Die groei van die Fascistiese Party in België en die Duitse herbesetting van die Rynland in 1936 veroorsaak dat hy 'n politieke beleid van neutraliteit volg. Hy verbreek sy verdedigingsooreenkoms met Frankryk in 1936 en versterk Belgiese verdedigingslyne op sy grense. Die stappe blyk in elk geval vrugteloos te wees, want agt maande na die uitbraak van die Tweede Wêreldoorlog val die Duitse Magte sy land in en op 28 Mei 1940 beveel hy sy weermag om oor te gee. Hy word gevange gehou deur die Duitsers van 1940 tot 1944.
Terwyl Leopold gevangene gehou is het die Belgiese regering sy broer, prins Charles, as regent aangestel. Gedurende Maart 1950 word 'n referendum gehou oor die koning se heraanstelling as koning, waar 57.68% van die inwoners daarvoor te vinde is. Hy aanvaar dit as goedkeuring om weer te regeer, maar na aanvaarding van die verantwoordelikheid kom Leopold agter dat die Belgiese burgers grootliks verdeeld is oor sy aanstelling en hy besluit om te abdikeer. Hy word opgevolg deur sy seun Boudewyn op 16 Julie 1951. Gedurende 1957 help hy die Belgiese regering in 'n ondersoek om wetenskaplike vordering te gebruik om die Belgiese ekonomie en sosiale lewenstyl te verbeter.