প্রতাপদিত্যের সময় যে সকল জেসুইট পাদরী এতদ্দেশে আগমন করিয়াছিলেন র্তাহীদের বিবরণে সুন্দরবনের যে বর্ণনা দৃষ্ট হয় তাহাতে তাহার নিবিড় অরণ্য ও বন্ত জস্তুর উল্লেখ দেখিতে পাওয়া যায়
প্রতাপাদিত্যের রাজধানী ও তার স্থাপিত গ্রাম নগর গড় চত্তর প্রভৃতির চিহ্ন অদ্যপি সুন্দরবনের মধ্যে বিদ্যমান থাকিয়া ষোড়শ শতাব্দীতে ইহা কিরূপ গৌরবময় হইয়াছিল তাহার পরিচয় প্রদান করিতেছে
সপ্তদশ শতাব্দী হইতে আবার ইহার জনপদসমূহ নিবিড় অরণ্যে পরিণত হইতে আরম্ভ হয়
যে কারণে সুন্দরষনের নিবিড় অরণ্য নিবিড়তম হয় সাধারণতঃ তাহার দুইটি কারণ অনুমিত হয়ে থাকে
তাহার প্রথম কারণ জলপ্লাবন ও ভূমিকম্প এবং দ্বিতীয় কারণ মগ ও ফিরিঙ্গী জলদ্বস্বাগণের অত্যাচার
এই দুই কারণে ইহার অধিবাসিগণ ইহার মধ্যস্থ গ্রাম নগর পরিত্যাগ করিয়া পলায়ন করিতে বাধ্য হওরায় সুন্দরবনের সপ্তদশ শতাব্দী আবার ধ্বংসারম্ভ
বাংলার জমিদারদের মধ্যে প্রতাপাদিত্য ছিলেন প্রথম ব্যক্তি যিনি মুঘল সুবাদার ইসলাম খানের অনুগ্রহ পাওয়ার জন্য প্রতিনিধি প্রেরণ করেন
সালে প্রতাপাদিত্যের প্রতিনিধি হিসাবে শায়খ বারি এবং তার কনিষ্ঠ পুত্র সংগ্রামাদিত্য প্রচুর উপঢৌকন নিয়ে সুবাদারের দরবারে হাজির হন
চুক্তি অনুসারে প্রতাপাদিত্য কে সশরীরে হাজির হবার শর্তে রাজপুত্র সংগ্রমাদিত্য কে সুবাদারের জিম্মায় রেখে দেয়া হয়
সালে আত্রাই নদীর তীরে প্রতাপাদিত্য মুঘল সুবাদারের নিকট আত্মসমর্পণ করেন
প্রতাপাদিত্য এই মর্মে রাজি হন যে তার রাজ্যে ফেরত যাবার পর তিনি যুদ্ধজাহাজ নিয়ে তার কনিষ্ঠ পুত্র সংগ্রাম আদিত্যকে মুঘল সামরিক বাহিনীতে যোগদান করার জন্য প্রেরণ করবেন
এবং তিনি নিজে আড়িয়াল খাঁ নদী ধরে পাইক এক হাজার অশ্বারোহী এবং সামরিক নৌযান নিয়ে মুসা খানের বিরুদ্ধে অভিযান পরিচালনা করবেন
প্রতাপাদিত্য তাঁর প্রতিজ্ঞা না রাখার কারণে সুবাদার ইসলাম খান তার বিরুদ্ধে সামরিক অভিযানের প্রস্তুতি গ্রহণ করেন
আসন্ন আক্রমণের আশঙ্কায় তিনি আশিটি নৌযান নিয়ে তার কনিষ্ঠ পুত্র সংগ্রামাদিত্য কে সুবাদারের নিকট প্রেরণ করেন
কিন্তু সুবাদার নৌযানগুলো গ্রহণ না করে ধ্বংসের নির্দেশ দেন
প্রতাপাদিত্য আফগান বংশোদ্ভূত সৈনিক এবং ভাড়াটিয়া পর্তুগীজ সৈনিকদের সমন্বয়ে একটি শক্তিশালী সেনাবাহিনী গড়ে তুলেছিলেন
তিনি উদিত্যনারায়ন কে সলকা দুর্গ রক্ষার দায়িত্ব দেন
উদিত্যনারায়ণের সাথে ছিল জামাল খান নামে এক আফগান সেনাপতি
জামাল খান ছিলেন অশ্বারোহী এবং হস্তী বাহিনীর প্রধান
আর একজন আফগান নৌযানের একটি নৌবহর এর নেতৃত্ব দেন
মোঘলরা অশ্বারোহী হয় এবং বন্দুকধারীর এক বিশাল বাহিনী প্রেরণ করে
এই বাহিনীতে বেশ কিছু অভিজ্ঞ সামরিক কর্মকর্তা ছিলেন যেমন মির্জা মাক্কীহ ইফতিকার খান মির্জা সাইফুদ্দিন শেখ ইসমাইল ফতেপুরী সায়েক কয়সার এবং লাচ্মি রাজপুত
মুঘল পদাতিক বাহিনীর প্রধান ছিলেন সুবাদার ইসলাম খানের ভ্রাতা গিয়াস খান ওরফে এনায়েত খান
একই সময় তার জামাতা বাকলার রাজা রামচন্দ্রের বিরুদ্ধে আরেকটি অভিযান প্রেরণ করা হয় যাতে তিনি বাকলা থেকে যশোরের সাহায্যে এগিয়ে আসতে না পারেন
সালের ডিসেম্বর মাসে মুঘল বাহিনী ইছামতি এবং ভৈরব নদীর তীর ধরে যশোরের উদ্দেশ্যে অগ্রসর হতে থাকে
দ্রুত তারা যমুনা এবং ইছামতি সঙ্গমস্থলে সলাকা নামক একটি স্থানে পৌঁছায়
মুঘল বাহিনীর সলকার দিকে অগ্রসর হলে উদিত্যনারায়ণ আচমকা তাদের উপর আক্রমণ করেন
মুঘল বাহিনী কিছুটা ক্ষতিগ্রস্ত হয়
তিনি আফগান জামাল খান কে দুর্গের দায়িত্বে রেখে যান
যশোর বাহিনী মুঘল বাহিনীকে পশ্চাদপসরণ করতে বাধ্য করে
পরে গোলন্দাজ বাহিনীর প্রবল আক্রমণের মুখে যশোর বাহিনীর ব্যাপক ক্ষতিসাধন হয়
জামাল খান তার হস্তী বাহিনী নিয়ে উদিত্য নারায়ণ কে অনুসরণ করেন
প্রতাপাদিত্য দ্বিতীয়বারের মতো যুদ্ধের প্রস্তুতি নেন
এবারের যুদ্ধক্ষেত্র খাগড়াঘাট খাল এবং যমুনার সংগম স্থান
জনুয়ারি সালে মুঘল বাহিনী যশোর বাহিনীকে আক্রমণ করে এবং তাদের দুর্গের অভ্যন্তরে অবস্থান নিতে বাধ্য করে
যশোর বাহিনীর বিপুল গোলাবর্ষণের মাধ্যমে মুঘল বাহিনীর অগ্রসরকে বাধা দেয়
কিন্তু এক অতর্কিত আক্রমণে মোগলবাহিনী দুর্গ দখল করে নেয়
প্রতাপাদিত্য বাধ্য হয়ে দুর্গের নিয়ন্ত্রণ ছেড়ে পালিয়ে যান
দ্বিতীয়বারের মতো পরাজয়ের পর প্রতাপাদিত্যের ভাগ্য নির্ধারিত হয়ে যায়
রাজা মান সিং লক্ষ্মীকান্ত কে সিংহাসনে বসার জন্য অনুরোধ করেন
কিন্তু তিনি তা প্রত্যাখ্যান করেন
ভবানন্দ মজুমদার নামে প্রতাপাদিত্যের এক কর্মচারীকে সিংহাসনে বসানো হয়
পরবর্তীতে তিনি নদীয়া রাজপরিবারের পত্তন করেন
রাজা প্রতাপাদিত্য একজন যোগ্য প্রশাসক ছিলেন
তার সময় দেশে আইনের শাসন বজায় ছিল
কবি ভারত চন্দ্র লিখেছিলেন প্রতাপাদিত্যের আমীর ওমরাহগনের মধ্যে সূর্যকান্ত ও শংকর প্রতিপত্তিশালী ছিলেন
সুপন্ডিত ধীরস্থির কর্তব্যকাসার এবং ব্রাহ্মনোচিত প্রতিভা সম্পন্ন শংকর চক্রবর্তী রাজস্ব ও রাজ্য শাসনের ব্যাপারে পরিদর্শন করতেন
মহাযোদ্ধা অসমসাহসী সবশাস্ত্র বিশারদ এবং লোক পরিচালনে অদ্বিতীয় ক্ষমতাশালী সূর্যকান্ত রাজত্বের প্রথম ভাগে রাজ্যের প্রধান সেনাপতি ছিলেন
তিনি সৈন্য রক্ষণ যুদ্ধব্যবস্থা ও বলসঞ্চয়ের দায়িত্ব পালন করতেন
শঙ্কর দেওয়ান ও মন্ত্রণা বিভাগের কর্তা এবং সূর্যকান্ত সৈন্যবিভাগের অধ্যক্ষ
প্রতাপাদিত্যের রাজ্য বৃহত্তর পরগনা যশোর এবং খুলনা নিয়ে গঠিত ছিল
বর্তমান কুষ্টিয়া বরিশাল এবং ভোলাও তার রাজ্যের অন্তর্ভুক্ত ছিল
প্রথম পর্যায়ে প্রতাপাদিত্যের রাজধানী ছিল মুকুন্দপুর অঞ্চলে
পরবর্তীতে ধুমঘাটে বা ঈশ্বরীপুর অঞ্চলে রাজধানী স্থাপন করেছিলেন তিনি
পরে ধুমঘাটেরই নাম হয় যশোহর
প্রধান নিবন্ধ যশোরেশ্বরী কালী মন্দির যশোরের পৃষ্ঠপোষক দেবতা ছিলেন যশোরেশ্বরী
জনপ্রিয় কিংবদন্তীর মতে এক সকালে রাজপরিবারের একজন সাধারণ কর্মকর্তা কাছাকাছি একটি বন থেকে আলোকিত আলো আবিষ্কার করেছিলেন
যখন তাকে অবহিত করা হল তখন তিনি আলোর উৎস অনুসন্ধানে যান
জঙ্গলের ভিতর গভীরে তিনি মা কালীর একটি মূর্তি খুঁজে পেয়েছিলেন যা আলো নির্গত করছিল
তিনি উপলব্ধি করেছিলেন যে এটি পৃষ্ঠপোষক দেবতার মূর্তি তাঁর রাজ্য ও তার জনগণের রক্ষাকর্তা
তাই তিনি মূর্তিটি তার রাজধানীতে নিয়ে এসে একটি মন্দির নির্মাণ করেছিলেন যাতে সে উপাসনা করতে পারে
প্রতাপের রাজত্বকালে তিনি প্রয়োজন বুঝে নানা স্থানে দূর্গ নির্মাণ করেন
প্রতাপের দূর্গসমূহ পশ্চিমে হুগলী নদী থেকে পূর্বে বালেশ্বর নদী পর্যন্ত এলাকা জুড়ে ছিল
কিছু কিছু দূর্গের ভগ্নাবশেষ এখনো দেখতে পাওয়া যায়
তাদের মধ্যে উল্লেখযোগ্য টি দুর্গ ছিল যশোর ধুমঘাট রায়গর কমলাপুর বেদকাশি শিবসা প্রতাপনগর শালিখা মাতলা হায়দার গড় আড়াই কাকি মানি রায়মঙ্গল এ অবস্থিত ছিল
সাতটি দুর্গ ছিল বর্তমান কলকাতায় অবস্থিত
স্থানগুলো হল মাতলা রায়গর তালা বেহালা শালিকা চিৎপুর এবং মুলাগড়
প্রতাপ হিন্দুরাজা হয়েও পাঠান ও পর্তুগীজ সৈন্যরা যুদ্ধে অধিকতর দক্ষ ছিলেন বলে তাদের নিযুক্ত করতেন
প্রতাপের সেনাবাহিনীতে নয়টি ভাগ ছিল
প্রধান সেনাপতির অধীন এর প্রত্যেক বিভাগে পৃথক পৃথক সেনানী ছিল
সেনাবাহিনীতে ঢালি বা পদাতিক সৈন্য অশ্বারোহী সৈন্য তীরন্দাজ সৈন্য গোলন্দাজ সৈন্য নৌ সৈন্য গুপ্ত সৈন্য রক্ষী সৈন্য হস্তী সৈন্য পার্বত কুকী সৈন্য এই নয় বিভাগে বিভক্ত ছিল
যুদ্ধে ঢাল তলোয়ার শড়কী বল্লম লেজা কামান বন্দুক বর্শা তীর প্রভৃতি অস্ত্র শস্ত্র ব্যবহৃত হতো
প্রতাপের গোলন্দাজ বাহিনীর অধ্যক্ষ ছিলেন ফ্রান্সিসকো রড়া
নৌবাহিনীর প্রধান ছিলেন অগষ্টাস পেড্রো
সুখা নামক এক দুঃসাহসী বীর গুপ্ত বাহিনীর প্রধান ছিলেন
রক্ষী বাহিনীর প্রধান ছিলেন রত্নেশ্বর বা যজ্ঞেশ্বর নয় বিজয় রাম ভক্ত চৌধুরী প্রমুখ
হস্তী সৈন্য বাহিনীর কোন অধ্যক্ষের নাম পাওয়া যায় না
পদাতিক বাহিনী প্রধানের নাম ছিল কালিদাস রায় এবং মদন মল্ল
ভারতচন্দ্র এর লেখা অনুসারে প্রতাপাদিত্যের সেনাবাহিনীতে ঢালী ছিল
তাদের সেনাপতির নাম ছিল রঘু
অশ্বারোহী বাহিনীতে হাজার সৈন্য ছিল
যাদের সেনাপতি ছিলেন প্রতাপ সিংহ দত্ত
মহিউদ্দিন এবং নুরুল্লা ছিলেন তার সহকারী
তীরন্দাজ বাহিনীর প্রধান ছিলেন সুন্দর এবং ধুলিয়ান বেগ
হাতিকে যুদ্ধের জন্য প্রশিক্ষণ দেয়া হয়েছিল
এছাড়াও প্রতাপাদিত্যের একটি শক্তিশালী গোয়েন্দা বাহিনী ছিল
প্রতাপাদিত্যের সেনাবাহিনীর বেশিরভাগ সদস্য ছিলেন বাঙ্গালী কায়স্থ রাজপুত পর্তুগিজ সৈন্য এবং আফগান মুসলমান
বহু সংখ্যক আরকানিজ এবং কুকি সম্প্রদায়ভুক্ত সৈন্য তার বাহিনীতে ছিল
তার বাহিনীর সেনাপতিদের মধ্যে ছিলেন জামাল খান গোত্র খানের পুত্র এবং খোজা কমল এরা সবাই আফগান মুসলমান ছিলেন
এছাড়াও ছিলেন একজন বাঙালি ব্রাহ্মণ যার নাম ছিল রুদ্রদীত্য উপাধ্যায়
রুদ্রদীত্য ছিল তার ভ্রাতুষ্পুত্রী এর জামাতা
বাংলার উপকণ্ঠে পর্তুগীজ জলদস্যু এবং আরাকান জলদস্যুদের ক্রমাগত আক্রমণের প্রেক্ষাপটে বাংলার কোন শাসকই একটি শক্তিশালী নৌবাহিনী প্রয়োজনীয়তাকে অস্বীকার করতে পারেননি
বারো ভূঁইয়াদের সবারই নিজস্ব নৌ বাহিনী ছিল
অধ্যাপক রাধা কুমুদ মুখার্জি এর পর্যালোচনায় যুদ্ধ জাহাজগুলো সাধারনত সুন্দরবনের কাঠ দ্বারা নির্মিত হত
কিছু কিছু জাহাজে টি দাড় থাকত
এসকল নৌযানের বেশিরভাগই কামান দ্বারা সজ্জিত থাকত
ওলান্দাজ ঐতিহাসিক জস গমানসের মতে সে সময় মুঘলদের নৌযানের সংখ্যা ছিল টি
তখন রাজা প্রতাপাদিত্যের নৌযানে সংখ্যা ছিল তার প্রায় দ্বিগুণ
প্রতাপাদিত্যের নৌবাহিনী প্রথমে বাঙালি সেনাপতিদের অধীনে থাকলেও পরবর্তীতে পর্তুগিজ সেনাপতিদের হাতে এর নেতৃত্ব প্রদান করা হয়েছিল
প্রতাপাদিত্য নিম্নবঙ্গ ও সুন্দরবন অঞ্চলে নদীনালা ও খাল বিলের কথা বিবেচনা করে নৌশক্তি ও নৌবাহিনীর দিকে মনোনিবেশ করেন
দেশে প্রয়োজনীয় সরঞ্জামের সংস্থান নদীর অবস্থা ও উপকূলের প্রকৃতি বিচার করে কাতরী নির্মাণ করেন