'n ELISA toetsstel vir die opsporing van Ralstonia solanacearum in aartappelknolle. Hierdie toetsstel word deur die Suid-Afrikaanse Aartappel Sertifiseringsdienste gebruik vir siekte-vrye saad sertifisering sedert 1995 (vir meer informasie sien hierna).
Navorsing wat vir Aartappels SA op Aartappel Virus Y (Potato Virus Y, PVY) het getoon dat die PVYO en PVYN in Suid-Afrika voorkom, maar is grootliks verplaas deur die rekombinante PVYNWilga en PVYNTN rasse en ander rekombi​​nante rasse wat elders in die wêreld voorkom (4). Ons het 'n nuwe benadering vir die filogenetiese analise van die heelgenoom opeenvolgings ontwikkel wat die rekombinasie van die virus, wat dikwels voorkom, akkommodeer (4). Ons span is 'n lid van die internasionale PVY Wide ​Organization (http://www.inra.fr/pvy_organization_eng). 'Realtime RT-PCR' toetse is ontwikkel vir die opsporing van PVY and Aartappel Rolblad Virus (Potato Leafroll Virus, PLRV) en hierdie toetse word nou in ons navorsing en vir bevestigende toetse in die industrie gebruik. Ons voer tans proewe deur om die weerstand teen PVYNTN rasse van die hoof aartappelkultivars wat in Suid-Afrika verbou word, te bepaal, met die doel om 'n weerstandsindeks vir Suid-Afrikaanse boere te ontwikkel.
In 1989, het ek 'n ELISA metode vir die opsporing van bakteriese verwelksiekte veroorsaak deur Ralstonia solanacearum in aartappels ontwikkel wat 'n ernstige bedreiging vir die SA Aartappelbedryf ingehou het. Hierdie ELISA word nog steeds as roetine toets as 'n gedeelte van die sertifiseringsskema van die Suid-Afrikaanse Aartappel Industrie (Aartappels SA) gebruik en het die siekte in Suid-Afrika onder beheer gebring (1). Ons bevestig ook Ralstonia solanacearum infeksies en identifiseer ander bakteriese infeksies deur 16S rRNA geenopeenvolgingsbepalings.
Die klem van ons huidige navorsing is gemik om die filogenetiese verwantskappe in die genus Erica te bepaal, wat die grootste plant genus in die Kaapse fynbos strook is (~650 spesies). 'n Filogenie gebaseer op 'n groot aantal merkergene is in 'n gevorderde stadium van voltooiing. Illumina NGS is gebruik om die genoom volgorde van Erica plukenetii te bepaal. Hierdie genoomvolgorde sal gebruik word om die rol van gene wat vir die ensieme vir rooi blomkleurvorming en vir blommorfologie kodeer te bepaal deur bioinformatika rekenaar programme te gebruik.
'n Tweede projek wat tans in my laboratorium onderneem word is op die Suid-Amerikaanse vis genus Pterophyllum. Drie spesies word tans in die genus aanvaar, maar die massiewe area waarin hierdie drie spesies voorkom, die oorvleueling van hulle voorkomsgebiede, en die herverbinding van die Rio Orinoko en die Rio Negro (as 'n gedeelte van die Amazon dreineeringsgebied) deur middel van 'n direkte koppeling deur die sogenoemde Rio Casiquiare of Casiquiare Kanaal, het tot die ontstaan van tussenvorme gelei wat DNA studies verg om hulle evolusie te bepaal. Om hierdie studie deur te voer is monsters verskaf deur medewerkers in Europa en in die VSA, wat weereens hierdie monsters van medewerkers in Venezuela en in Kolombië verkry het.