Die soogdiere (klas Mammalia) is een van die werweldierklasse (subphylum Vertebrata). Hierdie soogdiere se voorouers was die soogdieragtige reptiele (subklas Synapsida, orde Therapsida) en die diere het tydens die Perm en Trias tydperke (280 tot 190 miljoen jaar gelede) geleef. Die Therapsida het aan die einde van die Trias uitgesterf, maar die soogdiere het toe reeds as klein, knaagdieragtige diertjies bestaan.
Die dinosouriërs het hulle heeltemal tydens die Jura en die Kryt oorheers, hoewel groot getalle van die klein diertjies blykbaar gedurende die tyd verder ontwikkel het. Die soogdiergeskiedenis is egter nie goed bekend nie, omdat daar tot dusver min fossiele uit die tydperk gevind is. Fossiele van buideldiere (infraklas Metatheria) en plasentale soogdiere (infraklas Eutheria) is in gesteentes, afkomstig uit die Tersiêr, gevind, wat daarop dui dat die twee soogdierlyne reeds apart bestaan het.
Ongeveer 164 mj geleë het die Theria verdeel in die Metatheria en die Eutheria. Nasate van die Metatheria, die Marsupialia of buideldiere word vandag -soos die kangaroe of die Tasmaniese duiwel- steeds in Australië en in Suid-Amerika aangetref. Noord-Amerika het ook een buideldier: die opossum. Hulle kry lewende jonge, maar die kleintjies is baie onderontwikkeld en bly in mama se buidel tot hulle groter geword het. Hulle suig vas aan 'n tepel.
Daar is sewe ordes, waarvan 3 in Suid-Amerika and die ander 4 in Australië
By die Eutheria, wat ongeveer 164 mj geleë verskyn, het 'n belangrike ontwikkeling plaasgevind. 'n Nuwe orgaan, die plasenta, het die verbinding tussen die moeder en die jong moontlik gemaak. Daardeur kan die kleintjie langer in die baarmoeder van sy moeder bly. Soogdiere wat se voortplanting 'n plasenta gebruik word die Placentalia genoem. Hulle is die grootste groep huidige soogdiere. Behalwe op Australië en Antarktika kom hulle op alle kontinente en in alle oseane voor.
In die Kryt-tydperk het die kontinente verder verbrokkel en daardeur het verskeie groepe Placentalia gevorm. Dit is moeilik om die presiese volgorde hiervan te bepaal, maar die nuuste werk van Tarver et al. (2015) sê dat eers (ongeveer 93 mj geleë) 'n noordelike groep, die Boreoeutheria, afgestig is van Gondwana s'n, die Atlantogenata. Daarná is die Atlantogenata omstreeks 90 mj verdeel in 'n Suid-Amerikaanse groep die Xenarthra en 'n Afrikaanse groep die Afrotheria. Die noordelike Boreoeutheria het later (ca. 87 mj) ook vertak in die Euarchontoglires en die Laurasiatheria.
Aan die einde van die laaste Ystyd het baie megavorme verdwyn. Megalocnus het dalk 5000 jaar geleë nog op Kuba kan oorleef. Daar word gedink dat die mens hierdie vorme uitgewis het.
Die meeste Afrotheria word ook vandag in Afrika aangetref, maar die slurpeters en die lamantyne het hulle voorkomsgebied oor die res van die wêreld uitgebrei. Baie van hulle -soos die mammoet- het later egter weer uitgesterf. Daar is lank gedink dat die Afrosoricida en die Eulipotyhpla (sien onder) tot een orde behoort, die Insectivora, maar genetiese inligtings het getoon dat dit glad nie waar is nie. Gouemolle en molle het amper dieselfde lewenswyse en sien amper dieselfde uit, maar die een behoort tot die suidelike Atlantogenata, die ander tot die noordelike Boreoeutheria.
Die Placentalia op die noordelike kontinente, die Boreoeutheria het omstreeks 85 mj geleë in twee groepe vertak. Vandag kan hulle nasate op alle kontinente behalwe Antarktika en ook in alle oseane aangetref word.
Daar is lank gedink dat die walvisse en dolfyne 'n eie orde Cetacea vorm en die seehonde 'n orde Pinnipeda, maar genetiese navorsing het bewys dat die walvisse taamlik naverwant aan die seekoeie is en binne dieselfde orde Cetartiodactyla behoort, saam met kamele, wildsbokke en skape. Die seehonde behoort ook in een orde saam met die leeus, die wolwe en so meer.
Die Eulipotyphla is lank saam met die Afrosoricida in een orde Insectivora geplaas, maar die genetika het bewys dat dit op gesigsbedrog berus.
In Suid-Amerika het lank 'n hoefdierorde Meridiungulata bestaan, wat in die laaste Ystyd uitgesterf het. Genetiese navorsing op fossiele reste dui aan dat ook hierdie groep tot die Laurasiatheria behoort en dalk aan die perde en renosters verwant was.