A prescrição prevista na Lei 9.784/1999 não se aplica à atividade de controle externo. O instituto da prescrição nos processos do TCU obedece ao art. 37, § 5º, da Constituição Federal, no que tange ao ressarcimento do prejuízo, e ao art. 205 da Lei 10.406/2002 (Código Civil), no que se refere à pretensão punitiva. Assim, quanto ao débito, a ação é imprescritível, e quanto à aplicação de sanções, ela prescreve em dez anos a contar da data de ocorrência das irregularidades.