Hy het onderneem om die Russiese ekonomie in ’n vryemarkekonomie te omskep en het ekonomiese skokterapie, prysvrystelling en privatisasie daarvoor ingespan. Weens die metode van privatisasie het ’n groot deel van die land se rykdom in die hande van ’n klein groepie oligarge beland. ’n Groot deel van die Jeltsin-era is gekenmerk deur korrupsie, inflasie, ekonomiese ineenstorting en enorme politieke en sosiale probleme wat Rusland en die ander voormalige republieke van die Sowjetunie geraak het.
Botsings met die Opperste Sowjet het gelei tot die grondwetlike krisis van Oktober 1993 toe Jeltsin opdrag gegee het vir die onwettige ontbinding van die parlement, wat toe probeer het om Jeltsin uit sy amp te verwyder. Die weermag het hom uiteindelik aan Jeltsin se kant geskaar en die Russiese Withuis beleër en met bomme bestook, wat gelei het tot die dood van 187 mense. Jeltsin het toe die grondwet geskrap, politieke teenstand tydelik verbied en sy ekonomiese eksperiment voortgesit. Daarna het hy ’n nuwe grondwet afgekondig, met groter mag vir die president, en dit is op 12 Desember 1993 deur ’n Russiese referendum goedgekeur met 58,5% van die kiesers wat daarvoor gestem het.
Op 31 Desember 1999 het Jeltsin in ’n verrassende stap sy bedanking aangekondig en die bewind gelaat in die hande van sy verkose opvolger, die destydse premier Wladimir Poetin. Jeltsin was oor die algemeen ongewild toe hy uittree. Volgens sekere skattings was sy gewildheid toe so laag as 2%.
Jeltsin se persoonlike en gesondheidsprobleme het groot aandag in die internasionale pers geniet. Soos die jare aangestap het, is hy toenemend beskou as ’n onstabiele leier, eerder as die inspirerende figuur wat hy eens was. Ná sy bedanking het hy op die agtergrond gebly en geen openbare aankondigings of verskynings gemaak nie.
In September 2005 het hy in Moskou ’n heupoperasie ondergaan nadat hy sy femurbeen tydens 'n vakansie op die Italiaansie eiland Sardinië gebreek het. Op 1 Februarie 2006 het hy sy 75ste verjaarsdag gevier.
Hy was die eerste Russiese staatsman wat in ’n kerkseremonie ter ruste gelê is ná tsaar Aleksander III. President Poetin het die dag van sy begrafnis as ’n nasionale roudag verklaar met vlae wat halfmas gehang het en alle vermaakprogramme wat vir die dag opgeskort is.