Volgens argeoloë het die eerste mense Siberië omstreeks 40000 v.C. bereik. Die Andronowo-kultuur, ’n groep volke van die Bronstydperk, het omstreeks 2000-900 v.C. in die streek gewoon. Oorblyfsels is in 1914 naby die dorp Andronowo ontdek. Die grafheuwels en monumente van die Skitiese kultuur in Krasnojarsk-krai dateer uit die 7de eeu v.C. en is van die oudstes in Eurasië. ’n Prins se graf, die Koergan Arsjan, is ook in 2001 in die krai ontdek.
Die Russiese besetting van die streek (hoofsaaklik deur Kosakke) het in die 17de eeu begin. Ná die bou van die Transsiberiese Spoorlyn het die Russiese kolonisasie van die gebied sterk toegeneem. Gedurende die tyd van beide die tsaars en die Bolsjewiste is die gebied van Krasnojarsk-krai gebruik vir die verbanning van politieke vyande. Die eerste leiers van die Sowjetunie, Wladimir Lenin en Josef Stalin, is onderskeidelik in 1897-1900 en 1903 verban na wat nou die krai is. In Stalin se tyd was baie Goelag-kampe in die gebied geleë.
Op 30 Junie 1908 het die Toengoeska-voorval plaasgevind in die bekken van die Podkamennaja Toengoeska-rivier. Dit was ’n kragtige ontploffing wat waarskynlik veroorsaak is deur die ontploffing van ’n groot meteoroïde of komeetstuk op ’n hoogte van 5-10 km bokant die Aarde se oppervlak. Die krag van die ontploffing was na ramig sowat 10-15 megaton. Dit het meer as 2 000 km2 dennewoud platgevee en duisende rendiere se dood veroorsaak.
Krasnojarsk-krai is in 1934 gestig ná die ontbinding van die Wes-Siberiese en Oos-Siberiese Krai. In 1991 het Chakassië afgestig en ’n republiek binne die Russiese Federasie geword. Op 1 Januarie 2007, ná ’n referendum, het die outonome okroegs Ewenk en Taimir deel van die krai geword.
In Augustus 2009 het Krasnojarsk-krai ’n natuurlike aanwas in die bevolking aangeteken, vir die eerste keer in 16 jaar.