Lank gelede, iewers in die 12de eeu, het lede van die Toeareg-stam van Afrika elke somer migreer na ’n spesiale plek langs die Niger-rivier. Dit was soveel anders as die soutmyne van die Saharawoestyn waar hulle die res van die jaar gewerk het. Daar was groen grasvelde en ’n vlak put met skoon, soet water.
Gedurende die volgende paar honderd jaar het Timboektoe gegroei van ’n versameling tente en modderhutte na ’n bedrywige handelspos met mense van verskeie kulture.
Timboektoe het reeds vroeg in die veertiende eeu ’n literêre kultuur van skryf en boekversameling gehad. Leo Africanus (regte naam Hassan Mohammed Al Wazzan Al Zayati) skryf in 1526 in Die geskiedenis en beskrywing van Afrika en die noemenswaardige dinge daarin van markte vol goedere van oraloor die wêreld. Hy skryf dat sowat 25 000 van die stad se 100 000 inwoners studente is. Dat daar 180 opvoedkundige instansies is, met die Universiteit van Sankoré wat die beste is. In die tyd wat Europa in die Middeleeue vasgevang was, het daar in Timboektoe ’n gesofistikeerde, vrydenkende samelewing bestaan.
Daar is ’n Soedannese spreekwoord van daardie tyd wat sê: “Sout kom van die noorde, goud van die suide en silwer van die land van die wit man, maar die woord van God en die skatte van wysheid word slegs in Timboektoe gevind”.
Die Songhai Ryk was geleë in die Sahel, ’n grensgebied in Afrika tussen die Saharawoestyn in die noorde en ’n meer vrugbare gebied in die suide. Behalwe die Songhai Ryk het die Sahel ook die Ghana Ryk en die Mali Ryk ingesluit.
In 1591 tref ’n nuwe golf geweld Timboektoe. Sultan Ahmad I al-Mansur Saadi van Marokko stuur sy leër suid om die skatte van die Songhai Ryk te plunder. Die Shongai perderuiters het hul bes gedoen, maar hulle was nie opgewasse teen die moderne vuurwapens van die vyand nie. Timboektoe is van sy rykdom beroof en die stad is vir drie jaar lank deur die Marokkane beset. Vir ’n dekade daarna was daar nog gevegte in die area.
In 1959 word die Mali Federasie gestig wat in 1960 onafhanklikheid van Frankryk verkry. Dit het bestaan uit Mali en Senegal. Senegal het na ’n paar maande uit die federasie onttrek en so ontstaan die Republiek van Mali, ’n land met die tweede grootste grondgebied van al die state in Wes-Afrika – ’n groot deel lê in die Saharawoestyn.
Timboektoe ontvang in November 2012 besoek van Suid-Afrika se president Thabo Mbeki. Hy is so beïndruk met die werk van die Ahmed Baba Instituut dat hy Suid-Afrika se Nasionale Argief opdrag gee om die instituut te help met die bewaring van hul manuskripte.
In die Westerse wêreld is daar lank nie geglo Timboektoe bestaan werklik nie. Die legendes was vir baie Westerlinge net te goed om te glo. Die naam Timboektoe ’n metafoor vir ’n vêrafgeleë plek geword.
Timboektoe is in 1988 as ’n Wêreld Erfenisgebied verklaar. In 2012 is die stad gelys as deel van Wêrelderfenis wat in gevaar verkeer.