Die aanklagte was dat Scheepers skuldig is aan die moord van James Madlaila. Die moord was gepleeg op die plaas Rooiklip, Steytlerville op 7 Augustus 1901. Edith Carey het getuig dat sy by die opstal was toe die ongewapende oorledene daar aangejaag kom op ’n perd. Scheepers se manskappe het hom gejaag. Die oorledene het afgespring en op die werf gehardloop. Die manskappe het hom toe in die heup geskiet. Hulle gaan toe na ’n koppie, kom tien minute later terug en skiet hom dood. Scheepers het getuig dat sy manskappe aan hom verslag gedoen het dat die oorledene in ’n geveg doodgeskiet was. Verder weet hy niks van die insident nie.
Hierdie aanklagte het betrekking gehad op die moord van Zederas alias Jacobus Hermanus. Die voorval het by ’n winkel op 26 September plaasgevind. August Abrahams het getuig dat hy deur sy baas na die winkel gestuur is. Scheepers het hom en Zederas is daarvan beskuldig dat hulle spioene was. Scheepers het hulle toe gedwing om lootjies te trek. Die verloorder, Zederas, is doodgeskiet en Abrahams is met ’n briefie na die Engelse gestuur. Daarin het Scheepers geskryf dat hy deur sy owerstes beveel is om alle naturelle spioene dood te skiet. Die Engelse moet daarom die skuld dra vir die bloedvergieting. Scheepers het nie hierdie weergawe betwis nie.
Die hofverrigtinge is afgehandel voor die einde van die jaar. Die oorkonde is toe na die "Judge Advocate General" gestuur vir sy beslissing en na Kitchener vir sy bevestiging. Op 17 Januarie 1902 is Scheepers meegedeel dat hy skuldig bevind is op alle aanklagte behalwe nommer 5 en dat hy ter dood veroordeel is.
Op 18 Januarie 1902 is Scheepers geblinddoek en aan ’n stoel vasgebind in die veld in die Karoo. Hy is gefusilleer en het agteroor te lande gekom langs die graf wat reeds gegrawe was. Die Britte het geweier om sy stoflike oorskot te oorhandig omdat hulle wou voorkom dat ’n held van hom gemaak word; daarom is hy ’n onbekende graf begrawe.
Scheepers verwerf martelaarstatus deur die Britse krygshof se optrede en hy word as een van die helde van die Boeremagte gereken.
Sy teregstelling het groot verontwaardiging in Suid-Afrika en oorsee ontlok. Selfs in die VSA het die Huis van Verteenwoordigers en die Senaat besluite ondersteun dat hy volgens die Geneefse Konvensie behandel moet word, maar hierdie pogings was te laat om sy teregstelling te voorkom. Alhoewel Scheepers op sommige van die aanklagte skuld erken het, het hy deurgaans aangevoer dat hy die bevele van hoër offisiere uitgevoer het. Dit is ook bekend dat selfs Britse offisiere hulle aan dieselfde dade skuldig gemaak het. Dit word ook betwyfel of ’n Britse militêre hof kragtens die internasionale reg bevoeg was om, terwyl die oorlog nog aan die gang was, die doodvonnis uit te spreek oor ’n krygsgevangene wat nie ’n Britse onderdaan was nie. Gideon Scheepers was ’n gebore Transvaler.
Scheepers se ouers het tot met hulle dood (Jacobus in 1934 en Sophia in 1956) na Gideon se oorskot gesoek. S.B. Spies skryf in die Suid-Afrikaanse Biografiese Woordeboek, deel II: "Hy is op die plek van teregstelling begrawe en volgens sommige berigte is daar ongebluste kalk oor sy stoflike oorskot gegooi. Dit wil egter voorkom of sy liggaam daardie selfde nag nog deur Britse troepe opgegrawe is uit vrees dat sy kommando dit sou probeer terugkry. Daarna is S. op 'n onbekende plek herbegrawe, moontlik in die bedding van die Sondagsrivier. In 1904 is 'n plaaslike kommissie in die lewe geroep om die stoflike oorskot van Boere wat gedurende die oorlog op Graaff-Reinet tereggestel is, op te spoor. Ondanks navrae gerig aan die Britse regering en die militêre owerheid, was dit on-moontlik om vas te stel waar S. herbegrawe is. 'n Latere kommissie onder die voorsitterskap van J.A. Smith het ewe min sukses gehad. Die feit dat sy stoflike oorskot nooit gevind is nie, het gelei tot die algemene opvatting, wat tot jare na die oorlog geheers het, dat hy nog in die lewe was."
“ As ons gevra word waarom ʼn gedenksteen in 1978 opgerig moet word vir ʼn man wat in 1902 gesterf het is die antwoord eenvoudig. Die lewe en wese van hierdie man was van so ’n aard dat die geskiedenis hom in die heldesaal geplaas het en niks en niemand kan hom dit ontneem nie. ”