Nos casos de desvio de finalidade ou de objeto no uso de recursos do SUS transferidos "fundo a fundo", a recomposição dos valores deve ocorrer ao fundo de saúde do ente beneficiário do repasse, e não ao Fundo Nacional de Saúde (FNS), sempre permanecendo a competência federal quanto à fiscalização desses recursos, de modo que cabe: (i) ao Ministério da Saúde, o esgotamento da via administrativa de controle interno; (ii) ao FNS, a instauração das tomadas de contas especiais, quando as medidas administrativas não se mostrarem suficientes para a recuperação dos valores; e (iii) ao TCU, processar e julgar essas contas.