Antes da instauração de tomada de contas especial por parte do Fundo Nacional de Saúde, deve ser esgotada a via administrativa de controle interno do Ministério da Saúde, independentemente da origem do débito, sendo que, nos casos de desvio de objeto ou finalidade, isso pode ser feito por meio do termo de ajuste sanitário (TAS). Esgotada a via administrativa, o órgão de controle interno deve enviar a documentação necessária ao Fundo Nacional de Saúde para que instaure tomada de contas especial, não cabendo esperar que o gestor do ente beneficiário dos recursos repassados adote tal providência.