Die huidige SC Paderborn 07 het in 1985 ontstaan as TuS Paderborn-Neuhaus deur 'n samesmelting tussen TuS Schloß Neuhaus en FC Paderborn. Beide klubs was ook die produk van vroeëre samesmeltings. TuS Schloß Neuhaus het in die 1982/83-seisoen een seisoen in die 2. Bundesliga deurgebring. Die huidige naam is in 1997 aangeneem.
Die klub se tuisveld is die Hermann-Lönsstadion, wat nie aan die streng standaarde van die 2. Bundesliga voldoen nie. Die klub het dus 'n tydelike lisensie gekry en is besig met die konstruksie van 'n moderne stadion in Paderborn, die Paragon Arena, wat 'n kapasiteit van 15 300 sal hê. Die Paragon Arena was veronderstel om reeds in gebruik geneem te gewees het, maar bouwerk is vertraag as gevolg van regsoptrede deur die omliggende huiseienaars.
Die klub was betrokke by die berugte DFB-beker-wedstryd van 21 Augustus 2004 teen Hamburger SV wat verrassend 4-2 deur Paderborn gewen is. Dit het later bekend geraak dat die skeidsregter, Robert Hoyzer, deur 'n Kroasiese dobbelsindikaat omgekoop was om die uitslag te bekook. Gedurende die wedstryd is twee foutiewe strafskoppe en 'n twyfelagtige rooikaart uitgedeel.