Oor die jare heen het prof. Cloete minstens 20 toekennings en pryse vir sy werk ontvang. Die eerste toekenning was in 1976 toe hy die Gustav Prellerprys vir die Wetenskap van Letterkunde en Literêre Kritiek ontvang het. Die mees onlangse eerbetoon was in 2008, toe hy erelidmaatskap van die Suid-Afrikaanse Akademie vir Kuns en Kultuur ontvang het.
Hy het drie keer die Hofmeyrprys vir poësie ontvang, twee keer die Hertzogprys en ook die Ingrid Jonkerprys (1980) en die Louis Luytprys (1983).