Jan Zamoyski het as stigter en eienaar van die stad groot aandag aan sy versterkings geskenk - dit was immers in 'n gebied geleë waar mense rekening moes hou met moontlike Tatare-aanvalle of ander militêre bedreigings uit die ooste. In die stigtingsdokument het Zamoyski derhalwe belowe om sy stad van borswerings en 'n grag te voorsien. Die plaaslike vesting sou as toevlugsoord vir die bewoners van bedreigde gebiede in die omgewing dien.
Nadat Zamość, wat tot en met 1821 'n privaat besit van die Zamoyski-gesin was, deur die koninklike regering gekoop is, is met die modernisering van die vesting begin. Hierdie boubedrywighede het met die herkonstruksie van talle historiese geboue gepaard gegaan waardeur die oorspronklike vorm en boustyl verander is. Die gemoderniseerde vesting het tydens die Poolse November-opstand in 1830 en 1831 'n beduidende militêre rol gespeel, en dit was die laaste fort wat oorgegee het. Dit is uiteindelik in 1866 vernietig om plek te maak vir die vinnige uitbreiding van nuwe stadsdele.
In 1916 is Zamość se spoorverbinding voltooi. Twee jaar later het Pole weer 'n onafhanklike staat geword, 'n gebeurtenis wat 'n kort tyd later tot 'n kommunistiese rebellie in Zamość sou lei. Die opstand is deur Poolse troepe onder die bevel van majoor Leopold Lis-Kula onderdruk. In 1920 het Sowjet-troepe die stad gedurende die Pools-Sowjetrussiese Oorlog omsingel, maar nie daarin geslaag om dit in te neem nie.
In die 16de eeu het 'n aantal sekondêre skole in Pole-Litaue ontstaan wat geleidelik hoër onderwys van akademiese sou bied. Zamość se akademie is in 1594 deur die destydse kroonkanselier Jan Zamoyski as vierde tersiêre onderwysinstelling in die Pools-Litause Gemenebes gestig en het tot 1784 bestaan.
Die akademie se gebou is 'n voortreflike voorbeeld van vroeë barok-boukuns en 17de eeuse skoolargitektuur, soos uit sy reëlmatige, streng simmetriese ontwerp blyk. Die historiese gebou huisves tans die Jan Zamoyski-gimnasium.