Vanweë sy kennis van Grieks was hy voor sy verkiesing aangestel as die pouslike afgevaardigde na die sesde Ekumeniese konsilie van Konstantinopel. Die pous het goeie betrekkinge gehad met die nuwe keiser Justinianus II en het verskeie gunste van hom vir die Roomse Kerk verkry. Hy het ook daarin geslaag om die biskoppe van Sardinië aan die pous ondergeskik te maak. Pous Johannes V was vir die grootste gedeelte van sy pontifikaat bedlêend.