Somente em exercícios posteriores a 2000, a legislação referente ao programa PDDE (Programa Dinheiro Direto da Escola) atribuiu ao gestor municipal a responsabilidade relacionada à supervisão da aplicação dos recursos pelas unidades executoras. Em 1999, cabia tão-somente aos prefeitos a consolidação e a apresentação tempestiva, com parecer conclusivo, da prestação de contas recebidas das escolas que tivessem gerido autonomamente os recursos, ou, quando de eventual omissão por parte destas, a realização das diligências necessárias e, não havendo a sua regularização, a comunicação do fato ao FNDE.