Gedurende sy bewind het Bonifatius geleidelik beheer oor Rome verkry. Hy het die Engeleburg (Castel Sant’Angelo) en die brûe oor die Tiber versterk. Vir lang periodes moes hy egter nog in Perugia of Assisi bly. Hy het die hawe van Ostia oorgeneem van sy kardinaal-biskop en die pouslike staat gevestig vir die duur van die vyftiende eeu.
Gedurende 1399 het flagellante boetedoeners deur die land getrek. Hulle het wit klere gedra met maskers en 'n rooi kruis op die rug. Hulle het die populêre lied “Stabat Mater” gesing. Aanvanklik het die pous en die kurie die boetedoeners gesteun, maar toe hulle in Rome aankom het Bonifatius hulle leier op die brandstapel gesit.
Weens die feit dat Bonifatius VII nou as 'n teenpous gereken word, maar dit nie tydens sy bewind so was nie, is Pous Bonifatius IX in werklikheid die agste pous met die naam Bonifatius.