Paul-Michel Foucault word gebore op 15 Oktober 1926 in Poitiers, as die tweede kind in 'n welgestelde gesin uit die hoër middelklas. Hy word genoemd na sy vader, Dr. Paul Foucault, soos die familietradisie dit vereis. As kind word hy 'Paul' genoem, terwyl hy die naam 'Michel' verkies. Sy vader (1893–1959), gebore in Fontainebleau, was 'n suksesvolle chirurg. Hy verhuis na Poitiers, waar hy sy praktyk begin en met Anne Malapert trou. Sy het drie kinders, 'n meisie Francine en twee seuns Paul-Michel en Denys. Hoewel die familie nie sterk gelowig was nie, word die kinders Rooms Katoliek opgevoed en hulle gebruik gereeld die mis. Later vertel Foucault weinig oor sy kindertyd. Hy beskryf homself as 'n "jeugrebel" en stel sy vader voor as 'n "bullebak" met die gewoonte om hom streng te straf. In 1943 behaal hy sy baccalauréat.
Daarna keer hy terug na die Lycée Henry-IV om vir een jaar geskiedenis en filosofie te studeer, met hulp van die filosoof en privaatonderwyser Louis Girard. Die studie was bedoel as voorbereiding op die École Normale Supérieure, die elite-universiteit. Sy vader wou dat Michel in sy voetspore volg en in geneeskunde studeer, maar Michel weier. In 1945 gaan Foucault na Parys waar hy homself inskryf in die Lycéé Henri-IV, 'n vooraanstaande skool vir sekulêre onderwys. Hier word hy onderrig deur Jean Hyppolite, 'n eksistensialis en Hegel-kenner wat die eksistensialisme wil verenig met die dialektiese teorieë van Hegel en Marx. Hyppolite beïnvloed Foucault met sy mening dat filosofie die beste via die geskiedenis bestudeer kan word. Omdat hy by Hyppolite uitblink, word hy toegelaat aan die École Normale Supérieure (ENS).
Tydens sy studie aan die ENS worstel hy met sy homoseksuele geaardheid en het hy selfmoordneigings. Hy was vir 'n kort tyd lid van die kommunistiese party. In die beginjare van die 1950's voltooi hy sy studie in die filosofie en in die psigologie. Hy het ook 'n belangstelling in die psigopatologie. In hierdie verband voltooi hy sy proefskrif, waarop hy onder begeleiding van Georges Canguilhem in 1961 promoveer: Folie et déraison. Histoire de la folie à l’âge classique (Geskiedenis van die waansin in die klassieke tyd). Hy verwerf nie daarmee bekendheid nie. Dit verander in 1966 toe sy boek Les mots et les choses. Une archéologie des sciences humaines uitkom; hierdie publikasie vestig sy reputasie. Na die opstande van Mei 1968, wat Foucault nie meemaak nie omdat hy in Tunis gashoogleraar was, vervreem hy hom van die marxisme. Die Franse Kommunistiese Party, wat die opstand nie steun nie, was in sy oë 'n dissiplinêre instituut van die gevestigde orde. Die tweedeling tussen arbeidersklasse en kapitaal, wat in die marxistiese tradisie sentraal staan, maak in Foucault se werk plek vir 'n "mikrokosmos" van stryd: die arbeidersstryd, die feminisme, die homoseksuele-emansipasie en emansipasie van ander gemarginaliseerde groepe.
Na sy dood word sy nalatenskap onder oë geneem. Foucault eis dat sy ongepubliseerde geskrifte nie postuum gepubliseer mag word nie. Die versoek word geëerbiedig, met dien verstande dat daar slegs lesings gepubliseer word waarvoor Foucault toestemming gegee het.