In sy eie land was Perez de Cuellar in 1995 'n kandidaat vir die presidentskap, as teenstander van Alberto Fujimori. Ná Fujimori se val word hy in November 2000 die premier van 'n oorgangsregering wat die land bestuur totdat pres. Alejandro Toledo sy amp in Julie 2001 aanvaar. Daarna word hy ambassadeur in Parys en werk ook daar vir Unesco. Op 31 Desember 2004 beëindigde hy sy ambassadeurskap, maar bly in Frankryk by Unesco werksaam. In Julie 2005 kry hy 'n hartaanval, maar herstel daarvan.