News - Gevierde bio-inligtingskundige sluit by Universiteit...
Gevierde bio-inligtingskundige sluit by Universiteit Stellenbosch aan in stryd teen pandemies
Prof Tulio de Oliveira, die hoog wêreldbekende bio-inligtingskundige wat in Desember verlede jaar  'n nuwe variant van COVID-19 in Suid-Afrika geïdentifiseer het, sal 'n nuwe instituut by die Universiteit Stellenbosch (US) tot stand bring om epidemies en pandemies in Afrika en die globale suide te verstaan en te beheer.
Dít sal hy doen in sy hoedanigheid as professor in Bio-informatika aan die US se Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke, 'n pos wat hy sedert die begin van die maand [1 Julie 2021] beklee. Hy sal ook ten nouste met die US se Fakulteit Geneeskunde en Gesondheidswetenskappe sowel as Fakulteit Natuurwetenskappe saamwerk.
Prof De Oliveira is die direkteur van die navorsingseenheid KRISP ("KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform") aan die Universiteit van KwaZulu-Natal (UKZN). Hy sal in sy pos by KRISP aanbly aangesien die US en UKZN samesprekings voer om die nuwe instituut gesamentlik te bedryf. Met die ultramoderne laboratoriumgeriewe en wetenskaplike kundigheid en vermoë van sowel KRISP as die US sal die multidissiplinêre span van die nuwe instituut 'n kernrol kan vervul om die openbare gesondheidsreaksie op die COVID-19-pandemie te ondersteun.
"Een van die Universiteit Stellenbosch se kern strategiese temas is doelgerigte vennootskappe en inklusiewe netwerke. Prof De Oliveira se aanstelling getuig van ons uitdruklike doelwit om op 'n multi-institusionele vlak saam te werk," sê prof Wim de Villiers, Rektor en Visekanselier van die US.
"Deel van ons visie om Afrika se voorste navorsingsintensiewe universiteit te wees is om kennis tot diens van die samelewing te bevorder. Met prof De Oliveira as deel van ons span is die Universiteit goed geplaas om 'n waardevolle bydrae tot die stryd teen die COVID-19-pandemie en ander epidemies in Afrika en die res van die wêreld te lewer, wat uiteindelik die ganse samelewing sal baat. Dit is 'n voorreg om 'n wetenskaplike van prof De Oliveira se stoffasie by die Universiteit te verwelkom."
Prof De Oliveira bestudeer reeds langer as 20 jaar virusuitbrekings soos MIV, hepatitis B en C, chikungunya, dengue, SARS-CoV-2, Zika en geelkoors. Hy het oor die 200 publikasies agter sy naam, waaronder meer as 30 in topvaktydskrifte soos Nature, Science, NEJM en Lancet. Sy identifisering van 'n nuwe variant van SARS-CoV-2 in Suid-Afrika – 501Y.V2, ook bekend as die Beta-variant – het tot die ontdekking van nuwe variante wêreldwyd gelei en wetenskaplikes se begrip van die doeltreffendheid van entstowwe verbeter.
Volgens prof De Oliveira het die nuwe instituut – wat voorlopig as die Sentrum vir Epidemiese Navorsing, Reaksie en Innovasie (SERI) bekend is – reeds twee aansienlike toekennings bekom om "hoëvlakwetenskap" moontlik te maak. 'n Toekenning van die Suid-Afrikaanse Mediese Navorsingsraad (SAMNR) sal die Netwerk vir Genomiese Waarneming in die BRICS-lande (Brasilië, Rusland, Indië, China en Suid-Afrika) finansier, wat op COVID-genoomwaarneming in ál vyf nasies sal konsentreer. De Oliveira sal die hoofnavorser van hierdie netwerk wees.
Daarbenewens sal 'n toekenning van die Rockefeller-stigting finansiering voorsien vir genomikalaboratoriums wat meer as 10 000 COVID-genome vir meer as tien Afrikalande sal skep. SERI sal ook gasheer wees vir 100 genote van Afrikalande, wat in die ontwikkeling en ontleding van COVID-genoomdata opgelei sal word.
Samesprekings met 'n filantroop is tans aan die gang om SERI-kampusse by sowel die UKZN as US én moontlik ook by ander universiteite in Afrika tot stand te bring, sê De Oliveira.
Genomika vir Afrika
"Wat ons beoog, is die skepping van 'n multi-institusionele instituut, wat nie net 'n landwye voetspoor sal hê nie, maar ook as 'n gespesialiseerde genomikalaboratorium in Afrika sal funksioneer en die werk van die Afrikasentrum vir Siektebeheer en -voorkoming en die Wêreldgesondheidsorganisasie sal ondersteun om genomiese waarneming te versterk," verduidelik prof De Oliviera.
"Ons sal boonop ons navorsingsprogram uitbrei om baie van die afgeskeepte patogene in te sluit wat die Afrikavasteland raak."
Prof De Oliveira, wat ook bystand gebied het met die vestiging van die US se Sentrum vir Bio-informatika en Berekeningsbiologie, sien daarna uit om weer met die US saam te werk.
"Ek glo werklik die Universiteit Stellenbosch is moontlik die Suid-Afrikaanse universiteit wat die beste presteer. Ek is besonder beïndruk met hul fasiliteite, maar veral ook hul vlak van motivering en kundigheid. Die ontwikkeling van hierdie instituut saam met die US sal ongetwyfeld 'n groot stap in my wetenskaplike loopbaan wees," sê hy.
Hy voeg by dat verskeie nadoktorale en studenteposte reeds geadverteer is om sowel die Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke as die Fakulteit Geneeskunde en Gesondheidswetenskappe aan die US uit te brei.
Die US se Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke, wat in 2019 bekend gestel is, is 'n wêreldklasinstelling vir datawetenskap en rekenaardenke ín en vír Afrika. Dit is betrokke by navorsingsamewerking tussen en oor dissiplines in ál tien die US se fakulteite. Dit omvat ook die hele akademiese projek, van voor- en nagraadse opleiding tot navorsing en spesialiskonsultasie. Daarbenewens verbind dit rolspelers in die regering, sakewêreld en die sektor sonder winsoogmerk in die soeke na grootdata-oplossings vir die uitdagings waarvoor Suid-Afrika tans staan.
"Ons is opgewonde dat een van ons land se beste wetenskaplikes hom by die Stellenbosch-familie aangesluit het," sê die US se Viserektor: Leer en Onderrig, prof Deresh Ramjugernath.
"Ek het die geleentheid gehad om destyds met prof De Oliveira te kon saamwerk om KRISP tot stand te bring, so ek het persoonlike ervaring van sy passie, energie en dryfkrag om dinge te laat gebeur. As 'n instelling, sien ons daarna uit dat hy as deel van 'n multi-, inter- en transdissiplinêre benadering met ons kollegas saamwerk om ons visie te verwesenlik om 'n wêreldwye impak op huidige en toekomstige epidemies en pandemies te hê."
Prof Kanshu Rajaratnam, direkteur van die Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke, voeg by: "Prof De Oliveira se aanstelling wys hoe die US datawetenskap en rekenaardenke ín en vír Afrika uitbou. Sy visie vir SERI, en sy passie vir die ontwikkeling van die wetenskap en Afrikawetenskaplikes, sal die vasteland nog heelwat baat – nie net op die gebied van genomiese waarneming nie, maar ook vermoëbou in bio-informatika en datawetenskap. Dit hou voordele in vir die akademie én die bedryf, selfs op gebiede wat nié met die geneeskunde en gesondheidswetenskappe verband hou nie."
Prof Tulio de Oliveira se akademiese en professionele agtergrond
Prof Tulio de Oliveira het sy BSc aan die Federale Universiteit van Rio Grande do Sul (UFRGS), Brasilië, en sy MSc/PhD aan die Nelson R Mandela Fakulteit Geneeskunde, UKZN, verwerf. Hy was van 2004 tot 2006 'n Marie Curie-navorsingsgenoot aan die Universiteit van Oxford, en van 2015 tot 2019 'n Newton- gevorderde genoot aan die Wellcome Trust Sanger-instituut en die Universiteit van Edinburgh. Hy is in 2015 as professor by die UKZN aangestel, en in 2019 as medeprofessor in Globale Gesondheid aan die Universiteit van Washington, Seattle, Verenigde State.