Alhoewel daar al sedert 1600 kontak was tussen die Nederlanders en Japan, het die handelsverhouding teen 1641 gedreig om ten gronde te gaan. Die shogun het nie die opdringerigheid van die Europeërs vertrou nie, waarvan sommige, by name die Portugese, al langer in Japan aanwesig was. Die pogings van die Jesuïete, gesteun deur Spanjaarde en Portugese, om die Japannese te bekeer, was veral vir hom 'n doring in die vlees, aangesien die bekeerde daimyo's versetgebiede gevorm het. Hy was veral bevrees oor die feit dat hulle 'n ander (wêreldse) 'leier' as hulle opperhoof beskou het: die hoof van die Vatikaan, die pous.
Met verloop van tyd het die oorspronklike Dezjima byna geheel en al verdwyn; deur drooglegging is dit al lank nie meer 'n eilandjie nie en die ou geboue is grotendeels gesloop. Na aanleiding van die herdenking van die 400 jaar oue betrekkinge tussen Nederland en Japan in die jaar 2000 is daar egter 'n projek van stapel gestuur om die eiland weer in geheel na sy ou staat te restoureer. Inmiddels is enkele van die geboue op ware skaal gerekonstrueer en dien tans as museums.