Die is twee stories oor hoe die dorp sy naam verkry het, beide uit die Voortrekkerdae. Volgens een storie het twee manne met die dieselfde van nl. De Clerq gaan jag, 'n hartbees gekwes en dit dood by 'n fontein gevind wat hulle toe Hartbeesfontein genoem het. Volgens die tweede storie het die Voortrekkerleier Hendrik Potgieter sommige van sy mense hier agtergelaat om 'n strafekspedisie teen Silkaats te lei. Een van die manne was toe verveeld en het gaan jag. Hy het 'n hartbees gekwes, dit agterna gesit en op 'n borrelende fontein afgekom. Na die veldtog het hy teruggekeer na die gebied en 'n plaas verkry wat hy toe Hartbeesfontein noem.
Tydens die Tweede Vryheidsoorlog het hier op 18 Februarie 1901 'n geveg plaasgevind tussen 'n Boerekommando en lord Paul Methuen.
Die plaas het verskeie kere van eienaar verwissel. Uiteindelik het die eienaar HF Moller die grond onderverdeel vir 'n dorp wat in 1955 geproklameer is.