met bijbehorend geselecteerd motorvermogen van die luchtvaartuigen niet openbaar. 
         
       
       
         9.4.2. 
         
           In het bestreden besluit is met betrekking tot geclassificeerde gegevens het navolgende vermeld: 
           “Bij uw aanvraag geeft u aan dat een deel van de gebruikte gegevens gerubriceerd is. Dat betekent dat voor de aanvraag informatie is gebruikt die als staatsgeheim of van vitaal belang is verklaard. Die gegevens heeft u ook niet bij de aanvraag opgenomen. Het betreft de volgende gegevens: het aantal vliegbewegingen per vliegtuigtype; emissiegegevens in de beoogde situatie; resultaten die (in)direct terug te rekenen zijn tot niet-openbare data en prestatieprofielen van vliegend materieel.  
           Voor het berekenen van de emissies van luchtgebonden activiteiten heeft u een verkeersscenario opgesteld. Een verkeersscenario beschrijft onder andere het aantal vliegtuigbewegingen, de vliegprocedure, de gebruikte start- en landingsbaan, de gebruikte vliegroute en welke vliegtuigtypes aan de orde zijn. U geeft in de aanvraag aan dat deze gegevens niet altijd openbaar zijn en verwijst naar artikel 34 van het Besluit militaire luchthavens, waarin de openbaarheid van gegevens zijn opgenomen. Ik deel uw conclusie dat bij het opstellen van verkeersscenario's militaire gegevens in het geding zijn.” 
         
         
       
     
     
       9.5. 
       De rechtbank overweegt dat het feit dat bepaalde informatie niet openbaar is niet afdoet aan de wettelijke verplichting om die informatie over te leggen in het kader van de beoordeling van een vergunningaanvraag. In dit kader stelt verweerder zich op het standpunt dat in Appendix B van het NLR-rapport uit februari 2021 is toegelicht hoe de emissies van het vliegverkeer met behulp van de NLR-rekentool LEAS-iT zijn berekend en dat er geen aanleiding bestond om te twijfelen aan de inhoud van het NLR-rapport. Gelet hierop ziet de rechtbank zich gesteld voor de vraag of verweerder het ontbreken van significante effecten van geluid, stikstofoxiden (NOx), zwaveldioxide (SO2) en fijnstof van het project op juiste wijze heeft kunnen beoordelen zonder kennis te hebben genomen van de specifieke geclassificeerde gegevens. De rechtbank is van oordeel dat het niet evident is dat op voorhand kan worden uitgesloten dat een verandering van de vlootmix van de gebruikte vliegtuigen en helikopters tot significante effecten voor wat betreft geluid, NOx, SO2 en fijnstof in de betreffende Natura 2000-gebieden zal kunnen leiden. Dit brengt naar het oordeel van de rechtbank met zich dat de beoordeling van het ontbreken van die significante effecten door verweerder zonder daarbij kennis te hebben genomen van de geclassificeerde gegevens onvolledig is. Dit klemt te meer nu op de zitting is gebleken dat verweerder in het geheel niet beschikte over de geclassificeerde gegevens. Daarbij heeft de gemachtigde van verweerder ter zitting toegelicht dat een werkwijze denkbaar is waarbij een gescreende medewerker de geclassificeerde gegevens inziet, maar dat daarvan in dit geval geen gebruik is gemaakt. Weliswaar heeft verweerder als gangbaar uitgangspunt een vergelijking gemaakt tussen de beoogde situatie en de referentiesituatie aan de hand van de geluidscontour 45 dB(A) Lden-contour, maar dit brengt naar het oordeel van de rechtbank niet met zich dat in dit geval inzichtelijk is gemaakt welke effecten een worst case-scenario (het volvliegen van de hiervoor genoemde geluidscontour met F-35’s) heeft. In dit verband acht de rechtbank van belang dat het geluid en de stikstofemissie van de F-16’s zijn omgerekend naar F-35’s zonder dat de geclassificeerde gegevens inzichtelijk zijn, zodat niet valt te verifiëren of de vermindering van het aantal vliegbewegingen met de F-35 tot een daadwerkelijke reductie van de stikstofemissie en -depositie zal leiden. Niet valt immers na te gaan of de F-35 daadwerkelijk meer of minder stikstof uitstoot dan de F-16 en of de vermindering van het aantal vliegbewegingen met de F-35 zorgt voor de gestelde verdiscontering. Door verweerder is dit, mede door het ontbreken van inzage in de geclassificeerde gegevens, niet nader geconcretiseerd en onderbouwd, zodat het bestreden besluit in strijd met het zorgvuldigheidsbeginsel, als bedoeld in artikel 3:2 van Awb, tot stand is gekomen. Dit brengt naar het oordeel van de rechtbank met zich dat de effecten van het project niet op een zorgvuldige en controleerbare wijze in kaart zijn gebracht door verweerder.  
       
       
         9.5.1. 
         Daarbij komt dat verweerder zonder zich te vergewissen van de geclassificeerde gegevens zich op het standpunt stelt dat er voor wat betreft de stikstofdepositie sprake is van intern salderen. De rechtbank stelt echter vast dat verweerder in het bestreden besluit in het geheel niet heeft getoetst aan het additionaliteitsvereiste. Dit brengt met zich dat eiseressen terecht betogen dat door verweerder niet is vastgesteld dat de staat van instandhouding van de getroffen Natura 2000-gebieden zodanig gunstig is dat de mitigerende maatregel (intern salderen) niet nodig is voor de inzet ten behoeve van artikel 6, eerste lid, van de Hrl (behoud en herstel) of artikel 6, tweede lid, van de Hrl (voorkomen van verslechtering) van de betreffende Natura 2000-gebieden. Dit betekent dat de door verweerder verrichte beoordeling in het kader van intern salderen niet in overeenstemming is met de gewijzigde rechtspraak. Naar het oordeel van de rechtbank is het bestreden besluit in strijd met het zorgvuldigheidsbeginsel, als bedoeld in artikel 3:2 van de Awb, en het motiveringsbeginsel, als bedoeld in artikel 3:46 van de Awb, tot stand gekomen. De beroepen van eiseressen zijn al om deze reden gegrond en het bestreden besluit komt voor vernietiging in aanmerking. 
         
         
           10.	Hoewel hiermee kan worden volstaan, ziet de rechtbank aanleiding om vanwege proceseconomische redenen inhoudelijk in te gaan op enkele andere gronden van het beroep. De rechtbank overweegt daartoe als volgt. 
         
         
         
           
             Is het project juist afgebakend met CTR en de maximale vlieghoogte van 3.000 voet? 
           
         
       
     
     
       11.1. 
       Eiseressen betogen dat het effectgebied op een bijzondere manier wordt afgebakend. In dit verband voeren eiseressen sub 1 aan dat buiten de CTR de vliegbewegingen niet meer vanaf een vliegveld worden gereguleerd, maar door de algemene militaire luchtverkeersleiding. In de visie van eiseressen sub 1 is echter niet van belang wie invloed heeft op de vliegbewegingen, maar wat het effectgebied is van de militaire vliegbewegingen die een relatie hebben met de vliegbasis. Daarnaast wijzen eiseressen erop dat verweerder er ten onrechte vanuit is gegaan dat de gevolgen van vliegbewegingen boven de 3.000 voet niet meer aan het project zijn toe te rekenen.  
       
     
     
       11.2. 
       Met verweerder is de rechtbank van oordeel dat de CTR bepaalt in hoeverre vliegtuigbewegingen aan een luchthaven zijn toe te rekenen. De CTR is vergelijkbaar met het heersend verkeersbeeld, in die zin dat verkeersbewegingen worden toegerekend aan een project, totdat het wegverkeer in het zogenoemde heersende verkeersbeeld opgaat. Hieruit volgt dat verweerder zich terecht op het standpunt heeft gesteld dat de effecten van luchtvaartuigen buiten de CTR van vliegbasis Leeuwarden niet meer zijn toe te rekenen aan de vliegbasis. In hetgeen eiseressen met betrekking tot de CTR naar voren hebben gebracht, ziet de rechtbank geen aanleiding om tot de conclusie te komen dat verweerder voor wat betreft de beoordeling van de emissie en depositie van stikstof vanwege dit project is uitgegaan van een onjuist uitgangspunt, voor zover die beoordeling beperkt blijft tot 3.000 voet (914 meter). Daarbij heeft verweerder naar het oordeel van de rechtbank kunnen betrekken dat naar analogie van de jurisprudentie met betrekking tot het heersende verkeersbeeld de vliegbewegingen tot 3.000 voet (914 meter) aan dit project kunnen worden toegerekend. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat uit onderzoek van het Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (hierna: het RIVM) en TNO volgt dat de hoogte van 3.000 voet (914 meter) internationaal op basis van gemaakte afspraken vaak gebruikt wordt bij het berekenen van de uitstoot van stikstof door vliegtuigen. Verder blijkt uit dit onderzoek dat rond deze hoogte de scheiding is tussen twee lagen in de atmosfeer, de menglaag en de vrije atmosfeer, waartussen weinig uitwisseling van stoffen is. Stoffen die vliegtuigen uitstoten boven deze hoogte kunnen het aardoppervlak bereiken, maar vaak pas veel later en verspreid over een groot gebied, vaak ook buiten Nederland. Van het vliegverkeer van en naar Nederlandse luchthavens dat hoger vliegt dan 3.000 voet is de neerslag in Natura 2000- gebieden relatief beperkt. Uit onderzoek van de commissie m.e.r. en het RIVM volgt dat deze bijdrage ongeveer 0,01% bedraagt. Gelet hierop bestaat naar het oordeel van de rechtbank geen aanleiding om te twijfelen aan de door verweerder gehanteerde uitgangspunten voor wat betreft de beoordeling van uitstoot van stikstof vanwege dit project. Deze grond van eiseressen slaagt niet. 
       
       
         
           Zijn de stiltegebieden terecht buiten de beoordeling gelaten? 
         
         12.	Eiseressen sub 1 betogen dat in het rapport van Bureau Waardenburg van 8 maart 2021 ten onrechte geen rekening is gehouden met de aangewezen stiltegebieden en het feit dat de F-35 veel meer geluid en laagfrequenter geluid produceert dan de F-16. 
       
       
     
     
       12.1 
       Verweerder stelt zich op het standpunt dat stiltegebieden worden aangewezen op grond van een omgevingsverordening (zie artikel 4.37 van de Omgevingsverordening Fryslân 2022). Effecten op stiltegebieden vallen volgens verweerder buiten de scope van de beoordeling van een aanvraag om een natuurvergunning. 
       
     
     
       12.2. 
       Uit artikel 2.8 van de Wnb, in samenhang gelezen met artikel 2.7 van de Wnb, volgt dat een passende beoordeling moet worden gemaakt als een plan significante gevolgen kan hebben voor Natura 2000-gebieden. Dat is het geval als een plan voorziet in een ruimtelijke ontwikkeling die ten opzichte van de referentiesituatie significante gevolgen kan hebben. Uit de wettelijke bepalingen volgt verder dat verweerder een natuurvergunning verleent als een passende beoordeling van de gevolgen voor het Natura 2000-gebied is gemaakt en uit die passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zal aantasten. 
       
     
     
       12.3. 
       De rechtbank overweegt dat mogelijke effecten van het project op aangewezen stiltegebieden op grond van de Omgevingsverordening geen onderdeel vormen van het beoordelingskader bij het verlenen van een natuurvergunning, zoals dat is neergelegd in de artikelen 2.7 en 2.8 van de Wnb. Uit deze artikelen volgt naar het oordeel van de rechtbank niet dat het door eiseressen sub 1 genoemde belang van stiltegebieden dient te worden afgewogen. Gelet op het specialiteitsbeginsel ziet de Wnb specifiek op gebieden, habitattypen en -soorten die als gebied, beschermd habitattype of beschermde soorten zijn aangewezen.  Deze grond van eiseressen sub 1 slaagt niet. 
       
       
         
           Zijn alle Natura 2000-gebieden in de beoordeling betrokken? 
         
         
           Natura 2000-gebied Alde Feanen 
         
         13.	Eiseres sub 2 voert aan dat de gevolgen voor het Natura 2000-gebied Alde Feanen vanwege dit project ten onrechte niet zijn betrokken in de PB. 
       
       
     
     
       13.1. 
       Verweerder stelt zich op het standpunt dat eiseres sub 2, blijkens haar statuten, tot doel heeft het bevorderen van duurzaam gebruik van natuur- en recreatiegebieden ten oosten van Leeuwarden (de Groote en Kleine Wielen). In de visie van verweerder kan eiseres daarom alleen opkomen voor Natura 2000-gebied de Groote Wielen. Volgens verweerder ziet de doelstelling - en dus het belang - van eiseres niet op andere Natura 2000-gebieden. De bepalingen uit de Wnb strekken er dan ook niet toe om het belang van eiseres te beschermen, voor zover het gaat om andere Natura 2000-gebieden dan de Groote Wielen, aldus verweerder. Beroepsgronden die wel betrekking hebben op andere Natura 2000-gebieden (bijvoorbeeld Alde Feanen), kunnen - gelet op het relativiteitsvereiste uit artikel 8:69a van de Awb - naar de mening van verweerder niet leiden tot vernietiging van de bestreden natuurvergunning. 
       
     
     
       13.2. 
       Het relativiteitsvereiste als vervat in artikel 8:69a van de Awb staat niet aan vernietiging in de weg, wanneer een rechtspersoon als bedoeld in artikel 1:2, derde lid, van de Awb opkomt voor collectieve belangen die zij, gelet op haar statutaire doelstelling en door haar feitelijke werkzaamheden behartigt, en die geheel of ten dele samenvallen met de belangen die de norm beoogt te beschermen. 
       
     
     
       13.3. 
       Bij de beantwoording van de vraag of het beroep strekt tot de bescherming van de belangen waarvoor eiseres sub 2 in rechte op kan komen, wordt voorop gesteld dat bij de toepassing van het relativiteitsvereiste aan de procedurele normen over het recht op inspraak een zelfstandige betekenis toekomt.  Dit betekent dat bij een belangenorganisatie die een zienswijze heeft ingediend het relativiteitsvereiste niet aan vernietiging in de weg staat bij een door haar ingeroepen procedurele norm over het recht op inspraak. Voor zover een beroep wordt gedaan op een procedurele norm die of een formeel beginsel van behoorlijk bestuur dat niet betrekking heeft op inspraak, of wanneer wordt aangevoerd dat in strijd met een materiële norm is gehandeld, staat de relativiteit wél in de weg aan vernietiging als die norm niet strekt tot bescherming van de behartigde belangen. De door eiseres sub 2 naar voren gebrachte gronden gaan niet over het inspraakrecht, maar zijn materiële beroepsgronden. Om die reden moet alsnog worden beoordeeld welke belangen eiseres sub 2 volgens haar statutaire doelstellingen in het bijzonder behartigt. 
       
     
     
       13.4. 
       Blijkens de statuten van eiseres sub 2 heeft zij tot doel om het duurzaam gebruik van natuur- en recreatiegebieden ten oosten van Leeuwarden te bevorderen. Gelet op het gegeven dat het Natura 2000-gebied Alde Feanen ten zuidoosten gelegen is van Leeuwarden, ziet de rechtbank geen aanleiding om verweerder te volgen in de stelling dat uit de statuten volgt dat eiseres sub 2 niet kan opkomen voor de collectieve belangen ten aanzien van het Natura 2000-gebied Alde Feanen. Met betrekking tot de verrichte feitelijke werkzaamheden leidt de rechtbank uit een uitspraak van 20 maart 2024 van de AbRvS  af dat in het kader van het relativiteitsvereiste naast de statutaire doelstellingen mede van belang wordt geacht of zo’n belangenorganisatie enige feitelijke werkzaamheden heeft verricht die invulling geven aan één of meer van de algemene belangen die zij volgens haar statuten behartigt. Dit betekent dat een belangenorganisatie niet kan opkomen voor de algemene belangen die zij volgens haar statuten behartigt als zij in het geheel geen feitelijke werkzaamheden heeft verricht. Het betekent niet dat een belangenorganisatie die meerdere algemene belangen behartigt alleen kan opkomen voor een specifiek algemeen belang als zij feitelijke werkzaamheden voor dat algemene belang heeft verricht. Naar het oordeel van de rechtbank is in dit geval niet gebleken dat eiseres sub 2 in het geheel geen feitelijke werkzaamheden heeft verricht ten aanzien van het Natura 2000-gebied Alde Feanen. In dit verband acht de rechtbank van belang dat de gemachtigde van eiseres sub 2 voor wat betreft de feitelijke werkzaamheden ter zitting onweersproken verduidelijkt heeft dat zij, in samenwerking met eiseressen sub 1.c en sub 1.d, overleg voert met diverse overheden en onderzoek doet naar de mogelijkheid om een ecologische verbindingszone tussen de Natura 2000-gebieden Groote Wielen en Alde Feanen te laten aanleggen. Nu er in dit geval geen sprake is van het feit dat eiseres sub 2 in het geheel geen feitelijke werkzaamheden verricht ten aanzien van het Natura 2000-gebied Alde Feanen, kan zij naar het oordeel van de rechtbank opkomen voor het specifieke algemene belang dat zij volgens haar statuten behartigt. Dit brengt met zich dat de normen van de Wnb strekken tot de bescherming van de belangen van eiseres sub 2 waarvoor zij in deze procedure kan opkomen, voor zover de gronden van beroep betrekking hebben op het Natura 2000-gebied Alde Feanen. Gelet hierop bestaat er geen aanleiding voor de rechtbank om de gronden van eiseres sub 2 ten aanzien van het Natura 2000-gebied Alde Feanen niet inhoudelijk te beoordelen. Het betoog van verweerder in die zin slaagt niet. 
       
     
     
       13.5. 
       Uit de overwegingen 9.5. en 9.5.1. volgt dat de beroepen van eiseressen gegrond zijn en dat het bestreden besluit voor vernietiging in aanmerking komt. Hieruit volgt dat verweerder opnieuw dient te beslissen op de aanvraag om natuurvergunning voor de vliegbasis Leeuwarden. Omdat verweerder zich met betrekking tot het Natura 2000-gebied Alde Feanen ten onrechte op het relativiteitsvereiste ten aanzien van eiseres sub 2 heeft beroepen en niet inhoudelijk is ingegaan op haar gronden, is de rechtbank van oordeel dat verweerder die gronden alsnog dient te betrekken bij de beoordeling en in de besluitvorming. 
       
       
         
           Zijn alle stoffen beoordeeld? 
         
         14.	Eiseres sub 2 betoogt dat geen complete beoordeling van effecten van de uitstoot van de F-35 op de beschermde natuur heeft plaatsgevonden, omdat slechts de stikstofcomponent van de uitstoot en depositie is beoordeeld. In de visie van eiseres sub 2 kan de uitstoot en depositie van koolstofdioxide (CO2), zwavelverbindingen en (ultra)fijnstof ook effect hebben op de natuurwaarden.  
       
       
     
     
       14.1. 
       Verweerder stelt zich op het standpunt dat fijnstof- en CO(2)-emissies (koolstof-monoxide en koolstofdioxide) niet behoeven te worden beoordeeld in het kader van de natuurvergunningverlening. In dit verband wijst verweerder erop dat geen aanleiding bestond om de gevolgen van fijnstof voor de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied te onderzoeken, aangezien het bij de effecten van deze stof gaat om de volksgezondheid. In dit kader acht verweerder van belang dat eiseres sub 2 niet aannemelijk heeft gemaakt dat significante gevolgen voor de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied vanwege fijnstof zijn te verwachten. Daarbij verwijst verweerder naar een uitspraak van 20 december 2023 van de AbRvS.  Verder wijst verweerder voor wat betreft koolstofmonoxide en - dioxide op het volgende. Anders dan stikstof, zorgen deze stoffen niet voor depositie. CO(2)-emissie leidt tot klimaatverandering en daarmee samenhangende problemen, maar dit is niet te relateren aan een specifiek Natura 2000- gebied, aldus verweerder. Een relatie met de instandhoudingsdoelstellingen van aangewezen natuurwaarden is volgens verweerder (al helemaal) niet te leggen. Gelet daarop is verweerder van mening dat de CO2-emissie terecht buiten beschouwing is gelaten in de bestreden natuurvergunning. Verweerder merkt verder op dat fijnstof en broeikasgassen noch in de (concept)-natuurdoelanalyse voor Natura 2000-gebied Groote Wielen, noch in het beheerplan, als drukfactoren worden genoemd.  
       
       
         14.2.1. 
         In het verweerschrift heeft verweerder (nader) toegelicht dat hij in het kader van de besluitvorming geen aanleiding heeft gezien om de gevolgen van fijnstof voor de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied te onderzoeken, aangezien het bij de effecten van fijnstof gaat om de volksgezondheid. Eiseres sub 2 heeft geen stukken overgelegd die aannemelijk maken dat significante gevolgen voor de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied vanwege fijnstof door het project zijn te verwachten. De rechtbank ziet gelet hierop geen aanknopingspunten voor het oordeel dat de uitstoot van fijnstof vanwege het project dusdanig zal zijn dat verweerder een onderzoek had moeten uitvoeren naar de gevolgen hiervan voor de natuurlijke kenmerken van de betreffende Natura 2000-gebieden.  Hetgeen door eiseres sub 2 naar voren is gebracht, geeft geen aanleiding voor een ander oordeel, aangezien dit gaat over de gevolgen van fijnstof voor de volksgezondheid en niet voor de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied. Dit brengt met zich dat de rechtbank eiseres sub 2 niet volgt in haar stelling dat er in zoverre geen complete beoordeling van effecten van de uitstoot van de F-35 op de beschermde natuur heeft plaatsgevonden. In zoverre slaagt deze grond van eiseres sub 2 niet. 
         
       
       
         14.2.2. 
         
           In het verweerschrift heeft verweerder (nader) toegelicht dat in de referentiesituatie militaire vliegactiviteiten waren toegestaan, en dus ook het verbranden van kerosine waarbij SO2 vrijkomt. Daaraan heeft verweerder toegevoegd dat in de beoogde situatie binnen de geluidcontour minder kan worden gevlogen, omdat de F-35 meer geluid produceert. Zoals uit overweging 8.10 volgt, is verweerder bij het bepalen van de referentiesituatie van de juiste uitgangspunten en methodiek uitgegaan. In hetgeen eiseres sub 2 naar voren heeft gebracht, ziet de rechtbank geen aanleiding om te twijfelen aan de stelling van verweerder dat er binnen de geluidcontour minder kan worden gevlogen met de F-35 in verband met het geluidsniveau van dit toestel. Dit betekent echter niet zonder meer dat verweerder zich terecht op het standpunt heeft gesteld dat de emissie en depositie van SO2 in de beoogde situatie niet toeneemt ten opzichte van de referentiesituatie. Naar het oordeel van de rechtbank is het standpunt van verweerder voor wat betreft de emissie en de depositie van SO2 onvoldoende geconcretiseerd en niet navolgbaar vanwege het ontbreken van inzage in de geclassificeerde gegevens voor wat betreft de emissie van SO2. Eiseres sub 2 heeft een (raadpleegbaar) Amerikaans bulletin overgelegd waaruit blijkt dat de daadwerkelijke emissie van SO2 van de F-35 vele malen hoger ligt dan die van de F-16. Verder is de rechtbank van oordeel dat verweerder voor wat betreft dit aspect de op hem rustende vergewisplicht in artikel 3:2 van de Awb heeft geschonden. Uit hetgeen eiseres sub 2 met betrekking tot dit aspect naar voren heeft gebracht, komt naar voren dat er gerede twijfel bestaat over de daadwerkelijke uitstoot van SO2 van de F-35 in vergelijking met de  
           F-16. Dit is bij uitstek een ecologisch (technisch) aspect, waarbij verweerder afgaat op de ecologische expertise van bureau Waardenburg. Gelet hierop volgt de rechtbank verweerder niet in de ter zitting naar voren gebrachte stelling dat hij in dit geval over voldoende ecologische expertise beschikt om naar aanleiding van een eigen beoordeling tot de conclusie te kunnen komen dat hetgeen door eiseres sub 2 naar voren is gebracht voor wat betreft SO2 op voorhand geen aanknopingspunten biedt voor twijfel aan de PB. Aangezien er voor wat betreft de daadwerkelijke emissie van SO2 van de F-35 sprake is van verschillende inzichten en tegengestelde conclusies had het naar het naar het oordeel van de rechtbank in het kader van de op hem rustende vergewisplicht op de weg van verweerder gelegen om de door eiseres sub 2 onderbouwde twijfel ter beoordeling  aan bureau Waardenburg voor te leggen. Gelet op de voorgaande overwegingen komt de rechtbank tot het oordeel dat het bestreden besluit in zoverre op onzorgvuldige wijze tot stand is gekomen. Gelet hierop heeft verweerder naar het oordeel van de rechtbank evenmin deugdelijk gemotiveerd dat er geen aanleiding bestond om (nader) onderzoek te (laten) doen naar de gevolgen van SO2 voor de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden. Hieruit volgt dat verweerder de PB in zoverre niet zonder meer aan het bestreden besluit ten grondslag heeft mogen leggen.  
         
         
       
       
         14.2.3. 
         Naar het oordeel van de rechtbank is het standpunt van verweerder voor wat betreft de emissie en de depositie van COx onvoldoende geconcretiseerd en niet navolgbaar vanwege het ontbreken van inzage in de geclassificeerde gegevens voor wat betreft de emissie van COx. Dit betekent dat het voor de rechtbank niet valt na te gaan of er sprake is van een substantiële bijdrage vanwege dit project aan de totale COx-emissie van Nederland. In dit verband acht de rechtbank van belang dat uit diverse wetenschappelijke onderzoeken naar voren komt dat een stijging van de zeespiegel als gevolg van de opwarming van de aarde door, onder andere, COx-emissie gevolgen zal hebben voor Nederlandse Natura 2000-gebieden, zoals de Waddenzee. In die zin heeft verweerder op basis van de thans voorliggende stukken niet deugdelijk vastgesteld dat op voorhand kan worden uitgesloten dat de COx-emissie vanwege de vliegbasis Leeuwarden significante gevolgen kan hebben dan wel dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats of de habitats van soorten in de betrokken Natura 2000-gebeiden kunnen verslechteren. Daarnaast valt niet uit te sluiten dat de emissie en de depositie van COx vanwege dit project mogelijk een verzurend effect hebben op de betrokken Natura 2000-gebieden. Gelet hierop volgt de rechtbank verweerder niet in zijn stelling dat COx-emissie uitsluitend leidt tot klimaatverandering en daarmee samenhangende problemen, maar dat dit niet valt te relateren aan een specifiek Natura 2000-gebied. Gelet hierop heeft verweerder naar het oordeel van de rechtbank niet deugdelijk gemotiveerd dat er geen aanleiding bestond om (nader) onderzoek te (laten) doen naar de gevolgen van COx    voor de natuurlijke kenmerken van de betrokken Natura 2000-gebieden. Hieruit volgt dat verweerder de PB in zoverre niet zonder meer aan het bestreden besluit ten grondslag heeft mogen leggen.  
         
         
           
             Aerius-calculator 
           
         
       
       
         15.1.1. 
         
           Eiseressen sub 1 betogen dat verweerder ten onrechte genoegen neemt met 
           berekeningen van de aspecten stikstof en geluid. In dit verband voeren eiseressen sub 1 aan dat verweerder een meting had kunnen laten doen, aangezien de vliegbasis al decennia in bedrijf is. Verder betogen eiseressen sub 1 dat er aan de bestreden natuurvergunning geen Aerius-berekening ten grondslag ligt die is gebaseerd op de meest recente versie van Aerius-Calculator, die op 13 januari 2022 beschikbaar is gesteld. Daarbij komt, in de visie van eiseressen sub 1, dat die nieuwste versie van Aerius-Calculator ten onrechte een maximale rekenafstand van 25 kilometer bevat. Volgens eiseressen sub 1 past een rekenafstand van  
           25 kilometer niet bij een vliegbasis, omdat de neerslag van stikstof zonder meer verder reikt dan 25 kilometer van de luchthaven. Het gaat er volgens eiseressen sub 1 om wat het effectgebied is van de militaire vliegbewegingen die een relatie hebben met deze vliegbasis. 
         
         
       
       
         15.1.2. 
         
           Eiseres sub 2 betoogt dat de stikstofgevoelige gebieden van Natura 2000-gebied Groote Wielen onjuist in kaart zijn gebracht, waardoor de Aerius-Calculator niet geschikt is voor de effectbeoordeling van stikstofdepositie. In dit verband wijst eiseres sub 2 erop dat de stikstofgevoelige gebieden het beste in kaart kunnen worden gebracht door de interactieve kaart van natuurbeheerplannen met de Interprovinciale Overleglijst voor stikstofgevoeligheid van beheergebieden. Eiseres sub 2 betoogt verder dat meer stikstofgevoelige soorten gebruik 
           maken van stikstofgevoelige leefgebieden in de Groote Wielen dan vanuit het Nederlandse stelsel van de Wnb en de Habitatrichtlijn zou blijken. Daarbij verwijst eiseres sub 2 naar de soorten genoemd in Annex II van het Verdrag van Bern en Bijlage I van de Vogelrichtlijn. Eiseres sub 2 betoogt daarnaast dat de Aerius-berekening niet controleerbaar en niet inzichtelijk is, omdat in de Aerius-berekening niet duidelijk wordt onderscheiden tussen de verschillende vliegtuigtypes en vliegroutes. Evenmin worden volgens eiseres sub 2 de vluchtaantallen zichtbaar gebruikt.   
         
         
       
       
         15.2.1. 
         
           Verweerder stelt zich op het standpunt dat Aerius-Calculator het rekeninstrument is voor de vaststelling van de omvang van stikstofdepositie op een voor stikstof gevoelig habitat in een Natura 2000-gebied. In dit verband wijst verweerder erop dat artikel 2.1, eerste lid, van de Regeling natuurbescherming (Rnb) dwingend voorschrijft dat voor de vaststelling of een project significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied vanwege stikstofdepositie gebruik wordt gemaakt van Aerius-Calculator. Volgens verweerder is het niet verplicht - en gelet op de omvang van het terrein en andere omgevingsfactoren ook niet mogelijk - om stikstofmetingen te doen. Voor het aspect geluid geldt in de visie van verweerder evengoed dat de omvang van het gebied te groot is om metingen te doen. Gelet daarop voert het NLR jaarlijks berekeningen uit om te kunnen beoordelen of de geluidbelasting vanwege de vliegbasis Leeuwarden binnen de geluidscontouren blijft. Verder wijst verweerder erop dat de natuurvergunning in eerste instantie is verleend op  
           10 januari 2022 en dat op dat moment nog geen nieuwe versie van Aerius beschikbaar was. Ten tijde van het bestreden besluit was dat wel het geval. Er is toen geen Aerius-berekening met de nieuwste versie van Aerius-Calculator gemaakt, aldus verweerder. Daarop heeft verweerder in november 2022 alsnog een nieuwe berekening laten maken. De Aerius- berekening en het bijbehorende rapport van NLR is als bijlage 1 aan het verweerschrift gehecht. Ten aanzien van de maximale rekenafstand van 25 kilometer, verwijst verweerder naar de uitspraak van 5 april 2023 van de AbRvS  waaruit blijkt dat het aanvaardbaar is om de stikstofgevolgen van een individueel project tot een afstand van 25 kilometer te berekenen. Onder verwijzing naar overweging 35.3 van deze uitspraak van de AbRvS is verweerder van mening dat deze rechtspraak ook geldt voor luchthavens. 
         
         
       
       
         15.2.2. 
         Verweerder stelt zich op het standpunt dat de Groote Wielen bij besluit van 24 maart 2000 op grond van de Vogelrichtlijn aangewezen is als speciale beschermingszone en dat het om die reden deel uitmaakt van het Natura 2000-netwerk. In dit verband wijst verweerder erop dat het aanwijzingsbesluit appellabel was en dat het inmiddels formele rechtskracht heeft gekregen. Daarom kan en moet van de rechtmatigheid van het aanwijzingsbesluit worden uitgegaan, aldus verweerder. Uit het aanwijzingsbesluit volgt volgens verweerder dat de Groote Wielen niet is aangewezen voor enig habitattype en dus ook niet voor een stikstofgevoelig habitattype. Wel is de Groote Wielen aangewezen als habitat voor vijf habitatrichtlijnsoorten, drie broedvogels en vier niet-broedvogels. Deze habitats zijn geen stikstofgevoelige habitats, aldus verweerder. Voor zover eiseres sub 2 op de bladzijden 15 en 16 van haar beroepschrift nog enkele soorten en habitattypen noemt die gevoelig zouden zijn voor stikstof, wijst verweerder erop dat het Natura 2000-gebied Groote Wielen niet is aangewezen voor deze soorten en habitattypen, aangezien er geen instandhoudingsdoelstellingen voor gelden. Daaruit volgt in de visie van verweerder dat de vliegbasis Leeuwarden geen significante gevolgen kan hebben voor de door eiseres sub 2 genoemde soorten en habitattypen. Naar de mening van verweerder vallen deze buiten de reikwijdte van het bestreden besluit.  
         
       
     
     
       15.3. 
       
         In de aanvullende gronden van beroep hebben eiseressen naar voren gebracht dat er volgens het beheerplan uit 2013 drie stikstofgevoelige soorten in het Natura 2000-gebied Groote Wielen voorkomen. In dit verband wijzen eiseressen erop dat door Van den Brand et al. (2012) voor soorten van Vogelrichtlijn en Hrl een overzicht van stikstofgevoeligheid is opgesteld. Voor wat betreft de instandhoudingsdoelen in het Natura 2000-gebied Groote Wielen werden daarin alleen de kemphaan, de grutto en de bittervoorn als ‘stikstofgevoelig’ genoemd en dat gold alleen als er delen van het gebied waren die door deze soorten gebruikt werden en die negatief beïnvloed zouden worden door stikstofdepositie. Op grond van de PAS-systematiek kwam het vorige beheerplan in de visie van eiseressen ten onrechte tot de conclusie dat dit niet het geval was.  
         Behalve de Natura 2000-doelsoorten zijn er volgens eiseressen ook andere vogels die hun verblijf hebben in de Groote Wielen en stikstofgevoelig zijn. Wanneer de meest recente Alterra-lijst met stikstofgevoelige soorten wordt vergeleken met de lijst van vogelsoorten die van nature voorkomen in de Groote Wielen gelden als:  
         I) zéér gevoelig voor stikstof: kemphaan, grutto, watersnip, bruine kiekendief, roerdomp en roodborsttapuit.  
         II) gevoelig voor stikstof: kievit, tureluur.  
         In de visie van eiseressen zijn de Aerius-regels en het rekenmodel zelf na de toegepaste correcties niet meer strijdig met artikel 6 van de Hrl, maar de door het college van Gedeputeerde Staten van Fryslân (hierna: het college van GS) aan Aerius aangeboden gegevens over de leefgebieden zijn dat wél. Dat resulteert naar de mening van eiseressen in de invoer van onjuiste kritische depositiewaardes in de Aerius-calculator. Het gevolg is dat er geen overschrijding van de stikstofnorm voor die leefgebieden van de Groote Wielen wordt berekend, terwijl die er in de praktijk wél is, aldus eiseressen. 
       
       
       
         15.4.1. 
         Voor zover eiseres sub 2 beoogt te betogen dat artikel 2.1 van de Regeling natuurbescherming (Rnb) bij wege van exceptieve toetsing onverbindend dient te worden verklaard of in dit geval buiten toepassing dient te worden gelaten wegens evidente strijd met een hogere regel dan geldt in elk geval dat zij deugdelijk dient te onderbouwen met welke hogere regel dit artikel van de Rnb evident in strijd is. Uit de aanvullende gronden van het beroep en hetgeen ter zitting is verduidelijkt, begrijpt de rechtbank het betoog van eiseres sub 2 zo dat artikel 2.1 van de Rnb bij wege van exceptieve toets onverbindend dient te worden verklaard nu er sprake is van evidente strijdigheid met artikel 6, derde lid, van de Hrl in verband met de onjuist aangeleverde gegevens over de leefgebieden in Natura 2000-gebied Groote Wielen. Indien wordt aangevoerd dat de wettelijke regeling om gebruik te maken van de Aerius-calculator in strijd is met een hogere regeling, dient die wettelijke regeling slechts onverbindend te worden geacht of buiten toepassing te worden gelaten, indien die wettelijke regeling evident in strijd is met de hogere regeling. Voor evidentie is onder meer vereist dat de hogere regelgeving zodanig concreet is dat deze zich voor toetsing daaraan bij wijze van exceptie leent. Een wettelijke regeling is daarnaast alleen in strijd met hoger recht als de rechter zonder nader onderzoek kan vaststellen dat zich strijd met de hogere rechtsnorm voordoet. Dit is bijvoorbeeld het geval als iedere motivering ontbreekt. De rechtbank is van oordeel dat artikel 2.1 van de Rnb niet evident in strijd is met een hogere regeling. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat zonder nader onderzoek niet valt vast te stellen dat, naar gesteld, bij het wettelijk verplichte gebruik van de Aerius-calculator in dit geval uitgegaan is van onjuiste leefgebieden in het Natura 2000-gebied Groote Wielen. Met de algemene stelling dat de provincie Fryslân onjuiste kaarten voor wat betreft de (stikstofgevoelige) leefgebieden in het Natura 2000-gebied Groote Wielen aan het RIVM heeft overgelegd ten behoeve van de invoer in de Aerius-calculator heeft eiseres sub 2 niet concreet onderbouwd dat er om die reden sprake is van strijdigheid met artikel 6, derde lid, van de Hrl. Deze grond van eiseres sub 2 slaagt niet. 
         
       
       
         15.4.2. 
         De rechtbank overweegt dat de Aerius-calculator het bij wet voorgeschreven rekeninstrument voor de berekening van bijdragen aan de stikstofdeposities is. Uit vaste jurisprudentie van de AbRvS  volgt dat de 25 km-rekengrens in de Aerius-calculator in voldoende mate is onderbouwd. Geen grond bestaat voor het oordeel dat deze wettelijke regeling evident in strijd komt met een hogere regeling. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat uit vaste jurisprudentie van de AbRvS  dient te worden afgeleid dat het gebruik van de Aerius-calculator en de daarin opgenomen 25 km-afkapgrens niet in strijd is met het in artikel 6, derde lid, van de Hrl neergelegde voorzorgsbeginsel. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat door eiseressen sub 1 in dit geval geen deskundigenrapportages zijn overgelegd waaruit blijkt dat de door de AbRvS betrokken deskundigenrapportages in de ViA15-tussenuitspraak  inhoudelijk onjuist zijn. Gelet hierop bestaat er naar het oordeel van de rechtbank geen aanleiding om de wettelijke verplichting om gebruik te maken van de Aerius-calculator in dit geval onverbindend te verklaren of buiten toepassing te laten . In zoverre slaagt deze grond van eiseressen sub 1 niet. 
         
       
     
     
       15.5. 
       Door verweerder is in het verweerschrift erkend dat ten tijde van het bestreden besluit ten onrechte geen Aerius-berekening met de (toenmalig) nieuwste versie van de Aerius-calculator is gemaakt. In november 2022 is dat alsnog gedaan (zie bijlage 1 van het verweerschrift), waarbij is geconcludeerd in het NLR-rapport dat er geen stikstofdepositietoenames plaatsvinden ten opzichte van de referentiesituatie. 
       
     
     
       15.6. 
       De rechtbank overweegt dat met deze erkenning in het verweerschrift is komen vast te staan dat het bestreden besluit in strijd met het zorgvuldigheidsbeginsel, als bedoeld in artikel 3:2 van de Awb, tot stand is gekomen en in strijd met artikel 3:46 van de Awb op een ondeugdelijke motivering berust. Deze beroepsgrond van eiseressen sub 1 slaagt. Bij het te nemen nieuwe besluit op de aanvraag zal verweerder de nieuwste versie van Aerius-calculator dienen te betrekken. 
       
       
         
           Overige gronden 
         
       
       16. Voor zover eiseressen gronden hebben aangevoerd met betrekking tot geluid, piekgeluid, cumulatie, broedvogels (kemphaan, porseleinhoen en rietzanger), weide-, bos- en struweelvogels, Noordse woelmuis, ziet de rechtbank geen aanleiding voor een inhoudelijke beoordeling daarvan, aangezien uit de voorgaande overwegingen blijkt dat de beroepen van eiseressen gegrond zijn, het bestreden besluit voor vernietiging in aanmerking komt en er geen aanleiding bestaat om de rechtsgevolgen van het vernietigde bestreden besluit in stand te laten. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat verweerder in het nieuw te nemen besluit op de aanvraag, in combinatie met de aanpassing dan wel de aanvulling van de PB, aandacht dient te besteden aan de mogelijke effecten van geluid en piekgeluid alsmede cumulatie. Verder neemt de rechtbank in aanmerking dat verweerder in het nieuw te nemen besluit op de aanvraag, in combinatie met de aanpassing dan wel de aanvulling van de PB, aandacht dient te besteden aan de broedvogels, de weide-, bos- en struweelvogels en de draagkracht van het Natura 2000-gebied Groote Wielen alsmede de Noordse woelmuis. 
       
       
         
           Vergunning voor onbepaalde tijd 
         
       
       17. Eiseressen sub 1 zijn het er niet mee eens dat de vergunning voor onbepaalde tijd geldt en dat het aantal toegestane vliegbewegingen onbeperkt is. In dit verband voeren eiseressen sub 1 aan dat vergunninghoudster de vluchten dan kan vertienvoudigen, zonder dat verweerder mag stellen dat die activiteit niet onder de verleende natuurvergunning valt. 
       
     
     
       17.1. 
       Als uitgangspunt heeft te gelden dat een natuurvergunning voor onbepaalde tijd wordt verleend als voldaan is aan het bepaalde in artikel 2.8, derde lid, van de Wnb. De rechtbank stelt vast dat de door vergunninghoudster ingediende aanvraag om natuurvergunning niet ziet op een tijdelijke natuurvergunning. In hetgeen eiseressen sub 1 naar voren hebben gebracht, ziet de rechtbank geen aanleiding om van vorenbedoeld uitgangspunt af te wijken. Deze grond van eiseressen sub 1 slaagt niet.  
       
       
         
           Voorschriften 
         
       
       18. Voor zover eiseressen sub 1 gronden hebben aangevoerd tegen de voorschriften 6, 11, 12 en 13 van het bestreden besluit, ziet de rechtbank geen aanleiding voor een inhoudelijke beoordeling daarvan, aangezien uit de voorgaande overwegingen blijkt dat de beroepen van eiseressen gegrond zijn, het bestreden besluit voor vernietiging in aanmerking komt en er geen aanleiding bestaat om de rechtsgevolgen van het vernietigde bestreden besluit in stand te laten. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat het nieuw te nemen besluit op de aanvraag of de aanpassing dan wel de aanvulling van de PB voor verweerder aanleiding kunnen vormen om andere voorschriften te stellen. 
       
       
         
           Compensatie van de natuurschade 
         
       
       19. Eiseressen betogen dat vergunninghoudster met recht aanspraak kan maken op een groot maatschappelijk belang. En als eiseressen vergunninghoudster volgen in haar stelling dat er geen alternatieve oplossingen zijn voor dit project, dan rest slechts het bepalen, uitvoeren en zeker stellen van een adequate compensatie voor de natuur. Als compensatie voor de natuurschade willen eiseressen het volgende: 
       1. Aanleg en het onderhoud van een robuuste ecologische verbindingszone tussen de Groote Wielen en de Alde Feanen bekostigen; 
       2. De ecologische verbindingszone van Feanwalden naar de Groote Wielen uitbreiden en verder versterken;  
       3. Het weidevogelareaal rond de Groote Wielen uitbreiden; 
       4. Het moerasvogelareaal rond de Groote Wielen uitbreiden;  
       5. Het begin maken met inrichten van een bufferzone rond de Groote Wielen.  
       Daarbij verzoeken eiseressen de rechtbank om zelf voorziend de compensatie van de natuurschade in vorenbedoelde zin aan verweerder op te dragen. 
       
     
     
       19.1. 
       Verweerder stelt zich op het standpunt dat er geen aanleiding bestaat om het door eiseres sub 2 gedane verzoek om natuurcompensatie in te willigen, aangezien uit de PB is gebleken dat significante effecten op de betreffende Natura 2000-gebieden uitgesloten zijn. Onder die omstandigheden bestaat er voor verweerder geen aanleiding om de gestelde natuurschade te compenseren. 
       
     
     
       19.2. 
       De rechtbank wijst het door eiseressen gedane verzoek om zelf voorziend de voorgestelde compensatie van de natuurschade aan verweerder op te dragen af. Hierbij neemt de rechtbank in aanmerking dat uit de voorgaande overwegingen weliswaar volgt dat het bestreden besluit gebreken vertoont en dat de PB voor wat meerdere relevante aspecten onvoldoende inzichtelijk is, maar dat op voorhand niet valt uit te sluiten dat verweerder alsnog een natuurvergunning kan verlenen. Het ligt op de weg van verweerder om daarover te besluiten, waarbij ook de compensatie van de natuurschade aan de orde kan komen. Gelet hierop ziet de rechtbank thans geen mogelijkheid om zelf in de zaak te voorzien en te bepalen of en op welke wijze verweerder gehouden is om zorg te dragen voor compensatie van de gestelde natuurschade. 
       
       
         
           Doeltreffende rechterlijke voorziening 
         
         20.	Eiseres sub 2 verzoekt de rechtbank, onder verwijzing naar een arrest van het Hof van Justitie van de Europese Unie (het Hof) van 8 november 2016 , om naar aanleiding van de gronden van beroep rechtstreeks te toetsen aan de bepalingen van de Vogelrichtlijn en de Habitatrichtlijn (hierna: de Hrl). 
       
       
     
     
       20.1. 
       
         Verweerder stelt zich op het standpunt dat het uitgangspunt in de jurisprudentie is dat wanneer een Europese richtlijn tijdig en behoorlijk is geïmplementeerd in het nationale recht, 
         een rechtzoekende geen rechtstreeks beroep toekomt op die richtlijn. In dit verband wijst verweerder erop dat de relevante nationale bepalingen in dit geval artikel 2.7 en 2.8 van de Wnb zijn. In deze bepalingen is artikel 6, derde lid, van de Hrl geïmplementeerd. In de visie van verweerder heeft eiseres niet onderbouwd dat dat niet op een correcte manier is gebeurd. 
       
       
       
         20.1.2. 
         De rechtbank overweegt dat aan eiseres sub 2 niet zonder meer een beroep op artikel 6, derde lid, van de Hrl of de bepalingen van de Vogelrichtlijn toekomt. De vraag naar de rechtstreekse werking van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn kan alleen rijzen in gevallen van incorrecte implementatie of indien de volledige toepassing van de richtlijn niet daadwerkelijk is verzekerd.  Op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is het verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. Op grond van artikel 2.7, derde lid, van de Wnb verlenen gedeputeerde staten een vergunning als bedoeld in het tweede lid uitsluitend indien is voldaan aan artikel 2.8. Het vergunningenregime dat is opgenomen in artikel 2.7, tweede en derde lid, van de Wnb is de implementatie van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Geen grond bestaat voor het oordeel dat er met artikel 2.7, tweede en derde lid, van de Wnb sprake is van een incorrecte implementatie van artikel 6, derde lid, van de Hrl. Evenmin is door eiseres sub 2 aannemelijk gemaakt dat met de toepassing van artikel 2.7, tweede en derde lid, van de Wnb in dit geval de volledige toepassing van de Hrl niet daadwerkelijk is verzekerd. De verwijzing van eiseres sub 2 naar het in overweging 9. genoemde arrest van het Hof maakt dit niet anders, aangezien dit arrest naar inhoud en kern meer betrekking heeft op artikel 9 van het Verdrag van Aarhus. Gelet hierop wijst de rechtbank het door eiseres sub 2 gedane verzoek om rechtstreekse toetsing aan de bepalingen van de Vogelrichtlijn en de Hrl af. 
         
       
       
         20.2.1. 
         
           Artikel 47 van het Handvest van de grondrechten van de Europese Unie (hierna: het Handvest) luidt: 
           “Recht op een doeltreffende voorziening in rechte en op een onpartijdig gerecht. 
           Eenieder wiens door het recht van de Unie gewaarborgde rechten en vrijheden zijn geschonden, heeft recht op een doeltreffende voorziening in rechte, met inachtneming van de in dit artikel gestelde voorwaarden. 
           Eenieder heeft recht op een eerlijke en openbare behandeling van zijn zaak, binnen een redelijke termijn, door een onafhankelijk en onpartijdig gerecht dat vooraf bij wet is ingesteld. Eenieder heeft de mogelijkheid zich te laten adviseren, verdedigen en vertegenwoordigen. 
           Rechtsbijstand wordt verleend aan diegenen die niet over toereikende financiële middelen beschikken, voor zover die bijstand noodzakelijk is om de daadwerkelijke toegang tot de rechter te waarborgen.” 
         
         
       
       
         20.2.2. 
         Naar het oordeel van de rechtbank heeft eiseres sub 2 bij gebreke van een onderbouwing van dit betoog niet aannemelijk gemaakt dat de beroepsprocedure in dit geval niet in overeenstemming is met artikel 47 van het Handvest. Deze grond van eiseres sub 2 slaagt niet.  
         
         
         
           
             Schadevergoeding wegens schending van de redelijke termijn 
           
           21.	Eiseres sub 1.a, eiseressen sub 1.b tot en met 1.d en eiseres sub 2 hebben verzocht om een vergoeding van immateriële schade omdat de procedure langer geduurd heeft dan de redelijke termijn als bedoeld in artikel 6, eerste lid, van het Europees Verdrag voor Rechten van de Mens en de fundamentele vrijheden (EVRM). 
         
         
       
     
     
       21.1. 
       De vraag of de zaak binnen een redelijke termijn is behandeld, moet worden beantwoord aan de hand van de omstandigheden van het geval. Daarbij zijn van betekenis de ingewikkeldheid van de zaak, de wijze waarop de zaak door het bestuursorgaan en de rechter is behandeld, het processuele gedrag van betrokkene gedurende de hele procesgang en de aard van de maatregel en het daardoor getroffen belang van betrokkene. Bij de beoordeling van de redelijke termijn dient de duur van de procedure als geheel in aanmerking te worden genomen. 
       
     
     
       21.2. 
       Zoals volgt uit vaste jurisprudentie van de AbRvS  vangt de in artikel 6, eerste lid, van het EVRM bedoelde termijn bij besluiten die zijn voorbereid met de uniforme openbare voorbereidingsprocedure van afdeling 3.4 van de Awb aan bij het instellen van beroep tegen het desbetreffende besluit. Uit deze vaste jurisprudentie volgt voorts dat een totale lengte van de procedure van ten hoogste twee jaar redelijk is in zaken waarin het geschil aanvangt met het instellen van beroep tegen een besluit in de zin van de Awb. 
       
     
     
       21.3. 
       Eiseressen sub 1 hebben op 11 maart 2022 beroep ingesteld tegen het bestreden besluit. Eiseres sub 2 heeft op 10 maart 2022 beroep ingesteld tegen het bestreden besluit. Nu sinds het instellen van het beroep op 11 maart 2022 door eiseressen sub 1 ten tijde van deze uitspraak meer dan drie jaar is verstreken, is de redelijke termijn overschreden. Nu sinds het instellen van het beroep op 10 maart 2022 door eiseres sub 2 ten tijde van deze uitspraak meer dan drie jaar is verstreken, is de redelijke termijn overschreden. De rechtbank is van oordeel dat er geen omstandigheden zijn op grond waarvan in het licht van de onder 21.1. genoemde criteria deze overschrijding gerechtvaardigd is te achten. Dit betekent dat de procedure ruim een jaar en vier maanden te lang heeft geduurd. Dat betekent een overschrijding van de redelijke termijn met bijna 16 maanden. 
       
     
     
       21.4. 
       De rechtbank zal, uitgaande van een tarief van € 500,- per half jaar dat de redelijke termijn is overschreden, waarbij het totaal van de overschrijding naar boven wordt afgerond, de Staat der Nederlanden (de Minister van Justitie en Veiligheid) met overeenkomstige toepassing van artikel 8:88, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) veroordelen tot betaling van een bedrag van € 1.500,- aan eiseressen sub 1 en aan eiseres sub 2 als vergoeding voor de door hen geleden immateriële schade. Gelet op het beleid ter zake (als vermeld in de beleidsregel van 8 juli 2014 die is gepubliceerd in de Staatscourant 2014, 20210) en de Regeling voortzetting mandaat, volmacht en machtiging Ministerie van Justitie en Veiligheid (Staatscourant 2017, 62751), behoeft de Staat in dit geval niet in de procedure te worden betrokken. 
       
       
         
           Conclusie en gevolgen 
         
         22.	Gelet op de overwegingen 9.5, 9.5.1, 13.5, 14.2.2, 14.2.3, en 15.6, zijn de beroepen van eiseressen gegrond en komt het bestreden besluit voor vernietiging in aanmerking. De rechtbank ziet geen aanleiding om de rechtsgevolgen van het vernietigde bestreden besluit in stand te laten of, gelet op de aan verweerder toekomende beoordelingsruimte, zelf in de zaak te voorzien. Gelet hierop volstaat de rechtbank met de opdracht aan verweerder om binnen 26 weken na de uitspraakdatum opnieuw te beslissen op de aanvraag om natuurvergunning, met inachtneming van de overwegingen van deze uitspraak. 
       
       
     
     
       22.1. 
       Aangezien de beroepen van eiseressen gegrond worden verklaard, ziet de rechtbank aanleiding om verweerder op grond van artikel 8:75 van de Awb in de proceskosten van eiseressen te veroordelen. Onder toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht (Bpb) kunnen deze kosten worden begroot op € 1.312,50 voor eiseressen sub 1 in verband met door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand. Dat bedrag bestaat uit 1 punt voor het indienen van het beroepschrift, waaraan met toepassing van het bepaalde in de bijlage bij het Bpb onder C2 een wegingsfactor van 1,5 (zware zaak) wordt toegekend, mede gelet op de duur van de zitting. Onder toepassing van het Bpb kunnen deze kosten worden begroot op € 23,08, zijnde de reiskosten van de gemachtigde van eiseres sub 2. (Leeuwarden – Groningen v.v.). Verder ziet de rechtbank aanleiding om te bepalen dat verweerder het door eiseressen sub 1 betaalde griffierecht van € 365,- aan hen dient te vergoeden. De rechtbank ziet tevens aanleiding om te bepalen dat verweerder het door eiseres sub 2 betaalde griffierecht van € 365,- aan haar dient te vergoeden.  
       
       
     
   
   
     Beslissing 
     
     
       De rechtbank: 
     
     
     - verklaart het beroep van eiseressen gegrond en vernietigt het bestreden besluit; 
     - bepaalt dat verweerder binnen 26 weken na de uitspraakdatum opnieuw dient te beslissen op de aanvraag om natuurvergunning, met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen; 
     - veroordeelt verweerder in de proceskosten van eiseressen sub 1 tot een bedrag van  
     € 1.312,50 en bepaalt dat verweerder deze kosten aan hen dient te vergoeden; 
     - veroordeelt verweerder in de proceskosten van eiseres sub 2 tot een bedrag van  
     € 23,08 en bepaalt dat verweerder deze kosten aan hen dient te vergoeden; 
     - bepaalt dat verweerder het door eiseressen sub 1 betaalde griffierecht van € 365,- aan hen dient te vergoeden; 
     - bepaalt dat verweerder het door eiseres sub 2 betaalde griffierecht ad € 365,- aan haar dient te vergoeden; 
     - veroordeelt de Staat der Nederlanden (de minister van Justitie en Veiligheid) tot betaling van een schadevergoeding van € 1.500,- aan eiseressen sub 1; 
     - veroordeelt de Staat der Nederlanden (de minister van Justitie en Veiligheid) tot betaling van een schadevergoeding van € 1.500,- aan eiseres sub 2. 
     
     
       Deze uitspraak is gedaan door mr. L. Mulder, voorzitter, mr. A.W.C.M. van Emmerik en  
       mr. E. Hardenberg, leden, in aanwezigheid van mr. H.L.A. van Kats als griffier.  
       De beslissing is in het openbaar uitgesproken op 18 juli 2025. 
     
     
     
     
     
     
     
     
     
       De griffier                                                                                         De voorzitter 
     
     
     
       De griffier was verhinderd de uitspraak mede te ondertekenen. 
     
     
   
   
     Rechtsmiddel 
     
       Tegen deze uitspraak kan binnen zes weken na de dag van verzending van deze uitspraak hoger beroep worden ingesteld bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State.  
       Als hoger beroep is ingesteld, kan bij de voorzieningenrechter van de hogerberoepsrechter worden verzocht om het treffen van een voorlopige voorziening of om het opheffen of wijzigen van een bij deze uitspraak getroffen voorlopige voorziening. 
     
     
     
     
       Afschrift verzonden op: 
     
     
     
     
     
     
   
   
     Bijlage 
     
     
       
         Handvest van de grondrechten van de Europese Unie  
       
       Artikel 47 
       Recht op een doeltreffende voorziening in rechte en op een onpartijdig gerecht. 
       Eenieder wiens door het recht van de Unie gewaarborgde rechten en vrijheden zijn geschonden, heeft recht op een doeltreffende voorziening in rechte, met inachtneming van de in dit artikel gestelde voorwaarden. 
       Eenieder heeft recht op een eerlijke en openbare behandeling van zijn zaak, binnen een redelijke termijn, door een onafhankelijk en onpartijdig gerecht dat vooraf bij wet is ingesteld. Eenieder heeft de mogelijkheid zich te laten adviseren, verdedigen en vertegenwoordigen. 
       Rechtsbijstand wordt verleend aan diegenen die niet over toereikende financiële middelen beschikken, voor zover die bijstand noodzakelijk is om de daadwerkelijke toegang tot de rechter te waarborgen. 
     
     
     
       
         Habitatrichtlijn 
       
       Artikel 6 
     
     1. De Lid-Staten treffen voor de speciale beschermingszones de nodige instandhoudingsmaatregelen; deze behelzen zo nodig passende specifieke of van ruimtelijke-ordeningsplannen deel uitmakende beheersplannen en passende wettelijke, bestuursrechtelijke of op een overeenkomst berustende maatregelen, die beantwoorden aan de ecologische vereisten van de typen natuurlijke habitats van bijlage I en de soorten van bijlage II die in die gebieden voorkomen. 
     2. De Lid-Staten treffen passende maatregelen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor de zones zijn aangewezen voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn een significant effect zouden kunnen hebben. 
     3. Voor elk plan of project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van het gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo'n gebied, een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Gelet op de conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en onder voorbehoud van het bepaalde in lid 4, geven de bevoegde nationale instanties slechts toestemming voor dat plan of project nadat zij de zekerheid hebben verkregen dat het de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten en nadat zij in voorkomend geval inspraakmogelijkheden hebben geboden. 
     4. De Lid-Staat neemt, indien een plan of project, ondanks negatieve conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied, bij ontstentenis van alternatieve oplossingen, om dwingende redenen van groot openbaar belang, met inbegrip van redenen van sociale of economische aard, toch moet worden gerealiseerd, alle nodige compenserende maatregelen om te waarborgen dat de algehele samenhang van Natura 2000 bewaard blijft. De Lid-Staat stelt de Commissie op de hoogte van de genomen compenserende maatregelen. 
     Wanneer het betrokken gebied een gebied met een prioritair type natuurlijke habitat en/of een prioritaire soort is, kunnen alleen argumenten die verband houden met de menselijke gezondheid, de openbare veiligheid of met voor het milieu wezenlijke gunstige effecten dan wel, na advies van de Commissie, andere dwingende redenen van groot openbaar belang worden aangevoerd. 
     
     
       
         Wet natuurbescherming 
       
       Artikel 1.3 
       (…) 
     
     5. Bevoegdheden, verantwoordelijkheden en verplichtingen van gedeputeerde staten of provinciale staten als bedoeld in de artikelen 2.7, tweede of derde lid, 2.8, derde, zesde, zevende of negende lid, 2.9, derde lid, 3.3, eerste of tweede lid, 3.4, tweede lid, 3.8, eerste of tweede lid, 3.9, tweede lid, 3.10, tweede lid in samenhang met artikel 3.8, eerste of tweede lid, 3.11, eerste of tweede lid, 3.12, zevende, achtste of negende lid, 3.14, tweede lid, 3.15, derde en vierde lid, 3.16, derde en vierde lid, 3.17, eerste lid, 3.18, eerste, tweede of derde lid, al dan niet in samenhang met het vierde lid, 3.22, vierde lid, 3.25, tweede of vierde lid, 3.26, derde lid, 3.32, tweede lid, 3.33, tweede lid, 3.34, derde lid, 4.2, eerste, tweede of derde lid, 4.3, derde lid, 4.5, eerste, derde of vierde lid, of 5.5, eerste en tweede lid, berusten bij één van Onze bij algemene maatregel van bestuur aangewezen Ministers, en de bevoegdheden en verplichtingen van gedeputeerde staten of provinciale staten, bedoeld in artikel 2.4, eerste, tweede en derde lid, berusten bij Onze Minister, indien zij betrekking hebben op: 
     a.	bij algemene maatregel van bestuur aangewezen categorieën van handelingen, of 
     b.	handelingen die geheel of gedeeltelijk plaatsvinden in of gevolgen hebben voor bij algemene maatregel van bestuur aangewezen categorieën van gebieden. 
     
     
       Artikel 2.7 
       (…) 
     
     2. Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. 
     3. Gedeputeerde staten verlenen een vergunning als bedoeld in het tweede lid uitsluitend indien is voldaan aan artikel 2.8. 
     
     
       Artikel 2.8 
     
     1. Voor een plan als bedoeld in artikel 2.7, eerste lid, of een project als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, maakt het bestuursorgaan, onderscheidenlijk de aanvrager van de vergunning, een passende beoordeling van de gevolgen voor het Natura 2000-gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen voor dat gebied. 
     2. In afwijking van het eerste lid hoeft geen passende beoordeling te worden gemaakt, ingeval het plan of het project een herhaling of voortzetting is van een ander plan, onderscheidenlijk project, of deel uitmaakt van een ander plan, voor zover voor dat andere plan of project een passende beoordeling is gemaakt en een nieuwe passende beoordeling redelijkerwijs geen nieuwe gegevens en inzichten kan opleveren over de significante gevolgen van dat plan of project. 
     3. Het bestuursorgaan stelt het plan uitsluitend vast, en gedeputeerde staten verlenen voor het project, bedoeld in het eerste lid, uitsluitend een vergunning, indien uit de passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat het plan, onderscheidenlijk het project de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zal aantasten. 
     4. In afwijking van het derde lid kan, ondanks het feit dat uit de passende beoordeling de vereiste zekerheid niet is verkregen, het plan worden vastgesteld, onderscheidenlijk de vergunning worden verleend, indien is voldaan aan elk van de volgende voorwaarden: 
     a.	er zijn geen alternatieve oplossingen; 
     b.	het plan, onderscheidenlijk het project, bedoeld in het eerste lid, is nodig om dwingende redenen van groot openbaar belang, met inbegrip van redenen van sociale of economische aard, en 
     c.	de nodige compenserende maatregelen worden getroffen om te waarborgen dat de algehele samenhang van Natura 2000 bewaard blijft. 
     
     
       
         Besluit natuurbescherming 
       
       Artikel 1.2 
       Als minister als bedoeld in artikel 1.3, vijfde lid, aanhef, van de wet wordt aangewezen Onze Minister. 
     
     
     
       Artikel 1.3 
     
     1. Als categorieën van handelingen en projecten als bedoeld in artikel 1.3, vijfde lid, onderdeel a, van de wet worden aangewezen: 
     a.	aanleg, uitbreiding en, voor zover van toepassing, inrichting, alsmede wijziging, gebruik, beheer en onderhoud van: 
     (…), 
     3. militaire terreinen en oefengebieden, alsmede de inrichtingen, bedoeld in categorie 29 van bijlage I, onder C, bij het Besluit omgevingsrecht (https://wetten.overheid.nl/jci1.3:c:BWBR0027464&bijlage=I&g=2024-07-28&z=2024-07-28), 
     (…). 
     
     
       
         Regeling natuurbescherming 
       
       Artikel 2.1 
     
     1. Voor de vaststelling of een project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, afzonderlijk of in combinatie met plannen of andere projecten significante gevolgen kan hebben voor dat gebied door het veroorzaken van stikstofdepositie in het gebied op een voor stikstof gevoelige habitat, wordt de stikstofdepositie berekend met AERIUS Calculator versie 2023. 
     (…). 
     
     
       
         Besluit omgevingsrecht 
       
       Artikel 2.1	Inrichtingen 
       (…), 
     
     2. Als categorieën vergunningplichtige inrichtingen worden aangewezen de categorieën inrichtingen waartoe een IPPC-installatie behoort en de categorieën inrichtingen die als zodanig zijn aangewezen in bijlage I (https://wetten.overheid.nl/BWBR0027464/2023-07-01), onderdeel B, en onderdeel C. 
     (…). 
     
     
       Bijlage I	Aanwijzing van categorieën inrichtingen en van vergunningplichtige inrichtingen, alsmede van gevallen waarin een ander bestuursorgaan dan burgemeester en wethouders het bevoegd gezag is 
       Categorie 29.1	Inrichtingen zijnde: 
       (…), 
     
     b.	militaire luchthavens, die in hoofdzaak worden gebruikt door de Nederlandse of een bondgenootschappelijke krijgsmacht. 
     (…). 
     
     
       Categorie 29.3 
       Als categorieën vergunningplichtige inrichtingen als bedoeld in artikel 2.1, tweede lid, van dit besluit, worden inrichtingen aangewezen: 
     
     a.	als bedoeld in categorie 29.1 onderdelen a, b, i en j. 
     (…). 
   
   
      Zie de uitspraken van 18 december 2024 van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (AbRvS), ECLI:NL:RVS:2024:4909 en ECLI:NL:RVS:2024:4923. 
   
   
      Zie bijvoorbeeld de uitspraak van 12 december 2018 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2018:4071 
   
   
      Zie de uitspraak van 12 december 2018 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2018:4071 
   
   
      Zie de uitspraak van 8 december 2021 van de rechtbank Oost-Brabant,  
     ECLI:NL:RBOBR: 2021:6389. 
   
   
      Zie de uitspraak van 21 januari 2022 van de rechtbank Oost-Brabant, ECLI:NL:RBOBR:2022:192. 
   
   
      Zie het arrest van 7 november 2018 van het Hof van Justitie (HvJ), ECLI:EU:C:2018:882; 20 januari 2022, ECLI:EU:C:2022:42. 
   
   
      Zie de uitspraak van 8 december 2021 van de rechtbank Oost-Brabant 8 december 2021, ECLI:NL:RBOBR:2021:6389 en van 21 januari 2022, ECLI:NL:RBOBR:2022:192. 
   
   
      Zie het arrest van 7 november 2018 van het HvJ, ECLI:EU:C:2018:882 
   
   
      Zie de uitspraak van 12 oktober 2022 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2022:2874. 
   
   
      Zie de uitspraken van 18 december 2024 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2024:4909 en ECLI:NL:RVS:2024:4909. 
   
   
      Richtlijn 2009/147/EG van het Europees parlement en de Raad van 30 november 2009 inzake het behoud van de vogelstand. 
   
   
      Zie bijvoorbeeld de uitspraak van 28 mei 2025 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2025:2404. 
   
   
      Zie de uitspraak van 18 juli 2018 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2018:2449. 
   
   
      Zie de uitspraak van 18 juli 2018 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2018:2449. 
   
   
      Zie bijvoorbeeld de uitspraak van 18 december 2024 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2024:4923 (r.o. 19.4). 
   
   
      Zie bijvoorbeeld de uitspraak van 18 december 2024 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2024:4923 (r.o. 22). 
   
   
      Zie bijvoorbeeld de uitspraak van 18 december 2024 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2024:4923 (r.o. 21.2). 
   
   
      Zie de uitspraak van 23 augustus 2017 van de AbRvS, ECLI:NL: RVS:2017:2260. 
   
   
      Zie het arrest van 7 september 2004 van het HvJ, ECLI:EU:C:2004:482. 
   
   
      Zie de uitspraak van 9 december 2020 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2020:2907. 
   
   
      Zie de uitspraak van 29 april 2020 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2020:1160. 
   
   
      Zie de uitspraak van 29 april 2020 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2020:1160. 
   
   
      Zie de uitspraak van 12 juni 2019 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2019:1897. 
   
   
      Zie de uitspraak van 15 februari 2023 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2023:606. 
   
   
      ECLI:NL:RVS: 2024:1136. 
   
   
      Zie de uitspraak van 20 december 2023 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2023:4771, r.o. 14.1. 
   
   
      Zie de uitspraak van 20 december 2023 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2023:4771. 
   
   
      Zie de uitspraak van 5 april 2023 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2023:1299. 
   
   
      Zie de uitspraak van 5 april 2023 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2023:1299. 
   
   
     ECLI:NL:RVS:2023:3129. 
   
   
      Zie de uitspraak van 5 april 2023 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2023:1299. 
   
   
     Vgl. de uitspraak van 12 april 2024 van de rechtbank Noord-Nederland, ECLI:NL:RBNNE:2024:1441. 
   
   
      Zie het arrest van 8 november 2016 van het HvJ, ECLI:EU:C:2016:838. 
   
   
      Zie de uitspraak van 25 juli 2012 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2012:BX2543. 
   
   
      Zie bijvoorbeeld de uitspraak van 9 februari 2011 van de AbRvS, ECLI:NL:RVS:2011:BP3701.