Die stad is in 1889 gestig as 'n Franse militêre pos aan die Ubangiririvier binne die Franse kolonie Haut-Oubangui (later Oubangui-Chari; Upper Oubangui), wat later deel geword het van die Franse Ekwatoriaal-Afrika. Die naam van die plek is afgelei van plaaslike stroomversnellings. Bangui was die administratiewe sentrum van die gebied sedert die koloniale tyd en sedert die onafhanklikheid van die Sentraal-Afrikaanse Republiek in 1960. In 1979 is die diktator Jean-Bédel Bokassa, wat van kannibalisme beskuldig is, tydens 'n buitelandse reis omvergewerp. Tydens die plaaslike verkiesing in 1981 het daar gevegte uitgebreek tussen die ondersteuners van die tussentydse president David Dacko en die stafhoof van die leër, André Kolingba. Laasgenoemde het 'n beleg van die stad verklaar en 'n staatsgreep uitgevoer. Hy het toe 12 jaar lank die mag in die land gehad.
In 1996 breek daar 'n opstand onder 200 soldate van die leër uit, hierdie keer teen die bewind van diktator Ange-Félix Patassé, die opvolger van Kolingba. Franse ingrypingsmagte het die opstamd egter verpletter en Patassé se mag as president herstel. Tydens die opstand is die stad egter geplunder en meer as 50 mense is dood. In Junie 1997 het daar weer gevegte uitgebreek by 'n militêre basis in Bangui, nadat soldate geweier het om die vorming van 'n nasionale eenheidsregering deur die nou demokraties verkose president Patassé te aanvaar.
In 'n studie van 2003 deur die Kanadese maatskappy Mercer Human Resources Consulting, is Bangui as die tweede slegste stad ter wêreld ná Brazzaville geplaas. In 'n studie uit dieselfde periode is Bangui gesien as die gevaarlikste stad ter wêreld. Dit is deels te danke aan die hoë frekwensie van staatsgrepe en aanvalle deur rebelle.