Johan Anthoniszoon van Riebeeck is in Culemborg gebore, 'n welvarende en bedrywige stadjie aan die rivier Lek. Ook sy vader, Anthony Janszoon van Riebeeck, is hier gebore en het hom hier as chirurgyn bekwaam.
Jan van Riebeeck se moeder, Elisabeth van Gaesbeeck, het uit 'n gerespekteerde en geliefde familie in Culemborg gespruit. Haar vader, Govert Anthoniszoon van Gaesbeeck, was prokureur en het in die huis De Fonteyn gewoon. Hierdie huis met sy sierlike trapgewels is in 1970 gerestoureer en is later genoem die Van Riebeech-huis, hoewel Jan van Riebeeck waarskynlik nie hier gebore is nie.
Na sy geboorte is hy in die St Barbara-kerk in Culemborg gedoop. Hy was egter maar drie jaar oud toe die gesin na Schiedam verhuis het waar sy suster, Geertruy, in 1623 gebore is. Hierdie suster aan wie hy baie geheg was, sou later saam met haar man, die sieketrooster Pieter van der Stael, ook na die Kaap kom.
Jan van Riebeeck se moeder is in 1629 oorlede in Schiedam. Jare later – in 1648 – sou hy ook sy toekomstige eggenote, Maria de la Quellerie, hier ontmoet.
As jong seun het Jan sy vader op sy reise as skeepschirurgyn vergesel. Moontlik het hy toe al die drang na die onbekende ondervind wat hom in 1652 na die Kaap de Goede Hoop sou bring as stigter van die Westerse beskawing in Suid-Afrika.
Na sy verbly van tien jaar aan die Kaap, waar hy die grondslag van die Christelik-Westerse beskawing gelê het, vertrek hy en sy gesin op 7 Mei 1662 met die Mars na Batavia.
In Batavia het hy verskeie poste beklee maar die een wat hy hartgrondelik begeer het, Raad-extraordinaris van Indië, is nooit aan hom toegeken nie.
Hy sterf nadat hy maande bedlêend was, op 19 Januarie 1677 en word met groot eerbetoon begrawe. Die brokstukke van sy grafsteen word in 1897 ontdek en in 1913 deur bemiddeling van J de V Roos aan die Suid-Afrikaanse Museum in Kaapstad geskenk. Dit is later gerestoureer en word saam met die grafsteen van sy vrou, Maria, in die Suid-Afrikaanse Kultuurhistoriese Museum in Kaapstad bewaar.