Bekend is hoedat Potgieter in Januarie 1827 saam met Gerrit Maritz 'n strafekspedisie teen Silkaats georganiseer en sy krale by Mosega in Wes-Transvaal in sy afwesigheid oorrompel het en 'n groot deel van die buit teruggeneem het. Potgieter en Maritz het egter rusie gemaak oor die verdeling van die buit en daarna blykbaar nooit weer op vriendskaplike voet met mekaar verkeer nie.
Intussen het Piet Retief se trek by die ander aangekom. Sy persoonlikheid het al die ander oorskadu, en toe daar in die winter nuwe leiers gekies is, is Potgieter, die leier van 'n aansienlike trek, wat intussen ook naam gemaak het deur sy skitterend geslaagde ekspedisie teen Silkaats, heeltemal oor die hoof gesien. Moontlik is dat daar toe al sprake was van na Natal te trek en dat hy hom nie verkiesbaar wou stel nie omdat hy hom in Transvaal wou gaan vestig. Hoe dit ook al sy, die Trek se eenheid was iets van die verlede. Piet Retief en Maritz is na Natal, terwyl Potgieter in die Vrystaat gebly het.
Eers sou daar finaal met Silkaats afgereken word. Saam met Piet Uys, wat hom intussen met 'n vry groot geselskap uit die omstreke van Grahamstad by die Trek gevoeg het, is in November 1837 'n tweede strafekspedisie teen die Matabele-koning uitgestuur. Na 'n reeks gevegte wat nege dae geduur het, is Silkaats se leër verjaag en die hele Matabelesstam verplig om die wyk te neem oor die Limpopo. Hierdie skitterende wapenfeit van Potgieter is tot dusver nie voldoende beklemtoon nie. Ons moet onthou dat die Voortrekkers die Matabeles hier in hul eie vesting gaan aanval het, 'n vesting wat buitendien uitstekend gekies was. Hulle het ook geen laer gehad om hulle tot beskerming te dien nie, daar hulle die aanvallers was. Nogtans het die klein kommando van ongeveer 360 man daarin geslaag om die gedugte Matabele-koning met sy leër van om en by die twintigduisend man te verdryf. Wat die slag van Bloedrivier en die daaropvolgende geveg aan die Wit-Umfoloos vir Natal beteken het, het die oorwinning van Potgieter aan die Marico vir Transvaal beteken. Die gebied is bevry van 'n moorddadige dwingeland en oopgestel vir die blanke beskawing. Van die breë Suid-Afrikaanse standpunt beskou, moet ons ook nie vergeet nie dat Natal maar net 'n paar jaar in die hande van die Voortrekkers gebly het, terwyl daar in die gebied wat Potgieter geruil en verower het later die twee Boererepublieke verrys het.
Potgieter het meestal net blaam gekry vir die mislukking van die ekspedisie wat hy en Piet Uys teen Dingaan gelei het. Nooit word 'n woord van waardering geuit vir die opoffering wat hy hom getroos het om sy laers in die Vrystaat alleen te laat en die lang tog na Natal te onderneem om sy landgenote by te staan nie. Die veldtog teen Silkaats het getoon dat Potgieter nie 'n lafaard en ook nie 'n onbekwame aanvoerder was nie, al het hy as mens en as leier nie dieselfde vertroue as Piet Retief ingeboesem nie. Die nederlaag by Italeni strook dus nie met sy verlede as krygsman nie. Eerder moet die noodlottige afloop verwyt word aan die gretigheid van die volgelinge van Piet Retief om wraak te neem op die Zoeloes wat hul leier so verraderlik vermoor het. Piet Uys se mense het blindelings gestorm en sodoende in 'n val geloop. As Potgieter ook halsoorkop gehandel het, sou hy miskien as 'n held beskou gewees het, maar dan was die verlies aan menselewens wellig baie groter. Dit kan hom met meer reg verwyt word dat hy sy landgenote in Natal in die steek gelaat het toe daar groot gevaar van alle kante gedreig het. Maar ook hier is versagtende omstandighede aan te voer – die verwyte wat hy as oorgeblewe aanvoerder in die ongelukkige slag nou alleen moes dra, en die feit dat hy nooit enige heil in die Trek na Natal gesien het nie.
Na sy terugkeer uit Natal het Potgieter eindelik geleentheid gehad om sy plan uit te voer om na Transvaal te trek, en voor die end van 1838 is Mooiriviersdorp of Vryburg, later bekend as Potchefstroom, deur hom oorkant die Vaalrivier gestig. Die mure van Potgieter se huis is vandag nog op die plaas Witstinkhoutboom te sien. Ook 'n paar van die vrugtebome wat hy in sy tuis geplant het.
Intussen is Dingaan deur Andries Pretorius onderwerp, en in 1840 is 'n verstandhouding met Pretorius aangegaan dat die Adjunkraad van die Transvaalse Trekkers onder die oppergesag van die Natalse Volksraad sou staan. Hierdie feit dui ook aan dat Potgieter nie die eiegeregtige alleenheerser was waarvoor hy so dikwels aangesien word nie. Toe Natal egter in 1843 'n Britse kolonie geword het, het Potgieter kommissaris Cloete in kennis gestel dat hy en sy volgelinge hulle nie gebonde ag deur die onderwerping van die Natalse Volksraad aan die Britse gesag nie. In 1844 is die Drie-en-dertig Artikels deur die Burgerraad opgestel, wat sedert 1842 die plek van die ou Adjunkraad ingeneem het. Van hierdie tydstip af is Transvaal dus 'n onafhanklike republiek.