Na die dood van Pous Vigilius is vermoed dat Pelagius 'n hand daarin gehad het. Hy sweer egter op die Heilige Kruis en die Evangelie dat hy onskuldig is. Sy eed is aanvaar.
Hoewel hy eers 'n teenstander van keiser Justinianus I se versoeningsbeleid ten opsigte van die monofisiete was, het hy hom later daarmee vereenselwig. Dit het die pous baie ongeloofwaardig gemaak en sy opvolgers het lank probeer om die geloofwaardigheid te herstel.