Ondanks al die loftuitinge was Fleming ’n swygsame en beskeie mens, wat altyd seker gemaak het dat sy kollegas die erkenning met hom deel. Hy sou dikwels gesê het: “Oral waar ek gaan, bedank mense my omdat ek hul lewe gered het. Ek het niks gedoen nie. Die natuur maak penisillien—ek het dit net gevind.”
Fleming se geliefde vrou, Sareen, is in 1949 ná ’n ernstige siekte oorlede. Hy was verwese, maar het later ’n mooi Griekse dokter, Amalia Voureka, ontmoet met wie hy in 1953 getrou het. Fleming was toe byna 72.