Die meer is na Winnipeg, die hoofstad van Manitoba, genoem en word deur die Nelsonrivier met die Hudsonbaai in die noordooste verbind. Die belangrikste rivier, wat in die meer uitmond, is die Saskatchewanrivier. Die Winnipegmeer is net 55 km noord van Winnipeg geleë en maak deel uit van 'n groot gebied met baie mere.