Die prentjie wat dikwels van Calvyn geteken word, is dié van ’n geharde juris en teoloog vir wie die orde van die kerk en dogma alles was. Calvyn het egter ook ’n ander kant gehad – die van pastor en prediker. Dit laat sommige historici opmerk dat die hart van Calvyn se werk in Genève die beste sigbaar word in sy bediening vanaf die preekstoel.
Sy gebruik was om op Sondae uit die Nuwe Testament en gedurende die week uit die Ou Testament te preek. Soms het hy ook op ’n Sondagmiddag tyd afge­staan aan die uitleg van die Psalms.
Deur sy pen het hy onder meer ook die geestelike mentor en pastor vir die Protestantse adel en baie van die leiers van die Reformasie in ander lande geword. Hoewel sy humeur en opvlieënde geaardheid uit van sy briewe duidelik word, dui die pastorale begeleiding daarin op ’n meer sagmoedige pastor.
Dat Calvyn veral aan die einde van sy lewe met sy gesondheid gesukkel het, is bekend. Hy vertel self van sy stryd met tuberkulose, jig, ’n swak maag en nier­stene. Ten spyte van sy swak gesondheid, het hy onverpoosd gewerk.
Teen 1549 het hy reeds kommentare oor al die Pauliniese boeke van die Nuwe Testament geskryf en teen 1555 het hy kommentare oor al die ander boeke, uitsluitend Openbaring, voltooi. Te midde van ver­swakkende gesondheid het hy in 1558 finale wysigings aan die Latynse weergawe van sy groot passie, sy Institusie, aangebring.
Kort voor sy dood op 27 Mei 1564 skryf hy aan Farel: “Ek haal swaar asem en elke oomblik verwag ek dat dit dalk my laaste kan wees. Dit is genoeg dat ek leef en sterf vir Christus wie vir al sy volgelinge ’n wins in lewe en in sterwe is. Ek groet jou en al jou broers.”