Jeltsin se grootste teenstanders en moontlike opvolgers, die Moskouse burgemeester Joeri Loezjkof en die voormalige voorsitter van die Russiese regering Jewgeni Primakof, was reeds besig met ’n veldtog om die ouer wordende president te vervang en hulle het hard probeer om te keer dat Poetin ook ’n kandidaat word. Poetin se orde-en-wetbeeld en sy onverbiddelike benadering tot die hernieude krisis in die Kaukasus, wat begin het toe die Islamitiese Internasionale Brigade wat in Tsjetsjnië gestasioneer was ’n naburige streek ingeval en die oorlog in Dagestan ontketen het, het egter gou daartoe bygedra dat hy gewild geword het en stof in sy teenstanders se oë kon skop.
Hoewel hy nie amptelik by enige politieke party betrokke was nie, het Poetin sy steun toegesê aan die pas gestigte Eenheidsparty, wat in Desember 1999 die tweede hoogste persentasie van die stemme (23,3 persent) gewen het in die Doema-verkiesing, en op sy beurt deur die Doema gesteun is.
Die inhegtenisneming vroeg in Julie 2003 van Platon Lebjedef, ’n vennoot van Michail Chodorkofski en die tweede grootste aandeelhouer in die maatskappy Joekos, omdat hy in 1994 vermoedelik onwettig ’n aandeel in ’n nuwe staatskunsmisfirma gekry het, het teen die einde van die jaar ontaard in ’n volskaalse vervolging van Joekos en sy bestuur vir bedrog, geldverduistering en belastingontduiking.
In 2003 is ’n nuwe referendum in Tsjetsjnië gehou om ’n nuwe grondwet goed te keur waarvolgens die republiek deel van Rusland word. Tsjetsjnië is stelselmatig gestabiliseer danksy ’n nuwe parlementêre verkiesing en ’n streeksregering. Tydens die Tweede Tsjetsjniese Oorlog is die plaaslike rebellebeweging aansienlik verlam, hoewel sporadiese geweld steeds in die Noord-Kaukasus voorgekom het.
Die voortgesette vervolging van die Joekos-president Michail Chodorkofski, destyds die rykste man in Rusland en een van die rykstes ter wêreld, vir bedrog en belastingontduiking is deur ’n groot deel van die internasionale media beskou as weerwraak vir Chodorkofski se skenkings aan beide liberale en kommunistiese teenstanders van die Kremlin. Joekos is bankrot verklaar en die maatskappy se bates is teen ’n laer prys as die markwaarde op ’n veiling verkoop, met die grootste deel wat deur die staatsmaatskappy Rosneft gekoop is. Chodorkofski is op verskeie aanklagte skuldig bevind en aanvanklik nege jaar tronkstraf opgelê, en later meer. Joekos se lot is in die Weste beskou as ’n teken van ’n klemverskuiwing in Rusland na ’n stelsel van staatskapitalisme.
Poetin is in die Weste en ook deur Russiese liberale gekritiseer vir wat hulle beskou het as ’n grootskaalse ingryping in mediavryheid in Rusland. Op 7 Oktober 2006 is Anna Politkofskaja, ’n joernalis wat korrupsie en vergrype in die Russiese weermag tydens die Tsjetsjniese oorloë ontbloot het, doodgeskiet in die voorportaal van haar woonstelblok. Haar dood het groot opspraak in die Westerse media veroorsaak, met beskuldigings dat Poetin op die allerminste gefaal het daarin om die land se nuwe onafhanklike media te beskerm. Toe Poetin in ’n onderhoud met ’n Duitse TV-kanaal oor die moord uitgevra is, het hy gesê haar dood skaad die Russiese regering meer as wat haar berigte gedoen het.
In Desember 2007 het Verenigde Rusland 64,24 persent van die stemme gekry in ’n parlementêre verkiesing. Hul naaste teenstanders, die Kommunistiese Party, het net sowat 12 persent van die stemme gekry. Dié oorwinning is beskou as sterk steun vir die destydse Russiese leierskap en sy beleidsrigtings.
Volgens die Russiese grondwet kon Poetin nie vir ’n derde termyn verkies word nie. Die eerste onderpremier, Dmitri Medwedef, is verkies tot die nuwe president nadat Poetin hom aangewys het as sy verkose opvolger. Op 8 Mei 2008, die dag nadat Medwedef beëdig is, het hy Poetin as die nuwe premier aangestel en in dié hoedanigheid het Poetin ’n groot deel van sy mag behou.
Met die presidentsverkiesing op 4 Maart 2012 is Poetin weer verkies vir 'n termyn van ses jaar nadat Medwedef die presidensiële termyn tydens sy bewind van vier tot ses jaar verleng het.
Poetin het op 18 Maart sy mening oor die Krim uiteengesit in ’n toespraak waarin hy beweer het die verbanning van Janoekowitsj was ’n "staatsgreep deur (Oekraïense) nasionaliste, neo-Nazi's, Russofobe en anti-Semiete". Hy het ook beweer Rusland en Oekraïne is "een nasie" en dat Rusland altyd die miljoene Russiessprekendes in Oekraïne sou beskerm. Op dieselfde dag het Poetin en die nuwe leiers van die Krim ’n verdrag onderteken wat gelei het tot die anneksasie van die skiereiland deur Rusland.
Ná die Krim-referendum het onrus versprei in die res van Oos-Oekraïne. Op 17 April 2014 het Poetin gesê hy wil nie graag Russiese troepe na Oekraïne stuur nie, maar hy sluit nie die moontlikheid uit nie. Hy het die Oekraïense regering daarvan beskuldig dat hulle ’n "ernstige misdaad" pleeg deur die weermag te gebruik om ’n einde te bring aan die onrus. Hy het ook gesê hy behou hom die reg voor om gewapende magte te gebruik om etniese Russe in "Noworossija" (Nuwe Rusland) te beskerm. Op 7 Mei het Poetin aangekondig Russiese troepe aan die grens van Suidoos-Oekraïne word onttrek.
Volgens Poetin was die Oekraïense verkiesing van 25 Mei 2014 ’n "stap in die regte rigting". Hy het ook gesê die seperatiste in die Volksrepublieke Donetsk en Loegansk in Oos-Oekraïne moes hul 11 Mei-referendum uitstel en sodoende "die regte toestande skep" vir dialoog oor afstigting. Die referendum is egter op 11 Mei gehou en die separatiste het beweer byna 90% het gestem ten gunste van onafhanklikheid. Poetin het gesê hy respekteer die uitslag van die Oekraïense verkiesing in Mei en dat Rusland met die Weste oor Oekraïne wil onderhandel, maar dat die Weste Rusland se aanbod van die hand gewys het.
In sy jaareindtoespraak op 4 Desember 2014 het Poetin gesê die anneksasie van die Krim in Maart 2014 was ’n "historiese gebeurtenis" wat nie omgekeer kan word nie omdat die Krim Rusland se spirituele grond is.
In Februarie 2007 het Poetin die VSA se monopolistiese oorheersing in wêreldbetrekkinge veroordeel en gesê dit kan lei tot ’n wapenwedloop tussen lande. Dié toespraak is gevolg deur maande van spanning tussen die twee lande, maar Russiese en Amerikaanse amptenare het die idee van ’n nuwe Koue Oorlog ontken.
Teen einde 2006 het betrekkinge verder versuur met die vergiftiging van Alexander Litvinenko in Londen. Beskuldigings uit die Litvinenko-kamp is gemaak dat Poetin vir sy moord verantwoordelik was en dat Litvinenko dit self voor sy dood in ’n verklaring beweer het. Kritici het getwyfel of Litvinenko wel die verklaring geskryf het en Poetin self het gesê dis ’n politieke slenter. Daar is later selfs getwyfel of hy wel met polonium vergiftig is soos algemeen in die Britse pers berig is omdat geen amptelike sertifikaat uitgereik is wat dit bevestig nie. In 2012 het Litvinenko se weduwee erken hy het vir die Britse Intelligensiediens gewerk en sy pa het in die openbaar verskoning gevra omdat hy die Russiese regering belaster het. Hy het gesê hy betwyfel nou die weergawe van die gebeure wat hy voorheen geglo het.
’n Reeks sogenaamde kleurrewolusies in voormalige Sowjetrepublieke, soos die Roosrewolusie in 2003 in Georgië, die Oranje Rewolusie in 2004 in die Oekraïne en die Tulprewolusie in 2005 in Kirgisië, het gelei tot wrywing tussen dié lande en Rusland. Daar was ook ’n paar geskille met van sy ander buurlande, soos met die Russiese verbod op die invoer van Moldowiese en Georgiese wyn in 2006. ’n Gasdispuut tussen Rusland en die Oekraïne toe die staatsbeheerde maatskappy Gazprom gas na die Oekraïne afgesny het, het ook daartoe gelei dat ’n paar Europese lande waarheen die Oekraïne Russiese gas herlei, in Januarie 2009 groot gastekorte beleef het.