tomron87/hebrew-wikipedia-sentences-corpus huggingface dataset:
שיעור א' - הרב חנוך לודמיר (לשעבר ראש חבורה בישיבת מיר תחת הנהגתו של רבי רפאל שמואלביץ), הרב זאב גלוסקינוס (המשמש כדיין בביה"ד של הרב יהודה סילמן), והרב בצלאל קרויז המשמש בזמן חורף כר"מ ובזמן קיץ כמשיב בקיבוץ ומחליף אותו בזמן זה הרב מרדכי פוירשטיין המשמש בזמן חורף כמשיב.
לבני הקיבוץ משמש כראש קיבוץ הרב נתן רוטמן (אחיו הגדול של חבר הכנסת שמחה רוטמן, ידוע גם בקרבתו לקהילת זילברמן) שבנוסף לכך מוסר ועדים בהגות ומחשבה.
מלבדם מכהנים בישיבה עוד למעלה מעשרים וחמשה רבנים אשר מכהנים כנושאים ונותנים (משיבים) וכצוות השגחה בישיבה.
עד לזמן קיץ תשפ"ג כיהן כר"מ בישיבה הרב אלעזר מאירוביץ' רב שכונת רמה ג' בבית שמש, אשר עבר לשמש כראש ישיבת נתיבות חיים (מאירוביץ') אשר פתח יחד עם הרב ישראל מאיר דרוק.
ועד לזמן קיץ תשפ"ד כיהן בישיבה כראש קיבוץ הרב יצחק וולדומירסקי (לשעבר ראש ישיבת תורת יחיאל) שעבר לכהן כראש ישיבה ברומניה.
עד פטירתם, כיהנו בישיבה הרב אברהם ישעיהו הבר ראש ארגון מתנת חיים, כנושא ונותן (משיב), והרב דוד ברונר כמשגיח ויועץ.
ישיבת נתיב הדעת (נקראת גם ישיבת קפלן על שם ראש הישיבה והמשגיח) היא ישיבה גדולה חרדית ליטאית בשכונת רמות פולין בירושלים.
הישיבה הוקמה בניסן תשס"ט במבנה זמני על ידי המשגיח הרב נפתלי קפלן, שהיה קודם לכן משגיח בישיבות בית מתתיהו וקול תורה.
בהמלצת הרב אהרן יהודה לייב שטינמן מונה הרב בונים שרייבר לכהן בראשות הישיבה.
בתחילת דרכה היו בישיבה כחמישים בחורים מישיבות אור ישראל, תפרח ופוניבז'.
נכון לשנת 2024 לומדים בישיבה כ־350 בחורים.
בהכוונתו של משגיח הישיבה, מתקבלים מדי שנה כ-70 בחורים המחולקים לשני שיעורים.
בשנת 2018 פתח אחיו של ראש הישיבה - הרב ניסן קפלן ישיבה בשכונת הר נוף בירושלים בשם "דעת אהרון" (מכונה "קפלן החדשה - קפל"ח").
באוגוסט 2022 עברה הישיבה לבית המדרש החדש שנבנה מעל בניין הישיבה.
ראשי הישיבה הם הרב בונים שרייבר והרב אברהם קפלן, בנו של המשגיח.
הר"מים הם הרב מנחם כהן, הרב אשר דומב, והרב נעם פל, הרב יהודה אריה רפפורט, בסדר שני הרב אליהו דיסקין, ראשי הקיבוץ הם הרב שמחה פוברסקי והרב גולובנציץ.
ישיבת עטרת נחמיה היא ישיבה גבוהה ציונית דתית, הממוקמת בשכונת נחלת יצחק בתל אביב, בראשה עומד הרב מיכה הלוי, רבה של פתח תקווה.
נשיא הישיבה הוא הרב חיים שטיינר.
הישיבה הוקמה בשנת תש"ס בשכונת נחלת יצחק בתל אביב, כאשר הרב מיכה הלוי כיהן כרבה.
הישיבה נקראת על שם ר' נחמיה זלביץ' (שמה זה ניתן לה בתמוז תשס"ח).
כיום לומדים בישיבה למעלה מ-50 תלמידים ואברכים.
תלמידי הישיבה מתגייסים לצבא במגוון מסלולים, כאשר שיעור ניכר מתגייס למסלול הסדר מרכז.
האברכים גרים בשכונה, וסביב הישיבה מתקיים מעין גרעין תורני המקיים פעילות יהודית לתושבי האזור.
כמו כן, פועלים מכוחה כולל רבנות לבני העדה האתיופית ביפו בראשות הרב יהודה סהלה (רב יהודי אתיופיה בתל אביב–יפו), תלמוד תורה, רשת מעונות ועוד .
הישיבה הוציאה כתב עת בשם "עיטורי אביב", ובו מאמרים מפרי עטם של רבני הישיבה ותלמידיה.
בראשות הישיבה עומד הרב מיכה הלוי, רבה הראשי של פתח תקווה.
בעבר כיהן לצדו בראשות הישיבה הרב דניאל מילר.
הרב חיים שטיינר, ר"מ בישיבת מרכז הרב, מכהן כנשיא הישיבה והעביר בה שיעור שבועי.
הרב מרדכי שטרנברג, שהיה ראש ישיבת הר המור העביר שיעור שבועי בעיון.
מצוות הר"מים: הרב אלי פרידמן, הרב צוריאל זון, הרב יהושע גואלמן, הרב בועז בארי, הרב שלמה באואר, הרב דוד יעקובוביץ והרב יוסי אופיר.
ישיבת נתיב אריה היא ישיבה גבוהה ציונית דתית המיועדת לתלמידים מארצות הברית, הישיבה נמצאת ברחבת הכותל המערבי בעיר העתיקה בירושלים.
הישיבה הוקמה בשנת 2003 על ידי ראש הישיבה הרב אהרון בינה.
בשנת 2002 התנהל דיון בישיבת הכותל על ההיקף הראוי של התוכנית לבני חו"ל בראשות הרב אהרן בינה, שעד אז היוותה חלק מרכזי בישיבה מבחינת כמות התלמידים.
הישיבה נפתחה בספטמבר 2003 לאחר הפיצול עם למעלה מ-200 תלמידים.
תוכנית הלימודים בישיבה מורכבת מלימודי גמרא, תנ"ך, הלכה, מחשבת ישראל, ציונות וחסידות.
הרב יעקב כ"ץ – משמש גם כראש הכולל של הישיבה
הרב חזקיה נבנצל – רב העיר העתיקה בירושלים
ישיבת נר זרח - עוצם (נקראה בעבר נר זרח - זרועה) היא ישיבה גדולה במושב עוצם המשתייכת לזרם החרדי-ליטאי.
הישיבה נוסדה על ידי הרב יששכר מאיר ב-2006. שם הישיבה "נר זרח" הוא על שם הרב זרח פלוק.
בישיבה לומדים נכון לאלול תשפ"א כ-200 בחורים.
הישיבה הוקמה על ידי הרב יששכר מאיר בשנת תשס"ו שהעמיד בראשה את תלמידיו הרב אליהו אליעזר ברוורמן, הרב ישראל לנדא והרב מנחם שפירא.
משגיח הישיבה היה הרב אליהו אליעזר יעקובזון רבה של תפרח.
ראשיתה של הישיבה היה במושב זרועה שם הוקמה במתכונת של ישיבת קיבוץ כחלק מחזונו של הרב יששכר מאיר לחזק את התורה והיהדות בנגב, לאחר התנגדות והתנכלויות לישיבה מצד תושבים מעטים, עברה הישיבה באלול תשע"ד ליישוב עוצם בחבל לכיש, שם גם הכניסה הישיבה בשנת תשע"ו את השיעור א' הראשון שלה.
לאחר פטירת הרב יששכר מאיר בתשע"א מונה הרב ישראל לנדא לראש הישיבה, בתפקיד זה שימש עד למינויו לר"מ בישיבת עטרת ישראל בשנת תשע"ג, ולאחר מכן כראש ישיבה בישיבת היכל יצחק (לנדא).
בשנת תשע"א, 2011 מונה הרב יצחק זאב פיינשטיין לראש הישיבה במקביל לרב ישראל לנדא, הרב מנחם שפירא עזב את הישיבה.
בשנת תשע"ב, 2012 נקלעה הישיבה למצב כלכלי קשה, וכדי לנסות לייצבה לקח הרב ברוך ויסבקר ראש ישיבת בית מתתיהו את הישיבה תחת חסותו ואף היה מגיע למסור שיעורים באופן קבוע בישיבה, אך הניסיון לא עלה יפה ולאחר תקופה קצרה פורק.
בשלהי שנת תשע"ג בהוראתו של הגראי"ל שטיינמן הכניס הרב יעקב וירז'בינסקי את הישיבה תחת רשת מוסדות ארחות תורה, כחלק מהשינויים בישיבה מונו רמי"ם חדשים, הרב ישראל לנדא עזב והרב יצחק זאב פיינשטיין בתפקיד ראש הישיבה.
נכון לאלול תשפ"ה לומדים בישיבה מאתיים חמישים בחורים בשמונה ועדים.
הוועדים בישיבה קטנים מבישיבות אחרות, זאת על פי הוראותיו של הגראי"ל שטיינמן.
ראש הישיבה הוא הרב יצחק זאב פיינשטיין ומנהלה הרוחני של הישיבה הוא הרב אברהם קוזוקין והרב יעקב כהנא, נשיא הישיבה הוא הרב שרגא שטינמן ראש ישיבות אורחות תורה
ראש הקיבוץ הוא הרב ישעיהו שיינברגר והרמי"ם הם הרב שמואל אנסבכר והרב בנימין בראך.
המשיבים בישיבה הם הרב וולף הרב צבי קליין הרב צבי הרבסט והרב יעקב בסדר א', הרב יעקב מושקט, הרב נחום גולדברג והרב אליהו אליעזר ברוורמן בסדר שני, והרב יחזקאל פרבשטיין והרב מאיר אינגבר והרב ילין בסדר שלישי.
המכללה התאולוגית העברית היא ישיבה בסקוקי, אילינוי, ארצות הברית שמתמקדת בלימודי תורה ופועלת גם כאוניברסיטה פרטית המפעילה תוכניות נפרדות לגברים ולנשים.
הישיבה נוסדה כמוסד אורתודוקסי מודרני, ולומדים בה גם תלמידים מרקע חרדי וחסידי.
על בוגרי הישיבה הבולטים נמנים דוד אפלבום, דוד ביגמן, חיים צימרמן, דן פטינקין, חיים דוב שעוועל, דוב ברל ויין, אברהם טברסקי נתן צבי פינקל.
המכללה התאולוגית העברית (HTC) נוסדה בשנת 1921 בעיר שיקגו על ידי חיים צבי רובינשטיין (1872–1944) ושאול זילבר (1876-1946).
בשנת 1958 הישיבה עברה לפרבר הצפוני של שיקגו, סקוקי.
HTC נוסד כמוסד אורתודוקסי מודרני להשכלה גבוהה.
אבל כיום לומדים בה גם חרדים וחסידים.
מטרתו העיקרית של בית הספר היא להכין את התלמידים לקבלת תפקידים פורמליים כמחנכים, וכן להסמיך לרבנות.
כמטרה משנית, המוסד שואף לספק לתלמידיה מיומנויות בשבע האמנויות החופשיות.
הישיבה מורכבת מבית מדרש וכולל הסמכה לרבנות; מכון בליטשטיין לנשים והישיבה התיכונית פסמן.
המכללה מורכבת מבית הספר ללימודי עברית ובית הספר לאמנויות ומדעים.
תוכנית הגברים מציעה תואר ראשון עם התמקדות במדעי יהדות ובמיוחד תלמוד, עם עיסוק צדדי במנהל עסקים, חשבונאות ופסיכולוגיה.
תוכנית הנשים (הממוקמת בקמפוס נפרד) מציעה מגמות בלימודי יהדות בתנ"ך, לשון עברית והיסטוריה של עם ישראל.
ניתן ללמוד בנוסף גם לימודי חול ובהם מנהל עסקים, מדעי המחשב והמידע, חינוך (כולל חינוך יסודי ומיוחד), אנגלית, מדעי הבריאות ופסיכולוגיה.
ישיבת פּוֹנִיבֶז' היא ישיבה גדולה בבני ברק, אשר נחשבת לאחת מהישיבות החשובות והיוקרתיות בציבור החרדי, במקביל לישיבת חברון בירושלים.
הישיבה הוקמה בתום מלחמת העולם הראשונה בעיר פוניבז' בליטא, בידי רב העיר הרב יוסף שלמה כהנמן, במקומן של ישיבות קודמות שפעלו בעיר ונסגרו בשל מאורעות המלחמה.
היא צברה יוקרה בין שתי מלחמות העולם.
רוב תלמידיה ואנשי צוותה נספו בשואת יהודי ליטא.
מייסד הישיבה ומנהיגה הצליח להגיע לארץ ישראל ב־1940, ומיד החל במאמצים שהובילו להקמת הישיבה מחדש בסוף 1943. ב־1945 נחנך בניין הישיבה החולש על "גבעת הישיבה" בזיכרון מאיר שבבני ברק.
להקמת הישיבה חלק מרכזי בשיקום עולם התורה האירופי שחדל להתקיים עם שואת יהודי אירופה במלחמת העולם השנייה.
בוגריה כיהנו ומכהנים בצמרת עולם הישיבות בעשורים האחרונים של המאה ה־20 ובעשורים הראשונים של המאה ה־21.
בנוסף לישיבה הגדולה, פועלים במסגרת עמותת ישיבת פוניבז' של הרב אליעזר כהנמן מוסדות ומיזמים נוספים, כדוגמת ישיבות קטנות, בית יעקב, ספרייה תורנית, מכון להוצאת ספרים, אוהל שם להנצחת יהדות ליטא, ומיזם ירחי כלה שנתי.
לצד העמותה פועלת גם חברה לתועלת הציבור בשם חברת ישיבת פוניבז' בע"מ.
הישיבה הנוספת בקריית הישיבה פועלת תחת עמותת 'מסורת התורה'.
מאז סוף שנות ה־90 של המאה ה־20 מתקיימים בישיבה מאבקי שליטה קשים, וכתוצאה מכך הישיבה מפוצלת לשתי ישיבות הפועלות במקביל בקריית הישיבה תחת שם זהה.
בשנת 2023 למדו בישיבה שבהנהלת הרב אליעזר כהנמן (נכדו של הרב יוסף שלמה כהנמן) כ-1,700 תלמידים, ובישיבה שבהנהלת ובראשות גיסו הרב שמואל מרקוביץ כ־750 תלמידים.
מלבד התלמידים הרווקים, לומדים עוד מספר אברכים בישיבה וכ־1,000 אברכים נוספים בכולל האברכים הסמוך לה.
ב-כ"ח בחשוון ה'תשפ"ו הכריע הבורר דוד חשין כי על הרב מרקוביץ ועמותת מסורת התורה לעזוב את הישיבה עד סוף יולי 2026. כמו כן, נאסר עליו להשתמש בשם פוניבז' ובתואר ראש ישיבת פוניבז'.
ראשיתה של ישיבת פוניבז' בישיבה הגבוהה בעיר פוניבז' שבליטא.
רבה של העיר, הרב יוסף שלמה כהנמן, שעמד בראש הישיבה בין מלחמות העולם, הקים אותה מחדש בארץ ישראל לאחר חורבן הישיבה בשואת יהודי ליטא.
ישיבה ממוסדת במובן המודרני של המילה הוקמה בפוניבז' לראשונה בסוף המאה ה־19 בידי הרב נפתלי הרץ קרצ'מר והייתה מיועדת לילדים ולנערים צעירים.
הבוגר הבולט והמפורסם ביותר שלה, הוא הרב אלעזר מנחם מן שך, שהיה ראש ישיבת פוניבז' בארץ, ומנהיג הציבור החרדי.
לאחר גלגולים בין בתים ובתי כנסת שונים, עברה הישיבה לבית המדרש "גליקל'ס קלויז", ביתה של גליקל'ה אלמנת רב העיר הרב יעקב הלוי, שהוקדש על ידה לשמש בית מדרש.
בבית מדרש זה למד הרב שלמה עזרא מר, ואף הוא החל ללמוד עם נערי הישיבה.
ישיבה זו לא הוסיפה להתקיים אחרי פטירתו הפתאומית של מייסדה ב־1913.
שנים ספורות קודם לכן, ב־1909, הוקם בעצתו של הרב חיים סולובייצ'יק "קיבוץ למצויני הישיבות", לבחורים בוגרי ישיבות ליטא.
המוסד הוקם מתרומתה של הפילנתרופית האלמנה ליבא מרים גברונסקי, בתו של קלונימוס זאב ויסוצקי ואלמנת אוסיפ (אשר ברוך בנדט) גברונסקי, להנצחת בעלה.
את תוכנית הלימודים קבע הנדיב רפאל שלמה גוץ, אף הוא חתנו של ויסוצקי, שתרם סכומי כסף גדולים לישיבה ולישיבות אחרות.
בראש הישיבה הועמד רב העיר, הרב יצחק יעקב רבינוביץ.
לישיבה התקבלו תלמידים שנבחרו בקפידה, והיא נועדה לשמונה אברכים נשואים ו־12 בחורים רווקים בלבד.
מיד אחרי הקמתה ביקשו ללמוד בישיבה בחורים מצוינים רבים גם בלי לקבל את מלגת הלימודים.
הישיבה גדלה ולמדו בה עשרות רבות.
בסוף 1911 (חנוכה ה'תרע"ב) חגגה הקהילה היהודית המקומית את הקמתו של אולם לימודים גדול שנבנה סמוך למבנה הקלויז וחובר אליו בפרוזדור.
תאורת חשמל הותקנה בכל המבנה לראשונה, והדבר אפשר את הרחבת סדרי הלימוד לתוך הלילה.
ב־1915, עם התקרב החזית המזרחית במלחמת העולם הראשונה לאזור ופקודת גירוש שהוצאה ליהודי הסביבה, גלתה הישיבה עם רב העיר ללוצן ואחר כך למריאופול.
הלימודים והתמיכה הכלכלית של האלמנה גברונסקי נמשכו כרגיל.
ראש הישיבה העביר שיעורים מדי יום, לעומת שלושה שיעורים שבועיים במתכונת השגרתית.
התמיכה פסקה רק בנובמבר 1917 (ראשית שנת ה'תרע"ח) עם מהפכת אוקטובר והקמת השלטון הבולשביקי.
זמן קצר לאחר מכן לא יכלה הישיבה להתקיים כלכלית ותלמידיה נפוצו.
גם כאשר שב הרב רבינוביץ לפוניבז' בתום המלחמה ואתו תלמיד אחד, לא הצליח לשקם את הישיבה בשל פעילות המהפכנים שדיכאו את הפעילות הדתית בעיר.
הוא נפטר ב־1919, וה"קיבוץ" לא התקיים עוד במתכונתו.
מי שנבחר להחליף את הרב רבינוביץ ברבנות העיר היה הרב יוסף שלמה כהנמן, בוגר ישיבת טלז, שהספיק לעמוד בראשות ישיבה בהורדנה (1916) ולסייע בתקופת המלחמה בארגון והקמת ישיבות נוספות.
עוד במהלך המלחמה ביקר הרב הצעיר בפוניבז' וחידש בה את הישיבה לנערים שהקים בשעתו הרב קרצ'מר.
בראשה העמיד את הרב משה ברנר, שהיה בוגר ה"קיבוץ" של הרב רבינוביץ.
לאחר שמונה לרב העיר החל לעסוק הרב כהנמן בשיקום ובכינון ישיבה גדולה בעיר.
הוא אסף קבוצת בחורים מבוגרים לצד בחורי הישיבה לנערים בבניין המורחב של ה"גליקל'ס קלויז".
ב־1919 הכריז על הקמת הישיבה הגבוהה "בית אולפנא רבתא דפוניבז'" (תרגום חופשי מארמית: בית הלימוד הגבוה של פוניבז').
עם היווסדה מנתה הישיבה 27 בחורים.
הבחורים השתכנו בבתי יהודי העיר.
חיזוק משמעותי קיבלה הישיבה ב־1921, כאשר בעקבות הכיבוש הבולשביקי הגיעו אליה ארבעים מתלמידי ישיבת שער התורה שנמלטו מהורדנה, עם המנהל הרוחני הרב יוסף ליב ננדיק, שהיה ידידו של הרב כהנמן מעת לימודם המשותף אצל החפץ חיים.
הרב ננדיק, שבעבר כיהן כמנהל רוחני בכמה מהישיבות הליטאיות הנודעות, הצטרף לצוות הישיבה.
זמן קצר לאחר מכן חזרה הורדנה לשלטון פולני עם חתימת הסכם ריגה במרץ 1921, והרב ננדיק נענה לשוב להורדנה.
חלק מתלמידיו שב עמו וחלקם נשאר בישיבת פוניבז'.
לאחר עזיבת הרב ננדיק, בא לכהן כמנהל רוחני בישיבה הרב ירוחם ליבוביץ, אף הוא מראשי תנועת המוסר בדורו ומכר ותיק של הרב כהנמן מתקופת לימודיו בראדין.
הרב ליבוביץ שהה אז בווילנה עם קבוצה מבחירי תלמידיו, ובא עמם לישיבת פוניבז'.
הרב ליבוביץ ועמו חלק מתלמידיו עזבו את ישיבת פוניבז' בסוף 1922 (ראשית ה'תרפ"ג) כאשר הוקמה מחדש במיר, ישיבת מיר הוותיקה, לאחר גלות ממושכת בשל המלחמה.
בעקבות עזיבתו, מונה להנהלת הישיבה גיסו של הרב כהנמן, הרב אשר קלמן ברון, שהיה תלמידו של החפץ חיים וחניך התלמוד תורה בקלם.
הרב ברון שימש הן כמנהל רוחני והן ר"מ והעביר שיעורי תלמוד יומיים.
התרחבות הישיבה בשנות ה־20 ומצבה הכלכלי
ב־1924 (תחילת ה'תרפ"ה) נחנך בניין הישיבה החדש שנבנה במשך כארבע שנים לצד בית המדרש הוותיק שב"גליקל'ס קלויז".
המאורע נחגג בפאר בהשתתפות אישים רמי-דרג בממשל הליטאי הארצי והמוניציפלי, לצד רבנים מעיירות אחרות, וסוקר בהרחבה בעיתונות היהודית הליטאית.
עיקר המימון לפרויקט הבנייה בא ממסע גיוס כספים שערך הרב כהנמן לגרמניה באוגוסט 1920. ביולי 1928 התרחבה "קריית" הישיבה שוב: בתרומתו של הגביר הפוניבז'אי יעקב דב רובינשטיין, הוקם בסמוך בניין גדול ומפואר "בית רובינשטיין" עבור הישיבה הקטנה והמכינה שלצידה.
בבניין זה הוקמו גם חדרי פנימייה וחדר אוכל.
כמנהל רוחני ב"בית רובינשטיין" התמנה הרב אברהם אבא גרוסברד, שכיהן לימים כמשגיח הישיבה הראשון בארץ ישראל.
בחורף של שנת ה'תרפ"ט (1928–1929) נמנו בישיבה הגבוהה מאה בחורים, בישיבה הקטנה שבבית רובינשטיין – 105 בחורים, ובמכינה - ששים וחמישה.
כל אותה העת ניצל הרב כהנמן את המעמד האוטונומי שהוענק לחינוך היהודי בליטא העצמאית.
הוא הקים ועד ידידים שאספו תרומות לישיבה בערים ליטאיות רבות (ב־1934 היו 200 נציגים כאלו), ונסע פעמים אחדות לארצות הברית למסעות גיוס כספים שבאחת מהן הצליח לגייס – תוך כדי המשבר הכלכלי העולמי של 1929 – קרן של 10,000 דולר מאשת העסקים היהודייה ג'ני (פסיה) מילר פיגין מפילדלפיה.
על שמה נקרא בניין הישיבה "בית פעסיא".
כן טווה מערכת קשרים הדוקה עם הקהילה היהודית-ליטאית הגדולה והאמידה ביוהנסבורג שבדרום אפריקה.
למרות קשריו והתרומות הרבות שקיבל הרב כהנמן מתורמים פרטיים ומגופים ציבוריים כמו הג'וינט, הייתה הישיבה לאורך כל השנים בחובות, בשל תנופת ההתפתחות הקבועה שלה.
קריית הישיבה בפוניבז' בשנות ה־30
במחצית השנייה של שנות ה־20 נאלצו ראשי הישיבה לדחות חלק מהתלמידים שבאו ללמוד בה, גם אם התאימו לרמה הלימודית.
הרב כהנמן להקמת קריה למוסדותיו, "ממלכת התורה פוניבז'".
בשנת 1930 הוצע למכירה קמפוס הגימנסיה הפולנית בעיר, שנסגרה קודם לכן.
היה זה "קמפוס מודרני משוכלל עם כרי דשא וגינות נוי".
משופע במזומנים ממסעו האחרון בארצות הברית, הצליח הרב כהנמן לרכוש את הנכס במחיר נמוך.
הוא העביר לקמפוס את כל מוסדותיו מרחבי העיר, שם שכנו עד לשואת יהודי ליטא.
הקמפוס כלל גם מגורים לצוות וספרייה תורנית גדולה.
ב־1931 עבר הרב גרוסברד לכהן בראשות ישיבה גדולה שהוקמה אז בריגה.
במקומו הזמין הרב כהנמן את הרב משה דוב צפתמן, שכיהן עד אז כמשגיח ישיבת קלצק, ועם בואו לפוניבז' התמנה למנהל הרוחני הרשמי של כל מוסדות הישיבה.
במקביל הורחבה ה"מכינה" לכדי תלמוד תורה לכל גילאי בית הספר היסודי, והוקם גם גן ילדים.
כדי להשלים את היצע החינוך החרדי בעיר ולהציע אלטרנטיבה לגימנסיות של רשתות החינוך "יבנה" ו"תרבות", הקים הרב כהנמן גם סמינר לבנות במתכונת בית יעקב ונקרא "בית יעקב" על שם התורם, יעקב לוריא, יהודי ליטאי דרום-אפריקני תושב בלומפונטיין.
בשיאה מנתה הישיבה כ־400 בחורים, והמוסדות כולם 1008 תלמידים ותלמידות.
מרבית תלמידי הישיבה נרצחו במהלך השואה.
בעקבות הסכם ריבנטרופ–מולוטוב (1939) והשתלטות ברית המועצות ביוני 1940 על ליטא, הורע המצב במדינה כולה.
הרב כהנמן נסע בשליחות הממשלה הליטאית החדשה במטרה להשפיע על הממשל בארצות הברית להעניק אשרת כניסה לכ־5,000 פליטים, אולם בדרך הוא השתכנע שהשליחות נועדה לכישלון.
הוא חשש לחזור לליטא כי הוזהר מפני כוונות הקומוניסטים לחסל את האליטה היהודית במדינה, ולכן החליט לעלות לארץ ישראל.
המברק האחרון שהתקבל בתל אביב מבני הישיבה, נשלח שבוע לפני תחילת מבצע ברברוסה (יוני 1941), בידי הרב אשר קלמן ברון.
הנאצים נכנסו לפוניבז' ב־2 באוגוסט 1941 (ראש חודש אב ה'תש"א).
הם השתלטו על בניין הישיבה והקימו בו את המטה הצבאי.
בחורי הישיבה שבו לבית המדרש של 'גליקל'ס קלויז', אך גורשו ממנו לבית הכנסת הגדול של העיר.
יהודים רבים נכלאו, ואלו שנשארו חופשיים הוצאו מבתיהם ונתחמו לאזור קטן שהוקצה לגטו.
ב־22 באוגוסט נערכה בכיכר העיר התעללות המונית ביהודים שכונתה "מחול שדים", במחול זה עונו עשרות מבחורי הישיבה והרבנים ברון וצפתמן.
הרב כהנמן, שכאמור עלה לארץ ישראל ב־1940, החליט לייסד את הישיבה מחדש.
החשיבות המיוחדת שראה לשיקום לימוד התורה לאחר השואה מתבטאת בפסוק שהציב בפתח בניין הישיבה כמוטו: .
בראש בניין "אוהל קדושים" שלמרגלות הישיבה נכתב פסוק ברוח דומה: .
הישיבה נוסדה בה' בכסלו תש"ד (2 בדצמבר 1943) ושוכנה באופן זמני בבית הכנסת "הליגמן" שבמרכז העיר.
בעת פתיחתה למדו בה שבעה תלמידים, בהם האחים הרב גרשון אדלשטיין והרב יעקב אדלשטיין, הרב חיים פרידלנדר והרב אורי שרגא קלרמן.
כמו כן הצטרפו ללימוד בבית המדרש (אך לא כחלק מתלמידי הישיבה), גם רבי נסים קרליץ ואחיו יהושע תנחום.
לראש ישיבה מונה הרב שמואל רוזובסקי, שעד אז היה ר"מ בישיבת לומז'ה, ולמשגיח הרב אברהם אבא גרוסברד שכאמור כיהן עוד בליטא (ה'תרפ"ה, 1925 – ה'תרצ"ז, 1937) כר"מ ומנהל רוחני בישיבה, והצליח לעלות לארץ ישראל.
בחורף תש"ה מנתה הישיבה כ־70 תלמידים.
בחורף זה הובא ראש ישיבה נוסף, הרב דוד פוברסקי, שכיהן עד אז כר"מ בישיבת אחי תמימים בתל אביב.
הקמת הישיבה מחדש בארץ ישראל בישרה למעשה על השלב השני של העתקת עולם הישיבות הליטאי לארץ ישראל.
בשלב הראשון עלו סניפי ישיבת כנסת ישראל (ישיבת חברון) וישיבת לומז'ה, ב־1924 וב־1926 בהתאמה.
ישיבות אלו היו תלויות לפחות בתחילת דרכן, במורשתן ובכלכלתן, בישיבות־האם שנותרו באירופה.
ישיבת פוניבז' הייתה הראשונה בגל ישיבות שהתחדשו בארץ ישראל בשנים הבאות: ישיבת סלובודקה שראשיה עלו לבני ברק, ישיבת סלונים שהוקמה מחדש ברמת גן וישיבת מיר שחלק מתלמידיה הגיע משאנגחאי לירושלים.
שלמה טיקוצ'ינסקי, סבור כי ישיבת פוניבז', שרוב ככל תלמידיה היו בני היישוב החדש, "רוקנה" עם הצלחתה את הישיבות הקטנות יחסית שפעלו ביישוב עד אז, והביאה בפועל לסגירתן של כמה מהן.
הרב כהנמן רכש 200 דונם על ההר בזכרון מאיר לצורך הקמת קרייה לישיבה.
ביוני 1944 היה מבנה הישיבה בתהליך בנייה ובמרתף למדו ילדים מילדי טהרן.
הנחת אבן הפינה לישיבה, נעשתה בטקס צנוע.
הרב יוסף שלמה כהנמן והרב אברהם ישעיהו קרליץ, ה"חזון איש", יצקו יחד כף מלט.
על מעמד זה, שנערך בעוד השואה מתחוללת באירופה, אמר הרב כהנמן לימים: .
באלול תש"ה עברה הישיבה למשכנה הקבוע על אחת מגבעות בני ברק, ששטחה היה שייך ליעקב הלפרין, מייסד שכונת זיכרון מאיר.
בהקמת הישיבה ובגיוס המשאבים הכלכליים להקמתה סייעו גם אברהם קריניצי, ראש עיריית רמת גן, ואברהם הרצפלד, ממייסדי "אחדות העבודה" שלמד בצעירותו בישיבת טלז יחד עם הרב כהנמן.
הבנייה נמשכה גם לאחר המעבר לבניין הקבע.
מכלול מבני הישיבה משתרע על פני 120 דונם במרכז בני ברק בניין הישיבה הנראה למרחוק תוכנן בידי האדריכל יצחק שוסטר.
לאחר שנודע לרב גרוסברד, המשגיח, כי איבד את אשתו וארבעת ילדיו בשואה, הידרדר מצבו הרפואי והוא עזב את הישיבה.
הוא נפטר בירושלים זמן קצר לאחר מכן, באב ה'תש"ו, באוגוסט 1946. לימים נקרא הרחוב המרכזי בקריית הישיבה, רחוב רבי אבא, על שמו.
זמן מה לאחר פטירתו, נענה הרב אליהו אליעזר דסלר שנחשב לאחד מגדולי בעלי המוסר בשיטת קלם במאה ה-20, לבקשתו של הרב מפוניבז' לעלות מגייטסהד שבאנגליה כדי לכהן כמשגיח הישיבה.
בליל שבת, 15 בפברואר 1947 לפנות בוקר, חדרו שלושה ערבים לבניין הישיבה על מנת לשדוד את תכולת המחסן.
כמה מתלמידי הישיבה שגילו את השודדים התחזו לישנים, אך אם הבית מנהלת מחסן ההלבשה של בתי אבות, רבקה הרצוג, ניצולת שואה אלמנה בת 42, הקימה זעקה ונרצחה בידי השודדים.
מאז הקמת מדינת ישראל מניפים דגל ישראל בראש בניין הישיבה ביום העצמאות.
נוהג זה, החריג לעולם החרדי שאינו מציין את יום העצמאות, הוא בעקבות הוראתו של מייסד הישיבה, הרב יוסף שלמה כהנמן, והוא נשמר גם כיום, חרף התנגדויות פנימיות במהלך השנים.
בשנת ה'תשי"ב, 1952, מונה ראש ישיבה שלישי - הרב אלעזר מנחם מן שך, שהיה עד אז כר"מ בישיבת קלצק ברחובות, ולימים הנהיג את הציבור החרדי-ליטאי.
ביוני 1953 נחנך הבניין המרכזי של הישיבה, "היכל התורה ע"ש קרויזהאר", ובו בית המדרש המרכזי וחדרי שיעורים.
הטקס החגיגי נערך בהשתתפות נשיא המדינה יצחק בן־צבי, ורעייתו רחל, הרב הראשי הרב הרצוג, השרים בורג ושפירא, האדמו"רים מפשמישל, מסדיגורה וממודז'יץ והרבנים הראשיים של ערי גוש דן.
את הטקס הנחה השופט יצחק קיסטר.
לאחר נאום ברכה של הרב זלמן סורוצקין, ראש ועד הישיבות, נאם הרב כהנמן, לראשונה בחייו בעברית.
הוא אמר שמ־300 תלמידי הישיבה קודם השואה שרדו רק שניים, וכעת נבנה המשך למפעל התורה הזה בארץ ישראל.
בהיכל בית המדרש המרכזי היו בעת חנוכתו 500 מקומות ישיבה ו־250 מקומות נוספים ביציע.
לרגל אירוע חנוכת הבית, שכלל את מעבר רכבי פמליית נשיא המדינה, בתחומי המושבה, סללה העירייה כביש מרחוב סוקולוב לגבעת הישיבה (כיום בשטח רחובות מהרש"ל וחפץ חיים).
קנאים חרדים פרסמו פשקווילים בחתימת "ותיקי ותלמידי ישיבת פוניבז'" המגנים את הזמנת האישים הציוניים לישיבה.
הנהלת הישיבה תלתה את המעשה בגורמים חיצוניים המבקשים לפגוע בה.
בזמן טקס חנוכת הבית התנוססו על גג הישיבה דגל ישראל ונס הנשיא.
פעילות הקנאים נגד קשרי הישיבה עם מוסדות המדינה המשיכה גם בחודשים הבאים.
בהלוויית הרב איסר זלמן מלצר בנובמבר 1953 בירושלים, הפריעו קנאים לדברי ההספד של הרב יצחק אייזיק הרצוג, ומשגיח הישיבה, הרב דסלר גינה זאת.
בעת מסע ההלוויה של הרב דסלר עצמו, בסוף דצמבר 1953, הספיד גם אותו הרב הרצוג בהיכל הישיבה, וגם הפעם הפריעו קנאים להספד בקריאות ביניים.
בעקבות האירוע המביך, שלחה הישיבה מברק התנצלות לרב הרצוג, שבו גינתה בחריפות את הקנאים.
סיעת הפועל המזרחי במועצת העיר טענה שחברי מועצה חרדים ובהם שמעון סירוקה עמדו מאחורי תקיפת הרב הרצוג ובעקבות דרישתה הוקמה ועדת חקירה לבדיקת המקרה.
בהמשך אותה שנה תקפו קנאים את הרב הראשי לתל אביב־יפו, הרב איסר יהודה אונטרמן בעת שהשתתף בחתונה שנערכה בחדר האוכל של הישיבה.
זמן קצר לאחר פטירת הרב דסלר התמנה כמשגיח הישיבה הרב יחזקאל לוינשטיין, ששימש עד אז כמשגיח ישיבת מיר במיר, בנדודי הישיבה באירופה וביפן ובמשכנה החדש בירושלים.
הרב לוינשטיין הכניס רוח אחרת לשיטת המוסר של ישיבת פוניבז', פחות "פילוסופי" מזה של הרב דסלר ויותר תובעני ברמה המעשית, ובקרב בני הישיבה התעוררה התנגדות לדרכו.
בעקבות פרסום ספר 'אמונה וביטחון' של החזון איש בשנת תשי"ד אף עלתה דרישה לבטל כליל את לימוד המוסר בישיבה, דרישה שנדחתה בתוקף על ידי ראשי הישיבה (על אף העובדה שראש הישיבה, הרב כהנמן, היה בצעירותו ממשתתפי המרד נגד המוסר בישיבת טלז בליטא).
בנובמבר 1957 יצא מהישיבה מסע הלווייתו של בוגר הישיבה , בנו של חבר מועצת המדינה הזמנית מאיר דוד לוינשטיין, שנהרג בקרב המיתלה במלחמת סיני ונקבר בתחילה בבית קברות ארעי.
ההלוויה יצאה ממקום התייחדות מיוחד למרגלות בנין הישיבה, משם יוצאות הלוויותיהם של אישים הקרובים לישיבה שאינם נמנים עם צוות הרבנים.
ב־1960 החל הרב כהנמן בתכנונו של מפעל הנצחה גדול ליהדות ליטא שחרבה בשואה.
בשלבי התכנון הראשוניים עלתה הצעה להקמת בית מדרש ובו פינות הנצחה לקהילות ליטא, הצעה שעד סוף אותה שנה לבשה צורה בדמותו של אוהל הקדושים שהוקם במהלך שנות ה-60. סביבו היה אמור להיבנות בית קברות מיוחד לגדולי ליטא שאת ארונם תכנן הרב להעלות לישראל, בהם הגאון מווילנה והחפץ חיים.
תחת רעיון זה הוקם בשנים הבאות בית הקברות של נציבי ישיבת פוניבז' שבקבר הראשון בו נקברה הרבנית גוטל, אשת הרב שך.
מלבד "נציבי הישיבה" - כינוי לתורמים שרכשו עבור הישיבה בית שמשכר הדירה שלו ממומנת פעילות הישיבה ליום בשנה, קבורים שם גם רבני הישיבה שנפטרו ורבנים מפורסמים אחרים.
בראשית אותה שנה קיבלה הישיבה תרומה גדולה של 50,000 ל"י מחברת האחים חיים ואברהם שרמן בקארדיף.
מתרומה זו הוקמה ספריית שרמן, ואחד מחדרי הישיבות הגדולים בקומת הכניסה לבניין הישיבה המרכזי נקרא "אולם שרמן".
לפי פרסום של הישיבה משנת 1962 עמדו הוצאות הישיבה בשנה זו על כ-1,500,000 ל"י שהיו אז כ-500,000 דולר ארצות הברית.
ב־1963 למדו בישיבה עצמה 370, בישיבה הקטנה 170 ובכולל פוניבז' 130 תלמידים.
באוגוסט 1964 חנכה הישיבה, באירוע שכלל כתיבת ספר תורה, מבנה פנימייה לילדי "בתי אבות".
המבנה נבנה ברחוב הרב הירש הסמוך ובו 24 חדרים ומועדונית בשלוש וחצי קומות ששטחן 1,200 מ"ר.
המבנה נקרא על שם התורמים צבי אליעזר ואסנת קרויזהאר מארצות הברית שתרמו לפני כן את הבניין המרכזי של הישיבה ומבנים נוספים.
בשל תרומותיהם הרבות, הכריז הרב כהנמן לקראת חנוכת מבנה זה על קריאת שם הכיכר הסמוכה "כיכר קרויזהאר".
עם סלילת הרחוב ובניית מבני המגורים לכל ארכו, כיכר זו אינה קיימת עוד.
עם צמצום מספר הילדים במוסדות "בתי אבות" התרוקן המבנה והחל משמש פנימייה לבחורי הישיבה עצמה.
בפנימייה זו מתגוררים בעיקר בחורים צעירים.
לצד הפנימייה נבנה חדר אוכל גדול ששימש בערבים כאולם אירועים, האולם נקרא אף הוא "אולמי קרויזהאר" ושימש במשך עשרות שנים לחתונות ואירועים אחרים.
בראשית העשור השני של המאה ה-21 נסגר האולם והושכר למעון יום.
ההלוויה התקיימה למחרת בגבעת הישיבה והשתתפו בה כ־40,000 מלווים.
עם תום ה"שבעה" התכנסו תומכי הישיבה בראשות אברהם הרצפלד במלון דבורה והקימו ועדה במטרה להמשיך את התמיכה הכלכלית במפעליו.
בוועדה השתתפו חברי כנסת, כלכלנים ותעשיינים, והיא התעתדה לגייס קרן של מיליון דולרים בעולם.
ועדת-המשנה הישראלית, התחייבה לגייס 700,000 ל"י בהתאם להצעתו של חבר הוועדה, מנכ"ל בנק המזרחי משה מן.
בעקבות פטירת הרב כהנמן התהדקו קשריו של הרצפלד עם הישיבה, הוא סייע ליצירת קשרים עם תורמים ואף הגיע ללמוד בה בעצמו במסגרת "ירחי כלה" שנערכו בישיבה בחופשת הקיץ.
ב-1971 הבשיל קשר כזה בתרומה של רבע מיליון ל"י שהרים התעשיין והפילנתרופ היהודי-בריטי ארתור הוברט לישיבה.
במסיבה שנערכה לכבודו במלון דבורה בתל אביב בעקבות התרומה, נאם הרצפלד וסיפר על קשריו עם הרב כהנמן.
באוקטובר 1978 נהרגו שנים מתלמידי הישיבה ונפצעו שלושה בהתהפכות רכבם בכביש החוף.
בשנות ה־80 וה־90, אירעו אירועים דומים, והרב שך אסר על תלמידי הישיבות בכלל ללמוד נהיגה ולהוציא רישיונות נהיגה ואף הצהיר כי תלמידים שיוציאו רישיונות יאבדו את זכותם לבקשת דחיית שירות בצבא.
ועד הישיבות אימץ הנחיה זו רק ב-1995 בעקבות מותו בתאונת דרכים של תלמיד נוסף מישיבת פוניבז'.
עד שנות ה־90 נמסרו השיעורים בישיבה ביידיש.
בשנות ה־90 החלו הר"מים למסור שיעורים בעברית, למעט הרב דוד פוברסקי שהמשיך למסור שיעורים ביידיש, עד לפטירתו.
המאה ה-21 ומאבק השליטה בישיבה
בין הסכסוכים גלשו לעיתים לאלימות, והמשטרה נאלצה להתערב מספר פעמים.
בשלב מסוים הורה הרב אדלשטיין לאנשי מחנה כהנמן הסרים למשמעתו לוותר על תפילות השבת והחגים בהיכל המרכזי של הישיבה ולקיים אותן בהיכל "אוהל קדושים" הסמוך, כדי להפחית את החיכוך.
בהמשך הופרדו גם מקומות הישיבה בחדר האוכל ובפועל מתקיימות במבני הישיבה שתי ישיבות נפרדות לחלוטין, למעט ישיבה משותפת באולמות הלימוד בשעת תפילות הישיבה.
במשך שנים הסכסוך היה מתפרץ מעת לעת, ובפרט בתחילת שנת הלימודים, כאשר מגיעים תלמידים חדשים, אך עם הזמן חלה רגיעה בעימותים.
מלבד ראשי הישיבה, הרבנים אדלשטיין ופוברסקי, הצליח כהנמן הנכד לגייס את תמיכתם של הרב אהרן יהודה ליב שטינמן, הרב נסים קרליץ, הרב חיים קניבסקי, והרב מיכל יהודה ליפקוביץ'.
הבקשה נדחתה על ידי בית המשפט.
פסק הבוררות האמור הביא להתלקחות מחודשת של הסכסוך בין הצדדים, שהובילה לאלימות, להשחתה של הספרייה ולמאבקים סביב תפילת הערבית בבית המדרש המרכזי של הישיבה.
ב־29 בינואר 2015 פשטה המשטרה בכוחות גדולים על הישיבה ועצרה כ־25 תלמידים מתלמידי הרב מרקוביץ.
עם פרוץ מגפת הקורונה ב-2020, נמנעו אנשי הרב כהנמן מקיום לימודים בהיכל המרכזי, עקב אי יכולתה לעמוד בהנחיות הבריאות בתנאים אלו.
לאחר שהצו לא כובד בשבתות, הבהיר בית המשפט באוגוסט אותה שנה כי החלוקה השוויונית הזמנית בהיכל הישיבה חלה גם על ימי השבת ונזף באנשי הרב מרקוביץ שהפרו אותו אף על פי שהחלוקה השוויונית היטיבה עמם כשנתנה להם מעמד שווה על אף נחיתותה המספרית של הקבוצה.
במהלך סבב זה של דיונים בבית המשפט, התפטר ביולי 2021 הבורר העליון הרב צימבליסט, שהואשם במשך השנים בידי אנשי הרב כהנמן בהטיה חד-צדדית, מתפקידו.
בשנת 2012 יצא הסרט התיעודי "זמן פוניבז'" שעוקב במשך כשנתיים אחר חייהם של כמה מתלמידי ורבני הישיבה.
באלול ה'תשע"ח (אוגוסט 2018), פתח הרב כהנמן בסמוך לישיבת פוניבז' הקטנה, את ישיבת "חיים אברהם" לצעירים מעדות המזרח, כאשר חלק מתלמידי 'בתי אבות' של פוניבז' ממשיכים שם את לימודם.
ב-19 בנובמבר 2025 פרסם הבורר דוד חשין פסק, המורה לרב שמואל מרקוביץ ועמותת מסורת התורה לעזוב את גבעת הישיבה בסוף שנת הלימודים (יולי 2026) ונאסר עליהם להשתמש במותג ישיבת פוניבז'.
בנוסף לכך, חויב הרב מרקוביץ לשלם לעמותה ולחברה עשר מיליון ש"ח.
הבורר קבע כי הרב מרקוביץ הפר את "פסק 2000" (פסק הבוררות המקורי), מרד בהיררכיה של הישיבה והקים למעשה ישיבה מתחרה בתוך הקמפוס.
בשל כך, פקע המינוי שלו כ"ראש ישיבה" בישיבת פוניבז' ופקעו הזכויות שהוקנו לו בעבר להחזיק בנכסים.
שלושת הר"מים הראשונים - הרב שמואל רוזובסקי, הרב דוד פוברסקי והרב שך, שימשו כראשי הישיבה שנים רבות עד לפטירתם.
בשנותיה הראשונות של הישיבה מונו כר"מים נוספים שלושה מבוגרי הישיבה: הרב ירחמיאל גרשון אדלשטיין (בה'תש"ח), הרב שלמה ברמן והרב ברוך דב פוברסקי, בנו של הרב דוד פוברסקי.
בשלהי זמן חורף של שנת תשמ"ח מונו לר"מים הרב שמואל מרקוביץ והרב אשר דויטש, באותה שנה מונה הרב יונה זלושינסקי, ובהמשך בשנת תשנ"ה מונה גם הרב דוד מילר.
המנהלים הרוחניים והמשגיחים הבכירים שכיהנו בישיבה הם הרב אבא גרוסברד, הרב אליהו אליעזר דסלר והרב יחזקאל לוינשטיין.
כמו כן כיהנו כמשגיחים הרב בן ציון במברגר, הרב חיים פרידלנדר, הרב דוד זינגרביץ והרב ראובן יהושע גינזבורג (חתנו של הרב לוינשטיין).
בנוסף לבעלי התפקידים הרשמיים, הביא הרב יוסף שלמה כהנמן לישיבה מספר תלמידי חכמים יוצאי ישיבות ליטא שילמדו בישיבה ויהוו דוגמה לבחורים.
גם כיום לומדים בישיבה מספר אישים כאלו, בהם הרב חיים ברמן (אחיו של הרב שלמה, המוסר לבחורים) וכן עד לפטירתו בחודש ניסן תשפ"ד - הרב אהרן יהושע צוקר.
לאחר פטירתו של הרב יוסף שלמה כהנמן, התמנה בנו אברהם לנשיא הישיבה.
לאחר פטירתו, הוריש אברהם את הישיבה לרעייתו, רבקה.
בעקבות מחלוקת ממושכת שהחלה בשנת תשנ"ח, התפצלה הישיבה בסוף שנת תשס"ה, וכיום פועלות למעשה באותו מבנה שתי ישיבות.
בישיבה אחת, העומדת בנשיאות הרב אליעזר כהנמן (בנו של הרב אברהם כהנמן וחתנו של הרב שלמה ברמן), משמש כראש הישיבה הרב ברוך דב פוברסקי.
לצידו שימשו כראשי ישיבה הרב גרשון אדלשטיין עד לפטירתו בשנת ה'תשפ"ג, והרב חיים שלמה ליבוביץ מאז ה'תשס"ז ועד לפטירתו בחורף ה'תשע"ו.
בעת הפיצול הצטרפו כר"מים בישיבה הרב דוד מילר; הרב חיים פרץ ברמן בנו של הרב שלמה ברמן וחתנו של הרב ברוך דב פוברסקי, אשר מונה לר"מ לאחר פטירת אביו, כחצי שנה לפני הפילוג; שניהם משתמשים בתואר "מראשי הישיבה".
בהמשך הצטרפו ר"מים נוספים; הרב שמואל יהודה מלר (בשנת ה'תש"ע) והרב דוד לוי (חתנו של הרב גרשון אדלשטיין) בשנת ה'תשע"א.
לאחר פטירת הרב גרשון אדלשטיין, מינה נשיא הישיבה, הרב אליעזר כהנמן, את הרב דוד לוי לראש ישיבה.
בשנת תשע"ז מונה הרב יעקב אפשטיין לר"מ בישיבה בגיל 28. ובשנת תשפ"ד מונה הרב רפאל שמואלביץ (נכדו של הרב חיים שמואלביץ) לר"מ בישיבה.
המשגיח בישיבה זו היה הרב אליעזר גינזבורג (בנו של המשגיח הקודם, הרב ראובן, וחתנו של הרב שלמה ברמן) עד לפטירתו.
באלול ה'תשע"ז (ספטמבר 2017) מונה למשגיח הרב עזרא רוטשילד, ובהמשך מונה גם הרב אליהו אליעזר קלרמן (בנו של הרב אורי שרגא קלרמן).
בראשות הישיבה השנייה עומד הרב שמואל מרקוביץ (חתנו של הרב אברהם כהנמן), בישיבתו המשיכו לשמש כראשי הישיבה הרב אשר דויטש והרב יונה זלושינסקי, ששמשו כר"מים בישיבה עוד קודם הפילוג.
בשנת תשס"ט מונו לר"מים גם הרב יחיאל דזימיטרובסקי והרב חנוך הבלין.
המשגיחים הרב אהרון זאב גרוסברד שמכהן מאז שנת תשמ"ה בישיבה, הרב אליהו אליעזר דסלר שמכהן מאז שנת תשנ"א, בני משפחה של המשגיחים מהדורות הקודמים - המשיכו לשמש כמשגיחים בישיבה זו.
בהמשך מונו לר"מים הרב מיכאל קופמן (חתנו של הרב מרקוביץ), הרב אהרן דוד מלאכי והרב אהרן יוסף קרלנשטיין.
וכן מונו למשגיחים בישיבה הרב אהרן זלזניק והרב משה אינדורסקי.
מאז ראשית 1962 מאוגדים עובדי הישיבה בהסתדרות העובדים הכללית.
דרך הלימוד בישיבה דומה ביסודה לצורת הלימוד בישיבות ליטא.
מבין ראשיה בעבר ובהווה השפיע בעיקר הרב שמואל רוזובסקי.
דרכו התבססה על הקפת הנתונים בכל סוגיה תלמודית, עימותם ההדדי ומסקנות חדשניות.
גם לאחר פטירתו, בשנת תשל"ט (1979), הייתה דרכו הפופולרית ביותר בישיבה, עד למחצית השנייה של שנות ה־90, אז התרופפה השפעתו של הרב רוזובסקי ופינתה לצדה מקום לדרכים אחרות.
בפועל מתקיים הלימוד בבית המדרש לכל אורך שעות היממה.
בישיבה נהוג שגם ראשי הישיבות מוסרים שיעור יומי, וכן נהוג שבכל שנה מתחלפים לכל שיעור שלושה רבנים (אחד בזמן אלול וחצי זמן חורף, אחד בחצי זמן חורף ואחד בזמן קיץ), וכל רב מוסר שיעורים רק בשני שלישים של שנת הלימודים.
בהקמת הישיבה, תכנן הרב כהנמן שהתלמידים יסיימו את כל הש"ס בתקופת הלימודים בה.
בעקבות זאת למדו בשנים הראשונות בחורי הקיבוץ אחרי הצהריים ובערב מסכתות אחרות מאלה הנלמדות בדרך כלל בישיבות הליטאיות, אך בסופו של דבר התקשו התלמידים לעמוד בתוכנית והיא בוטלה.
בעבר קצב הלימוד היה למעלה מעמוד גמרא ליום.
כך למשל, בהקמת הישיבה בכסלו תש"ד למדו מסכת בבא מציעא, ועד לסוף הזמן חורף כעבור ארבעה חודשים, הגיעו עד דף נ', ובקיץ למדו עוד כשלושים דפים - קצב של 10–12 דפי גמרא בחודש.
בהמשך ירד הקצב בהדרגה, ולאחר פטירת הרב כהנמן הוא הגיע לתשעה דפים לחודש.
כיום בישיבה שבראשות הרב גרשון אדלשטיין הקצב הוא של כ־5 דפים לחודש על פי הנהגתו, אך מרבית התלמידים אינם לומדים בקצב זה אלא לאט יותר.
בשנים הראשונות של הישיבה מסר הרב כהנמן שיעור בשולחן ערוך אורח חיים עם מגן אברהם.
בשנות ה־70 נקבע שהתלמידים החדשים בשיעור א' ילמדו בשעות הערב עם עמיתיהם מהקיבוץ.
בשנת ה'תש"ע ביטל הרב אדלשטיין את הנוהג, והוא מתקיים כיום רק בישיבה בראשות הרב מרקוביץ'.
באולם בית הכנסת מוצב ארון קודש מסוגנן אשר הובא מאיטליה על ידי שלמה אומברטו נכון.
ארון הקודש, הבנוי מעץ ומצופה זהב, היה מוצב בבית הכנסת האיטלקי הגדול (Scuola Grande Italiana) בעיר מנטובה שבאיטליה.
הארון נבנה בשנת ה'שצ"ה (1635), ולפי הכתובת שבמרכז הארון, שופץ מחדש (כחלק משיפוצו מחדש של בית הכנסת במנטובה) בשנת ה'תק"י (1750).
בתחילת שנות השמונים שופץ ארון הקודש על ידי הרסטורטור רן שנער, מתרומה של איל ההון היהודי לודוויג יסלזון.
בשונה מן המקובל ברוב ארונות הקודש בעולם, הארון אינו נושא את סמל לוחות הברית ולא פרוכת מבחוץ.
בעולם היהודי קיימים כמה העתקים של הארון, בהם בשטרסבורג ובניו סקוור.
היכל הישיבה - שוכן בבניין המרכזי ובו כשש מאות וחמישים מקומות.
לומדים בו בחורים משתי הישיבות.
תלמידי ישיבתו של הרב כהנמן לומדים גם בעזרת הנשים של הבניין המרכזי (כמאתיים מקומות), ביציעים של בניין אוהל קדושים ובחדר שלידו (כ-400 מקומות) וב"היכל הגרח"ש" באותו בניין (כ-500 מקומות).
הם לומדים גם בבית הכנסת "אהבת חסד" ועוד בתי מדרשות סמוכים.
תלמידי ישיבתו של הרב מרקוביץ לומדים גם בהיכל הכולל הישן ("פרלמן", כ-200 מקומות), ב"אולמי סגל" שבבניין המרכזי (כמאה מקומות) וכן בבית המדרש "התימנים" ברחוב מהרש"ל ועוד בתי מדרשות סמוכים.
הבניין המרכזי ואגפיו - בבניין שוכן בית המדרש המרכזי שבו ארון הקודש המוזהב.
גם עזרת הנשים משמשת בימות השבוע וברוב שעות השבת כאולם לימוד שאליו מובילות מדרגות מדרום ומצפון.
רק בשעת תפילות השבת היא משמשת לייעודה הרשמי, לתפילת נשות האזור.
אחד מחדרי הספח הצמודים לעזרת הנשים שימש בשעתו כ"חדר המשגיח" והשתמש בו הרב יחזקאל לוינשטיין.
בחדר זה חלון פנימי המשקיף לתוך היכל הלימוד.
אגפי הבניין המרכזי, אגף דרום ואגף צפון, משמשים בעיקר לחדרי פנימייה.
בקומת המבוא משמש רוב החלק הדרומי את משרדי הישיבה ורוב החלק הצפוני את 'ספריית סטינסקי', הספרייה המרכזית בישיבה.
ספרייה זו אינה פעילה מאז שנות ה-90, וחלק מאוספי הספרים שהיו בה נגנבו בכמה מקרי פריצה.
בקומה השנייה של האגף הדרומי, בין היכל בית המדרש לחדרי הפנימייה, שכנה דירת המגורים של הרב כהנמן ורעייתו השנייה הרבנית הינדה כהנמן.
בעשור השני של המאה ה-21 הוסב חלק מהדירה, שעמדה ריקה עשרות שנים, לחדרי הרצאות שבהם מועברים שיעורים מדי יום.
בקומת המרתף של אגף דרום שכנה מרפאת הישיבה ומכבסה ששירתה את התלמידים המעוניינים בכך.
קומת הקרקע של האגף הצפוני משמשת את אולם "אשל יפה" שבו נערכו בעבר גם חתונות ואירועים של אנשי צוות הישיבה, נכון ל-2025 הוא משמש למסיבות באירועי הישיבה ובחגים, וכחדר אוכל בשגרה.
באולם התקיימו גם מסיבות הנציבים והנציבות - לכבוד תורמי הישיבה הקבועים בתוכנית הנציבים, האולם נתרם בידי הנדבן זאב יפה מדייטון, אוהיו, שהוא ואשתו נמנו על נציבי הישיבה.
בית "נווה שלום" - נחנך ב־1950 מתרומת יצחק שלום מברוקלין ויועד לתלמידים מבני עדות המזרח.
בית "תפארת יעקב" ע"ש גזונדהייט - נחנך ב־1950 מתרומת יעקב גזונדהייט ורעייתו בילה.
בני הזוג הקצו מלגה מיוחדת לבחורים מצטיינים כדי שישבו בבית המדרש בבניין במשך חמש שנים וילמדו על פה את התלמוד הבבלי והתלמוד הירושלמי.
חדר האוכל - אולמי אשל יפה - ממוקם בקומת הקרקע של בניין הישיבה.
בית שוגרמן - בשמו המלא "בית משה ופעריל שוגרמן", הוא המבנה ה־28 שנבנה בקריית הישיבה.
בבניין 3 קומות של חדרי מגורים ואולם הרצאות גדול בקומת הכניסה.
המבנה נחנך במאי 1959. נכון ל-2025 משמש האולם כחדר ת"ת.
בית ציטרון - מבנה סמוך לבניין המרכזי ובו "בית המוסר" באולם מיוחד, כמסורת ישיבות המוסר בליטא.
הקומה השנייה והשלישית מכילות חדרי פנימייה.
בית פרלמן - משכנו הקודם של כולל פוניבז'.
האולם המרכזי משמש מאמצע העשור הראשון של המאה ה־21 כאולם לימודים לבחורי הישיבה, ועזרת הנשים משמשת בימי החול כמקום לימוד לחלק מאברכי הכולל.
פנימיית צפון - ממוקם בבנין הישיבה בצד צפון.
פנימיית דרום - ממוקם בבנין הישיבה בצד דרום.
בית המדרש סגל - ממוקם בבנין הישיבה ומונה כ-200 מקומות.
ספריית שרמן - הספרייה התורנית לזכר יהדות ליטה ולטביה.
המבנה משמש מראשית העשור השני של המאה ה־21 כחדר שיעורים.
בתי פיק - נחנכו בתחילת שנת הלימודים ה'תשל"א, 30 באוגוסט 1970. המבנים, המשמשים כחדרי פנימייה, הוקמו על הצלע המזרחית של גבעת הישיבה, לאורך מה שהיה עד אז רחוב מדרגות תלול וקשה.
בשל אילוצי הטופוגרפיה נבנתה הפנימייה בשש יחידות נפרדות שמשתלבות בתוואי המשופע ושומרות מבחינה עיצובית על עמדתו של מבנה הישיבה המרכזית בראש הגבעה המתנשאת בצד זה מעל רחוב חזון איש והצד הצפון-מזרחי של זיכרון מאיר.
על התכנון הופקדו האדריכלים שמעון טוכלר ויעקב סגל, והם נקראו על שם התורם, יחיאל מאיר פיק.
רחוב המדרגות המתפתל בין מבני הפנימייה נשתל לכל ארכו פרחי נוי.
עלות הפרויקט הוערכה בלמעלה מחצי מיליון ל"י.
בית ברזיל - פנימייה, ממוקם לצידו של בית פרלמן.
בית הכנסת ירחי כלה ("תפארת צבי") ומעליו בית המדרש אהבת חסד - המבנה בן הקומתיים וחצי, נבנה מתרומתם של נציב הישיבה, הרב צבי הירש קאהן, רב בית המדרש "תפארת ישראל" בריברסייד, ניו יורק.
מוסדות נוספים השייכים לישיבת פוניבז'
כולל אברכים הממוקם בגבעת הישיבה, בבניין "אוהל קדושים", מיועד לבוגרי הישיבה שנישאו.
לומדים בו קרוב לאלף אברכים.
בעבר שכן הכולל בהיכל פרלמן, בראש הכולל עמד הרב אהרן יהודה ליב שטינמן עד לפטירתו בשנת 2018. בנוסף לכולל, יש אברכים רבים הלומדים בישיבה עצמה.
ישיבת פוניבז' לצעירים היא ישיבה לתלמידים בגילאי תיכון שבראשה עמדו הרבנים מיכל יהודה ליפקוביץ, אהרן יהודה ליב שטינמן, נפתלי נבנצאל, שמואל איינשטיין וישראל בן שלום.
בנין הישיבה נבנה בראשית שנות ה-60 בחורשה שבפאתי זיכרון מאיר, חורשה ששרידי עציה מכונים באירוניה בפי תושבי בני ברק "יער פוניבז".
מבנה הישיבה נקרא "בית בנדהיים" על שם משפחת התורמים מארצות הברית.
בתי אבות - מוסדות פנימייתיים שהוקמו ב-1945 עבור ילדים ניצולי שואה, ילדים יתומים וילדים ממשפחות רווחה.
לאחר סגירת המוסד המבנה הוסב לפנימייה לבחורי הישיבה.
ישיבת באר יעקב - תלמוד תורה וישיבה קטנה ליוצאי עדות המזרח, נחנכה באוגוסט 1961 ברחוב הרב הירש, סמוך לגבעת הישיבה.
בעת הקמתו הבניין היה המבנה ה־65 שהוקם בקריית הישיבה.
קריית ישיבת פוניבז' - אשדוד
בשנות ה-60 של המאה ה-20 הוקמה שלוחת ישיבת פוניבז' על קרקעות שרכש הרב כהנמן באשדוד.
בנובמבר 1963 הונחה אבן הפינה לקריה, והחלה הקמת 1,400 יחידות דיור ומוסדות חינוך.
לקראת פתיחת שנת הלימודים ה'תשכ"ו נחנכו שם שלושה מוסדות:
ישיבת גרודנא - ישיבה גבוהה.
מלבד ראשי הישיבה שנבחרו לכהן בה והשתתפו בהקמתה, העבירו שיעורים בישיבה בעשור הראשון לקיומה גם ראשי הישיבה־האם, הרב שמואל רוזובסקי והרב אלעזר מנחם מן שך, כן העביר בה שיחות הרב יחזקאל לוינשטיין.
בשנת 2000 התפצלה ישיבה זו, ונוסדה במקביל לה ישיבת גרודנא באר יעקב שגם היא משתייכת למוסדות ישיבת פוניבז'.
ישיבת וילקומיר - ישיבה לצעירים, שבראשה עומד הרב מיכל דוד רוזובסקי, בנו של הרב שמואל רוזובסקי.
כולל אברכים ע"ש רבי חיים עוזר גרודזנסקי.
רבות מהישיבות הליטאיות הגדולות הפועלות בישראל משנות ה־80 וה־90 של המאה ה־20, נוסדו על ידי בוגרי ישיבת פוניבז'.
מחזור הלימודים ושיטת הלימוד (בעיקר של הרב שמואל רוזובסקי) שלהן הם כבישיבת פוניבז'.
ברובן של ישיבות אלה (כמו גם בתי כנסת שנפתחו על ידי בוגרי הישיבה) גם ניגוני התפילות ב הם כמקובל בישיבת פוניבז', מיסודם של משה פורטמן (על בסיס נוסח ישיבת טלז) והרב צבי אייזנשטיין (ראש ישיבת תפארת ציון).
בין ישיבות אלו: ישיבת מאור התלמוד, ישיבת בית מתתיהו, ישיבת אור ישראל, ישיבת כנסת יצחק, ישיבת באר התורה וישיבת אורחות תורה.
לישיבה בוגרים בולטים רבים, בהם ראשי הישיבה כיום וכן:
ישיבת עתניאל (שמה הרשמי: בית ועד לתורה הר חברון) היא ישיבת הסדר הפועלת בעתניאל, שבדרום הר חברון.
הישיבה מתאפיינת בקו חינוכי נאו־חסידי־ארצישראלי המשלב לימוד מסורתי עם פתיחות לשיח רוחני, תרבותי ואקדמי.
בראשות הישיבה עומדים הרב רא"ם הכהן והרב אלחנן שרלו, שהצטרף לראשותה בשנת ה'תשפ"ג והחליף את הרב בני קלמנזון, ממייסדיה.
בישיבה לומדים כ־300 תלמידים, והיא שוכנת במבנה קבע המשקיף על נופי הר חברון.
בשנת 1987 הוקם כולל להכשרת רבנים על ידי הרב בנימין קלמנזון והרב עמי עולמי - תלמידיו של הרב שג"ר בישיבה הגבוהה מקור חיים.
בתחילת שנות ה־90 התפתח הכולל לישיבה גבוהה וישיבת הסדר.
בשנים הראשונות הייתה הישיבה כר פורה לתפיסות רוחניות רדיקליות בקו המושפע מגישתו של הרב שג"ר, והייתה אחד הגורמים הבולטים במגמה "הנאו־חסידית" בציבור הדתי.
נעשה בה שימוש בשיטות לימוד חדשניות בגמרא, תנ"ך, מחשבת ישראל, חסידות וקבלה.
הישיבה מעודדת את תלמידיה לעסוק בתחומי תרבות, כתיבה (חלקם קשורים היום לחבורת השירה הדתית "משיב הרוח") ומוזיקה.
עקב כך, בהיווסדה ספגה הישיבה ביקורת מגורמים שמרנים יותר בעולם הישיבות (בעיקר מחוגי ישיבות הקו).
בין היתר ספגה הישיבה ביקורת על כך שנלמדת בה גמרא בשיטת הרבדים באופן חלקי, בפתיחות יתר כלפי העולם האקדמי, הן בלימודי תנ"ך והן בלימודי גמרא, וכלפי מגמות רוחניות ניו אייג'יות.
עם השנים התמתנו המגמות הרדיקליות בישיבה והביקורת פחתה.
ב־1993 הוזמן הרב רא"ם הכהן לכהן כראש ישיבה עם הרב קלמנזון.
ב־1994 נרצח הרב עולמי והישיבה ספגה מכה קשה עד כדי סכנת סגירה.
עם השנים הישיבה התאוששה והפכה לאחת מישיבות ההסדר הגדולות.
בשנת תש"ס (2000) עברה הישיבה למבנה הקבע שלה, הכולל בית מדרש גדול, כיתות וחדר אוכל, ומשקיף אל נוף הר חברון.
את המבנה תכנן האדריכל ישעיהו אילן.
כ־15 שנים לאחר מכן נחנך מבנה הקבע למגורי התלמידים.
בשנת 2018 עזב את הישיבה הרב שמואל אריאל (שלמד ולימד בה במשך שלושים שנה), לאחר שטען שבשיעוריו של שלום צדיק ובמאמר שפרסם בעלון פנימי נאמרים דברי כפירה.
לאחר מספר שנים הציג בפירוט את טענותיו.
בתחילת שנת הלימודים ה'תשפ"ג, החליף הרב אלחנן שרלו את הרב בני קלמנזון בראשות הישיבה.
הישיבה מתאפיינת בגישה פתוחה לתרבות הכללית, לשיטות לימוד חדשות המשתלבות עם הלימוד המסורתי ולדעות שונות בתוכה.
קיימת בה "ספריית מחקר" שבה ספרי פילוסופיה והגות יהודית וכללית.
מדי שנה, מאות אנשים נוהגים להגיע לעתניאל לתפילות יום הכיפורים בישיבה.
במהלך השנים נרצחו על ידי מחבלים מספר תלמידים, בוגרים ורבנים מהישיבה והם מונצחים בה בלוח זיכרון במבואת הישיבה.
בכל שנה, בכ"ד בכסלו – יום הירצחו של הרב עמירם עולמי, מראשי ומייסדי הישיבה, הישיבה מקיימת אזכרה לחלליה בהשתתפות משפחות החללים.
חלק מחללי הישיבה היו אזרחים כשנרצחו וחלק מהם, כמו , נהרגו במהלך שירותם הצבאי.
מנהל הישיבה מיכאל מרק נרצח ביולי 2016 בפיגוע ירי בדרום הר חברון.
בעיצומה של סעודת ליל שבת, ב־27 בדצמבר 2002, חדרו שני מחבלים מהג'יהאד האסלאמי הפלסטיני לחדר האוכל של הישיבה, רצחו ארבעה תלמידים ופצעו שבעה תלמידים נוספים.
סמ"ר נעם אפטר הצליח, לפני שנרצח, לנעול עצמו עם המחבלים בתוך המטבח ובכך מנע טבח גדול יותר.
לזכרם של ארבעת הנרצחים בפיגוע הפיק הערוץ הראשון סרט תיעודי בשם "על ארבעה בנים", בבימויו של אשר בן־שושן.
ב־2004 הקימו אברכים מישיבת ההסדר את הישיבה התיכונית "אור עתניאל".
ראש הישיבה הוא הרב חברון שילה, בנו של הרב דניאל שילה.
היא מאופיינת באמון בתלמידים, המחונכים לקבלת אחריות וחשיבה עצמית, ולקיום מצוות מתוך הזדהות ולא מתוך כפייה.
בשנת 2010 הפכה הישיבה התיכונית לעמותה עצמאית.
הישיבה מעודדת את תלמידיה לפעילות גם מחוץ לישיבה, כגון בהדרכה בסניפי תנועת הנוער, בהתנדבות למגן דוד אדום ולכיבוי־אש, ובפעילות התנדבותית .
במשך השנים הוציאה הישיבה כמה ספרים.
בשנת ה'תשס"ז (2007) הוקמה הוצאת הספרים "גילוי".
ההוצאה, המאגדת תחתיה את הפצת תורות הישיבה, מתמקדת בספרים המנסים לחבר בין הטקסטים העתיקים (מקרא, משנה ותפילות) לבין נפש הקורא המודרני.
בשנת 2013 חתמה הישיבה הסכם עם הוצאת קורן ירושלים להפצת ספרי הישיבה, מאז ההסכם מודפסים חלק מספרי הישיבה עם הסמלילים של שתי ההוצאות.
בשנת 2020 זכה ראש הישיבה, הרב רא"ם הכהן בפרס הרב קוק לספרות תורנית, בקטגוריית ספרות תורנית מקורית, על סדרת הספרים בהוצאת הישיבה העוסקת בפרשנות התלמוד ובחידושים למדניים.
בין השאר הוציאה הישיבה שנתון בשם גֻּלֹּת, הכולל מאמרים הלכתיים והגותיים ויצירות ספרותיות.
ישיבת פרשבורג (שמה הרשמי: ישיבה הרמה פרשבורג; הונגרית: pozsonyi rabbiképző, צ'כית/סלובקית: verejná rabínska škola v Bratislave) הייתה ישיבה בעיר ברטיסלאבה שפעלה מהמאה ה-18 עד 1940. פרשבורג נחשבת ל"אם הישיבות ההונגריות" והיא נקשרה בשמו של החת"ם סופר שעמד בראשה.
בשיאה הייתה הישיבה הגדולה ביותר בעולם.
כברבות מערי הקיסרות האוסטרית, התקיימה בפרשבורג ישיבה מקומית לתושבי המקום עוד באמצע המאה ה-18. ידיעות ראשונות על ישיבת פרשבורג משנת 1730, עת כיהן ברבנות הרב משה לבוב שהיה מכונה "הרב משה חריף".
הוא נפטר אחרי 28 שנות רבנות.
רבי עקיבא איגר (הראשון) שימש כעוזרו וסייע בידו לנהל את הישיבה, אך נפטר ממש סמוך לפטירתו של הרב לבוב.
רבי יצחק סג"ל לנדא מדוקלא שימש ברבנות פרשבורג אחריהם.
החל משנת 1763 ועד שנת 1789 כיהן רבי מאיר ברבי כרבה של העיר וכראש הישיבה.
הוא היה ידוע כאדם בעל אופקים רחבים, והוא העלה את רמתה של הישיבה בפרשבורג לרמתן של ישיבות פראג וניקלסבורג.
הרב משה סופר (החת"ם סופר) נתמנה לרבה של פרשבורג בשנת 1807. הוא היה בן 44, אך כבר הספיק לכהן כרב של מספר קהילות ידועות.
הרב משה סופר כיהן ברבנות פרשבורג וכראש הישיבה המפורסמת במשך 33 שנים.
ישיבת פרשבורג משכה תלמידים מכל רחבי אירופה, ונשענה כלכלית על קהילת פרשבורג העשירה.
בתקופה זו הייתה הישיבה למוקד מאבק במשכילים ובראשוני הרפורמים: בניגוד למזיגה בין תרבות כללית ולימודי חול שהתקיימה בישיבות פראג ומוראביה במערב, התוותה פרשבורג של החת"ס את דרכן של ישיבות הונגריה בהתנגדות עזה לכל שילוב של הוראת שפות או מדעים, ואפילו ללימוד עצמאי של נושאים אלו בידי הבחורים.
עוד בשנות ה-1820, צעירים במרכז אירופה שהתלבטו היכן ללמוד ידעו שעליהם לבחור "בין פראג לפרשבורג", כלומר בין פתיחות למודרניות ובין שמרנות.
לאחר מותו של הרב משה סופר בשנת 1839, התמנה בנו, הרב אברהם שמואל בנימין סופר (ה"כתב סופר") לראשות הישיבה והוא כיהן בתפקיד עד פטירתו בשנת 1871. בשנת 1857 קיבלה הישיבה מהשלטונות מעמד של בית מדרש לרבנים, ותלמידיה קיבלו פטור משירות בצבא ההונגרי.
מאז הפכה למוסד היחיד המורשה להסמכת רבנים אורתודוקסים, וכל יתר ישיבות הונגריה הפכו למכינות עבורה.
בתקופה זו הגיעה הישיבה לשיאה ומנתה כ-500 בחורים.
עם פטירתו של ה"כתב סופר" התמנה בנו, הרב שמחה בונם סופר (ה"שבט סופר") לרבנות העיר ולראשות הישיבה עד שנת ה'תר"ס, אז נחלש מבחינה בריאותית ומינה את בנו הרב עקיבא (ה"דעת סופר") תחתיו.
בתקופת הרב שמחה בונם סופר, עקב דרישת השלטונות ההונגריים שהרבנים יהיו בעלי השכלה כללית, הונהג בישיבה שהתלמידים ילמדו ויבחנו גם בלימודי חול, במקביל ללימודיהם בישיבה.
בסוף המאה ה-19 ותחילת המאה ה-20 כיהן כמשגיח בישיבה, במשך כ-60 שנה, הרב ליב גראס.
משנת תרס"ז (1907) ועד השואה, עמד בראש הישיבה הרב עקיבא סופר, נכדו של "הכתב סופר".
הרב עקיבא סופר דאג בסיוע נדבנים מאמריקה למסעדה לבחורי הישיבה העניים אשר עד אז נאלצו לאכול "ימים" אצל משפחות יהודיות.
עם עלית השלטון ההלינקאי בסלובקיה עברה הישיבה למתכונת חצי מחתרתית, בראשות בנו של הרב עקיבא, הרב אברהם שמואל בנימין.
הלימוד בישיבה יועד לתלמידים בני 18–19 ומעלה אשר כבר למדו באחת הישיבות האחרות שהחתם סופר הכיר בהן.
הלימוד בישיבה היה מרוכז בהשגת הספק נרחב בש"ס תוך עיון בראשונים והסקת ההלכה מתוך הלימוד.
התלמידים למדו בקצב של כשני דפי גמרא עם מפרשים בשבוע.
בימי רביעי חזרו על הנלמד וביום חמישי נבחנו התלמידים בעל פה אצל ראש הישיבה.
בנוסף למדו התלמידים לימוד בקיאות שכלל רק רש"י ותוספות בקצב יותר מהיר.
בערב למדו שולחן ערוך יורה דעה וכן חומש עם מפרשים.
בימי שישי החת"ם סופר היה נותן שיעור בפרשת השבוע.
תלמידי הישיבה למדו בדירות שבהן התגוררו והתקבצו בבית המדרש רק כדי לשמוע את השיעור של ראש הישיבה.
לישיבה לא היו ספרים והתלמידים השתמשו בספרים שלהם או ספרים ששאלו מבעלי בתים בעיר.
הרב עקיבא סופר עלה לארץ ישראל בשנת 1940, והקים מחדש את הישיבה בעזרת תלמידים מקומיים וניצולי שואה.
תחילה שכנה הישיבה בחדר קטן במאה שערים.
בהמשך עברה לקטמון ומשם עברה בשנת 1963 לשכונת גבעת שאול.
מספר שנים שימש הרב יוחנן סופר מערלוי ר"מ בישיבה.
בשנת תשי"ג פתח את ישיבת ערלוי וחלק מתלמידי ישיבת פרשבורג עזבו עמו.
הרב עקיבא סופר המשיך לעמוד בראש ישיבת פרשבורג עד לפטירתו בשנת 1959. את מקומו מילא בנו בכורו הרב אברהם שמואל בנימין, עד שנפטר גם הוא שנתיים מאוחר יותר.
אחריו עמד בראשה בנו הרב שמחה בונם סופר ואחריו בנו הרב אברהם שמואל בנימין סופר.
בשנים 1955–1959 הוציאה הישיבה ירחון בשם "המעין" במטרה לשמור על קשר עם בוגריה.
ישיבת פומבדיתא הייתה ישיבה בעיר פומבדיתא בבבל, שנוסדה בתקופת שלטונה של האימפריה הסאסאנית, במאה ה-3, והתקיימה עד למאה ה-11. הישיבה נוסדה על ידי רב יהודה, בדור השני לאמוראים, והמשיכה להתקיים לאורכה של תקופת הגאונים (סך הכל כ-800 שנה) כישיבה מרכזית ומשפיעה, במקביל לישיבת סורא.
העיר פומבדיתא הייתה מיושבת ביהודים זמן רב קודם לכן, עוד מימי בית המקדש השני.
העיר ניצבה על חופו המזרחי של הפרת, ליד מוצא תעלה גדולה שחיברה בינו ובין החידקל.
פירוש השם בארמית "פומא בדיתא" לאמור "פי התעלה".
פומבדיתא מזוהה היום באזור העיר העיראקית פלוג'ה.
ישיבת פומבדיתא וישיבת סורא היו לישיבות הדומיננטיות בעולם היהודי, ומהן יצאה תורה והוראה לכל תפוצות הגולה.
ישיבת פומבדיתא העמידה בראשה במהלך הדורות גדולי תורה לדורותיהם, בהם רבה ורב יוסף, אביי ורבא, רפרם (בדור חתימת הגמרא), רב יוסי הסבוראי, רב סימונא, רב רבא גאון, רב פלטוי גאון, רב שרירא גאון ובנו רב האי גאון.
בתקופת הדור השלישי והרביעי של האמוראים הייתה ישיבת פומבדיתא בתפארתה.
בתקופתו של רבא עברה הישיבה למחוזא, ולאחר פטירתו חזרה לפומבדיתא.
עם חיתום התלמוד הבבלי בידי רבינא האחרון (בסורא) החלה תקופת הסבוראים (ד'ר"ס–ד'שמ"ט, 499–589), שברובה לא התקיימו לימודים סדירים בסורא, בגלל פרעות כנגד היהודים, אלא רק בפומבדיתא.
כשהגיעו הרדיפות גם לפומבדיתא, הוצרכו חכמי הישיבה להעביר אותה לעיר פירוז שבור למשך כ-50 שנה, עד לפתיחתה מחדש בפומבדיתא בשנת ד'שמ"ט (589) בידי רב חנן מאישקיא.
גם במהלך תקופת הגאונים התקיימו שתי הישיבות זו לצד זו.
גאון פומבדיתא, רב האי בר רב דוד (ד'תר"נ–ד'תרנ"ח, 890–898 לערך), העביר את הישיבה לעיר בגדאד, מפני שבתקופתו התמעטו היהודים שעסקו בחקלאות, ורבים עסקו במסחר והיגרו לערים הגדולות, בעיקר לבגדאד (מלבד תופעת ההגירה אל מחוץ לבבל).
ברם, שמה של הישיבה לא השתנה ונשאר "ישיבת פומבדיתא".
תקופת פריחה אחרונה הגיעה לישיבה בימיהם של רב שרירא גאון ובנו רב האי, בסיומה של תקופת הגאונים.
אלפי מכתבים ובהם שאלות בכל תחומי היהדות הגיעו לראשי ישיבת פומבדיתא מכל תפוצות הגולה, והגאונים עמלו להשיב לשואליהם.
עם פטירת רב האי גאון, בשנת ד'תשצ"ח (1038), באה לסיומה תקופת הגאונים.
לראש הישיבה התמנה ראש הגולה רב חזקיה בן דוד, אולם 20 שנה לאחר מכן הוצא להורג בעינויים בידי הח'ליפה המוסלמי, אל-קאא'ם הראשון, וישיבת פומבדיתא נסגרה.
רב כהנא (הרביעי) נפטר 414 רב אחא בריה דרבא נפטר 419 רב גביהה מבי כתיל נפטר 433 רפרם עמד בראש הישיבה מ-433 ועד פטירתו ב-443. היה תלמידו של האמורא – רב אשי וחברו של רבינא האחרון.
רב האי גאון בן רב שרירא, 1004 נפטר בשנת 1038. פטירתו נחשבת לסיומה של תקופת הגאונים.
השם "פומבדיתא" ניתן לרחובות בערים: ירושלים, תל אביב רמת גן ובית שמש.
ברחוב פומבדיתא בתל אביב שוכנת ישיבה ופנימיה.
בירושלים נוסד בשנת תשנ"ו (1996) מכון למחקר תורני "פומבדיתא", העוסק בכתיבת ובעריכת ספרי הלכה ומנהג, ובההדרת ספרי קדמונים.
ישיבת קול תורה היא ישיבה חרדית-ליטאית השוכנת בשכונת בית וגן בירושלים.
הישיבה נוסדה בידי הרב יחיאל מיכל שלזינגר והרב ברוך קונשטט.
כיום עומדים בראשה בנו של הרב שלזינגר, הרב משה יהודה, ונכדו, הרב שלמה.
הישיבה מורכבת מישיבה גדולה, ישיבה קטנה וכולל אברכים.
ישיבת "קול תורה" נוסדה בירושלים בשנת ה'תרצ"ט (1939) על ידי רבנים יוצאי גרמניה - הרב יחיאל מיכל שלזינגר, יליד המבורג (ששימש קודם לכן כמורה הוראה ור"מ בפרנקפורט) והרב ברוך קונשטט אב"ד וראש ישיבה בעיר פולדה עבור נוער שעלה ממערב אירופה.
הישיבה הוקמה בעקבות אירועי "ליל הבדולח", עבור יוצאי גרמניה שעלו לארץ ישראל.
מלכתחילה נוסדה הישיבה במתכונת הישיבתית של ישיבות ליטא והונגריה ובדרך הלימוד הליטאית, אולם היא הייתה מושפעת במידה מסוימת מהגותו של הרש"ר הירש ומאסכולת "תורה עם דרך ארץ" שאותה ייסד והייתה נפוצה בישיבות בגרמניה.