Die eerste geskrewe tekste verskyn in die vierde eeu in 'n weergawe van die Indiese Brahmi-skrif. Omtrent die 8ste eeu ontwikkel hieruit die kawi-skrif waarin Oud-Javaans geksryf word.
Die invloed van Indië in hierdie vroeë tyd is baie groot. Boeddhisme en Hindoeïsme sal eeue lank Java oorheers.
In 832 gaan die twee dinastieë saam. Die Sanjaya-koning trou met die dogter van Samaratungga. Haar broer vlug nogtans na Palembang. Op Java versmelt die Hindoeïsme en die Boeddhisme en ontstaan 'n Tantriese Hindoeïsme wat Boeddhistiese kenmerke het. Op Bali is hierdie tradisie vandag steeds teenwoordig.
Vanaf 1222 word die konings van Kediri vervang deur die Singhasari-dinastie. In 1293 eis die Chinese Yuan-dinastie (die Mongole) dat die Javaanse koning hom moet onderwerp, maar hy weier dit. Hy word egter vermoor en daar ontstaan verwarring. Die Mongole voer 'n grootskaalse inval uit maar dit misluk. Die koning wat die verset organiseer stig 'n nuwe koninkryk wat Majapahit genoem word en 'n groot deel van die huidige Indonesië sal verenig.
Die lang tydperk van Europese besetting het in 1511 aangebreek toe die Portugees Alfonso d'Albuquerque 'n han­delspos op Malakka gestig het. Die Spanjaarde het gedurende hierdie tyd ook gepoog om op die eilande handel te dryf, maar die Portugese het daarin geslaag om hulle te verdryf en vir byna 'n eeu was die Portugese die enigste Europeërs wat daar handel gedryf het. Teen die einde van die 16de eeu het ontdekkingsreisigers van ander Europese moondhede ook hul opwagting in die argipel gemaak. Die Engelsman James Lancaster in 1592 en die Nederlander Cornelis de Houtman in 1596.
Daar het nou bittere rusies tussen die Portugese, Engelse en Nederlanders ontstaan, maar uiteindelik het die Nederlanders, en by name die Verenigde Oos-Indiese Kompanjie, wat in 1602 gestig is, hul mededingers uitgeskakel. In die 17de eeu het die Kompanjie onder goewerneurs-generaal soos Jan Pieterzoon Coen en Antonie van Diemen sy handelsmonopolie stewig gevestig. Gedurende hierdie en die 18de eeu is sy gesag geleidelik uitgebrei. In 1747 moes die Islamitiese koninkryk finaal die gesag van die Kompanjie erken en in 1777 was die hele Java beset. Om sy handels­monopolie te handhaaf, het die Kompanjie die gebiede uiters streng beheer. Die Kompanjie was egter nie by magte om die streng handelsbeleid onbeperk toe te pas nie, veral ook omdat baie van sy amptenare korrup was en slegs daarna gestreef het om hulself te verryk. Die gevolg was dat die Kompanjie van die middel van die 18de eeu agteruitgegaan het, en in 1796 is dit as ŉ insolvente liggaam ontbind.
Gedurende die eeue van Kompanjie­-beheer was daar natuurlik 'n noue verband tussen ons eie geskiedenis en dié van die eilande. Nadat die Kompanjie sy gesag daar gevestig het, is die hoofkwartier van sy Oosterse handelsryk in die stad Batavia op die eiland Java gestig.
Volgens 'n 2011-sensus is daar ongeveer 237 000 000 mense in Indonesië. 130 000 000 van die bevolking woon op Java, die wêreld se mees bevolkte eiland.
42% van die mense is Javane. Daar is ook Maleiers, Soendanese en ander etniese groepe, insluitende 'n Han-Chinese groep wat 2% van die bevolking beslaan.