Die kleure van die vlag het kulturele, politieke en streeksbetekenisse. Die ligblou verteenwoordig water — veral in sy vorm van reën, aangesien dit ’n kosbare bron is in Botswana, wat op landbou staatmaak, en weens die droë en dorre klimaat van die Kalahariwoestyn onder reëlmatige droogtes gebuk gaan. Die blou verwys ook na die leuse op die wapen van Botswana — Pula, wat in Tswana “Laat daar reën wees” beteken — sowel as die lewe wat deur water onderhou word.
Voor sy onafhanklikheid het Botswana nie oor sy eie koloniale vlag beskik nie, en die vlag van die Verenigde Koninkryk is as die de facto-vlag van die protektoraat gebruik. Toe Botswana se nasionale vlag in 1966 geskep is, is dit simbolies ontwerp om in kontras met die destydse vlag van Suid-Afrika te wees, aangesien laasgenoemde land onder ’n apartheidsregime verkeer het. Vervolgens toon die swart streep met die wit fraiings die vrede en harmonie tussen die mense van Afrika- en Europese afkoms wat in Botswana bly. Die nuwe vlag is middernag op 30 September 1966, die dag toe Botswana ’n onafhanklike land geword het, vir die eerste keer gehys.