1870 yılındaki büyük Beyoğlu yangınında yanarak yıkılan Naum Tiyatrosu'nun arsası dönemin en zengin insanlarından biri olan Hristaki Zografos Efendi tarafından satın alındı. Rum Cleanthy Zannonun mimarlığında yeni bir tip çarşı binası olarak Cité de Péra adıyla yaptırıldı. Hem İstiklal Caddesi'ne hem de Tiyatro Sokağı'na açıldığı için pasaj niteliğinde olan yapı 24 dükkan, 18 lüks daireden oluşuyordu. Maison Parret ve Vallaury'nin pastanesi, Nakumara'nın Japon mağazası, Dulas'ın Natürel çiçekçisi, Schumacher'in hamur işleriyle ünlü fırını, Yorgo'nun meyhanesi, Keserciyan'ın terzihanesi, Acemyan'ın tütüncü dükkanı, Hristo'nun kafesi... pasajın ilk 30 yılı içerisinde faaliyete geçen önemli dükkanlarından sayılabilir. Cité de Péra ya da Hristaki Pasajı denilen binanın mülkiyeti 1908 yılında Sadrazam Küçük Said Paşa'ya geçti. Mütareke yıllarında birçok çiçek dükkanı açıldı, o güne kadar daha çok Hristaki Pasajı olarak anılan yer Çiçek Pasajı adını aldı. Asıl olarak 1940'lı yıllarda açılan meyhaneler büyük bir müşteri kalabalığı çekmeye başladı. 1950'lerde çiçekçiler başka sokaklara doğru kaymaya başlayınca boşalan yerlere yeni yeni meyhaneler açılmaya devam etti. 1950'lilerin sonunda "Çiçek" adı daha çok bir hatıra olarak kalmıştı, pasaj tümüyle bugünkü meyhane kimliğine büründü. 10 Mayıs 1978'de bir gecede aniden çöken bakımsız bina, 1988'e kadar yıkık ve dağılmış biçimde kaldı. Belediyenin ve pasajı kurtarmak için kurulan "Çiçek Pasajını Yaşatma ve Güzelleştirme Derneği" nin girişimiyle onarılıp, eski haline sadık kalarak hizmete sokuldu. Çiçek Pasajı Güzelleştirme ve Yaşatma Derneği, Beyoğlu Belediyesi ve Mey İçki arasında yapılan anlaşmayla dış cephe bakımı, cephe yenilemesi, çiçeklendirme ve aydınlatma gibi sorunlu kısımları yenileme çalışmaları için kısa bir süre kapalı kalan Çiçek Pasajı Aralık 2005'te tekrar hizmete girdi. 1970'li yıllarda Kayserili bir işadamı satın almış fakat sonra anlaşmazlık nedeniye satmıştır.