Tot kort voor sy dood was dr. Muller en sy vrou intensief besig om krankes te besoek en orals in die dorp en distrik aan wit en swart hulp te verleen tydens die Groot Griep totdat hy op 13 Oktober 1918, nadat hy sy laaste erediens gelei het, die eerste simptome van die griep begin toon het. Hoewel hy reeds daardie Sondagmiddag koorsig en uitgeput gevoel het, het hy nogtans die landdros van Philippolis na 'n plaas, waar 'n hele gesin aan die griep siek gelê het, vergesel. Maandag het hy gaan lê om nie weer op te staan.
"Ek self sou my erfenis as lid van die Afrikaanse nasie vir geen ander burgerreg in die wêreld wil verruil nie. Die grote nasies van Europa is wel oud en sterk en ervaringsryk, ... maar hul dra ook reeds die spore van hul ouderdom, en rypheid begin al op meer dan een plek in afgeleefdheid oor te slaan ... By ons is dit so anders. As 'n jong nasie sien ons amper ons hele loopbaan tegemoet. 'n Jong volk leef vorentoe. Sy leuse is die hoop; geduld en moed sy wagwoorde; 'n jeugdige entoesiasme sy dryfveer; en sy ywer is nog ongekoel deur die ontnugterings van mislukking.
Vir my altans is dit veel heerliker om my druppeltjie te probeer bydra by die selfbewuswording en karaktervorming van 'n jong nasie dan om te help dokter aan die chroniese kwale van 'n oue ... Misluk ons pogings en moet ons ondergaan, neergedruk deur 'n vrag van onoorkomelike moeilikhede, dan is dit in elk geval beter om te sterf as eerlike stryders op die slagveld, dan om te versink in 'n bedwelmende luilekker eentonigheid van niksdoen ... Laat Jong Suid-Afrika sy nasionale geloofsbelydenis onderteken, nie met sy naam, maar met sy lewe en dan het ons niks te vrese vir die toekoms nie!"
Toe dr. Muller daar aankom, was die gemeente reeds verdeeld en die spanning tussen die twee partye was hoog. Dit was dus by uitstek 'n geleentheid waarop 'n kerklike leier op die proef gestel sou word. Baie gemeentelede het gedink dat sy oortuigings te sterk was om versoenend op te tree en dat hy dus nie in staat sou wees om die eenheid in die gemeente te herstel nie. J.A. Bosch skryf egter: "Hierdie menings het hy gou die nek ingeslaan deur te bewys dat kragtige oortuigings op enige gebied nie 'n hindernis nie, maar juis 'n hulpmiddel is vir die beoefening van die liefde wat bind."
In kerkraadsvergaderings het hy deur beskeidenheid en lewenswysheid die korrekte leiding gegee. Met die ingebore adel van sy siel het hy nie vanweë sy posisie as voorsitter en leraar oorheers nie, maar altyd die nodige respek aan die oordeel van diakens en ouderlinge betoon wat ouer as hy was. Dit was hier dat die gees van broederliefde in dié moeilike tyd op Philippolis ontstaan en gegroei en mettertyd deur die gemeente gewerk het. By die katkisasie, huisbesoek en in al sy werksaamhede as predikant, was hy altyd die deeglike, vriendelike en vertroostende herder en leraar wat niemand weens sy jeugdigheid kon verag nie.