Acidobacteria

Acidobacteria là một ngành vi khuẩn mới được đề xuất gần đây, với các thành viên của nó là đa dạng về mặt sinh lý học và có mặt ở nhiều nơi, đặc biệt là trong đất, nhưng lại chưa có đủ đại diện trong nuôi cấy.

Các thành viên của ngành này là đa dạng về mặt sinh lý học, một số loài là ái acid, và lần đầu tiên được công nhận như là một nhóm riêng lần đầu tiên năm 1997.
Loài đầu tiên của ngành này, Acidobacterium capsulatum, được phát hiện năm 1991. Các loài đáng chú ý khác có Holophaga foetida, Geothrix fermentans, Acanthopleuribacter pedis và Bryobacter aggregatus.
Do mới được phát hiện gần đây và phần lớn vẫn chưa được nuôi cấy nên sinh thái học và trao đổi chất của các loài vi khuẩn này vẫn chưa được hiểu rõ.

Cũng do môi trường sống là đất tự nhiên của chúng, nhóm chưa phân loại II của Acidobacteria đã từng bị nhận dạng như là tác nhân gây ô nhiễm các thuốc thử của bộ công cụ tách chiết ADN, điều có thể dẫn tới sự xuất hiện có sai sót của chúng trong các bộ dữ liệu quần thể vi sinh vật (microbiodidea) hay bộ gen học tổng thể (metagenomics).

Phát sinh chủng loài
Phân loại hiện tại được chấp nhận dựa theo Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp (LPSN)
và phát sinh chủng loài lấy theo LTP phiên bản 123 dựa trên ARN 16S ribosome của Dự án cây sự sống muôn loài.

}}
|2=
|label2=Acidobacteriaceae
|2=
}}
}}
|2=
}}
|2=
}}
}}
|label2=Granulicella
|2=
|2=
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
Lưu ý:
♠ Các chủng tìm thấy tại NCBI nhưng không được liệt kê trong Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp (LSPN)

Phân loại
Chi ?Thermoanaerobaculum Losey et al. 2013
Loài Thermoanaerobaculum aquaticum Losey et al. 2013
Chi ?"Thermotomaculum" ♠ Izumi et al. 2012
Loài "Thermotomaculum hydrothermale" ♠ Izumi et al. 2012
Lớp Blastocatellia ♠ Pascual et al. 2015
Chi Chloracidobacterium Tank & Bryant 2015 [Candidatus Chloracidobacterium Bryant et al. 2007]
Loài Chloracidobacterium thermophilum Tank & Bryant 2015 [Candidatus Chloracidobacterium thermophilum Bryant et al. 2007]
Chi Pyrinomonas Crowe et al. 2014
Loài Pyrinomonas methylaliphatogenes Crowe et al. 2014
Bộ "Blastocatellales" ♠ Pascual et al. 2015
Họ "Blastocatellaceae" ♠ Pascual et al. 2015
Chi Blastocatella Foesel et al. 2013 emend. Pascual et al. 2015
Loài Blastocatella fastidiosa Foesel et al. 2013 emend. Pascual et al. 2015
Chi Aridibacter Huber et al. 2014
Loài A. famidurans Huber et al. 2014
Loài A. kavangonensis Huber et al. 2014
Chi "Stenotrophobacter" ♠ Pascual et al. 2015
Loài "S. namibiensis" ♠ Pascual et al. 2015
Loài "S. roseus" ♠ Pascual et al. 2015
Loài "S. terrae" ♠ Pascual et al. 2015
Chi "Tellurimicrobium" ♠ Pascual et al. 2015
Loài "Tellurimicrobium multivorans" ♠ Pascual et al. 2015
Lớp Holophagae Fukunaga et al. 2008
Bộ Acanthopleuribacterales Fukunaga et al. 2008
Họ Acanthopleuribacteraceae Fukunaga et al. 2008
Chi Acanthopleuribacter Fukunaga et al. 2008
Loài Acanthopleuribacter pedis Fukunaga et al. 2008
Bộ Holophagales Fukunaga et al. 2008
Họ Holophagaceae Fukunaga et al. 2008
Chi Geothrix Coates et al. 1999
Loài Geothrix fermentans Coates et al. 1999
Chi Holophaga Liesack et al. 1995
Loài Holophaga foetida Liesack et al. 1995
Lớp Solibacteres
Chi Bryobacter Kulichevskaya et al. 2010
Loài Bryobacter aggregatus Kulichevskaya et al. 2010
Chi Paludibaculum Kulichevskaya et al. 2014
Loài Paludibaculum fermentans Kulichevskaya et al. 2014
Bộ "Solibacterales"
Họ "Solibacteraceae"
Chi "Candidatus Solibacter" Ward et al. 2009
Loài "Candidatus Solibacter usitatus" Ward et al. 2009
Lớp Acidobacteria Cavalier-Smith 2002
Bộ Acidobacteriales Cavalier-Smith 2002
Họ Acidobacteriaceae
Chi Acidicapsa Kulichevskaya et al. 2012
Loài A. borealis Kulichevskaya et al. 2012 (loài điển hình)
Loài A. ligni Kulichevskaya et al. 2012
Chi Acidobacterium Kishimoto et al. 1991
Loài Acidobacterium capsulatum Kishimoto et al. 1991
Chi Acidopila Okamura et al. 2015 ["Acidopila" Okamura et al. 2011]
Loài A. rosea Okamura et al. 2015 ["Acidopila rosea" Okamura et al. 2011]
Loài A. dinghuensis Jiang et al. 2016
Chi Bryocella Dedysh et al. 2012
Loài Bryocella elongata Dedysh et al. 2012
Chi Edaphobacter Koch et al. 2008
Loài E. aggregans Koch et al. 2008 emend. Dedysh et al. 2012
Loài E. dinghuensis Jiang et al. 2016
Loài E. modestus Koch et al. 2008 (loài điển hình)
Chi "Candidatus Koribacter" Ward et al. 2009
Loài "Candidatus Koribacter versatilis" Ward et al. 2009
Chi Occallatibacter Foesel et al. 2015
Loài "O. riparius" ♠
Loài O. savannae Foesel et al. 2015
Chi "Silvibacterium bohemicum" ♠ Llado et al. 2016
Loài "Silvibacterium bohemicum" ♠ Llado et al. 2016
Chi "Terracidiphilus" ♠ Garcia-Fraile et al. 2016
Loài "Terracidiphilus gabretensis" ♠ Garcia-Fraile et al. 2016
Chi Terriglobus Eichorst et al. 2007
Loài T. albidus Pascual et al. 2015
Loài T. aquaticus Baik et al. 2013
Loài T. roseus Eichorst et al. 2007 (loài điển hình)
Loài T. saanensis Männistö et al. 2011
Loài T. tenax Whang et al. 2014
Chi Granulicella Pankratov& Dedysh 2010 emend. Männistö et al. 2012
Loài G. arctica Männistö et al. 2012
Loài G. cerasi Yamada et al. 2014
Loài G. mallensis Männistö et al. 2012
Loài G. sapmiensis Männistö et al. 2012
Loài G. tundricola Männistö et al. 2012
Loài G. paludicola Pankratov & Dedysh 2010 (loài điển hình)
Loài G. pectinivorans Pankratov & Dedysh 2010
Loài G. aggregans Pankratov & Dedysh 2010
Loài G. rosea Pankratov & Dedysh 2010
Chi Telmatobacter Pankratov & Dedysh 2012
Loài Telmatobacter bradus Pankratov & Dedysh 2012

Tham khảo




Liên kết ngoài
Acidobacteria bacterium Ellin345 Trang về bộ gen
Dự án bộ gen Acidobacterium (từ Genomes OnLine Database)
Bài báo tại Science Daily
Bài báo tại Scientific American