Windhoek is oorspronklik in 1870 as 'n Rynse sendingstasie gestig; die naam Windhoek is afgelei van die Nama-woord vir "Plek van rook". Die huidige stad is op 18 Oktober 1890 deur kaptein Curt von François gestig. Die Duitse koloniale owerheid het baie geld aan die ontwikkeling van die stad bestee en vandag nog huisves dit pragtige geboue uit die Duitse koloniale tydperk soos die Christuskerk en die Tintenpalast (letterlik "Inkpaleis").
Tussen 1920 en 1990 was die stad die administratiewe sentrum van Suidwes-Afrika in die Unie van Suid-Afrika en is sedert die Onafhanklikheid van Namibië op 21 Maart 1990 die hoofstad.
Die stad is die hoof kommersiële en finansiële sentrum van Namibië. Dit is geleë op 'n hellende vlakte op die noordelike kant van die Khomashoogland op 'n hoogte van 1 728 meter.
Om die stadsgebied uit te brei is 'n uitdaging op finansiële vlak en weens die geografiese ligging van die stad. In die suidelike, oostelike en westelike rigting word Windhoek omring deur rotsagtige bergagtige areas wat grondontwikkeling baie duur maak. Die suidelike kant is nie geskik vir industriële ontwikkeling nie omdat daar ondergrondse waterdraers teenwoordig is. Dit laat die uitgestrekte Brakwaterarea noord van die stad as die enigste haalbare plek vir die uitbreiding van Windhoek.
Windhoek is geleë in 'n halfwoestynagtige klimaatsgebied. Dae is meestal warm met baie warm dae gedurende die somermaande met aande wat oor die algemeen koel is. Die gemiddelde jaarlikse temperatuur is 19.47 °C, wat hoog is vir 'n plek wat op so 'n hoë hoogte lê op die rand van die trope. Dit is hoofsaaklik weens die voorkoms van 'n warm noordelike lugvloei en die berge ten suide wat die stad teen koue suiderwinde beskut.