Die nasionale vlag van Uganda is op 9 Oktober 1962 amptelik in gebruik geneem. Die vlag vertoon ses horisontale afwisselende bane in (van bo na onder) swart, geel, rooi, swart, geel en rooi met ’n wit skyf in die middel van die vlag waarop ’n mahem pryk.
Die mahem (kraanvoël) is deur die Britte aan Uganda toegeken. Tydens die Britse bewind (vanaf 1914) is ’n blou Britse vaandel gebruik wat bestaan het uit ’n enkele blou baan met die Union Jack in die skildhoek en ’n mahem op ’n wit skyf op die wapperkant.
Kort voor die verkryging van onafhanklikheid het Uganda ’n nie-Britse vlag ingevoer. Onder die invloed van die Ugandese Demokratiese Party, onder leiding van Benedicto Kiwanuka, is in Maart 1962 ’n vertikaalgestreepte groen-geel-blou-geel-groen vlag met ’n geel mahem in die blou baan, in gebruik geneem. In April van dieselfde jaar het die UPC die verkiesing gewen en die nuwe leiers het besluit om vanaf die verkryging van onafhanklikheid op 9 Oktober 1962 ’n vlag in die partykleure (swart, geel en rooi) te gebruik. Dit het sedertdien in gebruik gebly, ook toe die UPC nie meer die dominante party was nie.
Die oorspronklike vlag, wat in 1962 gemaak is, is deur president Idi Amin na sy afsetting in 1979 saam met die oorspronklike wapenskild na Libië en later Saoedi-Arabië. Dit het daar soek geraak maar die Ugandese regering het die Saoediese regering versoek om te help om dit terug te kry.