In die somer van 1902, op vyftienjarige ouderdom, het hy uiteindelik oor voldoende skoolopleiding beskik om aansoek te kon doen vir die novisiaat van die Kapusynerorde. Groot was sy blydskap die dag toe hy die brief ontvang om te sê sy aansoek is goedgekeur en dat hy moet aanmeld by die fraterhuis van Morcone. Op die laaste oomblik het daar ŉ hewige innerlike stryd in hom gewoed oor hierdie verreikende besluit om sy ouerhuis en geliefde tuisdorp te verlaat. In ŉ visioen het hy egter die krag ontvang om sy besluit deur te sien. Op die 22ste Januarie, 1903, ontvang Franci Forgione die Kapusynse py en hierna sou hy as Br. Pio bekend staan. Die naam Pio is die Italiaans vir Pius en hy het dit as sy eie geneem in herinnering aan die heilige pous Pius V. Met groot ywer het Br. Pio homself toegewy aan die streng dissipline en sober leefwyse van die Franciskaanse Reël.
Op 22 Januarie 1904, het dié 16 jarige noviet sy eerste geloftes van armoede, kuisheid en gehoorsaamheid afgelê. Nou het die ses jaar lange voorbereiding en opleiding vir die priesterskap begin. Tydens sy studentejare het daar ‘n mistieke ervaring in sy lewe plaasgevind wat later in die besonder met sy eiesoortige spiritualiteit en charisma verbind sou word – bi-lokasie, oftewel die gawe om terselfdertyd op twee plekke aanwesig te wees. Regdeur sy lewe sou mense hom op verskillende plekke ontmoet, terwyl hy eintlik op daardie spesifieke tydstip in die fraterhuis gevind kon word.