Die plek waar Cooktown vandag geleë is was die ontmoetingsplek van twee wyduiteenlopende kulture toe die beskadigde seilskip HMS Bark Endeavour teen die kusgebied van die Guugu Yimithirrstam opgeseil het soekend na 'n veilige hawe, na hul skeepsromp ernstig beskadig is toe dit teen die Endeavour-rif, suid van Cooktown, vasgevaar het.
Na etlike weke het Banks van die plaaslike mense ontmoet en met hulle gepraat en sowat 50 woorde van die Guugu Yimithirrtaal opgeteken, insluitende die naam vir die verstommende dier wat die inboorlinge 'n gangarru genoem het. Die kangaroe is vir die eerste keer deur Europeërs waargeneem by Grassy Hill tydens hierdie vaart.
Cook het die rivier “Endeavour” na sy skip vernoem, en met sy noordwaartse vaart het hy die 'Queen Anne Jack' gehys en die hele ooskus van Australië vir Brittanje opgeëis. Hy het ook die Cape York-skiereiland na die Graaf van York vernoem.