​Die Universiteit Stellenbosch Botaniese Tuin huisves verskeie plantversamelings, van inheemse en uitheemse spesies tot bonsai. Die Tuin het onlangs 'n nuwe versamelings-bestuursisteem (IrisBG) geimplementeer wat ook hierdie inligting vir besoekers ontsluit via Tuinverkenner. Die Tuin se versamelings sluit onder andere die volgende in:
Die bonsai- en penjing-versameling het reeds in die 1960's begin maar het eers 'n toegewyde ruimte in 1972 gekry toe die versamelings van Becky Lucas en later Gerjo van der Merwe aan die Tuin geskenk is. Meer onlangs is die bonsai van Louis Nel ook op permanente uitstalling. Die versameling sluit in verskeie uitstekende voorbeelde van Afrika bonsai-style soos die platkroon- en kremetartstyle asook 'n verskeidenheid van inheemse en uitheemse boom-spesies, van olienhout (Olea europaea subsp. africana) tot die rooihout (Sequoia sempervirens). Die versameling huisves van die oudste bonsai van sommige van die eerste bonsai-entoesiaste in Suid-Afrika. Een van die oudste bonsai op uitstalling is 'n denneboom (Pinus sp.) wat uit 1940 dateer. Die Boland Bonsai Kai en hulle span vrywilligers help met die spesialis versorging van hierdie bonsai-versameling.
Hierdie versameling van Oxalis is in 2001 begin en het so uitgebrei dat dit tans ongeveer 70% van suidelike Afrika se spesies verteenwoordig. Die versameling sluit ook vyf spesies van buite Suid-Afrika, ongeveer tien spesies wat onlangs beskryf is, en 16 spesies wat nuut is vir die wetenskap en tans beskryf word. Dit dien as 'n verwysings- en navorsing-versameling en huisves byna al die eksemplare wat ingesluit is in die spesie-vlak molekulêre filogenetiese rekonstruksie van Oxalis van suidelike Afrika. Dit bly dien as 'n versameling vir morfologiese en molekulêre sistematiek navorsing vir die genus. Tot dusver het 8 M.Sc. en 2 Ph.D studente gebruik gemaak van die versameling en 19 navorsingsartikels is gekoppel aan die plante in die versameling.
'n Uitgebreide Pelargonium-versameling is opgebou deur Prof J.J.A. van der Walt gedurende die 1970s tot 1990s. Hierdie versameling het die basis gevorm van sy Pelargonium sistematiek-navorsing en het die meeste spesies van die genus ingelsuit wat herken is gedurende die periode. Vir die meer varieerbare spesies is 'n aantal duplikaat-eksemplare ingelsuit om hierdie variasie te reflekteer. Die Pelargonium-navorsing is dramaties afgeskaal na Prof Van der Walt se aftrede en die hoofversameling opgebreek en verskeie van hierdie plante is in die Tuin geinkorporeer. Die Departement Plant- en Dierkunde onderhou steeds 'n uitgebreide Pelargonium herbarium-versameling en rekords van die versameling word bewaar as boekrekords binne die Departement.