İkinci Kademe Müsabakaları 32 takımın katılımıyla 20 Eylül 2006 Çarşamba günü yapılacak. Tek maçlı eleminasyon şeklinde oynanacak maçlar sonunda galip gelen takım tur atlayacak. Karşılaşmaların normal süresinin beraberlikle bitmesi halinde, maçlar 15'er dakikalık iki devre halinde uzatılacak. Uzatma süresinde de beraberlik bozulmazsa kazanan takım, seri penaltı atışları sonucunda belirlenecek 2. turu geçen 16 takım ile Turkcell Süper Ligi 2005-2006 Sezonu'nu ilk 4 sırada bitiren Galatarasay, Fenerbahçe, Beşiktaş ve Trabzonspor'un katılımıyla oluşturulacak 5'erli 4 grupla kupada mücadeleye devam edilecek. Kupada 2. tur kura çekiminde takımlar şöyle eşleşti: Antalyaspor - Eskişehirspor Gebzespor - Konyaspor Bursaspor - Akçaabat Sebatspor Keçiörengücü - Gaziantepspor Sivasspor - Alanyaspor Ankaraspor - Kasımpaşa Orduspor - Kayseri Erciyesspor Elazığspor - Ankaragücü Bucaspor - Sakaryaspor İstanbulspor - Vestel Manisaspor Mardinspor - Kayserispor Karşıyaka - Denizlispor Gençlerbirliği - Gaziantep Büşükşehir Belediyespor Siirtspor - Çaykur Rizespor Gençlerbirliği Oftaşspor - İnegölspor İstanbul Büşükşehir Belediyesi - Samsunspor