Kanarie word beskryf as ’n musikale oorlogsdrama, wat in 1985 in Suid-Afrika afspeel. Die verhaal gaan oor die weermag se kerkkoor en sanggroep, die Kanaries, wat rondgetoer het in Suid-Afrika om hoofsaaklik die beeld van die Suid-Afrikaanse weermag positief te verkondig. Meer nog gaan die fliek oor ‘n jong Afrikaanse seun wat geforseer word om hier sy identiteit te vind.
Wanneer Johan Nieman (Schalk Bezuidenhout) vir militêre diens opgeroep word, oudisie hy vir die groep en word aanvaar. In ’n politieke landskap waar wet en godsdiens individualiteit onderdruk, moet Johan en die Kanaries militêre opleiding deurworstel en daarna op ’n landwye toer gaan, mense vermaak en geloof in die kerk en weermag versterk. Die film volg hom. Sy mede-koormaat, Wolfgang, gespeel deur Hannes Otto, lei hom om alles oor homself en sy wêreld te bevraagteken. Geloof, patriotisme en seksualiteit beland in die spervuur. Hy ontmoet verskeie karakters op toer. Soos wat sy innerlike stryd en konflik ontwikkel lei dit ook tot sy opkomende kreatiwiteit en passie vir musiek wat tot verdere konflik met sy bevelvoerders lei.