ফাতেমীয় খলিফারা নিজেদেরকে ফাতিমার বংশধর দাবি করতেন
একটি তত্ত্ব অণুযায়ী আলআজহার নামটি তার সম্মানসূচক নাম থেকে এসেছে
তবে এই তত্ত্বটি কোনো আরব সূত্র কর্তৃক সমর্থিত নয় এবং পরবর্তী পাশ্চাত্য সূত্রগুলো এ ব্যাপারে সত্যমিথ্যা উভয়ে মত প্রকাশ করেছে
আরেকটি তত্ত্ব অণুযায়ী ফাতেমীয় খলিফাদের প্রাসাদের নামানুসারে মসজিদের নামকরণ হয়েছে
মসজিদের নিকটে অবস্থিত অবস্থিত প্রাসাদসমূহকে সম্মিলিতভাবে আলকুসুর আলজাহিরা বলা হত
রাজকীয় বাগানের নামও জাহরা থেকে উদ্ভূত আরেকটি নামে নামকরণ করা হয়েছে
মসজিদের নাম জামি আলকাহিরা থেকে আলআজহার হওয়ার পূর্বে প্রাসাদসমূহের নির্মাণ ও নামকরণ সম্পন্ন হয়
জামি শব্দটি আরবি ধাতু জামাআ থেকে উদ্ভূত যার অর্থ সমবেত হওয়া
জামাতের সাথে নামাজ পড়া হয় এমন মসজিদের ক্ষেত্রে এই শব্দ ব্যবহার হয়
ধ্রুপদি আরবিতে জামি আলআজহার বলা হলেও মিশরীয় আরবিতে একে গামা হিসেবে পরিবর্তিত হয়েছে
মিশরীয় আরবিতে জ ইংরেজি গ ইংরেজি হিসেবে উচ্চারিত হয়
এই পরিবর্তন শ ও শ শতাব্দীতে ঘটেছে
দেখুন ফাতেমীয় খলিফা আলমুইজ লিদিনাল্লাহ তার সেনাপতি জওহর আলসিকিলির মাধ্যমে সুন্নি ইখশিদিদের পরাজিত করে মিশর জয় করেছিলেন
খলিফার নির্দেশে জওহর খলিফা ও সেনাবাহিনীর জন্য রাজকীয় পরিবেষ্টিত স্থান নির্মাণের তত্ত্বাবধান করেন এবং আলআজহারকে শিয়া ইসমাইলি মতবাদ প্রচারের কেন্দ্র হিসেবে গড়ে তোলা হয়
সুন্নি অধ্যুষিত ফুসতাত শহরের নিকটে গড়ে উঠা কায়রো ইসমাইলি শিয়া মতবাদের কেন্দ্র হয়ে উঠে
জওহর নতুন শহরের জন্য মসজিদ নির্মাণের আদেশ দেন
খ্রিষ্টাব্দের এপ্রিল এর নির্মাণ শুরু হয়
খ্রিষ্টাব্দে এর নির্মাণ সমাপ্ত হয়
সে বছরের জুন রমজান মাসে এখানে প্রথম জুমার নামাজ আদায় করা হয়
আলআজহার শীঘ্রই মুসলিম বিশ্বের একটি প্রধান শিক্ষাকেন্দ্র হয়ে উঠে
সরকারি ঘোষণা ও অধিবেশন এখানে জারি ও অণুষ্ঠিত হত
ফাতেমীয় শাসনের সময় ইসমাইলি মতবাদকে জনসাধারণের শিক্ষার জন্য ব্যবস্থা করা হয়
কাজি আলনুমানকে কাজি হিসেবে নিয়োগ দেয়া হয় এবং তাকে ইসমাইলি মতবাদ শিক্ষাদানের দায়িত্ব প্রদান করা হয়
খলিফার প্রাসাদ ও আলআজহার উভয় স্থানে পাঠদান করা হত এবং নারীদের জন্য পৃথক পাঠদানের ব্যবস্থা থাকত
খ্রিষ্টাব্দের ঈদুল ফিতরের সময় খলিফা কর্তৃক আলআজহারকে কায়রোর সরকারি জুমা মসজিদ ঘোষণা করা হয়
আলমুইজ ও তার পুত্র খলিফা হওয়ার পর রমজানের সময় আলআজহারে অন্তত একবার জুমার খুতবা প্রদান করতেন
পলিমেথ ও আইনবিদ ইয়াকুব ইবনে কিলিস ছিলেন ফাতেমীয়দের প্রথম দাপ্তরিক উজির
তিনি খ্রিষ্টাব্দে আলআজহারকে ইসলামি আইনের কেন্দ্র হিসেবে গড়ে তোলেন
পরের বছর শিক্ষাদানের জন্য জন আলেমকে নিয়োগ দানের মাধ্যমে বিশ্ববিদ্যালয়ের ভিত্তি স্থাপিত হয়
খলিফা আলআজিজ বিল্লাহর শাসনকাল শাসনামলে মসজিদ সম্প্রসারিত হয়
আলমুফাদ্দালের মতে খলিফা মসজিদের কিছু অংশ সংস্কার এবং ছাদের উচ্চতা এক কিউবিট বৃদ্ধি করেছিলেন
পরবর্তী ফাতেমীয় খলিফা আলহাকিম বিআমরাল্লাহ মসজিদ সম্প্রসারণ অব্যাহত রাখেন
তিনি খ্রিষ্টাব্দে মসজিদে একটি নতুন কাঠের দরজা স্থাপন করেছিলেন
আলহাকিমের সময় আলহাকিম মসজিদ নির্মিত হওয়ার ফলে আলআজহার কায়রোর মূল মসজিদ হিসেবে গুরুত্ব হারিয়ে ফেলে
খ্রিষ্টাব্দের মে মাসে আলহাকিম মসজিদ খলিফার খুতবার মূল স্থান হয়ে উঠে
এর পূর্বে খলিফা খুতবার স্থান পরিবর্তন করতেন
পরবর্তীতে আলমুসতানসির বিল্লাহ পুনরায় আলআজহারকে পূর্বের মত ব্যবহার শুরু করেন
পরবর্তী ফাতেমীয় খলিফাদের যুগে মসজিদের সম্প্রসারণ ও সংস্কার করা হয়েছে
শুরুতে এখানে কোনো গ্রন্থাগার ছিল না
খ্রিষ্টাব্দে খলিফা কয়েকশত পাণ্ডুলিপি সংবলিত একটি গ্রন্থাগার গড়ে তোলেন
জনগণের মধ্যে ইসমাইলি মতবাদের জনপ্রিয়তা বৃদ্ধির জন্য ফাতেমীয় প্রচেষ্টা ব্যাপকভাবে সফল হয়নি
ফাতেমীয় খিলাফতের পতনের পর গোলযোগে পাণ্ডুলিপির অধিকাংশ নষ্ট হয়ে গিয়েছিল
এরপর আলআজহার একটি সুন্নি প্রতিষ্ঠান হিসেবে পরিচিত হয়
সালাহউদ্দিন খ্রিষ্টাব্দে ফাতেমীয় খিলাফত উচ্ছেদ করেন
তিনি শিয়া মতবাদের প্রতি বিরূপ ছিলেন
এসময় থেকে মসজিদ গুরুত্ব হারাতে শুরু করে
সালাহউদ্দিন কর্তৃক নিযুক্ত কাজি সদরউদ্দিন ইবনে দিরবাস এখানে জামাতে নামাজের উপর নিষেধাজ্ঞা জারি করেছিলেন
সম্ভবত শুধু একটি মসজিদে পুরো সম্প্রদায়ের জামাত হতে হবে এমন একটি মত অথবা শিয়া প্রতিষ্ঠানের প্রতি বিরূপ মনোভাবের কারণে এই পদক্ষেপ নেয়া হয়েছিল
এই সময় নাগাদ আরো বড় আলহাকিম মসজিদ নির্মিত হয়েছিল এবং কায়রোর জামাত এখানে অণুষ্ঠিত হত
সালাহউদ্দিন মসজিদের মিহরাবে যুক্ত ফাতেমীয় খলিফাদের নামাঙ্কিত একটি রৌপ্য পাত খুলে ফেলার নির্দেশ দিয়েছিলেন
আলআজহার ও অন্যান্য মসজিদ থেকে খুলে ফেলা অণুরূপ পাতের মূল্য দাঁড়ায় দিরহাম
তবে সালাহউদ্দিন সম্পূর্ণভাবে মসজিদটিকে উপেক্ষা করেননি আলমুফাদ্দালের মতে মসজিদের একটি মিনার সালাহউদ্দিনের শাসনামলে নির্মিত হয়েছিল
এখানকার একসময়ের সমৃদ্ধ গ্রন্থাগার এসময় উপেক্ষিত হয় এবং ফাতেমীয় শিক্ষার পাণ্ডুলিপিগুলো নষ্ট হয়ে যায়
আইয়ুবীয় শাসকরা সুন্নি ধর্মতত্ত্বের পৃষ্ঠপোষকতা করতেন এবং তারা কায়রোজুড়ে সুন্নি মাদ্রাসা স্থাপন করেছেন
ছাত্রদের বৃত্তি ও মসজিদে পাঠদান বন্ধ হয়ে যায়
ফাতেমীয় যুগে দায়িত্বপালনকারী শিক্ষকরা অন্য পেশায় চলে যেতে বাধ্য হন
তবে এরপরও আলআজহার এসময় একটি শিক্ষাকেন্দ্র হিসেবে টিকে ছিল
দাপ্তরিক পাঠদান বন্ধ থাকলেও ব্যক্তিগত উদ্যোগে মসজিদে পাঠদান করা হত
একটি মতানুযায়ী একজন পন্ডিত সম্ভবত আবদুল লতিফ আলবাগদাদি মসজিদে আইন ও চিকিৎসাসহ বেশ কিছু বিষয়ে শিক্ষা প্রদান করতেন
সালাহউদ্দিনের সম্পর্কে মত রয়েছে যে তিনি আলবাগদাদিকে দিনার বেতন হিসেবে প্রদান করতেন এবং তার উত্তরাধিকারীরা তা বৃদ্ধি করে দিনার করেছিলেন
সালাহউদ্দিন ও তার উত্তরসুরিদের সময় মসজিদের গুরুত্ব আগের মত না থাকলেও আলআজহারের উপর আইয়ুবীয় নীতির প্রভাব পড়েছে
তারা শিয়া মতবাদের মোকাবেলার জন্য শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান স্থাপন করেছিলেন
এসব শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান সুন্নি ধর্মতত্ত্ব শিক্ষাদান করত
তাদের পাঠক্রমে ধর্মতত্ত্ব ছাড়াও অলংকারশাস্ত্র গণিত ও বিজ্ঞান অন্তর্ভুক্ত ছিল
সালাহউদ্দিনের বিজয়ের আগ পর্যন্ত মিশরে অণুরূপ কোনো শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান ছিল না
তিনি ও তার পরবর্তী আইয়ুবীয় শাসকরা মিশরে টি শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান গড়ে তুলেছিলেন
এর মধ্যে সালিহিয়া মাদ্রাসা অন্যতম
আলআজহারে এরপর সালাহউদ্দিনের শিক্ষা সংস্কারের ধারা গ্রহণ করা হয়
পরবর্তীতে মামলুকদের শাসনামলে আলআজহারের উন্নয়ন হয়েছিল
মামলুকরা মাদ্রাসার ছাত্রদের বৃত্তি ও শিক্ষকদের বেতন পুনর্বহাল করে
মামলুক সুলতান বাইবার্সের শাসনামলে খ্রিষ্টাব্দে আলআজহারে পুনরায় জামাতে নামাজ শুরু হয়
মামলুকরা একই মসজিদে পুরো সম্প্রদায়ের জামাত বিষয়ক মত অণুসরণ করতেন না
আলআজহারের সাথে এসময়ে ফাতেমীয় ও ইসমাইলি সম্পর্ক ছিল না
এছাড়াও কায়রো দ্রুত সম্প্রসারণের কারনে বাইবার্স মসজিদের সাবেক ইতিহাস উপেক্ষা করতে সক্ষম হন এবং আগের মত গুরুত্ব প্রদান করেন
বাইবার্স ও মামলুক সুলতানগণ আলআজহারের শিক্ষক ও শিক্ষার্থীদের বৃত্তি প্রদান ও মসজিদের সংস্কার করেছিলেন
আলমুফাদ্দালের মতানুযায়ী আমির ইজ্জউদ্দিন আইদামুর আলহিল্লি সংস্কারের সময় মসজিদের পাশে বাড়ি তৈরি করেছিলেন
আলমাকরিজি লিখেছেন যে আমির দেয়াল ও ছাদ সংস্কার করেছেন এবং মেঝেতে নতুন গালিচা স্থাপন করেছেন
ফাতেমীয় খলিফা আলহাকিমের পর খ্রিষ্টাব্দের জানুয়ারি প্রথম খুতবা প্রদান করা হয়
খ্রিষ্টাব্দে একটি ভুমিকম্পের ফলে আলআজহারসহ মামলুক অঞ্চলের বেশ কিছু মসজিদ ক্ষতিগ্রস্ত হয়েছিল
মসজিদগুলো সংস্কারের জন্য আমিরদেরকে দায়িত্ব প্রদান করা হয়
বাইবার্সের শাসনের পর এই প্রথমবার সংস্কারকার্য সম্পাদিত হয়েছিল
এর সাত বছর পর মসজিদের উত্তরপশ্চিম দেয়ালের পাশে মাদ্রাসা আলআকবাগাউয়িয়া নির্মিত হয়
মসজিদের কিছু দেয়াল নতুন করে নির্মিত হয়
খ্রিষ্টাব্দে মাদ্রাসা আলতাইবারসিয়া নির্মাণ শুরু হয় এবং এর নির্মাণকাজ খ্রিষ্টাব্দে সমাপ্ত হয়
এটি মসজিদের ওজুর স্থানে নির্মিত হয়েছিল
মাদ্রাসাগুলো মসজিদের সম্পূরক ভবন হিসেবে নির্মিত হয়েছিল এতে পৃথক প্রবেশ পথ ও নামাজের স্থান ছিল
আলআজহার মসজিদ কায়রোতে নিজের অবস্থান ফিরে পেলেও সংস্কার ও অন্যান্য কার্যগুলো সুলতানের অধীনস্তরা সম্পাদন করতেন
বুরজি রাজবংশের সুলতান বারকুকের সময় এই অবস্থা পরিবর্তন হয়
মামলুক শাসনের সমাপ্তি পর্যন্ত উচ্চপদস্থ সরকারি কর্মকর্তারা মসজিদের সরাসরি পৃষ্ঠপোষকতা করেছেন
সুলতান কাইতবাই ও কানসুহ আলগাওরি উভয়ের শাসনামলে মসজিদের সংস্কার ও মিনার নির্মিত হয়
ক্ষমতার প্রতীক হিসেবে এবং কায়রোর দৃশ্যপটে অবস্থান উচু করার জন্য মিনার নির্মাণ মামলুক সুলতানদের প্রথা ছিল
সুলতানগণ আলআজহার মসজিদের সাথে ঘনিষ্ঠ সম্পর্ক রাখতেন
মুসলিম বিশ্বের প্রধান শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান হিসেবে গণ্য হওয়া এবং রাজকীয় পৃষ্ঠপোষকতা সত্ত্বেও আলআজহার কায়রোর অন্যান্য মাদ্রাসার মত ছিল না
আলআজহারে নিজস্ব পন্থায় পাঠদান করা হত
অন্যদিকে সালাহউদ্দিনের সময় নির্মিত মাদ্রাসাগুলো ছিল রাষ্ট্রীয় শিক্ষাব্যবস্থার অংশ
মিশর ও মধ্যপ্রাচ্য থেকে শিক্ষার্থীরা আলআজহারে পড়াশোনার জন্য আসত
শিক্ষার্থীদের সংখ্যার দিক থেকে আলআজহার অন্যান্য মাদ্রাসাগুলোকে ছাড়িয়ে যায়
আলআজহারের শিক্ষার্থীদের জাতীয়তার ভিত্তিতে রিওয়াকে দলবদ্ধ করা হত এবং ইসলামি আইনের বিষয়াদি শিক্ষা দেয়া হত
ডিগ্রি লাভের জন্য গড়পরতা ছয় বছর অধ্যয়ন করতে হত
শ শতাব্দী নাগাদ আলআজহার আইন ধর্মতত্ত্ব আরবি ভাষা শিক্ষার শ্রেষ্ঠ স্থান হিসেবে স্বীকৃত হয়
মুসলিম বিশ্বের সর্বত্র থেকে শিক্ষার্থীরা এখানে আসত
মিশরের উলামাদের একতৃতীয়াংশ এখানে শিক্ষকতা বা লেখাপড়া করেছেন বলে মত পাওয়া যায়