প্রোটিন ডাটা ব্যাংক

প্রোটিন তথ্য ভাণ্ডার (পিডিবি) হল বৃহৎ জৈব অণু, যেমন প্রোটিন ও নিউক্লিক অ্যাসিড-এর ত্রিমাত্রিক গঠনগত তথ্যের জন্য একটি তথ্যভাণ্ডার, যা ওয়ার্ল্ডওয়াইড প্রোটিন ডেটা ব্যাংক (wwPDB) কর্তৃক তত্ত্বাবধায়িত। এই গঠনগত তথ্য বিশ্বব্যাপী জীববিজ্ঞানী ও জৈব রসায়নবিদদের দ্বারা এক্স-রে ক্রিস্টালোগ্রাফি, NMR স্পেকট্রোস্কপি, এবং ক্রমবর্ধমানভাবে ক্রায়ো-ইলেকট্রন মাইক্রোস্কোপির মতো পরীক্ষামূলক পদ্ধতির মাধ্যমে সংগৃহীত ও জমা দেওয়া হয়। জমাকৃত সকল তথ্য বিশেষজ্ঞ বায়োকিউরেটরদের দ্বারা পর্যালোচিত হয় এবং অনুমোদনের পর CC0 পাবলিক ডোমেইন ডেডিকেশনের আওতায় ইন্টারনেটে মুক্তভাবে প্রকাশ করা হয়। বিশ্বব্যাপী তথ্য প্রবেশাধিকার wwPDB সদস্য সংগঠনের ওয়েবসাইট (PDBe, PDBj, RCSB পিডিবি, এবং BMRB)-এর মাধ্যমে নিশ্চিত করা হয়।

পিডিবি গঠনগত জীববিজ্ঞানের ক্ষেত্রে একটি মূল উপাদান, যেমন গঠনগত জিনোমিক্স। অধিকাংশ প্রধান বৈজ্ঞানিক জার্নাল এবং কিছু অর্থায়ন সংস্থা এখন গবেষকদের তাদের গঠনগত তথ্য পিডিবি-তে জমা দিতে বলে। অনেক অন্যান্য তথ্যভাণ্ডার পিডিবি-তে জমাকৃত প্রোটিন কাঠামো ব্যবহার করে, উদাহরণস্বরূপ, SCOP এবং CATH গঠন শ্রেণিবিন্যাস করে, এবং PDBsum অন্যান্য উৎস থেকে তথ্য নিয়ে পিডিবি এন্ট্রির গ্রাফিকাল ওভারভিউ প্রদান করে, যেমন জিন অন্টোলজি।

ইতিহাস 
পিডিবি শুরুর পেছনে দুটি প্রধান শক্তি একত্রিত হয়েছিল: এক্স-রে অপবর্তন দ্বারা নির্ধারিত প্রোটিন গঠন উপাত্তের একটি ক্ষুদ্র কিন্তু ক্রমবর্ধমান সংগ্রহ; এবং প্রোটিন গঠনগুলিকে ৩-ডি দর্শনযোগ্য করার জন্য নতুন উপলব্ধ (১৯৬৮) আণবিক গ্রাফিক্স ডিসপ্লে, ব্রুকহেভেন রাস্টার ডিসপ্লে (BRAD)। ১৯৬৯ সালে, ব্রুকহেভেন ন্যাশনাল ল্যাবরেটরিতে ওয়াল্টার হ্যামিলটনের পৃষ্ঠপোষকতায়, এডগার মেয়ার (টেক্সাস এ অ্যান্ড এম ইউনিভার্সিটি) পরমাণুর স্থানাঙ্ক ফাইলগুলি একটি সাধারণ বিন্যাসে সংরক্ষণ করার জন্য সফটওয়্যার লেখা শুরু করেছিলেন যাতে সেগুলি জ্যামিতিক এবং গ্রাফিকাল মূল্যায়নের জন্য উপলব্ধ করা যায়। ১৯৭১ সালের মধ্যে, মেয়ারের একটি প্রোগ্রাম, SEARCH, গবেষকদের দূরবর্তীভাবে ডাটাবেস থেকে তথ্য অ্যাক্সেস করতে এবং অফলাইনে প্রোটিন গঠন অধ্যয়ন করতে সক্ষম করেছিল। SEARCH নেটওয়ার্কিং সক্ষম করার ক্ষেত্রে সহায়ক ছিল, এইভাবে পিডিবি-এর কার্যকরী সূচনা চিহ্নিত করে।

প্রোটিন ডাটা ব্যাংক অক্টোবর ১৯৭১ সালে ন্যাচার নিউ বায়োলজিতে ঘোষণা করা হয়েছিল। এটি যুক্তরাজ্যের কেমব্রিজ ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডাটা সেন্টার এবং যুক্তরাষ্ট্রের ব্রুকহেভেন ন্যাশনাল ল্যাবরেটরির মধ্যে একটি যৌথ উদ্যোগ ছিল।

হ্যামিলটনের মৃত্যুর পর ১৯৭৩ সালে, টম কোয়েটজলে পরবর্তী ২০ বছর পিডিবি পরিচালনা করেন। ১৯৯৪ সালের জানুয়ারিতে, ইসরায়েলের ওয়াইজম্যান ইনস্টিটিউট অফ সায়েন্সের জোয়েল সাসম্যান পিডিবি-এর প্রধান নিযুক্ত হন। ১৯৯৮ সালের অক্টোবরে,
পিডিবি-এর দায়িত্ব রিসার্চ কলাবরেটরি ফর স্ট্রাকচারাল বায়োইনফরমেটিক্স (RCSB)-এ হস্তান্তরিত হয়; ১৯৯৯ সালের জুনে এই স্থানান্তর সম্পন্ন হয়। নতুন পরিচালক হন রাটগার্স ইউনিভার্সিটির হেলেন এম. বারম্যান (RCSB-এর অন্যতম পরিচালনা প্রতিষ্ঠান, অন্যটি ইউসি সান ডিয়েগোতে সান ডিয়েগো সুপারকম্পিউটার সেন্টার)। ২০০৩ সালে wwPDB গঠনের পর, পিডিবি একটি আন্তর্জাতিক সংস্থায় রূপান্তরিত হয়। প্রতিষ্ঠাতা সদস্যরা হল PDBe (ইউরোপ), RCSB (যুক্তরাষ্ট্র), এবং PDBj (জাপান)। BMRB ২০০৬ সালে যোগ দেয়। wwPDB-এর প্রতিটি সদস্য পিডিবি তথ্য জমা, প্রক্রিয়াকরণ এবং বিতরণ কেন্দ্র হিসাবে কাজ করতে পারে। তথ্য প্রক্রিয়াকরণ বলতে বোঝায় যে wwPDB কর্মীরা প্রতিটি জমা দেওয়া এন্ট্রি পর্যালোচনা এবং টীকাবদ্ধ করেন। তারপরে তথ্য স্বয়ংক্রিয়ভাবে বিশ্বাসযোগ্যতার জন্য যাচাই করা হয় (এই যাচাইকরণ সফটওয়্যারের সোর্স কোড জনসাধারণের জন্য বিনামূল্যে উপলব্ধ করা হয়েছে)।

বিষয়বস্তু 
পিডিবি ডাটাবেস সাপ্তাহিকভাবে আপডেট করা হয় (UTC+0 বুধবার), হোল্ডিংস তালিকার সাথে। , পিডিবি অন্তর্ভুক্ত করেছে:

162,041 গঠনের পিডিবি-তে একটি স্ট্রাকচার ফ্যাক্টর ফাইল আছে।
11,242 গঠনের একটি NMR রেস্ট্রেইন্ট ফাইল আছে।
5,774 গঠনের পিডিবি-তে একটি কেমিক্যাল শিফট ফাইল আছে।
13,388 গঠনের পিডিবি-তে একটি 3DEM ম্যাপ ফাইল EM ডেটা ব্যাংকে জমা দেওয়া হয়েছে।

অধিকাংশ গঠন এক্স-রে অপবর্তন দ্বারা নির্ধারিত হয়, কিন্তু প্রায় ৭% গঠন প্রোটিন NMR দ্বারা নির্ধারিত হয়। এক্স-রে অপবর্তন ব্যবহার করার সময়, প্রোটিনের পরমাণুর স্থানাঙ্কের আনুমানিক মান পাওয়া যায়, যেখানে NMR ব্যবহার করার সময়, প্রোটিনের পরমাণু জোড়ার মধ্যে দূরত্ব অনুমান করা হয়। প্রোটিনের চূড়ান্ত কনফরমেশন NMR থেকে একটি দূরত্ব জ্যামিতি সমস্যা সমাধান করে পাওয়া যায়। ২০১৩ সালের পর, ক্রমবর্ধমান সংখ্যক প্রোটিন ক্রায়ো-ইলেকট্রন মাইক্রোস্কোপি দ্বারা নির্ধারিত হয়। 

পিডিবি গঠনগুলির জন্য যেগুলি এক্স-রে অপবর্তন দ্বারা নির্ধারিত এবং যেগুলির একটি স্ট্রাকচার ফ্যাক্টর ফাইল আছে, তাদের ইলেকট্রন ঘনত্ব মানচিত্র দেখা যেতে পারে। এই ধরনের গঠনের তথ্য তিনটি পিডিবি ওয়েবসাইটে দেখা যেতে পারে। 

ঐতিহাসিকভাবে, পিডিবি-তে গঠনের সংখ্যা আনুমানিকভাবে সূচকীয় হারে বৃদ্ধি পেয়েছে, ১৯৮২ সালে ১০০টি নিবন্ধিত গঠন, ১৯৯৩ সালে ১,০০০টি গঠন, ১৯৯৯ সালে ১০,০০০টি, ২০১৪ সালে ১০০,০০০টি, এবং ২০২৩ সালের জানুয়ারিতে ২০০,০০০টি।

ফাইল বিন্যাস 

পিডিবি দ্বারা প্রাথমিকভাবে ব্যবহৃত ফাইল বিন্যাসকে PDB ফাইল বিন্যাস বলা হত। মূল বিন্যাসটি কম্পিউটার পাঞ্চ কার্ডের প্রস্থ দ্বারা প্রতি লাইনে ৮০টি অক্ষরে সীমাবদ্ধ ছিল। প্রায় ১৯৯৬ সালে, "ম্যাক্রোমোলিকুলার ক্রিস্টালোগ্রাফিক ইনফরমেশন ফাইল" বিন্যাস, mmCIF, যা CIF বিন্যাসের একটি সম্প্রসারণ, পর্যায়ক্রমে চালু করা হয়েছিল। mmCIF ২০১৪ সালে পিডিবি আর্কাইভের জন্য মান বিন্যাস হয়ে ওঠে। ২০১৯ সালে, wwPDB ঘোষণা করেছিল যে ক্রিস্টালোগ্রাফিক পদ্ধতির জন্য জমা শুধুমাত্র mmCIF বিন্যাসে গৃহীত হবে।

পিডিবি-এর একটি XML সংস্করণ, যাকে PDBML বলা হয়, ২০০৫ সালে বর্ণনা করা হয়েছিল।
গঠন ফাইলগুলি এই তিনটি বিন্যাসের যেকোনো একটিতে ডাউনলোড করা যেতে পারে, যদিও ক্রমবর্ধমান সংখ্যক গঠন লিগ্যাসি পিডিবি বিন্যাসে ফিট করে না। পৃথক ফাইলগুলি সহজেই ইন্টারনেট URL থেকে গ্রাফিক্স প্যাকেজে ডাউনলোড করা যেতে পারে:
 PDB বিন্যাস ফাইলের জন্য, ব্যবহার করুন, উদাহরণস্বরূপ, http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.pdb.gz বা http://pdbe.org/download/4hhb
 PDBML (XML) ফাইলের জন্য, ব্যবহার করুন, উদাহরণস্বরূপ, http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz বা http://pdbe.org/pdbml/4hhb
"4hhb" হল পিডিবি শনাক্তকারী। পিডিবি-তে প্রকাশিত প্রতিটি গঠন একটি চার-অক্ষরের বর্ণানুক্রমিক শনাক্তকারী পায়, এর PDB ID। (এটি জৈব অণুর জন্য একটি অনন্য শনাক্তকারী নয়, কারণ একই অণুর জন্য একাধিক গঠন—ভিন্ন পরিবেশে বা কনফরমেশনে—পিডিবি-তে ভিন্ন PDB ID সহ থাকতে পারে।)

তথ্য দেখা 
গঠন ফাইলগুলি জমল, পাইমল, VMD, মলস্টার এবং রাসমল সহ বেশ কয়েকটি বিনামূল্যে এবং ওপেন সোর্স কম্পিউটার প্রোগ্রাম ব্যবহার করে দেখা যেতে পারে। অন্যান্য বিনামূল্য নয়, শেয়ারওয়্যার প্রোগ্রামগুলির মধ্যে রয়েছে ICM-Browser, এমডিএল চাইম, ইউসিএসএফ চিমেরা, Swiss-PDB Viewer, StarBiochem (একটি জাভা-ভিত্তিক ইন্টারেক্টিভ আণবিক দর্শক যাতে প্রোটিন ডাটাব্যাংক অনুসন্ধান একীভূত), সিরিয়াস, এবং VisProt3DS (অ্যানাগ্লিফ এবং অন্যান্য মোডে 3D স্টেরিওস্কোপিক ভিউতে প্রোটিন ভিজ্যুয়ালাইজেশনের জন্য একটি টুল), এবং ডিসকভারি স্টুডিও। RCSB পিডিবি ওয়েবসাইটে বিনামূল্যে এবং বাণিজ্যিক উভয় আণবিক ভিজ্যুয়ালাইজেশন প্রোগ্রাম এবং ওয়েব ব্রাউজার প্লাগইনগুলির একটি বিস্তৃত তালিকা রয়েছে।

আরও দেখুন 
 ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডাটাবেস
 প্রোটিন গঠন
 প্রোটিন গঠন পূর্বাভাস
 প্রোটিন গঠন ডাটাবেস
 PDBREPORT - পিডিবি গঠনে সমস্ত অসঙ্গতি (এবং ত্রুটি) তালিকাবদ্ধ করে
 PDBsum—পিডিবি গঠন সম্পর্কে অন্যান্য ডাটাবেস থেকে তথ্য নিষ্কাশন করে
 প্রোটিওপিডিয়া—প্রোটিন এবং অন্যান্য অণুর একটি সহযোগিতামূলক 3D বিশ্বকোষ

তথ্যসূত্র

বহিঃসংযোগ 

 দ্য ওয়ার্ল্ডওয়াইড প্রোটিন ডেটা ব্যাংক (wwPDB)—আঞ্চলিক হোস্টের মূল সাইট (নীচে)
 RCSB প্রোটিন ডেটা ব্যাংক (যুক্তরাষ্ট্র)
 PDBe (ইউরোপ)
 PDBj (জাপান)
 BMRB, বায়োলজিক্যাল ম্যাগনেটিক রেজোন্যান্স ডেটা ব্যাংক (যুক্তরাষ্ট্র)
 wwPDB ডকুমেন্টেশন—পিডিবি এবং PDBML উভয় ফাইল বিন্যাসের উপর ডকুমেন্টেশন
 গঠন দেখা —ক্রিস্টালোগ্রাফির জন্য RCSB-এর ভূমিকা
 PDBsum হোম পেজ—পিডিবি গঠন সম্পর্কে অন্যান্য ডাটাবেস থেকে তথ্য নিষ্কাশন করে।
 নিউক্লিক অ্যাসিড ডাটাবেস, NDB—নিউক্লিক অ্যাসিড অনুসন্ধানের জন্য বিশেষভাবে একটি পিডিবি মিরর
 প্রাথমিক পিডিবি টিউটোরিয়াল পিডিবি দ্বারা স্পন্সর করা
 PDBe: ইবিআই ট্রেন অনলাইনে দ্রুত ভ্রমণ

প্রোটিন ডাটাবেস
ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডাটাবেস
প্রোটিন গঠন
মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি
বায়োইনফরমেটিক্স
কম্পিউটেশনাল জীববিজ্ঞান