Die verval van Koesj in die 4de eeu n.C. ná ’n bestaan van meer as duisend jaar is voorafgegaan deur ’n inval deur Ethiopië se Koninkryk Aksoem. Daarna het die Christelike koninkryke Nobatië, Makoerië en Alodië in sy plek ontstaan. Die twee laastes het ook omtrent ’n millennium lank bestaan. Hulle eindelike verval in die 16de eeu het gelei tot die verdeling van Nubië in die noordelike helfte, wat deur die Ottomaanse Ryk verower is, en die suidelike helfte, wat deur die Sennar-sultanaat oorgeneem is – asook die vinnige islamisering en gedeeltelike arabisering van die Nubiese volk. Nubië is in die 19de eeu herenig. Vandag is die streek tussen Egipte en Soedan verdeel.
Rondom die einde van die protodinastiese tydperk het Naqada blykbaar, in sy poging om die Nylvallei te verenig, Ta-Seti (waar Qustul geleë was) verower en dit met Egipte geharmonieer. Nubië het dus die eerste nomos (administratiewe afdeling) van Bo-Egipte geword. Dit lyk of die hele A-groep-streek met die tyd van die 1ste Dinastie ontvolk was, waarskynlik weens migrasie na die weste en suide.
Die A-groep-kultuur het begin afneem in die vroeë 28ste eeu v.C. Die Amerikaanse argeoloog George Reisner het voorgestel dat die plek daarvan ingeneem is deur ’n kultuur wat hy die "B-groep" noem, maar die meeste argeoloë glo daar het nie so ’n kultuur bestaan nie en dat die streek tussen omstreeks 3000 en 2500 v.C. ontvolk geraak het. Die rede kan Egiptiese invalle en strooptogte wees wat in dié tyd begin het.
In die Middelryk van Egipte het "Medjay" nie meer na ’n distrik verwys nie, maar na ’n clan of volk. Dit is nie bekend wat van die distrik geword het nie, maar ná die Eerste Oorgangstydperk kom dit en ander distrikte in Nubië nie meer in die geskrewe rekords voor nie. Geskrifte noem die Medjay as ’n nomadiese woestynvolk. Mettertyd is hulle in die Egiptiese weermag opgeneem. Daar was hulle garnisoentroepe in Egiptiese versterkings in Nubië en het hulle die woestyne gepatrolleer. Later is hulle selfs gebruik in Kamoses se veldtog teen die Hyksos en het hulle instrumenteel geword in die omskepping van Egipte in ’n militêre mag.
In die 18de Dinastie van die Nuwe Ryk was die Medjay ’n paramilitêre elitepolisiemag. Die term het nie meer na ’n etniese groep verwys nie en mettertyd het dit sinoniem geword met polisiëring in die algemeen. As ’n elitepolisiemag is hulle dikwels gebruik om waardevolle gebiede te beskerm, veral koninklike en godsdienstige komplekse.
Verskeie farao's van Nubiese herkoms het volgens Egiptoloë in verskeie tydperke ’n belangrike rol in Egipte gespeel, veral die 12de Dinastie. Hulle het sake op ’n eg Egiptiese manier hanteer, en dit het die groot kulturele invloede tussen die streke weerspieël.
Die eerste koninkryk wat ’n groot deel van die streek verenig het, was die Kermakultuur, genoem na die stad Kerma, wat vermoedelik die hoofstad was. Dit was een van die vroegste stedelike sentrums in die Nylstreek en die inwoners het óf een van die Koesjitiese tale gepraat óf, volgens onlangser navorsing, ’n Oos-Soedannese taal van die Nyl-Saharataalfamilie.
Toe die Egiptenare aan die Napata-streek onttrek, het hulle ’n blywende nalatenskap agtergelaat wat met plaaslike gebruike gemeng geraak het – die gevolg was die Koninkryk Koesj. Aregoloë het verskeie grafte in die gebied ontdek wat lyk of hulle plaaslike leiers s’n was. Die Koesjiete is daar begrawe kort nadat Egipte die Nubiese front gedekoloniseer het. Koesj het baie Egiptiese gebruike oorgeneem, soos hulle godsdiens en die rituele offering van slawe. Koesj het onder Pije Egipte verower en in die 8ste eeu v.C. oor die land geheers as die 25ste Dinastie.
Strabo beskryf ’n botsing met die Romeinse Ryk waarin die Romeine die Nubiërs verslaan het. Volgens Strabo het Gaius Petronius (in dié tyd ’n Romeinse prefek van Egipte) met ’n groot leër suidwaarts opgeruk. Hulle het naby Thebe met die Koesjiete slaags geraak en hulle gedwing om na Koesj terug te trek. Petronius het toe ’n afvaardiging na die Koesjiete gestuur om oor ’n vredesooreenkoms te besluit en sekere eise te stel. Toe die Koesjiete ná drie dae nie reageer nie, het Petronius na die Koesjitiese stad Premnis (die hedendaagse Karanog) opgeruk. Van daar is hy na Napata, die tweede hoofstad naas Meroë, en het hy dit verwoes. Volgens Strabo het Petronius die inwoners gevange geneem.
Die een of ander tyd in die 4de eeu n.C. is die streek verower deur die Noba, van waar die naam "Nubië" dalk kom. Die Romeine het daarna na die streek as "Nobatia" verwys.
In die 14de eeu het die Dongola-regering verval. Die streek is verdeel en deur Arabiere oorheers. In die volgende eeue was daar verskeie Arabiese invalle in die gebied, sowel as die stigting van ’n paar klein koninkryke. Noord-Nubië het onder Egiptiese beheer gekom, terwyl die suide van die 16de eeu af deur die Koninkryk Sennar beheer is.
Die hele gebied het onder Egiptiese beheer gekom tydens die bewind van Mohammed Ali in die vroeë 19de eeu, en het later ’n gesamentlike Anglo-Egiptiese kondominium geword.