Tussen 1984 en die einde van vyandighede in hul land, het 'n geraamde 50,000 tot 350,000 Mosambiekers na Suid-Afrika gevlug. Hoewel daar nooit vlugteling-status aan hulle toegeken is nie, kon hulle in die swart tuislande bly wat die apartheidregering geskep het. Dit het nie oral dieselfde verloop nie. Die Lebowa-tuisland het Mosambiekse setlaars onvoorwaardelik verban, terwyl Gazankulu die vlugtelinge verwelkom het deur aan hulle grond en toerusting te gee. Diegene in Gazankulu was egter beperk tot die tuisland en kon in hegtenis geneem word as hulle Suid-Afrika sou binnekom.
Ondanks 'n tekort aan vergelykbare data, lyk dit of xenofobie aansienlik toegeneem het na die instelling van 'n demokratiese regering in 1994. 'n Studie van 2004 deur die Suid-Afrikaanse Migranteprojek lui:
'n Vlugteling van Burundi in 'n tydelike skuiling omdat sy te bang is om weer in die Suid-Afrikaanse gemeenskap opgeneem te word, in 2009.
In 'n vergadering in Maart 2007 met die minister van binnelandse sake, Nosiviwe Mapisa-Nqakula, het 'n verteenwoordiger van Burundiese vlugtelinge beweer dat immigrante in Durban nie op die beskerming van die polisie kan staatmaak nie. Hulle het daarenteen gevind dat die polisie hulle mishandel, van hulle steel en ongegronde beskuldigings teen hulle maak dat hulle dwelms verkoop. Twee jaar vroeër, by 'n soortgelyke vergadering in Johannesburg, het Mapisa-Nqakula erken dat vlugtelinge deur polisielede met xenofobiese sienswyses mishandel is.
In September 1998 is 'n Mosambieker en twee Senegalese uit 'n trein gegooi. Die aanval was deur 'n groep mense wat op pad terug was van 'n saamtrek wat buitelanders die skuld gegee het vir werkloosheid, en beskuldig het van misdaad en die verspreiding van vigs.
In 2000 is sewe buitelanders op die Kaapse Vlakte oor 'n tydperk van vyf weke vermoor, wat die polisie gesê het xenofobiese moorde was.
In die daaropvolgende weke het die geweld versprei, eers na ander nedersettings in die Gauteng-provinsie en daarna na die kusstede Durban en Kaapstad.
'n Verslag deur die Raad vir Geesteswetenskaplike Navorsing noem vier algemene oorsake vir die geweld:
Die Suid-Afrikaanse regering het 'n beleid aanvaar dat die vlugtelinge herintegreer word in hul gemeenskappe of dat hulle terugkeer na hul lande van herkoms en het 'n sperdatum van Julie 2008 daarvoor vasgestel. Daarna het die regering gesê die vlugtelinge sal nie gedwing word om na hul gemeenskappe terug te keer nie en dat die slagoffers ook nie gedeporteer sal word nie, al blyk hulle onwettige immigrante te wees.
Op 30 Mei 2013 is die 25-jarige Abdi Nasir Mahmoud Good dood gestenig. Die geweld is op 'n selfoon opgeneem en op die internet versprei.
Op 7 Junie 2014 is 'n Somaliese burger dood gestenig en twee ander ernstig beseer toe 'n woedende skare hul winkel aangeval het. Nog drie Somaliërs is gewond en hul winkels geplunder.
Na nog xenofobiese aanvalle teen Somaliese entrepreneurs in April 2015 het die Somaliese regering aangekondig dat hy sy burgers uit Suid-Afrika sal verwyder.
Plaaslike inwoners het begin om immigrante aan te val en honderde gedwing om oor die land heen in polisiestasies skuiling te soek. Die Malawiese owerhede het daarna begin om hul burgers te repatrieer, en 'n aantal ander regerings het aangekondig dat hulle ook hul burgers gaan verwyder. Meer as 300 mense is in hegtenis geneem. Op 18 April 2015 het 'n fotograaf van die Sunday Times, James Oatway, foto's geneem van 'n wrede aanval in Alexandra op 'n Mosambiekse man. Die man, Emmanuel Sithole, het van sy wonde beswyk. Vier verdagtes is binne dae in hegtenis geneem nadat die foto's in Sunday Times van 19 April verskyn het. Die owerhede het volgehou dat dit nie 'n xenofobiese aanval was nie. Sewe ander mense is in April 2015 in KwaZulu-Natal vermoor, insluitend 'n Ethiopiër, 'n Mosambieker en drie Suid-Afrikaners.