’n Haplogroep is meer spesifiek ’n kombinasie van allele by verskillende chromosoomstreke wat nou verbind is en wat gewoonlik saam oorgeërf word. Dit bestaan uit soortgelyke haplotipes en dit is gewoonlik moontlik om ’n haplogroep uit haplotipes te voorspel. Haplogroepe het betrekking op ’n enkele afstammingslyn, wat gewoonlik duisende jare terugstrek. Daarom hang lidmaatskap van ’n haplogroep, deur enige individu, af van ’n relatief klein deel van die genetiese materiaal wat daardie individu besit.
Haplogroepe word gewoonlik geïdentifiseer met ’n aanvanklike letter van die alfabet, en verfynings bestaan uit ’n bykomende syfer-of-letterkombinasie, soos A → A1 → A1a.