Gedurende die Tweede Wêreldoorlog het die federasie in Augustus 1940 onder leiding van Félix Éboué die Vrye Franse Magte gesteun, behalwe vir Gaboen, wat tot 12 November 1940 deur Vichy-Frankryk bestuur is. Na die Vichy-regering oorgegee het na 'n inval van Vrye Franse; het die federasie het die strategiese sentrum van die Vrye Franse aktiwiteite in Afrika geword.
Tot 1934 was Frans Ekwatoriaal-Afrika 'n federasie van Franse kolonies soos Frans-Wes-Afrika. In daardie jaar het die AEF egter 'n eenheid geword en sy samestellende kolonies het as streke bekend geword en later in 1937 as gebiede bekend geword.Daar was 'n enkele begroting vir die verenigde kolonie; Voor die eenwording het elke lid sy eie finansies gehad. 
Vanaf 1942 word die AEF bestuur deur 'n goewerneur-generaal, wat 'die hoogste leiding gehad het van alle dienste, sowel burgerlik as militêr'. Sy mag was egter in die praktyk beperk deur die sentraliserende koloniale beleid van Frankryk. 'Die belangrikste wetgewing word in Parys uitgevaardig', het die skrywers van die Britse vlootintelligensiehandboek vir 1942 vir die kolonie geskryf, 'terwyl die goewerneur-generaal klein besonderhede aanvul en uitvaardig.' Die goewerneur-generaal is bygestaan deur 'n raadplegende administratiewe raad (Conseil d'Administration) saamgestel uit belangrike plaaslike amptenare en enkele lede, beide van Afrika en Europa, wat indirek verkies is.