Rhodobacter capsulatus

Rhodobacter capsulatus, fotosentez yoluyla enerji elde edebilen bir grup bakteri olan mor bakteri türüdür. Adı Latince sıfat "capsulatus" ("bir kafes ile", "kapsüllenmiş"), kendisi türetilmiş olan Latince isim "capsula" ("küçük bir kutu veya kafes" anlamına gelir) ve eril isimler için olan Latin son eki, "-atus" (bir şeyin başka bir şeyle "sağlandığını" belirtir) üzerinden türetilmiştir.
Tam genomu dizilenmiştir ve halka açıktır.
Keşif
Rhodobacter capsulatus'un keşfi, Çek-Avusturya botanikçisi Hans Molisch'e atfedilmektedir. Mikroorganizma daha sonralarda Rhodonostoc capsulatum olarak adlandırılmıştır ve 1907 yılında Die Purpurbakterien nach neuen Untersuchungen adlı kitabında tanımlanmıştır. Daha sonra C. B. van Niel 1944'te Rhodopseudomonas capulata olarak yeniden isimlendirilen türü daha da karakterize etti. Van Niel başlangıçta Kaliforniya ve Küba'da toplanan çamur örneklerinden kültür alabildiği 16 R. capsulata suşunu tanımladı. 1984 yılında türler, Rhodobacter cinsinin tanıtılmasıyla Rhodobacter capsulatus olarak yeniden sınıflandırılmıştır. Bu cins, Rhodopseudomonas cinsinin türlerini R. capsulatus ve R. sphaeroides gibi veziküler intrasitoplazmik membranları (hücrede sıklıkla fotosenteze dahil olan zara bağlı bölmeler) olanlar gibi belirgin morfolojik farklılıklar ile daha iyi ayırt etmek için tanıtıldı.
Ekoloji
Bu bakteri doğal su kaynakları veya kanalizasyon gibi sulu ortamları tercih eder. R. capsulatus ABD ve Küba'dan tecrit edilmiştir. Başlangıçta, bu bakteriler laboratuvardan numunelerini RCVBN (DL-malik asit, amonyum sülfat, biyotin, nikotinik asit, eser elementler ve bazı ilave bileşikler) ortamına yerleştirerek ve anaerobik olarak bol ışıkla inkübasyon ile büyütülebilir. Bu plakalar üzerindeki koloniler daha sonra izole edilebilir, saf kültürde büyütülebilir ve R. capsulatus olarak tanımlanabilir. Genomunun dizilimi ile, RNA ve DNA dizilimi artık bu türü tanımlamak için kullanılabilir.
Önem
Rhodobacter capsulatus, gen aktarım maddesi(GTA, GAM) ürettiği gözlemlenen ilk mikroorganizma idi. Yatay gen transferine yardımcı olmak için, GAM'ı üreten hücrenin kromozomundan küçük miktarlarda DNA aktaran faj benzeri bir partiküldür. Parçacıklarda bulunan DNA da rastgeledir; GAM üretimi için gereken tüm genleri içermez. Bir transdüksiyon partikülüne biraz benzemekle birlikte, bir faj DNA'yı viral partiküllere gönderirken GAM'lar kazara oluşmaz. GAM'lar için genler ve bunların düzenlenmesi, bir faj tarafından değil, hücrenin kendisi tarafından kontrol edilir. Bu parçacıklar ilk olarak, araştırmacılar R. capsulatus'un birkaç farklı antibiyotiğe dirençli suşunu koydukları birlik kültüründe çift dirençli suşlar gözlemlediklerinde tanımlandı. Bu DNA değişimi hücre teması ortadan kaldırıldığında ve konjugasyon, transformasyonu engellenmesinde etkili olan DNaz eklendiğinde bile gözlenmiştir. Küçük bir filtrelenebilir madde bu hızlı genetik değişimin kaynağı olarak tanımlandı. Bu maddeleri aşırı üreten bir mutant suş oluştuğunda, parçacıkların bir faj tarafından değil, R. capsulatus tarafından üretildiği kanıtlanmıştır. GAM üretimi için gen diziliminden sonra, GAM'lar ürettiği öğrenilen daha fazla tür bulunması Rhodobacter capsulatusun gen transfer maddesinin RcGTA olarak kısaltılmasına yol açtı. Hücrenin, sert koşullarda genomik DNA'nın paylaşılmasına izin vereceği ve popülasyonun genel genetik çeşitliliğini artıracak olan GAM üretmeye başlayabileceği öne sürülmüştür.