In 1994 voer hy as 29-jarige luitenant 'n staatsgreep uit en word president van Gambië. Later het hy vier keer 'n verkiesing met verskeie partye gewen. Die laaste een in 2011 is egter nie deur die leiers van die Ecowas-state erken nie, omrede daar "intimidasie en onderdrukking" plaasgevind het. In 2013 het hy sy land uit die Britse Statebond onttrek wat sy isolasie net versterk het. Hy het Engels as die amptelike taal afgeskaf en deur Arabies vervang. Hy het toe ook verklaar dat sy lot net in die hande van Allah was en dat hy 'n miljard jaar sou regeer.
In Desember 2016 het hy egter 'n nuwe verkiesing verloor. Aanvanklik het hy sy aftog erken, maar later het hy geweier om die mag oor te dra. Op 20 Januarie is die nuwe president Barrow in die Gambiese ambassade in Senegal beëdig en het Ecowas-magte Gambië binnegeval. Yahya is toe ná onderhandelings in ballingskap gedwing. Sy opvolger Barrow het gemeld dat hy die staatskoffers leeg agtergelaat het.