Saam met ’n paar ander vooraanstaande geestelikes skryf Awwakoem ’n petisie aan die tsaar met die versoek dat afgesien word van die hervormings. Kort hierna word hy gearresteer en na die Oespenski-katedraal in die [[Moskouse Kremlin]] gebring, waar die patriarg hom sy priesterskap wil ontneem. Die tsaar keer egter dat dit gebeur. In die herfs van 1653 word Awwakoem en sy gesin verban na [[Siberië]], waar hy in [[Tobolsk]] beland. Hier preek hy teen die "ketterye van Nikon". In 1655 word hy in ’n bevel van die tsaar gelas om na die dorpie Jakoetski te gaan.
[[Lêer:Avvakum by Pyotr Yevgenyevich Myasoyedov.jpg|duimnael|links|280px|Awwakoem op die brandstapel, skildery deur PyotrPjotr Mjasojedof (1897).]]
Hy bly hier tot in 1662, toe hy toegelaat word om na Moskou terug te keer. Die tog duur twee jaar en eindelik kom hy in die lente van 1664 in die stad aan. Hier is Awwakoem, wat intussen bekend geword het om sy standvastigheid en beproewinge, die middelpunt van belangstelling. Hy word weer deur die tsaar ontvang en selfs toegelaat om in die Kremlin te bly. In dié tyd het hy weer kontak met sy geesgenoot [[bojarinja Morozowa]].