Maar kom ons gaan terug na die beginjare, toe John as winkelier in Pretoria aangekom het. Volgens Rosa Swanepoel het John in 1857 'n handelshuis in Pretoria geopen. In 1858 koop hy erf nr 348 op die suid-oostelike hoek van Kerkstraat en Kerkplein. Dié winkel was oorkant Pretoria se eerste tronk. In 1864 koop hy erf nr 352 op die suid-oostelike hoek van Kerkstraat en Kerkplein. In 1874 bou hy 'n nuwe winkel op die erf maar voor die winkeliers ingetrek het, het Pretoria se vrouens van die kans gebruik gemaak om 'n bazaar in die pakhuis te hou om geld vir vermaaklikheid in te samel. Later is daar ook 'n groot bal daar gehou om die winkel in te wy. Selfs 'n bal vir kinders is op 'n Saterdagmiddag daar aangebied.
Tog was John steeds oortuig daarvan dat daar volop goud aan die Witwatersrand was. Die bewys daarvan, die poedingklip, het dan in sy studeerkamer gelê. Angela P. Makin, John se agterkleinkind, het 'The Story of the Golden Vlei' geskryf oor dié poeding-klip.
Die drywer wat langs John voor op die wa gesit het was 'n Boesman genaamd Kleinboy, die eerste mens wat aan die poedingklip geraak het. Hoe dit gebeur het, is dat die voorste ossewa in die vlei vasgesit het en John vir Kleinboy gevra het om groot klippe aan te dra om rondom die wawiele neer te sit. Die laaste strale van die sakkende son het direk op een klip geskyn en John kon die blink, goue kleur duidelik sien.
In 1867 het John 'n Duitse geoloog, Carl Mauch, na Lysvlei geneem. Hy het bevestig dat daar wel goud is, maar dié inligting het geensins 'n goudkoors in die Witwatersrandomgewing tot gevolg gehad nie. Dit het eers 19 jaar later gebeur. Lys en Mauch het self nie genoeg kapitaal gehad om die goud te ontgin nie.
Tien jaar later het John sy Lysvlei vir 'n Australiese inspekteur van goudvelde, A Armfield, gaan wys. Weereens het 'n kenner bevestig dat daar goud is, maar Armfield is deur Lord Shepstone Transvaal toe gebring om die goudvelde by Eersteling, Selati, Ohrigstad, Pelgrimsrus en Barberton te gaan inspekteer ek kon nie by Lysvlei tydmors nie. Hy is vort op sy amptelike missie en voor hy die verslag oor die ontdekking van goud aan die Witwatersrand kon skryf, is hy aan swartwaterkoors dood. John se seun, Godfray, het egter nooit van sy pa se onwrikbare geloof aan 'n ryk goudaar in die Witwatersrand-omgewing vergeet nie. Hy het later saam met sy ooms, Harry en Fred Struben, die eerste klont goud aan die Witwatersrand fyngemaal.
John se agterkleindogter, Angela, skryf dat die Lys-familie met nabetragting bly was dat John voor die twee Vryheidsoorloë oorlede is. Sy sê dat hy altyd vir die vooruitgang van die Zuid-Afrikaansche Republiek gewerk het en dat dit sy hart sou breek om Boer en Brit in 'n oorlog teen mekaar te sien. Ons kon nie vasstel waar John begrawe is nie. Sy vrou Olivia, en seun Godfray is langs mekaar in die Kerkstraat, Pretoria-Wes begraafplaas begrawe.