Hy was nes sy pa, Indrajayavarman, ’n Shaivis. Volgens die Kambodjaanse Koniniklike Kroniek, waarin hy "Sihanouk" genoem word, is hy in 1336 deur die hoof van die koninklike tuin vermoor voordat dié met Jayavarman se dogter getrou en sy plek op die troon ingeneem het. Dit is egter moontlik ’n legende.
Jayavarman IX is die laaste koning wat deur inskripsies op monumente genoem word, en die laaste Sanskrit inskripsie dateer uit sy bewind.