মুহাম্মদ ইবনে ইয়াসের মতে মামলুক সালতানাতের শেষের দিকে আলআজহার নয় বরং সালিহিয়া মাদ্রাসাকে উলামাদের দুর্গ হিসেবে দেখা হত
উসমানীয়রা খ্রিষ্টাব্দে মিশর অধিকার করে
এরপর সরাসরি রাজকীয় পৃষ্ঠপোষকতা বন্ধ হয়ে গেলেও তুর্কিরা মসজিদ ও শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানের প্রতি সশ্রদ্ধাভাব দেখিয়েছে
উসমানীয় সুলতান প্রথম সেলিম তার মিশরে অবস্থানের শেষ সপ্তাহে আলআজহারে জুমার নামাজ আদায় করেছিলেন
তবে তিনি এসময় মসজিদের জন্য কিছু দান করেননি
পরবর্তীতে উসমানীয় আমিররা নিয়মিতভাবে আলআজহারে জুমার নামাজ আদায় করতেন
তারা মসজিদে খুব বেশি ভর্তুকি দিতেন না তবে বিভিন্ন উপলক্ষে শিক্ষক ও শিক্ষার্থীদের বৃত্তি দেয়া হত
উসমানীয় যুগের প্রথমদিকে শুধু দুইজন উসমানীয় ওয়ালি আলআজহার মসজিদের সংস্কার করেছিলেন
প্রথম সেলিমের কাছে মামলুকরা পরাজিত হলেও মিশরীয় সমাজে তাদের প্রভাব ছিল
উসমানীয় গভর্নরদের অধীনে তারা বে সর্দার হিসেবে ছিলেন
প্রথম সেলিমের অধীনে প্রথমে ইউনুস পাশা মিশরের উসমানীয় গভর্নর হন
কিন্তু তার দুর্নীতি কারণে সুলতান সেলিম তার স্থলে মামলুক আমির খাইর বেকে নিযুক্ত করেন
খাইর বে মার্জ দাবিকের যুদ্ধে উসমানীয়দের সহায়তা করেছিলেন
মামলুকরা তাদের সালতানাত পুনপ্রতিষ্ঠার জন্য কয়েকবার বিদ্রোহ করেছিল এর মধ্যে দুইটি বিদ্রোহ খ্রিষ্টাব্দে সংঘটিত হয়
তবে উসমানীয়রা মিশরের ক্ষমতা কাঠামো থেকে মামলুকদের সম্পূর্ণরূপে অপসারণ করতে সক্ষম হয়
উসমানীয়দের বিজয়ের ফলে মামলুকরা অর্থনৈতিক ও সামরিক উভয় ক্ষেত্রে ক্ষতিগ্রস্ত হয়
শ শতাব্দী নাগাদ মামলুক অভিজাতরা তাদের প্রভাবের অনেকাংশ ফিরে পায় এবং কায়রো এবং আলআজহারের বিভিন্ন সংস্কারকার্যে অর্থসহায়তা প্রদান করে
ক্ষমতাশালী মামলুক বে আলকাযদুগলি শ শতাব্দীর প্রথম দিকে বেশ কয়েকবার মসজিদের সংস্কার করেছেন
তার নির্দেশনায় খ্রিষ্টাব্দে অন্ধ ছাত্রদের রিওয়াক প্রতিষ্ঠিত হয়
কাইতবাইয়ের সময় প্রতিষ্ঠিত তুর্কি ও সিরিয়ান রিওয়াকে তিনি অর্থ সহায়তা করেছেন
খ্রিষ্টাব্দে আবদুর রহমান কাতখুদা জানিসারি প্রধান নিযুক্ত হন
তিনি কায়রো ও আলআজহারে বেশ কিছু নির্মাণ কাজ করেছেন
তার নির্দেশনা অণুযায়ী বাব আলমুজাইয়িনিন নাপিতদের ফটক বাব আলসায়িদা সায়িদি ফটক ও বাব আলশুরবা সুপ ফটক নামক তিনটি ফটক নির্মিত হয়
প্রথম ফটকের বাইরে ছাত্ররা তাদের চুল কাটত বিধায় এই নাম হয়
দ্বিতীয় ফটকটি মিশরের সায়িদি গোষ্ঠীর নামে রাখা হয়েছে
তৃতীয় ফটক দিয়ে ছাত্রদের জন্য খাবার প্রায়শ ভাতের সুপ আনা হত
দক্ষিণে একটি নামাজের স্থান যুক্ত করায় ফলে নামাজের স্থান দ্বিগুণ হয়
কাতখুদা মসজিদের কয়েকটি রিওয়াক পুনর্নির্মাণ করেছিলেন
তাকে আলআজহারে তার নির্মিত সমাধিতে দাফন করা হয়েছে
উসমানীয় যুগে আলআজহার মিশরের জনপ্রিয় শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান হয়ে উঠে এবং অন্যান্য মাদ্রাসাগুলোকে ছাড়িয়ে যায়
শ শতাব্দীর শেষ নাগাদ আলআজহার মিশরের উলামাদের সাথে ওতপ্রতভাবে জড়িয়ে পড়ে
উলামারা সরকারের উপর প্রভাব ফেলতে সক্ষম ছিলেন
পাশার উপদেষ্টা হিসেবে বেশ কয়েকজন উলামা নিযুক্ত হয়েছিলেন
এই যুগে ধর্মীয় বিষয় ছাড়াও অন্যান্য বিষয় যেমন বিজ্ঞান যুক্তি দর্শন পাঠ্যক্রমের অন্তর্ভুক্ত হয়
এসময় শাফি মাজহাবের অণুসারী আবদুল্লাহ আলশুবরাউয়ি আলআজহারে প্রথম মালিকি মাজহাবের বাইরে থেকে রেক্টর নিযুক্ত হন
এরপর খ্রিষ্টাব্দ পর্যন্ত মালিকি মাজহাবের কোনো রেক্টর এখানে দায়িত্বপালন করেননি
এসময় সালিম আলবিশরি এই পদে নিযুক্ত হয়েছিলেন
মিশরে উসমানীয় শাসনের বিপক্ষে প্রতিবাদের ক্ষেত্রে আলআজহার ভূমিকা পালন করেছে
আলআজহারে ছাত্রপ্রতিবাদ সাধারণ বিষয় ছিল
ছাত্রদের সাথে একাত্মতা হিসেবে মসজিদ সংলগ্ন দোকানপাট অনেক সময় বন্ধ থাকত
উলামারাও বিভিন্ন সময়ে সরকারের সমালোচনা করেছেন
খ্রিষ্টাব্দে উসমানীয় আগারা তিনজন পলাতকের পিছু ধাওয়ার সময় স্থানীয় বাসিন্দাদের নিগৃহীত করেছিলেন
এর প্রতিবাদের আলআজহারের ফটক বন্ধ রাখা হয়েছিল
ব্যাপক প্রতিবাদ শুরু হতে পারে ভেবে এসময় গভর্নর আগাদেরকে মসজিদের কাছে যেতে নিষেধ করেছিলেন
খ্রিষ্টাব্দে আরেকটি ঘটনার সময় ওয়ালি আলহুসাইন মসজিদের নিকটে জনতাকে নিগৃহীত করেছিলেন
তারা পরে আলআজহারে প্রতিবাদের জন্য এসেছিল
এরপর ওয়ালিকে তার পদ থেকে সরিয়ে দেয়া হয়
খ্রিষ্টাব্দে নেপোলিয়ন তার মিশর অভিযানের সময় জুলাই আলেক্সান্দ্রিয়া এসে পৌছান এবং জুলাই কায়রোর উদ্দেশ্যে রওয়ানা দেন
মিশরীয় জনগণ ও উসমানীয় সাম্রাজ্য উভয়কে শান্ত করার জন্য নেপোলিয়ন আলেক্সান্দ্রিয়ায় ভাষণে ইসলাম ও সুলতানের প্রতি তার সম্মানের কথা প্রকাশ করেছিলেন জুলাই নেপোলিয়ন আলআজহারের নয়জন শাইখের সমন্বয়ে একটি দিওয়ান গঠন করেন
তাদেরকে কায়রোর প্রশাসনের দায়িত্ব দেয়া হয়
উসমানীয় শাসন শুরু হওয়ার পর এই প্রথম মিশরীয়রা সরকারি ক্ষমতা পায়
শহরের উলামাদের নিয়ে পরিষদ গঠনের এই নিয়ম প্রথমে আলেক্সান্দ্রিয়ায় শুরু হয়ে পরে ফরাসিঅধিকৃত মিশরে ছড়িয়ে পড়ে
এছাড়া তিনি তার প্রতি আনুগত্য প্রকাশের জন্য আলআজহারের উলামদের কাছ থেকে ফতোয়া আদায় করতে চেয়েছিলেন তবে তিনি সফল হননি
মিশরীয় ও উসমানীয়দের উপর বিজয়ী হওয়ার নেপোলিয়নের চেষ্টা বিফল হয়
খ্রিষ্টাব্দের সেপ্টেম্বর উসমানীয় সাম্রাজ্য যুদ্ধ ঘোষণা করে এবং অক্টোবর আলআজহার থেকে ফরাসিদের বিরুদ্ধে বিদ্রোহ শুরু হয়
পরেরদিন সকালে পরিস্থিতি শান্ত করার জন্য দিওয়ান নেপোলিয়নের সাথে সাক্ষাত করে
নেপোলিয়ন প্রথমে রাগান্বিত হলেও শান্তিপূর্ণভাবে সমাধানে রাজি হন এবং শাইখদেরকে বিদ্রোহীদের সাথে আলোচনা করতে বলেন
আলোচনার কথা উঠে আসার ফলে বিদ্রোহীরা ফরাসিদেরকে দুর্বল হয়ে পড়েছে ভেবে তা প্রত্যাখ্যান করে
এরপর নেপোলিয়ন কায়রো দুর্গ থেকে আলআজহার পর্যন্ত শহরে আগুন লাগিয়ে দেয়ার নির্দেশ দেন
এই বিদ্রোহের সময় দুই থেকে তিনশত ফরাসি সৈনিক মারা যায়
সংক্ষিপ্ত বিচারের পর আলআজহারের ছয়জন আলেমকে হত্যা করা হয় এবং পাশাপাশি আরো কয়েকজন দোষী সাব্যস্ত হন
ফরাসিদের হাতে ধরা পড়া মিশরীয়দের বন্দী করা হয় এবং অস্ত্রসহ ধরা পড়লে শিরশ্ছেদ করা হয়
ফরাসি সৈনিকরা উদ্দেশ্যমুলকভাবে মসজিদের সম্মানহানি করেছিল
তারা জুতা পায়ে ও বন্দুক নিয়ে মসজিদে প্রবেশ করে
মসজিদের মিহরাবের সাথে ঘোড়া বেধে রাখা হয়
ছাত্রদের আবাসস্থল ও গ্রন্থাগার তছনছ করা হয় এবং কুরআন মাটিতে ফেলে দেয়া হয়
এরপর বিদ্রোহী নেতারা আলোচনায় বসতে চাইলে তা ফিরিয়ে দেয়া হয়েছিল
কায়রোর জনতার মধ্যে তাকে সুলতান আলকবির বা মহান সুলতান বলা হত
এ ঘটনার পর তিনি তার অবস্থান হারিয়ে ফেলেন
খ্রিষ্টাব্দের মার্চ মাসে ফরাসি জেনারেল জ্য ব্যাপটিস্ট ক্লেবের আলআজহারের ছাত্র সুলাইমান আলহালাবির হাতে নিহত হন
হত্যাকান্ডের পর নেপোলিয়ান মসজিদ বন্ধের নির্দেশ দেন
খ্রিষ্টাব্দের আগস্টে উসমানীয় ও ব্রিটিশ সাহায্য আসার আগ পর্যন্ত মসজিদের দরজা বন্ধ ছিল
নেপোলিয়নের আক্রমণের পর আলআজহারের ঐতিহ্যবাহী শিক্ষাপ্রক্রিয়ায় পরিবর্তন আসে
মিশরে ছাপাখানা চালু হওয়ার ফলে পূর্বের মৌখিক বক্তব্য ও স্মৃতিতে ধারণের মাধ্যমে শিক্ষার স্থলে লিখিত আকারে শিক্ষাদান শুরু হয়
তবে মসজিদের নিজস্ব ছাপাখানা খ্রিষ্টাব্দে চালু হয়েছিল
ফরাসিরা চলে যাওয়ার পর মুহাম্মদ আলি পাশা আধুনিক বিজ্ঞানের বিষয়াদি পাঠ্যক্রমের অন্তর্ভুক্ত করতে উৎসাহিত করেন
খ্রিষ্টাব্দ নাগাদ জামালউদ্দিন আফগানির নির্দেশনায় ইউরোপীয় দর্শনকে পাঠ্যক্রমের অন্তর্ভুক্ত করা হয়
ফরাসিদের মিশর ত্যাগের পর মিশরের ওয়ালি গভর্নর মুহাম্মদ আলি পাশা দেশে তার নিয়ন্ত্রণ সুসংহত করায় মনোনিবেশ করেন
এ উদ্দেশ্যে তিনি আলআজহারের আলেমদের প্রভাব হ্রাসের জন্য কিছু পদক্ষেপ নেন
আলআজহারের আয়ের একটি প্রধান উৎস ছিল করমুক্ত জমি
তিনি এগুলোর উপর করারোপ করেছিলেন
খ্রিষ্টাব্দের জুন মাসে তিনি এসকল জমি সরকারের অণুকূলে বাজেয়াপ্ত করার নির্দেশ দেন
এই সিদ্ধান্ত উলামাদের ক্ষিপ্ত করে তোলে
এর ফলে নকিব আআশরাফ নামক পদের দায়িত্বে থাকা উমর মাকরাম সেই বছরের জুলাই মাসে একটি বিদ্রোহে নেতৃত্ব দেন
এই বিদ্রোহ ব্যর্থ হয় এবং মাকরামসহ প্রভাবশালী উলামারা দায়িয়েতে নির্বাসিত হন
আলআজহারের বাইরে লেখাপড়া করা ব্যক্তিদেরকে সরকারে নিযুক্ত করে আলি আলআজহারের আলেমদের প্রভাব কমাতে চেয়েছিলেন
তিনি নির্বাচিত কিছু ছাত্রকে পাশ্চাত্য ব্যবস্থায় পড়াশোনার জন্য ফ্রান্সে পাঠান
তিনি পাশ্চাত্য ধাচের শিক্ষাব্যবস্থা গড়ে তুলেছিলেন এবং আলআজহারের ব্যবস্থাকে পাশ কাটিয়ে যান
মুহাম্মদ আলির নাতি ইসমাইল পাশার শাসনামলে কায়রোকে ইউরোপীয় শৈলীর শহর হিসেবে গড়ে তোলার জন্য ব্যাপক কার্যক্রম শুরু হয়
এসকল কার্যক্রমের জন্য ব্রিটেনের কাছে মিশর বড় অঙ্কের ঋণ গ্রহণ করে ফলে খ্রিষ্টাব্দে ব্রিটিশরা মিশর অধিকার করে নিতে সক্ষম হয়
ইসমাইল পাশার শাসনামলে আলআজহার রাষ্ট্রীয় পৃষ্ঠপোষকতা ফিরে পায়
খেদিভ হিসেবে ইসমাইল পাশা বাব আলসায়িদা ফটক ও মাদ্রাসা আলআকবাগাউয়িয়া সংস্কার করেন
ব্রিটিশদের চাপের ফলে ইসমাইল পাশার পদত্যাগের পর তার পুত্র তৌফিক পাশা খেদিভ হন
তিনি মসজিদের সংস্কার বহাল রাখেন
তিনি মসজিদের বেশ কিছু অংশের নকশা নতুন করে প্রণয়ন করেছিলেন
তৌফিক পাশার পর তার পুত্র দ্বিতীয় আব্বাস খ্রিষ্টাব্দে মিশর ও সুদানের খেদিভ হন
তিনি তার দাদা ইসমাইলের শুরু করা সংস্কারকাজ চালু রাখেন
মসজিদের মূল বহিরাঙ্গণ তিনি পুনরায় তৈরি করেছিলেন
সেসাথে একটি নতুন রিওয়াক নির্মিত হত
তার শাসনামলে ফাতেমীয় যুগে নির্মিত উঠোনও সংস্কার করা হয়
এসকল সংস্কার আলআজহারের আধুনিকায়নে সহায়তা করেছে
ইসমাইল পাশার শুরু করা সংস্কার কার্যক্রম ব্রিটিশ শাসনামলেও চালু ছিল