Hy is gebore in Dresden, Duitsland, op 10 Mei 1614 as Zacharias Wagner. Op 19-jarige leeftyd reis hy met die goedkeuring van sy ouers na Hamburg, waar hy egter besef dat dáár geen moontlikheid bestaan om sy reisplanne 'n werklikheid te maak nie. Hy gaan toe na Amsterdam, waar hy vir 'n jaar werk as skrywer by die boekhandelaar Willem Jansen Blaeu. Hier begin hy belangstel in skets en teken. Op 26-jarige leeftyd tree hy in diens van die Hollands-Wes-Indiese Kompanjie en op aanbeveling van die boekhandelaar word hy aangestel as soldaat op die “Amsterdam”, 'n groot oorlogskip op pad na Mauritsstad (vandag Recife) in Nieu-Holland (Nederlands-Brasilië). Kort na sy aankoms verlaat hy die militêre diens en begin werk as skrywer vir die destydse goewerneur-generaal van Nieu-Holland, Johan Maurits, wat wetenskaplikes en kunstenaars aangemoedig en bevorder het.
Gedurende sy verblyf in Brasilië is hy op verskeie ekspidisies waar hy saam met de Laet en Casparus Barlaeus werk aan hulle boeke oor Brasilië.
Hierna word hy in 1662 na die Kaap oorgeplaas. Hy het 'n heeltemal ander geaardheid as Van Riebeeck gehad. Hy was reeds taamlik bejaard, ernstig en nie lus vir harde werk toe hy as kommandeur aangestel is. Hy was taamlik onbekwaam en bowendien sieklik.
Die eerste aangetekende waterskema (’n klip- en baksteenstruktuur met 'n houtsluis) is gebou op 'n stroom aan die voet van Tafelberg (1663).
'n Paar maande nadat daar begin is met die oprigting van die kasteel, sterf Wagenaer se vrou, Marie Aux Brebis, en word begrawe in 'n kerkie op die bouterrein.
In 1663 het Wagenaer die kwota drank wat 'n persoon per maand uit die Kompanjie se magasyn kon kry, tot 4 kanne wyn en twee kanne brandewyn beperk, alhoewel daar vir feesgeleenthede uitsonderings gemaak kon word.
Wagenaer is op 27 September 1666 opgevolg deur Cornelis van Quaelbergen en hy is op 12 Oktober 1668 in Amsterdam oorlede, nadat hy eers weer in diens van die V.O.C. na die Ryk van Mataram op Java, asook Kanton gestuur is. Hy word onthou vir die som geld wat hy in sy testament aan die armes aan die Kaap nagelaat het.