Omikron-variant in afvalwater in Kaapstad gevindAfvalwater-behandelingsaanleg (Foto: SAMRC) Wetenskaplikes van die Suid-Afrikaanse Mediese Navorsingsraad (SAMRC) het die Omikron (B.1.1.529)-variant van SARS-CoV-2 in die meerderheid van afvalwaterbehandelingsaanlegte in Stad Kaapstad gevind, asook ŉ monster wat by Kaapstad- Internasionale Lughawe geneem is. Dr. Mongezi Mdhluli, leier van die SAMRC se afvalwateropname en navorsingsprogram (SAMRC-WSARP) het bevestig dit is die eerste keer dat die Omikron-variant in Stad Kaapstad se afvalwaterstelsel aangemeld word. Die SAMRC-WSARP is in Julie 2020 aangestel om die evolusie van Covid-19 te verstaan en ŉ bydrae te lewer tot die bestuur van die virus in Suid-Afrika. Wetenskaplikes het sedertdien die konsentrasie van fragmente van die SARS-CoV-2-virus se ribonukleïensuur (RNS) in vier van Suid-Afrika se provinsies se afvalwater gemonitor. “Individue met Covid-19 skei die virale oorskot af deur hul ontlasting. Alhoewel die fragmente nie aansteeklik is nie, kan dit in afvalwateraanlegte opgespoor word en dit gee ŉ aanduiding van waarskynlike Covid-19-gevalle in die omgewing. Dit kan ook gebruik word om variante te monitor deur middel van polimerase kettingreaksie (PKR)-metodes asook volgende-generasie volgordebepaling (NGS),” sê prof. Craig Kinnear, direkteur van die SAMRC se genomika-sentrum. “Ons het die Omikron-variant in 11 van die 12 (92%) monsters van afvalwater opgespoor wat op 30 November 2021 by Kaapstad se behandelingsaanlegte ingesamel is. Die Delta-variant was nog slegs in een van die aanlegte dominant,” sê prof. Rabia Johnson, adjunkdirekteur van die SAMRC se biomediese navorsing- en innovasieplatform. “Ons het Omikron ook in ŉ rits afvalwatermonsters opgespoor wat by Kaapstad- Internasionale Lughawe ingesamel is. Ons data in hierdie stadium wys dat Omikron vir die eerste keer op 23 November 2021 aanwesig was. Die opsporing van die Omikron-variant in afvalwater in Kaapstad strook met ŉ toename in gevalle van Covid-19 in die stad. Die omvang waartoe die Omikron-variant na landelike gebiede buite Kaapstad versprei het, is nie bekend nie, maar genetiese volgordebepaling op ŉ monster van afvalwater wat in Rawsonville in die Breedevallei in die Wes-Kaap versamel is, wys ŉ afwesigheid van Omikron, terwyl die Delta-variant steeds dominant bly. “Dit beteken egter nie noodwendig dat Omikron nié in dié gebiede oorgedra word nie.” Dr. Mdhluli het beskryf hoe die huidige wydverspreide voorkoms van Omikron in afvalwater in Kaapstad dramaties verskil van dit wat die SAMRC-WSARP-span opgemerk het in September 2021, in die middel van die derde vlaag Covid-19-infeksies. In daardie stadium is slegs die Delta-variant in al Kaapstad se afvalwateraanlegte opgespoor. In samewerking met die Nelson Mandela-universiteit het die SAMRC-WSARP-span ook toetse gedoen op afvalwater in die Nelson Mandelabaai-gebied. Voorlopige uitslae wys dat drie van die vier afvalwateraanlegte in dié stad ook positief getoets het vir Omikron. Afvalwater speel ŉ noodsaaklike rol in die monitering van SARS-CoV-2 omdat dit vinnig brandpunte kan identifiseer, asook variante wat in die gebied sirkuleer om ŉ vinnige openbaregesondheid-reaksie te verseker. SAMRC-WSARP se uitslae vandeesweek het gewys dat fragmente van SARS-CoV-2 by byna al Kaapstad se behandelingsaanlegte toeneem, net soos in ander dele van die land. In die lig van die span se aanduidings oor ŉ toename van SARS-CoV-2-RNS in afvalwateraanlegte landswyd en bewyse van ŉ toename van die Omikron-variant in Suid-Afrika, het prof. Glenda Gray, president en uitvoerende hoof van die SAMRC, gesê dit is noodsaaklik, nou meer as ooit tevore, dat almal ingeënt word en aan alle nie-farmaseutiese ingrypings voldoen (soos die dra van gesigmaskers, streng handhigiëne, handhawing van ŉ afstand van minstens 1,5 meter van ander en om skares te vermy). “Noodsaaklike byeenkomste moet verkieslik buite gehou word of in binnenshuise ruimtes met goeie ventilasie. Dit is een van die maniere om die oordrag van Covid-19 te beperk tydens die feesgety. Ons moedig ook alle Suid-Afrikaners aan om hulself voor hul vakansies te laat inent.” Klik hier vir meer inligting oor die SAMRC se afvalwater-moniteringsprogram.