A fase interna da tomada de contas especial, a cargo do tomador de contas, constitui procedimento inquisitório de coleta de provas, assemelhado ao inquérito policial, no qual não se tem uma relação processual constituída, nem há prejuízo ao responsável. O estabelecimento do contraditório nessa fase não é obrigatório. A garantia ao direito à ampla defesa e ao contraditório se dá na fase externa da tomada de contas especial, que se inicia com a autuação do processo junto ao TCU e finda com o julgamento.