Toe Pous Bonifatius IX sterf, was 'n delegasie van Teenpous Benedictus XIII in Rome aanwesig. Die kardinale van Rome vra die delegasie of Benedictus sou aftree as hulle nie 'n nuwe pous in Rome kies nie om sodoende die Westerse Skisma te beëindig. Toe die afvaardiging hulle meedeel dat Benedictus nooit sou aftree nie (hy het ook nie), het hulle self 'n nuwe pous verkies. Hulle het egter eers 'n eed gesweer waarin elkeen beloof het dat indien hy verkies word, hy alles sal doen om die Skisma te beëindig al moes dit abdikasie wees.
Pous Innocentius VII is eenparig verkies deur agt kardinale op 17 Oktober 1404. Daar was 'n opstand deur die Ghibellynse party toe die nuus bekend geword het, maar die is gou onderdruk deur koning Ladislaus van Napels. Vir sy dienste aan die pous het die koning die pous laat belowe om nie 'n ooreenkoms met Teenpous Benedictus te sluit wat Ladislaus se regte in Napels, wat betwis is deur Karel II van Anjou, sou benadeel. Dit het die pous gepas omdat hy nie van plan was om enige ooreenkoms met die teenpous in Avignon aan te gaan nie.
Innocentius het 'n groot fout gemaak toe hy sy onwaardige nefie Ludovico Migliorati, 'n huursoldaat, as kardinaal benoem het. Op 6 Augustus 1405 het Ludovico elf lede van die Romeinse adel, wat van 'n vergadering met die pous teruggekeer het, vermoor in sy eie huis en hulle liggame deur die vensters van die Santo Spirito hospitaal op die straat gegooi. Dit het 'n opstand veroorsaak en die pous en sy gevolg het na Viterbo gevlug. Tydens die vlug het Ludovico ook nog probeer om die vee van die stad te steel. Die inwoners het die pouslike gevolg aangeval en dertig mense gedood. Onder die slagoffers was die ab van Perugia wat oor die pous se oë doodgemaak is.
Die pous het 'n ander nefie van hom, Giovanni Migliorati aangestel as sy opvolger as aartsbiskop van Ravenna.
Kort na die verkiesing het Innocentius begin om 'n konsilie te belê. Hy het egter die opstande in Rome gebruik as voorwendsel om die konsilie te vertraag. Koning Karel VI van Frankryk, teoloë van die Universiteit van Parys, Rupert III koning van Duitsland het daarop aangedring as 'n metode om die Skisma te beëindig. Pierre d'Ailly en Jean Gerson het 'n teorie onderskryf waarin die pous ondergeskik sou wees aan 'n konsilie. Innocentius het verklaar dat hy nie die veiligheid van Benedictus kon waarborg nie en laasgenoemde was maar te bly om dit as voorwendsel te gebruik om nie na Rome te gaan nie.