ইন্টারপ্রো

ইন্টারপ্রো (InterPro) হল প্রোটিন পরিবার, প্রোটিন ডোমেইন এবং ক্রিয়াকলাপগত সাইটগুলির একটি ডাটাবেজ যেখানে পরিচিত প্রোটিনে পাওয়া সনাক্তযোগ্য বৈশিষ্ট্যগুলি নতুন প্রোটিন সিকোয়েন্সে প্রয়োগ করা যেতে পারে যাতে সেগুলিকে ক্রিয়াকলাপগতভাবে চিহ্নিত করা যায়।

ইন্টারপ্রোর বিষয়বস্তুতে রয়েছে ডায়াগনস্টিক সিগনেচার এবং সেগুলির সাথে উল্লেখযোগ্যভাবে মিলে যাওয়া প্রোটিনগুলি।  সিগনেচারগুলিতে রয়েছে মডেল (সরল প্রকার, যেমন নিয়মিত অভিব্যক্তি বা আরও জটিল, যেমন লুকানো মার্কভ মডেল) যা প্রোটিন পরিবার, ডোমেইন বা সাইট বর্ণনা করে।  সমরূপতা মডেল তৈরি করতে অজানা সিকোয়েন্স অনুসন্ধান করা হয়।  ইন্টারপ্রোর সদস্য ডাটাবেজগুলির প্রত্যেকটি ভিন্ন ভূমিকা পালন করে, যেমন অত্যন্ত উচ্চ-স্তরের, কাঠামোগত শ্রেণীবিভাগ (সুপারফ্যামিলি এবং ক্যাথ-জিন৩ডি) থেকে শুরু করে নির্দিষ্ট উপ-পরিবার শ্রেণীবিভাগ (প্রিন্টস এবং প্যান্থার) পর্যন্ত।

ইন্টারপ্রোর উদ্দেশ্য হল প্রোটিন শ্রেণীবিভাগের জন্য একটি ওয়ান-স্টপ-শপ প্রদান করা, যেখানে বিভিন্ন সদস্য ডাটাবেজ দ্বারা উৎপাদিত সমস্ত সিগনেচার ইন্টারপ্রো ডাটাবেজের এন্ট্রিগুলিতে স্থাপন করা হয়।  সমতুল্য ডোমেইন, সাইট বা পরিবার উপস্থাপনকারী সিগনেচারগুলিকে একই এন্ট্রিতে রাখা হয় এবং এন্ট্রিগুলি একে অপরের সাথেও সম্পর্কিত হতে পারে।  সম্ভব হলে বর্ণনা, সামঞ্জস্যপূর্ণ নাম এবং জিন অন্টোলজি (জিও) শর্তাবলীর মতো অতিরিক্ত তথ্য প্রতিটি এন্ট্রির সাথে যুক্ত করা হয়।

ইন্টারপ্রোতে উপাত্ত 

ইন্টারপ্রোতে তিনটি প্রধান সত্তা রয়েছে: প্রোটিন, সিগনেচার (যাকে "পদ্ধতি" বা "মডেল"ও বলা হয়) এবং এন্ট্রি।  ইউনিপ্রোটকেবিতে প্রোটিনগুলি ইন্টারপ্রোর কেন্দ্রীয় প্রোটিন সত্তাও।  এই সিগনেচারগুলি এই প্রোটিনগুলির সাথে উল্লেখযোগ্যভাবে মিলে যাওয়ার তথ্য ইউনিপ্রোটকেবি দ্বারা প্রকাশিত হওয়ার সাথে সাথে গণনা করা হয় এবং এই ফলাফলগুলি জনসাধারণের জন্য উপলব্ধ করা হয় (নীচে দেখুন)।  সিগনেচারগুলির প্রোটিনের সাথে মিল ইন্টারপ্রো এন্ট্রিতে একত্রিত করার পদ্ধতি নির্ধারণ করে: মিলিত প্রোটিন সেটগুলির তুলনামূলক ওভারল্যাপ এবং সিকোয়েন্সে সিগনেচারের মিলের অবস্থান সম্পর্কিততার নির্দেশক হিসাবে ব্যবহৃত হয়।  শুধুমাত্র পর্যাপ্ত মানের সিগনেচার ইন্টারপ্রোতে সংহত করা হয়। সংস্করণ ৮১.০ অনুসারে (২১ আগস্ট ২০২০ প্রকাশিত) ইন্টারপ্রো এন্ট্রিগুলি ইউনিপ্রোটকেবিতে পাওয়া রেসিডিউগুলির ৭৩.৯% টীকাযুক্ত করেছে, আরও ৯.২% সিগনেচার দ্বারা টীকাযুক্ত হয়েছে যা সংহতকরণের অপেক্ষায় রয়েছে।

ইন্টারপ্রোতে স্প্লাইস ভেরিয়েন্ট এবং ইউনিপার্ক ও ইউনিমইএস ডাটাবেজে থাকা প্রোটিনের জন্যও উপাত্ত রয়েছে।

ইন্টারপ্রো কনসোর্টিয়াম সদস্য ডাটাবেজ 

ইন্টারপ্রোর সিগনেচারগুলি ১৩টি "সদস্য ডাটাবেজ" থেকে আসে, যেগুলি নীচে তালিকাভুক্ত করা হল।

ক্যাথ-জিন৩ডি সম্পূর্ণ জিনোমে প্রোটিন পরিবার এবং ডোমেইন আর্কিটেকচার বর্ণনা করে। প্রোটিন পরিবারগুলি একটি মার্কভ ক্লাস্টারিং অ্যালগরিদম ব্যবহার করে গঠিত হয়, তারপর ক্রম পরিচয় অনুযায়ী মাল্টি-লিংকেজ ক্লাস্টারিং করা হয়। কাঠামো এবং ক্রম ডোমেইনের পূর্বাভাসিত ম্যাপিং ক্যাথ এবং পফ্যাম ডোমেইন উপস্থাপনকারী লুকানো মার্কভ মডেল লাইব্রেরি ব্যবহার করে করা হয়। একাধিক উৎস থেকে প্রোটিনে ক্রিয়াকলাপগত টীকা সরবরাহ করা হয়। ক্রিয়াকলাপগত ভবিষ্যদ্বাণী এবং ডোমেইন আর্কিটেকচারের বিশ্লেষণ জিন৩ডি ওয়েবসাইট থেকে পাওয়া যায়।
সিডিডি কনজার্ভড ডোমেইন ডাটাবেজ হল একটি প্রোটিন টীকা সম্পদ যা প্রাচীন ডোমেইন এবং পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রোটিনের জন্য টীকাযুক্ত একাধিক ক্রম সারিবদ্ধকরণ মডেলের সংগ্রহ নিয়ে গঠিত। এগুলি পজিশন-স্পেসিফিক স্কোর ম্যাট্রিক্স (PSSM) হিসাবে উপলব্ধ যা আরপিএস-ব্লাস্টের মাধ্যমে প্রোটিন সিকোয়েন্সে সংরক্ষিত ডোমেইন দ্রুত সনাক্তকরণের জন্য ব্যবহৃত হয়।
হামাপ  মাইক্রোবিয়াল প্রোটিওমের উচ্চ-মানের স্বয়ংক্রিয় এবং ম্যানুয়াল টীকাকরণের জন্য দাঁড়ায়। হামাপ প্রোফাইলগুলি বিশেষজ্ঞ কিউরেটরদের দ্বারা ম্যানুয়ালি তৈরি করা হয়, তারা এমন প্রোটিনগুলি সনাক্ত করে যা ভালভাবে সংরক্ষিত ব্যাকটেরিয়া, আর্কিয়া এবং প্লাস্টিড-এনকোডেড (অর্থাৎ ক্লোরোপ্লাস্ট, সায়ানেল, অ্যাপিকোপ্লাস্ট, অ-প্রকাশসংশ্লিষ্ট প্লাস্টিড) প্রোটিন পরিবার বা উপপরিবারের অংশ।
মোবিডিবি মোবিডিবি হল প্রোটিনে অন্তর্নিহিত ব্যাধি টীকাকরণকারী একটি ডাটাবেজ।
প্যান্থার প্যান্থার হল প্রোটিন পরিবারের একটি বড় সংগ্রহ যেগুলিকে মানুষের দক্ষতা ব্যবহার করে ক্রিয়াকলাপগতভাবে সম্পর্কিত উপপরিবারে উপবিভক্ত করা হয়েছে। এই উপপরিবারগুলি প্রোটিন পরিবারের মধ্যে নির্দিষ্ট ক্রিয়াকলাপের অপসারণের মডেল করে, ক্রিয়াকলাপের সাথে আরও সঠিক সংযোগ (মানুষ-কিউরেটেড আণবিক ক্রিয়াকলাপ এবং জৈবিক প্রক্রিয়া শ্রেণীবিভাগ এবং পথচিত্র) অনুমান করা সম্ভব করে, সেইসাথে ক্রিয়াকলাপগত নির্দিষ্টতার জন্য গুরুত্বপূর্ণ অ্যামিনো অ্যাসিড সম্পর্কে অনুমান করা যায়। প্রতিটি পরিবার এবং উপপরিবারের জন্য লুকানো মার্কভ মডেল (HMM) তৈরি করা হয় অতিরিক্ত প্রোটিন সিকোয়েন্স শ্রেণীবদ্ধ করার জন্য।
পফ্যাম অনেক সাধারণ প্রোটিন ডোমেইন এবং পরিবার কভার করে এমন একাধিক ক্রম সারিবদ্ধকরণ এবং লুকানো মার্কভ মডেলের একটি বড় সংগ্রহ। 
পিআইআরএসএফ প্রোটিন শ্রেণীবিভাগ পদ্ধতি হল একাধিক স্তরের ক্রম বৈচিত্র্য সহ একটি নেটওয়ার্ক যা সুপারফ্যামিলি থেকে উপপরিবার পর্যন্ত সম্পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রোটিন এবং ডোমেইনের বিবর্তনীয় সম্পর্ক প্রতিফলিত করে। প্রাথমিক পিআইআইআরএসএফ শ্রেণীবিভাগের একক হল হোমোমর্ফিক পরিবার, যার সদস্যরা উভয়ই সমজাতীয় (একটি সাধারণ পূর্বপুরুষ থেকে বিবর্তিত) এবং হোমোমর্ফিক (সম্পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ক্রম সাদৃশ্য এবং একটি সাধারণ ডোমেইন আর্কিটেকচার ভাগ করে)।
প্রিন্টস প্রিন্টস হল প্রোটিন ফিঙ্গারপ্রিন্টের একটি সংকলন। একটি ফিঙ্গারপ্রিন্ট হল সংরক্ষিত মোটিফের একটি দল যা একটি প্রোটিন পরিবারকে চিহ্নিত করতে ব্যবহৃত হয়; ইউনিপ্রোট স্ক্যান করার মাধ্যমে এর ডায়াগনস্টিক শক্তি পরিমার্জিত হয়। সাধারণত মোটিফগুলি ওভারল্যাপ করে না, বরং একটি সিকোয়েন্স বরাবর পৃথক করা থাকে, যদিও সেগুলি ৩ডি-স্পেসে সংলগ্ন হতে পারে। ফিঙ্গারপ্রিন্টগুলি একক মোটিফের চেয়ে আরও নমনীয়ভাবে এবং শক্তিশালীভাবে প্রোটিন ভাঁজ এবং কার্যকারিতা এনকোড করতে পারে, তাদের সম্পূর্ণ ডায়াগনস্টিক শক্তি মোটিফ প্রতিবেশীদের দ্বারা প্রদত্ত পারস্পরিক প্রসঙ্গ থেকে উদ্ভূত হয়।
 প্রোসাইট প্রোসাইট হল প্রোটিন পরিবার এবং ডোমেইনের একটি ডাটাবেজ। এতে জৈবিকভাবে তাৎপর্যপূর্ণ সাইট, প্যাটার্ন এবং প্রোফাইল রয়েছে যা একটি নতুন ক্রম কোন পরিচিত প্রোটিন পরিবারের অন্তর্গত (যদি থাকে) তা নির্ভরযোগ্যভাবে চিহ্নিত করতে সাহায্য করে।
স্মার্ট সিম্পল মডুলার আর্কিটেকচার রিসার্চ টুল জেনেটিক্যালি মোবাইল ডোমেইন সনাক্তকরণ এবং টীকাকরণ এবং ডোমেইন আর্কিটেকচারের বিশ্লেষণের অনুমতি দেয়। সিগন্যালিং, এক্সট্রাসেলুলার এবং ক্রোমাটিন-অ্যাসোসিয়েটেড প্রোটিনে পাওয়া ৮০০টিরও বেশি ডোমেইন পরিবার সনাক্তযোগ্য। এই ডোমেইনগুলি ফাইলেটিক বন্টন, ক্রিয়াকলাপগত শ্রেণী, তৃতীয় কাঠামো এবং ক্রিয়াকলাপগতভাবে গুরুত্বপূর্ণ রেসিডিউ সম্পর্কে ব্যাপকভাবে টীকাযুক্ত।
সুপারফ্যামিলি সুপারফ্যামিলি হল প্রোফাইল লুকানো মার্কভ মডেলের একটি লাইব্রেরি যা সমস্ত পরিচিত কাঠামোর প্রোটিন উপস্থাপন করে। লাইব্রেরিটি প্রোটিনের এসসিওপি শ্রেণীবিভাগের উপর ভিত্তি করে তৈরি: প্রতিটি মডেল একটি এসসিওপি ডোমেইনের সাথে মিলে যায় এবং ডোমেইনটি যে সুপারফ্যামিলির অন্তর্গত তার সম্পূর্ণ প্রতিনিধিত্ব করার লক্ষ্য রাখে। সুপারফ্যামিলি সমস্ত সম্পূর্ণ সিকোয়েন্সযুক্ত জিনোমে কাঠামোগত বরাদ্দ সম্পাদন করতে ব্যবহৃত হয়েছে।
এসএফএলডি  এনজাইমের একটি শ্রেণীবদ্ধ শ্রেণীবিভাগ যা নির্দিষ্ট ক্রম-কাঠামোর বৈশিষ্ট্যগুলিকে নির্দিষ্ট রাসায়নিক ক্ষমতার সাথে সম্পর্কিত করে।
টিআইজিআরএফ্যামস টিআইজিআরএফ্যামস হল প্রোটিন পরিবারের একটি সংগ্রহ, যাতে কিউরেটেড একাধিক ক্রম সারিবদ্ধকরণ, লুকানো মার্কভ মডেল (এইচএমএম) এবং টীকা রয়েছে, যা ক্রম সমরূপতার ভিত্তিতে ক্রিয়াকলাপগতভাবে সম্পর্কিত প্রোটিন সনাক্ত করার জন্য একটি সরঞ্জাম প্রদান করে। যেসব এন্ট্রি "ইকুইভালগ" হিসাবে চিহ্নিত সেগুলি সমজাতীয় প্রোটিনগুলিকে গ্রুপ করে যা ক্রিয়াকলাপের ক্ষেত্রে সংরক্ষিত।

উপাত্তের প্রকারভেদ 
ইন্টারপ্রোতে সাত ধরনের উপাত্ত রয়েছে যা কনসোর্টিয়ামের বিভিন্ন সদস্য দ্বারা সরবরাহ করা হয়:

ইন্টারপ্রো এন্ট্রির প্রকারভেদ 
ইন্টারপ্রো এন্ট্রিকে আরও পাঁচ প্রকারে ভাগ করা যেতে পারে:

 সমজাতীয় সুপারফ্যামিলি: প্রোটিনের একটি গ্রুপ যা তাদের কাঠামোগত সাদৃশ্য থেকে দেখা যায় একটি সাধারণ বিবর্তনীয় উত্পত্তি ভাগ করে, এমনকি যদি তাদের ক্রমগুলি অত্যন্ত সাদৃশ্যপূর্ণ না হয়। এই এন্ট্রিগুলি বিশেষভাবে শুধুমাত্র দুটি সদস্য ডাটাবেজ দ্বারা সরবরাহ করা হয়: ক্যাথ-জিন৩ডি এবং সুপারফ্যামিলি।
 পরিবার: প্রোটিনের একটি গ্রুপ যাদের কাঠামোগত সাদৃশ্য, সম্পর্কিত ক্রিয়াকলাপ বা ক্রম সমজাতীয়তা এর মাধ্যমে একটি সাধারণ বিবর্তনীয় উত্পত্তি রয়েছে।
 ডোমেইন: একটি প্রোটিনে একটি নির্দিষ্ট ক্রিয়াকলাপ, কাঠামো বা ক্রম সহ একটি স্বতন্ত্র ইউনিট।
পুনরাবৃত্তি: অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি ক্রম, সাধারণত ৫০টি অ্যামিনো অ্যাসিডের চেয়ে বেশি নয়, যা একটি প্রোটিনে অনেকবার পুনরাবৃত্তি করার প্রবণতা রাখে।
 সাইট: অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি সংক্ষিপ্ত ক্রম যেখানে কমপক্ষে একটি অ্যামিনো অ্যাসিড সংরক্ষিত থাকে। এর মধ্যে রয়েছে ট্রান্সলেশন পরবর্তী পরিবর্তন সাইট, সংরক্ষিত সাইট, বাঁধাই সাইট এবং ক্রিয়াশীল সাইট।

প্রবেশাধিকার 
ডাটাবেজটি একটি ওয়েবসার্ভারের মাধ্যমে টেক্সট- এবং ক্রম-ভিত্তিক অনুসন্ধানের জন্য এবং বেনামী এফটিপির মাধ্যমে ডাউনলোডের জন্য উপলব্ধ। অন্যান্য ইবিআই ডাটাবেজের মতো, এটি পাবলিক ডোমেইনে রয়েছে, যেহেতু এর বিষয়বস্তু "যে কোনও ব্যক্তি এবং যে কোনও উদ্দেশ্যে" ব্যবহার করা যেতে পারে।  ইন্টারপ্রো প্রতি ৮ সপ্তাহে জনসাধারণের কাছে ডেটা প্রকাশ করার লক্ষ্য রাখে, সাধারণত একই প্রোটিনের ইউনিপ্রোটকেবি মুক্তির একদিনের মধ্যে।

ইন্টারপ্রো অ্যাপ্লিকেশন প্রোগ্রামিং ইন্টারফেস (এপিআই) 
ইন্টারপ্রো সমস্ত ইন্টারপ্রো এন্ট্রি এবং জেসনে বিন্যাসে তাদের সম্পর্কিত এন্ট্রিগুলিতে প্রোগ্রাম্যাটিক অ্যাক্সেসের জন্য একটি এপিআই প্রদান করে। এপিআই-এর জন্য ছয়টি প্রধান এন্ডপয়েন্ট রয়েছে যা বিভিন্ন ইন্টারপ্রো উপাত্তের প্রকারের সাথে মিলে যায়: এন্ট্রি, প্রোটিন, কাঠামো, ট্যাক্সোনমি, প্রোটিওম এবং সেট।

ইন্টারপ্রোস্ক্যান 
ইন্টারপ্রোস্ক্যান (InterProScan) হল একটি সফটওয়্যার প্যাকেজ যা ব্যবহারকারীদের সদস্য ডাটাবেজ সিগনেচারের বিরুদ্ধে সিকোয়েন্স স্ক্যান করতে দেয়। ব্যবহারকারীরা এই সিগনেচার স্ক্যানিং সফটওয়্যারটি ব্যবহার করে নতুন নিউক্লিওটাইড বা প্রোটিন সিকোয়েন্সগুলিকে ক্রিয়াকলাপগতভাবে চিহ্নিত করতে পারেন। ইন্টারপ্রোস্ক্যান প্রায়শই জিনোম প্রকল্পে ব্যবহৃত হয় যাতে আগ্রহের জিনোমের একটি "প্রথম-পাস" বৈশিষ্ট্য পাওয়া যায়। , ইন্টারপ্রোস্ক্যানের সর্বজনীন সংস্করণ (v5.x) একটি জাভা-ভিত্তিক আর্কিটেকচার ব্যবহার করে। সফটওয়্যার প্যাকেজটি বর্তমানে শুধুমাত্র ৬৪-বিট লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেমে সমর্থিত।

ইন্টারপ্রোস্ক্যান, ইএমবিএল-ইবিআইর অন্যান্য অনেক বায়োইনফরম্যাটিক্স সরঞ্জামের সাথে, রেস্টফুল এবং সোপ ওয়েব সার্ভিস এপিআই ব্যবহার করেও প্রোগ্রাম্যাটিকভাবে অ্যাক্সেস করা যেতে পারে।

আরও দেখুন 
 প্রোটিন পরিবার
 অজানা ক্রিয়াকলাপের ডোমেইন
 ক্রম মোটিফ

তথ্যসূত্র

বহিঃসংযোগ 
 — ওয়েবসার্ভার

প্রোটিন ফ্যামিলি
প্রোটিন শ্রেণীবিভাগ
ক্যামব্রিজশায়ারে বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি
সাউথ ক্যামব্রিজশায়ার জেলা
ডেটাবেজ