A transferência de recursos da União a título de complementação das verbas do Fundeb municipal ou estatual atrai a competência do TCU para fiscalizar o cumprimento de todo o conjunto de obrigações impostas pelas normas de regência aos entes envolvidos no custeio e na operacionalização do Fundo, não se limitando o controle externo exercido pelo Tribunal aos aspectos financeiros da gestão.