Die meeste archaea en bakterieë weier hardnekkig dat 'n Cas9-proteïen hul genoom kan wysig. Dit is omdat hulle vreemde DNS, wat hulle nie beïnvloed nie, in hul genoom kan heg. 'n Ander manier waarop hierdie selle Cas9 trotseer, is deur middel van 'n wysigingbeperkingstelsel (WBS). Wanneer 'n bakteriofaag in 'n bakterie of archaeasel binnedring word dit deur die WBS-stelsel geteiken. Die WBS-stelsel sny dan die bakteriofage se DNS in aparte stukke deur beperkingsensieme en gebruik endonuklease ('n tipe ensieme) om die DNS-dele verder te vernietig. Dit is 'n probleem vir Cas9-redigering omdat die WBS-stelsel ook die vreemde gene wat deur die Cas9-proses toegevoeg is teiken.