Daar is verskeie teorieë oor Nefertiti se herkoms, maar nie een is nog bevestig nie. Sy verskyn in Thebe vir die eerste keer in tonele. In die beskadigde tombe TT188 van die koninklike butler Parennefer word die nuwe koning, Amenhotep IV, vergesel van ’n koninklike vrou; dit is vermoedelik ’n vroeë uitbeelding van Nefertiti. Die koning en koningin word uitgebeeld waar hulle die god Aten aanbid. In tombe TT55 van die visier Ramose staan Nefertiti agter Amenhotep IV in ’n muurskildering van ’n seremonie vir die visier.
Gedurende sy eerste jare in Thebe het Achenaten (toe nog bekend as Amenhotep IV) verskeie tempels by Karnak laat bou. Een van die geboue, die Huis van Benben, is aan Nefertiti gewy. Sy word uitgebeeld saam met haar dogter Meritaten, en in sommige tonele verskyn ’n ander dogter, Meketaten, ook. Op die klipstene word Nefertiti amper twee keer soveel as haar man uitgebeeld. Sy staan soms agter haar man in ’n ondersteunende rol tydens offerandes, maar sy verskyn ook in tonele wat normaalweg die voorreg van die koning sou wees. Sy word uitgebeeld waar sy vyande verslaan, en haar troon is versier met gevange vyande.
Voor 2012 het Egiptoloë gedink Nefertiti het omstreeks die 12de jaar van Achenaten se bewind uit die historiese rekords verdwyn, sonder ’n verdere woord oor haar. Verduidelikings het ingesluit ’n skielike dood, deur ’n pes wat die stad getref het of weens ’n ander natuurlike oorsaak. Dié teorie is gebaseer op die ontdekking van verskeie skerwe van begrafnisfigure waarop Nefertiti se naam staan (hulle is nou in die Louvre en Brooklyn-museum).
Daar is ’n moontlikheid dat sy die heerser Neferneferoeaten was. Volgens sekere teorieë het sy ’n invloed uitgeoefen op die jonger koninklikes. As dit die geval is, moes sy omstreeks die 3de jaar van Toetankamen se bewind gesterf het (1331 v.C.); in dié jaar het Toetankaten sy naam na Toetankamen verander. Dit bewys hy het amptelik teruggekeer na die aanbidding van Amoen. Die hoofstad is ook toe teruggeskuif na Thebe.
Ná onlangse toetse op die mummie se tande het dit eindelik duidelik geword Die Ouer Dame is eintlik koningin Tije, die ma van Achenaten. Volgens DNS-toetse is daar ’n nabye of direkte verband tussen die mummie en ’n haarlok wat in Toetankamen se tombe gevind is. Dit is gevind in ’n kissie met ’n inskripsie op wat na Tije verwys. Die toetse het ook bewys die mummie was die dogter van Joeja en Thoeja, wat die ouers van Tije was, en daarom kon dit nie Nefertiti gewees het nie.
Op 9 Junie 2003 het die argeoloog Joann Fletcher, ’n spesialis in antieke hare van die Universiteit van York in Engeland, aangekondig Die Jonger Dame kan Nefertiti se mummie wees. Hy het voorgestel Nefertiti was die farao Smenchkare. Sommige Egiptoloë deel dié mening, maar die meeste glo Smenchkare was iemand anders. Fletcher het ’n ekspedisie gelei wat deur die Discovery Channel geborg is om die mummie te ondersoek. Sy span het beweer die manier waarop die mummie beskadig is, dui daarop dat dit in antieke tye met opset geskend is. Mummifikasietegnieke het gewys dit is ’n koninklike mummie van die 18de Dinastie. Hulle het ook ’n pruik gevind wat ooreenstem met dié wat Nefertiti gedra het. Verder het hulle beweer die mummie se arm was oorspronklik gebuig op ’n manier wat vir farao's gereserveer is, maar dat dit later afgebreek en met ’n ander arm in ’n normale posisie vervang is.
Volgens ander Egiptoloë is dit egter onmoontlik om ’n mummie sonder DNS-toetse as ’n spesifieke persoon te eien. Omdat die oorskot van Nefertiti se ouers en kinders nooit geïdentifiseer is nie, is dit onmoontlik om haar vir seker te eien. Enige omstandigheidsgetuienis soos ’n haarstyl of armposisie is nie betroubaar genoeg om op ’n spesifieke historiese figuur te dui nie. Daar kan net bespiegel word oor die rede vir die beskadiging van die mummie en die wraakteorie kan nie bewys word nie. Gevoude arms is, in teenstelling met Fletcher se bewerings, nie vir farao's gereserveer nie; dit is ook vir ander lede van die koninklike familie gebruik. Die pruik wat naby die mummie gekry is, is van onbekende oorsprong en kan nie vir seker aan die spesifieke liggaam verbind word nie. Laastens was die 18de Dinastie een van die grootste en mees vooruitstrewende dinastieë van Antieke Egipte. ’n Vroulike koninklike mummie kon enigeen van 100 koninklike vroue of kinders gewees het uit die dinastie se meer as 200 jaar aan die bewind.
Daarbenewens was daar twyfel oor die ouderdom en geslag van die mummie. In ’n onlangse ondersoek deur Zahi Hawass, hoof van die Egiptiese Opperraad van Oudhede, is CT-skanderings van die mummie geneem en navorsers het tot die gevolgtrekking gekom sy kan Toetankamen se biologiese ma wees, ’n onbekende dogter van Amenhotep III en koningin Tije.
Stukke been in die sinus en bloedklonte is gevind, wat teorieë weerlê dat die beserings ná haar dood opgedoen is. Daar word vermoed sy is vermoor. Daar is ook bewys die afgebreekte arm wat naby die mummie gelê het, is nie Die Jonger Dame s’n nie. Kenners glo Toetankamen het, nadat hy die ou godsdiens heringestel het, sy naaste familielede – sy pa, ouma en biologiese ma – by hom in die Vallei van die Konings laat herbegrawe (volgens die lys figure en tekeninge in sy tombe).
Hy was aanvanklik versigtig, maar het later een van sy seuns, Zannanza, na Egipte gestuur. Dié is egter onderweg dood; hy kon vermoor gewees het.