O Fundo Municipal de Saúde (FMS) deve ser fiscalizado pelo Tribunal de Contas da União e pelos Tribunais de Contas Estaduais e Municipais. Essa competência fiscalizatória das três esferas é necessária, visto que não é possível estabelecer uma correspondência entre a aplicação individual e específica dos recursos à origem desses, se federal, estadual ou municipal, já que passaram a compor um único fundo a partir dos depósitos ali efetivados.