Sy eerste lewensjare bring hy deur in die sfeer van die Patriotters van die Genootskap van Regte Afrikaners (GRA); as driejarige seun speel hy in sy vader se agterkamer waar die GRA se drukpers staan. In 1882 verhuis die gesin na Pretoria waar sy vader die betrekking van superintendent van onderwys op 13 Maart 1882 aanvaar. Kort daarna sterf sy moeder en hy en sy broer word na hul ouma Du Toit op Dal Josafat gestuur, waar hierdie vrou se vroomheid 'n blywende indruk op hom laat.
Hy ontvang onderwys aan die bekende Gedenkschool der Hugenoten, maar keer ná sy vader se tweede huwelik op 8 Julie 1885 terug na Pretoria. Gedurende 1888-'89 is hy en sy broer in die Duitse kosskool van die Hermannsburgse Sendinggenootskap op Morgenzon, naby Rustenburg. Sy vader het die kosskool opgerig wat gegrond was op gesonde godsdienstige beginsels en 'n breë en deeglike vlak van onderrig gehandhaaf het.
Ná 'n reis deur Europa saam met sy ouers studeer Totius gedurende 1890-'94 weer aan die Gedenkskool, waar A.G. Visser en D.F. Malherbe medeleerlinge was. Daarna studeer hy privaat vir die matrikulasie-eksamen wat hy in 1895 aflê.
Hy wou myningenieur word, maar laat hom deur sy stiefmoeder oortuig dat die predikantsamp sy roeping is en gaan gevolglik na die Teologiese Skool van die Gereformeerde Kerk op Burgersdorp, waar prof. Jan Lion Cachet, 'n Portugees-Joodse Nederlander wat uit die Réveil-kring stam, sy leermeester word. In 1899 lê hy belydenis van geloof in die Gereformeerde Kerk af en slaag die proponentseksamen.
Bekker, Martin: Enkele gedenkwaardighede oor Totius (dr. J.D. du Toit). In: Lantern. Tydskrif vir Kennis en Kultuur. Jaargang 26, nr. 2, Desember 1976.
(af) Versoek dat sy standbeeld van die Potchefstroomkampus van die Noordwes-Universiteit geskuif word[dooie skakel]. URL besoek op 14 Desember 2015.