Die stasie kry sy naam van sy geografiese ligging op McMurdo Sound, vernoem na luitenant Archibald McMurdo van HMS Terror. Onder die bevel van die Britse ontdekkingsreisiger James Clark Ross het die Terror die gebied eers in 1841 gekarteer. Die Britse ontdekkingsreisiger Robert Falcon Scott het in 1902 'n basiskamp naby hierdie plek opgerig en 'n hut daar gebou met die naam Discovery Hut. Dit staan steeds as 'n historiese monument naby die waterkant op Hut Point by McMurdo-stasie. Die vulkaniese rots van die plek is die mees suidelike stuk oop grond wat per skip ter wêreld beskikbaar is. Die Verenigde State het op 16 Februarie 1956 hul eerste stasie by McMurdo amptelik geopen. Die basis, wat deur die Amerikaanse Seabees gebou is, is aanvanklik as die vlootlugfasiliteit McMurdo aangewys. Op 28 November 1957 besoek admiraal George J. Dufek McMurdo saam met 'n Amerikaanse kongresafvaardiging vir 'n bevelverandering.