Die vroegste vorme van ateïsme kom in ou Indiese geloofstelsels soos die Djainisme, Samkhya en die oorspronklike Boeddhisme voor. Alhoewel die laasgenoemde nog na gode verwys het, het hulle net soos die mens deel uitgemaak van die wêreldlike kringloop van bestaan en vergaan en het dus geen rol by die menslike verlossing gespeel nie.
In die antieke Griekse filosofie het voor-Sokratiese filosowe soos Demokritos en Kritias in hulle werke reeds 'n wetenskaplike ateïsme ontwikkel wat gode as 'n menslike uitvinding ontmasker het. Volgens hulle was gode slegs 'n doeltreffende afskrikmiddel wat ingespan is om die morele orde te handhaaf. Die Griekse ateïsme was oor die algemeen 'n persoonlike oortuiging van 'n klein aantal intellektuele denkers, terwyl die lewensgevoel van die meeste mense in die antieke oudheid nog steeds deur natuurgodsdienstige ervarings oorheers is.
In die Westerse filosofie is die ateïsme later tot 'n duidelik geformuleerde algemene oortuiging ontwikkel. In die algemeen word daar drie hoofoorsake vir die ontstaan van ateïstiese oortuigings in die Westerse wêreld aangevoer:
Die ontwikkeling van die moderne wetenskappe, veral die natuurkunde, het die wêreld verklaar sonder om 'n goddelike wese as sy oorsprong voor te stel. Uit die aanvanklike metodiese ateïsme het later doktrinêre ateïsme van sommige filosowe van die Franse Verligting soos Voltaire, die 19de eeuse materialisme van Duitse denkers soos L. Büchner en E. Haeckel en die dialektiese materialisme of Marxisme van Friedrich Engels ontwikkel.
Die ontwikkeling van die moderne humanisme het daartoe gelei dat die geloof aan 'n goddelike wese as nie meer versoenbaar met die vrye selfverwesenliking van die mens beskou is nie. Die Duitse filosoof Ludwig Feuerbach het net soos die Marxistiese ateïsme, wat uit sy leerstellings voortgespruit het, en die eksistensialistiese filosofie van die Franse wysgeer Jean-Paul Sartre god as niks meer as 'n "mededinger" beskou nie.