Eventuais disfunções na atividade portuária devem, ao menos em um primeiro momento, ser resolvidas no âmbito da competência dos órgãos do setor portuário, especialmente a Secretaria Especial de Portos (SEP) e a Agência Nacional e Transportes Aquaviários (Antaq). Somente se forem verificados atos contrários ao Direito caberá ao TCU exigir a adoção das necessárias providências para o exato cumprimento do ordenamento jurídico.