Die skiereiland se ooskus is in die algemeen taamlik rotsagtig, maar die deel waarop die klooster staan, is uitsonderlik ru. Dit is op ’n groot rots gebou wat 330 meter bo die see uit ’n krans uitsteek.
Die klooster is in die 13de eeu gestig deur Simon van Athos, wat later ’n heilige van die Ortodokse Kerk geword het. Volgens tradisie het Simon, terwyl hy in ’n nabygeleë grot gewoon het, ’n droom gehad waarin die Teotokos hom opdrag gee om ’n klooster op die rots te bou. Sy het hom belowe dat sy hom en die klooster sou beskerm en in hul behoeftes voorsien. Simon het die oorspronklike klooster "Nieu-Betlehem" (Grieks: Νέα Βηθλεέμ) genoem en dit is steeds toegewy aan die geboorte van Jesus.
In 1364 het die Serwiese heerser Jovan Ugljesa geld gegee vir die restourasie en uitbreiding van die klooster. In 1581 is Simonopetra deur ’n brand verwoes waarin baie monnike dood is. Evgenios, die ab, het na die Donou-vorstedomme gereis in die hoop om geld te kry om die klooster te herbou. Die grootste skenker was Michael die Dappere, die prins van Wallachye, wat geld en groot stukke grond gegee het. Daar was ook in 1626 ’n brand, en ná die laaste brand in 1891 is die klooster herbou soos dit nou lyk.
Die klooster bestaan uit verskeie geboue van ’n paar verdiepings. Die hoofdeel is gebou op die plek van die oorspronklike klooster van Simon. Die monnike tel tradisioneel die verdiepings van bo na onder, dus is die boonste vloer die eerste verdieping. Die rots waarop die klooster gebou is, loop deur die onderste vloere.