Die amptelike verklaring van die professionalisering van rugby in Augustus 1995 het gely tot ’n herstrukturering van die Super 10 kompetisie. Na die sukses van die Wêreldbeker in 1995 het die Australiese, Nieu-Seelandse en Suid-Afrikaanse Rugbyrade SANZAR (Suid-Afrikaanse, Nieu-Seelandse en Australiese Rugby) gestig om ’n jaarlikse 12-span provinsiale kompetisie te administreer waarin streekspanne van die drie nasies teen mekaar sou speel. Hiermee saam is besluit om ’n jaarlikse Drienasies Toetsreeks tussen die drie lande te hou. ’n Noemenswaardige rede vir die ontwikkeling van die Super 12 was die bedreiging vir rugby van die ander voetbalsport, rugby league. Deur die instelling van die Super 12 het die drie rade ’n produk gehad waarna die vraag hoog was (veral vir televisie), wat hulle in staat gestel het om ’n 10-jaar kontrak te sluit met News Corp vir eksklusiewe uitsaairegte van VS$ 555 miljoen. Dit het die unies dekking en finansiële ondersteuning gebied om die kompetisie te begin.
Sedert die vroeë 2000’s het Australië begin vra vir die insluiting van ’n vierde Australiese span en Suid-Afrika vir ’n vyfde Suid-Afrikaanse span. Daar was ook gissings oor die insluiting van ’n span van die Suidsee-nasies soos Fidji; of ’n gekombineerde Suidsee-eilandespan van Fidji, Samoa en Tonga. Argentinië het ook navraag gedoen om insluiting in die Super 12.
In September 2004 het SANZAR met onderhandelinge begin vir 'n nuwe televisiekontrak wat in 2006 in werking sou tree. Daardie Desember het SANZAR aangekondig dat 'n nuwe TV-kontrak onderteken is met News Corporation wat die uitsaairegte vir die Verenigde Koninkryk, Australië en Nieu-Seeland bekom het en Supersport vir Suid-Afrika. Die kontrak was V$323 miljoen oor vyf jaar werd, wat 'n 16% jaarlikse styging is in vergelyking met die vorige kontrak. Dit dek internasionale sowel as Super 14-wedstryde. SANZAR kon self nog ander transaksies met lande soos Frankryk, Japan en Amerika sluit.
In 2005 is bevestig dat die nuwe Australiese span in die kompetisie die Western Force, met hul basis in Perth sou wees. Die toevoeging van 'n nuwe Suid-Afrikaanse span het egter tot onmin gelei, en selfs die regering het ingemeng. Uiteindelik is die vyf Suid-Afrikaanse spanne vasgestel en daar is besluit om die vier bestaande spanne te hou met die toevoeging van die Cheetahs, met hul basis in Bloemfontein.
Vir die 2007-seisoen het 22 All Blacks die kompetisie se eerste sewe rondtes misgeloop as deel van 'n All Black-"kondisioneringsprogram". Hierdie program was deel van die All Blacks se voorbereidings vir die Rugbywêreldbeker 2007 en elke Nieu-Seelandse konsessie moes sonder sy sleutelspelers klaarkom in die eerste sewe rondtes. Aan die einde van die seisoen kon geen Australiese span deurdring tot die uitspeelwedstryde nie (die eerste keer sedert 1998). Alhoewel die Brumbies goed vertoon het en die Western Force baie beter vertoon het, was dit nie 'n goeie jaar vir die Reds en die Waratahs nie, wat onderskeidelik laaste en tweede laaste geëindig het. Met die terugkeer van die 22 All Blacks kon die Nieu-Seelandse spanne steeds nie hul volle sterkte bereik nie en die seisoen se kompetisie is vir die eerste keer deur 'n Suid-Afrikaanse span gewen. Die Sharks (tweede op die punteleer) en die Bulls (bo-aan die punteleer) het dinge uitgespook om die trofee. Die eindwedstryd is op die ABSA-stadion in Durban deur die Bulls met 20–19 gewen.
In Augustus 2006 het die Hooggeregshof van Suid-Afrika beslis dat die Spears 'n geldige kontrak met SANZAR en SARU gehad het om aan die Super 14 en die Curriebeker deel te neem. Weens die unie se finansiële en administratiewe probleme is in November 2006 'n ooreenkoms bereik. Die Spears het hul regsaak laat vaar en sal bly voortbestaan maar hulle sal nie deelneem in die Super 14 nie. Alhoewel daar geen amptelike verbintenis is nie, is die oorblyfsels van die Spears omgeskakel in die Southern Kings. Die Kings se aansoek om aan die 2011-seisoen deel te neem het misluk. Hulle het verloor teen die Melbourne Rebels.
Op 16 Augustus 2012 is bekendgemaak dat die Lions nie aan die 2013 Superrugbyseisoen gaan deelneem nie. Die span is weens sy teleurstellende seisoen in 2012 weggelaat ten koste van die Southern Kings. Die span het egter na afloop van die 2013-seisoen in twee promosie/relegasiewedstryde die Kings, die swakste span in die Suid-Afrikaanse groep, geklop, om weer ingesluit te word vir die 2014-toernooi.