Estrada is in 1998 tot president verkies met 'n wye stemmarge wat hom van die ander uitdagers skei, en is op 30 Junie 1998 in die presidensie ingesweer. In 2000 verklaar hy 'n 'oorlog teen die Moro Islamitiese Bevrydingsfront het sy hoofkwartier en ander kampe gevange geneem. Die aantygings van korrupsie het egter 'n vervolging in die Senaat veroorsaak, en in 2001 is Estrada deur 'People Power 2' verdryf nadat die vervolging uit die vervolgingshof gestap het toe die senator-regters 'nee' gestem het tydens die opening van die tweede koevert.