In 1944 het die Gereformeerde Kerke en die Hervormde Kerk in Kaapstad besef dat daar 'n dringende nood was aan die verspreiding van die Woord onder besoekende seelui in die hawe. Op 9 November 1944 het die gemeentes die Nederlandse Afrikaanse Seemanskomitee gestig, met die doel om voorsiening te maak vir die behoefte van Nederlandse soldate en seelui op pad na en terug van Indonesië. Al die werk is toe op 'n vrywillige grondslag gedoen.
Met verloop van tyd was dit duidelik dat die mense gespesialiseerde sorg nodig gehad het. 'n Persoon is aangestel teen 'n geringe vergoeding om die skepe so dikwels moontlik te besoek. 'n Paar van die gemeentes het begin om die werk finansieel te steun. Later het die Gereformeerde Kerke besluit om die werk op hulle eie te doen in Kaapstad en het toe afgestig.
Vir baie jare het net die Nederlandse skepe aandag gekry, maar geleidelik het dit baie duidelik geword dat daar geweldige geleenthede is vir sendingwerk onder ALLE seemanne in die Kaapstadse hawe. Die naam van die komitee is toe verander na die Christelike Seemans Welsyn Organisasie. Ongeag die gebruik van die woord "welsyn", is daar meer aandag geskenk aan die geestelike welsyn as die fisiese welsyn van die seelui. Die werkswyse was ook meer geestelik van aard.
Van 1972 af, is daar baie gevorder. Durban, die grootste van die Suid-Afrikaanse hawens het die volgende terrein geword waar gewerk is. Teen die einde van 1975 is die eerste sendingwerker aangestel in Saldanhabaai. Toe die heel eerste skip die nuwe hawe invaar, was ons werkers daar om hulle te ontvang. Hoewel ons nie heeltemal gereed was vir die eerste skip in Richardsbaai nie, het ons organisasie kort daarna begin werk in die nuwe hawe. Die organisasie het baie vinnig gegroei en teen 1 April 1991 het ons 'n tak geopen in Port Elizabeth.
Die Seemansorganisasie het begin as 'n interkerklike organisasie. Danksy die gesonde groei daarvan, het sy aktiwiteite bekend geword onder sy talle ondersteuners in die land. Ons donateurs (medewerkers) het geweldig bygedra deur ons werk bekend te maak aan die algemene publiek. Ons het gevolglik nou donateurs van oral in die land en hulle verteenwoordig feitlik alle Engelse en Afrikaanssprekende kerke. Verder het ons ook donateurs in Amerika en Brittanje. Die donateurs ondersteun ons met hulle voorbidding en gebede.
Toe die Welsynswet gewysig is, is die organisasie amptelik erken as godsdiensorganisasie en die woord "welsyn" is toe geskrap uit die naam. Sedert 1978 is die amptelike naam die CHRISTELIKE SEEMANSORGANISASIE.