A partir da alteração da Lei 9.096/1995 pela Lei 12.034/2009, os órgãos da justiça eleitoral não têm a obrigação de instaurar e encaminhar ao TCU tomada de contas especial no caso de reprovação da prestação contas de partido político, pois os processos relativos a estas contas passaram a ter natureza judicial e não mais administrativa. Isso, todavia, não impede o TCU de fiscalizar a gestão dos recursos do fundo partidário e, se for o caso, instaurar, analisar e julgar tomadas de contas especiais dos responsáveis por eventuais prejuízos na utilização desses recursos, inclusive no que se refere às instauradas anteriormente à referida modificação legislativa, tendo em vista que as alterações infraconstitucionais que passaram a disciplinar a prestação de contas dos partidos políticos não têm a faculdade de suprimir as competências de ordem constitucional do TCU.