Sy was die dogter van 'n Skotse predikant in die Kongregasionalistiese Kerk in Whateley in die deelstaat Massachusetts. Haar ma het uit 'n puriteinse huis gekom. Sy behaal haar onderwysgraad in 1865 aan die Mount Holyoke-seminarie in die VSA. Hoewel sy onderwys in New Haven gaan gee het, wou sy eintlik sendingwerk gaan doen, veral onder die minderbevoorregtes. Ná twee jaar gaan studeer sy verder in Europa waar sy haar M.A. behaal.
Ferguson keer terug na New Haven en begin 'n projek vir straatkinders saam met die Metodistekerk. Tydens 'n besoek aan haar alma mater kom 'n brief aan van dokter Andrew Murray waarin hy vra vir onderwyseresse om 'n inrigting geskoei op Mount Holyoke te begin.