Fluorescerende mikroskoop gebruik 'n beeldtegniek wat die opwekking van fluorofore toelaat en die opsporing van die fluoressensie sein. Fluorescensmikroskope benodig 'n kragtige ligbron (100W Mercury of 5W LED) en 'n filterblokkies na die dikroïese spieël om lig te weerkaats op die gewenste golflengte vir opwekking / emissie. Fluorescentie word geproduseer wanneer lig 'n elektron opgewek of beweeg na 'n hoër energietoestand, wat onmiddellik lig met 'n langer golflengte, laer energie en verskillende kleure genereer as die oorspronklike geabsorbeerde lig. Die gefilterde opwekingslig gaan dan deur die doel om op die monster te fokus en die uitgestraalde lig word weer op die detektor gefiltreer vir beelddigitalisering. Dit word wyd gebruik in biologie en medisyne, sowel as op ander gebiede.