In Augustus 1853 koop Pretorius 'n gedeelte van die plase Elandspoort en Daspoort langs die Apiesrivier met die doel om 'n sentraal geleë hoofstad vir 'n verenigde republiek daar te stel. Op 16 November 1855 word die dorp Pretoria amptelik gestig. Die dorp is na MW Pretorius se vader Andries Pretorius genoem. Die dorp is in 1857 deur die eerste landdros, Andries du Toit opgemeet wat die bekende rooster patroon van die middestad gevestig het. Op 4 April 1860 word die dorp, wat toe as Pretoria Philadelphia bekendgestaan het, deur die Volksraad van die Zuid-Afrikaansche Republiek verklaar as hoofstad van die ZAR. Kerkplein wat aanvanklik as Markplein bekendgestaan het, was die hart waar rondom die dorp ontwikkel het.
Na samesprekings waarin MW Pretorius 'n leidende rol gespeel het keur die distrikte van Potchefstroom, Rustenburg en Pretoria in Desember 1856 'n nuwe grondwet goed wat lei tot die stigting van die Zuid-Afrikaansche Republiek.
MW Pretorius word in 1857 tot President van die Zuid-Afrikaansche Republiek verkies. Twee jaar later word hy ook tot President van die Oranje-Vrystaat verkies. Die presidentskap van die Oranje-Vrystaat lei egter tot 'n rebellie deur Stephanus Schoeman wat eers na 'n beperkte burgeroorlog in die ZAR opgelos word. In April 1863 bedank hy as President van die Oranje-Vrystaat om hom toe te spits op rekonsiliasie van die faksies in die ZAR. Hy word weer in Mei 1864 tot President van die ZAR verkies.
As President van die ZAR het hom beywer vir beter administrasie en om die finansiële probleme van die Republiek op te los. Hy slaag daarin om buitelandse erkenning van die republiek te bewerkstellig en het gepoog om die grense van die ZAR uit te brei deur nuwe grondgebied in die omgewing van Bechuanaland in die weste, anderkant die Limpoporivier in die Noorde en na Indiese Oseaan in die Ooste. Hy moes die aansprake egter terug trek na besware deur Brittanje en Portugal. In 1869 is hy weer met 'n groot meerderheid herverkies. Hy bedank egter in 1871 toe hy die diamantvelde in die benede-Vaal gebied verloor nadat hy toegelaat het dat Natal se goewerneur die grensgeskil bemiddel sonder om die Volksraad van die ZAR te raadpleeg.