Hy was die seun van generaal Manuel Erotikos Komnenos en was jonk al ’n weeskind. Hy is onder toesig van keiser Basilius II grootgemaak. Hy het bekend geword as ’n suksesvolle militêre aanvoerder en in 1057 was hy die hoof van ’n sameswering teen die nuut gekroonde Michael VI Bringas. Sy volgelinge het hom op 8 Junie 1057 tot keiser verkies en hy het Michael se magte in die Slag van Hades verslaan. Hoewel Isak tevrede was met ’n kompromie deur Michael om hom as sy opvolger aan te wys, het ’n faksie in Konstantinopel onder die ambisieuse patriarg van Konstantinopel, Michael Keroularios, Michael VI gedwing om te abdikeer. Daarna is Isak op 1 September as keiser gekroon.
As keiser het hy sy ondersteuners beloon, maar ook ’n reeks finansiële maatreëls ingestel en die buitensporighede van sy voorgangers te beëindig. Sy doel was om die staatskis te vul en die doeltreffendheid van die Bisantynse leër te verhoog. Die afname in salarisse, strawwe belastingsmaatreëls en beslaglegging op kerkeiendom het sterk teenkanting ontlok, veral van Keroularios, wat homself as ’n keisermaker beskou het.