Fanon is gebore in Martinique, seun van 'n douaneamptenaar. Hy word groot in 'n middelklasgesin, en gaan skool by die Lycée Schoelcher, toe die mees gesogte hoërskool in Martinique. Aimé Césaire, een van die stigters van die négritude beweging in die Franse literatuur, was een van sy onderwysers in Martinique. Tydens die Tweede Wêreldoorlog dien hy in die leër van die Vrye Franse en vervolgens studeer hy geneeskunde en psigiatrie in Frankryk. Hy werk van 1952 tot 1956 as psigiater in Algerië. waar hy betrokke raak by die Algerynse onafhanklikheidstryd, en wel as redakteur van die blad van die FLN (Front de Libération Nationale).
Hy is veral bekend vir sy boeke. Sy eerste boek, Peau noire, masques blancs (Black Skin, White Masks, 1952), gaan oor die psigologiese gevolge van kolonisasie en onderdrukking. Met sy tweede boek, Les damnés de la terre (The Wretched of the Earth,1961), verwerf hy wêreldwyde roem as 'n bron van inspirasie vir vryheidsvegters in die Derde Wêreld. Fanon stel homself nie tevrede met net nasionale of ekonomiese onafhanklikheid nie, maar doen 'n oproep op 'n totale herontwaking, ook in kulturele en intellektuele opsigte. Fanon se seining is veral in die postkoloniale stroming invloedryk. Fanon sterf op 36-jarige leeftyd.