Instaurada a tomada de contas especial, o Tribunal deve julgar o seu mérito ainda que a análise dos documentos e das provas levadas aos autos demonstrem a inexistência de débito ou a ausência de responsabilidade dos gestores, de modo a garantir a devida apreciação do processo e a transparência sobre os atos administrativos, não sendo cabível arquivá-la com base em ausência de pressuposto de desenvolvimento válido e regular do processo (art. 212 do Regimento Interno do TCU). A análise dos requisitos para a instauração de processo de controle externo não deve ser confundida com a apreciação do mérito do caso.