In 1996 word hy Sekretaris-Generaal van die Verenigde Nasies. Die Koue Oorlog is verby en hierdie organisasie soek na sy nuwe rol in die wêreld. Hy is die eerste sekretaris-generaal van 'n land in Afrika en van die Arabiese wêreld. Hy probeer die groot probleme in Somalië aan te pak, veral die hongersnood die daar uitbreek, maar die resultate is nie bevredigend nie. Ook die situasies in Bosnië en Rwanda kan hy nie ontlont nie.
Hy poog ook die organisasie van die VN te hervorm. Hy ontslaan mense of verlaag hulle posisie op 'n manier wat hom die bynaam 'die farao' verleen.