Die Alpe het gedurende die tersiêre geologiese tydperk ontstaan, toe die oorspronklike vasteland van Afrika noordwaarts beweeg en die sedimentafsettings van die Middellandse See sodoende eers saamgepers en daarna geplooi het. Hierdie geologiese aktiwiteite is nog steeds aan die gang en lei tot 'n klein, jaarlikse styging van die gebergte se hoogte.
As 'n waterskeiding en klimatologiese grensgebied skei die Alpe die stroomgebiede van die Noordsee, die Middellandse See en die Swart See en die klimaatsones van die maritieme gebied in die weste, die kontinentale in die noorde en ooste en die gematigde Mediterreense gebied in die suide van mekaar. Die bergreeks is die brongebied van groot Europese riviere soos die Inn, Po, Rhône en Ryn.