Tot in 1865 is geglo Nikolaas het ’n sterk gestel, maar vroeg in dié jaar het hy op ’n toer deur Suid-Europa ’n siekte opgedoen wat aanvanklik verkeerdelik as rumatiek gediagnoseer is. Hy het gekla van ’n seer rug en stywe nek, asook ’n sensitiwiteit vir lig en ’n geraas. Hy het nie gedink dit is ernstig nie en het sy toer deur Italië voortgesit.
Sy gesondheid het vinnig agteruitgegaan en hy is na Suid-Frankryk gestuur, maar hy het nie verbeter nie. Daar is eindelik vasgestel hy ly aan serebro-spinale meningitis, wat hy dalk as kind opgedoen het nadat hy in ’n stoeigeveg neergegooi is. In die lente van 1865 het hy verder agteruitgegaan en op 24 April 1865 is hy in Nice, Frankryk, oorlede.