Hoewel hy nie in diens was van die VOC nie, is Van der Stel in 1679 deur die Here XVII as kommandeur van die Kaap aangestel. Hy is as Kommandeur en nie as Goewerneur aangestel nie omdat die aanstelling buite oorlogstyd plaasgevind het.
Sy belangstelling in die Kaap het dié van al sy voorgangers oortref. Dit het uiting gevind in die stigting van Stellenbosch (wat ook na hom vernoem is) in 1680, in die opening van die distrik Drakenstein in 1684, die prospektering vir koper in Namakwaland in 1685, die daadwerklike hulp wat hy aan die Hugenote gegee het ná hulle aankoms aan die Kaap in 1688 en in sy aanmoediging van boomplanting. Die V.O.C. het hom tot goewerneur bevorder in 1691 uit waardering vir sy werk. Van der Stel het in 1699 op sy wynlandgoed Constantia Suid van Kaapstad afgetree toe hy die goewerneurskap aan sy seun Willem Adriaan van der Stel afgestaan het. Hy het daar gesterf op 24 Junie 1712.
Die Laerskool Simon van der Stel in Wynberg herdenk jaarliks sy geboortedag met 'n muntlegging ten bate van Die Burger se Kersfonds. In die dorp wat sy naam dra, Stellenbosch, is sy verjaardag jaarliks feestelik herdenk met 'n optog deur die strate, feesviering op die Braak ('n grasplein in die middel van die dorp), en papegaaiskiet met 'n voorlaaier op Papegaaiberg, waar skyf geskiet is na 'n hout papegaai.