Die huidige vlag is op 1 Maart 1961 aanvaar. Die oorspronklike vlag is op 4 April 1959 aanvaar toe Mali (saam met Senegal) by die Mali-Federasie aangesluit het. Die vroeëre vlag was dieselfde, behalwe dat die geel baan ’n swart stokmannetjie, kanaga, met arms opgehef na die hemel gehad het. Nadat Senegal die federasie verlaat het, het hulle die kanaga vervang met ’n groen ster. In 1961 het Mali ook die kanaga van die vlag verwyder maar het dit nie vervang nie, waarskynlik omdat die Moslems (90% van die bevolking) dit nie toelaat dat ’n menslike figuur op die nasionale vlag uitgebeeld word nie.