Bratislava is aan weerskante van die Donau geleë, in 'n sogenaamde "drielandehoek" naby die Slowaakse grense met Oostenryk en Hongarye en sowat 60 kilometer van die Tsjeggiese grens en die Oostenrykse hoofstad Wene af.
In die tydperk tussen 623 en 658 het die Ryk van Samo in die gebied bestaan, terwyl Bratislava in die 7de en 8ste eeu self tot die middelpunt van die Awaries-Slawiese Ryk ontwikkel en sodoende 'n belangrike rol in die geskiedenis van die Slawiese volke gespeel het.
Met die stigting van die Groot-Morawiese Ryk in die 9de eeu het 'n hoogtepunt van die Slawiese geskiedenis begin, en die plek, waarop later die huidige kasteel van Bratislava opgerig is, het as die ryk se administratiewe, godsdienstige en militêre sentrum gedien. Die eerste verwysing na die historiese versterking Devín, die voorloper van die kasteel, dateer van 864 en het in die Duitse Annale van Fulda verskyn. In 907 het die Annale van Salzburg vir die eerste keer na die stad Bratislava (Oud-Hoogduits Brezalauspurc) en 'n slag tussen Beierse en Oud-Hongaarse stamme verwys wat naby die burg plaasgevind het.
Die burg van Bratislava het tydens die 10de en 11de eeu tot 'n belangrike grensversterking van die Hongaarse Ryk ontwikkel en daarnaas ook as die setel van die plaaslike heersers en kapittel gedien. Die administratiewe gewes Bratislava is in die tydperk tussen 1000 en 1038 deur die Hongaarse koning Stephanus I gestig. Die eerste nedersetting teen die oostelike helling van die burgheuwel het in die 12de eeu ontstaan.
In 1291 is deur die koning Andries II besondere voorregte aan Bratislava gegee, en sodoende het hy ook die status van vrye koninklike stad bevestig en die grondslag vir die vinnige groei van die plaaslike ambagte, handel en wynbou gelê. Koning Sigismund van Luxemburg het in 1430 ook die muntreg en ses jaar later die reg op 'n eie stadswapen toegeken.
Bratislava het ook met 'n ryk kunslewe gespog. Die stedelike teater is in 1776 gestig. Ook die nywerhede het ná die oprigting van die eerste fabriek in 1780 begin groei. Eers die jaar 1783 het teenspoed vir die stad ingehou. Die setel van die sentrale owerhede is op bevel van koning Josef II na Budin verskuif, en die kroonjuwele is na Wene gebring.
Die Slowaakse Nasionale Raad, wat ná die Eerste Wêreldoorlog op 10 Oktober 1918 gestig is, het net oor bevoegdhede vir die stad en sy omgewing beskik, en op 1 Januarie 1919 is Bratislava deur Tsjeggoslowaakse troepe beset en by die Republiek van Tsjeggo-Slowakye ingelyf.
In 1972 is 'n nuwe hangbrug oor die Donau ingewy wat oorspronklik as Nuwe Brug (Nový most) bekendgestaan het, maar intussen hernoem is na Brug van die Nasionale Slowaakse Opstand (most SNP). Die brugprojek het vervolgens grootskaalse ontwikkelinge aan die Donau se suidoewer aangewakker soos die bou van woonstelgeboue in die stadsdeel Petržalka wat in die 1970's vir werkersklasgesinne opgerig is en tans meer as 100 000 inwoners huisves. Stadsbeplanners het in sy ontstaanstyd nog voorsiening gemaak vir ambisieuse infrastruktuurprojekte soos winkelsentrums, skole, openbare tuine, musea en vervoergeriewe wat die nuwe buurte met die middestad sou verbind, maar net 'n deel hiervan is uiteindelik verwesenlik.
Grootskaalse industrialisering het ná 1945 onder die kommunistiese bewind plaasgevind. So was Bratislava die eindpunt van 'n oliepyplyn uit die Sowjetunie.