O princípio da independência das instâncias permite ao TCU apreciar, de forma plena, a boa e regular gestão dos recursos públicos federais, mesmo nos casos em que as irregularidades também estejam sendo apuradas em outras instâncias administrativas ou judiciais. O juízo administrativo só se vincula ao penal quando neste último é afirmada, categoricamente, a inexistência do fato ou que o acusado não foi o autor do ilícito.