Van Peursen het sy ondersoekwerk gerig op die samehang tussen die wetenskap en die kultuur vanuit 'n kennisteoretiese gesigspunt. Hy het ook spesiale belangstellings in die ontologie en metafisika van die wetenskap in verhouding met die daaglikse kennis.
Volgens sy filosofie staan die mens in verhouding tot die wêreld rondom hom of haar. Die mens (die onderwerp) en die wêreld (die voorwerp) is twee pole, wat in samenhang met mekaar bestaan. Die onderwerp, die mens interpreteer die wêreld, die werklikheid (die voorwerp). Die verhouding tussen onderwerp en voorwerp is wederkerig en hulle beïnvloed dus mekaar. Die werklikheid daag die mens uit om verhale te vertel, en die alledaagse gebeurtenisse (die werklikheid) is in pas met gebeure en kom tot hul reg, as hulle (verder) vertel word. Dan is gebeurtenisse egte gebeurtenisse. Hulle kom as uitdagings op ons af, wat deur ons geïnterpreteer, en uitgelê word. Aan die dinge word 'n naam (Naam) gegee. Die werklikheid word beoordeel. Dit gaan om norme en waardes, waarmee die mens die wêreld, wat dinge om hom/haar heen “vertaal”. Die taalgebruik van die mens is primêr evaluatief, en daarna beskrywend. Dit beteken dat die mens eers evaluatiewe taal gebruik, en daarna beskrywende taal. Die mens beoordeel en waardeer eers die wêreld rondom hom/haar, voordat hy/sy dit beskryf. Evaluatiewe taal is 'n uitdrukking van 'n bepaalde waardering van gebeurtenisse, byvoorbeeld iets is vervelig of mooi of lelik. Net daarna kom die beskrywende taal.
Die mens vertaal die werklikheid in verhale, narratio. Dit hoef nie alleen verhale te wees nie, dit kan ook kunswerke wees. Die werklikheid word beoordeeld en kry as te ware 'n waardetoevoeging. Dit is 'n verdieping van die reële. Dit gaan nie om feite en gebeurtenisse alleen nie. Dit gaan om die beoordeling van hierdie gebeurtenisse. Dit kan eties, esteties, religieus, en filosofies wees. Van Peursen poog nie om te pleit vir 'n filosofie wat etiese, estetiese of religieuse inhoud nie, maar hy doen wel 'n pleidooi vir die Self, wat hy as van groot belang ag.
Dus gaan dit in (sy) filosofie nie om die feite alleen nie, maar om die sedelike beoordeling, naamlik hoe dit behoort te wees. Van Peursen noem dit "filosofiese surrealisme" naamlik die intensiewe werklikheid. Met die filosofiese surrealisme gaan dit oor die super-werklikheid, 'n intense werklikheid, omdat dit nie gaan oor blote feite nie, maar om die waardering, die beoordeling hiervan. 'n Ontsluiting van gebeurtenisse tot hul werklike betekenis. Filosofie gee 'n visie, 'n besinning van smart en vreugde, teleurstelling en liefde, sin en sinloosheid.
Dit was Van Peursen se oortuiging dat wetenskap en filosofie nou aan mekaar verbind is. Verskeie van sy doktorale studente promoveer in die wetenskapsfilosofie. In samenwerking met Cees Schuyt en Geert Verschuuren vorm hulle die redaksie vir 'n reeks van 25 boeke, wat elk die filosofie behandel van 'n bepaalde wetenskapsgebied, geskryf deur kenners op dié vakgebiede.