Aleksei het aan hemofilie gely, ’n siekte wat nie destyds behandelbaar was nie. Hy het dit van sy ma oorgeërf. Sy was die kleindogter van koningin Victoria, ’n draer van die siekte. (Draers het nie self die siekte nie, maar kan dit aan hulle kinders oordra.)
Die tsaar en tsaritsa het die siekte geheim gehou van die Russiese volk, omdat hulle bekommerd was oor wat die reaksie sou wees, veral wat die troonopvolging betref. Aleksei het deur sy kort lewe dikwels interne bloedings gehad en dit het veroorsaak dat hy selfs ’n ruk lank nie kon loop nie. Hy was in dié tyd eers aan ’n rolstoel gekluister en het later ’n ruk lank beenysters gedra.
Wanneer hy gebloei het, het hy ondanks die pyn geen pynstillers gekry nie weens kommer dat hy daaraan verslaaf kon raak. Die lekeprediker en (volgens sy aanhangers) geloofsgeneser Grigori Raspoetin was die enigste mens wat blykbaar ’n positiewe invloed op sy gesondheid gehad het.
Op 15 Mei 1917 het Nikolaas II namens homself en sy seun afstand gedoen van die troon. Nadat die hele gesin ’n jaar lank in huisarres in Siberië was, is hulle op 16 Julie 1918 almal in Jekaterinburg voor ’n vuurpeloton tereggestel. Die gesin se massagraf is aan die begin van die negentigerjare gevind. Aleksei se liggaam was nie daar nie – ook nie dié van sy suster Maria nie (hoewel vir ’n lang ruk geglo is dit was Anastasia se liggaam wat nie saam met die ander gevind is nie).