Botha en sy vrou Elize het hulle aan die politieke lewe onttrek, na hulle huis 'Die Anker' op [[Wildernis, Wes-Kaap|Wildernis]], naby [[George]]. Alhoewel hy uit die aktiewe politiek getree het, was hy ’n groot teenstander van die koers wat F.W. de Klerk ingeslaan het en het nie gehuiwer om dit bekend te maak nie. Tot en met sy dood was Botha van mening dat Suid-Afrika liewer ’n federale staatsvorm moes invoer gegrond op taal en etnisiteit.