Ná sy ampstyd in Burgersdorp is Du Plessis op 18 Desember 1903 as predikant van die Gereformeerde kerk Reddersburg bevestig waar hy gedien het tot Julie 1914. Hy neem aktief deel aan die politiek en organiseer vir die Nasionale Party vir watter instansie hy ’n beginselprogram opstel. Hy bring hier ook ’n CNO-skool tot stand en staan midde-in die stryd vir Christelik-nasionale Onderwys. Die dienstyd van ds. Du Plessis is gekenmerk deur ’n groot ywer vir die onderwys, ’n langdurige beraadslaging oor art. 27 D.K.O., reformering van die kerklike lewe en ’n konsolidering van die gemeente. Deur sy bemoeiing het die kerkraad en die gemeente daartoe oorgegaan om in Januarie 1906 ’n Vrye Christelike Nasionale Skool op te rig. ’n Vereniging, genoem die Vereniging vir Vrye Christelike Nasionale Onderwys, is in die lewe geroep om die skoolsaak te behartig. As hoofonderwyser van hierdie skool is die heer J.B. Jansen van Ryssen, die vader van ds. Johan van Ryssen, aangestel met mej. Aletta Postma (die vyfde kind uit die vyfde huwelik van ds. Dirk Postma, later mev. Aletta du Plessis en die moeder van prof. Wicus du Plessis) as assistente. Die bestaan van die skool was egter van korte duur, want in Julie 1908 is op die kerkraadsvergadering gerapporteer dat die CNO-skool met die goewermentskool geamalgameer is.
Die gedagte is egter nie prysgegee nie, want met die 50-jarige fees van die gemeente in 1909 was die gedagte sterk op die voorgrond om die CN0-skoolgebou af te staan vir ’n onderwysersopleidingskollege.
Gedurende die tydperk van sy bediening in Pretoria (1914–1920) word hy ontroer deur al die leed van broedertwis wat deur die uitbreek van die Rebellie (1914) veroorsaak word, veral insidente soos die fusillering van Jopie Fourie en sy besoeke aan rebelle in die Sentrale Gevangenis. Die griepepidemie van 1918–1919 bemoeilik sy taak verder.
In 1921 word Du Plessis hoogleraar aan die Teologiese Skool op Potchefstroom. Hoewel hy hier oorlaai is met doseerwerk in die vakke Kerkgeskiedenis, Kerkreg en Eksegese van die Nuwe Testament, vind hy tyd om Die Kerkblad van 1923 as mederedakteur te behartig en as hoofredakteur van 1927 tot sy dood. Hierdie blad getuig van sy belesenheid en sy kritiese sin. Tekenend hiervan is sy polemiek met prof. John du Plessis van Stellenbosch en sy rubriek Uit en oor die pers. Hy help ook met die vertaling van die Bybel in Afrikaans, dien in die kommissie vir die Afrikaanse Psalmberyming en die bewerking van die Kerkorde van die Gereformeerde Kerk in Afrikaans. Begaafd met ’n fyn humorsin en met ’n lewensbeskouing wat in die Calvinisme sy sterk ankers het, was hy altyd die simbool van standvastigheid. Hy is op Potchefstroom begrawe.