In 1928 is die behoefte aan opgeleide persone om die vrugte prosesserings industrie in die Kaap te lei geidentifiseer. Met hierdie doel in gedagte is Dr Izak Burger op 'n wêreldtoer gestuur wat ondermeer die vrugteproduserende gebiede van Kalifornië en Australië ingesluit het. In sy verslag het hy 'n aanbeveling gemaak dat 'n opleidingsentrum op die been gebring moet word vir die opleiding van individue wie die bestuur van die vrugteprosessering vir die plaaslike en oorsese markte behartig. Vir verskeie redes het hierdie voorstel vir jare nie van die grond gekom nie (ondermeer agv die uitbreek van Wereldoorlog II). Dit was eers in 1946 dat hierdie voorstel werklik verder gevoer is.
Op aandrang van Prof Izak Burger, met die oortuiging van die rektor, professor Bobby Wilcocks, met die hulp van Departement Landbou en befondsing van ondermeer Ímperial Cold Storage', Bladwisselende- en Droë Vrugterade het hierdie idee uiteindelik begin vrugte afwerp. Die eerste studente in Voedselwetenskap het in 1951 ingeskryf. In 1952 is die eerste Departement van Voedselwetenskap in Suid-Afrika (en Afrika) deur die Senaat en Universiteitsraad goedgekeur. Prof RI Nel, die destydse hoof van die Vrugte en Vrugtetegnologie Instituut (FFTRI), is aangestel as spesiale professor in Vrugtetegnologie.
In 1954 is bouwerk aan die Voedselwetenskapgebou voltooi. In 1955 het die eerste 2 Voedselwetenskap studente op Stellenbosch gegradueer. Hulle was Johan Burger, seun van Dr Izak Burger wat later aangestel is as direkteur van Letaba Sitrusverwerkers (LCP) in Tzaneen. Hy het hierdie pos vir etlike jare beklee en het teen 2013 met sy 80ste verjaarsdagviering steeds nie finale aftrede uit die Voedselbedryf oorweeg nie. Jan Hofmeyr, die ander eerste Voedselwetenskaplike het 'n suksesvolle loopbaan by Metalbox/NAMPAK R&D gehad waar hy ondermeer 'n leidende rol gespeel het in die ontwikkeling en verbetering van verpakkingsmateriale vir die plaaslike en oorsese markte. Jan Hofmeyr is aan die einde van 2013 oorlede, maar ter ere aan sy bydrae tot die Voedselbedryf het Nick Starke van Nampak R&D 'n jaarlikse boekprys vir die beste eerstejaar student aan US geskenk.
Dit is interessant om te weet dat die eerste Voedselwetenskap Departement in Brittanje eers in 1958 by die Universiteit van Strathclyde, Glasgow, Skotland geopen is.
Sedert 1954 is daar verskeie kere verander aan die oorspronklike Voedselwetenskapgebou in Hammanshandweg, waarvan die grootste die aanbouing in 2010 was. Die ekstensiewe bou- en opknappingsprojek is moontlik gemaak deur 'n R23 miljoen skenking van die Departement van Onderwys in samewerking met Universiteit van Stellenbosch se Hoopprojek.
Sedert Prof Nel was Prof Chris Smit (1960 – 67), Prof JJ Doesburg, Prof Brian Koepen (1970-80), Prof Gerhard van Noort (1981-1993), Prof Trevor Britz (1995-2004), Prof Corli Witthuhn (2005-2009) onderskeidelik voorsitters van die Departement Voedselwetenskap. Prof Gunnar Sigge is sedert 2009 aangestel in die posisie van Departementele voorsitter.​