Hy was ’n suksesvolle soldaat uit ’n militêre familie en is omstreeks 1216 deur keiser Theodorus I Laskaris gekies as die tweede man van sy dogter, Irene Laskarina, en erfgenaam van die troon ná die dood van haar eerste man, Andronikos Palaiologos. Hierdie reëling het lede van die Laskaris-familie van die troonopvolging uitgesluit en toe Johannes III in Desember 1221 keiser word, moes hy teenstand teen sy bewind onderdruk. Die stryd het in 1224 geëindig toe hy sy teenstanders verslaan het ondanks steun van die Latynse Ryk van Konstantinopel.
In 1241 het Johannes voordeel getrek uit Iwan Asen II se dood om in 1242 sy eie opperheerskappy oor Tessalonika te vestig en die stad later te annekseer, sowel as ’n groot deel van die Bulgaarse Thracië in 1246. In 1247 het Johannes ’n effektiewe vesting teen Konstantinopel gebou.
Hy was in beide oorlogs- en vredestyd ’n aktiewe leier en het daarop aanspraak gemaak dat hy die ware erfgenaam van die Romeinse Ryk was.