ECLI: ECLI:NL:RBOBR:2025:1601

Titel: ECLI:NL:RBOBR:2025:1601 Rechtbank Oost-Brabant , 24-03-2025 / 24/1767

Gerecht: Rechtbank Oost-Brabant

Datum uitspraak: 2025-03-24

Zaaknummer: 24/1767

Proceduretype: Eerste aanleg - meervoudig

Onderwerp: Bestuursrecht; Bestuursprocesrecht

Rechtsmacht: NL

Taal: nl

Uitspraaktype: Uitspraak

URL: https://data.rechtspraak.nl/uitspraken/content?id=ECLI:NL:RBOBR:2025:1601

---

De zaak gaat over een composteringsbedrijf dat direct tegen het Natura 2000-gebied “Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen” ligt en mede daardoor een zeer hoge stikstofdepositie op het gebied veroorzaakt van meer dan 400 mol/ha/jr. Het bedrijf is al jarenlang in werking met de daarvoor verleende milieuvergunningen maar beschikt niet over een natuurvergunning. De vraag is of het bedrijf rechten kan ontlenen aan een milieuvergunning uit 2002. Dat is volgens de rechtbank niet het geval en de rechtbank heeft hiervoor meerdere redenen. Het college zal een nieuw besluit moeten gaan nemen op het handhavingsverzoek.

RECHTBANK OOST-BRABANT 
   
   
     Zittingsplaats 's-Hertogenbosch 
   
   
     Bestuursrecht 
   
   
     zaaknummer: SHE 24/1767 
   
   
     
       uitspraak van de meervoudige kamer van 24 maart 2025 in de zaak tussen 
     
       
         
         Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. , verder: eiseres, uit Nijmegen,  
       
         Stichting Mobilisation for the Environment U.A. , verder: stichting MOB, uit Nijmegen, 
       (gemachtigde: mr. drs. H.M. Zwetsloot), 
     
     
     
       en 
     
     
   
   
     het college van gedeputeerde staten van de provincie Noord-Brabant, verweerder  
     (gemachtigden: mr. S. de Groot en mr. A. Speekenbrink). 
     
     
       Als derde-partij neemt aan de zaak deel:  [naam] B.V . uit [vestigingsplaats] (derde-partij) 
       (gemachtigde: mr. F.H. Damen). 
     
     
   
   
     Inleiding 
     
     
       1. In deze uitspraak beoordeelt de rechtbank het beroep van eiseres tegen de afwijzing van het verzoek van eiseres om handhavend op te treden tegen derde-partij wegens handelen in strijd met artikel 2.7 van de Wet natuurbescherming (Wnb).  
     
     
       1.1. 
       Het college heeft deze aanvraag met het besluit van 2 juni 2023 afgewezen. Met het bestreden besluit van 15 februari 2024 op het bezwaar van eiseres is het college bij de afwijzing van de aanvraag gebleven. 
     
     
       1.2. 
       De rechtbank heeft het beroep op 18 februari 2025 op zitting behandeld. Hieraan hebben deelgenomen: [naam] namens eiseres en Stichting MOB, mr. D. Delibes als waarnemer van de gemachtigde van eiseres en de gemachtigden van het college en de gemachtigde van derde-partij. Namens de derde-partij hebben ook [naam] en [naam] en de deskundige [naam] aan de zitting deelgenomen. Het beroep namens Stichting MOB is tijdens de zitting ingetrokken. 
       
     
   
   
     Beoordeling door de rechtbank 
     
     2. De zaak gaat over een composteringsbedrijf dat direct tegen het Natura 2000-gebied “Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen” ligt en mede daardoor een zeer hoge stikstofdepositie op het gebied veroorzaakt van meer dan 400 mol/ha/jr. Het bedrijf is al jarenlang in werking met de daarvoor verleende milieuvergunningen maar beschikt niet over een natuurvergunning. De vraag is of het bedrijf rechten kan ontlenen aan een milieuvergunning uit 2002. Dat is volgens de rechtbank niet het geval en de rechtbank heeft hiervoor meerdere redenen. Het college zal een nieuw besluit moeten gaan nemen op het handhavingsverzoek. De rechtbank zet hieronder eerst de relevante feiten en omstandigheden op een rij en gaat wat dieper in op de wetgeving en rechtspraak rondom artikel 9.4, achtste lid van de Wnb. Daarna beantwoordt de rechtbank de rechtsvraag aan de hand van de beroepsgronden van eiseres en de reacties van het college en de derde-partij.  Feiten en omstandigheden 
     3. De rechtbank gaat uit van de volgende feiten en omstandigheden. 
     
       
         De derde-partij exploiteert een bedrijf aan de [adres] in [vestigingsplaats] . Het bedrijf is gestart als een loonwerkersbedrijf. Het bedrijf grenst direct aan het Natura 2000-gebied “Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen” en ligt verder in de nabijheid van de Natura 2000-gebieden “Vlijmens Ven, Moerputten & Bossche Broek” en “Kampina & Oisterwijkse Vennen”.  
       
       
         Het Natura 2000-gebied “Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen” is bij beschikking van de Europese Commissie van 7 december 2004 geplaatst op de lijst van gebieden van communautair belang voor de Atlantische biogeografische regio in de zin van de Habitatrichtlijn. Ingevolge artikel 4, vijfde lid van de Habitatrichtlijn zijn vanaf dat moment artikel 6, leden 2, 3 en 4 van de Habitatrichtlijn van toepassing. Voor zover de rechtbank uit de op internet raadpleegbare archiefgegevens van het gebied  kan opmaken is het gebied pas in 2003 definitief aangemeld bij de Europese Commissie voor plaatsing op voornoemde lijst al lijkt het gebied eerder in beeld te zijn geweest bij de Europese Commissie. Bij besluit van 25 april 2013 is het gebied aangewezen als speciale beschermingszone. Het beroep tegen dit besluit is beoordeeld in de uitspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (Afdeling) van 3 september 2014.  Er zijn meerdere beschermde habitattypen waaronder meerdere typen graslanden en bossen.  
       
     
     
       
         Op 6 december 1994 heeft het college een vergunning verleend op grond van de voormalige Afvalstoffenwet (nadien vervangen door de Wet milieubeheer) voor het oprichten en in werking hebben van een composteerinrichting met een capaciteit van 20.000 ton groenafval op jaarbasis en bijbehorende activiteiten, alsmede de activiteiten die behoren bij het voeren van een loonbedrijf. Daarna is het bedrijf een aantal malen gewijzigd.  
       
       
         Op 29 augustus 2002 heeft het college aan derde-partij een revisievergunning verleend op grond van de Wet milieubeheer voor het innemen en tijdelijk opslaan van afvalstoffen, het bewerken (composteren en bewerken tot biomassa) van groenafval (56.500 ton op jaarbasis), het in werking hebben van een tunnelcompostering, het tijdelijk opslaan en meecomposteren van kleine hoeveelheden dierlijke vaste mest afkomstig van particulieren en het nemen van proeven in de compostering met organische reststromen en mest, het produceren van compostthee, loonbedrijf met aanverwante activiteiten en boomplantage. Deze vergunning is verleend voor een periode van 10 jaar (dus tot en met 29 augustus 2012).   
       
       
         Het college heeft op 10 januari 2012 aan derde-partij een revisievergunning verleend voor het innemen en tijdelijk opslaan van afvalstoffen en be- en verwerken tot compost, biobrandstof en andere producten met een innamecapaciteit voor groenafval van maximaal 80.000 ton per jaar alsmede een innamecapaciteit voor grond van 10.000 ton per jaar.  
       
       
         Op 29 januari 2019 heeft derde-partij een vergunning aangevraagd als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb voor het bedrijf zoals dat is vergund op 10 januari 2012.  
       
       
         Bij besluit van 29 september 2020 heeft het college deze vergunning geweigerd omdat niet is uitgesloten dat de aangevraagde activiteit, gelet op de instandhoudingsdoelstellingen, significante gevolgen kan hebben voor de nabijgelegen Natura 2000-gebieden. De hoogste stikstofdepositie vindt plaats op Natura 2000-gebied “Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen” en bedroeg in de aangevraagde situatie 586,31 mol/ha/jr. Hierbij heeft het college de op 6 december 1994 aan het bedrijf verleende vergunning niet als referentiesituatie aangemerkt omdat de vergunning is verleend na de referentiedatum van het Natura 2000-gebied “Kampina & Oisterwijkse Vennen” (10 juni 1994). Tegen dit besluit heeft derde-partij beroep ingesteld bij de rechtbank. De derde-partij heeft dit beroep later ingetrokken en het besluit van 29 september 2020 is onherroepelijk.  
       
       
         Op 10 mei 2021 heeft derde-partij een veranderingsvergunning aangevraagd voor onder meer de bouw van een loods, actualisatie van het machinepark en veranderen van de compostering. Op 24 mei 2021 is deze aanvraag aangevuld met het onderdeel natuur. Het (positieve) ontwerpbesluit heeft van 2 september 2024 tot en met 14 oktober 2024 ter inzage gelegen. Er is nog geen definitief besluit op deze aanvraag genomen.  
       
       
         Op 1 september 2021 heeft derde-partij het college verzocht om de hardheidsclausule uit de Beleidsregel natuurbescherming Noord-Brabant toe te passen. Het college heeft dit verzoek bij besluit van 5 december 2022 afgewezen, omdat derde-partij op grond van artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb beschikt over een natuurtoestemming. 
       
       
         Op 10 januari 2023 heeft eiseres het college verzocht handhavend op te treden tegen derde-partij omdat zij niet beschikt over de verplichte natuurvergunning en daarom in strijd handelt met artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb. 
       
     
     
     
       
         Toepasselijk recht 
       
     
     4. Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Uit het overgangsrecht, zoals dat is opgenomen in artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet, volgt dat voor de beoordeling van het beroep het recht zoals dat gold vóór dat tijdstip van toepassing blijft, omdat het verzoek om handhaving is ingediend voor 1 januari 2024. De voor de beoordeling van het beroep belangrijke wet- en regelgeving is te vinden in de bijlage bij de uitspraak.  
     
     
       4.1. 
       Op 18 december 2024  heeft de Afdeling de rechtspraak-lijn over intern salderen gewijzigd. Die wijziging komt er in de kern op neer dat intern salderen niet meer mag worden betrokken bij de vraag of een natuurvergunning nodig is. Intern salderen met de referentiesituatie mag als mitigerende maatregel betrokken worden in de passende beoordeling van de gevolgen van het project. Deze wijziging acht de Afdeling direct van toepassing in lopende en toekomstige vergunning- en handhavingsprocedures.  
       
     
     
       4.2. 
       Het bestreden besluit is weliswaar genomen vóór 18 december 2024, maar de rechtbank zal de rechtmatigheid van het bestreden besluit met inachtneming van de nieuwe rechtspraak-lijn van de Afdeling beoordelen. De uitspraak van de Afdeling is namelijk gebaseerd op wetgeving en op rechtspraak van het Europese Hof van Justitie  die er ook was ten tijde van het bestreden besluit.  
       
       
         
           Behandeling beroepsgronden 
         
         5. Volgens eiseres handelt derde-partij in strijd met artikel 2.7, lid 2, van de Wnb, omdat zij niet beschikt over de benodigde natuurvergunning. Artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb is volgens eiseres niet van toepassing op de milieuvergunning van 29 augustus 2002 omdat de in dit besluit verrichte natuurtoets niet kan worden aangemerkt als een passende beoordeling die voldoet aan de vereisten van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn . Volgens eiseres omvat de vergunning van 29 augustus 2002 slechts een niet onderbouwd standpunt dat de aangevraagde activiteiten niet zullen leiden tot aantasting van een tweetal, op dat moment nog niet beschermde, natuurgebieden. Het is niet inzichtelijk hoe het college tot dit standpunt is gekomen. Er heeft geen cumulatietoets plaatsgevonden. Er is geen gebruik gemaakt van de op dat moment beschikbare wetenschappelijke inzichten over de negatieve gevolgen van een overmatige stikstofdepositie. Daarnaast is eiseres van mening dat, al zou de overgangsregeling in artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb wel van toepassing zijn, de milieutoestemming niet kan worden gezien als natuurtoestemming of referentiesituatie voor opvolgende vergunningen. Eiseres wijst erop dat na 2002 veel veranderingen hebben plaatsgevonden in het bedrijf, waaronder de verlening van een revisievergunning in 2012 waarbij het bedrijf is uitgebreid, zodat niet meer kan worden gesproken van één-en-hetzelfde project ten opzichte van de milieuvergunning uit 2002. Eiseres heeft de stikstofdepositie van het bedrijf op basis van de milieuvergunning uit 2002 berekend met AERIUS. De hoogste depositie bedraagt 441 mol/ha/jr op het Natura 2000-gebied “Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen”. 
       
       
     
     
       5.1. 
       Het college heeft het verzoek om handhaving afgewezen omdat het college de milieuvergunning van 29 augustus 2002 beschouwt als een besluit waar artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb op van toepassing is, onder verwijzing naar een uitspraak van de rechtbank Overijssel van 11 mei 2022  en de uitspraak van de Afdeling van 3 mei 2023 . Daardoor is het verbod in artikel 2.7, tweede lid van de Wnb niet van toepassing. Weliswaar vindt de beoordeling van de gevolgen van activiteiten voor omliggende Natura 2000-gebieden in 2025 indringender en uitvoeriger plaats, maar de vergunning van 29 augustus 2002 is onherroepelijk. Het college beschouwt de vergunning van 29 augustus 2002 als een natuurtoestemming en als een referentiesituatie. Ook in de Beleidsregel omgevingsrecht Noord-Brabant wordt een besluit waarop artikel 9.4, achtste lid van de Wnb van toepassing is, als referentiesituatie beschouwd. Nadien is er geen sprake geweest van een toename van stikstofdepositie. Dit is ook vastgesteld tijdens een controle op 26 april 2023. Ten tijde van het bestreden besluit was er op basis van de toen geldende rechtspraak van de Afdeling (de uitspraak van 20 januari 2021 ) geen nieuwe natuurvergunning nodig. Overigens wijst het college op de ingediende aanvraag van 10 mei 2021 en de positieve ontwerpbeschikking en ziet het college hierin ook na de uitspraak van de Afdeling van 18 december 2024 een concreet zicht op legalisatie. Het college heeft de berekening van eiseres van de stikstofdepositie niet inhoudelijk betwist. 
       
     
     
       5.2. 
       De derde-partij sluit zich hierbij aan. Zij benadrukt dat artikel 9.4, achtste lid van de Wnb is opgenomen uit oogpunt van rechtszekerheid en dat zij erop mag vertrouwen dat het bedrijf binnen de in 2002 vergunde emissieruimte in werking mag zijn. De derde-partij voegt hieraan toe dat het bedrijf sinds 2012 nagenoeg ongewijzigd in werking is. In de vergunningen van 2002 en 2012 is de wijze van compostering niet vastgelegd en op basis van die vergunningen is composteren met een hogere emissie ook toegestaan. De aanvraag uit 2021 ziet op het vastleggen van de al jarenlang toegepaste composteringsmethode die leidt tot minder ammoniakemissie. Het bedrijf past deze methode al toe vanwege een haar toegekende certificering en de daaruit voortvloeiende eis om te streven naar zo laag mogelijke emissies bij compostering. De derde-partij heeft ter zitting bevestigd dat de revisievergunning uit 2012 zag op een uitbreiding (toename doorzet) maar wijst erop dat de emissies hierdoor niet zijn toegenomen. De derde-partij heeft de berekening van de stikstofdepositie niet inhoudelijk betwist. Zij verwacht dat deze in werkelijkheid lager is, maar vanwege de ligging van het bedrijf nog steeds zeer hoog is. 
       
     
     
       5.3. 
       Artikel 6, derde lid van de Habitatrichtlijn is geïmplementeerd in artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb. Op basis van dit artikel gold (tot de inwerkingtreding van de Omgevingswet) een vergunningplicht voor projecten die significante gevolgen kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied. Deze vergunningplicht geldt na 1 januari 2024 op grond van artikel 5.1, eerste lid onder e, van de Omgevingswet. In artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb staat dat artikel 2.7, tweede lid, niet van toepassing is op projecten en andere handelingen ten aanzien waarvan, voor 1 februari 2009, op grond van een andere wettelijke grondslag dan artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998 en met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn, een besluit is genomen waarbij dat project of die handeling is toegestaan, dan wel een aanvraag voor het nemen van dat besluit is gedaan en dat besluit na die datum onherroepelijk is geworden. Een soortgelijk artikel is opgenomen in de omgevingswetgeving. In artikel 2.4 vijfde lid, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet is het volgende bepaald: “Artikel 5.1, eerste lid, aanhef en onder e, van de Omgevingswet is niet van toepassing op besluiten als bedoeld in artikel 9.4, achtste of negende lid, van de Wet natuurbescherming die onherroepelijk zijn. De paragrafen 5.1.3, 5.1.4 en 5.1.5 van de Omgevingswet zijn van overeenkomstige toepassing.”  
       
     
     
       5.4. 
       Artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb bevat een uitzondering op de vergunningplicht. Uit de Memorie van Toelichting bij dit artikel volgt dat de implementatie van de Habitatrichtlijn met de wijzigingen van de Natuurbeschermingswet 1998 per 1 oktober 2005 en 1 februari 2009 is gecomplementeerd en sindsdien voorziet in een zelfstandig regime ter toetsing van projecten en andere handelingen aan de vereisten van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. Tot die tijd werd de toetsing van projecten en handelingen aan de vereisten van artikel 6 van de Habitatrichtlijn zoveel mogelijk verricht bij het nemen van andere besluiten die voorzagen in de autorisatie van het project of de handeling, bijvoorbeeld milieu(revisie)vergunningen, vrijstellingen op grond van artikel 19 van de Wet op de Ruimtelijke Ordening, bestemmingsplannen en ontgrondingenvergunningen. Dit op basis van een zogenoemde richtlijnconforme interpretatie van de rechtstreeks werkende onderdelen van artikel 6 van de Habitatrichtlijn. De Memorie van Toelichting vermeldt verder dat het voorgestelde achtste lid regelt dat deze projecten en handelingen niet nogmaals aan de vereisten van de Habitatrichtlijn hoeven te worden getoetst.  In artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb staat een aantal voorwaarden waaraan een besluit moet voldoen om onder deze bepaling te vallen. Ten eerste moet het besluit op grond waarvan het project of de andere handeling is toegestaan, zijn genomen vóór 1 februari 2009. Ten tweede moet dit besluit berusten op een andere wettelijke grondslag dan artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998. Ten derde moet bij dit besluit artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn in acht zijn genomen. 
       
     
     
       5.5. 
       
         Er zijn al uitspraken gedaan over de uitleg van artikel 9.4, achtste lid van de Wnb. De rechtbank geeft hieronder de essentie weer van de uitspraken die partijen hebben genoemd.  
         In de door het college aangehaalde uitspraak van 11 mei 2022 heeft de rechtbank Overijssel overwogen dat het besluit tot verlening van een milieuvergunning in de betreffende zaak (voor 2009) een besluit was als bedoeld in artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb omdat uit dit besluit bleek dat daarin is beoordeeld of de instandhouding van gebieden die zijn aangemeld als Habitatrichtlijngebied nadelig wordt beïnvloed door het aangevraagde project. Deze uitspraak is door de Afdeling vernietigd op 3 mei 2023, onder meer omdat onvoldoende is gebleken dat de milieuvergunning met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn is verleend. 
         In de uitspraak van 14 april 2023  overwoog de rechtbank Midden-Nederland dat artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb niet van toepassing is op de milieuvergunning, omdat deze vergunning niet voorzag in een toetsing aan artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn ook al was aandacht besteed aan de Habitatrichtlijn. In de uitspraak van 20 maart 2024  van de Afdeling op het hoger beroep tegen deze uitspraak overwoog de Afdeling als volgt: “ Nog daargelaten of een besluit waarbij een project als bedoeld in artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb is toegestaan, kan worden gebruikt als referentiesituatie bij de beoordeling of de aangevraagde wijziging van de varkenshouderij zal leiden tot een toename van stikstofdepositie op relevante Natura 2000-gebieden, oordeelt de Afdeling ten aanzien van de milieuvergunning het volgende. Deze milieuvergunning biedt geen aanknopingspunten voor het oordeel dat bij de verlening daarvan een toets aan artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn heeft plaatsgevonden .” 
       
       
     
     
       5.6. 
       
         In artikel 2.1.1 van de Beleidsregel omgevingsrecht Noord-Brabant is het begrip ‘referentiesituatie’ als volgt gedefinieerd: “toestemming als bedoeld in het begrip toestemming, onder 1˚, 3˚en 4˚, of bij het ontbreken daarvan een op de Europese referentiedatum aanwezige toestemming als bedoeld in het begrip toestemming, onder 2˚ en 5˚, waarbij de laagst toegestane depositie vanaf de referentiedatum geldt;”.  Het begrip ‘toestemming’ is als volgt gedefinieerd:  “ •	1°. onherroepelijke vigerende natuurvergunning  (…); 
         
           •	3°.een activiteit waarvoor geen natuurvergunningplicht was opgenomen, maar die wel voldeed aan artikel 2.8 van de Wet natuurbescherming; 
         
         
           •	4°.een activiteit als bedoeld in artikel 9.4, achtste lid van de Wet natuurbescherming (…); of  (…)” . 
         Artikel 2.1 van de Beleidsregel Natuurbescherming Noord-Brabant, die gold ten tijde van het bestreden besluit, bevatte een soortgelijke definitie.  
       
       
     
     
       5.7. 
       In de milieuvergunning van 2002 voor het bedrijf van de derde-partij staat de volgende passage: “ De beide genoemde gebieden zijn gebieden welke zijn aangewezen respectievelijk aangemeld als een gebied waarop een beschermende werking van toepassing is in het kader van de Vogel- en Habitatrichtlijn. In het kader van gebiedsbescherming dienen deze richtlijnen nog te worden geïmplementeerd in de Natuurbeschermingswet en dient in het kader van deze vergunning te worden getoetst of een Wm-vergunning kan worden verleend. Gelet op de aangegeven activiteiten kan het volgende worden geconcludeerd. De instandhoudingsdoelstellingen voor deze 2 gebieden (gericht op open graslanden, bossen en kamsalamanderleefgebied) worden ons inziens niet aangetast door de aangevraagde activiteiten. Gelet hierop kan de Wm-vergunning worden verleend .” De twee gebieden die worden genoemd in het besluit betreffen het natuurgebied Loonse en Drunense Duinen en het natuurgebied De Brand.  
       
     
     
       5.8. 
       De rechtbank is van oordeel dat de milieuvergunning uit 2002 niet kan worden aangemerkt als een besluit waar artikel 9.4, achtste lid van de Wnb op van toepassing is. De milieuvergunning is geen referentiesituatie voor het project van de derde-partij zoals dat ten tijde van het bestreden besluit en nu in werking is. De rechtbank heeft meerdere redenen voor dit oordeel. 
       
       
         5.8.1. 
         De milieuvergunning uit 2002 is verleend vóór 2009 en berust niet op de Natuurbeschermingswet 1998. Maar de milieuvergunning uit 2002 biedt geen aanknopingspunten voor het oordeel dat bij de verlening van de milieuvergunning artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn in acht zijn genomen. Weliswaar worden instandhoudingsdoelstellingen van niet concreet aangeduide habitattypen in twee natuurgebieden genoemd, maar er wordt geen enkele onderbouwing gegeven voor de conclusie dat deze instandhoudingsdoelstellingen niet worden aangetast. Zo worden de gevolgen van de activiteiten niet beschreven en wordt de significantie van deze gevolgen op de habitattypen niet beoordeeld. De rechtbank neemt hierbij in aanmerking dat het bedrijf een zeer hoge stikstofdepositie heeft op het Natura 2000-gebied, die met geen enkel woord wordt genoemd in de passage. Uit de passage volgt daarom onvoldoende dat de milieuvergunning is verleend met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. 
         
       
       
         5.8.2. 
         De rechtbank stelt verder vast dat in de milieuvergunning van 2002 er ten onrechte van wordt uitgegaan dat beide natuurgebieden op dat moment formeel waren beschermd. Dat klopt niet helemaal. De natuurgebieden liggen weliswaar nu in het Natura 2000-gebied “Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen” maar zijn pas formeel beschermd per 7 december 2004 omdat het gebied pas op dat moment op de lijst van gebieden van communautair belang als bedoeld in artikel 4 tweede lid van de Habitatrichtlijn is geplaatst. De vraag is hoe in een milieuvergunning artikel 6, derde lid van de Habitatrichtlijn in acht kan worden genomen als het betreffende gebied op dat moment nog niet formeel wordt beschermd door de Habitatrichtlijn. Uit het arrest van het Hof van Justitie van de Europese Unie van 14 september 2006  kan worden afgeleid dat de lidstaten na aanmelding van een gebied bij de Europese Commissie geen ingrepen mogen toestaan die de ecologische kenmerken van een gebied ernstig kunnen aantasten. In de milieuvergunning uit 2002 worden de voorkomende habitattypen in de natuurgebieden uiterst globaal genoemd. De omschrijving verschilt van de aanwijzing van de habitattypen in het Natura 2000-gebied “Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen”. De gevolgen van de zeer hoge stikstofdepositie worden niet benoemd. Het bedrijf ligt ook in de nabijheid van het Natura 2000-gebied “Kampina & Oisterwijkse Vennen” dat in 2002 werd beschermd op grond van de Vogelrichtlijn , maar over de gevolgen van het bedrijf voor dat Natura 2000-gebied wordt met geen enkel woord gerept. Uit de passage in de milieuvergunning van 2002 volgt dan ook onvoldoende dat de milieuvergunning is verleend met inachtneming van de rechtspraak over de bescherming van gebieden voor plaatsing op de lijst van gebieden van communautair belang als bedoeld in artikel 4 tweede lid van de Habitatrichtlijn.  
         
       
       
         5.8.3. 
         De rechtbank stelt daarnaast vast dat de milieuvergunning uit 2002 is verlopen (geëxpireerd). De looptijd van 10 jaar van de vergunning is inmiddels verstreken. De milieuvergunning is daarvoor van rechtswege (automatisch) vervallen met de verlening van een revisievergunning in 2012 nadat deze onherroepelijk is geworden. Desgevraagd heeft het college ter zitting bevestigd dat in de revisievergunning uit 2012 geen enkele overweging is gewijd aan de nabijgelegen Natura 2000-gebieden (die in 2012 wel waren beschermd). De milieuvergunning van 2002 kan geen referentiesituatie opleveren omdat deze is vervallen voordat deze is verlopen. De rechtbank neemt hierbij in aanmerking dat de mogelijkheid in artikel 9.4, tiende lid van de Wnb om een besluit waarop artikel 9.4, achtste lid van de Wnb van toepassing is, te corrigeren, in dit geval ook geen soelaas kan bieden omdat een besluit dat is vervallen nu eenmaal niet kan worden ingetrokken of gewijzigd.  5.9.	 Tot slot is de rechtbank van oordeel dat de werking van artikel 9.4, achtste lid van de Wnb beperkt is. Het is een uitzondering op de hoofdregel van de vergunningplicht ingevolge artikel 2.7, tweede lid van de Wnb. De rechtbank neemt hierbij in aanmerking dat in artikel 9.4, achtste lid van de Wnb vergunningen van voor 2009 waarbij artikel 6, derde lid van de Habitatrichtlijn in acht is genomen, niet zijn gelijkgesteld met een natuurvergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid van de Wnb. Hiermee verschilt een besluit waar artikel 9.4, achtste lid op van toepassing is van bijvoorbeeld een vergunning als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998. Dergelijke vergunningen zijn ingevolge artikel 9.4, eerste lid van de Wnb wel gelijkgesteld met natuurvergunningen. De uitzondering die wordt gemaakt in artikel 9.4, achtste lid van de Wnb geldt naar het oordeel van de rechtbank alleen voor het project dat is vergund in het besluit waar artikel 9.4, achtste lid van de Wnb op van toepassing is. Dat is begrijpelijk uit het oogpunt van rechtszekerheid. Maar de uitzondering geldt niet voor een daaropvolgend project (omdat het anders voor de hand had gelegen dat het besluit in de Wnb zou zijn gelijkgesteld met een natuurvergunning). Een besluit waar artikel 9.4, achtste lid van de Wnb op van toepassing is, kan alleen daarom al geen referentiesituatie voor een ander project opleveren. De definitie van het begrip “referentiesituatie” in artikel 2.1.1 van de Beleidsregel omgevingsrecht Noord-Brabant is in zoverre ook onjuist.  5.9.1.	Naar het oordeel van de rechtbank is het bedrijf, zoals vergund in 2012 met een uitbreiding van de doorzet, een nieuw project waarop de uitzondering van artikel 9.4, achtste lid van de Wnb niet meer van toepassing is. De rechtbank vindt steun voor dit oordeel in rechtsoverweging 17.5 van de uitspraak van 18 december 2024. Daarin overweegt de Afdeling dat, wanneer een project, dat beschikt over een natuurtoestemming of een milieutoestemming van voor de referentiedatum die nadien is gecontinueerd, niet langer als één-en-hetzelfde project wordt voortgezet, sprake is van een gewijzigd en daarmee van een nieuw project. In dit geval is het bedrijf na de milieuvergunning van 2002 niet ongewijzigd voortgezet maar zijn voor het bedrijf meerdere uitbreidingen vergund. Het verzoek om handhaving wegens overtreding van het verbod in artikel 2.7, tweede lid van de Wnb ziet op het bedrijf zoals dat in werking was ten tijde van het verzoek en niet op het bedrijf als vergund in 2002. Gelet op het bovenstaande oordeel kan een beroep op artikel 9.4, achtste lid van de Wnb, als dat al zou slagen, het bedrijf niet baten. 
         
         
           6. De rechtbank concludeert dat het college onvoldoende heeft gemotiveerd waarom het verzoek om handhaving van eiseres heeft afgewezen. Het verbod in artikel 2.7, tweede lid van de Wnb is wel van toepassing op het bedrijf, met andere woorden, het bedrijf heeft een natuurvergunning nodig en beschikt daar nu niet over. Wat partijen verder hebben aangevoerd, kan niet tot een ander oordeel leiden. 
         
         
       
     
   
   
     Conclusie 
     7. Het bestreden besluit is genomen in strijd met artikel 2.7, tweede lid van de Wnb omdat ten onrechte is aangenomen dat geen sprake is van een overtreding. Daarom komt het besluit voor vernietiging in aanmerking. 
     
     
       7.1. 
       De rechtbank ziet in rechtsoverweging 24 van de uitspraak van de Afdeling van 18 december 2024  geen aanleiding om de rechtsgevolgen van het vernietigde bestreden besluit in stand te laten. In die uitspraak wordt voor bepaalde activiteiten voorzien in een overgangsperiode van vijf jaar waarbinnen niet handhavend mag worden opgetreden. Het gaat om activiteiten die fysiek zijn gestart tussen 1 januari 2020 en 1 januari 2025 én waarvoor op grond van de voorheen geldende rechtspraak over intern salderen geen vergunning nodig was. De overgangsperiode is niet van toepassing op dit bedrijf omdat de activiteiten waarop het verzoek om handhaving ziet vóór 1 januari 2020 fysiek zijn gestart en omdat ingevolge de hiervoor geldende rechtspraak geen sprake kon zijn van intern salderen.  
       
     
     
       7.2. 
       De rechtbank laat in het midden of de aanvraag van 10 mei 2021 een concreet zicht op legalisatie oplevert, mede omdat het college nog een besluit moet nemen op deze aanvraag. De rechtbank geeft het college de opdracht een nieuw besluit te nemen op het bezwaar van eiseres tegen de afwijzing van haar handhavingsverzoek met inachtneming van deze uitspraak. Het college moet dat besluit binnen 12 weken na dagtekening van deze uitspraak nemen.   
       
     
     
       7.3. 
       Omdat het beroep gegrond is moet het college het griffierecht aan eiseres vergoeden en krijgt eiseres ook een vergoeding van haar proceskosten. Het college moet deze vergoeding betalen. Deze vergoeding bedraagt € 1.814,- omdat de gemachtigde van eiseres een beroepschrift heeft ingediend en een waarnemer van de gemachtigde aan de zitting heeft deelgenomen.  
       
       
       
     
   
   
     Beslissing 
     
     
       De rechtbank: 
     
     
       
         verklaart het beroep gegrond; 
       
       
         vernietigt het bestreden besluit op bezwaar van 15 februari 2024; 
       
       
         draagt het college op binnen 12 weken na de dag van verzending van deze uitspraak een nieuw besluit te nemen op het bezwaar met inachtneming van deze uitspraak; 
       
       
         bepaalt dat het college het griffierecht van € 371,- aan eiseres moet vergoeden; 
       
       
         veroordeelt het college tot betaling van € 1.814,- aan proceskosten aan eiseres. 
       
     
     
     
       Deze uitspraak is gedaan door mr. M.J.H.M. Verhoeven, voorzitter, en mr. D.J. Hutten en mr. R.H.W. Frins, leden, in aanwezigheid van mr. M.P.C. Moers-Anssems, griffier. De uitspraak is uitgesproken in het openbaar op 24 maart 2025. 
     
     
     
     
     
     
     
     
       
         de griffier is verhinderd de uitspraak te ondertekenen						voorzitter 
     
     
     
     
     
       
         Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op: 
     
     
     
     
   
   
     Informatie over hoger beroep 
     Een partij die het niet eens is met deze uitspraak, kan een hogerberoepschrift sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin wordt uitgelegd waarom deze partij het niet eens is met de uitspraak. Het hogerberoepschrift moet worden ingediend binnen zes weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. Kan de indiener de behandeling van het hoger beroep niet afwachten, omdat de zaak spoed heeft, dan kan de indiener de voorzieningenrechter van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State vragen om een voorlopige voorziening (een tijdelijke maatregel) te treffen. 
     
     
     
     
     
     
     
   
   
     Bijlage: voor deze uitspraak belangrijke wet- en regelgeving 
     
     
       
         Aanvullingswet natuur Omgevingswet 
       
       
         Artikel 2.4  5. Artikel 5.1, eerste lid, aanhef en onder e, van de Omgevingswet is niet van toepassing op besluiten als bedoeld in artikel 9.4, achtste of negende lid, van de Wet natuurbescherming die onherroepelijk zijn. De paragrafen 5.1.3, 5.1.4 en 5.1.5 van de Omgevingswet zijn van overeenkomstige toepassing. 
     
     
     
       Artikel 2.9 
     
     1. Als voor de inwerkingtreding van deze wet een aanvraag om een besluit op grond van de Wet natuurbescherming is ingediend, blijft het oude recht van toepassing: 
     a. als tegen het besluit beroep openstaat, tot het besluit onherroepelijk is, 
     b. als tegen het besluit geen beroep open staat, tot het besluit van kracht is. 
     
       (…) 
       
         
         Wet natuurbescherming 
       
       
         Artikel 2.7 
       (…) 
     
     2. Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. 
     3. Gedeputeerde staten verlenen een vergunning als bedoeld in het tweede lid uitsluitend indien is voldaan aan artikel 2.8. 
     
       (…) 
       
         Artikel 2.8 
     
     1. Voor een plan als bedoeld in artikel 2.7, eerste lid, of een project als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, maakt het bestuursorgaan, onderscheidenlijk de aanvrager van de vergunning, een passende beoordeling van de gevolgen voor het Natura 2000-gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen voor dat gebied. 
     2. In afwijking van het eerste lid hoeft geen passende beoordeling te worden gemaakt, ingeval het plan of het project een herhaling of voortzetting is van een ander plan, onderscheidenlijk project, of deel uitmaakt van een ander plan, voor zover voor dat andere plan of project een passende beoordeling is gemaakt en een nieuwe passende beoordeling redelijkerwijs geen nieuwe gegevens en inzichten kan opleveren over de significante gevolgen van dat plan of project. 
     3. Het bestuursorgaan stelt het plan uitsluitend vast, en gedeputeerde staten verlenen voor het project, bedoeld in het eerste lid, uitsluitend een vergunning, indien uit de passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat het plan, onderscheidenlijk het project de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zal aantasten. 
     
       (…) 
       
         Artikel 9.4 
       (…) 
     
     8. Artikel 2.7, tweede lid, is niet van toepassing op projecten en andere handelingen ten aanzien waarvan, voor 1 februari 2009, op grond van een andere wettelijke grondslag dan artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998 en met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn, een besluit is genomen waarbij dat project of die handeling is toegestaan, dan wel een aanvraag voor het nemen van dat besluit is gedaan en dat besluit na die datum onherroepelijk is geworden. 
     (…) 
     10. Een besluit als bedoeld in het achtste of negende lid, kan door het bevoegd gezag dat het besluit heeft genomen, worden gewijzigd of ingetrokken in de gevallen, bedoeld in artikel 5.4, eerste of tweede lid. 
   
   
      Raadpleegbaar op  https://www.natura2000.nl/gebieden/noord-brabant/loonse-en-drunense-duinen-leemkuilen/loonse-en-drunense-duinen-leemkuilen-2 .  
   
   
      ECLI:NL:RVS:2014:3284. 
   
   
      ECLI:NL:RVS:2024:4923. Hierna wordt naar de rechtsoverwegingen in deze uitspraak verwezen. De Afdeling heeft op dezelfde dag ook een andere uitspraak over deze materie gedaan. Zie ECLI:NL:RVS:2024:4909. 
   
   
      Arresten van 10 november 2022, ECLI:EU:C:2022:864 en 15 juni 2023, ECLI:EU:C:2023:477.  
   
   
      Richtlijn 92/43/EEG. 
   
   
      ECLI:NL:RBOVE:2022:l277. 
   
   
      ECLI:NL:RVS:2023:1739. 
   
   
      ECLI:NL:RVS:2021:71. 
   
   
      ECLI:NL:RVS:2024:4923. 
   
   
     
       Kamerstukken II  2011/12, 33 348, nr. 3, p. 290 
   
   
      ECLI:NL:RVS:2023:1739. 
   
   
      ECLI:NL:RBMNE:2023:1714. 
   
   
      ECLI:NL:RVS:2024:1147. 
   
   
      ECLI:EU:C:2006:579 
   
   
      Richtlijn 2009/147/EG.  
   
   
      ECLI:NL:RVS:2024:4923