Tüm aşılarda olduğu gibi COVID-19 aşılarının da yan etkileri olabilmektedir. Sık görülen yan etkiler aşı yerinde ağrı, ateş, halsizlik, baş ağrısı, kas ağrısı, ishal gibi yan etkilerdir. Bu yan etkiler, aşı ile verilen antijene karşı vücudumuzun yanıt vermesi nedeniyle ortaya çıkar. Genellikle kısa (1-3 gün) sürer ve çoğunlukla günlük yaşantımızı engellemeyecek kadar hafiftirler. İki dozda uygulanan aşılarda ikinci dozdan sonra yan etkiler biraz daha sık görülebilir. Şikayetler ağrı kesici, ateş düşürücü ile azaltılabilir. 3 günden uzun süren yan etkilerde doktora başvurmanızda fayda olacaktır. Nadir görülen yan etkiler %1?den daha az sıklıkta karşımıza çıkar. Alerji bunların başında gelir. Çoğu alerjik yan etki önemsizdir, çok nadiren ciddi alerji gelişebilir. Ciddi alerji aşıdan sonraki ilk dakikalarda ortaya çıkacağı için aşılanan kişilerin sağlık kuruluşunu 15-30 dakikadan önce terk etmemesi gerekir.