Die plaag van Justinianus (541–542 n.C., met herhalings tot 750) was 'n pandemie wat die Bisantynse (Oos-Romeinse) Ryk en veral die hoofstad, Konstantinopel, sowel as die Sasaniese Ryk en hawestede rondom die hele Middellandse See getref het. Handelskepe het die plaag versprei as gevolg van die rotte op die skepe, wat vlooie wat met die plaag besmet was, gedra het. Sommige geskiedkundiges is van mening dat die plaag van Justinianus een van die dodelikste pandemies in die geskiedenis was, wat gelei het tot die dood van ongeveer 25-50 miljoen mense gedurende twee eeue wat dit by herhaling voorgekom het. Tydens die eerste uitbraak was die dodetal gelykstaande aan 13–26% van die destydse wêreldbevolking. Die sosiale en kulturele impak van die plaag word met dié van die Swart Dood wat Eurasië in die veertiende eeu verwoes het, vergelyk. Volgens navorsing wat in 2019 gepubliseer is, word daar egter aangevoer dat die dodetal en die sosiale gevolge van die plaag oordryf word.
Sint Sebastiaan pleit by Jesus vir die lewe van 'n grafgrawer wat tydens die plaag van Justinianus siek geword het. (Josse Lieferinxe, ca. 1497–1499)
'n Kenmerk van die plaag van Justinianus was nekrose van die hand. ('n 1975 foto van 'n plaagslagoffer)
In 2013 het navorsers vroeëre bespiegelinge dat die plaag van Justinianus deur Yersinia pestis, dieselfde bakterie wat verantwoordelik was vir die Swart Dood (1347-1351), bevestig. Die Swart Dood het vir 'n baie korter tydperk geduur, maar het steeds 'n geskatte een-derde tot die helfte van Europeërs doodgemaak. Antieke en moderne Yersinia pestis-stamme, wat nou verwant is aan die voorloper van die Justinianse plaagstam, is in Tian Shan, 'n stelsel van bergreekse aan die grense van Kirgisië, Kazakstan en China gevind, wat daarop dui dat die Justinianse plaag moontlik in, of naby daardie streek ontstaan het.
Die Bisantynse historikus Procopius het die eerste keer in 541, vanuit die hawe Pelusium, naby Suez in Egipte, oor die epidemie verslag gedoen. Nog twee persone het eerstehandse verslae van die verwoesting van die plaag gelewer, naamlik die Siriese kerkhistorikus Johannes van Efese en Evagrius Scholasticus, wat destyds 'n kind in Antiochië was en later 'n kerkhistorikus geword het. Evagrius is deur die siekte aangetas, maar het dit oorleef. Tydens sy leeftyd het die siekte vier keer teruggekeer, waartydens hy sy vrou, 'n dogter en haar kind, ander kinders, die meeste van die bediendes en mense van sy landgoed, aan die dood afgestaan het.
Procopius het, in 'n weergawe wat baie met dié van Thukydides ooreenstem, aangeteken dat die plaag op die piek daarvan daagliks 10,000 mense in Konstantinopel doodgemaak het. Die akkuraatheid van die syfers word egter bevraagteken en die ware hoeveelheid sterftes sal waarskynlik nooit bekend wees nie. Volgens Procopius was daar nie ruimte in die stad om die dooies te begrawe nie, en daarom is die lyke in die ooptes opgestapel. Begrafnisrites is dikwels sonder toesig gelaat, en die hele stad het na die dooies geruik. In sy Geheime geskiedenis beskryf hy die verwoesting op die platteland en rapporteer hy die meedoënlose reaksie van die hardvogtige Justinianus:
Die langdurige gevolge van die plaag op die Europese en Christelike geskiedenis was enorm. Namate die siekte na hawestede rondom die Middellandse See versprei het, het die sukkelende Gote weer sterker geword. Die plaag het die Bisantynse Ryk op 'n kritieke tydstip verswak, toe Justinianus se leërs bykans die hele Italië en die westelike kus van die Middellandse See herower het. Die gepaardgaande verowering sou die kern van die Wes-Romeinse Ryk met die Oos-Romeinse Ryk herenig het. Alhoewel die oorwinning wel in 554 plaasgevind het, het die hereniging nie lank gehou nie. In 568 het die Lombarde Noord-Italië binnegeval, die klein Bisantynse leër wat agtergelaat is, verslaan en die Koninkryk van die Lombards gestig. Die plaag het moontlik ook 'n paar geslagte later tot die sukses van die Arabiere in die Bisantyns-Arabiese oorloë bygedra.
Na die laaste herhaling in 750 het pandemies op die skaal van die plaag van Justinianus nie weer in Europa plaasgevind nie. In die 14de eeu het die Swart Dood egter opnuut 'n grootskaalse pandemie tot gevolg gehad.