Fukuyama is een van die stigters van die Project for the New American Century en word daarom tot die neokonserwatiewes gereken. Die Amerikaanse inval van Irak in 2003 keur hy egter af en oor die neokonserwatiewes praat hy intussen in die derde persoon. In 'n onderhoud met die VPRO het hy gesê dat as hy self die "Marx" van hierdie beweging is, dat die regering-Bush dan "leninisties" is.