Pous Gregorius V was lojaal aan die keiser. Op 21 Mei 996 kroon hy sy neef Otto III tot keiser van die Heilige Romeinse Ryk. 'n Paar dae na die kroning hou hulle saam 'n sinode waarop Arnulf weer as aartsbiskop van Reims aangestel word en Gerbert die toekomstige Pous Silvester II afgeset word. Op dieselfde sinode word Robert II van Frankryk gedwing om die reg om biskoppe in Frankryk aan te stel, op te gee.
Tot by die sinode van Pavia 997 het Gregorius 'n teenstander gehad in Teenpous Johannes XVI die kandidaat van Crescentius II en die adel van Rome. Die keiser Otto III het 'n einde gemaak aan die probleem deur Rome te verower in April 997. Die troepe het Johannes gevang, sy neus en ore afgesny, sy tong uitgesny en hom blind gemaak. Hy is verban na die klooster in Fulda waar hy op 2 April 1013 sterf. Crescentius is aan die mure van die Engeleburg opgehang op 29 April 998.