Die konklaaf vir die verkiesing van die 242ste pous het vyf maande geduur. Nog die Franse en nog die Duitse kardinale kon die vereiste meerderheid vir hulle kandidaat kry nie en Pignatelli is as kompromis-kandidaat verkies.
Pous Innocentius XII het dadelik begin met hervormings. Hy was sterk gekant teen die beleid van nepotisme wat die Vatikaan reeds lank gepla het. In die bul Romanum decet Pontificem van 22 Junie 1692 skaf hy die pos van kardinaal-nepoot af en verbied alle toekomstige pouse om geldelike steun aan hulle familie te gee en stel die maksimum aantal familielede wat kardinaal mag word op slegs een. Hy weier om die aartsbiskop van Tarente as kardinaal aan te stel omdat die aartsbiskop 'n familielid van hom was. Hy het ook streng opgetree teen die simonie van die Apostoliese kamer en het sy eie huishouding baie sober ingerig. Hy het priesters aangesê om die soetane (Rooms Katolieke priesterkleed) te dra en om 'n geestelike lewe te lei.
In die Kerklike Staat het hy ook hervormings aangebring veral wat betref die regstelsel waar hy die Forum Innocentianum (Forum vir die Onskuldiges) gestig het.