Panoramiese uitsig deur Caesar Henkel oor Mthatha in 1913 met die Mthatharivier op die voorgrond en die Drakensberge op die agtergrond.
Die dorp het ontstaan om 'n buffersone te vorm, aangesien daar destyds groot onmin tussen die Pondo- en Temboestamme was. In 1875 is 'n magistraatkantoor geopen met JF Boyes as die eerste magistraat. Die dorp is in 1879 ontwikkel op die oewers van die Mthatharivier en het drie jaar later munisipale status verkry. Dit was 'n militêre kamp vir die Britse koloniale magte rondom 1882.
Mthatha word later die administratiewe hoofstad van die area en huisves beide die Anglikaanse en Rooms-Katolieke Kerk se katedrale. Dit word die setel van tradisionele owerhede tussen 1965 en 1970's en 'n nuwe parlementsgebou vir die Transkei word gebou, tot vandag toe bekend as die Bunga.
'n Tak van die Universiteit van Fort Hare is destyds op die dorp geopen en na onafhanklikheid van die Transkei in 1977 word dit die Universiteit van Transkei, wat sedertdien saamgesmelt het as die Walter Sisulu Universiteit vir Wetenskap en Tegnologie.