Compete também ao TCU fiscalizar a aplicação dos recursos do Fundo Nacional de Assistência Social. A Lei 9.604/1998 procurou estabelecer competência concorrente dos Tribunais de Contas da União, dos Estados e dos Municípios e das Câmaras Municipais para analisar as referidas prestações de contas, nada dispondo quanto à forma de gestão dos recursos ou sobre o conteúdo das prestações de contas. Portanto, referida lei não afastou a aplicação de normas que regem a gestão de recursos federais repassados a outros entes federados, tal como a IN/STN 01/1997.