Hy word as waarnemende kommandant aangestel, en in die Tweede Basoeto-oorlog van 1865 toon hy sy militêre vernuf toe hy met 'n nuwe krygsplan na vore kom deur die bergvestings van die Basoeto's met die voorlaaierkanon te bestook terwyl die burgers die steil berghange onder dekking van die kanonvuur uitklim. So slaag hy en sy manskappe daarin om die een versting na die ander te oorrompel, tot hulle in Augustus 1865 weer by die hoofmag by Thaba Bosigo kon aansluit.
Nadat die eerste aanval op hierdie bykans onneembare bergvesting van Mosjesj op 8 Augustus 1865 misluk het, word die volgende aanval op 15 Augustus 1865 van stapel laat loop. Kmdt-genl Fick verleen aan Wepener toestemming om met 500 vrywilligers gesteun deur 'n paar kanonne, die bergpoort van agter die Franse sendingstasie te bestorm. Die Basoeto-krygers probeer die aanval stuit deur groot rotsblokke teen die helling af te rol. Na 'n anderhalfuur se gesukkel teen die feitlik loodregte kranse uit, bereik Wepener en 'n handjievol staatmakers die bergpoort, wat met klipskanse versper is. In die laat middaguur besluit die onverskrokke Wepener om met slegs die handjievol burgers en met net pistole gewapen, die vyand aan te durf. By die eerste twee skanse slaag hulle daarin om die Basoeto-krygers terug te dwing, maar by die derde word Wepener dodelik gewond. Mosjesj was so beïndruk deur Wepener se dapperheid dat hy geëis het dat sy hart uitgesny en gebraai moet word sodat elke jong kaptein daarvan 'n stukkie kan eet.