Kantakouzenos het verskeie kere geweier om as medekeiser aangestel te word en wou ook ná Andronikos III se dood nie die troon bestyg nie. Hy het daarop aangedring dat Johannes V die regmatige opvolger is. Johannes se ma, Anna, het hom egter van verraad begin verdink. In September 1341 is sy regentskap omvergewerp terwyl hy uitstedig was om ’n leër gereed te kry teen die Kruistogprinsdomme wat steeds dele van die Peloponnesos beheer het. Hy het met die troonrowers probeer onderhandel, maar dit het misluk en sy leër het opdrag gekry om te ontbind. Intussen is sy familie in Konstantinopel verban of in die tronk gegooi, en die nuwe regente het beslag op hulle eiendom gelê. Sy ma, Theodora, is dood weens die mishandeling wat sy moes verduur terwyl sy in huisarres was.
Sy leër het die nuwe regente se opdragte geïgnoreer en Kantakouzenos as Johannes VI tot keiser verklaar. Hy het dit aanvaar en die rol aangeneem van Johannes V se junior heerser.
Ná ’n burgeroorlog van ’n paar jaar het Johannes VI ’n ooreenkoms met die Ottomaanse Ryk aangegaan – hy het sy dogter, Theodora, aan Orhan gegee vir sy harem en hom toegelaat om Griekse Christene as slawe te neem. In 1347 het Johannes VI Konstantinopel seëvierend binnegegaan. Keiserin Anna en Johannes V het ingestem dat Johannes VI 10 jaar lank as senior keiser sal regeer. Teen dié tyd sou Johannes V meerderjarig wees en die mag gelykop met Kantakouzenos deel.
Teen 1353 wou hy die belasting verhoog om die regering se skuld te betaal, maar dit was nie ’n gewilde besluit nie. Johannes V het hom einde 1354 van sy mag gestroop. Johannes VI het daarna as Joasaph Christodoulos in ’n klooster afgetree. Hy is op die Peloponnesos dood.