Fournier kom uit 'n familie van onderwysers en is deur sy vader onderrig in die dorpskool Épineuil-le-Fleuriel (Cher). As 18-jarige was hy verlief op Yvonne Quiévrecourt, maar sy verwerp hom egter. Hierdie ervaring sou regdeur sy lewe 'n obsessie bly, en sou die basis vorm vir sy boek Le Grand Meaulnes (1913) waarin hy 'n "droom- en kinderwêreld optower" wat reeds verlore is. Dit is een van die belangrikste werke in die Franse letterkunde en een van die weinig suksesvolle boeke van die simbolisme. Die boek is as 'n meesterstuk geprys en het op naelskraapse wyse die gesogte Prix Goncourt misgeloop. In 2006 is die boek verfilm deur Jean-Daniel Verhaeghe.
Afgesien van 'n aantal gedigte, essays en verhale wat gebundel is in die postuum gebundelde Miracles (1924), was dit die enigste werk wat hy sou voltooi. Hy is as luitenant opgeroep en het in die 288ste infanterieregiment gedien. Hy sterf tydens een van die eerste veldslae van die Eerste Wêreldoorlog naby Verdun. Hy is in 'n massagraf begrawe.
Na 'n 14-jarige soektog is sy liggaam uiteindelik in 1991 geïdentifiseer en in die begraafplaas van Saint-Remy-la-Calonne herbegrawe.