Hy was die seun van Mehmet III en die broer van Ahmet I. Nadat Ahmet op ’n jong ouderdom aan tifus dood is, is berig dat Mustafa geestelik gestrem of minstens neoroties was; hy was nooit meer as ’n instrument in die hande van die mense wat om die mag geveg het nie. Tydens die bewind van sy broer is hy vir 14 jaar alleen in sy kamer gevange gehou, ’n stelsel bekend as Kafes.