A jurisdição exercida pelo TCU tem assento constitucional e é exercida de forma autônoma à persecução eventualmente realizada pelo Ministério Público com base na Lei de Improbidade Administrativa. Não há bis in idem caso ocorra condenação do responsável a ressarcir o erário em ambos os processos, uma vez que a parte pode demonstrar a uma das instâncias a quitação do débito já efetuada à outra instância.