Virüs sınıflandırması

Virüs sınıflandırması, virüslerin taksonomik bir sistem içinde adlandırılma ve gruplandırılmalarını içerir. Hücresel canlıların görece oturmuş sınıflandırma sistemlerinde olduğu gibi, virüs sınıflandırması da süregiden tartışma ve önerilerin konusudur. Bu, büyük ölçüde, virüslerin henüz kesin bir şekilde "canlı" ya da "canlı olmayan" varlıklar olarak tanımlanamamış olmasından kaynaklanmaktadır. Dolayısıyla da virüsler, bitkiler ve hayvanlar gibi hücresel canlıları konu edinen biyolojik sınıflandırma sistemleri içine çeşitli nedenlerle sorunsuz bir şekilde yerleştirilememektedir.
Virüs sınıflandırması, virüslerin yapı (morfoloji), nükleik asit tipi, çoğalma tarzı, konak canlı ve neden oldukları hastalık gibi fenotipik özelliklerini temel alır. Bunun için günümüzde Baltimor sınıflandırması ve UVTK sınıflandırması olarak iki ana sistem birlikte kullanılmaktadır.
Sınıflandırma yöntemleri
Baltimore sınıflandırması
Baltimore sınıflandırması, virüsleri nükleik asit türü (DNA ya da RNA), nükleik asiti ipliği sayısı (tek iplikli ya da çift iplikli) ve çoğalma yöntemine göre Roma rakamları ile numaralanmış yedi gruptan birinin içine yerleştirir. Neden oldukları hastalıklar ve morfolojik özelliklerine göre de sınıflandırılmaları mümkünse de farklı virüslerin aynı hastalığa yol açabiliyor olması ve yapılarının çok benzer olabilmesi nedeniyle bu yöntemler tatminkar değildir. Ayrıca, çok küçük boyutları nedeniyle virüslerin yapılarının mikroskop altında belirlenmesi de oldukça zordur. Bu noktada, genomlarına göre sınıflandırmak, benzer davranış gösteren virüslerin belli kategorilerde toplanmasını sağlar. Böylece, ileri araştırmalar için belli bir yol da çizilebilmektedir. Nobel Ödülü biyolog David Baltimore tarafından geliştirilmiştir.
Baltimore sınıflandırmasının sunduğu ve Roma rakamlarıyla numaralandırılmış olan yedi grup aşağıda verilmiştir:
UVTK sınıflandırması
Uluslararası Virüs Taksonom Komitesi (UVTK), 1990'ların başında, virüslerin adlandırılması ve sınıflanması için çeşitli kurallar geliştirerek uygulamaya koymuştur ve günümüzde de virüs türlerinin adlandırılması ve bu sistem içinde yerleştirilmesini gözetmektedir. UVTK sınıflandırması, takson yapısına sahip olması gibi özellikleriyle biyolojik sınıflandırma yöntemleri ile çeşitli benzerlikler taşısa da bazı farklarla onlardan ayrılır:
UVTK sınıflandırması takım seviyesinden başlar ve tür seviyesine kadar iner. Geçerli seviyeler, ilgili takson son ekleri parantez içinde belirtilmiş halde, şöyledir:
Takım (-virales)
Familya (-viridae)
Alt familya (-virinae)
Cins (-virus)
Tür (-virus)
Uluslararası Bitkibilimsel Adlandırma Kuralları'ndakine benzer şekilde, cins ve tür adlarından başka takım ve familya adları da italik yazılır.
Önemli bir fark, tür adlarının genellikle [Hastalık]virus biçiminde belirlenmesidir.
Yaklaşık 80 familya ve 4.000 türün bilindiği bu sistemde takımların tanımlanması henüz çok yenidir ve yavaş işlemektedir: bugüne dek yalnızca üç takım belirlenmiştir (Caudovirales, Nidovirales, Mononegavirales) ve çoğu familya herhangi bir takım altına yerleştirilmemiş durumdadır. Benzer şekilde, 24 kadar cinsin de familyaları henüz belli değildir.
Sınıflandırma
Grup I: çift iplikli DNA virüsleri
Takım Caudovirales
Familya Myoviridae
Familya Podoviridae
Familya Siphoviridae
Hastalık yapanlar:
Familya Ascoviridae
Familya Adenoviridae
Familya Asfiviridae
Familya Baculoviridae
Familya Corticoviridae
Familya Fuselloviridae
Familya Guttaviridae
Familya Herpesviridae
Familya Iridoviridae
Familya Lipothrixviridae
Familya Nimaviridae
Familya Papillomaviridae
Familya Phycodnaviridae
Familya Plasmaviridae
Familya Polyomaviridae - Simian virüs 40
Familya Poxviridae - e. g. Cowpox virus, Variola virus (smallpox)
Familya Rudiviridae
Familya Tectiviridae
Hastalık yapanlar:
Mimivirüs; Tipik türü: Acanthamoeba polyphaga mimivirus
Grup II: tek iplikli DNA virüsleri
Unassigned bakteriyofajlar
Familya Inoviridae
Familya Microviridae
Hastalık yapan virüsler:
Familya Geminiviridae
Familya Circoviridae
Familya Nanoviridae
Familya Parvoviridae - Parvovirüs B19 adenovirüs
Hastalık yapanlar:
Anellovirus; Tipik türü: Torque teno virus
Grup III: çift iplikli RNA virüsleri
Familya Birnaviridae
Familya Chrysoviridae
Familya Cystoviridae
Familya Hypoviridae
Familya Partitiviridae
Familya Reoviridae - Rotavirüs
Familya Totiviridae
Hastalık yapanlar:
Endornavirüs; Tipik türü: Vicia faba endornavirus
Grup IV: pozitif polariteli tek iplikli RNA virüsleri
TakımNidovirales
Familya Arteriviridae
Familya Coronaviridae
Familya Roniviridae
Hastalık yapanlar:
Familya Astroviridae
Familya Barnaviridae
Familya Bromoviridae
Familya Caliciviridae
Familya Closteroviridae
Familya Comoviridae
Familya Dicistroviridae
Familya Flaviviridae - Hepatit C virüsü
Familya Flexiviridae
Familya Hepeviridae - Hepatit E virüsü
Familya Leviviridae
Familya Luteoviridae
Familya Marnaviridae
Familya Narnaviridae
Familya Nodaviridae
Familya Picornaviridae - Hepatit A virüsü
Familya Potyviridae
Familya Sequiviridae
Familya Tetraviridae
Familya Togaviridae - Kızamıkçık virüsü
Familya Tombusviridae
Familya Tymoviridae
Hastalık yapanlar:
Cins Benyvirus; Tipik türü: Pancar nekrotik sarı damar virüsü
Cins Cheravirus; Tipik türü: Kiraz yaprak virüsü
Cins Furovirus; Tipik türü: Soil-borne buğday mozaik virüsü
Cins Hordeivirus; Tipik türü: Arpa çizgili mozaik virüsü
Cins Idaeovirus; Tipik türü: Ahududu cüce virüsü
Cins Machlomovirus; Tipik türü: Mısır klorotik benekli virüsü
Cins Ourmiavirus; Tipik türü: Kavun virüsü
Cins Pecluvirus; Tipik türü: Yerfıstığı clump virüsü
Cins Pomovirus; Tipik türü: Patates mop-top virüsü
Cins Sadwavirus; Tipik türü; Satsuma cüce virüsü
Cins Sobemovirus; Tipik türü: Fasulye mozaik virüsü
Cins Tobamovirus; Tipik türü: Tütün mozaik virüsü
Cins Tobravirus; Tipik türü: Tütün rattle virüsü
Cins Umbravirus; Tipik türü: Havuç benekli virüsü
Grup V: negatif polariteli tek iplikli RNA virüsleri
Takım Mononegavirales (Segmentli olmayan negatif virüsler)
Familya Bornaviridae
Familya Filoviridae - Ebola virüsü, Marburg virüsü
FamilyaParamyxoviridae - Kızamık virüsü, Kabakulak virüsü
Familya Rhabdoviridae - Kuduz virüsü
Segmentli negatif virüsler:
Familya Arenaviridae
Familya Bunyaviridae - Hantavirüs
Familya Orthomyxoviridae - Influenza virüsü
Hastalık yapanlar:
Cins Deltavirus; Tipik türü: Hepatit delta virüsü
Cins Ophiovirus; Tipik türü: Citrus psorosis virüsü
Cins Tenuivirus; Tipik türü: Prinç çizgili virüsü
Cins Varicosavirus; Tipik türü: Lettuce big-vein associated virus
Grup VI: ters transkripsiyon yapan RNA virüsleri
Familya Metaviridae
Familya Retroviridae
Grup VII: ters transkripsiyon yapan DNA virüsleri
Familya Hepadnaviridae - Hepatit B virüsü
Familya Caulimoviridae - Karnabahar mozaik virüsü
Viral ajanlar
Sözü edilen ajanlar oldukça küçük virüslerdir.
Viroidler
Familya Pospiviroidae
Cins Pospiviroid; Tipik türü: Patates yumru viroidi
Cins Hostuviroid; Tipik türü: Hop stunt viroid
Cins Cocadviroid; Tipik türü: Coconut cadang-cadang viroid
Cins Apscaviroid; Tipik türü: Elma scar skin viroid
Cins Coleviroid; Tipik türü: Coleus blumei viroid 1
Familya Avsunviroidae
Cins Avsunviroid; Tipik türü: Avokado sunblotch viroidi
Cins Pelamoviroid; Tipik türü: Şeftali mozaik viroidi

Biyolojik sınıflandırma