John Bolton kom uit 'n beskeie agtergrond. Hy is gebore as seun van Virginia Clare, 'n huisvrou, en haar eggenoot Jack Bolton, 'n brandweerman in Baltimore. Hy het die grootste gedeelte van sy kinderjare in Yale Heights, 'n werkersklasbuurt in Baltimore se Suidwesdistrik, deurgebring. Hy was 'n briljante leerder wat 'n beurs verwerf het om aan die prestigieuse McDonough-skool in Owings Mills, Maryland te studeer.