Die see het drie belangrike bekkens: die Yamatobekken in die suidooste, die Japanbekken in die noorde en die Tsushimabekken (Ulleungbekken) in die suidweste. Die Japanbekken bevat die diepste dele van die see terwyl die Tsushimabekken die vlakste dele bevat. Aan die oostelike grens is die vastelandsplat van die see wyd, maar aan die westelike kus, veral langs die Koreaanse kus, is dit nou, gemiddeld ongeveer 30 kilometer wyd. Die Tsushima-warmwaterseestroom, 'n tak van die Kuroshio-seestroom, vloei noordwaarts deur die Straat van Korea langs die Japannese kus, en die Liman-koueseestroom vloei suidwaarts deur die Straat van Tartary langs die Russiese kus. Die See van Japan was eens op 'n tyd 'n landingeslote see toe die landbrug van Oos-Asië bestaan het.
Die noordelike en suidoostelike dele van die see is ryk viswaters. Die belangrikheid van vissery in dié see word aangedui deur die gebiedsgeskille tussen Suid-Korea en Japan oor die Rotse van Liancourt. Die see is ook belangrik vir sy mineraal neerslae, veral magnetietsand. Daar word gemeen dat die see ook oor aardgas en ruolievelde beskik. Die snelle groei van die Oos-Asiatiese ekonomieë het daartoe gelei dat die see 'n al hoe belangriker kommersiële waterweg geword het.