Die meer, wat met sy diep bekken gedurende die Ystydperk deur die gletsers van die Val Camonica gevorm is en tans deur die Oglio- en Borlezza-riviere gevoed word, is sowat op 'n hoogte van 181 m bo seevlak sowat 20 km noordwes van Brescia en suid van die Val Camonica aan die voet van die Bergamaskiese Alpe en die Ademello-Presanella-Alpe geleë. Die Edolo-bergpas verbind die nedersettings aan die meer met die skigebiede van Trentino.
Die Iseomeer het 'n oppervlakte van 65,3 km2, met 'n lengte van 25 km en 'n maksimumdiepte van 251 m. Drie eilande is in die meer geleë - Isola di Loreto, Isola di San Paolo (in privaat besit van die wapenvervaardigerdinastie Beretta) en Monte Isola (die "Eilandberg"). Die laasgenoemde is die grootste eiland in 'n Suid-Europese meer. Ondanks die steil rotswande langs sy oewers is daar 'n pad wat oor die hele lengte van die oewer aangelê (en op plekke in die rots gesny) is.