Bakterieë (enkelvoud: bakterie, uitspraak: baktérie) is 'n hoofgroep lewende organismes. Meeste is mikroskopies en eensellig, met 'n relatief eenvoudige selstruktuur sonder 'n selkern, en organelle soos mitochondrië en bladgroenkorrels. Bakterië is prokariote, in teenstelling met organismes met meer komplekse selle wat bekend staan as eukariote. Die term "bakterië" word soms vir alle prokariote gebruik of vir 'n hoofgroep daarvan, andersins bekend as eubacteria, afhangend van idees oor hulle verwantskap.
Motiele bakterieë kan beweeg deur of hulle flagella, bakteriese sweef, of veranderings in dryfvermoë te gebruik. 'n Unieke groep bakterieë, die spirochaete, het strukture soortgelyk aan flagella, genaamd aksiale filamente, tussen twee membrane in die periplasmiese ruimte. Hulle het 'n eiesoortige heliese liggaam wat spin soos dit beweeg.
Gracilicutes – bakterieë met 'n tweede selmembraan wat vette bevat, wat aan hulle Gram-negatiewe vlekke verleen
Firmicutes – bakterieë met 'n enkele membraan en dik peptidoglycan wand, wat aan hulle Gram-positiewe vlekke verleen
In die grond help mikro-organismes in die omskepping van stikstof na ammoniak met ensieme wat deur mikrobes, wat in die rhizosfeer leef, afgeskei word. Sommige bakterieë kan molekulêre stikstof gebruik as hulle stikstofbron deur dit na stikstofverbindings te omskep, 'n proses wat bekend staan as stikstof-fiksasie. Baie ander bakterieë word as simbionte in die mens en ander organismes aangetref. Hulle teenwoordigheid in die dikderm kan byvoorbeeld help om die groei van sekere skadelike mikrobes te verhinder.
Mikro-organismes is wydverspreid en is die volopste waar hulle kos, vogtigheid en die regte temperatuur vir vermenigvuldiging en groei het. Hulle kan deur lugstrome van een plek na 'n ander vervoer word. Die menslike liggaam bied 'n tuiste aan triljoene mikro-organismes wat op die vel, in die verteringskanaal, in die mond, neus en ander liggaamsopeninge gevind word. Hulle is in die lug wat mens inasem, die water wat mens drink en die kos wat mens eet.