A aplicação de recursos do Fundef em despesas irregulares, em desacordo com os objetivos definidos no art. 2º da Lei 9.424/1996, enseja o julgamento pela irregularidade das contas do responsável, devendo os recursos utilizados indevidamente serem devolvidos aos cofres do Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação Básica (Fundeb) a partir da Emenda Constitucional 53, de 19/12/2006, e da Medida Provisória 339, de 28/12/2006 (convertida na Lei 11.494, de 20/6/2007).