Ná die rewolusie het hy as die nuutgestigte Islamitiese Republiek van Iran se Opperleier gefungeer, 'n politieke amp wat aan hom volgens die bepalings van die nuwe Irannese grondwet die hoogste politieke en godsdienstige gesag in die land verleen het en wat hy tot en met sy afsterwe in 1989 beklee het.
In die Twaalfer-Sjiïsme, die Islamitiese staatsgodsdiens van Iran, was Chomeini 'n marja of "bron van hoogste godsdienstige gesag" en skrywer van meer as veertig religieuse boeke, alhoewel hy veral danksy sy politieke aktiwiteite en weerstand teen die sjah-bewind bekendheid verwerf het. As politieke opponent het Chomeini meer as vyftien jaar as banneling in die buiteland deurgebring, aanvanklik in Irak en daarna vir 'n kort tyd in Frankryk.
In die weste, maar ook in Irannese opposisiekringe het Chomeini 'n omstrede persoonlikheid gebly, onder meer vanweë sy optrede teen opposisiegroepe, duisende teregstellings en sy aanvanklike weiering om, ná jare van bloedige gevegte sonder militêre vordering, 'n wapenstilstand in die oorlog teen Irak te verklaar. Sy internasionale invloed en sy ongekende gewildheid as charismatiese leierfiguur van Iran was egter merkwaardig genoeg om deur die Amerikaanse nuustydskrif Time in 1979 as "Man van die Jaar" benoem te word.
Hy het op die streng uitvoering van Islamitiese wette aangedring en die Islamitiese regering tot sy dood in 1989 gelei. Hy is in die Praalgraf van die Ajatolla Chomeini begrawe.