Hy het die kroon bestyg onder voogdyskap van die gewilde William Marshal, 1ste Graaf van Pembroke, maar die Engeland wat hy geërf het, het verskeie veranderings ondergaan tydens die bewind van sy vader. Hy het ’n groot deel van sy tyd bestee aan ’n stryd met die baronne oor die Magna Carta en koninklike mag, en hy is eindelik gedwing om die eerste parlement van Engeland in 1264 byeen te roep. Hy het ook misluk op die Europese vasteland, waar hy prbeer het om Engelse gesag te hervestig oor Normandië, Anjou en Akwitanië.
Die behandeling van sy ouer niggie Eleonora van Bretagne, wat 23 jaar ouer as hy was en selfs ouer as sy eie ma, was ’n groot probleem vir Hendrik. Eleonora was die dogter van koning Jan se ouer broer, hertog Godfried II van Bretagne, en sy het dus ’n groter aanspraak op die Engelse troon gehad as Jan of Hendrik.
Jan het haar egter in 1202 gevange laat neem en haar verbied om te trou. Ná Jan se dood was Eleonora die regmatige troonopvolger, maar die baronne het haar oor die hoof gesien en vir Hendrik gekroon. Eleonora het ’n gevangene gebly. Hendrik het Eleanor, wat ook haar titel kwyt was, ’n "koninklike familielid" en "ons niggie" genoem. Hy het haar toegelaat om die gerieflike lewe van ’n prinses te lei, met talle geskenke van die koninklike familie af.
Dit was eers ná Eleonora se dood op 10 Augustus 1241 dat Hendrik die onbetwiste koning was, hoewel hy nooit erken het dat sy ’n groter aanspraak op die troon as hy gehad het nie.
Hendrik se bewind word gekenmerk deur burgerlike onmin nadat die Engelse baronne aangedring het op ’n groter sê in die regering van die land. Hendrik het ook betrokke geraak in die befondsing van ’n oorlog in Sisilië namens pous Innocentius IV in ruil vir ’n titel vir sy tweede oudste seun, Edmund. Baie baronne het gevrees dat Hendrik in sy pa se voetspore volg. Hulle wou hê hy moes meer mag aan die Baronneraad afstaan. In 1258 het sewe vooraanstaande baronne Hendrik gedwing om die Bepalings van Oxford te aanvaar wat in effek die afskaffing van die monarg se absolute mag was.
In die daaropvolgende jare het die verskille tussen die koning en die baronne se ondersteuners al hoe groter geword. In 1262 het Hendrik ’n pouslike bul gekry wat hom van sy eed vryskeld en albei kante het leërs begin byeenbring. Die monargiste is gelei deur Hendrik se oudste seun, prins Eduard. ’n Oorlog, bekend as die Tweede Baronne-oorlog, het gevolg.
Vyftien maande later het prins Eduard ontsnap en het hy en die monargiste opgeruk teen die baronne. In 1265 het hulle die oorhand gekry met die Slag van Evesham.
Volgens die monnik en kroniekskrywer Matthew Paris het baie mense gesê: "God het vir ons sy Seun gegee, maar die koning verkoop syne aan ons."