Não cabe ao Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) a fiscalização do emprego dos recursos repassados ao Fundo de Desenvolvimento e Manutenção da Educação Básica (FUNDEB), vez que sua transferência, por ser de forma automática, retira da União a titularidade dos recursos, elimina sua ingerência sobre os mesmos, tornado-se, consequentemente, desnecessária a fiscalização e o exame da prestação de contas. A fiscalização de sua aplicação e o exame de suas respectivas contas passa para a alçada dos Tribunais de Contas dos Estados, do Distrito Federal ou dos Municípios, conforme o ente governamental beneficiado, de acordo como o contido nos artigos 70 e 71 da Constituição Federal e no art. 26, inciso II, da Lei 11.494, de 20/6/2007.