Tydens 'n lesing wat pous Benedictus XVI tydens sy besoek aan die Duitse deelstaat Beiere (9 tot 14 September 2006) op 12 September aan die Universiteit van Regensburg gehou het, het hy groot ontsteltenis in die Islamitiese wêreld veroorsaak. Benedictus XVI het kritiese uitlatings oor die profeet Mohammed aangehaal wat oorspronklik in 1391 deur die Bisantynse keiser Manuel II Palaiologos gemaak is.
Alhoewel die pous later verduidelik het dat hy nie sy eie opinie in sy lesing wou uitspreek nie, het sy uitlatings tot straatoptogte in Islamitiese lande gelei. Tydens 'n ontmoeting met Islamitiese diplomate en verteenwoordigers van Moslemgemeenskappe in Castel Gandolfo het die pous op 25 September sy respek vir die Islamitiese godsdiens beklemtoon. In Oktober 2006 het 38 Islamitiese regsgeleerdes sy verskoning aanvaar.
Nog voor sy amptelike besoek aan Brasilië (9 tot 14 Mei 2007) was die regering in Brasília ontsteld oor uitlatings wat die pous oor die aborsie-kwessie in Meksiko gemaak het. Hy het begrip en steun vir Meksikaanse kerkleiers uitgespreek wat gedreig het om politici te ekskommunikeer wat 'n liberale wetgewing ten opsigte van aborsie steun.