Die kerkraad van die NG Gemeente Graaff-Reinet, die oudste gemeente in die Oos-Kaap, het op 10 September 1855 ’n versoek behandel tot die afstigting van ’n nuwe gemeente in die omgewing van waar Aberdeen later sou staan, want Aberdeen, soos soveel ander dorpe in die voormalige Kaapland, het ook as kerkdorp tot stand gekom. Op 16 Oktober het die Ring van Graaff-Reinet, die sogenaamde derde ring ná Kaapstad en Swellendam, in sitting op Cradock dan ook formeel tot die afstigting van die gemeente oorgegaan, nadat die versoek van die kerkraad van die gemeente Graaff-Reinet bespreek is. Die gemeente se oorspronklike naam was Brakkefontein. Die plaas met dié naam is deur ’n kommissie wat aangestel is, uitgesoek as ligging vir die dorp en kerk. Ds. Andrew Murray sr. is as konsulent aangewys.
’n Kerkgeboutjie is opgerig, maar die dorpie het baie stadig gegroei. Op 21 Januarie 1856 is die heer Swarts aangestel as die eerste voorleser, koster en skoolmeester van die dorp teen ’n salaris van £50 per jaar. Ná jare van vrugtelose beroepe in die tyd toe leraars vir die NG Kerk bitter skaars was, het ds. T.M. Gray tog in 1862 op 21 September sy amp hier aanvaar, sewe jaar ná die stigting van die gemeente. Gedurende sy bediening is die eerste kerk gebou. In 1866 het ds. H.D. Cilliers die herderstaf by hom kom oorneem. Tot in 1917 het dié predikant getrou op Aberdeen gearbei, dus ruim 53 jaar, wat beteken hy moes al goed oor die 70 jaar oud gewees het ten tyde van sy demissie.