Ook na die oorlog bly sy belangstelling in Suid-Afrika voortduur, en af en toe vind hy nog geleentheid om die helpende hand toe te steek. Met warme instemming is hy getuie van die kulturele opbloei van die Afrikaanse volk en die stap-vir-stap terugwinning van konstitusionele vryhede. Beide oud-Pres. Reitz en Pres. Steyn geniet sy besondere hulp en ondersteuning toe hulle as siekes na die oorlog in Europa aankom. Sy bewondering vir Steyn groei in die jare tot 'n verering. Die oprigting van die standbeeld van Steyn in Deventer is hoofsaaklik aan hom te danke.
Dit was moeilik om na die vrede weer te wen aan 'n normale lewe. Die groot alles oorheersende strewe het plek gemaak vir 'n groot teleurstelling. As reeds jarelange lid van die komitee vir die afneem van konsulêre eksamens, is dit nou veral hierdie sy van die Nederlandse staat wat sy aandag geniet in dagbladartikels en so meer. Onophoudelik dring hy aan op verbetering en uitbreiding van Nederland se konsulêre en diplomatieke diens. 'n Sterk patriotiese gevoel oorheers in sy optrede. Hy wou Nederland weer groot sien soos dit in die verlede groot was - veral in handelsprestasie.
In 1905 verskyn die verwerking van sy Amerikaanse reis: Door het land van Columbus, en in 1907 'n suiwer historiese werk: Oude tijden in de Oranje-Vrijstaat. Hierdie laaste is 'n uitvoerige verwerking van die argief van die Vrystaatse konsulaat soos hy dit uit die hande van Hamelberg ontvang het. Dit behandel die ontstaansgeskiedenis van die Oranje-Vrystaat met Hamelberg as sentrale figuur; 'n belangrike werk, terselfdertyd 'n daad van piëteit jeens sy voorganger.
In die jare 1907-1909 onderneem hy 'n uitgebreide reis deur die grootste gedeelte van Oos-Asië, wat grotendeels beskrywe word in twee lywige boekwerke Azië Gespiegeld deel I en II (1912 en 1918). Nog meer as in sy ander boeke pas hy hier die metode toe om eie ervaring met latere studie aan te vul. Oral is hy die onbedwingbare patriot, orals volg hy op die spoor van die vergange grootheid van Nederland se kolo-
niale verlede. Die werk wat in Nederlands-Indië gedoen word wek sy nasionale trots. 'n Bekende gesegde van hom uit die tyd is: as jy Nederland groot wil sien gaan na Rembrandt en Nederlands-Indië. Sy ondersoek in die rol van die Oos-Indiese Kompanjie in die teenwoordige Frans Indo-China, lei tot 'n bronnepublikasie De Oost-Indische Compagnie in Cambodja en Laos, uitgegee deur die Linschoten-vereniging in 1918.
Tydens die wêreld-oorlog tree Dr. Muller vir 'n tyd op as hoof van 'n kamp vir Belgiese vlugtelinge te Nunspeet, en in 1919 ontvang hy eindelik die aanstelling waarna hy altyd gestreef het. Hy word Nederlandse gesant te Boekarest tot 1924. Hierna beklee hy dieselfde positie te Praag waar hy in 1932 weens ouderdom tot gesant ter beskikking gestel word. Sterk kom sy patriotisme uit in sy werk as gesant.
Die laaste jare word in Den Haag geslyt, jare waarin hy die erkenning van 'n werksame lewe kon geniet. Ridderordes en onderskeidinge het hy ryklik geoes gedurende sy lang lewe. Die trotsste was hy op die Grootkruis van die Orde Oranje Nassau en Ridder van die Nederlandse Leeu, en dan veral op die verlening van 'n ere-doktoraat in die regte deur die Universiteit van Suid-Afrika in 1932. In 1938 word sy borsbeeld onthul in die hoofgebou van die Universiteitskollege van die Oranje-Vrystaat, en tydens 'n huldiging by sy tagtigste verjaarsdag ook in die Ryksmuseum vir Volkekunde te Leiden. Sy versameling etnografika het hy aan genoemde museum geskenk en sy argief by testamentêre beskikking aan die Vrystaatse Argief te Bloemfontein.
Ten spyte van sy hoë leeftyd geniet hy 'n stewige gesondheid - tot 'n eerste hartaanval in 1939 wat sy laaste jare sukkelend gemaak het. Die aard van sy siekte het sy dood genadiglik snel en skielik gebring - in Augustus 1941.
Van karakter was Dr. Muller heftig, emosioneel, besonder gesteld op sy eer, soms tot die kleingeestige toe. Hy is iemand wat felle vyande gemaak het, maar ook geswore vriende, 'n karakter wat in die nugtere, sobere Hollandse maatskappy soms moeilik waardering kon vind. Met sy beweeglike natuur, sy donkere, effe gedronge uiterlike, het hy dikwels 'n buitelandse indruk gemaak - iets van 'n Latynse tipe. En tog was juis 'n besondere vaderlandsliefde die alles-oorheersende faktor in sy lang en veelsydige lewe.
soek het, homself probeer omring het met 'n persoonlike waardigheid. Dat dit eienaardighede meegebring het, is lig begryplik. Iemand het hom genoem: 'n Hollander van die ou stempel. Dis miskien oordrewe. Tog kan sekere trekke van ooreenkoms nie misken word nie. Ook by hom 'n dinamiese lewensaandrif, 'n rustelose strewe na die verre onbekende, die voorkeur vir onontgonne terrein, die gedurfde optrede sonder om vriend of vyand te ontsien. Ook hy soek die groot lyn in sy lewe. Sy patriotisme is nie van die eng burgerlike soort wat bevrediging binne sy landsgrense vind nie, maar dit rank uit oor die aardbol. As reisiger kon hy die indrukke uit drie wêrelddele tuisbring op een stoere grondslag: nasionale trots. En dis ook hierdie ruimere patriotisme wat hom sy vurige liefde vir Suid-Afrika ingegee het. Die groot onbaatsugtige hulpvaardigheid tydens die Anglo-Boereoorlog oorheers alles in sy lewe. Dis as konsulgeneraal van die O.V.S. dat hy onthou sal word.