Alhoewel Pepys nie oor enige seevaartkennis beskik het nie, het hy danksy sy harde werk en sy goeie administratiewe aanleg in sy loopbaan bevorder om uiteindelik as staatssekretaris van die Engelse admiraliteit onder koning Karel II en sy opvolger Jakobus II te dien. Sy invloed en sy hervormings het 'n beslissende rol by die vroeë professionalisering van die Koninklike Vloot gespeel.
Hy het ook alledaagse ervaringe gedeel wat belangrike brokkies inligting bevat het. Soos bv. sy spesiale aantekening in sy joernaal van sy eerste kennismaking met die koning van die lekkergoedwêreld: sjokolade. Hy beskryf die genot van hierdie drankie wat hy gesmaak het.