RNA virüsleri

Genetik materyali RNA (ribonükleik asit) olan virüslere RNA virüsü denir. Nükleik asitleri genellikle tek iplikçikli RNA (tiRNA) yapısındadır ancak çift iplikçikli olanlar da mevcuttur (çiRNA). Önemli insan hastalıklarına neden olan RNA virüslerine örnekler: ebola virüsü, SARS, nezle, grip, hepatit C, batı nil virüsü, çocuk felci ve kızamık.
UAVTK sınıflandırmasındaki RNA virüs aileleri, Baltimor sınıflandırmasında Grup III, Grup IV ve Grup V'in altında yer almaktadırlar, genetik materyal olarak RNA barındıran ancak replikasyonda aracı olarak DNA kullanan virüsler (Retrovirüs) ise Grup VI'da yer alırlar.
Retrovirüsler haricindeki tüm RNA virüslere ribovirüs de denilmektedir.
Karakteristikleri
Tek iplikçikli RNA virüsleri ve RNA yönelimi
Tek iplikçikli RNA virüsleri genom yönelimlerine (polarite) göre de alt gruplara ayrılırlar, bunlar pozitif yönelimli, negatif yönelimli ya da çift yönelimli (ambises) olabilmektedirler. Pozitif yönelimli RNA, mRNA'ya benzer ve bu nedenle konak hücre ribozomları tarafından doğrudan okunabilir. Negatif yönelimli RNA ise mRNA'nın tamamlayıcısıdır, konak hücre ribozomlarının okuyabilmesi için RNA polimeraz enzimi tarafından pozitif iplikçiğe dönüştürülmesi gerekir. Pozitif yönelimli RNA'ya enfektif RNA'da denmektedir. Ambisens RNA virüsleri, pozitif iplikçikli genlere çevirmek dışında negatif yönelimli RNA virüslerine benzerler.
çift iplikçikli RNA virüsleri
Çift iplikçikli RNA virüsleri, virüslerin çok geniş konak aralığına sahip (insan, hayvan, bitki, mantar ve bakteri), genom segment sayısı birden onikiye kadar değişebilen ve virion organizasyonu (T-sayısı, kapsid katmanları ya da taretleri) farklı bir grubunu temsil eder. Bu grubun içinde rotavirüsler de dahil olmak üzere önemli birçok patojen virüsler yer almaktadır.
tek iplikçikli ters transkripsiyonlu RNA virüsleri
Bu grupta Retrovirüsler yer alır. Bu virüslerin genomları diploit yapıdadır (tek iplikçikten iki adet barındırır). Relikasyonda RNA ters transkripsiyon (RNA'ya bağımlı DNA polimeraz) enzimi vasıtasıyla DNA'ya dönüştürülür. Bu DNA konak hücre genomuna entegre olabilmektedir (profaj).
Mutasyon oranları
RNA virüslerinin mutasyon oranları DNA virüslerine oranla çok daha fazladır, bunun nedeni DNA polimeraz enziminin hata düzeltme kabiliyetinin olmasıdır. Bu durum RNA virüslerine karşı etkili aşı geliştirme çabalarını zorlaştrmaktadır. Retrovirüsler yüksek mutasyon oranlarına sahip olmalarının yanı sıra, aracı DNA ile konak genomuna entegre olabilmektedirler (ve böylece konak DNA'sının hata düzeltme sisteminden faydalanırlar). Bazı RNA virüslerinde replikasyon döngüsünü etkileyecek mutasyonlar tolere edilemez. Örneğin, hepatit C virüsü genomunun kor proteinlerini kodlayan bölgeleri yüksek oranda korunur, çünkü bu kısım dahili ribozom giriş sahasını kapsayan RNA yapısını içerir.
Grup IIIçiRNA virüsleri
On bir aile, belirlenmemiş cinsler ve türlerin tanımlandığı bir gruptur.
Aile Amalgaviridae
Aile Birnaviridae
Aile Chrysoviridae
Aile Cystoviridae
Aile Endornaviridae
Aile Hypoviridae
Aile Megabirnaviridae
Aile Partitiviridae
Aile Picobirnaviridae
Aile ReoviridaeRotavirus dahil
Aile Totiviridae
Aile Quadriviridae
Belirlenmemiş türler:
Botrytis porri RNA virus 1
Circulifer tenellus virus 1
Cucurbit yellows associated virus
Sclerotinia sclerotiorum debilitation-associated virus
Spissistilus festinus virus 1
Grup IVpozitif yönelimli tiRNA virüsleri
Bu grup altında üç takım ve 33 aile tanımlanmıştır. Bunun yanında sınıflandırılmamış türler ve cinsler de bulunmaktadır.
Takım Nidovirales
Aile Arteriviridae
Aile Koronavirüsler Koronavirüs, MERS, SARS ve 2019-nCoV dahil
Aile Mesoniviridae
Aile Roniviridae
Takım Picornavirales
Aile Dicistroviridae
Aile Iflaviridae
Aile Marnaviridae
Aile PicornaviridaePoliovirus, Rhinovirus (nezle virüsü), Hepatitis A virüsü dahil
Aile Secoviridae, Comovirinae alt ailesi dahil
Cins Bacillariornavirus
Cins Dicipivirus
Cins Labyrnavirus
Cins Sequiviridae
Tür Kelp fly virus
Takım Tymovirales
Aile Alphaflexiviridae
Aile Betaflexiviridae
Aile Gammaflexiviridae
Aile Tymoviridae
Belirlenmemiş:
Aile Alphatetraviridae
Aile Alvernaviridae
Aile Astroviridae
Aile Barnaviridae
Aile Benyviridae
Aile Bromoviridae
Aile Caliciviridae Norwalk virüsü dahil
Aile Carmotetraviridae
Aile Closteroviridae
Aile Flaviviridae Sarıhumma virüsü, Batı Nil virüsü, Hepatit C virüsü, Deng humması virüsü, Zika virüsü dahil
Aile Fusariviridae
Aile Hepeviridae
Aile Leviviridae
Aile Luteoviridae Arpa sarı bodur virüsü dahil
Aile Narnaviridae
Aile Nodaviridae
Aile Permutotetraviridae
Aile Potyviridae
Aile Togaviridae Kızamıkçık virüsü, Ross Nehri virüsü, Sindbis virüsü, Chikungunya virüsü dahil
Aile Tombusviridae
Aile Virgaviridae
Belirlenmemiş cinsler:
Cins Blunervirus
Cins Cilevirus
Cins Higrevirus
Cins Idaeovirus
Cins Negevirus
Cins Ourmiavirus
Cins Polemovirus
Cins Sobemovirus
Belirlenmemiş türler:
Acyrthosiphon pisum virus
Blueberry necrotic ring blotch virus
Chara australis virus
Extra small virus
Jingmen tick virus
Le Blanc virus
Nylanderia fulva virus 1
Orsay virus
Plasmopara halstedii virus
Rosellinia necatrix fusarivirus 1
Santeuil virus
Solenopsis invicta virus 2
Solenopsis invicta virus 3
Uydu virüsler
Chronic bee paralysis associated satellite virus
Grup Vnegatif yönelimli tiRNA virüsleri
Bu grup altında bir takım ve 8 ailetanımlanmıştır. Ayrıca belirlenmemiş cinsler ve türler de bulunmaktadır.
Takım Mononegavirales
Aile BornaviridaeBorna disease virus
Aile Filoviridaeincludes Ebola virus, Marburg virus
Aile Paramyxoviridaeincludes Measles virus, Mumps virus, Nipah virus, Hendra virus, RSV and NDV
Aile Rhabdoviridaeincludes Rabies virus
Aile Nyamiviridaeincludes Nyavirus
Belirlenmemiş aileler:
Aile Arenaviridaeincludes Lassa virus
Aile Bunyaviridaeincludes Hantavirus, Crimean-Congo hemorrhagic fever
Aile Ophioviridae
Aile Orthomyxoviridaeincludes Influenza viruses
Belirlenmemiş cinsler:
Cins Deltavirusincludes Hepatitis D virus
Cins Dichorhavirus
Cins Emaravirus
Cins Nyavirusincludes Nyamanini and Midway viruses
Cins Tenuivirus
Cins Varicosavirus
Belirlenmemiş türler:
Sclerotinia sclerotiorum negative-stranded RNA virus 1
Source: