Versindaba » Blog Archive » Leon Retief. Fossiele: Oor vis en vlees
Leon Retief. Fossiele: Oor vis en vlees
Fossiel van T. rex, Royal Tyrrell Museum in Drumheller, Alberta
(c) Ogden Nash
‘n Kykie na die fossielrekord toon dat die ouer rotslae fossiele bevat van organismes met koppe (bv. visse), gevolg deur organismes met koppe, nekke en bene (bv. reptiele) in jonger lae, dan diere met koppe, nekke, bene, hare en melkkliere (katte) terwyl ons in die jongste lae fossiele vind van organismes met koppe, nekke, hare en melkkliere wat op twee bene loop en opponerende duime het: mense.
regop staan? Kierts! Tog nie net
dors na kennis, die bykom van ‘n appel
boaan ‘n baie groot, sugtende boom nie?
(want waarvoor?) met minder rugkwale.
Hande-viervoet kan jy godsdiens beoefen,
loer in ‘n mikroskoop, klavier speel,
beeld boetseer, op jou rug rol om plafonne
afklouter, fronsend, ingedagte, honger.
Hande-viervoet is eet en drink speletjies,
paring vanselfsprekend. Alles gaan.
lagwekkend wees. Regtig. ‘n Kruipende
Faust. ‘n Klutaimnestra met swengelende
(c) Wilma Stockenström
Die bouplanne (meer oor hierdie woord later) van al hierdie organismes hierbo genoem het met verloop van tyd veranderings ondergaan, maar die anatomiese kenmerke van voorgangers het nie sommer net verdwyn nie – oorblyfsels (ja Maria, spore J ) van voorouers word steeds in die anatomie van elkeen van ons gevind. Hierdie spore kan vergelyk word met ‘n palimpsest – omdat dit in die jaar toet te duur was om elke keer ‘n nuwe stuk perkament te gebruik is die bestaande skrif dikwels afgekrap en die skrywer se gedagtes is dan op die tweedehandse dokument neergeskryf. Hierdie hersirkuleerde manuskripte is palimpseste genoem, na die Griekse woord palimpsestos, wat “weer geskraap” beteken.
Net soos moderne tegnieke ons in staat stel om die teks van sommige van hierdie manuskripte te ontsyfer kan ons al geruime tyd, meer as ‘n eeu om die waarheid te sê, met toenemende akkuraatheid waarneem wat in die verre verlede in die liggame van ons voorouers “geskryf” was. Namate ons kennis toeneem verskaf hierdie palimpseste ‘n al duideliker en al meer fassinerende beeld van ons evolusionêre verlede.
Die meeste fossiele word gevorm uit relatief harde weefsel soos been of kraakbeen maar van tyd tot tyd word oorblyfsels van sagte weefsels, miljoene jare oud, ook in fossiele gevind. Die eerste en bekendste voorbeeld is die kollageen in ‘n T. rex fossiel van 68 miljoen jaar gelede wat in 2005 deur Mary Schweitzer beskryf is. Interessant genoeg toon daardie fragmente van die dinosouriër-kollageen wat analiseer kon word duidelike ooreenkomste met die kollageen wat in hedendaagse voëls gevind word – verstaanbaar, aangesien dit algemeen aanvaar word dat dinosouriërs aan voëls oorsprong gegee het. Baie fossiele word egter elders as in die grond aangetref: elkeen van ons, elke lid van H. sapiens en elke leser van Versindaba is tjok-en-blok vol fossiele van ons evolusionêre verlede, sagte sowel as harde weefsel.
In ‘n brief aan Asa Gray skryf Darwin: “…embryology is to me by far the strongest single class of facts in favour of change of form…” Ek dink dat die liewe oom Charles hartkloppings van plesier sou kry as mens hom uit die dode kon opwek en hom bekend stel aan molekulêre genetika, ‘n studieveld wat byna ‘n eeu na publikasie van sy Origin of Species eers begin ontwikkel het. Hierdie vakgebied het sedertdien nog veel meer fassinerende feite aan die lig gebring wat die evolusieteorie nog stewiger gevestig het en dalk sal dit vir beide lesers van hierdie inskrywing interessant wees as ek kortliks kyk na ‘n voorbeeld of twee uit elk van hierdie vakgebiede.
‘n Mooi palimpses van ons visvoorouers wat in ons binneste skuil is die anatomie van die rekurrente laringeale senuwee. Die basiese patroon van bloedvate en senuwees in visse en die vroeë menslike embrio stem verbasend baie ooreen soos in die illustrasie onder gesien kan word.
Vergelykende anatomie van ‘n vis (in hierdie geval ‘n haai maar dit is dieselfde by ander visse) en ‘n amniotiese embrio soos by mense aangetref. Die aortaboë by menslike embrios is voorheen brangiale boë of brangiale arteries genoem en is ekwivalente strukture by mense en visse.
Namate die menslike embrio (en dié van ander vertebrate) verder in die uterus ontwikkel, verby die visstadium, verander die bloedvate en senuwees van posisie en sommige word absorbeer. Die proses is in detail beskryf maar ek gaan nie afbeeldings daarvan plaas nie. Die hele evolusionêre volgorde kan tydens hierdie veranderinge in utero waargeneem word, na ons visagtige voorkoms neem menslike embrios die kenmerke van embrioniese amfibieërs aan, gevolg deur die kenmerke van embrioniese reptiele. Eventueel bly net drie van die ses vate in soogdiere oor en op die ou end ontstaan ‘n volledig volwasse soogdieragtige sisteem met ‘n asimmetriese rangskikking van die aorta, karotis- en pulmonale arteries en pulmonale venes.
Die gevolg van al hierdie gewoel is ‘n interessante en kenmerkende anatomie van twee van die senuwees (die rekurrente laringeale senuwees) wat die larinks van soogdiere voorsien, met die langer linkerkantste senuwee wat vanuit die vagussenuwee ontspring en rondom die aortaboog haak voordat dit omdraai en na die larinks loop, terwyl die korter regtekantste senuwee sy draai rondom die regter subklaviese arterie maak soos onder gesien kan word.
Hierdie suboptimale ontwerp is die direkte gevolg van ons evolusie van visse na soogdiere. In visse bly die dorsale aorta waar dit is met die vagussenuwee (nie aangedui in figuur 1 nie) min of meer parallel daarmee maar by soogdiere beweeg die bloedvate van die vierde en sesde brangiale arteries/aortaboë na onder om die aorta te vorm. Die laringeale senuwees moet natuurlik steeds gekonnekteer bly aan die embrioniese strukture wat later die larinks gaan word en namate die hart en aorta in die toekomstige toraks in beweeg laat dit hierdie senuwees met geen ander keuse nie as om rondom die genoemde bloedvate te krul.
Die menslike werwelkolom, ook ‘n oorblyfsel van ons verlede as viervoetige primate, is onderworpe aan meer stress as gevolg van swaartekrag weens ons regop posisie en die manier waarop ons loop. Intervertebrale skywe is by mense meer geneig om te hernieer en kan soms druk op senuwees uitoefen. Dit kan nogal ongemaklike, pynlike en soms vreesaanjaende situasies tot gevolg hê.
by Bakoven staan die rooi stoel leeg
ek sit nie meer daar in my hart nie
ek kyk nie vorentoe nie
die rooi ritme spat uiteen
ek kyk nie na die see nie
of ‘n boot se skuimsleep
in die baai nie
die stoel sit hoog op hierdie
brokkelrots van pyn
ek het nooit gedink aan die stroom
die onbewuste vloed van
nek na stuitjie nie
ruggraatrivier van bloed en murg
waar visse swem
bodems wit met spoelklip
perfek soos pêrels ingeryg
trap o trap
stoor die asem vir later
steur geen vis
hulle broei op druppeltjie-eiers
en migreer vogtig deur elke seisoen
die rooi stoel is leeg
toegerank met pompende buise
van suurstof en bloed
hoekom sit ek nie daar nie
vra ek die neurochirurg
vra ek die narkotiseur
die suster die skoonmakers
die pype die drup
hoekom klop die rooi alleen
hoe keer ek terug
hoe keer ek om
slapend mompel ek kinderryme
toegeswel soos alikruik
onthou dan dat ‘n kraakbeenskyf
net voor die uitloop
in die delta verkrummel het
my pols skuif agtertoe
soek die antwoord ruglangs
diep in die fasetblok
klop die vier ontsteekte vlerkies
vlak bo die boud se naat
my palms balanseer die gewig
van ‘n ganse lewensloop
werwel stadig om
die rooi stoel
wag my bakhand in
(c) Marlise Joubert
A Short History of the Back
Against the wall, upright on chairs, supine
on beds, the back is settlement and return,
a way to silence, rest. Be warned it can shout,
in sudden pain, a syntax of pops and yelps,
lumbar region in revolt, extra vertebrae
trumpet their right to curve the spine. Sciatica
stings a column of ivory, squeezes vortex into
sculpture, balanced on a twist, a thoracic
tower of Babel and bone threaded through
the trunk. Walking upright is hazardous. We
pay the price to be taller than orangutans
in their monks’ robes, to move in a straight line
away from the chimpanzee’s amble, gorilla’s
hump and heavy mastoid process. Remember
how the dorsal fin that served as our rudder
shrank down to muscle? Trapezius. Intercostal.
(c) Tanis MacDonald
Nog meer (en meer interessante) fossiele is in ons gene vasgelê. Meer as negentig persent van die menslike genoom bestaan uit rommel-DNA (junk DNA) wat nie funksioneel is nie – “dooie” DNA, onder andere gene afkomstig van ons voorouers en ook heeltemal ander spesies soos virusse. Hierdie DNA is nutteloos sowel as skadeloos, dit kan dus in die genoom bly voortbestaan – trouens, rommel-DNA word deur die evolusieteorie voorspel.
Retrovirusse plaas hul DNA in die genome van die organismes wat hulle infekteer en word dan endogene retrovirusse genoem. As hierdie genetiese materiaal te lande kom in die selle wat sperms and ova maak dan word hierdie DNA deur die nageslag geërf. Elkeen van ons se genome bevat die DNA van duisende sulke virusse, meeste is onaktief as gevolg van mutasies maar daar is al meer aanduidings dat virusse ‘n betekenisvolle rol gespeel het in die evolusie van mense en ons voorouers.
Nog ‘n voorbeeld van die hele aantal verskillende soorte rommel-DNA is pseudogene. Wanneer een of ander eienskap nie meer deur ‘n organisme gebruik word nie of wanneer daardie eienskap verander word dan sal die gene wat vir daardie eienskap kodeer nie sommer so ewe netjies uit die genoom verwyder word nie. Daardie DNA-oorblyfsels staan bekend as pseudogene, oftewel gene wat nonfunksioneel geword het en nie meer vir proteïne kodeer nie.
Die evolusieteorie, soos mens van enige ordentlike natuurwetenskaplike teorie verwag, moet nie net ooreenstem met feite nie maar moet ook toetsbare voorspellings kan maak: ons verwag dat die menslike genoom (en ander genome) talryke voorbeelde sal bevat van pseudogene wat van voorouers afkomstig is en dit is dan ook die geval – ons genoom is in der waarheid ‘n ware begraafplaas van voorouerlike pseudogene.
Ek het nog nooit gesien dat ‘n hond lemoene eet of lemoensap drink nie, maar selfs al sou hulle dit doen sou dit onnodig wees. Mense daarenteen benodig ‘n bron van vitamien C. In meeste soogdiere word vitamien C in vier stappe vanaf glukose gesintetiseer, vir elke stap is ‘n ensiem nodig en vir elke ensiem is daar ‘n geen wat vir daardie betrokke ensiem kodeer. Die heel laaste ensiem in hierdie metaboliese weg staan bekend as L-gulono-ɤ-laktoon oksidase, afgekort as GLO of GULO, afhangende van wie mens lees.
In primate (dus ook by mense), vrugtevlermuise en marmotte het die geen wat vir GLO kodeer ‘n mutasie ondergaan, by mense het ‘n enkele nukleotied verdwyn en dit is nou ‘n onaktiewe pseudogeen bekend as ΨGLO. Presies dieselfde nukleotied is ook by ander primate afwesig. Dit toon dat die mutasie wat die GLO-geen onaktief gemaak het plaasgevind het in die gemeenskaplike voorouer wat ons met ander primate deel. Die inaktivering van hierdie geen by marmotte en vrugtevlermuise het onafhanklik gebeur omdat die mutasies in hul gene van primate s’n verskil. But wait, there’s more, soos die advertensie ons vertel. Die aminosuurvolgorde van ΨGLO in mense en sjimpansees, ons naaste familielid, toon noue ooreenstemming met mekaar maar meer verskille met dié van oerangoetangs, wat nie so naby verwant is nie, terwyl die volgorde in marmotte weer heeltemal verskillend van dié van primate is omdat die geen onafhanklik inaktiveer is in ‘n stamboom wat lank gelede reeds van dié van primate divergeer het.
Dit is dus ooglopend dat ons en ander primate ‘n gemeenskaplike voorouer deel – hierdie verskynsel kan op geen ander manier verklaar word nie. Molekulêre biologie is besaai met geweldig baie sulke voorbeelde, nie net in primate nie maar ook ander organismes.
Dit behoort uit bostaande duidelik te wees dat die mens (en organismes oor die algemeen) nie optimaal “ontwerp” is nie. Dit beteken weliswaar nie dat hulle noodwendig wanaangepas by hul omgewings nie – meeste lewende wesens kom baie goed klaar ten spyte van minder as perfekte “bouplanne.” Soogdiere sien heeltemal goed alhoewel hul oë (anders as seekatte) ‘n blinde kol het, meeste mans kry nie beklemde liesbreuke nie en meeste vroue kan geboorte skenk ten spyte van die wanproporsie tussen die fetale skedel en die vroulike bekkenuitgang. Al bogenoemde is die gevolg van fossiele wat ons in ons liggame dra.
Evolusie gaan nie te werk soos ‘n gesofistikeerde ingenieur wat in ‘n gevorderde werkswinkel of laboratorium sit nie – die proses behoort liewer vergelyk te word met ‘n outydse agterplaasmekkêniek wat met ‘n tang, ‘n stuk draad en ‘n pot koue lym te werk gaan om iets aanmekaar te timmer of te herstel. “Survival of the fittest” kan ewe goed vervang word met “survival of the good enough” of “survival of the somewhat better” aangesien die oorlewing van ‘n spesie eintlik maar net beteken dat ‘n organisme in staat moet wees om meer nasate as sy buurman te lewer wat op hulle beurt weer meer suksesvol kan voortplant as hulle bure.
Om hierdie redes het ek besware teen die gebruik van metafore soos bouplan, bloudruk, ontwerp en dies meer, sowel as die begrip dat iedere en elke eienskap wat ‘n organisme besit die gevolg is van een of ander adaptasie wat deur evolusie tot stand gebring is – dit is nie soos hierdie proses werk nie. Evolusie “muddles through” soos die rooinekke sê, maar natuurlik ook nie altyd nie soos die talle en talle uitgestorwe spesies in die fossielrekord toon. Dit lewer nie perfekte produkte, bouplanne of ontwerpe nie. Daar is twee artikels wat hierdie standpunt beter en in meer besonderhede bespreek: die beroemde een deur Stephen Jay Gould en Richard Lewontin oor die booghoekmure van San Marco en een deur Massimo Pigliucci en Maarten Boudry, dus gaan ek nie verder daaroor uitwei nie. Pigliucci is ‘n bioloog wat ‘n mutasie ondergaan en ‘n filosoof geword het (ek weet nie of dit hom in staat gestel het om meer nasate te produseer nie) en na my mening behoort die kring van filosowe wat hulle oor die biologie uitspreek meer sulke mense te bevat. Indien enigeen nog na my relaas wakker is en genoeg belangstel, die verwysings word aan die einde verskaf.
Who can forget the ripple of disgust
that twisted the piano tuner’s lip
on viewing the repair some former owner
(oh no, not us) had made with a bootlace?
It did the job, holding the pedal up.
But who could fault his scandalized recoil?
By now we ought to be familiar with
that look of flouted, outraged expertise
surveying the offense of ignorant
contrivances, cheap shortcuts, slovenly
expedients only a manic devotee
of puttering could approve or even think of.
Just so, when we moved in, the electrician
stared at the spiderweb of circuitry
some tinkering precursor hooked on wiring
trellised the basement with. And the house painter
almost swallowed his cigarette when he saw
the alligatoring my hapless, hand-done
sanding had left sitting on the clapboards.
Inured to such embarrassments, I grant
their right to be disgruntled: well-equipped
professionals are honor bound to scorn
the botch and haste of clueless amateurs.
(Although, come to think of it, a major
part of their living comes from cleaning up
our mean shifts or mad ambitious messes.)
I envy their straight saw-cuts, their rock-steady
hands with a ruler, fully furnished toolkits,
top grade hardware, knowing just how poorly
versed and outfitted most are doomed to be.
When shall I ever use the right length nail,
or hang a picture not a smidge too high?
Don’t we, most of us, mince up an onion
to take the place of seldom-bought shallots?
(c) Robert B. Shaw
Tags: Fossiele, Leon Retief, Oor vis en vlees
Tuesday, January 3rd, 2017 | Buiteblik.
33 Kommentare op “Leon Retief. Fossiele: Oor vis en vlees”
Ek het hierdie essay baie geniet, Leon. Ek lees tans ‘n boek, “Darwin’s Hunch” wat hoofsaaklik handel oor die ontdekking van die eerste Australopithecus africanus skedel, en die loopbane van Dart, Broom, Tobias en andere. Dit het my opgeval hoe die algemene publiek in daardie vroeë jare taamlik gekant was teen die idee van die evolusie-teorie. En ek weet daar is vandag nog mense wat nie daarvan hou nie.
Die gedigte wat jy aanhaal, is almal baie genietbaar. Ek hou veral van Marlise s’n.
Pablo Neruda was nie iemand wat eintlik oor wetenskaplike sake gedig het nie, maar ek haal aan uit een van sy gedigte “Jou voete” (Tus pies)
wat aansluit by die aangehaalde gedigte wat aspekte van die menslike liggaam beskryf.
January 3rd, 2017 at 8:03 pm
Dankie De Waal. Ek dink jy sal verbaas wees om te weet hoeveel mense evolusie steeds nie aanmaar nie, veral diegene wat deur intelligente ontwerp mislei word.
Ek ken nie die boek waarna jy verwys nie maar gegewe die titel, die fossiel en die name van die navorsers need ek aan dit het te doen met Darwin se spesmaas dat ons voorouers uit Afrika gekom het?
Laastens, ek merk op dat die “sapiens” in my inskrywing met ‘n hoofletter S gespel word- seker my speltoetser wat outomaties ‘n hoofletter plaas na ‘n punt en ek het dit nie opgemerk nie. Sal die webmeester/es asseblief so gaaf wees en dit regmaak?
Gedoen, Leon. En dankie vir ‘n uitstekende bydrae.
January 3rd, 2017 at 11:14 pm
Leon, laat jy my nou dink aan Derrida se skrywe in Of Grammatology oor Lévi-Strauss se skrywe oor die bricoleur en sy teenstelling daarvan teenoor die ingenieur …
Palimpseste, tekens uitgewis maar steeds opmerkbaar (“under erasure”, sous rature), ’n spel van spore van spore, van ‘n verlede wat nooit (self-)teenwoordig/[net] daar was nie.
Hoe lees mens dit?
Soos ’n bricoleur, soos my ma wat met ‘n fancy vleismes in die tuin werk en my pa die horries gee?
Jy kom reg met wat bedoel is vir ander doele,
jy kom reg met wat by-der-hand (vorhanden) is,
gereed-vir-gebruik (zuhanden) of de nie,
al weet jy dit kan ook ongereed-vir-gebruik raak,
d.i. breek, verlê word, wegraak
soos my agterdeur se sleutel tans
(sleutels werk net as die gelyktydig by-der-hand EN gereed-vir-gebruik is – jy vergeet gerieflikheidshalwe dat dit ongereed-vir-gebruik kan raak) (vergelyk Heidegger).
Gepraat van ’n “suboptimale ontwerp”!
“Die veld is teoreties, nie net bloot empiries, onkenbaar nie.” (Derrida)
Want, “Waar omtrent begin / ŉ klip, en waar eindig / ŉ klip, soos die klip waarteen ek leun?” (Stockenström) immers?
So, so sonder stabiele vaspenbare beginne en eindes – “die een is immers die ander, net verskillend-uitgestel” (“differing-defering”) (Derrida) – werk reg en verkeerd, of goed of sleg, die fisiese en geestelike wetenskappe, ingenieurs en bricoleurs -“opponerende duime”? – ensovoorts, nie meer so lekker reguit nie.
En dít is hoekom Derrida nie net eerder van spore/traces as tekens (betekenaar + betekende) praat nie, maar hoekom:
“the house painter
sanding had left sitting on the clapboards.” (Robert B. Shaw)
Mens sou na dese ook sê: Derrida het ’n sekere alligatoring raak gesien! – “Soogdiere sien heeltemal goed alhoewel hul oë (anders as seekatte) ‘n blinde kol het”!! Met die gevolg die mens modder voort en voel vere:
“Inured to such embarrassments, I grant
versed and outfitted most are doomed to be.” (Robert B. Shaw)
Hier is ek nou uiteindelik by Derrida se skrywe oor Lévi-Strauss wat die bricoleur teenoor die ingenieur stel – ek bied Spivak (Derrida 1976:xix, my spasiëring van sinne so los van mekaar) se opsomming daarvan om dinge minder mal te hou:
“Lévi-Strauss contrasts the bricoleur to the engineer.
(“The ‘bricoleur’ has no precise equivalent in English. He is a man who undertakes odd jobs and is a Jack of all trades or is a kind of professional do-it-yourself man, but . . . he is of a different standing from, for instance, the English ‘odd job man’ or handyman.”)
The discourse of anthropology and the other sciences of man must be bricolage: the discourses of formal logic, and the pure sciences, one presumes, can be those of engineering.
The engineer’s “instrument” is “specially adapted to a specific technical need”; the bricoleur makes do with things that were meant perhaps for other ends.
The anthropologist must tinker because, at least as Lévi-Strauss argues in Le cru et le cuit, it is in fact impossible for him to master the whole field.
Derrida, by an important contrast, suggests that the field is theoretically, not merely empirically, unknowable. (ED 419 f., SC 259 f.)
Not even in an ideal universe of an empirically reduced number of possibilities would the projected “end” of knowledge ever coincide with its “means.”
Such a coincidence —“engineering”—is an impossible dream of plenitude.
The reason for bricolage is that there can be nothing else.
No engineer can make the “means”—the sign—and the “end”—meaning —become self-identical.
Sign will always lead to sign, one substituting the other (play-fully, since “sign” is “under erasure”) as signifier and signified in turn.
Indeed, the notion of play is important here.
Knowledge is not a systematic tracking down of a truth that is hidden but may be found.
It is rather the field “of freeplay, that is to say, a field of infinite substitutions in the closure of a finite ensemble.” (ED 423, SC 260)
For Derrida, then, the concept of the “engineer” “questioning the uni-verse” is, like Hegel’s father-text encompassing the son-preface, or Heidegger’s Being as transcendental signified, “a theological idea,” an idea that we need to fulfill our desire for plenitude and authority.”
En aangesien ek nou ’n ding aan die gang gesit het oor sintaksis – “’n idee wat ek nodig het om my drang na volheid en outoriteit te kan bevredig”? – en al klaar voel hoe ek met my rug teen die muur staan:
“Be warned it can shout,
trumpet their right to curve the spine” (Tanis MacDonald)
Soos Ina Rousseau in “Fossiel” (Rousseau 2003:52) aanvoer, die “ernstige spel [is] uitgespeel” so met die “fossiel”, “pralend soos ŉ kroonjuweel”, wat “onaantasbaar” “in [ŉ] museum” deur “opsieners” “Met tieroë / Bewaak” word!
Klip(koppe) kyk na klip(koppe), so ““Cheer up, sad world,” […] / “It’s kind of fun to be extinct.” (Ogden Nash)
Kortom, soos hopelik voor-die-hand-liggend is, werklik weer ’n wonderlik blog, Leon – sien uit na die volgende!
NS. Ek mog dit dalk al gemeld het, maar in “Geschlecht II: Heidegger’s Hand” verwys Derrida (1978a:173) na wat vir hom “Heidegger’s most significant, symptomatic, and seriously dogmatic” teenstelling is, naamlik: “‘Apes, for example, have organs that can grasp, but they have no hand’”.
Mens versus dier. Humanisme. ’n Tragi-komedie.
“The fossils gathered for a ball
Of mammoth polkas and mazurkas.” (Ogden Nash)
O, te pragtig!!
Het die blog baie geniet. Dankie daarvoor. Ek het onlangs Teilhard de Chardin se lewensverhaal gelees en ook op Francis Collins se Biologos en Language of God afgekom wat met die onderwerp saamgaan. Ek lees die afgelope twee jaar nogal baie oor die onderwerp op en sal ook die boek wat De Waal noem opsoek. Alles van die beste vir 2017 en sien uit om volgende blogs te lees!
January 4th, 2017 at 2:28 am
Dankie Wicus. Ek het nie Chardin se biografie gelees nie, wel twee keer sy “Phenomenon of Man” aangepak maar elke keer voor die einde tou opgegooi. Dis net nie die moeite werd nie, ek weet Jaap Durand (dink ek) het onlangs ‘n vleiende resensie daaroor geskryf maar regtig… Nietemin, hy was ‘n interessante omie. Lees gerus Peter Medawar se resensie:
NS vir Wicus: as jy van Collins se boek hou kan jy gerus Kenneth Miller se “Finding Darwin’s God” in die hande kry. Miller, ‘n gelowige soos Collins, het in 2005 in die Dover-hofsaak teen intelligente ontwerp as getuie opgetree. Goed geskryf sonder om te tegnies te wees en die moeite werd vir iemand wat, anders as ek, teistiese evolusie voorstaan.
Ja, Leon, die boek het baie te doen met Darwin se “spesmaas”. Maar soos jy weet, het daar nou al so baie bewyse gekom, geneties, argeologies, antropologies ens. dat mens omtrent so stiksiening soos Donald Trump moet wees om nie te aanvaar dat die moderne mens ontwikkel het uit voorvorme nie.
Die boek “Darwin’s Hunch – Science, Race and the search for human origins” is geskryf deur Christa Kuljian. Uitgegee deur die Suid-Afrikaanse uitgewer Jacana Media in 2017.
Ek moet erken ek is nogal verbaas om te lees dat iemand soos Leon Retief steeds skryf oor rommel DNS. Oor die afgelope klompie jare het meer en meer navorsing aan die lig gebring dat die sogenaamde rommel DNS wel belangrike funksies vervul. Meer en meer wetenskaplikes ontdek dat pseudogene nie nutteloos is nie maar goed soos oorerflikheid, ontwikkeling en siektes beinvloed. Poliseno en kollegas kom tot die volgende gevolgtrekking in hul 2010 artikel in Nature: “The new findings suggest that nature has crafted a clever tale of espionage such that thousands upon thousands of mRNAs and noncoding RNAs, together with a mysterious group of genetic relics known as pseudogenes, take part in undercover reconnaissance of cellular microRNAs, resulting in a new category of genetic elements which, when mutated, can have consequences for cancer and human disease at large”.
Dit is te betwyfel of daar enige funksielose DNS in ons of enige ander organisme se genoom bestaan. Maar omdat wetenskaplikes tot onlangs net nie die funksie kon ontdek nie, het dit sommer rommel geword, oorbyfsels van die evolusie proses. Dit, De Waal, is nou stiksienigheid. Lewe is nie n ongeluk nie. Ons DNS is n fyn stuk ontwerp. Niks is oortollig nie.
Gibbs W. “The unseen genome: Gems among the junk”. Scientific American 11/03, bl. 46-53
Makalowski, W. “Not junk after all”. Science 5/23/03
Pearson, H. “Junk DNA reveals vital role”. Nature. 5/3/04
Perkins, D.O., Jeffries C. & Sullivan, P. “Expanding the centraldogma: the regulatory role of nonprotein coding genes and implications for the genetic liability to Schizophrenia”. Molecular Psychiatry: 10, 2005, bl. 69-78
Pandolfi, P. “Language of RNA decoded: study reveals new function for pseudogenes and noncoding RNAs”. Science Daily. 6/24/10
January 5th, 2017 at 6:46 am
Gerhard, ek weet niks van DNA nie, maar ek weet dit het nie ‘n (doelgerigte) bewussyn/verstand nie, d.w.s. nie ‘n wil na mag, ‘n wil na kennis het nie. So, ek kan nie met jou saamstem nie. Lewe is ‘n asemrowende ongeluk, ‘n verstommende vloekskoot, ‘n verleidelike vou/fout (dink byvoorbeeld aan ‘n geologiese “fault”, d.w.s. dit wat die aarde so dinamies maak).
Ek hou van die titel “gems among junk” – wat vandag “gemors” is, is more “juwele”?! Ek hou dus ook van Swede se krisis – dit het uit gemors gehardloop en moet nou gemors invoer om hul verhittingssisteem aan die gang te hou – “cleaning up / our mean shifts or mad ambitious messes” – is dit nie ‘n pragtige storie nie?!
In 2012 het Scientific American’n onderhoud geplaas met Ewan Birney, “computational biologist”. Hy het ’n interessante metafoor aangebied wat “junk DNA” kan vervang. Hier is die vraag en sy antwoord daarop:
“Now that we are retiring the phrase “junk DNA,” is there another, better metaphor that might explain the emerging view of the genetic landscape?
What it feels like is genuinely a jungle—a completely dense jungle of stuff that you have to work your way through. You’re trying to hack your way to a certain position. And you’re really not sure where you are, you know? It’s quite easy to feel lost in there.”
Dit laat my dink aan Pablo Neruda se gedig “Algunas bestias” wat ek in Afrikaans vertaal het as “’n Klompie gediertes”. Ek twyfel baie sterk of Neruda enigsins die menslike genoom in gedagte gehad het toe hy die gedig geskryf het. Maar dit is vir my ’n besonder gepaste en treffende beskrywing van wat hierdie genetiese oerwoud kan wees.
Gerhard eers die kort antwoord. Jy verwar pseudogene grootliks met nonkoderende gene. Daar is ‘n basiese, kardinale verskil tussen die twee. Wikipedia oor nonkoderende gene:” In genomics and related disciplines, noncoding DNA sequences are components of an organism’s DNA that do not encode protein sequences.”
En oor pseudogene: “Pseudogenes are relatives of genes that have lost their gene expression in the cell or their ability to code protein.”
Oftewel, nie een kodeer vir proteïne nie maar nonkoderende DNA is steeds aktief en pseudogene is nie. Ek het in my inskrywing slegs oor pseudogene gepraat (wel genoem dat rommel-DNA nie alleenlik uit pseudogene bestaan nie) en nonkoderende DNA glad nie genoem nie. Al jou verwysings is na nonkoderende gene en nie na pseudogene wat nou meteens funksioneel geword het nie. Nonkoderende gene kan wel kodeer vir funksionele RNA en kan ‘n regulerende funksie vervul soos byvoorbeeld onderdrukking van ekspressie. ‘n Pseudogeen het die vermoë om vir ‘n protein te kodeer verloor maar dit kan nog steeds mindere hoeveelhede RNA produseer soos ek sal aantoon.
Dis nou al lankal bekend dat kreasioniste en Intelligente Ontwerp-aanhangers rommel-DNA haat weens heeltemal buite-wetenskaplike redes en nie omdat die beskikbare data hulle tot daardie gevolgtrekking laat kom het nie. Daar word dus gereeld uit hierdie geledere aan ons voorgehou dat al wat geen is funksioneel is en in die proses word daar desperaat gegryp na navorsing deur wetenskaplikes wat nóg kreasionisme nóg IO ondersteun en word hierdie navorsing verkeerd interpreteer en voorgestel. Dit is eintlik maar al waartoe hulle in staat is want die oorspronklike navorsing wat uit IO-geledere verskyn is maar karig, om dit baie saggies te stel.
By hierdie skakel sien mens dat die menslike genoom sowat 14 000 pseudogene bevat.
Die probleem is dat baie, lyk vir my na meeste joernaliste en ander mense, rommel-DNA met nonkoderende DNA verwar. Soms word die funksie van ‘n nonkoderende geen ontdek en sommer so tjoef-tjaf verskyn daar ‘n opskrif wat ons vertel dat iets wat voorheen as rommel-DNA beskou is ‘n funksie het en dus bestaan daar nie so iets soos rommel-DNA nie. Kreasioniste en IO-aanhangers floreer op sulke stellings maar gegewe dat regulerende gene al dekades bekend is, wel, dis nou nie juis ‘n ontdekking wat sommer nou die dag gemaak is nie en dus is die funksies van nonkoderende DNA in beginsel reeds lank bekend.
Indien enigiemand in ‘n lang antwoord belangstel: die aanhaling van Poliseno et al. kom so ver ek kan onthou uit ‘n persvrystelling van die Beth Israel Medical Center en nie uit die artikel in Nature nie maar toemaar. Mens moet so bietjie wonder oor die skryfster van die persvrystelling se kennis van molekulêre biologie as sy nie eers die sogenaamde “sentrale dogma” van hierdie vakgebied korrek kan beskryf nie maar toemaar weer ‘n keer.
Pseudogene soos genoem kan transkripsie ondergaan, dws RNA produseer maar dit kan nie vertaling ondergaan en ‘n protein tot gevolg hê nie. Ek gaan vir eers aanhaal uit die persvrystelling want ek het nie meer die oorspronklike artikel nie, net die abstrak want ek teken nie meer in op die joernaal nie en ek gaan nie $39 betaal vir die volledige teks nie:
“To further test their hypothesis, the scientists turned to pseudogenes, a group of “genetic relics” that do not encode for proteins. Since pseudogenes are more or less identical to their ancestral genes, the authors knew they would be the perfect “combatants” because they would both recognize and compete for the same group of microRNAs as their ancestral genes.” (Let daarop dat daar staan dat pseudogene beskryf word as “genetic relics” wat nie vir proteïne kodeer nie.)
En dan uit die abstrak van die artikel in Nature: “As a model for the protein-coding-independent role of RNAs, we describe the functional relationship between the mRNAs produced by the PTEN tumour suppressor gene and its pseudogene PTENP1 and the critical consequences of this interaction. We find that PTENP1 is biologically active as it can regulate cellular levels of PTEN and exert a growth-suppressive role.”
En: “These findings attribute a novel biological role to expressed pseudogenes, as they can regulate coding gene expression.”
Wat “expressed pseudogenes” betref: ekspressie van ‘n geen (of pseudogeen) beteken nie noodwendig dat die eindresultaat ‘n protein is nie – dit kan RNA wees. Die pseudogene kan met RNA interreageer. Die pseudogeen PTENP1 het interreageer met RNA en kon die sellulêre vlakke van PTEN beïnvloed. Dit het egter nie ‘n protein produseer nie en bly ‘n pseudogeen.
Pseudogene kan dus RNA produseer en soos ons weet kan RNA vertaal word na proteïne. Maar nou is dit so, soos ek reeds genoem het, dat die RNA vanaf pseudogene nie proteïne tot gevolg het nie soos aangedui word in Sauvageau M et al (2013) doi: 10.7554/eLife.01749]: (ek het die mees relevante sin onderstreep)
“In the post genomic era, thousands of long noncoding RNAs have been discovered as transcribed units in mammalian genomes. However, what fraction of these new transcripts have general functional significance in vivo is debated. While several studies have indicated a role for lincRNAs in diverse biological processes …, it has been suggested that most transcripts could represent nonfunctional transcriptional by-products …. Early critical studies of knockout strains … did find lncRNAs implicated in X inactivation to be required for life. Yet, of the relatively few lncRNA mouse models derived since, many have displayed subtle defects or no phenotype (Ripoche et al., 1997; Gordon et al., 2010; Anguera et al., 2011; Nakagawa et al., 2011; Zhang et al., 2012).”
Oftewel, “defekte” DNA lewer “defekte” RNA (‘n “gesonde” geen gaan dit nie doen nie) en/of hierdie RNA’s het geen fenotipiese effek nie. Dit is die gevolg van rommel-DNA.
Gibbs se artikel is ongelukkig ‘n aanduiding van tot watter mate die Scientific American (net soos die New Scientist) agteruitgegaan het en ek teken nie meer in op enigeen van die twee tydskrifte nie. Ten eerste stel Gibbs die “sentrale dogma” verkeerd voor en mens moet wonder of hy ooit Crick se beskrywing daarvan gelees het (basiese kennis in molekulêre biologie) maar toemaar.
Ten tweede skryf hy oor nonkoderende DNA (ek het weer onderstreep): “Though long ago written off as irrelevant because they yield no proteins, many of these sections have been preserved mostly intact through millions of years of evolution.” Long ago written off? Dit is totaal verkeerd. Die bestaan en funksie van nonkoderende DNA is al dekades lank bekend. Susumo Ohna het by die Brookhaven Symposium on Biology vir die eerste keer die woorde “junk DNA” gebruik en daar was ook toe reeds diskussie oor funksionele nonkoderende DNA soos sentromere, regulatoriese volgordes en “spacer” DNA en al hierdie funksionele nonkoderende DNA lewer RNA. Mens staan dus verbaas oor die volgende stelling, so asof dit nuus is: “And indeed a large number are transcribed into varieties of RNA that perform a much wider range of functions than biologists had imagined possible.”
Makalowski se artikel handel oor repeterende Alu-elemente wat sowat 10% van die genoom beslaan maar wat nie vir proteïne kodeer nie. Wat wel kan gebeur, in sy eie woorde: “Alu elements become inserted into the coding regions of genes
resulting in the formation of new proteins and thus contributing to evolution.”
Oftewel, ‘n rommel-DNA element kan in ‘n geen inkorporeer word wat dan vir ‘n nuwe protein kodeer. Hierdie verskynsel staan bekend as evolusie. Op hul eie is Alu-elemente steeds rommel-DNA wat nie meteens ‘n bevlieging kry om op hul eie vir proteïne te begin kodeer nie.
In die artikel deur Helen Pearson lees mens onder andere: “The segments, dubbed ‘ultraconserved elements’, lie in the large parts of the genome that do not code for any protein.” Oftewel dan, dis DNA wat nie vir proteïne kodeer nie. Nie pseudogene nie maar nonkoderende DNA. Die funksie is weliswaar onbekend (waarskynlik regulerend van aard) maar dit beteken nie, soos ek reeds uitgewys het, dat dit noodwendig rommel-DNA is wat nou meteens ‘n funksie gekry het nie.
In die abstrak van die artikel deur Perkins et al. lees mens die volgende (ek het weer onderstreep): “It is now evident that nonprotein coding RNA (ncRNA) plays a critical role in regulating the timing and rate of protein translation. The potential importance of ncRNAs is suggested by the observation that the complexity of an organism is poorly correlated with its number of protein coding genes, yet highly correlated with its number of ncRNA genes, and that in the human genome only a small fraction (2-3%) of genetic transcripts are actually translated into proteins.” Hierdie het te doen met nonkoderende RNA (wat al lankal baie goed bekend is) en niks met pseudogene nie. dit is RNA en nie gene nie.
Die verwysing na Pandolfi is, um, presies dieselfde as die een na Poliseno.
Soos ek genoem het bestaan nie alle rommel-DNA uit pseudogene nie. Hier is ‘n lysie:
Transponeerbare (transposable) elemente (44% rommel)
aktief (funksioneel) <0,1%
defektief (nonfunksioneel) 3%
aktief (funksioneel): <0,1%
(vollengte, nonfunksioneel): 8%
L1 LINES (nonfunksioneel): 16%
ander LINES: 4%
SINES (klein pseudogeenfragmente): 13%
ko-opteerde transposonfragmente <0,1%
Virusse (9% rommel)
defekte DNA virusse: ongeveer 1%
defekte RNA virusse: 8%
ko-opteerde RNA virusse: <0,1%
Pseudogene (1,2% rommel)
vanaf proteïnkoderende gene: 1,2% rommel
ko-opteerde pseudogene: <0,1%
Ribosomale RNA gene:
rommel: ongeveer 0,2%
Ander gene wat vir RNA kodeer:
tRNA gene: <0,1% (essensieël)
bekende klein RNA gene: 0,1% (essensieël)
moontlike regulatoriese RNA’s: ongeveer 2%
proteïnkoderende gene: 9,6% rommel
intron rommel: 9,6%
non-conserved (ek ken nie die Afrikaans nie, dalk nie-bewaarde DNA): 26% waarvan meeste waarskynlik rommel is.
Daar is dus meer as genoeg bewyse dat daar funksielose DNA in die menslike genoom bestaan – die GULO geen wat ek genoem het is een voorbeeld. Word dieselfde verskynsel ook by ander organismes aangetref? Is die pous katoliek? Die volgende skakel gee ‘n aanduiding van die genoomgroottes van verskillende organismes, onder andere die mens: http://book.bionumbers.org/how-big-are-genomes/
Let veral op die grootte van die genoom van die “marbled lungfish” (wat dit ook al in Afrikaans mag wees) waarvan die genoom sowat 40 keer groter is as dié van H. sapiens. Ek het ‘n spesmaas dat meeste mense met my sal saamstem as ek sê dat die mens aansienlik meer kompleks is as hierdie vissie – waarom dan so ‘n groot genoom? Dit benodig tog sekerlik nie soveel gene nie. Kan daar ‘n ander antwoord wees as rommel-DNA?
Ek het vrede met teïstiese evolusioniste soos Collins en Miller. (My vrou is ook een.) Hulle lewer uitstekende navorsing en indien iemand belangstel in ‘n webwerf oor hierdie onderwerp: http://www.proof-of-evolution.com/
De Waal Birney was betrokke by die ENCODE projek. Hul interpretasies van hul resultate is fel gekritiseer onder andere omdat hulle definisie van “funksie” van ‘n geen baie wyd was. Soos ek bo aangetoon het kan pseudogene wel RNA maak, Hoewel in klein hoeveelhede en sonder enige fenotipiese effek. Hulle het sulke RNA-produksie egter as funksioneel beskou. Sedertdien het die projek hul houding ietwat verander.
Ek merk ook op dat my onderstrepings nie deurgekom het nie. Jammer daaroor maar ek reken dat dit wat ek wou beklemtoon vanselfsprekend behoort te wees.
Dankie vir jou baie volledige uiteensetting, Leon.
Ek voel soos iemand wat deur ‘n wonderlike saal stap vol nuwe kennis: Mendel se werk met pronkertjies verklaar alles omtrent oorerflikheid … o, wag ‘n bietjie … daar is nog ‘n deur. Ek stap deur. Watson en Crick verduidelik hoe chromosome en gene werk. Nou weet ons alles van genetika! O … wag ‘n bietjie, daar is nog ‘n deur. Ek stap deur en genetici wys vir ons dat sekere gene nie funksioneer nie. Ons weet nou vir seker dat ons ‘n klomp genetiese rommel in ons ronddra. O … wag ‘n bietjie … daar is nog ‘n deur … ander genetici wys ons ons die rommel is nie regtig rommel nie … is daar nog ‘n deur? Ek dink daar’s nog ‘n deur …
January 5th, 2017 at 12:49 pm
De Waal, wat ‘n mooi manier om Derrida se différance te demonstreer … geen finale oplossings nie … altyd nog ‘n deur. En inderdaad het Leon ons nou baie mooi baie meer van DNA geleer. Dit klink en lyk vir my amper net so Grieks soos Derrida behalwe dat DNA nie luste/begeertes/wille/doele/intensies het nie en dit dan ook nog, soos Derrida weer-en-weer wys, hoe die verskil tussen intensies en intuïsies verruklik verwarrend kan wees/word. Dus, altyd nog ‘n deur, soos jy dit goed vasvat, De Waal. Die regte ding sou wees om nou ‘n lekker Afrikaanse gedig hier te kon aanhaal, maar ek wag om deurgesit te word om te hoor wanneer ek my kar kan gaan haal (sy sleutel se programmering het uitgeprogrammeer geraak … of dit nou ‘n ongeluk was weet ek nie, slytasie gebeur ook mos maar …).
De Waal die saal waardeur ons stap is fassinerend en vir my mooier as die Sikstynse Kapel. Nog baie deure moet oopgemaak word en vir sommige dink ek sal ons nooit ‘n sleutel vind nie.Moontlik sal hierdie baie mooi artikel oor rommel-DNA interessant vind, let veral op die volgende sin naby die begin: “It has now become something of a cliché to begin both media stories and journal articles with the simplistic claim that most or all noncoding DNA was “long dismissed as useless junk.” The implication, of course, is that current research is revealing function in much of the supposed junk that was unwisely ignored as biologically uninteresting by past investigators. Yet, it is simply not true that potential functions for noncoding DNA were ignored until recently.”
De Waal ek moes die laaste artikel oor ENCODE wat ek hier noem (die een deur Eddy) gaan soek want ek kon dit nie in my argief vind nie en ek wou dit plaas in my antwoord op jou pos oor Birney. Gelukkig het ‘n internetsoektog darem op die ou end vrugte opgelewer. Soos ek reeds genoem het, die ENCODE konsortium het na kritiek hul deuntjie so ietwat verander. Hier is ‘n uittreksel uit ‘n artikel deur lede van ENCODE wat in 2014 gepubliseer is:
“Case for Abundant Junk DNA. The possibility that much of a complex genome could be nonfunctional was raised decades ago. The C-value paradox (27, 73, 74) refers to the observation that genome size does not correlate with perceived organismal complexity and that even closely related species can have vastly different genome sizes. The estimated mutation rate in protein-coding genes suggested that only up to ∼20% of the nucleotides in the human genome can be selectively maintained, as the mutational burden would be otherwise too large (75). The term “junk DNA” was coined to refer to the majority of the rest of the genome, which represent segments of neutrally evolving DNA (76, 77). More recent work in population genetics has further developed this idea by emphasizing how the low effective population size of large-bodied eukaryotes leads to less efficient natural selection, permitting proliferation of transposable elements and other neutrally evolving DNA (78). If repetitive DNA elements could be equated with nonfunctional DNA, then one would surmise that the human genome contains vast nonfunctional regions because nearly 50% of nucleotides in the human genome are readily recognizable as repeat elements, often of high degeneracy. Moreover, comparative genomics studies have found that only 5% of mammalian genomes are under strong evolutionary constraint across multiple species (e.g., human, mouse, and dog) (2, 3). “
Hier is die artikel deur Eddy, goed geskryf en leesbaar. Let veral op hierdie paragraaf: “Far from disproving junk DNA, ENCODE’S operationalized definition of function included junk DNA.” Dit was juis die presiese punt wat ek gemaak het in my kommentaar op jou skrywe oor die onderhoud met Birney: dat hul definisie van “funksie” baie wyd was, sodanig so dat transkribeerde RNA wat van nonfunksionele DNA afkomstig was (niks snaaks daaraan nie, dis al lankal bekend) ook as “funksie” beskou is. Dit is soos om alle voertuie as “verkeer” te bestempel terwyl dit eintlik net daardie voertuie wat op pad of in die straat beweeg wat as sulks beskou kan word. Artikels oor pseudogene as vorm van rommel-DNA is algemeen te vinde in die literatuur.
In daardie opsig het ENCODE so bietjie in die hek geduik wat ‘n jammerte is want dit het wel waardevolle inligting gelewer. Ek het die artikel deur Doolittle in my argiewe as jy dalk belangstel maar ek dink ek het jou nou genoeg lastig geval.
January 6th, 2017 at 10:34 am
Dankie Leon, weer eens, vir die interessante toeligting en die skakel na die Encode artikel. Ek lees dit graag.
Die metaforiese Saal van Wonderlike dinge waarvan ek gepraat het, het in der daad baie deure en seker ook baie wat nog nie eers raakgesien is nie. Ook op makroskopiese vlak is daar ontdekkinge wat ons nuwe deure gee waardeur ons kan loop.
Een voorbeeld is die nuwe orgaan wat in die menslike liggaam ontdek is. Dit is die mesenterium, ‘n vou van die peritoneum (maagwand) wat die dunderm, pankreas en ander organe vasheg. Maar die jongste navorsing toon dat dit ‘n orgaan in eie reg is en waarvan al sy funksies en werkinge nog nie bekend is nie.
Ek herinner myself daaraan dat Versindaba lesers waarskynlik in die eerste plek geïnteresseerd is in poësie en letterkunde. Daarom dink ek aan die poëtiese ekwivalent van ondersoek en ontdekking.
Die ietwat geheimsinnige en ontwykende digter, Philip Mercator, het ‘n gedig geskryf wat die aard van poësie en van digters ondersoek. Ek plaas die gedig hier. Dit kan ook gelees word deur hierdie skakel te volg: https://inmogale.wordpress.com/
Questionnaire put to poets
Good morning, what are you trying to do?
I think if I tell you
about this sadness, this cage around my mind,
I will find a way to escape.
Tell me, what are you aiming for?
I want to share this wild surge
of joy that threatens my sanity,
please take some of it from me.
I am wrestling with the gods,
one is claiming to be the only;
I do not want to submit to them,
but I cannot keep them at bay,
encode reality into algorithms
that serve my purpose.
to encode the algorithms
Versindaba is ‘n ander soort/vorm/styl/genre van daardie “metaforiese Saal van Wonderlike dinge” waaran De Waal gepraat het volgens my, want so tussen gedigte en stories oor gedigte hoor en leer mens van baie ander wonderlike dinge soos DNA en die mesenterium. Ek hou baie van hierdie formulering op CNN* oor laasgenoemde: “In case you’ve ever wondered what connects your intestine to your abdomen, there’s a word — and now, a single organ — for that: the mesentery.”
Woorde gee ons dinge – wat al lankal daar is/was – maar wat ons nie heeltemal wou sien nie, maar toe die woord kom, toe kom die ding ook. Lank terug was hier ‘n lekker hoender-eierstorie op Versindaba, ek dink ek gaan dit soek en weer lees. En dan gaan ek Losonsky se “Linguistic Turns in Modern Philosophy” soek om bed toe te vat. As iemand my vra wat dink ek doen ek, dan sal ek net sê: “mince up an onion / to take the place of seldom-bought shallots” – dit sê tog so lekker.
VLeon: Alhoewel die verskil tussen niekoderende gene en pseudogene beslis interessant is, is dit van min belang hier. Die eriket “rommel DNS” sluit in elk geval beide in. Verder kan niekoniekoderende gene sowel as pseudogene regulerende en ander funksies he (toegegee, my verwysings was “one sided”, maar daar is heelwat artikels in vooraanstaande joernale waarin die ontdekking van nuwe funksies vir pseudogene beskryf word)’. Vn Spel met kategoriee verdoesel eintlik net die punt waaroor dit gaan, nl. dat daar funksies gevind word vir DNS porsies (niekoderende sowel as pseudogene) wat voorheen beskou is as GEHEEL EN AL SONDER FUNKSIE en dus “rommel”. Inderdaad nuwe deure wat oopgaan en miskien uitwys hoe baie daar nog is om te leer. (Terloops, daar is navorsing wat daarop dui dat die vlakke van askorbinesuur in die menslike fetus en neonaat nie alleen deur die ma se inname van vitamien C verklaar kan word nie en dalk daarop dui dat die GULO geen ten minste in utero funksioneel mag wees.)
Maria: Dit gaan nie regtig daaroor of DNS bewussyn het ens. nie, maar eerder of DNS dalk deur n bewussyn geskep is. DNS werk met informasie. Vragte vol informasie, wat gekodeer word, oorgedra word, “gelees” word ens. Meer as materie in beweging/chemiese prosesse, is lewe n tipe funksionele taal. En wat is taal anders as die produk by uitstek van bewussyn?
January 7th, 2017 at 6:46 am
Die term rommel-DNA was op ‘n tyd in die verlede wyer gebruik as tans, maar my inskrywings was nie oor die verlede nie maar oor die hier en nou – ‘n hier en nou wat in elk geval al ‘n paar dekades oud is. Om dus te wil beweer dat pseudogene sowel as nonkoderende gene as rommel-DNA beskou is, is hoegenaamd nie korrek nie en dan stel ek dit sagkens. Die verskil tussen hierdie twee entiteite is inderdaad van kardinale belang en is baie beslis nie ‘n “spel met kategorieë” nie. Mens lees sulke aansprake eintlik maar net op kreasionistiese/IO-webwerwe en boeke – dis al manier waarop hulle hul standpunt kan probeer verdedig.
Maar okei, kom ons kyk na die geskiedenis van hierdie terme. Die besef dat daar nonkoderende gene is en dat hulle nie as rommel-DNA klassifiseer kan word nie, het nie op ‘n spesifieke datum gebeur nie. Dit was nie iets soos van Riebeeck wat op 6 April 1652 voet aan wal gesit het nie, meer soos die (pre-groot trek) uitbeweeg van nedersetters en boere wat met verdrag die binneland inbeweeg het en waaraan daar na die beste van my wete nie ‘n spesifieke datum geheg kan word nie. Nogtans is die onderskeid tussen rommel-DNA en nonkoderende gene darem nou al meer as 20 jaar oud. In die artikel deur Palazzo wat ek voorheen vir De Waal genoem het, lees mens: “It has been known for several decades that only a small fraction of the human genome is made up of protein-coding sequences and that at least some noncoding DNA has important biological functions… Today, “junk DNA” is often used in the broad sense of referring to any DNA sequence that does not play a functional role in development, physiology, or some other organism-level capacity… It has now become something of a cliché to begin both media stories and journal articles with the simplistic claim that most or all noncoding DNA was “long dismissed as useless junk.” … The implication, of course, is that current research is revealing function in much of the supposed junk that was unwisely ignored as biologically uninteresting by past investigators. Yet, it is simply not true that potential functions for noncoding DNA were ignored until recently… possible functions were discussed each time a new type of nonprotein-coding sequence was identified (including pseudogenes, transposable elements, satellite DNA, and introns; for a compilation of relevant literature…” Oftewel, ons weet dit al dekades, soos Palazzo ons vertel, en daar is na funksies gesoek.
Die molekulêre bioloog TR Gregory het die volgende geskryf oor hierdie geskiedenis: “The term “junk DNA” was coined by Ohno (1972), and in the first detailed discussion of the topic (Comings 1972), the likelihood that some noncoding DNA would be functional was explicitly noted. In any case, Ohno (1972) seems not to have had much influence during the first decade after he coined the term, because in 1980, when “selfish DNA” was introduced, the overwhelming tendency was to assume that all noncoding DNA was present because it was adaptive — this is why Orgel and Crick (1980) and Doolittle and Sapienza (1980) wrote their papers. There was strong resistance to the idea of selfish DNA for at least the first few years after the idea was proposed (Doolittle 1982), and even in the late 1980s there was at most discussion about how much noncoding DNA might be parasitic versus functional. Keep in mind also that DNA sequencing did not become a common method until the late 1970s/early 1980s, and that introns weren’t even discovered until 1977, and then much of the study focused on seeing how abundant they were and on their origin (were they present from the beginning, or did they arise only among eukaryotes?). The term “pseudogene” was coined in 1977 as well. So, the kind of work that people expect when they say detailed functional research wasn’t done could not have started until the 1980s in any case, and in fact there was abundant research investigating possible roles of satellite DNA, introns, and transposable elements during that decade.”
“In other words, there was no real period in which noncoding DNA was dismissed by the scientific community, though there was a much-needed shift away from strictly adaptive interpretations in the 1980s. Some individual researchers ignored noncoding regions, but there is no gap in the literature other than limits on what could be done in a methodological capacity. The “new” view of noncoding DNA as potentially important has been proclaimed regularly for at least as long as the claimed period of neglect between 1980 and 1994.”
“The term “pseudogene” was coined by Jacq and colleagues in 1977. The standard tale of biologists dogmatically ignoring possible functions of noncoding DNA would have it that such a sequence automatically would be dismissed as “junk” when discovered, especially since the notion of a degraded and now non-coding former gene matches Ohno’s concept of “junk DNA” as originally proposed. The reality is that Jacq et al. (1977) did consider whether the sequence had a function, but based on the available data they concluded that the best explanation is that it is “an evolutionary relic”.
Dat sowel pseudogene en nonkoderende gene as rommel-DNA etiketteer word is derhalwe geheel en al ‘n mite. Ek kan heelwat uitbrei op hierdie geskiedenis maar dit sal my antwoord waarskynlik te lank maak, dus laat ek dit daar.
Wanneer nuwe funksies vir gene ontdek word dan is dit feitlik altyd vir nonkoderende gene en nie pseudogene nie – IO-aanhangers se versugtings te spyt. Mens lees gereeld in hul literatuur van pseudogene wat meteens funksioneel geword het maar bitter min daarvan word in die wetenskaplike literatuur aangetref. Ironies genoeg doen IO-aanhangers self feitlik geen oorspronklike navorsing nie en (mis)gebruik hulle navorsing deur propperse wetenskaplikes. Al wat hulle eintlik maar doen is om in die peanut gallery te sit en kvetch.
Trouens, mens kan nie maklik ‘n nonkoderende geen aansien as ‘n pseudogeen nie en andersom want daar is spesifieke eienskappe wat ‘n pseudogeen moet besit en dit is darem nou ook al geruime tyd bekend. “Once gene sequences have been identified… it is possible to use sequence alignment programs (such as FASTA or BLAST) to detect matching regions in the nucleotide sequence. These matching regions are potential gene homologs and are termed pseudogenes if there is some evidence that either of the causes (see above) are satisfied. In these analyses, genes from annotated genomes… have first been clustered into paralog families and then used to survey whole genomes for copies or homologs. For each potential pseudogene (or fragment) match, a number of steps have been taken to assess its validity as a pseudogene… (including) checking for overcounting and repeat elements, overlap on the genomic DNA with other homologs and cross-referencing with exon assignments from genome annotations.”
Asook: “junk DNA” remains a label for the portions of a genome sequence for which no discernible function has been identified and that through comparative genomics analysis appear under no functional constraint suggesting that the sequence itself has provided no adaptive advantage.
Oftewel, iemand besluit nie sommer eendag hei, hierdie lyk vir my na ‘n pseudogeen en dus klassifiseer ek dit as sulks nie – dit moet aan spesifieke kriteria voldoen.
In Current Opinion in Genetics and Development, Augustus 2004: “Pseudogenes are considered as genomic fossils: disabled copies of functional genes that were once active in the ancient genome. Recently, whole-genome computational approaches have revealed thousands of pseudogenes in the genomes of the human and other eukaryotes. Identification of these pseudogenes can improve the accuracy of gene annotation. It also offers new insight on the evolutionary history and the stability of the genome as a whole.”
Daar is glo, um, navorsing wat kwansuis wat “daarop dui dat die vlakke van askorbinesuur in die menslike fetus en neonaat nie alleen deur die ma se inname van vitamien C verklaar kan word nie en dalk daarop dui dat die GULO geen ten minste in utero funksioneel mag wees.”
Daar bestaan geen sodanige navorsing nie. Hierdie informasie kom waarskynlik uit die IO-werf genaamd “Evolution News and Views” waarmee ek goed bekend is. Daar is twee inskrywings in daardie webwerf wat oor die GULO-pseudogeen handel, uit 2012 en 2013 as ek reg onthou, en beide is ‘n mengsel van onkunde en plein kommin potsierlikheid. Een van die, um, argumente wat gebruik word is ‘n 1956 studie onder swart SA kinders wat slegs twee gevalle van skeurbuik rapporteer. Hierdie siekte is in elk geval skaars onder volwassenes ook, maak nie saak hoe armoedig hulle is nie. Ek het ondervinding van arm swart pasiënte en het nog nooit skeurbuik by enige ouderdomsgroep gesien nie. Om nou te wil beweer dat die afwesigheid van skeurbuik by neonate die gevolg is van fetale vitamien C produksie in utero is plein belaglik.
Die plasenta het sy eie aktiewe transportmeganisme wat wateroplosbare vitamienes oor die plasentale grens na die fetus vervoer, dus is die konsentrasies van al hierdie vitamienes hoër in die fetale sirkulasie as in die moeder.
Ons lees ook in evolution news and views die volgende: “As I mentioned previously, the GULO gene in humans is rendered inactive by multiple stop codons and indel mutations. These prevent the mRNA transcript of the gene from being translated into a functional protein. If the GULO gene really is functional in utero, therefore, presumably it would require that the gene’s mRNA transcript undergo editing so that it can produce a functional protein. It’s not at all difficult to understand how this could occur.”
Die verstand boggel, soos ‘n vriend van my altyd sê. Kom ons kyk na die GULO pseudogeen en let op die volgende:
1)	Daar is nie ‘n promotor nie en nie een van die regulatoriese volgordes nie.
2)	Exons I-VI is afwesig.
3)	Exon XI is afwesig
4)	Daar is ‘n aantal klein delesies en binne-raam (in-frame) stopkodons in die oorblyfsels van exons VII-X.
Daar is dus so effens van ‘n haakplekkie of twee met News and Views se, um, oplossing vir hierdie probleem. RNA redigering vereis dat daar RNA moet wees. Daar is geen aanduiding dat hierdie pseudogeen wel RNA produseer nie, oftewel, transkripsie vind nie plaas nie. Dan moet mens wonder hoe RNA-redigering, selfs al sou dit plaasvind, al hierdie vermiste exons gaan produseer want sien, sonder daai exons gaan sommige van die aminosure wat in die GULO-ensiem moet wees nie inkorporeer word nie.
Iemand moes die skrywer seker op sy komiese fout gewys het, want in sy jongste inskrywing hieroor skryf hy: “Upon further investigation, however, … it’s not confirmed that the GULO pseudogene produces a transcript… Part of the reason for this is that the GULO pseudogene lacks a canonical promoter. However, that doesn’t necessarily mean this pseudogene produces no RNA transcript. Many metazoan loci possess non-canonical promoters that, moreover, can be millions of base pairs upstream of annotated exons (e.g., see Manak et al., 2006). A further complication with the proposed hypothesis is that some exons are absent from the GULO pseudogene, and it’s not entirely clear to me how they could be created by RNA editing. While my original hypothesis is probably incorrect with respect to this particular pseudogene, it remains possible that the human GULO pseudogene yields RNAs that perform some other function in the cell.”
Hierdie kan mens op sy beste as wensdenkery bestempel. ‘n Pseudogeen wat nie mRNA maak nie moet nou meteens in staat wees om sommer ‘n klomp exons ook te maak. Hoe? It remains possible dat daar iewers in die buitenste ruimte ‘n teepot is wat om die son wentel maar ek sal nie geld daarop waag nie.
Soos ek tevore genoem het, rommel-DNA bestaan nie net uit pseudogene nie. Ek het reeds ‘n lys gegee van die verskillende elemente waaruit rommel-DNA bestaan, onder andere virusse. Sien sommer hierdie skakel ook:
En let veral op: “Eight percent of the human genome is derived from over 100,000 retroviral fossils , many of which are present in all simian primates that last shared a common ancestor over 30 million years ago.”
Laastens, soos ek ook reeds genoem het, as elke en iedere stukkie DNA funskioneel aktief is, waarom het ‘n eenvoudige vissie ‘n genoom wat 40 keer groter is as dié van die mens, en waarom het ‘n ui ‘n vyf keer groter genoom? Het hulle sover meer proteine nodig as mense? Indien nie (en dis beslis nie die geval nie) kan dit net wees omdat hulle genome vol rommel-DNA is.
Dit is nou maar so dat geen kreasionis of IO-aanhanger deur data oortuig word nie – ek het al dekades gelede tot daardie besef gekom. Desnieteenstaande bly hul gespartel om die wetenskap ter ondersteuning van hul standpunt te (mis)gebruik darem steeds ‘n bron van vermaak.
January 7th, 2017 at 10:10 pm
om te lewe om te sterwe
en deel te wees van die klank
en die beweging van te gelewe het –
die woorde het die geruis en die lig
van heuning die woorde
het die donkerte van wind
is dit eties verantwoordbaar
om jou te probeer red
om lewe te probeer red
is dit antwoordbaar
om te wil lewe
Dankie Breyten! Jou gedig herhinner my aan hierdie stukkie uit Steinbeck se pragtige boekie “The Log from the Sea of Cortez,” en dalk dink ek ook daaraan omdat ons vroeer vandag teruggekom het van ‘n pragtige opera-uitvoering.
We sat on a crate of oranges and thought what good men most biologists are, the tenors of the scientific world–temperamental, moody, lecherous, loud-laughing, and healthy. Once in a while one comes on the other kind–what used in the university to be called a ‘dry-ball’–but such men are not really biologists. They are the embalmers of the field, the picklers who see only the preserved form of life without any of its principle. Out of their own crusted minds they create a world wrinkled with formaldehyde. The true biologist deals with life, with teeming boisterous life, and learns something from it, learns that the first rule of life is living. The dry-balls cannot possibly learn a thing every starfish knows in the core of his soul and in the vesicles between his rays. He must, so know the starfish and the student biologist who sits at the feet of living things, proliferate in all directions. Having certain tendencies, he must move along their lines to the limit of their potentialities. And we have known biologists who did proliferate in all directions: one or two have had a little trouble about it. Your true biologist will sing you a song as loud and off-key as will a blacksmith, for he knows that morals are too often diagnostic of prostatitis and stomach ulcers. Sometimes he may proliferate a little too much in all directions, but he is as easy to kill as any other organism, and meanwhile he is very good company, and at least he does not confuse a low hormone productivity with moral ethics.
‘n Helder en verrykende (en vér reikende) plasing van jou – ‘n bietjie bo my kaggel – en met fassinerende kommentare wat getuig van skeidslyne maar ook van saambinding. Dankie! En dankie vir die besonder toepaslike herinnering aan ‘n skrywe van Steinbeck, waarvan ek nie bewus was nie.
Vanoggend (Sondag) so tussen slaap en wakker het ‘n weggooifrase van Jacques Attali by my bly steek (Attali is ‘n vreeslike slim en belese skrywer-intellektueel, “swartvoet” uit Algerië, oorspronklik seker ‘n Sefardiem, en later een van Mitterrand se raadgewers.) “La morale est dans la finalité; la science dans la causalité.” So min of meer: “Moraliteit is in (is inherent aan / spruit voort uit) die Finaliteit (van dinge?); Wetenskap in die Oorsaaklikheid.” En moes toe dink aan jou stellings, of waarnemings.
En, indien jy my dit nie verkwalik dat ek so indruk in die ry nie – hierdie onafgewerktes wat (dalk) ook in daardie rigting beweeg:
1.	dig die voortdurende swart polsvlerk
soms is dit die openingsreël
nie alles wat om die pols bly
fladder is eksperimenteel
nie alles wat swart pols
soos die brandende vlerk
is die oopklop van ‘n gedig
wat geen gesig kan word nie
altyd is dit die toemaakstrofe
om te skrywe is om die dood
aan die lewe te hou
altyd is dit die eerste lyn
se vlugstreep vas gestippel
in wording : die swart skyn
‘n brandende sakdoek geboortebloed
2.	die woord word dood
die openbaring : om dit betekenis
te gee is om die wapperende mansjetdoek
as vlerk van bloed
los te skeur uit eindelose wording
en van afwesigheid te weet
soos van woordvreetvoëls
die sakdoekie brandende vlug
aan die gewrig
kan die gesig
se swart trane nie opdroog nie
hoe sou die vers ooit moet vlieg
met die vlerk ‘n lykdoek
om wat nie daar is nie
toe te maak ?
hys die swart geboortevlag
terwyl dit nog nat is in die nag !
January 8th, 2017 at 3:24 pm
Ek het hierdie verse van jou baie geniet, Breyten.
Wat hier gebeur, na myns insiens, is dat jou gedigte taal transendeer – die woorde word baie meer as wat hulle leksikale betekenisse sou aandui. Dit is ‘n soort magiese proses. (Ek maak nie verskoning vir die begrip “magies” nie. Trouens, ek word in my kwaad gesterk deur wat Roger Penrose, “Emeritus Rouse Ball Professor of Mathematics at the University of Oxford” te sê het. Naamlik: ‘Let us now turn to some more general and mysterious aspects of the mathematics that has been found to underlie physical theory at its deepest levels … Two powerful internal driving forces have strongly influenced the direction of theoretical research … the first of these is beauty, or elegance … The second , namely the irresistible allure of what are frequently termed – miracles -.’ Uit: “The Road to Reality – a complete guide to the laws of the universe by Roger Penrose.”
Wat wou ek nou weer sê? O ja … die twee Breyten gedigte is kragtige uitinge van die begrippe van lewe en geboorte. Goeie voorbeelde van hoe poësie ‘n psigiese instrument kan wees waarmee die mens die werklikheid verken.
Ek haal hier ‘n ‘n gedig aan wat soortgelyk te werk gaan en wat my herinner aan Breyten se werkwyse. Die metafore is net so ongewoon en verrassend as in Breyten se werk. (Onthou, ons is in Versindaba en ons kan nie net ‘n klomp wetenskaplike goeters kwyt raak nie. Dis ‘n blog vir poësie en letterkunde. Maar, gelukkig weet ons deesdae dat dat alles verband hou met alle ander dinge: koejawels met Schrödinger se kat en die Oort-gebied met Trump se hare.)
Oukei, hier is die gedig van Anotinio Gamoneda:
Daar is ’n muur voor my oë.
In die dik lug is daar onsigbare tekens,
grasvesels wat die hart, vol skadu’s, binnedring,
ligene in die oorblyfsels van liefde.
Bloedskande en lig. Bepeins die lens wat vroomheid voorafgaan, bepeins die waters:
as ek nie-bestaan kan oorsteek sal fonteine van deernis oopgaan
en daar sou blinde mans wees wie se groot hande sagkens sou werk,
maar lafhartigheid is pragtig in my ma se hare en op hierdie muur word stilte geskryf.
Weeklaag in helderheid, hol waarhede:
“Die lewe is niks werd nie / niks is die lewe werd nie”*
Onthou hierdie lied voor jy in my oë kyk;
kyk na my oë wanneer dit sneeu.
Uit Poetry Foundation:
Memory, history and self-analysis buttress a very intense and fictitious writing which offers itself to the reader as a mythical space of knowledge and emotion. An awareness of death is a source of poetical pleasure for Gamoneda. This knowledge and pleasure give birth to a poetry that, recognising the value of tradition, charts completely new paths and repeatedly modernises the genre.
Baie dankie, de Waal, vir jou lesing (mens kan sê ‘met oë toe en oor teen die grond’) wat, wanneer dit ‘n onbevooroordeelde en onbevange dialoog is, nuwe dimensies oopmaak. ‘Dimensies’ wat lei na die donkerste en dikwels mees banale gemene Deler – maar tegelyk ook na wat op die oog (ervaring) af die mees obskure en, word aanvaar, ook die mees ontoeganklike is. Die eenvoud wat nie wil ophou oopgaan nie.
En dankie vir die afstof en die opvryf van Antonio Gamoneda. Lieflike vertaling! Ek het gaan kyk na sy Wikipedia biografiese nota. Interessant (dalk onbedoeld) van die ‘assosiasie’ wat ontstaan in so ‘n foto-galery: met ‘n eerste oorsig sien mens ook vir Julio Cortazar en Paul Auster daar. By een van Gamoneda se foto’s (die gesig herinner mens nogal aan Octavio Paz s’n) is daar hierdie frase van hom: “La poesia se escribe desde la perspectiva de la muerte.” En wanneer jy dieper kyk in die kosmos van weerklanke, die volgende van Elias Canetti, oënskynlik ‘n weerlegging (maar eintlik ‘n aanvulling): “La literature puede ser muchas cosas pero no esta muerta. Las personas que se aferran a ella tampoco.” (Vir die nie-Spaanssprekendes: “Die literatuur kan vele dinge wees maar nié (die) dood nie. Die mense wat daarna verwys (of daarmee omgaan) ewe min.”)
Nogmaals dankie vir die wêrelde wat jy so betekenisvol onder ons aandag bring.
January 8th, 2017 at 5:15 pm
Leon, baie dankie vir jou enorm waardevolle en lieflik uitgespelde artikel.
January 8th, 2017 at 7:28 pm
De Waal, jy bedoel seker “koejawels met Schrödinger se kat en die Oort-gebied met [die dooie kat op] Trump se [kop]”?! Mnr Breytenbach het my kop liederlik gekontamineer met daardie beeld! As ek Trump hoor kyk ek na dese eerste vir hoe daai dooie kat vandag lyk?!! Ek kla nie – my siel moet erens na iets kan gryp vir die volgende paar jaar. (Inderdaad is ek hopeloos bevooroordeeld oor katte – my Muffinkat kla tog so wonderlik as ek haar koester!)
Leon: “Nog n voorbeeld van die hele aantal verskillende soorte rommel DNA is pseudogene”
Wikipedia: “When there is much non-coding DNA, a large proportion appears to have no function….this non-functional portion has often been referred to as junk DNA.”
Leon: “Die pseudogeen PTEN1 het interreageer met RNA en kon die sellulere vlakke van PTEN beinvloed. Dit het egter nie n protein produseer nie en bly n pseudogeen.”
M.a.w. hierdie PTEN1 pseudogeen is funksioneel. Maar dit bly gekategoriseer as n pseudogeen: dus, nie-funksionele rommel. Mmm, nou sulke verbluffende logika maak evolusie in elke sin van die woord n onweerlegbare feit.
Leon: “Pseudogene kan dus RNA produseer en soos ons weet kan RNA vertaal word na protein. Maar nou is dit so dat die RNA vanaf pseudogene nie protein tot gevolg het nie.”
“Pseudogenes have been reported to retain or regain protein-coding properties, and the resultant pseudogenic proteins/polypeptides mirror or interfere with the functions of their parental counterparts in tumorigenesis.”
Xiao-Jie, L. (2015) “Pseudogene in cancer: real functions and promising signature.” Journal of Medical Genetics. 52 (1) p. 17-24.
Ek moes nou eers deur my vorige kommentare gaan soek om ‘n aanhaling te vind wat ek vroeër geskryf het en ontdek toe dat ek ‘n fout gemaak het. Ek het geskryf: “Wanneer nuwe funksies vir gene ontdek word dan is dit feitlik altyd vir nonkoderende gene en nie pseudogene nie.” Die sin moet lees: “wanneer nuwe funksies vir pseudogene ontdek word dan is dit feitlik altyd vir nonkoderende gene en nie pseudogene nie.” Alhoewel daar natuurlik ook nuwe funksies vir gene ontdek word het ek hier spesifiek na pseudogene vs nonkoderende gene verwys. Jammer, my fout. Natuurlik is daar sommige pseudogene wat gevind is om funksies te besit, dit is tog duidelik die implikasie van wat ek geskryf het, maar meestal is daar slegs ‘n handjievol prosesseerde pseudogene waaraan ‘n waarskynlike funksie toegeskryf word, soos byvoorbeeld Sassi SO, Braun EL, Benner SA. The evolution of seminal ribonuclease: pseudogene reactivation or multiple gene inactivation events? Mol Biol Evol. 2007;24:1012–1024,
Chan WL, et al. Transcribed pseudogene ψPPM1K generates endogenous siRNA to suppress oncogenic cell growth in hepatocellular carcinoma. Nucleic Acids Res. 2013 Advance Access published February 1, 2013, doi:10.1093/nar/gkt047,
Hierdie is in werklikheid pseudogeen “lookalikes” en nie werklike pseudogene nie. Xiao, wie se artikel ek al teengekom het en ander se werk het te doen met kankerselle soos die titel van sy artikel aandui. My inskrywings tot dusver het gehandel oor gesonde organismes waar die DNA (van watter aard ook al) te doen het met evolusie en die onderhoud van lewe. Pseudogene (en ander gene) vang eienaardige dinge in kankerselle aan – en dan het hul rol beslis niks te doen met evolusie of die onderhoud van lewe nie – inteendeel.
Soos Xiao skryf: “Gene conversion is a process in which one DNA sequence replaces a homologous sequence such that the sequences become identical after the conversion (figure 2A). Theoretically, gene conversion from pseudogene to parental gene provides an ideal chance for oncogene activation and/or tumour suppressor gene inactivation. Conversions from pseudogene to parental gene have been reported in several human diseases… Pseudogene and parental gene can exchange DNA sequence with each other, a process called homologous recombination… Pseudogenes can use the transcriptional mechanism of host genes for transcription (figure 2C), or, in some cases, obtain exons de novo (figure 2D). These processes are called exonisation.”
“Recently, a pioneering study conducted by Susanna L Cooke and her team14 identified 42 somatically acquired pseudogenes in 14 out of 629 primary cancer samples and 3 out of 31 cancer cell lines via bioinformatic analysis followed by PCR validation. Among these pseudogenes, 16 were subsequently analysed to investigate the effect of their insertion sites on their expressions. Of these, none of the 10 pseudogenes inserted into intergenic regions are expressed, one of the three pseudogenes in introns is expressed, while two pseudogenes in 3′ UTRs are both expressed. This result indicates that pseudogenes inserted in introns or 3′ UTRs are capable of harnessing the transcriptional mechanism of host gene to be expressed, while pseudogenes in intergenic regions are far less likely to be expressed because they lack host genes and, thus, usable transcriptional mechanisms.
Apart from aforementioned functions, a newly discovered function of pseudogene DNA in cancer is that it inserts into the promoter/exons of the host gene and abolishes the latter from expression “
Telkens lees mens, soos in Xiao, dat die pseudogene verander van ‘n geen wat maar net daar in die gesonde, normale genoom lê, minding its own business (as ek dit so op hierdie swak manier mag uitdruk maar ek kan nie aan iets beter dink nie) na iets wat verandering (conversion) ondergaan, dat dit homoloë rekombinasie ondergaan of dat hulle insersie (insertion) na introns, promotors of exons ondergaan. Nie een van hierdie prosesse vind in normale selle plaas nie. En so voorts. Dit is nie wat mens gewoonweg in nonmaligne selle aantref nie.
Die ding met kankerselle is dat die genetiese milieu radikaal verander – hulle het wat mens kan bestempel as ‘n transkripsioneel permissiewe omgewing. Die komponente van die Pol II ensiemkompleks kan tot soveel soos ‘n duisendvoudig toeneem wat lei tot hoë transkripsievlakke van nonpromotorareas en swak promotor reekse. Oftewel transkripsie van nonfunksionele volgordes vind intensief in sulke selle plaas. Transkripsie van pseudogene is nie onbekend nie (moet nie met vertaling verwar word nie) en vind in ten minste 10% of meer pseudogene plaas en in tumorselle nog meer – verwys na die PTEN1 pseudogeen wat in kankerselle sy ding doen maar nie in normale selle nie. In tumorselle kan daar selfs vertaling wees – let wel, in tumorselle. Voorts, aangesien pseudogene nie onderworpe is aan funksionele beperking nie kan hulle baie vinnig evolueer na iets anders – maar die vraag is of hulle dan nog pseudogene is.
January 9th, 2017 at 1:09 am
By nadenke: veels te veel van die antwoorde (dws my eie) op my blog was om te respondeer op ‘n ja-maardery oor pseudogeen dit wat dat in kankerselle doen of vitamien C wat sus en so maak in fetusse of die perfeksie van genome en dies meer. Om te sê die aarde is plat is eenvoudig maar om betekenisvol daarop te respondeer neem altyd langer en is meer kompleks as om die oorspronklike stelling te maak. Die hele gedoente begin my nou verveel en ek het beter dinge om met my tyd te doen as om in my argiewe te gaan krap op ondersteunende gegewens. Buitendien begin my vrou my nou al skeef aankyk omdat sy reken dat ek te lank agter my rekenaar sit en ek dink sy is reg – daar is ‘n lewe buite response op kreasionisme en IO. Ek roep dus halt, diegene wat met die wals wil voortgaan kan dit gerus doen.
Laastens dankie aan Waldemar en veral De Waal en Breyten – danksy jul bydraes het ek gedigte gelees wat ek waarskynlik nie onder oë sou gehad het nie. Dus darem so ‘n liggie of twee in die duisternis.
January 10th, 2017 at 3:07 am
Dit was insiggewend, nie dat ek veel verstaan het nie. So pragtig die beendere wat oorbly. Die aarde is darem so oud en interessant die evolusieproses en die ontwikkeling van die mens.
“Die menslike werwelkolom, ook ‘n oorblyfsel van ons verlede as viervoetige primate, is onderworpe aan meer stres as gevolg van swaartekrag weens ons regop posisie en die manier waarop ons loop. Intervertebrale skywe is by mense meer geneig om te hernieer en kan soms druk op senuwees uitoefen. Dit kan nogal ongemaklike, pynlike en soms vreesaanjaende situasies tot gevolg hê.”
Ek wil net weet…
Wat is die verskil tussen ‘n werwelkolom, ruggraat en rugstring? Of is dit een en dieselfde?
Ja, dit kan baie seer wees… met my in 2009 gebeur, maar toe genees dit weer.
Annora die werwelkolom is daai kolom bene (werwels) wat strek vanaf die onderkant van die skedel tot aan die einde van die stuitjie. Die ruggraat sou ek reken is dieselfde. Wat ‘n rugstring is – ek is nie seker nie, ek het al gehoor dat dit met meer as een betekenis in die handel en wandel gebruik word, soms met verwysing na die spinaalkoord (rugmurg) maar meestal, so lyk dit my, met dieselfde betekenis as werwelkolom.