Op 25 Junie van daardie jaar word hy mede-tsaar saam met Pieter die Grote, met hul suster Sofia as regentes. In 1689 probeer Sofia, wat besef sy is besig om mag te verloor, nog ’n opstand ontlok deur gerugte te versprei dat die Narisjkins Iwan se kroon vernietig het en sy kamer aan die brand wil steek. Iwan se onderwyser, prins Prozorofsky, oorreed hom egter om sy broer te ondersteun.
In die laaste dekade van sy lewe is Iwan heeltemal deur die meer energieke Pieter I oorskadu. Hy het die meeste van die tyd saam met sy vrou deurgebring en heeldag gebid en gevas. Toe hy 27 was, is hy deur buitelandse ambassadeurs beskryf as seniel, verlam en feitlik blind. Hy is twee jaar later dood en in die Katedraal van die Aartsengel op Katedraalplein in Moskou begrawe.