Heraklion lê in 'n gebied wat baie deur aardbewings getref word. Die aardbewing van 21 Julie 365 was een van die swaarste in die mediterreense geskiedenis. In die vroeë/middel Plioseen (5-4 mj gelede) is hierdie gebied opgehef wat die Heraklion-bekken van die suidelike Messara-bekken geskei het. Hiervoor het die twee gebiede dieselfde sedimentasiegeskiedenis geken.