Benewens die feit dat dit Benin se grootste stad is, is dit die setel van die regering, hoewel Porto-Novo die amptelike hoofstad is. Dit is die tuiste van die meeste van die land se regeringsgeboue en diplomatieke missies.
Die naam "Cotonou" beteken "by die rivier van die dood" in die Fon-taal. Aan die begin van die 19de eeu was Cotonou (destyds 'Kutonou' gespel) 'n klein vissersdorpie en word vermoedelik in 1830 deur koning Ghezo van Dahomey gestig. Dit het gegroei as 'n sentrum vir die slawehandel, en later palmolie en katoen. In 1851 het die Franse Tweede Republiek 'n verdrag met koning Ghezo gesluit wat hulle in staat gestel het om 'n handelspos op Cotonou te vestig. Gedurende die heerskappy van Koning Glele (1858-89), is die gebied afgestaan aan die Tweede Republiek deur 'n verdrag wat in 1878 onderteken is. In 1883 het die Franse vloot die stad beset om die verowering van die gebied deur die Britse regering te voorkom. Na Glele se dood in 1889 het koning Béhanzin onsuksesvol probeer om die verdrag uit te daag. Die stad het vinnig gegroei na die bou van die hawe in 1908. 
Cotonou is aan die kusstrook tussen Nokoué-meer en die Atlantiese Oseaan. Die stad word in twee gesny deur 'n kanaal, die strandmeer Cotonou, wat in 1855 deur die Franse gegrawe is. Drie brûe is in hierdie gebied. Die Ouémé-rivier vloei by Cotonou in die Atlantiese Oseaan uit.
In die Missebo-gebied is 'n tekstielmark van Afrika-afdrukke wat hoofsaaklik deur Indiese groothandelaars en kleinhandelaars hanteer word.