Beter verhoudinge met die ZAR het egter nie beteken Steyn het samewerking met die res van Suid-Afrika uitgesluit nie. Steyn het geglo dat die Boererepublieke baie simpatie uit die res van die kolonies kon ontvang vanweë die Jameson-inval. Die nuwe Britse hoë kommissaris, sir Alfred Milner het egter geglo in 'n federasie van Suid-Afrikaanse state onder die Britse vlag.
President Steyn het op 22 September 1899 aan die Vrystaatse volksraad gesê: "Hulle [die Britte] wil die twee republieke, waar die Afrikanergees lewend gehou word, uitwis en sodoende die Afrikanervolk vernietig en indien moontlik uitroei. Kan die een Afrikaner neutraal bly terwyl die ander vir Afrika sterf? Ek weet wat dit vir twee swakke republieke is om te stry teen die magtigste ryk wat die wêreld ooit geken het, maar ek weet dat indien dit tot oorlog mag kom, ons nie stry vir die stemreg nie, maar vir die bestaan van die Afrikanervolk".
Steyn het verskeie noue ontkomings gehad en dit is merkwaardig dat hy in 2 jaar se gevegte nooit gevange geneem is nie. Hy het gedurig tussen, of met die vlugkommando's rondgeswerf, om nie meer as een nag op dieselfde plek te vertoef nie. Soms was hy teen twee-uur snags al weer in die saal om die vyand se spioene te mislei. Hy het selde onderdak geslaap, en eerder met sy stewels aan onder 'n seil gelê, met sy perdesaal of 'n klipsteen as kopkussing.
Met sy terugkeer uit Transvaal, na 'n ontmoeting met President Kruger, het 'n Britse mag sy slapende kommando naby Bothaville oorval. Steyn se perd was gelukkig byderhand, en met die hulp van sy lyfwag, Cornelis du Preez kon hy ongedeerd uitjaag.
Generaal Botha en ander het hom die "siel van die vryheidstryd" genoem. Hy is landuit nadat die Vrede van Vereeniging onderteken is, maar keer in 1904 terug na Suid-Afrika, om weer toe te tree tot die aktiewe politiek. Ná die oorlog was sy aansien as staatsman groot, en het sy woorde gewig gedra, ook in die taalpolitiek. 
In Julie 1902 het die verlamde oud-president met sy vrou vir behandeling na Europa vertrek. Toe hy in 1905 na sy vaderland en sy plaas Onze Rust terugkeer, het hy die beheer oor sy ledemate herwin, maar sy ooglede en handspiere het nooit volkome herstel nie. In die heropbou na die oorlog het Marthinus Theunis Steyn, hoewel met 'n verswakte gestel, 'n vername rol gespeel. Met sy insig en oordeel het hy steeds ŉ vader vir sy volk gebly.
Hy was ten gunste van 'n verenigde Suid-Afrika, mits die Afrikanervolk as 'n volwaardige vennoot erken word. Met die Nasionale Konvensie van 1908/1909 om die Unie van Suid-Afrika tot stand te bring, is daar dikwels na die oud-president opgesien om leiding. Agter die skerms was hy die vaderlike raadsman, maar hy het hom veral vir gelyke taalregte (Engels en Nederlands) beywer. Teenoor die wordende taal (Afrikaans) was hy baie simpatiek.