Bonn grens in die suide en weste aan die uilopers van die Eifel-gebergte, in die noorde aan die Keulense Bog en in die ooste en suid-ooste aan die Bergiese Land. Weens sy ligging word Bonn ook die "Poort na die romantiese Middelryn" genoem.
Die hoogste bergspits in die stadgebied is die Paffelsberg met 'n hoogte van 194,8 meter. Bonn beskik oor 'n natuurpark in die stadsentrum, die Rheinaue-park, wat met sy oppervlak van 160 hektaar 'n groot deel van die oorstromingsgebied teen die linker- en regteroewer van die Ryn beslaan. Die park is tydens die Federale Tuinskou in 1979 ingewy en word onder meer vir opelugkonserte gebruik.
Die oudste nedersettings in die gebied dateer uit die tydperk omtrent 14 000 v.C. In 12 v.C. vestig die Romeine hier onder Drusus die Classis Germanica, hulle vloot vir die Germaanse kusgebied. Ná die nederlaag van die Romeinse veldheer Varus in die slag teen Germaanse krygers onder die bevel van Arminius in 9 n.C. word die stad, wat destyds Bonna genoem is, as 'n militêre voorpos vir die grens met Germania uitgebou. In die noorde van die huidige Bonn is 'n Romeinse legioen gestasioneer. Handelaars en ambagsmanne het hulle vinnig digby die voorpos gevestig.
Met die ondergang van die Romeinse Ryk in die 5de eeu begin ook die agteruitgang van Bonn. In die Frankiese tydperk en veral in die 9de en 10de eeu ontwikkel Bonn tot 'n geestelike sentrum, met die Villa Basilika as sy middelpunt. In die gebied van die huidige mark het 'n Middeleeuse markdorp ontstaan.