​​Alle dierenavorsing in die Fakulteit word onder beskerming van die universiteit gedoen. Alle navorsings- en onderrigprogramme waarby diere betrokke is en wat aan die Universiteit Stellenbosch en op satellietterreine uitgevoer word, moet aan die Navorsingsetiek-komitee: Sorg en Gebruik van Diere, vir ondersoek en goedkeuring voorgelê word.
Die Fakulteit maak gebruik van klein soogdiere en ander klein diere vir onderrig en navorsingsdoeleindes. Hierdie diere word bestuur deur 'n gekwalifiseerde en geregistreerde dieretegnikus, 'n gesamentlike aanstelling deur die Fakulteite Natuurwetenskappe, AgriWetenskappe, en Geneeskunde en Gesondheidwetenskappe. Die Fakulteit Natuurwetenskappe se klein soogdiere (konyne, rotte en muise) word in 'n anneks tot die Mike de Vries-gebou gehuisves en amfibieë word in die Natuurwetenskappe-gebou gehuisves. Die Dierefasiliteit word deur die Departement Fisiologiese Wetenskappe bestuur.