Moroni (Arabies: موروني Mūrūnī) is die hoofstad (sedert 1958) en die grootste stad van die Comore-eilande, 'n eilandnasie in Oos-Afrika in die Indiese Oseaan. Die stad is aan die weskus van die eiland Grande Comore, die Comore se grootste eiland, geleë. In 2011 het die stad 'n bevolking van 54 000 gehad en 'n oppervlakte van 30 km².
Teen die middel van die tweede millenium was Moroni egter 'n gevestigde stad met handelsnetwerke regdeur die Indiese Oseaan. Die Badjanani-moskee, wat in 1427 gebou is, is 'n bewys van die stad se rykdom, in die tyd van die goue eeu van ander Swahili-stede. Saam met die naburige hawe en koninklike hoofstad Ikoni was Moroni een van die twee sentrums van ekonomiese en politieke mag van die koninkryk van Bambao. Nietemin, dit was tot aan die einde van die negentiende eeu net een van 'n aantal groot dorpe op die eiland, en dit was eers voordat die sultan van Bambao, Said Ali ibn Said Omar, in 1886 'n verdrag van Protektoraat met Frankryk beding het dat sy stad die setel geword het van die koloniale administrasie.
Die verteenwoordigers van Anjouan het 'n ooreenkoms oor die breë outonomie van die drie eilande geweier, wat gelei het tot 'n uitbreek van geweld wat Moroni in April 1999 getref het, waartydens kolonel Azali Assoumani die mag oorgeneem het in 'n staatsgreep. In Desember 2003 is die Moroni-ooreenkoms 'n oorgangsooreenkoms onderteken deur die eilandpresidente van die Unie van die Comoros. In die aanloop tot die verkiesing in 2006 is die regering stasie Radio Ngazidja en die private stasie Moroni FM deur gewapende aanvallers oorgeneem en tydelik van die lug af gedwing . In 2010 het die Amerikaanse vloot Seabees Hamramba School in Moroni as 'n humanitêre projek gebou, in vennootskap met die plaaslike weermag en die Comore se federale regering; Konstruksiemetodes was om beton met die hand te meng voordat emmers en kruiwaens gebruik is om die beton na die skoolterrein te verskuif.