In 1872 is die plaas Rietfontein aangekoop waarop 'n nuwe dorp uitgelê is. Erwe is in dieselfde jaar verkoop. Die dorp het sy naam van die sterk warmwaterbron daar naby verkry. Munisipale status is in 1890 toegeken. Tydens die Tweede Vryheidsoorlog was Heilbron die hoofstad van die Vrystaat toe President MT Steyn sy hoofkwartier daar gehad het. Toe die Britte die dorpie daarna beset het, het die regering na 'n koppie tussen Heilbron en Frankfort verskuif. Die koppie staan vandag nog bekend as Presidentkoppie.