Sy vader, Flip Heyns, wou gehad het dat hy 'n sendeling word, maar weens finansiële redes kon hy nie en het eerder 'n boer geword. Sy moeder, Maria Beukes, is met die Tweede Vryheidsoorlog as krygsgevangene verban en oorsee gestuur na Saint Helena. Haar huwelik met Flip Heyns was haar tweede huwelik. Aangesien haar eerste huwelik geen kinders opgelewer het nie, het Maria aan God 'n belofte gemaak dat, as sy met 'n seun geseën word, sy hom sal grootmaak vir diens aan God. Alhoewel sy nooit aan Heyns enigiets oor die belofte vermeld het tot ná sy legitimasie as predikant nie, het hy later in sy lewe toegegee dat sy moeder 'n belangrike rol gespeel het in sy keuse om 'n geestelike te word.
Om 'n Afrikaner te wees was iets wat Heyns na aan die hart gelê het sedert sy skooldae. Sy toetrede tot die politiek het vroeg reeds begin en hy het 'n leier van 'n jeuggroep in die Ossewabrandwag geword toe hy op laerskool was. (Tydens vakansies het hy vergaderinge gehou en toesprake gelewer – 'n aktiwiteit wat deur die hoofmeester gestaak is.) Alhoewel sy vader die leier van die plaaslike Nasionale Party was en Johan 'n belangstelling in politiek gehad het, het hy egter nooit by die heersende party aangesluit nie. Alhoewel hy 'n sterk pro-nasionale standpunt gehuldig het, was sy sieninge getemper deur sy vermoë om 'n unieke kritiese perspektief te handhaaf – 'n eienskap wat later 'n kenmerk van sy werk sou word.
Sy familie het tydens sy hoërskooljare na Potchefstroom verhuis en 'n losieshuis aldaar bedryf. Sy liefde vir die Bybel en sy geloof in God het verskeie teologiestudente, wat tuisgegaan het aan die Heyns-woning, opgeval. Op skool was Heyns 'n gemiddelde student, en het weinig belangstelling in die ter sake onderwerp getoon. Hy het egter 'n aanleg getoon vir debat en onafhanklike denke rakende komplekse aangeleenthede – na een sodanige bespreking (rakende Darwin se ewolusieteorie) het een teologiestudent aan Heyns se ouers opgemerk dat Heyns besig was om sy sinne te verloor.
Johan Heyns het sy voorgraadse studies voltooi aan die universiteit in Potchefstroom, toe nog bekend as die Potchefstroomse Universiteit vir Christelike Hoër Onderwys, waar hy 'n lewenslange vriendskap gesmee het met Hendrik Stoker, die Suid-Afrikaanse Calvinistiese denker en sentrale verdediger van die Filosofie van die Kosmonomiese Idee. Stoker se idees het 'n beslissende invloed gehad op die res van sy akademiese loopbaan.
In 1961 behaal hy 'n tweede PhD (in filosofie) onder die toesig van Stoker. Sy tesis was getiteld Die Teologiese Antropologie van Karl Barth vanuit Wysgerig-Antropologiese Oriëntering.
Tydens sy diens as professor aan die NGK vir bykans 20 jaar, het hy ongelooflike invloed uitgeoefen op die kerk. Hy sal onthou word vir 'n lang lys publikasies  asook die verskeie posisies wat hy beklee het tydens sy lewe. Dit het daartoe bygedra dat hy erken word as een van die belangrikste teoloë in die NGK.
Siening van apartheidWysig
In die 1980's en 1990's het Heyns 'n sentrale figuur geword in die stryd om verandering van die NGK se siening van Apartheid, wat gelei het tot die kerk se teoretiese verwerping van die siening. In 1982 het Heyns openlik die siening dat Apartheid die wil van God is verwerp, en het 'n beroering veroorsaak tydens die sinode van daardie jaar deur openlik veelrassige huwelike voor te staan. Vir langer as 'n jaar is hy uitgesluit uit die hiërargie van die kerk, maar herverskyn in 1986 toe hy verkies is as moderator – die hoogste posisie in die kerk. Hy het onmiddellik begin om die kerk te oortuig dat Apartheid nie Bybels gefundeerd kan word nie.
Volgende op die NGK Sinode van 1986 het tien-duisende kerklidmate en gemeentes weggebreek om die Afrikaanse Protestantse Kerk te vorm. In September 1989, 'n tydstip waarop die regering voor die voet alle vreedsame protesoptogte onderdruk het, het NGK onderhandelinge, gelei deur Heyns, die regering daartoe oortuig om vreedsame optogte toe te laat. Dit was die eerste beweging in die rigting van vreedsame konfrontasie weg van die gewapende stryd benadering.
In 1990 het die NGK, by monde van Heyns, Apartheid as 'n sonde verklaar. Sy teologiese bydraes het 'n groot invloed gehad op die verandering van die Afrikanerregering.
Op Saterdagaand, 5 November 1994, het Heyns kaart gespeel met sy vrou en drie kleinkinders (toe onderskeidelik 2, 8 en 11 jaar oud) in hulle huis in Pretoria. Hy is op slag gedood toe 'n onbekende aanvaller, wat 'n .303 kaliber geweer gebruik het, hom met 'n enkele skoot deur 'n oop venster doodgeskiet het. Die koeël het sy nek binnegedring en sy kop naby sy oë verlaat en 'n gat gelaat so groot soos 'n mens se vuis.
Alhoewel die polisie nie wou spekuleer oor 'n moontlike motief nie, was baie daarvan oortuig dat hy deur ekstremiste vermoor is. Kort ná die aanval het 'n sekretaresse van Die Burger, 'n Afrikaanse koerant, dreigemente ontvang dat drie ander Afrikaanssprekende kabinetministers volgende aan die beurt is. Die persoon het aan die sekretaresse gesê dat hy reeds alles verloor het weens regstellende aksie: "Ons behoort...ek behoort aan geen organisasie nie. En dit sal nie die laaste een wees nie." Soortgelyke dreigemente het gevolg wat daarop gedui het dat Madiba ook 'n teiken was.
Dit word algemeen aanvaar dat Heyns se Bybelse standpunt teen Apartheid wat gelei het tot die skeuring met en stigting van die Afrikaanse Protestantse Kerk en die verklaring van Apartheid as sonde, die waarskynlike motief agter sy moord was.
↑ JA Heyns en die Nederduitse Gereformeerde Kerk en Apartheid Geargiveer 12 September 2014 op Wayback Machine PhD tesis deur Henry Hofmeyr Williams, bladsy 1
↑ JA Heyns en die Nederduitse Gereformeerde Kerk en Apartheid Geargiveer 12 September 2014 op Wayback Machine PhD tesis deur Henry Hofmeyr Williams, bladsy 3
↑ JA Heyns en die Nederduitse Gereformeerde Kerk en Apartheid Geargiveer 12 September 2014 op Wayback Machine PhD tesis deur Henry Hofmeyr Williams, bladsye 4-6
↑ 14,0 14,1 Die Apartheid Bybel Hersien Geargiveer 8 Julie 2009 op Wayback Machine deur Prof. Bobby Loubser, Universiteit van Zoeloeland
↑ 16,0 16,1 1995 Dreigement: Madiba is Volgende Geargiveer 30 September 2007 op Wayback Machine, nuusberig in Die Burger, Maart 16, 2004.