In 1971 het Harnoncourt 'n gesamentlike projek van stapel gestuur saam met die dirigent Gustav Leonhardt om Bach se volledige kantates op te neem. Die Bach kantatas (Teldec) projek was uiteindelik in 1990 voltooi en was die enigste kantate-siklus om gebruik te maak van alleen manlike koor en soliste, met die uitsondering van kantates Jauchzet Gott in allen Landen, BWV 51 en Mein Herze schwimmt im Blut, BWV 199 wat bedoel was vir 'n vroulike sopraanstem. Hy het ook die eerste histories-ingeligte opnames van Bach se Mis in B mineur (1968) en sy Mattheuspassie (1970) gemaak. In 2001 was 'n opname van die Mattheuspassie met die Arnold Schoenberg Koor vrygestel wat kritiese lof ontvang het en die gehele partituur van die stuk in Bach se eie handskrif op 'n CD-ROM bevat het. Dit was sy derde opname van die werk.
Op 5 Desember 2015, te wete een dag voor sy 86ste verjaardag, het Harnoncourt sy aftrede afgekondig via sy webwerf. "My liggaamlike krag vereis dat ek my toekomstige planne kanselleer," het hy op 'n handgeskrewe brief geskryf wat deel was van die program (op sy 86ste verjaardag) bestaande uit 'n konsert deur die Concentus Musicus Wien.