Identification of a cyanoprocaryote using a poliphasic approach | Heystek | Suid-Afrikaanse Tydskrif vir Natuurwetenskap en Tegnologie
Home ▶ Vol 32, No 1 (2013) ▶	Heystek
Identifisering van ’n sianoprokarioot deur middel van polifasiese benadering
Authors: E. Heystek1; N.J.J. Niemand1; S. Bamard1
Correspondence to: E. Heystek
How to cite this abstract: Heystek, E., Niemand, N.J.J. & Bamard, S., 2013, ‘Identifisering van ’n sianoprokarioot deur middel van polifasiese benadering’, Suid-Afrikaanse Tydskrif vir Natuurwetenskap en Tegnologie 32(1), Art. #839, 1 page. http://dx.doi.org/10.4102/satnt.v32i1.839
Identification of a cyanoprocaryote using a poliphasic approach. Identification of a bloom forming cyanoprocaryote with the aid of morphological characteristics and l6SrDNA gene sequenced fragments. The DNA sequences of the organism, which was identified as Oscillatoria limosa previously, showed high similarity with that of Phormidium autumnale.
Menslike aktiwiteite soos die storting van landelike afval en chemikalieë, mynbou en landbou, lei tot die besoedeling van ons varswater sisteme. Hierdie besoedeling dra by tot ’n versnelde eutrofikasie proses waartydens opbloeie van fitoplankton ontstaan. Sommige van hierdie organismes, naamlik sianoprokariote kan skadelike toksiene produseer wat deur die sianoprokariote vrygestel word in die water. Die identifisering van sulke sianoprokariote is belangrik om te bepaal watter moontlike toksienes afgeskei word. Hierdie stap is uiters belangrik vir die suiwering van drinkwater. ’n Polifasiese benadering wat molekuIêre tegnieke insluit, is tydens hierdie studie gebruik om ’n betrokke sianoprokarioot te kan identifiseer. Die organisme is gedurende ’n vorige studie met behulp van ligmikroskopie en elektronmikroskopie geïdentifiseer as Oscillatoria limosa. Tydens hierdie studie is daar van molekulêre tegnieke gebruik gemaak om hierdie identifisering te bevestig aangesien daar tans groot verwarring bestaan in die klassifikasie stelsel van sianoprokariote. DNA is geïsoleer vanuit kulture van hierdie organisme. Fragmente van die l6srDNA-geen is geïsoleer met behulp van ’n polimerase kettingreaksie. Die basisvolgorde van fragmente wat die begin- en eindpunt van die l6srDNA-geen verteenwoordig, is bepaal. Bio-informatieka tegnieke is daarna toegepas op hierdie basispaarvolgordes om dit te vergelyk met basispaarvolgordes van ander organismes. Hierdie vergelyking word dan gebruik om te help met die identifisering van die organisme. Daar is gevind dat die fragmente van die l6srDNA-geen van die organisme wat ons bestudeer het ’n 100% ooreenskoms toon met die ooreenstemmende fragmente van Phormidium autumnale. Hierdie fragmente asook soortgelyke fragmente van ander sianoprokariote, naby en ver verwant, is daarna gebruik om ’n belyning te doen. Die taksonomiese data is daarna verwerk om ’n kladogram op te stel vir die klassifikasie van die organisme.