Calvyn en die stad Genève het byna sinonieme met mekaar geword. Dit is daar waar Calvyn hom besig gehou het met ’n poging om ’n sigbaarder “Stad van God” in Europa te bou. In die proses was dit die plek waar Calvyn van sy belangrikste teologiese bydraes tot die Reformasie gemaak het, maar ook waar hy van sy donkerste oomblikke beleef het.
Die kerkorde het dit ook duidelik gestel dat die burgerlike owerheid alles in sy vermoë moes doen om die kerk te ondersteun om haar roeping in die wêreld na te kom. In 1542 het die stadsraad van Genève die wette van die stad so verander dat dit in ooreenstemming was met Calvyn se kerkorde.
Alles was egter nie maanskyn en rose nie. Die jare 1543 tot 1553 was ’n tydperk van geweldige stryd in Genève. Een van die hoofrolspelers was die Spanjaard Michael Servetus.