A responsabilidade pela gestão dos recursos do Fundo Municipal de Saúde é do secretário de saúde (art. 9º, inciso III, da Lei 8.080/1990). Independentemente da participação de outros agentes na prática de determinados atos de administração dos recursos, remanesce para o secretário a responsabilidade primeira pela correta aplicação dos recursos e pelo alcance dos objetivos estabelecidos no Sistema Único de Saúde.