Barnaoel was een van die eerste stede wat in Siberië gestig is. Die ligging is aanvanklik gekies weens die nabyheid van die mineraalryke Altai-gebergte asook ’n groot rivier. Teen die vroeë 19de eeu is 90% van Rusland se silwer in die Altai-streek vervaardig.
Teen die 20ste eeu het die stad gegroei tot een van die grootste handel- en kultuursentrums in die streek, veral ná die bou van ’n groot spoorlyn.