PubMed Central

PubMed Central (PMC), biyomedikal ve yaşam bilimleri dergilerinde yayınlanan açık erişimli tam metin bilimsel makaleleri arşivleyen ücretsiz bir dijital depodur. Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) tarafından geliştirilen başlıca araştırma veri tabanlarından biri olan PubMed Central, bir belge deposundan daha fazlasıdır. PMC'ye yapılan başvurular, her makale için XML yapılandırılmış verileri zenginleştiren gelişmiş metaveriler, tıbbi ontoloji ve benzersiz tanımlayıcılar için indekslenir ve biçimlendirilir. PMC'deki içerik diğer NCBI veritabanlarına bağlanabilir ve Entrez arama ve erişim sistemleri aracılığıyla erişilebilir, bu da halkın biyomedikal bilgisini keşfetme, okuma ve geliştirme yeteneğini daha da geliştirir.
PubMed Central, PubMed'den farklıdır. PubMed Central, bir web tarayıcısı aracılığıyla (yeniden kullanım için çeşitli hükümlerle) herhangi bir yerden herkesin erişebileceği, tam makalelerin ücretsiz bir dijital arşividir. Tersine, PubMed biyomedikal alıntıların ve özetlerin aranabilir bir veritabanı olmasına rağmen, tam metin makale başka bir yerde (basılı veya çevrimiçi, ücretsiz veya abone ödeme duvarının arkasında) bulunur.
Aralık 2018 itibariyle PMC arşivi, NIH Kamu Erişim Politikası uyarınca yayıncılardan veya makalelerini depoya yatıran yazarlardan gelen katkılarla 5,2 milyondan fazla makale içeriyordu. Daha önceki veriler, Ocak 2013'ten Ocak 2014'e kadar yazar tarafından başlatılan birikimlerin 12 aylık bir dönemde 103.000 makaleyi aştığını göstermektedir. PMC, yayınlanmış içeriklerini PMC deposuna yatırmak için bazı kapasitelerde katılan yaklaşık 4.000 dergi tanımlamaktadır. Bazı yayıncılar, makalelerinin PubMed Central'da yayınlanmasını, dergiye bağlı olarak birkaç aydan birkaç yıla kadar değişen ve "ambargo süresi" olarak adlandırılan belirli bir süre için geciktirmektedir. (Altı ila on iki aylık ambargolar en yaygın olanlarıdır.) PubMed Central, birçok yayıncının katılımcı sözleşmeleri tarafından hala yasaklanmış olan "üçüncü bir tarafça sistematik harici dağıtım" için önemli bir örnektir.
Benimseme
Şubat 2000'de başlatılan NIH Kamu Erişim Politikası, Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH) tarafından finanse edilen tüm araştırmaların herkes tarafından serbestçe erişilebilir olmasını sağlamak üzere tasarlandığından ve buna ek olarak birçok yayıncı, çalışmalarına ücretsiz erişim sağlamak için NIH ile işbirliği içinde çalıştığından, depo hızla büyümüştür. 2007 yılının sonlarında, 2008 Konsolide Ödenek Yasası (H. R. 2764) yasalaştı ve NIH'in politikalarını değiştirmesini ve hakemli araştırmalarının ve NIH tarafından finanse edilen araştırmalardan elde edilen bulguların tam elektronik kopyalarının PubMed Central'a dahil edilmesini gerektiren bir hüküm içeriyordu. Bu makalelerin yayınlandıktan sonraki 12 ay içinde dahil edilmesi gerekmektedir. Bu, ABD hükümetinin ilk kez bir kurumdan araştırmalara açık erişim sağlamasını talep ettiği ve NIH'in araştırmacılardan araştırmalarını gönüllü olarak PubMed Central'a eklemelerini istediği 2005 politikasından bir evrimdir.
PubMed Central sisteminin Birleşik Krallık versiyonu olan UK PubMed Central (UKPMC), Wellcome Trust ve British Library tarafından Birleşik Krallık araştırma fonlayıcılarından oluşan dokuz kişilik bir grubun parçası olarak geliştirilmiştir. Bu sistem Ocak 2007'de hayata geçirilmiştir. 1 Kasım 2012 tarihinde Europe PubMed Central adını almıştır. PubMed Central International ağının Kanadalı üyesi PubMed Central Canada, Ekim 2009'da faaliyete geçmiştir.
Ulusal Tıp Kütüphanesi "NLM Journal Publishing Tag Set" dergi makalesi işaretleme dili ücretsiz olarak kullanılabilir. Öğrenilmiş ve Profesyonel Toplum Yayıncıları Birliği, "hem kitaplar hem de dergiler için bilimsel içerik hazırlamada standart haline gelmesi muhtemeldir" yorumunu yapmaktadır. Kitaplar için ilgili bir DTD mevcuttur. Kongre Kütüphanesi ve Britanya Kütüphanesi NLM DTD'yi desteklediklerini açıklamışlardır. Dergi hizmet sağlayıcıları arasında da popüler olmuştur.
NIH'in ötesinde birçok kurum için kamu erişim planlarının yayınlanmasıyla birlikte PMC, daha geniş bir makale yelpazesi için depo olma sürecine girmiştir. Buna, arayüzü "PubSpace" olarak markalanan NASA içeriği de dahildir.
Teknoloji
Makaleler, yayıncılar tarafından çeşitli makale DTD'leri kullanılarak XML veya SGML olarak PubMed Central'a gönderilir. Daha eski ve büyük yayıncıların kendi kurum içi DTD'leri olabilir, ancak birçok yayıncı NLM Journal Publishing DTD'sini kullanır (yukarıya bakın).
Alınan makaleler XSLT aracılığıyla çok benzer NLM Arşivleme ve Değişim DTD'sine dönüştürülür. Bu işlem, düzeltilmesi için yayıncıya geri bildirilen hataları ortaya çıkarabilir. Grafikler de standart formatlara ve boyutlara dönüştürülür. Orijinal ve dönüştürülmüş formlar arşivlenir. Dönüştürülen form, grafikler, multimedya veya diğer ilişkili veriler için ilişkili dosyalarla birlikte ilişkisel bir veritabanına taşınır. Birçok yayıncı makalelerinin PDF'lerini de sağlar ve bunlar değiştirilmeden kullanıma sunulur.
Bibliyografik atıflar ayrıştırılır ve otomatik olarak PubMed'deki ilgili özetlere, PubMed Central'daki makalelere ve yayıncıların web sitelerindeki kaynaklara bağlanır. PubMed bağlantıları da PubMed Central'a yönlendirir. Bu kaynaklardan birinde henüz mevcut olmayan dergiler veya belirli makaleler gibi çözülemeyen referanslar veritabanında izlenir ve kaynaklar mevcut olduğunda otomatik olarak "canlı" hale gelir.
Kurum içi bir indeksleme sistemi arama kabiliyeti sağlar ve jenerik ve tescilli ilaç isimleri ve organizmalar, hastalıklar ve anatomik parçalar için alternatif isimler gibi biyolojik ve tıbbi terminolojinin farkındadır.
Bir kullanıcı bir dergi sayısına eriştiğinde, o sayı için tüm makaleler, mektuplar, başyazılar vb. alınarak otomatik olarak bir içindekiler tablosu oluşturulur. Makale gibi gerçek bir öğeye ulaşıldığında, PubMed Central NLM işaretlemesini teslimat için HTML'ye dönüştürür ve ilgili veri nesnelerine bağlantılar sağlar. Bu mümkün olmaktadır çünkü gelen veri çeşitliliği öncelikle standart DTD'lere ve grafik formatlarına dönüştürülmüştür.
Ayrı bir gönderim akışında, NIH tarafından finanse edilen yazarlar, NIH Makale Gönderimini (NIHMS) kullanarak PubMed Central'a makale gönderebilirler. Bu şekilde gönderilen makaleler genellikle NLM DTD'ye dönüştürülmek üzere XML işaretlemesinden geçer.
Karşılama
Akademik yayıncılık camiasında PubMed Central'a yönelik tepkiler, bazılarının gerçek bir coşku, bazılarının ise temkinli bir endişe duyması arasında değişmektedir.
PMC, biyomedikal bilginin keşfini ve yayılmasını artırma becerisiyle açık erişim yayıncıları için memnuniyet verici bir ortak olsa da aynı gerçek, diğerlerinin trafiğin kaydın yayınlanmış versiyonundan saptırılması, daha az okuyucunun ekonomik sonuçları ve öğrenilmiş toplumlar içinde bir akademisyen topluluğunun sürdürülmesi üzerindeki etkisi konusunda endişelenmesine neden olmaktadır. 2013 yılında yapılan bir analiz, yayınlanan makalelerin kamuya açık havuzlarının "önemli sayıda okuyucuyu dergi web sitelerinden uzaklaştırmaktan" sorumlu olduğuna ve "PMC'nin etkisinin zaman içinde arttığına" dair güçlü kanıtlar bulmuştur.
Kütüphaneler, üniversiteler, açık erişim destekçileri, tüketici sağlığı savunma grupları ve hasta hakları örgütleri PubMed Central'ı beğendiler ve vergi mükelleflerinin desteğinin sonucu olan tüm araştırma yayınlarını özgürce paylaşmak için diğer federal finansman kurumları tarafından geliştirilen benzer kamu erişim havuzlarını görmeyi umuyorlar.
Açık erişim yayıncılığına ilişkin Antelman çalışması, felsefe, siyaset bilimi, elektrik ve elektronik mühendisliği ve matematik alanlarında açık erişim makalelerinin daha büyük bir araştırma etkisine sahip olduğunu ortaya koymuştur. Randomize bir çalışma, açık erişim makalelerinin içerik indirmelerinde bir artış olduğunu, ancak yayından bir yıl sonra abonelik erişimine göre atıf avantajı olmadığını ortaya koymuştur.
NIH politikası ve açık erişim deposu çalışması, diğer federal kurumlarda da harekete geçilmesine yol açan 2013 tarihli bir başkanlık direktifine ilham verdi.
Mart 2020'de PubMed Central, koronavirüsle ilgili yayınların tam metni için para yatırma prosedürlerini hızlandırdı. NLM bunu, Beyaz Saray Bilim ve Teknoloji Politikası Ofisi ve uluslararası bilim insanlarından gelen talep üzerine, bilim insanlarının, sağlık hizmeti sağlayıcılarının, veri madenciliği yenilikçilerinin, yapay zeka sağlık araştırmacılarının ve genel halkın erişimini iyileştirmek için yaptı.
PMCID
PMC referans numarası olarak da bilinen PMCID (PubMed Central identifier), PubMed Central açık erişim veri tabanı için bir bibliyografik tanımlayıcıdır, tıpkı PMID'nin PubMed veri tabanı için bibliyografik tanımlayıcı olması gibi. Ancak bu iki tanımlayıcı birbirinden farklıdır. "PMC" ve ardından yedi rakamdan oluşan bir dizeden oluşur. Format şöyledir:
PMCID: PMC1852221
NIH ödülleri için başvuran yazarlar, PMCID'yi başvurularına dahil etmelidirler.