Hy was die seun van Archibald Napier, 'n bekende waarnemende regter en eienaar van die Skotse landgoed Merchiston. John studeer aan die St Andrews universiteit, maar spandeer ook 'n geruime tyd in ander Europese lande waar hy vermoedelik sy studies voortgesit het.
Hy was 'n oortuigde protestant en het 'n passie vir teologie gehad. In 1593 publiseer hy 'n religieuse werk met die titel Plaine Discovery of the Whole Revelation of St. John wat in Nederlands, Frans en Duits vertaal is, waarna hy ook op die vasteland bekendheid verwerf het.