A fase externa da tomada de contas especial, iniciada com a autuação do processo junto ao TCU, é a que garante o direito à ampla defesa e ao contraditório. A fase interna, que ocorre no órgão instaurador, constitui procedimento inquisitório de coleta de provas, assemelhado ao inquérito policial, razão por que não há nulidade processual pela falta de oportunidade de o responsável se pronunciar nesta etapa da TCE.