Tussen 1820 en 1837 woon en werk hy as 'n militêre dokter in Suid-Afrika. In die tydperk beskryf hy 'n groot aantal diere wat nuut vir die wetenskap was. Om dié rede word hy die vader van die Suid-Afrikaanse dierkunde genoem. Die IOC World Bird List bevat onder andere 87 voëlspesies wat hy beskryf het, waaronder die boskorhaan (Lophotis ruficrista), kaalwangvalk (Polyboroides typus), kwêvoël (Corythaixoides concolor) en rooiwangnaguil (Caprimulgus rufigena).
Smith was tydens die Krimoorlog (1853–1856) vir mediese dienste verantwoordelik en is erg deur Florence Nightingale gekritiseer. Ná die Krimoorlog is hy deur 'n ondersoekkommissie van alle skuld onthef. In 1858 verlaat hy die militêre diens om eie gesondheidsredes en ontvang verskeie toekennings. Hy het onder andere die gesogte Orde van die Bad (The most Honourable Order of the Bath) ontvang, en het sodoende die titel sir verwerf.