(Aangestuur vanaf Linnaeus)
In Stockholm het hy hom as dokter gevestig en is 'n rukkie daarna getroud. In 1742 het hy 'n professoraat aan die Universiteit van Uppsala aanvaar. Onder sy leiding het die plantkundedepartement 'n bloeityd beleef. Hy het onder andere die botaniese tuin gereorganiseer, plantversamelings uitgebrei en sy studente op studiereise gestuur om verdere voorbeelde van plante en diere te versamel. Linnaeus se studente het na Noord-Amerika, Japan, Venezuela, Spanje, die destydse Palestina en Egipte gereis, en hy het self 'n aantal kort reise onderneem.
As blyk van vriendskap het Linnaeus die knoflok, genus Tulbaghia, en die bruin bergskoenlap per, Meneris tulbaghia, na Tulbagh vernoem. In 1762 is Linnaeus tot die adelstand verhef en het hy as ridder Carl von Linné bekend gestaan. Hy was na 'n beroerteaanval in 1774 gedeeltelik verlam en het op 10 Januarie 1778 in Uppsala gesterf. AI sy briewe, versamelings en sy biblioteek is na Londen gebring, waar dit in die besit van die Linnean Society gekom het. Sy botaniese tuin in Uppsala bestaan vandag nog, terwyl sy woning as museum ingerig is.
Elke dier- en plantsoort het 'n twaalfwoordige beskrywing (polinomie) gekry, asook 'n naam wat uit twee woorde bestaan het. Die eerste woord dui die genus van die organisme aan, terwyl die tweede die spesie aandui. Hierdie met ode van benaming word binêre nomenklatuur genoem en was die eerste aanneemlike metode vir die beskrywing van organismes. Hiermee het hy orde geskep in die verwarring wat daar destyds oor die benoeming van organismes bestaan het.