Die WGGK het ook 'n Algemene Sekretariaat wat die sekretaris-generaal se kantoor en die kommunikasiekantoor insluit, en na ander organisatoriese verantwoordelikhede omsien. Die huidige algemene sekretaris is die ds. Chris Ferguson, 'n predikant van die United Church of Canada. Deur die Algemene Sekretariaat bevorder die WGGK dialoog tussen kerke, beywer die WGGK hulle vir sake van wêreldbelang, en ondersteun hulle die aktiwiteite van hulle lidkerke op verskillende maniere.
Die wêreldwye hoofkantoor van die WGGK is in 2013 weens kosteoorwegings van Genève, Switserland, verskuif na Hannover, Duitsland, terwyl daar ook 'n takkantoor in Grand Rapids, Michigan, VSA is.