In die tydperk van 1257 tot1273 word Bonaventura verkies tot "Minister Generaal" van die fransiskaanse-orde. Hy skryf in die hoedanigheid die amptelike heiligenlewe van Franciskus van Assisi, die stigter van die Fransiskane. Self word Bonaventura as tweede stigter van sy orde beskou. Hy reorganiseerde die orde onder andere deur studie tot 'n staande element vir lidmaatskap te maak. Pous Gregorius X benoem hom in 1273 tot kardinaal en biskop van Albano. Op versoek van hierdie pous werk hy mee aan die voorbereiding van die tweede konsilie van Lyon in 1274. Tydens die konsilie sterf hy op ongeveer 53-jarige leeftyd. Dit beteken dat hy in dieselfde jaar sterf as Thomas van Aquino. Saam word hulle beskou as die grootste teoloë uit die skolastiektydvak.