News - Ontwikkeling van eerste COVID-19 modelle...
Ontwikkeling van eerste COVID-19 modelle vir SA
Ten spyte van al die onsekerhede rondom die uitbreek van die KOVID-19 pandemie in Suid-Afrika in Maart vanjaar, moes modelleerders so prakties as moontlik te werk gaan ten einde besluitnemers te bemagtig.
Só sê Prof Juliet Pulliam, direkteur van die Suid-Afrikaanse Sentrum vir Epidemiologiese Modellering en Analise (SACEMA), wat by die Universiteit Stellenbos gehuisves word. Tydens 'n onlangse aanlyn praatjie vir Science Café Stellenbosch​, het sy 'n oorsig gegee van haar benadering tot die ontwikkeling van die eerste modelle nadat sy op 28 Februarie deur die Nasionale Instituut vir Oordraagbare Siektes (NIOS) genader is om 'n “rowwe skatting" van die moontlike impak van die siekte te verskaf.
Prof Pulliam het meer as 15 jaar se ervaring in die modelling van oordraagbare siektes, veral in lande met beperkte hulpbronne. Tans is sy ook lid van 'n konsortium van modelleerders wat NIOS en die regering oor die hantering van die pandemie adviseer.
“Wanneer 'n mens met besluitnemers werk, is die grootste uitdaging om so prakties as moontlik te wees. Jy moet maniere vind om die inherente onsekerheid van die modelleringsproses vas te vang, veral in 'n situasie soos dié met soveel onsekerhede oor die siekte, maar terselfdertyd moet jy iets bruikbaars op die tafel sit waarmee hulle kan werk."
“Omdat ons so min data tot ons beskikking gehad het, moes die vroeë modelle eenvoudig en aanpasbaar wees, en daartoe in staat wees om die vele onsekerhede te ondersoek. Die eerste model was dus daarop gemik om 'n rowwe begrip te vorm van hoe die situasie sou lyk indien daar nie opgetree word nie," verduidelik sy.
Dus, pleks om te vra “hoeveel mense gaan geïnfekteer word, het hulle die vraag herfraseer en eerder gevra: “Indien 'n spesifieke hoeveelheid mense geïnfekteer word, hoeveel van hulle gaan sorg benodig, en hoeveel gaan sterf?"
Op grond van hierdie benadering, en teen 'n geraamde infeksievlak van 10%, sou 20 300 tot 87 900 mense sterf. Teen 'n infeksievlak van 40%, sou die ongevallesyfer tussen 81 300 en 351 000 mense wees.
Maar hierdie eerste model het nie vir 'n tydskaal voorsiening gemaak nie, en teen 13 Maart is sy met die volgende vraag gekonfronteer: Hoeveel tyd het ons? Hoe vinnig gaan die epidemie in Suid-Afrika versprei? Wanneer kan ons die eerste 1 000 of 10 000 gevalle verwag?
“Vir hierdie korttermyn projeksies het ons 'n stokastiese model ontwikkel, gebaseer op geen intervensies nie en die aanname dat die helfte van bestaande gevalle onaangemeld bly. Volgens hierdie model so die aantal gevalle tussen 28 Maart en 2 April tot 1 000 gestyg het.
“Op 28 Maart was daar 1 070 bevestigde gevalle. Volgens ons model, sonder die grendeltydperk, sou daar teen 10 April 10 000 gevalle gewees het. Instede daarvan het ons 'n maand later, op 11 Mei, 'n syfer van 10 015 gevalle bereik."
Teen 23 Maart het sy deel geword van die Suid-Afrikaanse COVID modelleringskonsortium – 'n groep spesialiste wat deur NIOS bymekaargebring is om die Departement Gesondheid in die hantering van die pandemie te ondersteun.
Sy sê soos die pandemie homself uitwoed, word ander modelle benodig om nuwe vrae te beantwoord. Tans werk sy aan die Nasionale COVID-19 Epi-Model, een van twee modelle wat deur die konsortium ontwikkel is en deur die Departement van Gesondheid gebruik word in die beplanning van hulpbronne.
“Die model word tans gebruik om die vraag aan te spreek oor hoeveel tyd ons het voordat die land se huidige kapasiteit vir intensiewe sorg oorskry word. Ons benadering was om die aantal gevalle op 1 Junie te vergelyk met voorspellings onder 'n optimistiese en 'n pessimistiese scenario om die huidige verloop van die pandemie te bepaal. Gebaseer op die huidige verloop en langtermyn projeksies, kan die model gebruik word om die moontlike tydstip te bepaal wanneer 'n provinsie sy kapasiteit gaan oorskry."
Prof Pulliam sê hul voorspellings stem tans ooreen met wat in die werklikheid gebeur, veral in die openbare sektor: “In die Wes-Kaap is openbare gesondheidsorg se kapasiteit vir hoësorg reeds oorskry, en daar word hard gewerk om kapasiteit uit te brei en om pasiënte na die privaatsektor oor te plaas."
Die Oos-Kaap is ook besig om kapasiteit vir hoësorg te oorskry, en die ander provinsies behoort teen middel-Julie daardie punt te bereik. Die konsortium se jongste beramings, met inagneming van die invloed van die grendeltydperk van 27 Maart 2020, is vandeesweek bekendgestel. Dit is aanlyn beskikbaar by https://www.nicd.ac.za/diseases-a-z-index/covid-19/surveillance-reports/
Science Café Stellenbosch is 'n inisiatief van die US se Fakulteit Natuurwetenskappe om gesprekke oor wetenskaplike kwessies aan te moedig, in 'n taal wat almal kan verstaan. Besoek ons op Facebook of stuur 'n epos aan sciencecafe@sun.ac.za
Science Cafe Stellenbosch; Science Cafe; SACEMA THE SA DST NRF CENTRE OF EXCELLENCE IN EPIDEMIOLOGICA; Alumni; Faculty of Science