Die kruis is geskep in die vorm van 'n Malteserkruis: vier gelykbenige driehoeke waarvan die tophoeke in 'n sentrale punt ontmoet. Die buitepunte van die driehoeke is met knoppies versier. Die agt knoppies dui op die Saligsprekinge van Mattheus 5: 3-10. Onderaan die kruis hang 'n duif met uitgespreide vlerke in afwaartse vlug, en versimboliseer die Heilige Gees. In tye van vervolging is die duif dikwels deur 'n pêrel, wat 'n traandruppel voorstel, vervang.
Die vier arms van die kruis word soms beskou as die heraldiese vorm van die vier blare van die Lelie van Frankryk ('n goudgeel iris, verteenwoordigend van die Moederland Frankryk) wat in water in die suide van Frankryk groei. Die lelie is ook die simbool van reinheid, en die vier arms versimboliseer die vier Evangelies.
'n Romantiese (ofskoon onbevestigde) verhaal van die oorsprong van die Hugenotekruis word dikwels vertel van vier Hugenote egpare wat in die huwelik in Cavennes verbind sou word, toe die gevreesde Franse Dragonders opdaag. Die aanwesiges het almal gevlug, maar twee van die huwelikspare is gevange geneem en voor die keuse gestel: versaak julle Protestantse geloof, of word verbrand op die brandstapel. Hulle het geweier om hul geloof te verwerp, en al vier is (binne sig van mekaar) elk op 'n brandstapel verbrand terwyl hul psalms gesing het. Terwyl hulle sterf, het 'n duif ten hemel gevaar.
'n Metaalwerker van Nimes het 'n medalje ontwerp om die gebeurtenis te herdenk. Die kern bestaan uit die Maltese kruis, die middelpunt waarvan bestaan uit 'n sirkel, wat verwys na die vlamme wat die egpare verenig het. Die ruimte tussen die arms is gemaak in die vorm van 'n hart, wat herinner aan die liefde van die twee jong egpare wat, getrou aan hul geloof, op hul huweliksdag op die brandstapel moes sterf.