Die Suidersee het in die middeleeue ontstaan uit 'n binnemeer met soet water wat die Aelmere genoem is en sy water van die riviere Ryn en Yssel ontvang het. Die uitvloei van hierdie meer na die Noordsee in die noordweste was die Vlie. Die naam Vlieland van een van die Wadde-eilande herinner nog aan die tye. In 'n reeks oorstromings is die land wat die sout water van die Noordsee en die soet water van die Aelmere geskei het, weggespoel en die Vlie is baie verbreed tot dit 'n oop see-arm geword het. Daar is berigte dat die oorstromings die sout water het laat deurdring tot in die stad Utrecht. Die Aelmere het so 'n see geword of eintlik 'n baai van die Noordsee.
Ná 1932 is hierdie proses kunsmatig teruggedraai. Deur die Afsluitdyk het die Suidersee weer 'n soet meer geword, wat Ysselmeer genoemd word.