Fjodor II Borisowitsj Godoenof (Russies: Фёдор Борисович Годунов) (1589 – 20 Julie 1605) was ’n tsaar van Rusland in 1605 tydens die Tyd van Beroeringe. Hy is in Moskou gebore as die seun en opvolger van Boris Godoenof. Sy ma was ’n dogter van Maljoeta Skoeratof, die berugte gunsteling van Iwan die Verskriklike.
Hy is fors gebou en sy pa dra hom op die hande. Hy kry die bes moontlike onderrig van sy tyd en word van kleins af blootgestel aan al die besonderhede van die regering. Hy sit dikwels in die Doema en ontvang buitelandse gesante. Hy is blykbaar baie intelligent en is verantwoordelik vir die eerste kaart van Rusland wat deur ’n Rus opgetrek word.
Met Boris se skielike dood word die 16-jarige op 13 April 1605) tot tsaar verklaar. Hoewel sy pa gesorg het dat hy deur magtige vriende omring word, lewe hy van die eerste oomblik van sy bewind in ’n atmosfeer van verraad. Op 1 Julie 1605 arriveer die gesante van Vals Dmitri I in Moskou om te eis dat hy van die troon gesit word. ’n Groep bojare wat nie trou aan die nuwe tsaar wil sweer nie, neem beheer van die Kremlin oor en arresteer hom.