Ook in Krokodilrivier sou ds. Van Rooy nie lank vertoef nie, want in 1950 neem hy ’n beroep aan na die gemeente Gobabis, die oudste Gereformeerde kerk in Suidwes-Afrika. Hier is ’n dogter van hom getroud. In 1957 neem hy beroep aan na sy laaste gemeente, Philipstown, in die teenswoordige provinsie Noord-Kaap. Nadat hy sy emeritaat in 1964 aldaar aanvaar het, het hy nog tot 1967 by die Bybelgenootskap gewerk. Hy is oorlede weens kanker.