Johannes IV was net sewe jaar oud tot sy pa dood is en hy die troon geërf het. Die jong monarg was die laaste lid van die Laskaris-dinastie. Sy regent was oorspronklik die burokraat George Mouzalon, maar hy is deur die adel vermoor en hulle leier, Michael Palaiologos, het die pos oorgeneem. Kort daarna, op 1 Januarie 1259 het Palaiologos homself medekeiser Michael VIII gemaak.
Nadat Michael Konstantinopel op 25 Julie 1261 van die Latynse Ryk verower het, is Johannes IV in Nicea agtergelaat. Hy is op sy 11de verjaardag, 25 Desember 1261, in opdrag van Michael verblind. Dit het hom ongeskik vir die troon gemaak en hy is verban en in ’n fort in Bithinië opgesluit.