Nadat Thomas uit Parys vertrek het, bly hy van 1259 tot 1265 in die pouslike hof in Anagni, 'n klein Italiaanse stad. In 1265 vertrek hy na die klooster by die Santa Sabina in Rome, en het voortgegaan om sy reis in 1267 na Viterbo aan te pak. In hierdie Italiaanse stad, wat die koshuis was van vele pouse, woon Thomas aan die pouslike hof.
Van 1269 tot 1272 bly hy weereens in Parys. In hierdie tydperk het hy baie besprekings met ander geleerdes en filosowe oor die Aristotelianisme en die wees van orde in die kloosters. Van 1272 tot 1273 bly Thomas weer in Italië. Daar het hy aan die Universiteit van Napels gedoseer. Teen die einde van sy lewe het hy 'n visioen gehad, waardeur hy alles wat hy tot op die punt geskryf het as nutteloos beskou het. Sedert dien het hy opgehou om te skryf. Dit verduidelik waarom sy magistrale werk Summa Theologica vandag onvoltooid is.
Aquinas se invloed op die moderne Westerse denke was aansienlik, en ’n groot deel van moderne filosofie het ontstaan óf uit die ontwikkeling van sy idees óf uit teenstand daarteen, veral op die gebied van etiek, metafisika en politieke teorie. Anders as wat die neiging destyds in die Rooms-Katolieke Kerk was, het hy verskeie idees van Aristoteles aanvaar (hy het hom "die Filosoof" genoem) en hy het probeer om Aristoteles se filosofie te laat strook met die beginsels van die Christendom. Die werke waarvoor hy die bekendste is, is Summa Theologica en die Summa contra Gentiles. Sy kommentaar op die Heilige Skrif en op Aristoteles maak ’n groot deel van sy werk uit. Aquinas is ook bekend vir sy eucharistiese gesange, wat deel van die kerk se liturgie vorm.Hy is tot heilige van die Katolieke Kerk verklaar en word voorgehou as ’n modelonderwyser vir mense wat hul oog op die priesterskap het. Die bestudering van sy werk word beskou as ’n belangrike vereiste vir toekomstige priesters of ander teologiese studente.
Die regimine judaeorum , 'n werk oor die beleid teenoor die Jode, waarin hy hertogin Aleidis van Brabant onder meer beveel om hulle met mate te belas en om hulle te verbind tot die dra van herkenningstekens.