Pous Leo IX was 'n neef van keiser Hendrik III en deur sy toedoen verkies as pous. Hy is bekend vir die deurvoering van die hervormings van Cluny. Hy stig die kollege van kardinale en vestig die top-bestuur van die kerk. In die Paas-sinode van 1049 word die selibaat vir die klerus weer bevestig en is simonie weer veroordeel. Op 29 April 1050 hou hy 'n verdere Paas-sinode oor die leer van Alberic (of Berengar) van Tours.
Leo IX het die kardinaal Humbert van Mourmoutiers, kardinaal-biskop van Silva Candida, na Konstantinopel gestuur om die patriarg Michael I Cerularius te ekskommunikeer oor sy gedrag in Suid-Italië. Die patriarg het toe op sy beurt vir Humbert en die pous ge-ekskommunikeer en sodoende het die groot Westerse Skisma op 16 Julie 1054 ontstaan. Hoewel dit oënskynlik oor ekskommunikasie en Suid-Italië gegaan het, was dit in werklikheid oor die oppergesag van die pous van Rome oor die Oosters-Ortodokse Kerk van die patriarg.