Na die dood van Pous Clemens II in Julie 1047 het die Tusculum faksie weer sy mag laat geld en met die steun van Bonifatius, Markgraaf van Toskane, het hulle weer Benedictus IX pous gemaak. Op Kersdag 1047 het die gesante van Rome vir die keiser Hendrik III die nuus van Clemens se dood gebring en gevra dat hy iemand moet aanstel. Die gesante het, soos hulle opgedra is, vir Halinard, aartsbiskop van Lyon voorgestel. Die keiser het egter Poppo von Brixen aangestel as Pous Damasus II. Die keiser het Bonifatius opdrag gegee om Damasus na Rome te neem. Bonifatius het aanvanklik geweier omdat hy Benedictus verkies het, maar die keiser het sy voet neergesit. Na 'n baie kort pontifikaat van slegs 24 dae sterf die pous waarskynlik aan malaria, in Palestrina waarheen hy gereis het om aan die somerhitte in Rome te ontsnap.