In 1628 ontvang Coccejus sy doktorsgraad in Straatsburg vir Doctor iuris utriusque ('dokter van beide regte'), en het teruggekeer na Bremen en 'n sindikus geword by die Stephanikapitel . In 1630 is hy getroud met Kunigunde Holle (1609-1682), dogter van Eltermann Hermann Holle. In dieselfde jaar het hy 'n posisie as professor van regte by die Gimnasium aangestel. In 1640 word hy 'n Bremer raadslid.
In 1646 het hy vir Bremen die Linz-diploma ('n oorkonde wat die imperiale onafhanklikheid van die stad bevestig het) verwerf deur die bemiddeling van Maximilian von und zu Trauttmansdorff en teen betaling van 100 000 Reichstalern aan keiser Ferdinand III. Aangesien hierdie dokument egter nie deur Swede erken is nie, was Bremen se onafhanklikheid gereeld in die volgende jare bedreig en moes die stad in 1654, tydens die Eerste Bremen-Sweedse oorlog, en daarna weer in 1666 tydens die Tweede Bremen-Sweedse oorlog, verdedig word.