Innocentius IX was die 230ste pous van die Rooms-Katolieke Kerk vir twee maande van 29 Oktober tot 30 Desember 1591. Hy was die laaste in 'n reeks van drie pouse waarvan die pontifikate gesamentlik minder twee jaar geduur het.
Gedurende die pontifikaat van die sieklike Pous Gregorius XIV, het Giovanni reeds die Kerk bestuur. Selfs voor Gregorius se dood het die Spaanse faksie en hulle opponente in die kollege van kardinale reeds begin wedywer oor die nuwe pous. Filips II van Spanje se aanmatigende bemoeienis met die vorige konklaaf toe hy sy eie sewe kandidate voorgelê hey is nie vergeet nie. Hierdie keer het die koning nie so sterk ingemeng nie, maar die Spaanse kardinale was nog steeds in die meerderheid. In 'n kort konklaaf van twee dae kies hulle Giovanni, wat die naam Pous Innocentius IX kies.
Pous Innocentius gedurende sy kort bewind die Spaanse koning teen Henri IV, die koning van Frankryk in die Franse godsdiens oorlog.
Die pous voer algemene stemreg vir manne en vroue vanaf veertien jaar in. Hy skryf ook teen Machiavelli in sy geskrif "Adversus Machiavellem".