Vroeg in sy loopbaan is hy deur Alexander von Humboldt (1769–1859) versoek om diere te beskryf en te klassifiseer, wat laasgenoemde op sy reistogte in die Amerikaanse trope gevind het. Dit het tot 'n lewenslange vriendskap tussen die twee gelei. Valenciennes is die binomiale kenner van verskeie visspesies.