Die stadsgebied word reeds sedert die Paleolitiese tydperk bewoon, alhoewel Bamako volgens 'n plaaslike legende in die 17de eeu deur Seribadian Niaré en Soumba Coulibaly, of Bamba Sanago gestig is,[verwysing benodig] voor die hoofmanskap na Diaoussadian Niaré oorgegaan het. Die stad was 'n belangrike markdorp en 'n leidende sentrum van Moslemstudie in die Mali-Ryk, maar teen die 19de eeu het dit agteruit gegaan. In 1883 is die omgewing deur Franse troepe beset, en in 1908 het Bamako die hoofstad van Frans-Soedan geword. Die stad se bevolking het vinnig gegroei: in 1960 was Bamako se bevolking ongeveer 160 000.
In 1988 was Bamako die gasheer vir 'n WGO-kongres bekend as die Bamako-inisiatief, wat gehelp het om gesondheidsbeleid in Afrika suid van die Sahara te hervorm.