Pous Pius VI het dadelik na sy aanstelling begin om korrupsie in die Kerklike Staat uit te roei. Op 29 Maart 1775 stel hy sy oom Giovanni Carlo Bandi, biskop van Imola aan as kardinaal. Hy het prins Potenziani, goewerneur van Rome, oor die kole gehaal omdat die nie korrupsie in Rome onder beheer gebring het nie. Hy stel 'n kommissie van kardinale aan om die probleem op te los. Nicolò Bischi word ter verantwoording geroep omdat hy geld wat bedoel was om graan vir die armes te koop, verkwis het. Hy het 'n subsidie-stelsel ingestel om die landbou te bevorder.
Hy onderteken ook die "Editto sopra gli Ebrei" 'n edik wat al die regulasie betreffende die Jode bevat. Sedert die bul "Cum nimis absurdum" van Pous Paulus IV in 1555 was daar nie 'n eenvormige beleid nie.
Pius VI was 'n kompromis-keuse, iets wat hom van die begin af moeilikheid gegee het. Hy het die steun van die Bourbonprinse gekry op die veronderstelling dat hy nie die Jesuïte weer sou instel nie. Die "zelanti" (ondersteuners van die Jesuïte) het egter gehoop dat hy heimelik die orde goed gesind was. As gevolg daarvan het Pius 'n paar halfhartige besluite geneem wat geen van die twee kante tevrede gestel het nie. Dit was waarskynlik aan sy beleid te danke dat die Jesuïte oorleef het in Wit-Rusland en Silesië.
Pous Pius VI het ook te doen gehad met protes wat daarop gerig was om die pouslike mag te beperk. Johann Nikolaus von Hontheim wat onder die skuilnaam "Febronius" geskryf het, was die Duitse voorstander van die Galliese idee van Nasionale Roomse Kerke. Oostenryk was die voorbok by die instelling van die idee veral na aanleiding van die Renaissance se idees van menseregte. Op 10 Maart 1791 skryf hy 'n pouslike brief waarin hy die verklaring van menseregte "onsinnig" noem. Keiser Joseph II en sy minister Kaunitz wou die pouslike mag so beperk dat die pous genoodsaak gevoel het om na Wene te reis. Die pous verlaat Rome op 27 Februarie 1782, word met prag en praal deur die keiser ontvang, maar rig niks daadwerklik uit nie. Op Paasfees van 31 Maart 1782 spreek hy die pouslike seën "Urbi et Orbi" uit in Wene. 'n Paar jaar later in 1786 het hy egter wel daarin geslaag om die Duitse aartsbiskoppe tydens die kongres van Ems, te oorreed om die idee van 'n nasionale kerk te laat vaar.
Die Franse revolusie het die Galliese kerk ontbind, al die pouslike en kerklike eiendom in Frankryk gekonfiskeer, al die kloosterordes ontbind en 'n beeltenis van die pous is by die koninklike paleis verbrand. Pius het die hele Franse nasie ge-ekskommunikeer en die revolusie en die nuwe grondwet veroordeel op 10 Maart 1791.