Die oorpsrong van die Nyl was lank onbekend. In die 19de eeu is die Victoriameer vir die eerste keer deur John Hanning Speke as die bron geïdentifiseer. Maar ná verdere ondersoek is bevind dat die kleiner Tanameer verantwoordelik is vir meer as 80% van die water wat in die Nyl vloei. Voor die tyd het verskeie verkenningstogte gepoog om die oorsprong op te spoor, onder wie David Livingstone. Sedert 2005 word egter aangeneem dat die oorsprong in die Nasionale Park Nyungwe Forest in Rwanda lê en via die Rukarara- en Akagera-rivier na die Victoriameer loop. Die nuwe inligting maak die rivier 107 km langer as voorheen geskat.
Die Nylrivier ontspring as die Blou Nyl in Ethiopië in die Tanameer, en as die Wit Nyl in die Victoriameer. Die meer is tussen die drie lande Uganda, Kenia en Tanzanië geleë. Die Wit Nyl vloei dan van hier via Soedan, waar die twee takke in die hoofstad Khartoem bymekaarkom. Daarna vloei die rivier deur Egipte in die noorde, om ten slotte in 'n ruim delta in die Middellandse See uit te mond.