Gedurende die Tweede Vryheidsoorlog (1899-1902) het die kommando's beskik oor ondersteunende artillerie-eenhede en in die geval van die ZAR in Transvaal ook oor 'n polisiemag. In hierdie oorlog het die militere magte van die Boererepublieke en die voltydse Britse magte regstreeks met mekaar in konflik gekom. Ofskoon die Republikeinse magte aanvanklik goed rekenskap van hulself gegee het, was die uitslag van die oorlog 'n uitgemaakte saak nadat Brittanje daarin geslaag het om sy volle mag te laat geld.
Na Uniewording was die daarstelling van 'n eenvormige verdedigingsorganisasie een van die belangrikste sake waaraan die Suid-Afrikaanse regering aandag moes skenk. Genl J.C. Smuts, wat die portefeulje van Verdediging behartig het, sou in hierdie opsig 'n leidende rol speel.