Fischer is gebore in Höchst on Main, nou 'n stadsdeel van Frankfurt. Sy ouers was dr. Eugen Fischer, direkteur van die firma Kalle & Co, Wiesbaden, en Privatdozent aan die Tegniese Hoërskool, Stuttgart, en Anna Herdegen. Hy het na 'n laerskool in Stuttgart gegaan en later na die "Humanistisches Gymnasium" in Wiesbaden, waar hy in 1899 gematrikuleer het. Hy het chemie en medisyne studeer, eers aan die Universiteit van Lausanne en daarna aan die Universiteit van Marburg. Hy het sy studies voltooi in 1904, en in 1908 gekwalifiseer vir sy graad as 'n mediese dokter.
Fischer het in 1935 met Wiltrud Haufe getrou. In 1945 het hy selfmoord gepleeg in München omdat hy moedeloos was oor die vernietiging van sy instituut en sy werk gedurende die laaste dae van die Tweede Wêreldoorlog.