Marseille lê tussen 0 en 646 meter bo seevlak in 'n bergagtige omgewing. Die Croix de Garlaban is die hoogste bergpiek op 710 meter. Marseille grens in die noord-weste aan die Chaîne de l'Estaque, 'n bergreeks van kalksteen, wat die soutmeer Étang de Berre van die see skei. Suid-wes van die soutmeer lê die lughawe Marignane, wat danksy sy sentrale ligging tot een van die belangrikste in Suid-Frankryk ontwikkel het.
Marseille herwin sy rol as belangrike handelstad in die 11de eeu. As die grootste hawe van Provence dryf die stad handel met Barcelona (Katalonië, Oos-Spanje) en die Italiaanse stadstate. Die biskop en die ab van die plaaslike klooster Saint-Victor is in hierdie tyd die stadshere, terwyl die grawe van die Provence, wat 'n groot deel van hulle inkomste van Marseille kry, die ekonomiese ontwikkeling van die stad bevorder.
Marseille se handelsmag groei sterk met die begin van die Kruistogte. Sy handelsroetes dek nou ook die oostelike gedeelte van die Middellandse See, terwyl Marseille in die Kruisvaarderstate 'n aantal kolonies stig. Tydens die 13de eeu word die hawe aansienlik vergroot en versterk.