Lippi is in 1406 gebore in Florence as die seun van Tommaso, 'n slagter, en sy vrou. Toe hy nog 'n klein kindjie was het albei sy ouers gesterf. Hy het gevolglik by sy tante Mona Lapaccia gaan woon; omdat sy te arm was om hom groot te maak, het sy hom in die naburige Karmeliete-klooster geplaas. Hy was maar agt jaar oud toe hy na die klooster vertrek het en daar met sy opleiding begin het. In 1420 is hy opgeneem in die gemeenskap van Karmeliete broeders van die klooster van Santa Maria del Carmine, Florence. Hy het die volgende jaar op 16-jarige ouderdom sy godsdienstige gelofte in die orde afgeneem. Hy is omstreeks 1425 verorden as priester in die Katolieke kerk, en het tot 1432 in die klooster gebly. Giorgio Vasari, die eerste kunshistorikus van die Renaissance, skryf dat Lippi geïnspireer was om 'n skilder te word toe hy Masaccio se werke in die Karmeliete Kerk besigtig het. Lippi se vroeë werk, veral die Tarquinia Madonna (Galleria Nazionale, Rome), toon Masaccio se invloed.  In sy Lewens van die uitmuntendste Italiaanse argitekte, skilders en beeldhouers het Vasari die volgende oor Lippi gesê: "In plaas van studeer, het hy al sy tyd spandeer deur prente in sy eie boeke en die van andere te teken." Die klooster het as gevolg van Lippi se belangstelling aan hom die geleentheid gegee in die skilderkuns te bestudeer.
In 1432 het Filippo Lippi die klooster verlaat, hoewel hy nie van sy gelofte vrygestel is nie. In 'n brief uit 1439 beskryf hy homself as die armste broeder van Florence, wat verantwoordelik is vir die onderhoud van ses hubare niggies.
Met die terugkeer van Lippi na Florence in 1432 het sy skilderye gewild begin word, wat hom die steun van die Medici-familie besorg het. Die familie het opdra gegee vir die Die aankondiging en die sewe heiliges. Cosimo de 'Medici moes hom toesluit om hom te dwing om te werk, en selfs toe het die skilder daarin geslaag om by wyse van 'n tou wat van sy lakens gemaak is te ontsnap. Sy lewe bevat talle voorbeelde van regsgedinge, gebroke beloftes en skandale. 
In 1441 het Lippi 'n altaarstuk geskilder vir die nonne van Sant'Ambrogio in Florence, wat nou 'n prominente aantrekkingskrag is in die Akademie van Florence, en gevier is in Browning se bekende gedig "Fra Lippo Lippi". Dit beeld die kroning van die Maagd onder engele en heiliges uit, met verskeie monnike. Een hiervan, regs geplaas, is 'n halwe-lengte figuur wat oorspronklik beskou is as 'n selfportret van Lippo, en opmerklik is as gevolg van die inskripsie "is perfecit opus", daar is later gemeen dat dit egter 'n portret van die weldoener was wat opdrag gegee het vir die skildery. 
In Junie 1456 is dit aangeteken dat Fra Filippo in Prato (naby Florence) woon waar hy fresko's vir die katedraal geskilder het. In 1458, terwyl hy besig was met hierdie werk, het hy begin met 'n prent vir die kloosterkapel van S. Margherita in die stad, waar hy Lucrezia Buti, die dogter van 'n Florentynse man genaamd Francesco Buti, ontmoet het. Lippi het gevra dat sy toegelaat sou word om te sit vir die Madonna-figuur (of miskien S. Margherita). Onder daardie voorwendsel het Lippi seksuele verhoudings met haar gehad, haar na sy eie huis ontvoer en haar daar gehou ondanks die pogings van die nonne om haar terug te kry.  Die verhouding het hul seun, Filippino Lippi, voorgebring wat in die voetspore van sy vader gevolg het en self 'n beroemde skilder sou word.
Die einde van Lippi se lewe is in Spoleto deurgebring, waar hy opdrag gekry het om tonele uit die lewe van die Maagd te skilder vir die apsis van die Spoleto-katedraal. In die semi-koepel van die apsis is die Kroning van die maagd (Christus wat die Madonna kroon, met engele, sibille en profete. Hierdie reeks, wat nie heeltemal gelykstaande is aan die wat by dié Prato uitgestal word nie, is ná Lippi se dood voltooi deur een van sy assistente, sy mede-Karmeliet, Fra Diamante. Lippi is op 8 Oktober 1469 in Spoleto oorlede. Die wyse waarop hy dood is, is in geskil. Daar word gesê dat die pous aan Lippi toestemming gegee het vir die huwelik met Lucrezia, maar voordat die toestemming gearriveer het, is Lippi vergiftig deur die verontwaardigde familielede van of Lucrezia, of 'n ander vrou vir wie hy gevoelens gehad het. 
Die fresko's in die koor van die die katedraal van Prato, wat die Verhale van die heilige Stefaans en Johannes die Doper uitbeeld op die twee hoofmure, word beskou as die belangrikste werke van Fra Filippo, veral die figuur van Salome wat dans, wat duidelike verwantskappe toon met latere werke van sy leerling, Sandro Botticelli, en sy seun, Filippino Lippi, sowel as die skare wat rou oor Stefaans se lyk. Daar word vermoed dat laasgenoemde 'n portret van die skilder bevat, maar daar is verskillende opinies oor die presiese figuur. Teen die muur is Sint Giovanni Gualberto en Sint Alberto. 
Hy het vir Germiniano Inghirami van Prato die dood van St. Bernard geskilder. Sy belangrikste altaarstuk in hierdie stad is 'n geboortetoneel in die tempel van S. Domenico - met die baba op die grond wat deur die Maagd en Josef, tussen die heiliges George en Dominic, in 'n rotsagtige landskap aanbid word, met herders en ses engele in die lug. In die Uffizi-galery is 'n betowerende Maagd, wat ook "Lippina" genoem word, wat die baba Christus aanbid wat deur twee engele gehou word; en in die Nasionale Galery, Londen 'n Visie van Sint Bernard. Die prent van die Maagd en baba met 'n Engel in dieselfde galery, ook aan Lippi toegeskryf, word betwis. 
Filippo Lippi is in 1469 oorlede terwyl hy aan die fresko's van Tonele uit die Lewe van die Maagd Maria, 1467–1469, in die apsis van die Spoleto Katedraal, gewerk het. Die fresko's toon die aankondiging, die begrafnis, die aanbidding van die kind en die kroning van die maagd.  'n Groep omstanders wat by die begrafnis uitgebeeld word, bevat 'n selfportret van Lippi, tesame met sy seun Filippino en sy helpers, Fra Diamante en Pier Matteo d'Amelia. Lippi is aan die regterkant van die transept begrawe, met 'n monument wat deur Lorenzo de 'Medici aangevra is.  Francesco di Pesello (genoem Pesellino) en Sandro Botticelli was onder sy mees uitgelese leerlinge.