Protein Katlama Sanatı: Foldit Şimdi, özellikle moleküler biyoloji ve kimya bölümlerinde okuyanların oldukça ilgisini çekecek bir uygulamayı tanıtmak istiyorum. Aslında uygulamadan ziyade bir oyun... Bilenler bilir, proteinler aminoasitlerin oluşturduğu uzun dizilerdir. Ve fonksiyonlarını kazanmaları için bu uzun zincirler doğru şekilde katlanmalıdır. Bir proteinin doğru katlanması için, proteinin farklı bölgelerindeki amino asitler, gerek hidrojen bağları gerek sülfid bağları ile bağlanırlar. Ve sonuç olarak 3 boyutlu bir protein ortaya çıkar. Doğru şekilde katlanmış bir protein, hücresel yapılara katılabilir ya da enzim olarak görev alabilir. İşte, "Protein Katlanması" adı verilen bu kritik olayı iyice anlayabilmemiz için, içinde Microsoft, DARPA , Adobe, Howard Hughes Tıp Enstitüsü, Washington Üniversitesi gibi önde gelen şirket ve kurumlar "foldit" adı verilen bir uygulamayı yaratmış. Yukarıda da dediğim gibi foldit, sıradan bir simülasyon uygulamasından ziyade, interaktif bir oyun. Oyundaki temel amacınız ise, karşınıza gelen ham proteinleri katlamak... Protein Katlamanın İncelikleri En başta kolay gibi gözükse de, dikkat etmeniz gereken onlarca faktör var. Örneğin, hidrofobik aminoasitlerin proteinin içinde gömülü olmasına veya aminoasitlerin yan gruplarının birbiriyle çarpışmamasına dikkat etmelisiniz. Ayrıca, proteinin olabilecek en küçük alanda katlanmasını sağlamalısınız. Neyse ki, foldit, başlarken 30 adımlık bir başlangıç kılavuzu ile size temel çözümleri öğretiyor. Tüm oyunu sadece farenizi kullanarak oynayabiliyorsunuz. Zaten, oyun temelde, proteinin iskeletini, yan gruplarını sağa sola çekiştirmekten ibaret. Tutup çekiyorsunuz... Bu kadar basit. Elbette bu hareketleri 3 boyutlu bir uzayda yaptığınızı hatırlatma fayda var. Aşağıdaki 30 saniyelik videoda oyunun temel işleyişini görebilirsiniz. Bu arada, duyacağınız müzikler, oyunun kendisinden... Bazı özel katlamalar sırasında arkaplanda ambiyans müzikleri çalıyor. Hoş bir ayrıntı. İşbirliği Oyunu çevrimdışı oynayabileceğiniz gibi, çevrimiçi de oynayabiliyorsunuz. Bunun için, oyuna başladığınızda kısa bir üyelik formu dolduruyorsunuz ve bir kullanıcı adına sahip oluyorsunuz. Kullanıcı adınızı aldığınızda, çevrimiçi olarak yeni proteinleri indirebilmenize ve kazandığınız puanları profilinize kaydedebilmenize olanak tanınıyor. En yüksek puanları alanlar ise, foldit'in sitesinde bir onur listesi şeklinde gösteriliyor. Diğer bir nokta ise, bir grup oluşturabilmeniz... Bir grup oluşturduğunuzda, bu gruptaki üyeler aynı protein problemleri ile uğraşabiliyor ve gruba puan kazandırılabiliyor. Şu anda sıralamada 18. sırada olan bir Türk Takımı bile var. İnsan Faktörü foldit'in kurucuları, insanların problem çözme potansiyelinin, bilgisayarların çözüm kabiliyetlerinden çok daha ileride olacağını düşünüyor. Bunun için sadece olanak tanınması gerektiğini, bunun da foldit ile sağlandığını düşünülüyor. Nitekim, önümüzdeki dönemde, foldit kullanıcılarına şu ana kadar yapısı çözülmemiş protein dizileri verilecek. Bu bilinmeyen proteinlerin 3 boyutlu yapılarını çözen birey ve takımlara ödüller verilecek. Uygulamayı, Windows, Linux ve Mac tabanlı bilgisayarlara kurup kolaylıkla oynayabiliyorsunuz. Program temelde 3 boyutlu görüntüler içerse de, çoğu bilgisayarda çalışacak kadar uyumlu. O yüzden benim bilgisayarımda çalışır mı diye dert etmenize gerek yok. KAYNAK Saygılarımla

Teşekkürler Mutlaka deniyeceğim...

Teşekkürler, ilginç bilgiler Saygılar...