In die jare 80 begin hy in die geheim aan die ontwikkeling van [[kernwapen]]s in samewerking met [[Israel]]. Ook was hy op militêre gebied verantwoordelik vir die oprigting van [[Koevoet]], ’n elite-eenheid in die grenspolisie. Onder die leiding van Botha tree Suid-Afrika ook toe tot die [[Angolese Burgeroorlog]]. Hy steun die beweging [[UNITA]]. Die stryd in Angola/Namibië duur tot aan die begin van die negentiger jare toe Kubaanse troepe gedwing is om uit die gebied te onttrek.