Die huidige Basjkirse gebied word al baie lank bewoon. Die eerste nedersettings is gestig in die Jong Steentyd. Tydens die Bronstyd het die gebied sterk begin ontwikkel. Die eerste lede van die Abasjewo-kultuur, die eerste beskawing wat hier in die Suidelike Oeral-gebied permanente nedersettings gestig het, het geweet hoe om bronswerktuie, -wapens en –versierings te maak. Die naam "Basjkirs" is in die 9de eeu die eerste keer gebruik vir die mense wat hier woon.
Van die eerste helfte van die 16de eeu word die Basjkirse gebied geleidelik omvorm tot ’n bestuursgebied van die Russiese Ryk, die opvolger van Moskowië. Met die Russiese Rewolusies van 1917 het die streek hom tot onafhanklike staat verklaar onder leiding van Zeki Welidi Togan en word dit ’n onderdeel van die kortstondige Moslemstaat Idel-Oeral. In 1922 word Basjkortostan ’n OSSR onder die naam Basjkirse Outonome Sosialistiese Sowjetrepubliek. Dit word op 31 Maart 1992 ’n outonome republiek in die Russiese Federasie.
Die ekonomie van Basjkortostan is baie afhanklik van sy verouderde olieverwerkingsnywerheid, wat nog uit die tyd van die Sowjetunie kom. Die nywerheid is ná die val van die Sowjetunie grotendeels geprivatiseer. Die grootste deel het beland in die hande van faksies wat aan Rachimof getrou is.