Daar was wedersydse geweld en aanvalle tussen die hugenote en die katolieke. Die toestand het gou tot na aan burgeroorlog ontwikkel. Gedurende die grootste deel van die 16de eeu is die hugenote vervolg, wat teen die einde van daardie eeu tot grootskaalse interne geloofsoorloë gelei het. In 1561 het die Edik van Orléans egter die vervolging vir 'n paar jaar gestop, en met die Edik van Saint-Germain is hugenote se geloofsvryheid vir die eerste keer erken (17 Januarie 1562). In 1572 is duisende hugenote tydens die St Bartolomeusnagslagting vermoor, en amnestie is die volgende jaar toegestaan. Die vyfde heilige oorlog teen die hugenote het op 23 Februarie 1574 begin, en konflik het aan en af aangehou tot 1598 toe koning Hendrik IV die Edik van Nantes uitgevaardig het wat protestante volle geloofsvryheid en gelyke regte met katolieke gegee het.
Reeds voor die grootskaalse emigrasie van Hugenote na die Kaap van Goeie Hoop in 1688–1689 het enkele Hugenote vlugtelinge aan die Kaap gevestig. Onder hulle was Francois Viljoen (arriveer 1671) en die broers François en Guillaume du Toit (arriveer 1686). Trouens, Maria de la Quellerie, eggenote van Jan van Riebeeck, was 'n Hugenoot en haar vader 'n Hugenote predikant in Nederland. Jan en Maria van Riebeeck verlaat egter die Kaap van Goeie Hoop in 1662 en vertrek na die Verre-Ooste.
Op 31 Desember 1687 vertrek 'n groep Hugenote wat vroeër uit Frankryk gevlug het, per skip vanaf Nederland na Kaap de Goede Hoop. In die volgende jaar begin die georganiseerde emigrasie van Franse Hugenote vanuit Nederland na die Kaap, waar die setlaars hulle hoofsaaklik in die omgewing van die huidige Franschhoek gevestig het. Die grootste groep Hugenote (sowat 180 in totaal) het hulle in die jare 1688 en 1689 aan die Kaap gevestig.
Simon van der Stel 'n vurige Nederlandse nasionalis wat graag wou sien dat die nedersetting aan die Kaap in 'n suiwer Nederlandse kolonie ontwikkel. Daarom was hy spyt dat die Hugenote nie liewer Nederlanders was nie. Hy moes egter tevrede wees met die besluit van sy Here Meesters, en die enigste uitweg was om die nuwelinge so vinnig moontlik te verhollands. Met hierdie beleid het Here XVII akkoord gegaan. Dit sou egter groot ontevredenheid onder die vlugtelinge veroorsaak.
Hier het hulle 'n meer simpatieke oor ontvang, en Here XVII bet op 6 Desember 1690 besluit om toestemming te verleen tot die verkiesing van 'n afsonderlike kerkraad deur die Franse van Drakenstein. Toestemming om bymekaar te woon, het hulle egter nie gekry nie. Die owerheid wou dit juis voorkom. Simon van der Stel het nog dikwels gepraat van die wispelturige aard van die Franse. Hy het hulle selfs vergelyk met die Israeliete wat in die woestyn gedurig by Moses gekla en terugverlang het na die vleispotte van Egipte.
Sy gedrag het hom nie gehaat gemaak nie; hy was streng, regverdig. Hy het moeite gedoen om hul produkte te bemark; iets wat sy seun nie gedoen het nie. Geen wonder dat die Franse en Nederlanders teen Wilhem Adriaen saamgespan het nie. Hierdie gesamentlike verset het Fransman en Nederlander nader aan mekaar gebring in die eerste politieke botsing op Suid-Afrikaanse bodem, wat miskien as die beginpunt van die Afrikaners as 'n eie volk beskou kan word. Aanvanklik het die Franse hulle apart gehou. Hartlike samewerking met die Nederlanders was daar nog nie. Met die vertrek van ds. Simond in 1701 en die aanstelling van ds. Beck het die ou ontevredenheid weer opgevlam.
Met verloop van tyd sou die Franse taal egter die ongelyke stryd teen Nederlands verloor. Frans het min neerslag in Afrikaans gevind; en vandag word ons slegs aan die Hugenote herinner deur die Franse plaasname in die Boland en die talle Franse familiename wat oor die lengte en breedte van ons land aangetref word. Daar is geskiedskrywers wat beweer dat die invloed van die Franse Hugenote op ons geskiedenis oorskat word. Dit is moontlik dat hulle 'n sterker godsdienssin hierheen gebring het.