Met sy terugkeer ná sy jaar lange verblyf in die buiteland is ds. Moorrees op 7 November 1878 in sy vaderland gelegitimeer. Op 29 Oktober 1879 word hy as hulpprediker van die NG gemeente Noorder-Paarl bevestig en neem 'n jaar lank hier waar vir ds. S.J. du Toit. In 1880 aanvaar hy 'n beroep na die NG gemeente Richmond in die Karoo en tree voor sy vertrek daarheen op 3 Augustus 1880, net soos sy pa (se tweede huwelik) en sy oupa, in die huwelik met 'n nooi Smuts, in sy geval Maria Magdalena. Ds. Moorrees beywer hom op Richmond vir die jong mense en laat 'n Christelike Jongeliedevereniging-saal bou. Hy geniet hoë aansien in die breë gemeenskap en selfs die plaaslike Engelssprekendes vra hom om vir hulle dienste te hou.
In sy vergadering van 15 Junie 1900 moes die kerkraad kennis neem van die uitnodiging wat aan hul leraar gerig is om op 'n baie belangrike sending te gaan. Die uitnodiging het gekom van die heer Hargrove namens die komitee wat deur die volkskongres op Graaff-Reinet benoem is. Die werk van die komitee was om afgevaardigdes te benoem om na Engeland te gaan om pogings aan te wend om 'n blywende en eervolle vrede gesluit te kry tussen Engeland en die Boererepublieke. Die kerkraad het besluit om hom te laat gaan, al moes hulle vir minstens vier maande voorsiening maak vir die dienste in die gemeente. Die kerkraad het egter geëer gevoel dat hul leraar vir so 'n sending benoem is en ds. Moorrees het dit self as een van sy belangrikste en gewigtigste take beskou.
Aan die begin van 1901 het die kerkraad 'n memorie ontvang, deur 40 lidmate onderteken, waarin hulle om die afskaffing van die maandelikse diens in Engels vra. Die voorsitter het taktvol gelei en so besluit die kerkraad dat onder die bestaande omstandighede hulle nie vry voel om tot die verandering oor te gaan nie. In Julie 1901 het die kerkraad weer 'n ander moeilikheid gehad om te oorweeg. Dié keer het daar sprake gekom van die gebeure by die pastorie weens die militêre owerheid se optrede. Daar is toe 'n kommissie benoem om op beleefde wyse die onwenslikheid van sulke optrede onder die aandag van die kommandant te bring. Die kerkraadsnotule sê ongelukkig nie wat die optrede behels het nie, maar na alle waarskynlikheid hou dit verband met die gevalle toe daar feitlik by die pastorie ingebreek is om huisondersoek te doen. Ds. Moorrees het in 1908 moeilik afskeid geneem omdat hy besonder geheg aan die gemeente was.
Dié foto van die Kweekskool op Stellenbosch is in 1907 geneem, 'n jaar voor ds. Moorrees 'n hoogleraar daar geword het.
Van 1894 tot 1906 is ds. Moorrees assessor van die Kaapse Kerk en dien in 1905 in die breë kerklike kommissie wat die vereniging van die vier NG Kerke in die vier kolonies probeer bewerkstellig. Hy dien ook in verskeie ander belangrike kommissies, soos die Kommissie van Revisie. In 1906 word hy moderator, die hoogste amp in die Kaapse Kerk. Selfs nog ná sy aftrede in die 1930's, toe die stryd om prof. John du Plessis, eweneens hoogleraar aan die Kweekskool, ontbrand oor sy "liberale beskouings", word prof. Moorrees dikwels in moeilike sake geraadpleeg en gee hy met sy kalm en nugtere oordeel waardevolle rigting en leiding. Belangrike staatsposte is hom aangebied, maar hy het dit altyd van die hand gewys om sy dienste uitsluitlik aan die Kerk te gee.
Prof. Moorrees het uitmuntende diens aan die onderwyssaak bewys, nie net deur die bevordering van onderwysbelange in die verskillende gemeentes wat hy as predikant bearbei het nie, maar ook deur die aardige rol wat hy vervul het in verband met die werksaamhede van verskeie kommissies insake openbare onderwys waarin hy gedien het. Hy was jare lank voorsitter van die Sinodale Onderwyskommissie. In 1891 tree hy op as lid van die parlementêre kommissie vir die onderwys, terwyl hy in 1915 benoem word tot voorsitter van die kommissie vir die provinsiale taal-ordonnansie. Van 1896 tot 1918 was hy eksaminator in Nederlands by verskeie eksamens van die Universiteit van die Kaap die Goeie Hoop, terwyl hy, sedert die instelling van die graad, ook behulpsaam was in verband met die eksamens vir die graad B.D. Van 1897 was hy onafgebroke lid van die Raad van die ou universiteit en toe die drie nuwe universiteite op 2 April 1918 in die lewe geroep word, word prof. Moorrees, wat van 1908 af lid en later voorsitter was van die Raad van die Victoria-kollege, gekies tot eerste vise-kanselier en voorsitter van die Universiteit van Stellenbosch. Hy beklee dié amp met onderskeiding tot 1932 toe hy kanselier word, 'n ereposisie wat hy tot sy dood beklee. Hy was saam met dr. D.F. Malan en mnr. J.G. van der Horst medeopsteller van die voorlegging aan die owerheid van die klassieke memorandum waarin Stellenbosch aangedui word as die plek waar die Afrikanervolk sy ideale verwesenlik kan sien en die grootste invloed op Suid-Afrika kan uitoefen.
In 1919 ken die Universiteit van Suid-Afrika as erkenning vir sy groot dienste aan die land en volk 'n eredoktorsgraad in die lettere. Hierna volg ook 'n LL.D. van die Universiteit van Kaapstad in 1925 en 'n D.Phil. van die Universiteit van Stellenbosch. Hy ontvang ook briewe van volksleiers soos genl. Louis Botha, pres. M.T. Steyn, John X. Merriman en kerkleiers soos dr. Andrew Murray.
"As kanselredenaar het hy vir hom buitengewone roem verwerf deur sy skitterende welsprekendheid. In die kerklike vergaderings, in die Ring net soos in die Sinode, het hy altyd 'n ereplek ingeneem en sy invloed ten goede laat geld ... Prof. dr. Moorrees verteenwoordig die aristokratiese ideaal van die predikantedom uit die verlede. Sy voorkoms is eerwaardig en dwing eerbied af. Ook is hy op sy uiterlike gesteld - altyd net en proper. Hierdie ordelikheid en swier dra hy met hom in al sy werk. Of hy lei en of hy volg, steeds doen hy dit met waardigheid en met 'n besef van een hoge en heilige roeping." Eerw. Dreyer, Eeuwfeest-Album van de Nederduits Gereformeerde Kerk in Zuid-Afrika, 1924.
"Op sy studente het hy 'n groot invloed uitgeoefen, veral deur sy netheid, presiesheid en deeglikheid. Hy lewe vir sy vak en doen deurdringende navorsing om die belangrike publikasie oor die geskiedenis van die NG Kerk die lig te laat sien. Hy het hom tot sy uittrede nog steeds van Nederlands as voertaal bedien, terwyl sy kanseltaal nooit afgewyk het van die deftige Nederlands nie." - Prof. dr. P.B. van der Walt, F.A.K. se Afrikaanse Kultuuralmanak, 1980.
Van prof. Moorrees se sewe kinders is een jonk oorlede. 'n Seun, dr. Dio F. Moorrees, word 'n bekende in kerklike kringe en 'n dogter is getroud met ds. P.H. Theron van Klerksdorp. Hy was 'n bekende Transvaalse predikant. Hulle kinders was: