O TCU tem jurisdição e competência próprias estabelecidas pela Constituição Federal e pela Lei 8.443/1992, não obstando a sua atuação o fato de tramitar no âmbito do Poder Judiciário ação penal ou civil versando sobre o mesmo assunto, dado o princípio da independência das instâncias e a competência exclusiva do TCU para a verificação da regularidade da aplicação de recursos da União.