Hy het homself uiteindelik tuisgemaak in Kroton in suid-Italië waar hy 'n skool gestig het. Pythagoras het die mense van Kroton aangemoedig om die goeie aan te gryp. Hy het geleer dat mense sterflik is maar nie hul siel nie. Die mens moes volgens hom streef om 'n suiwer gees te wees en sodoende te verenig met die universele gees waarvan hy deel is. Pythagoras was die eerste persoon wat die term filosoof gebruik het vir 'n liefhebber van kennis. Hy het sy studente aangemoedig tot 'n dissipline van stille oordenking.