As instâncias civil, penal e administrativa são independentes, de forma que a existência de ação judicial contra o responsável não representa óbice ao andamento do processo no TCU. Na hipótese de o responsável também ser condenado no processo judicial e já ter quitado o débito, basta que apresente os documentos comprobatórios da quitação na esfera administrativa e vice-versa, o que afasta a possibilidade de pagamento em duplicidade da dívida.