Met militêre steun van Kuba en die Sowjetunie, het die FRELIMO-leier en president Samora Machel van Mosambiek daarin geslaag om 'n eenpartystaat te skep met die FRELIMO (nou omskep in 'n politieke party) as die enigste toegelate party. Machel het 'n sosialistiese roete gekies. Meer as 'n miljoen vlugtelinge aan die buitewyke van die stede is met geweld na die platteland teruggeforseer, met die gevolg dat meer as 100 000 sterf. Al die Portugese word die land uitgedwing, insluitend die ontwikkelingswerkers wat juis FRELIMO ondersteun het. As gevolg van hierdie beleid het die ekonomie in duie gestort en die land se infrastruktuur verval.
Onmiddellik na onafhanklikheid begin die burgeroorlog tussen die FRELIMO-regering en die anti-kommunistiese RENAMO, 'n weerstadsbeweging wat eers deur Rhodesië en later deur Suid-Afrika ondersteun is. 'n Vredesverdrag het in 1992 gevolg.