Pepyn III die Korte afgebeeld in 'n skildery van Louis Félix Amiel in opdrag van Lodewyk Filip vir die Pepyn die Korte museum
Die concile (ekumeniese raad), die vergadering van kerklui waartydens besluite van 'n dissiplinêre of teologiese aard gemaak is, het vir geruime tyd nie vergader nie. Verder het die Frankiese kerk gekla dat die onder Karel Martel bederf is.
Twee sinodes (conciles) is in die vroeë jare gereël, die eerste in Austrasië deur Karloman, in 742-743; die tweede deur Pepyn, in 744 in Soissons in Neustrië, waar die besluite wat in Austrasië geneem is bekragtig is. Hierdie hervormings het 'n nuwe hiërargie onder die Frankiese kerklui in plek gestel. Aan die hoof daarvan was Bonifatius (680-754), die evangelis uit Germanië, soos die verdeling van die verskillende biskopdomme in verskillende stde in die ryk. Onwaardige priesters is verwyder. Pepyn het besluit om die grond wat deur sy vader gekonfiskeer is te herstel as précaire à la demande du roi (precaria verbo regis).
In ongeveer 744 is Pepyn met Bertrada van Laon, met die bynaam Bertha met die Groot Voete (Berthe au Grand Pied) — 'n bynaam wat sy verkry het aangesien sy 'n voet langer as die ander was —, dogter van Heribert, Graaf van Laon getrou. Sy het aan hom verskeie erfgename besorg waaronder die toekomstige keiser Karel die Grote.