Die aanslag op die kerk se relevansie het diep historiese wortels. Die “kritieke situasie waarin die kerk in ons tyd beland het” word op ’n grondige manier ontleed en stimuleer die leser om self na te dink en saam te praat oor die blywende betekenis van die kerk vir die moderne mens.
Die rype vrug van prosesse wat reeds met die Verligting begin het. Dit is die uiteinde van die ontwikkelinge van moderne werklikheidsopvattinge, die resultaat van emansipasie van die menslike gees en ’n toenemende versekularisering. Onder die invloed van hierdie Westerse gees het al groter groepe van die kerk en sy boodskap afvallig geword. Die stroom het aangegroei tot ’n afkeer van die kerk en enige Christelike invloed. In baie samelewings het die openlike teenstand teen die kerk verminder en plek gemaak vir ’n verstikkende ongeïnteresseerdheid in sommige kringe, ’n intuïtiewe oortuiging en vanselfsprekende aanname dat die kerk wesenlik niks meer vir die moderne mens kan beteken nie.
Sonder om lesers voor te skryf, maak Jonker ’n keuse, naamlik dat die kerk vír moderne mense sal kies en steeds vir die moderne lewe relevant sal wíl wees, deur hom nie in self-sekularisasie in geestelike ghetto’s te onttrek nie. Die kerk moet op só ’n manier relevant wees dat die evangelie self, die boodskap, die inhoud, nie op enige wyse in die gedrang sal kom of opgeoffer sal word nie.
In 1965 aanvaar hy die benoeming by UNISA as professor in kerk- en dogmageskiedenis en kerkreg. Na twee jaar as predikant van die NG gemeente Johannesburg-Oos (Irene) aanvaar hy in 1968 ’n pos in Kampen. In 1971 word hy na die Fakulteit Teologie aan die US beroep vir dogmatiese vakke. Hier dien hy tot sy aftrede in 1992. Jonker was die ontvanger van verskeie pryse, toekennings en eredoktorsgrade. Hy is op 28 Augustus 2006 oorlede.