Combined effects of antibiotics on the anaerobic microbial community structure, investigation of metabolites and antibiotic resistance genes

Antibiyotikler, insan ve veterinerlik alanında en yaygın olarak kullanılan ilaçlardır. Canlılar tarafından alınan bu aktif bileşikler, canlı metabolizmasında ya hiç değişmeden ya da çok az dönüştürülmüş halde metabolizmadan atılmaktadırlar. Atılan bu aktif antibiyotik kalıntıları arıtma tesislerinden arıtılamadan deşarj oldukları için doğrudan alıcı ortama girmekte, toprak ve sudaki konsantrasyonları günden güne artmaktadır. Geleneksel olarak atıksu arıtma sistemleri, aşırı nutrient, mikrobiyal kirlilik problemleri, azot ve fosfor giderimi hedef alınarak geliştirilmiştir. Bu yüzden farmasötikler gibi doğal ve sentetik bileşiklerin birçoğu klasik arıtım sistemlerde tam olarak giderilemeyip nehirler, yeraltı suları ve içme suları gibi sucul ortamlara deşarj edilmektedir. Ekosistem üzerinde önemli etkileri olan antibiyotikler, insan sağlığı ve çevre için ileri derece risk oluşturmaktadır. Ayrıca bu maddeler, patojen bakterilerin antibiyotiğe direnç geliştirmesine neden olarak, öncelikle halk sağlığı, ardından da tarım ve hayvancılıkta önemli problemler ortaya çıkartmaktadır. Gerçekleştirilen tezde, insanlarda sıklıkla görülen enfeksiyonel hastalıkların tedavisinde kullanılan eritromisin, sülfonamid ve tetrasiklin antibakteriyel ve antibiyotik etken maddeleri, anaerobik ardışık kesikli reaktörlerde, kolay ayrışan organik maddeler ile beslenmiş ve bu maddelerin davranışları ve diğer organik maddelerin giderimi üzerindeki kronik etkileri konvansiyonel ve spesifik parametreler ile tespit edilmiştir. Bu kapsamda ET, ST, ES, ETS ve kontrol olmak üzere 5 adet anaerobik ardışık kesikli reaktör bir yıl süresince işletilmiştir. Antibiyotiklerin üçlü ve ikili kombinasyonlarının miktarları reaktörler çökene kadar kademeli olarak arttırılmış ve anerobik AKRlerdeki mikrobiyal kominite, antibiyotik direnç gelişimi ve antibioyotik biyodegredasyon potansiyelleri ve transformasyon ürünlerinin oluşumu 13 ay boyunca gözlenmiştir. Ayrıca antibiotiklere karşı mikroorganizmaların çeşitli gen transfer yöntemleri ile kazandığı bilinilen 'Antibiyotik Direnç Genleri'nin oluşumu ve kantifikasyonu DNA ve RNA bazında, qPCR ve İllumina HiSeq 2000 yöntemleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Sistemde antibakteriyel ve antibiyotiklerin giderimi ve çamurda birikimini Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografi ve LC/MS/MS ile ölçülmüş olup bu etken maddelerin bilinen metabolitleri de ORBİTRAP sistemi ile tespit edilmiştir. Son olarak, bu etken maddelerin varlığında ortamda bulunan organik maddelerin ve seçilmiş farmasötiklerin gideriminden sorumlu mikrobiyal komünite ve aktif gruplar/türler kurulacak olan 16S rDNA/rRNA klon kütüphaneleri ile tanımlanmıştır. Mikrobiyal komünitenin profilindeki değişimleri izlemek için Denaturan gradyan jel elektorfarezi ve Ion Torrent PGM analizleri kullanılmıştır. Seçilen antibiyotik kombinasyonlarının anaerobik proseslerde yer alan Bakteri, Arke, Metanojenik Arkelere ve homoasetojenik ve metanojenik metabolizmada yer alan enzimlere spesifik etkisi qPCR kantifikasyonu ile belirlenmiştir. Antibiyotik içeren suların arıtımında anaerobik arıtma sistemlerindeki arıtım performansı esas olarak mikroorganizma topluluğunun birbiri ile ilişkilerine ve bu aktif maddeleri biyokimyasal döngüleri yoluyla parçalama potansiyellerinin etkilenmesine bağlıdır. Tezin gerçekleştirilmesi sonucunda görülmüştür ki her antibiyotik kombinasyonu anaerobik arıtıma farklı şeklilerde etki etmektedir. Tüm reaktörlerde antibiyotik konsantrasyonundaki artışına bağlı olarak KOİ gideriminde, biyogaz ve metan üretiminde düşüş gözlenmesine rağmen, ETS ve ET antibiyotik kombinasyonlarının ST ve ES kombinasyonlarına göre daha iyi bir arıtım performansı gözlenmiş olup, bunun da sülfametoksazol antibiyotiğinin antibiyotik kombinasyonları üzerinde gösterdiği antagonistik etkiden kaynaklandığı düşünülmektedir. Proje sonucunda tüm antibiyotik kombinasyonlarının arıtım performansları incelendiğinde, en az %70 KOI gideriminin sağlandığı 10 + 1 mg/L, 1 + 10 mg/L, 2 + 2 mg/L, 20 + 2 + 2 mg/L kombinasyonlarına kadar anaerobik arıtımın uygun olduğu görülmektedir. mRNA düzeyinde kantifikayonu yapılan metil koenzim redüktaz ve asetil koA sentaz enzimi sayesinde, antibiyotik kombinasyonlarının anaerobik sistemin bu son iki aşamasından en çok asetoklastik metanojenlerin yer aldığı basamağın etkilendiğini göstermektedir. Bu sonuçlar reakörlerdeki VFA birikimi ile de doğrulanmaktadır. Tüm reaktörler incelediğinde hepsinde en çok biriken VFA'nin asetat olduğu görülmektedir. Bu da kullanan antibiyotik kombinasyonlarının ortak olarak tüm reaktörlerde en çok asetoklastik metanojenleri etkilediğini göstermektedir. 16S rRNA qPCR sonuçları tüm işletme boyunca farklı anaerobik reaktörlerin performansını birebir yansıtmaktadır. Ayrıca mikrobiyal ve aktif türlerin qPCR ve DGGE sonuçları göstermektedir ki antibiyotikler anaerobik mikrobiyal topluluğu etkileme potansiyeline sahiptir ve bu mikrobiyal popülasyonun inhibisyonu VFA sonuçlarından da görüldüğü gibi, ciddi olarak organik madde parçalamasını etkilemektedir. Ayrıca elde edilen veriler sonucunda moleküler ve metagenomik analiz sonuçlarının antibiyotiklerin artan konsantrasyonlarının arıtımı boyunca değişen anaerobik reaktörlerin performansını yansıttığı görülmektedir. Bu da reaktör işletilmesinde ve özellikle antibiyotik gibi toksik maddelerin giderilmesi sırasında giderim verimini arttırmak için moleküler ve metagenomik anazlilerin kullanılabileceğini göstermektedir. Ayrıca anaerobik arıtım sırasında antibiyotik direnç genlerinin oluştuğu gözlenmiş olup bu direnç genlerinin miktarının da artım boyunca arttığı gözlemiştir, arıtım sonucunda oluşan bu direnç genleri insan sağlığı için bir tehdit oluşturmaktadır. ADG ile qPCR sonuçları değerlendirildiğinde bakterilerin direnç kazanmasının sonucunda bunların sayılarının arttığı ve sistemin tekrar eden antibiyotik konsantrasyonlarında daha verimli bir arıtım gerçekleştiğini göstermektedir. Aynı zamanda antibakteriyel ve antibiyotiklere karşı mikrobiyal komünitenin kazandığı direnç genlerinin anaerobik sistemlerdeki davranışı incelenmiş olup bunların çeşidinin ve miktarlarının bu artım sürecinde ne kadar fazla artığı gözlenmiştir. Bu artış ekosisteme ve insan sağlığı üzerine gerçek bir tehdit oluşturmaktadır. Ayrıca, tespit edilen antibiyotik transformasyon ürünleri sayesinde de antibiyotiklerin arıtımda giderilmiş olarak görülmesine rağmen biyolojik olarak daha aktif yapılara dönüşerek inhibisyon etkilerini arttırdıkları gözlenmektedir. Projenin gerçekleşmesiyle, antibiyotik içeren atıksu kompozisyonu-mühendislik parametreleri-mikrobiyal komünite-metabolik yol izleri ilişkisi detaylı olarak incelenmiş olup bu maddelerin anaerobik proseslere etkisi mikro ve makro seviyede ortaya konmuştur. Elde edilen sonuçlar göstermektedir ki anaerobik arıtımda antibiyotikler yüksek oranda arıtılsa bile, atıksularda bu antibiyotik kalıntılarının varlığı, antibiyotiğe dayanıklı türlerin yayılmasına ve gelişmesine katkı sağlamaktadır. Ayrıca bu proje ile çevrede yüksek konsantrasyonlarda bulunan ve tüm canlıları olumsuz yönde etkileyen antibiyotik kalıntıları ve metabolitlerin, atıksularda yer alan antibiyotiklerin yetersiz arıtımından da kaynaklandığı görülmektedir. Bu aktif maddelerin etkilerinin en aza indirilmesi için antibiyotik içeren sularda sadece antibiyotik kalıntılarının değil aynı zamanda metabolitlerinin de tespit edilip, bunların deşarjı ile ilgili bir yasal düzenleme yapılması gerektiğini düşündürmektedir.