tomron87/hebrew-wikipedia-sentences-corpus huggingface dataset:
עבודתו של קלוד שאנון על תורת המידע (1948) סיפקה את הבסיס המתמטי לחישוב "אי סדר" של מסרים ואפשרה לנסח הקבלות בין מושגים אינפורמטיביים ותרמודינמיים.
בשנות ה־1950, הפיזיקאי לאון ברילואן פיתח את המושג של Negentropy , והראה שהמידע שנצבר כדי לשלוט בתהליך כרוך בעצמו בעלות אנרגטית.
בשנת 1961 ניסח רולף לנדואר () את עקרון לנדואר, שהראה כי מחיקת ביט מידע במחשב מצריכה מינימום השקעת אנרגיה של .
בכך חיבר ישירות בין מידע לאנרגיה.
השפעת רעיונות התרמודינמיקה החדשה על מדעי החיים והאקולוגיה
הבנה מחודשת של החיים כמערכות פתוחות ששואבות אנרגיה מסביבתן ומפיקות ממנה סדר ספונטני הייתה נקודת מפנה בהיסטוריה של מדעי החיים והאקולוגיה.
בניגוד לגישה המכניסטית הישנה, שהתייחסה לאורגניזמים כמכונות סטטיות, גישות חדשות הדגישו את יכולת החיים לארגון עצמי וליצירת מבנים מורכבים בתנאים רחוקים משיווי משקל תרמודינמי.
בשנות ה־20 של המאה ה־20, עבודות מוקדמות של לודויג פון ברטלנפי, מייסד תורת המערכות הכללית, הדגישו את אופיים הפתוח של אורגניזמים ואת תפקיד זרימת אנרגיה בהקניית סדר.
השפעה מכרעת נוספת באה מעבודותיו של איליה פריגוז'ין, שהחל משנות ה־50 פיתח את התאוריה של מבנים רחוקים שיווי משקל (מערכת דיסיפטיבית), תופעה שבה מערכות שומרות על יציבות דינמית ויוצרות סדר בזכות זרימה מתמדת של אנרגיה.
בשנת 1977 זכה פריגוז'ין בפרס נובל לכימיה על פיתוח גישה זו, שהדגימה כיצד תופעות של סדר ספונטני או ארגון עצמי יכולות להיווצר דווקא מתוך תנאים כאוטיים.
התובנות של פריגוז'ין השפיעו רבות על מחקר באקולוגיה.
לדוגמה, חוקר האקולוגיה הווארד אודום שילב עקרונות תרמודינמיים במחקריו על מחזור אנרגיה באקוסיסטמות בשנות ה־60 וה־70. הוא פיתח את מושג "אקולוגיה של אנרגיה" והראה כיצד מערכות אקולוגיות מייצרות סדר ומשמרות אותו בזכות מעבר של אנרגיה סולארית בין רמות טרופיות.
בנוסף, כלים מתוך תרמודינמיקה סטטיסטית השפיעו על גישות אבולוציוניות חדשות.
עבודות של חוקרים כמו ניקולס ג'ורג'סקו-רוגן קישרו בין אנטרופיה, שימוש במשאבים והתמוטטות אפשרית של מערכות ביולוגיות או חברתיות.
גישות אלו סללו את הדרך לאקולוגיה תעשייתית, ביולוגיה של מערכות, ולפיתוח תחומים כמו תורת הכאוס ותורת המורכבות כבסיס להבנת תהליכים חיים.
ההיסטוריה של הרפואה היא המחקר של הרפואה לאורך ההיסטוריה וגם תחום מחקר רב-תחומי המבקש לחקור ולהבין פרקטיקות רפואיות, הן בעבר והן בהווה, ברחבי החברות האנושיות.
התחום קשור לחקר ההיסטוריה של הביולוגיה והושפע גם מהתפתחויות אחרות בהיסטוריה של המדע.
ההיסטוריה של הרפואה היא מחקר ותיעוד של האבולוציה של טיפולים רפואיים, פרקטיקות וידע לאורך זמן.
היסטוריונים רפואיים שואבים לעיתים קרובות מתחומי מחקר אחרים במדעי הרוח, כולל כלכלה, מדעי הבריאות, סוציולוגיה וומדעי המדינה כדי להבין טוב יותר את המוסדות, הפרקטיקות, האנשים, המקצועות והמערכות החברתיות שעיצבו את הרפואה.
במחקר הנוגע לחברות שהיו בתקופות שקודמות להתפתחות הכתב או חסרות מקורות כתובים בנוגע לרפואה, המידע נלקח ממקורות ארכאולוגיים.
תחום זה עוקב אחר התפתחות הגישה של החברות האנושיות לבריאות, מחלות ופציעות, החל מהפרהיסטוריה ועד לימינו המודרניים, האירועים שמעצבים גישות אלו והשפעתם על אוכלוסיות
הרפואה החלה להתפתח עוד בתקופת הפריהיסטוריה, כולל ידע על צמחי מרפא וניסיונות לבצע ניתוחים כמו חירור גולגולת בתקופה הנאוליתית.
מסורות רפואיות מוקדמות כוללות את אלה של מצרים העתיקה, בבל, סין, והודו יוון העתיקה ורומא.
המצאת המיקרוסקופ בשנת 1590 הייתה תוצאה של הבנה משופרת של עקרונות המדע, בתקופת הרנסאנס.
החיידקים הראשונים התגלו לראשונה על ידי אנטוני ואן לוונהוק ב־1674, ועבודתו הופצה ברחבי אירופה על ידי החברה המלכותית של לונדון למדע.
ב-1812 קם הירחון המדעי הרפואי New England Journal of Medicine, ב-1823 קם הירחון הרפואי לאנסט וב-1869 הירחון Nature.
לפני המאה ה-19, רוב המחלות יוחסו לגורמים כמו תאורית ארבע הליחות, מיאזמה.
כמו כן עד לתקופה זו היו נפוצות דעות קדומות, שהופצו על ידי כהני דת שונים, לפיהן שמחלות הן לפעמים כעונש אלוהי על חטא, ולעיתים קרובות יותר הן תוצר עבודתם של שדים.
הסברים אלה הוחלפו עם התפתחות תאוריית החיידקים כגורמי מחלות באירופה במחצית השנייה של המאה ה-19 בהובלת מדענים כמו לואי פסטר ורוברט קוך שנחשבים אבות המיקרוביולוגיה.
דבר זה הוביל להבנה, מניעה ולפיתוח לטיפולים יעילים ואף לריפוי למחלות זיהומיות רבות, שגרמו עד לתקופה זו לתמותה נרחבת של תינוקות, ילדים ונשים בזמן הלידה.
את המושג "תרכיב" או חיסון יצר הרופא האנגלי אדוארד ג'נר, בסוף המאה ה-18. לואי פסטר התבסס על עבודתו של ג'נר ויצר חיסונים נגד המחלות כולרה, אסכרה, שנית וכלבת.
רופאים צבאיים קידמו את שיטות הטיפול והניתוח בטראומה.
תחום בריאות הציבור התפתח במיוחד במאה ה-19 שכן הצמיחה המהירה של הערים דרשה אמצעים סניטריים שיטתיים ופיתוח טכנולוגיות כמו מערבות ביוב, מעקב אחר איכות מי שתייה מניעת זיהום במזון ועוד.
מרכזי מחקר מתקדמים נפתחו בתחילת המאה ה-20, הקשורים לעיתים קרובות לבתי חולים גדולים.
אמצע המאה ה-20 התאפיינה בטיפולים ביולוגיים חדשים, כמו אנטיביוטיקה ועוד חיסונים רבים, וביניהם שעלת ופוליו.
בנוסף פיתוח המיקרוביולוגיה אפשר פריצות דרך רבות באונקולוגיה (חקר ההסרטן) דבר שכלל מניעת חשיפה לגורמים מסרטנים כמו עישון טבק ופיתוח תרופות וטיפולים נגד סרטן והובילו לירידה בתמותה ממחלות סרטניות רבות.
פיתוחים נוספים ברפואה הובילו לירידה בתמותה עקב מחלות לב ומחלות כרוניות (לרוב לא זיהומיות) כמו סוכרת, אסתמה, אלרגיות ועוד.
התקדמות אלו, יחד עם התפתחויות בכימיה, גנטיקה ורדיוגרפיה הובילו לפיתוח הרפואה המודרנית.
ב-1948 הוקם ארגון הבריאות העולמי.
הרפואה התמקצעה מאוד במאה ה-20, וקריירות חדשות נפתחו לנשים כאחיות (משנות ה-70) וכרופאות (במיוחד לאחר 1970).
פיתוחים אלה הובילו לירידה חדה בתמותת תינוקות, תמותת נשים בלידה, ותמותת ילדים ואנשים צעירים, ודברים אלה יחד עם פיתוח הרפואה הכללית פיתוח בריאות הציבור ושיפורים בבטיחות הובילו לעליה משמעותית בתוחלת החיים ולעליה במדדי בריאות אחרים כמו תוחלת שנים בריאות
ראשיתה של הרפואה עוד בתקופות פרה-היסטוריות.
האדם למד מניסיונו את טיבם של הצמחים בסביבתו (אכילים, רעילים, מרפאים), טיפל בפצעים, ניסה לרפא באמצעות הקזת דם, ואפילו קדח בגולגולות.
הניסיון הועבר מדור לדור, הורחב ושוכלל.
מכיוון שהידע התבסס על ניסיון ואמונה ולא על שיטות מדעיות, ברפואה העממית שימשו בערבוביה יסודות טבעיים יחד עם רציונליים ובלתי רציונליים, פניה לכוחות טבעיים ועל-טבעיים, כאשר תוצאות הטיפולים מעורבות- היו טיפולים מזיקים, חסרי השפעה, ומועילים יחדיו.
חלק מיעילות הטיפולים נבע מאפקט פלאצבו שבו תשומת הלב וההרגשה של המטופל כי מטפלים בו גרמה לשיפור בחלק מהתסמינים או המחלות.
בימי קדם לא ראה האדם במחלות ובמוות תהליכים טבעיים, כי אם פרי התערבות של כוחות עליונים כוחות על טבעיים – רוחות, שד (מיתולוגיה), אלים, קוסמים ומכשפות.
ה"רופאים" הראשונים היו שאמאנים וכוהני דת שחיפשו דרכים לרצות את הכוחות הללו ולכפר על עוון החולים או לגרש את השד.
גם בימינו נשאר הקשר ההדוק בין הרפואה לתורת הנסתר, למיסטיקה ולדת.
השימוש בתפילות, קמעות ולחשים כהגנה מפני מחלות, רווח במדינות לא מפותחות וקיים גם במדינות מפותחות, בעיקר בקרב ציבורים דתיים.
טקסטים מראשית הציוויליזציה מעידים על התקדמות הרפואה וניסיונות לשוות לה אופי רציונלי יותר, אך עדיין לא פסקה האמונה באמונות הטפלות ובמאגיה.
הידיעות באנטומיה ובפיזיולוגיה היו לקויות מאוד עד לעת החדשה, בעיקר בשל האיסורים בדתות השונות על ניתוחי גופות.
ראשית הרפואה בסין עוד באלף ה-4 לפני הספירה.
את המחלות אבחנו על פי הלשון ועל ידי מישוש הדופק, הם הכירו 10 נקודות בו אפשר לחוש אותו.
הם תיארו במדויק מחלות כטיפוס, כולרה, קדחת הבהרות.
בסין הורכב גם ככל הנראה החיסון כנגד אבעבועות שחורות שנים רבות לפני שעשה זאת אדוארד ג'נר, שלו מיוחס תרכיב החיסון הראשון בעולם.
יש סברה לפיה הסינים היו אבות הריפוי במים.
עיקר הטיפול היה בצמחים הידועים היום במערב ומהווים חלק מהרפואה המודרנית.
שיטת ריפוי סינית עתיקה היא הדיקור במחטים.
במצרים העתיקה התבססה הרפואה על שילוב של אמונות מאגיות, תרופות וטיפולים.
בעיר ממפיס, בה ישב מייסד הרפואה המצרית, אמחותפ (כ-2650 לפני הספירה), היה קיים בית ספר לרפואה, שבו היה נפוץ השימוש במשלשלים ובאמצעי הקאה "לטיהור הדם המקולקל".
הטקסט שנחשב לטקסט הרפואי הקדום ביותר, פפירוס אדווין סמית' המיוחס לאמחותפ, עוסק בניתוחי חירום ומפרט לגבי פגיעות ראש, צוואר וגוף.
חלק מההליכים המתוארים נחשבים הליכים רפואיים סבירים לתקופתם.
פפירוס אברס (המאה ה-16 לפנה"ס) מתאר מתכונים לשש מאות שבעים ושבע תרופות, וכן תיאורים אנטומיים ופיזיולוגיים.
בכתבי היד של חמורבי בבבל (המאה ה-18 לפנה"ס), נכתב כי הסיבות למחלות הם כוכבים, שדים, תולעים השורצים בנהרות ושינויים בדם.
הם הראו הבנה של פעילויות כירורגיות בסיסיות המיטיבות עם החולה.
במקרא מוזכרות מחלות רבות, אולם אין פרטים רבים על דרך ריפוין.
במקרא יש אזכורים רבים המתייסחות למחלות כעונש משמיים שכל מה שיש לעשות ביחס אליו הוא לשמור על המצוות.
לעומת זאת, דינים רבים העוסקים ברפואה בכללותה, מראים על תברואה שבטית ואישית מפותחת ועל ידע רפואי.
בתקופת המשנה והתלמוד, הושפעה הרפואה מתרבויות הסביבה.
טובת החולה דחתה קיומן של מספר מצוות, הרופא היה מנתח ורוקח ואילו הקזת הדם נעשתה על ידי "אומן".
בהודו העתיקה הושגה התקדמות בכירורגיה ובניתוחים פלסטיים.
המכשור היה עדין ויעיל, התפתחה מודעות גבוהה לנושאים השייכים לתחום רפואה מונעת או קידום בריאות: התעמלות, תזונה נכונה, היגיינה אישית (טיפול בעור, רחצה וניקיון).
עיקר הריפוי היה בצמחים וכן בתרופות מינרליות ומן החי.
את המחלות אבחנו על סמך חום הגוף, הנשימה ותפרישי הגוף, שיטות ששימשו רופאים בכלל עד למאה ה-20.
תחילת הרפואה המדעית ביוון העתיקה ורומא
מולדת הרפואה המדעית היא יוון העתיקה, שהושפעה מהישגי הרפואה בבבל ובמצרים.
האנטומיה והכירורגיה היו בדרגה גבוהה, כבר בתקופה ההומרית.
לאל הרפואה אסקלפיוס נבנו היכלים רבים, שהיו כעין מרכזי בריאות ושירתו בהם כוהני האל.
התפתחות ראשונה של החשיבה המדעית מתוארכת למאה ה-6 לפני הספירה להגותו של תאלס.
כבר במאה ה-5 לפנה"ס עסקו במקצוע רופאים חילוניים, בהם פילוסופים נודעים.
כ"אבי הרפואה" נחשב היפוקרטס (460–357 לפנה"ס) שהשתית את עבודתו על תצפיות וניסויים, על חיזוי מהלך המחלה ותוצאותיה.
הוא הניח כי קיימות בגוף ארבע ליחות (דם, ריר, מרה צהובה, מרה שחורה).
הוא קבע שהמחלה היא תופעה טבעית, וסימניה מראים את תגובת הגוף נגדה, והיא מושפעת מתנאי האקלים, טיב המים, וגורמים סביבתיים אחרים.
הוא הניח את היסודות לאתיקה הרפואית, הקרויה היום "שבועת היפוקרטס": שמירת סודותיו של החולה, הגשת עזרה רפואית לכל חולה וכו'.
כתבים שיוחסו לו שימשו ספרי לימוד עד המאה ה-19.
אריסטו נחשב לאבי הביולוגיה, הוא הניח יסודות לאנטומיה השוואתית ולאמבריולוגיה (תורת התפתחות העובר).
בתקופה ההלניסטית נוסד באלכסנדריה מצרים, בית ספר לרפואה, בו הועמק חקר האנטומיה והפיזיולוגיה על ידי ניתוח גופות של פושעים.
רופאים יוונים השתמשו באורוסקופיה לגילוי מחלות.
הרפואה ברומא העתיקה, כמו שאר תחומי המדע, הושפעה מיוון.
אסקלפיאדס היווני (המאה ה-1 לפנה"ס) הבחין בין מחלות חדות וכרוניות, הכניס את שיטת חיתוך הקנה (כיום קוניוטומיה), השתמש בעיסויים, הכיר מחלות נפש והמליץ על ריפוי בעיסוק לטיפולן.
החל בשנת 77 לספירה התפרסמה האנציקלופדיה הראשונה בהיסטוריה- תולדות הטבע על ידי חוקר הטבע ואיש הצי הרומי פליניוס הזקן.
חלק מרכזי באנציקלופדיה, ספרים 20 עד 29 (XX עד XXIX), עוסקים בנושאים הקשורים לרפואה, במיוחד צמחים מהם מפיקים תרופות שימושיות.
פליניוס מונה למעלה מ-900 תרופות, לעומת 600 ב-De Materia Medica של דיוסקורידס, 550 ב-Theophrastus ו-650 בספרו של קלאודיוס גלנוס.
מוזכרים הפרג והאופיום; פליניוס מציין שאופיום גורם לשינה ויכול להיות קטלני.
מחלות והטיפול בהן מכוסות בספר 26. פליניוס מתייחס לקסם בספר 30 (XXX).
הוא מבקר את הקוסמים, תוקף את האסטרולוגיה וטוען שמקורו של הקסם ברפואה, דבר שמתקיים על ידי העמדת פנים שהוא מציע בריאות.
הוא מכנה את זרתוסטרה מפרס העתיקה כמקור לרעיונות קסומים.
הוא קובע שפיתגורס, אמפדוקלס, דמוקריטוס ואפלטון כולם נסעו למדינות אחרות כדי ללמוד קסם, והעיר שזה מפתיע שמישהו קיבל את הדוקטרינות שהחזירו, ושהרפואה (של היפוקרטס) והקסם (של דמוקריטוס) היו צריכים לפרוח בו-זמנית בתקופת המלחמה הפלופונסית.
הרופא היווני קלאודיוס גלנוס (129–200), היה רופא החצר של הקיסר הרומאי מרקוס אורליוס והיה בקי במדעים אחרים.
הוא נחשב גדול חכמי הרפואה באימפריה הרומית, היה הראשון שפנה לניסויים פיזיולוגיים, קבע כי בעורקים זורם דם (לא אוויר כדעת קודמיו) מבלי שהכיר את מחזוריות הדם, חקר את מערכת העצבים המרכזית (ערך ניסויים בקופים חיים ובשאר יונקים).
פרוטוקול ההכנה של תרופות על פי מרשם בקנה מידה קטן נקרא עד היום על שמו – הכנות גלניות.
חיבוריו המדעיים הרבים היוו את ספרות הרפואה בימי הביניים, אולם ריבוי דעות מוטעות שהיו בכתביו, עיכבו את התפתחות הרפואה במשך תקופה ממושכת.
עם התפוררות הקיסרות הרומית, שקע גם המדע היווני-הלניסטי ונשכחו רבים מהישגי הרפואה.
אחד מגורמי הנסיגה הייתה עלייתה של הנצרות, שראתה במחלות עונש על חטאים ובתפילות אמצעי ריפוי.
הספרות הרפואית הייתה דתית-מקראית, כזאת שלא פגעה בעליונות הכנסייה (שלא ככתבי קלאודיוס גלנוס).
התקדמות הרפואה בתקופה זו הייתה בארצות ההחליפות המוסלמית, קודמה על ידי ערבים ויהודים, מהם פילוסופים נודעים.
כתבי גאלנוס והיפוקרטס תורגמו לערבית ועברית, ואף חוברו ספרי רפואה מקוריים.
נוסדו בתי ספר לרפואה בקורדובה ובטולדו המוסלמיות.
אל-ראזי מבגדאד (865–923) תרם לאבחנה מבדלת בין אבעבועות לחצבת.
אבן סינא (980–1037) חיבר את "קאנון" שריכז את כל הידע הרפואי, והיה לספר החשוב ביותר בימי הביניים.
הרפואה הערבית תרמה בשטח הכימיה ופיתוח התרופות המוכרות עד היום.
גדולי הרופאים היהודיים היו אסף הרופא (המאה ה-6~), שבתי דונולו (913–982 באיטליה), יצחק בן שלמה הישראלי (המאה ה-10 במצרים), והרמב"ם (המאה ה-12) אשר היה מסוללי הדרך לרפואה המונעת במערב.
הרמב"ם היה כנראה מראשוני המבקרים השיטתיים של גאלנוס (לפחות מחצית המאה לפני רוג'ר בייקון).
בסוף פרקי "משה ברפואה" הוא מעודד את הקורא-המתלמד לבקר את דבריו על סמך ההיגיון והניסיון האישי.
הרופאים היהודיים קנו לעצמם מוניטין רב, רבים היו בחצרות המלוכה ומקורבים לאצילות, אך בשל דתם לא הורשו ללמד באוניברסיטאות.
הסטטוס החברתי של הרופא היה נמוך בימי הביניים, עובדה זו בלמה את התפתחות הרפואה.
כדי שלא ייחשב עובד כפיים, הייתה מלאכת הניתוח בידי גלב (שהודרך על ידי רופא).
הגלב עסק בהקזת דם, העמדת כוסות רוח וטיפול בעלוקות (שהיו מוכרות כטיפול יעיל עד לסוף המאה ה-19).
רק החל מהמאה ה-15, עם עליית רמת הלימודים בבתי הספר לרפואה, החל ביקוש מחדש למקצוע, עלתה יוקרתו ושכרו והוכר כמקצוע חופשי.
עם התפוררות החליפות המוסלמית, עלה חזרה לגדולה המערב.
בית הספר הראשון לרפואה באירופה, קם בסאלרנו איטליה במאה ה-9, לימדו בו מורים מהמזרח ובהמשך הוקמו אחרים ברחבי איטליה שהייתה למרכז רפואה.
עם תחילת המדע האמפירי במאה ה-13, המבוסס על ניסויים ותצפיות, החלו לזנוח את התאוריות הישנות של גאלנוס ואבן סינא.
במאה ה-14 גברה ההתעניינות באנטומיה ובפיזיולוגיה, ומדעים אלו פותחו בתקופת הרנסאנס.
בתקופה זו, של תחילת הרסנאס האיטלקי החלו להתפתח אוניברסיטאות מערביות באזור צפון איטליה, שהיו יותר מדעיות וחילוניות באופיין לעומת מוסדות אקדמיים קדומים יותר שהיו בארצות האסלאם.
בשנת 1088 קמה אוניברסיטת בולוניה, האוניברסיטה העתיקה ביותר בעולם המערבי.
היא נוסדה מהתארגנות חופשית וחילונית יחסית (מנותקת משליטת הכנסייה או כל חצר מלוכה שהיא) של סטודנטים שבחרו ומימנו את הפרופסורים שלהם מכיסם.
בשנת 1222 נוסדה אוניברסיטת פדובה כאשר קבוצה גדולה של סטודנטים ומרצים, שמאסו בפיקוח מטעם המלוכה והכנסייה, נטשו את אוניברסיטת בולוניה בחיפוש אחר חופש אקדמי רב יותר.
החל מן המאה ה-15 ועד למאה ה-18 הייתה אוניברסיטת פדובה מרכז מחקר אקדמי מוביל בתחומי הרפואה (וכן במספר נושאים נוספים).
דבר זה אפשר לאוניברסיטה לארח גם סטודנטים יהודים.
רופאים יהודים רבים למדו באוניברסיטת פדובה ורכשו בה השכלה רפואית וכללית והם שימשו סוכנים של ראשית ההשכלה בחברה היהודית ברחבי אירופה.
עם ההתעניינות המתחדשת באנטומיה ובפיזיולוגיה, תם עידן ימי הביניים והחלה תקופת הרנסאנס.
לאונרדו דה וינצ'י עסק, בין השאר, בנתיחת מתים והעשיר את ידיעותינו אודות גוף האדם.
ב-1543 חיבר וסאליוס את ספר אנטומיה, על אודות מבנה הגוף האנושי ששלל את כל תורתו של גאלנוס והצטייר כמדויק ואמין יותר.
הספר, שיצא באותו שבוע שבו התפרסם ספרו של קופרניקוס, כלל שבעה כרכים וכ-300 תמונות שהוכנו בחריטת עץ על ידי ון קלקר ואמנים אחרים.
אוסף הספרים מבוסס על הרצאותיו של וסאליוס באוניברסיטת פדובה, שבמהלכן סטה מהפרקטיקה המקובלת על ידי ניתוח גופות כדי להמחיש לתלמידים את הנושאים באנטומיה.
פאראצלסוס, 1493–1541, ביטל את תורת ליחות הגוף, חקר את חילוף החומרים, התאים את התרופות הידועות אל המחלות כדי לייעל את השפעתם, החדיר את השימוש בתכשירים כימיים.
אנשים אלו נחשבים כאבות הרפואה המודרנית.
פארא בצרפת שחי במאה ה-16 נחשב לאבי הכירורגיה המודרנית.
מיכאל סרווטוס, ספרדי שהתגורר בצרפת גילה במאה ה-16 את מחזור הדם הקטן (או גם מחזור דם ריאתי).
הרפואה בעידן הנאורות - המאה ה-17 וה-18
במאה ה-17 החלה הרפואה להתקדם, בהישענה על המדעים האחרים:
ויליאם הארווי הוכיח ב-1628 את קיומו של מחזור הדם בגוף, והניח יסודות לאמבריולוגיה המודרנית.
רבים חלקו על דעתו, אולם עירוי הדם הראשון שבוצע ב-1666 הוכיח את נכונותה.
אנטוני ואן לוונהוק, סוחר בדים עשיר ולוטש עדשות הולנדי השתמש במיקרוסופ והיה כנראה הראשון שראה את התאים והחיידקים.
בשנת 1676 שלח את מכתבו השמיני להחברה המלכותית ודיווח במכתב על גילוי יצורים זעירים שכיום אנו מכינים חיידקים, החברה המלכותית סייעה להפצת תגליותיו, והוא התחייב להסביר לאחר מותו כיצד לייצר מיקרוסקופים טובים יותר.
עברו עוד כ-200 שנה לפני שנעשה קישור ברור בין חיידקים לבין מחלות מידבקות.
הרופא האיטלקי מרצ'לו מלפיגי שנחשב למייסד האנטומיה המיקרוסקופית, ולהיסטולוג הראשון גילה את כדוריות הדם, את מחזור הדם בנימים ואת שכבות העור.
בבית הספר באוניברסיטת פדובה, נלמדה הרפואה בצמוד למיטת החולה.
בעקבות מלחמות שפקדו את צרפת קודמה הכירורגיה, הוכרה החשיבות בטיפול בפצעים ובעצירת שטפי דם למניעת הלם.
ב-1713 פרסם ראמציני ספר על מחלות מקצועיות (השפעת תעשיית המשי על עובדיה).
סידנהם הדגיש את חשיבות התצפית על החולה.
אלברט האלר, בן המאה ה-18, ערך ניסויים בבעלי חיים ומוכר כיוצר הפיזיולוגיה החדשה.
בישה מצרפת ניסח את המושג ריקמה וכך ייסד את ההיסטולוגיה.
וולף פיתח את התאוריה על השינויים המתרחשים ברחם ועל התפתחות העובר.
התקדמות נוספת באה בשטחי הכירורגיה, המיילדות והפתולוגיה.
המסכת ומכשיר הרפלקסים נעשו למרכיב מרכזי בבדיקה הקלינית.
הוכרה חשיבות מדידת החום אצל כלל החולים.
האנטומיה הפתולוגית ונתיחת הגופות, נעשו לשיעורי חובה בלימודי הרפואה.
חקר מערכת העצבים התפתח ונעשה למדע בתוך הרפואה.
אדוארד ג'נר האנגלי, הרכיב ב-1796 את החיסון לאבעבועות שחורות, והניח יסוד לרפואת המניעה המודרנית.
תרמו לכך החוקים הסניטריים המחמירים באנגליה, במחנות צבאיים ובעתות מלחמה.
בתחילת המאה ה-19 כבר הכירו הרופאים את גוף האדם לפרטיו, ולובנו ביסודיות התהליכים הפיזיולוגיים.
החל חקר התא על ידי רודולף וירכו והופרכה תיאורית ליחות הגוף.
אופקים נרחבים העלה הניסוי, שבמהלכו דקר קלוד ברנאר בקרקעית החדר הרביעי של המוח ובכך הביא להפרשת סוכר בשתן.
ברנאר הבליט בניסויו הרבים את השוני בין בלוטות הפרשה חיצונית לבלוטות הפרשה פנימית, והוא נחשב לאבי האנדוקרינולוגיה.
המצאת כלים לבדיקת פנים העין והאוזן, העידו על עידון הבדיקות של איברי הגוף, ועל אפשרויות דיאגנוסטיות נוספות, כולל הבנת מוח האדם.
תאוריית החיידקים כגורמי מחלות שפותחה בעיקר בעקבות תגליות במחצית השנייה של המאה ה-19 הובילה להתקדמות עצומה בתחום הרפואה, החקלאות, והביולוגיה והובילה להפחתה ניכרת בתמותת תינוקות וילדים, ירידה בתמותת נשים בלידה, ירידה בתחלואה של בני אדם ובעלי חיים מתורבתים ולהערכה ניכרת בתוחלת החיים של כלל האנושות.
התאוריה גילתה שמספר רב של מחלות קטלניות בקרב בעלי חיים (לרבות בני אדם) וצמחים, וכן זיהום פצעים נגרמים על ידי מחוללים זעירים ביותר – החיידקים.
בהמשך נמצאו מחוללי מחלות זעירים נוספים כמו וירוסים, או מחלות זיהומיות עקב פטריות ומיקרו-אורגניזמים אחרים.
ב-1862 לואי פסטר שם קץ לדעה שהחיים נוצרים מעצמם.
הוא יצר חיסונים כנגד כלבת, גחלת, וכולרה, והמליץ על שיטת חימום החלב כדי לשמרו מחיידקים – פיסטור.
מכון פסטר שהוקם ב-1888 קידם את ענף המיקרוביולוגיה ואת ההכרה בחיידקים כגורמי מחלה.
המנתח האנגלי ג'וזף ליסטר, קרא את עבודותיו של פסטר, ובעקבות זאת, הכניס לכירורגיה שיטות חיטוי של פצעים, מכשירי ניתוח, ידיים ובגדים באמצעות פנול (חומצה קרבולית), ומאוחר יותר הכניס את השימוש בכפפות ובמסכות.
כך תרם להפחתת הזיהום אצל חולים והפחית את מקרי התמותה לאחר לידות של ההרות ולכן הוא נחשב אבי הניתוח המודרני.
רוברט קוך שהיה רופא כפרי גרמני, חקר את חיידקי הגחלת (האנתרקס).
הוא הצליח לגדל חיידקים בתרבית וגרם לעכברים להיות חולים בגחלת על ידי הזרקה של החיידקים לעכברים.
עבודתו הקפדנית של קוך סיפקה בסיס ניסויי לזיהוי מחלות זיהומיות, שכולל ביצוע ניסויים בבעלי חיים ובבני אדם.
המחקר שלו הוביל לזיהוי "העיקרים של קוך" – ארבעה קריטריונים שנועדו לקבוע קשר סיבתי בין גורם מיקרוביאלי למחלה כלשהי.
קוך גילה בהמשך את מתג השחפת, ותלמידו פרידריך לפלר גילה את מתג הדיפטרייה.
עד מהרה גם זוהו פרזיטים מסוימים כמחוללי מחלות – מלריה, וקדחת צהובה.
במחלות אלה, כמו גם במחלת השינה, התברר לחוקרים כי מחלות זיהומיות עלולות להדביק אנשים באמצעות עקיצת חרקים.
בעקבות תגליות אלו החלו לייחס ערך תחלואי לרעלנים שמקורם בחיידקים, וערך הגנתי לנוגדנים בדם.
איליה מצ'ניקוב הוכיח את תפקידן של כדוריות הדם הלבנות במערכת ההגנה של הגוף.
פותחו חיסונים לטטנוס, דבר, דיזנטריה ועוד.
נחקרו מחלות רבות כעגבת וקדחת הבהרות.
בתחומי רפואה אחרים הועמק הידע לגבי בעיות אנדוקריניות, הרדמה, מחלות כליות ולב ועוד.
ב-1846 הדגים תומאס מורטון הרדמה כללית באתר ושנה מאוחר יותר הוכנס לשימוש הכלורופורם, אשר פתח אפשרויות חדשות בתחום הכירורגיה.
בשלהי המאה ה-19 המשיכו התגליות המסעירות ששינו את עולם הרפואה.
בשנת 1895 גילה וילהלם רנטגן את קרני ה-X (קרני רנטגן).
ב-1898 גילו פייר ומארי קירי את קרני הרדיום.
בתחום מחלות הנפש הונח יסוד לתורת הפסיכואנליזה של זיגמונד פרויד.
בנוסף, חלה התקדמות בתחומי הכימותרפיה, אימונולוגיה, ומדע התזונה, שפותחו ושוכללו במאה ה-20.
לאחר גילוי תורת החיידקים בשנת 1876, מקצוע הרפואה השתנה במהירות ובאופן יסודי.
צמיחה זו ייצגה את המעבר מפרקטיקות רפואיות מקומיות עם יעילות מפוקפקות, למקצוע מאורגן לאומי הפועל כשומר סף מוסדי לפרקטיקות מבוססות מדע.
ב-1928 הבחין הרופא וביוכימאי אלכסנדר פלמינג, כי זיהום פטרייתי על פגע במושבות חיידקים.
הוא גילה שחומר פעיל מסוים שמייצרת הפטרייה הוא הגורם להרג החיידקים וקרא לחומר פניצילין.
פלמינג פרסם את ממצאיו בשנת 1929, אך הם לא עוררו עניין בקרב הציבור ובקרב עמיתיו המדענים.
פלמינג עבד לבדו חסר את הציוד הדרוש לביצוע מחקרים בסדר הגודל הנדרש.
עשר שנים לאחר גילוי הפניצילין על ידי פלמינג החל הווארד פלורי להתעניין בנושא המחקר האנטיביוטי, ובמהלך חיפושיו אחר מאמרים בנושא נתקל בזה של פלמינג והתעניינותו בנושא התעוררה.
פלורי החל לחקור את הפנצילין יחד עם ארנסט בוריס צ'יין ועבד במעבדה מצוידת וממומנת היטב.
צ'יין ופלורי החלו לנסות את האנטיביוטיקה על יצורים חיים והזריקו את הפניצילין הטהור לגופן של חיות מעבדה.
הניסויים הוכתרו בהצלחה ולחיות לא נגרם שום נזק.
פלורי וצ'יין הוכיחו כי לפניצילין אכן יש פוטנציאל כתרופה אנטיביוטית.
עם זאת הפקת האנטיביוטיקה נותרה יקרה מאד.
הפניצילין נכנס לשימוש בשנת 1942. עם התקדמות מלחמת העולם השנייה באירופה, הפך הפניצילין למוצר יקר ערך עד מאוד, ואומרים כי היה שווה פי כמה ממשקלו בזהב הוא גם נחשב סוד צבאי של בעלות הברית.
מאוחר יותר פותחו שיטות להפקת כמות גדולה בהרבה של אנטיביוטיקה ופתחו סוגי אנטיביוטיקה נוספים.
ההתמחות המקצועית והפיצול לתחומי התמחות צרים הולך וגדל; הדבר נובע מריבוי הרופאים וכן מהצטברות במשך השנים של כמות רבה של ידע בכל אחד מתחומי הרפואה, דבר המאפשר התמקדות טובה יותר.
הטיפול ניתן כיום במרפאות, בבתי חולים, בקליניקות פרטיות ולעיתים אף בבית החולה.
הרופא אינו עובד לבדו, כלי עזר רבים עומדים לרשותו: מכוני מחקר, מכוני רנטגן, מעבדות וטכנאים.
לאור ההתפתחות המהירה של מדעי הרפואה חשוב מאוד עדכון מתמיד של העוסקים בתחום בהתפתחויות האחרונות.
בהקשר לכך חלק מהשתלמויות מאורגנות על ידי גופים מסחריים כגון יצרני התרופות.
בארצות הברית שמים דגש מיוחד על השתלמויות במסגרת שלא תלויה בגופים מסחריים – פירוט אקדמי.
המאה ה-21 הביאה בכנפיה סדרת מהפכות נוספות שמשנות לאיטן את פני הרפואה המודרנית כיום: התפתחות הביוטכנולוגיה, מחקר בתאי גזע, מחקרים פורצי דרך בתחום הגנטיקה והתקדמות מהירה בתחום הננוטכנולוגיה מאפשרות כיום טיפול רפואי למחלות שנחשבו בעבר חסרות מרפא או ניתנות לריפוי אך בקושי.
מאידך הרפואה בתחילת האלף החדש נאלצת להתמודד עם אתגרים חדשים שלא היו בעבר: האיידס, שכיחות גבוהה של סרטן בקרב האוכלוסייה, ומחלות לא מדבקות שונות הנובעות בחלקן מאורח חיים מערבי כמו עישון (בכמות גבוה בהרבה מאשר בעבר עקב תעוש העישון), תזונה מעובדת, תזונה עתירת קלוריות ואורח חיים יושבני ועוד.
ההצלחות במניעת מוות בגילאים צעירים פרושן אוכלוסייה מבוגרת יותר שיש לה מחלות ובעיות שפחות נפוצות בגילאים צעירים כמו מחלת פרקינסון ומחלת אלצהיימר.
ההצלחה של הרפואה המערבית באה עם עליה בתוחלת החיים, וירידה בתמותת תינוקות ועום תמותה במהלך החיים מסיבות שונות כמו תאונות, מחלות מידבקות ומחלות לא מדבקות.
באופן כללי העלייה בתוחלת החיים קשורה גם לעלייה בתוחלת שנים בריאות - כמות השנים שבהם אדם נשאר בריא ובתפקוד גבוה ללא כאבים או מחלות כרוניות שונות.
ההיסטוריה של יפו מקיפה כחמשת אלפי שנות התיישבות, שראשיתן באלף הרביעי לפני הספירה, בתקופת הברונזה הקדומה א'.
העיר היא אחת מערי הנמל העתיקות בעולם, ובמשך שנים רבות הייתה עיר הנמל החשובה ביותר של ארץ ישראל, שכן מיקומה על רצועת החוף של יהודה אפשרה גישה נוחה אל ההר המרכזי.
בין היתר העיר הייתה נמלה הראשי של ממלכת ישראל המאוחדת, ממלכת יהודה וממלכת החשמונאים.
ב-1949 אוחדה העיר מוניציפלית לתוך תל אביב השכנה ומאז נמצאת בתחום השיפוט שלה.
העדות הקדומה ביותר להתיישבות אנושית ביפו היא מספר קטן של חרסים המתוארכים לתקופת הברונזה הקדומה א' (האלף הרביעי לפנה"ס).
מיעוט הממצאים מתקופה זו נובע ככל הנראה מכך שהשרידים הקדומים קבורים עמוק מתחת לשכבות יישוב מאוחרות יותר.
במהלך תקופת הברונזה הקדומה ג' (בערך 2850–2400 לפנה"ס) התפתחו קשרי מסחר בין ממלכת מצרים הקדומה לעיר גבל (שבלבנון של ימינו).
אף שאין ראיות ישירות – ארכאולוגיות או היסטוריות – חוקרים סבורים כי הנמל הטבעי של יפו עשוי היה לשמש כחלק מרשת המסחר הזו.
השרידים הקדומים המשמעותיים ביותר של יישוב באתר מתוארכים למאה ה־18 לפנה"ס.
יפו מצטרפת בכך לדפוס התיישבות רחב יותר באזור מישור החוף המרכזי, שכלל כפרים קטנים, מצודות ומגדלי שמירה, כגון תל אפק, תל גריסה ויבנה־ים.
בחפירות בשטחים B–D במדרון הצפוני של התל נחשפו ביצורים, ובהם סוללת עפר שככל הנראה נשאה עליה מבנה־על מלבני בוץ, שלא השתמר.
בשטח A, במדרון המזרחי של התל, נמצאו שרידים של שער המתוארך למאות ה-17–16 לפנה"ס.
הביצורים שנחשפו אופייניים לאתרי תקופת הברונזה התיכונה בלבנט.
היישוב ביפו היה צנוע יחסית בגודלו, השתרע על פני כ־30 דונם, אך מוקם בעמדה אסטרטגית על דרכי הסחר הימיות שחיברו בין הלבנט, מצרים וקפריסין.
עדויות לסחר זה כוללות כלי חרס קפריסאים מטיפוס Black-on-Red ו־White-Painted, וכן חותמות חרפושיות מהשושלת החיקסוסית המצרית שנמצאו באתר.
באזור מוזיאון יפו לעתיקות נמצאו השרידים הקדומים ביותר שהתגלו ביפו: שרידי חלקלקה שהקיפה את גבעת יפו מתקופת החיקסוס, במאה ה-18 לפנה"ס.
בשטח הנמצא כיום בתוך "גן שער רעמסס" התגלו שרידי יישוב משלהי המאה ה-17 לפנה"ס והמחצית הראשונה של המאה ה-16 לפנה"ס.
מתקופת הברונזה המאוחרת (המחצית השנייה של המאה ה-16 לפנה"ס והמאה ה-15 לפנה"ס התגלו שרידי בניינים מלבנים על יסודות אבן.
האזכור הראשון של יפו בכתובים הוא באגרות מצריות משנת 1470 לפנה"ס, המתפארות בכיבושה על ידי הפרעה תחותמס השלישי, שהשתמש בתחבולת "סוס טרויאני" – הסתרת אנשי מלחמה חמושים בתוך סלים, ומתן הסלים למושל העיר כמתנה.
תיאור מפורט של מלחמה זו מובא בפפירוס האריס 500 המוצג כיום במוזיאון הבריטי בלונדון.
גם במכתבי אל-עמארנה נזכרת יפו, בשמה הפרעוני יא-פּוּ.
המצרים שלטו על יפו ועל דרך הים עד המאה ה-12 לפנה"ס.
כאשר פלשו הפלשתים לארץ ישראל, כנראה במאה ה-12 לפנה"ס, הם השתלטו על שפלת החוף ובכללה על יפו.
במנסרת סנחריב, המתארת את מסע סנחריב בלבנט, מוזכרת העיר יפו יחד עם בני ברק, בית־דגן ואזור כאחת מערי צדקא מלך אשקלון שכבש סנחריב.
בתקופה הפרסית הייתה יפו, ככל ערי יהודה, תחת שלטון ממלכת פרס, שמסרה אותה לפיניקים, במסגרת חזרת הפיניקים הכנענים לאזורי החוף הדרומיים שנלקחו מהם בתום תקופת הברונזה ("דרום פיניקיה").
על פי כתובת אשמונעזר, אשמונעזר השני מלך צידון קיבל אותה לשליטתו מידי הפרסים, והפך את חבל יפו ל"אסם התבואה" של ממלכתו.
בספר עזרא מוזכר כי דרך נמל יפו הביאו הפיניקים גם הארזים לבניין בית המקדש השני: "ויתנו-כסף לחצבים ולחרשים ומאכל ומשתה ושמן לצדנים ולצרים להביא עצי ארזים מן-הלבנון אל-ים יפוא כרישיון כורש מלך-פרס עליהם".
בשנת 301 לפנה"ס נכבשה יפו בידי שליט מצרים תלמי הראשון, שהפך את העיר לנמל חשוב בממלכתו.
בית סלאוקוס סיפח את העיר אל הממלכה הסלאוקית אולם איפשר לתושביה עצמאות בענייני פנים.
בימי מרד החשמונאים התנכלו תושבי העיר ההלניסטים ליהודים והטביעו כמה מאות מהם בים.
כתגובה פשט יהודה המכבי על יפו והשמיד את הנמל והספינות בו.
אחיו יהונתן כבש שוב את העיר מידי אפולוניוס, שר הצבא של סוריה.
השלטון בעיר התחלף מספר פעמים,
ב-143 לפנה"ס כבש שמעון התרסי את העיר.
היא הייתה לנמל חשוב לממלכת החשמונאים, ושימשה את אלכסנדר ינאי ואשתו שלומציון המלכה.
בשנת 63 לפנה"ס עברה ארץ ישראל לשלטונה של רומא, והמצביא פומפיוס החליט להוציא את יפו מהשלטון היהודי של הורקנוס השני.
בשנת 47 לפנה"ס הוחזרה יפו לידי היהודים, בתוקף החלטת יוליוס קיסר בנוגע להורקנוס השני.
יוסף בן מתתיהו מספר כי יפו יושבה בימי המרד הגדול על ידי יהודים שגורשו מערים אחרות.
אספסיאנוס, שר הצבא הרומאי בארץ ישראל, החליט להילחם ביהודי יפו, שנהגו לפשוט על יישובים ולשדוד אוניות.
כששמעו על בואו, ברחו היהודים אל אוניותיהם, אך אלו טבעו בסערה, ומי ששרדו אותה הומתו על ידי הרומאים.
לפי בן מתתיהו נפלטו מהים 4,200 גופות.
הרומאים בנו מחדש את העיר שנחרבה בקרב, וקראו את שמה "פלאביה יופיי", על שם משפחת פלאביוס, שושלת הקיסרים מבית אספסיאנוס.
בעיר הייתה אז אוכלוסייה יהודית, והיא מוזכרת במספר מקומות במשנה ובתלמוד.
הוא חפר באזור המנזר הרוסי שהוקם אז וחשף בגבעה ממזרח ליפו נקרופוליס – עיר קבורה יהודית, ובה 34 מצבות שיש ועוד עשרות מצבות אחרות, שעליהן חרותים אותיות בעברית וביוונית וסמלים יהודיים כגון: לולב, מנורה והמילה "שלום".
קלרמון-גנו קבע כי הן מהמאה ה-1 עד המאה ה-3 וכי היו חלק מבית העלמין העתיק של יהודי יפו.
התקופה הביזנטית, המוסלמית המוקדמת והצלבנית
מעט ידוע על יפו בימי הביזנטים.
הכיבוש המוסלמי של הארץ בשנת 638 הביא לירידת חשיבותה של יפו, ואוכלוסייתה התמעטה מאוד, בד בבד עם התחזקות שכנתה רמלה, שהפכה לבירת ג'ונד פלסטין.
עם זאת, אליעקובי ציין שיפו היא הנמל של ג'ונד פלסטין.
לפני הגעת מסע הצלב הראשון ליפו הרסו המוסלמים את העיר ואת הנמל והתושבים נטשו את העיר.
הצלבנים, בראשות גוטפריד מבויון, שיקמו אותה.
הם הכירו בחשיבות הנמל, שדרכו נשמר הקשר עם אירופה והגיעה אספקה ותגבורת צבאית.
כמו כן היה נמל יפו לשער לעולי הרגל.
שימוש מיידי היה לנמל כאשר הגיעו אליו אוניות עם הציוד הדרוש להקמת מגדלי המצור שהיו דרושים לכיבוש ירושלים.
חשיבותו של נמל יפו נשמרה עד לכיבוש נמלי עכו וצור.
בשנת 1101 הגיע לנמל יפו צי של 32 אוניות מהנמל האיטלקי בג'נובה שסייע לצלבנים בכיבוש.
הוא הביא עמו סוחרים ותושבים מהעיר והוענק להם רובע עצמאי.
בשנת 1191 הגיע ליפו מסע הצלב השלישי בראשות ריצ'רד הראשון, מלך אנגליה, וניצח את צבאו של צלאח א-דין.
העיר נשארה בשלטון הצלבנים עד שפשטו עליה הממלוכים ב-1268.
בשנת 1227 במסע הצלב השישי, הגיע לעיר פרידריך השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, והחל בביצור חומותיה.
הוא הפסיק את הבנייה כאשר הוברר לו כי יהיה זה מכשול לכריתת ברית שלום עם המוסלמים.
ב-1252 הגיע ליפו לואי התשיעי, מלך צרפת במסע הצלב השביעי והורה לשקם את החומות, לבנות 24 מגדלים ולהקים את המנזר והכנסייה הפרנציסקנים הצרפתיים ביפו, ואז חזר לצרפת.
במחצית השנייה של המאה ה-12 שגשגה יפו הודות לסוחרי פיזה.
ב-1173 ביקר ביפו בנימין מטודלה ומצא בה יהודי אחד, המתפרנס מצביעה.
היישוב היהודי גדל, בעלי המלאכה נזכרים כבעלי מונופול בייצור כלי זכוכית וחרס מצופה, שתפסו מקום חשוב בייצוא לאירופה.
ב-1268 כבש את העיר ביברס, הסולטאן הממלוכי של מצרים וסוריה.
הוא הגלה את התושבים והרס את העיר.
העיר עמדה חרבה עד המאה ה-17, אז התיישבו בה נזירים פרנציסקנים נוספים והקימו בה אכסניה, במקום שבו נמצאת כיום כנסיית פטרוס הקדוש.
העיר איבדה מחשיבותה במהלך התקופה העות'מאנית בארץ ישראל.
מלחמות הפחות הביאו לחורבנה ולהרג רבים מתושביה.
בשנת 1776 כבשו את העיר צבאות "מוחמד בֶּךּ אבו דהב" הממלוכי, וטבחו בתושביה.
ב-1799 צר עליה נפוליאון במהלך מסעו בארץ ישראל, כבש אותה, והורה לטבוח בחיילים הטורקים, שנכנעו ורוכזו בחוף יפו.
2,440 שבויים, בהם מושל העיר, אגא עבדאללה, הוצאו להורג.
ב-1806 כבש את העיר סולימאן פאשה בעזרת מוחמד אבו נבוט, ובתמורה לכך מינה אותו סולימאן פאשה ב-1807 למושל יפו.
אבו נבוט פעל רבות לפיתוח העיר.
ב-15 שנות שלטונו שוקמה העיר, נבנתה והורחבה.
נבנתה חומה לכיוון הים, שופצה חומת היבשה, נבנה שער ראשי במזרח העיר בשם: "שער ירושלים", שממנו יצאה הדרך הראשית אל ירושלים (כיום רחוב עולי ציון ואחריו דרך בן-צבי).
לצידו של השער הוצבו מספר תותחים.
המצודה נבנתה מחדש ושתי מצודות נוספות הוקמו ליד הנמל, בגבעת יפו של היום.
מסגד מחמודיה נבנה מחדש ברחבה המכונה היום כיכר השעון.
מעמד העיר שוקם, והצרפתים והאנגלים שיכנו בה קונסוליות.
ב-1818 הודח אבו נבוט, ובמקומו מונה בן אחיו של סולימאן פחה, צאלח מוצטפה בק, כשליט מחוז יפו.
מסביב לחומה המערבית הוקם: "חפיר" (כיום כיכר השעון ורחוב יפת).
ב-1824 ביקר ביפו הנוסע היהודי דוד דבית הלל ותיאר את העיר ואת יושביה: "יפו היא עיר על שפת הים התיכון ובה קונסול אנגלי וקונסול צרפתי.
היא עיר גדולה ויפה מאוד ומוקפת חומה, ובה מים טובים מאד ופירות משובחים.
אני בעצמי לא הייתי בה, אבל ראיתי את פירותיה, והם תפוחי זהב ולימונים שכל אחד מהם גדול מאגרופו של אדם.
והאבטיחים גדולים מאוד וביניהם אבטיחים שאין איש אחד יכול לשאתם.
הם אדומים ומתוקים כמיני מתיקה.
כמעט מחצית התושבים נוצרים הם.
כל יהודי או נוצרי הבא לשם בפעם הראשונה בדרכו ירושלימה חייב לשלם חמישים גרוש לסוכן עדתו שבירושלים, מלבד אירופי או שיש בידו פקודה מהשלטון או הפחה… מושל יפו הוא בדרגת מתסלם הכפוף לפקודת הפחה מעכו".
ב-1831 השתלט השליט המצרי אברהים פחה על העיר ללא קרב.
יפו שימשה לקשר עם מצרים, מרכז לחילותיו, ובה נגבו מיסים.
פחה ביקש להפוך את ארץ ישראל לאזור התיישבות מצרי ובבוסתנים שסביב יפו קמו שכונות ערביות מוסלמיות של מהגרים ממצרים.
כך התיישבו באזור המרזבה כ-12,000 מהגרים מצרים שהגיעו עם הצבא המצרי.
המהגרים התפזרו גם למחוזות עזה וחיפה.
הם הקימו שכונות או כפרים קטנים בשם "סכנאת" וכך נבנו בסביבת יפו סכנת דנייטה (בין רחוב הרצל וסלמה), סכנת אל דרוויש (גבעת התמרים), סכנת אבו כביר, סכנת אל מוצרייה (מנשייה), סכנת שיח' אברהים (עג'מי) וסכנת חמד (דרום רחוב הרצל).
יחסו של פחה לנוצרים היה סובלני, כדי להשיג את תמיכת מעצמות אירופה בשלטונו.
הוא התיר למעצמות זרות להקים בעיר מוסדות דת וחינוך.
האוכלוסייה המוסלמית התנגדה לגישתו ומרדה בשלטון המצרי, והשלטון חזר לממשל העות'מאני.
משנת 1840, לאחר עזיבת המצרים, שלט בעיר "קאימקאם" (ממלא מקום), מושל מטעם הפחה של ירושלים.
באמצע המאה ה-19 עדיין היה ליפו שער אחד בלבד.
בשנת 1869 נפרץ פתח חדש בחומה והושלם לאחר שנתיים בחומה המזרחית, הפתח החדש נקרא בשם:"השער החדש".
ב-1868, ובשנים שאחריה, פורקו, וגם נהרסו, חומות העיר.
בתוואי החומה, והחפיר, הוקמו בתים רבים וחנויות, תוך שימוש משני באבני החומה.
המצודה הצפונית נהרסה חלקית ועל ההריסות נבנה בית החולים הצרפתי של האחיות סנט ג'וזף.
העיר התפשטה דרומה וצפונה (ממזרח לה היו בוסתנים).
בדרום החלו להיבנות שכונת עג'מי וג'באליה (כיום גבעת עלייה) ובצפון הוקמה שכונת מנשייה.
בתחילה מונו למועצת העירייה ארבעה מוסלמים וארבעה נוצרים, אולם לאחר פניית הקונסולים, מונו גם שני נתינים זרים, ובעקבות פנייתו של ראש כל ישראל חברים ביפו צורף אליה גם נציג יהודי.
הבחירות הראשונות בעיר נערכו ב־1913.
ספינות קיטור שהגיעו לנמל הביאו מתיישבים חדשים, טמפלרים מארצות הברית ומגרמניה.
הקבוצה הראשונה הגיעה ב-1852, ובראשה קלורינדה מינור מפילדלפיה.
אנשיה קראו ליישובם "הר התקווה" (Mount Hope).
היישוב התקיים חמש שנים ונעזב.
ניסיון התיישבות נוסף היה בהקמת "חוות מודל פרם", על ידי נוצרי שביקש להקים משק חקלאי לדוגמה.
מבנה החווה שוחזר ומצוי היום בחצר משרדי חברת החשמל בתל אביב.
בשנת 1865 ניסו חברי "כנסיית המשיח" , בראשות א.
ג'ייקובס, להתיישב ביפו כדי "לעזור לבנות את בית המקדש".
הקבוצה כללה 158 נוצרים ממדינת מיין בארצות הברית, שהביאו עמם לוחות עץ לבניית בתים.
חלק מהבתים שוקמו ומשמשים לאכסון עד היום.
התיישבות האמריקאים עודדה את היהודים, שקיוו כי תשפיע לטובה על היישוב היהודי, אך המושבה נעזבה ב-1868.
תחילה הקימו שכונה זעירה בשם "ולהאלה", בדרך יפו-תל אביב של היום.
אבל את מרכזם הם בנו במקום שבו הייתה המושבה האמריקאית.
בשנת 1878 הצטרף אליהם ציר רוסיה ביפו, הברון פלאטון פון אוסטינוב, שהתגורר ביפו עד 1913. ב-1895 הוא פתח את "מלון פארק", שמבנהו עומד על תלו עד היום.
בנובמבר 1898 התארח בבית המלון וילהלם השני, קיסר גרמניה בביקורו בארץ ישראל.
הברון היה חובב עתיקות ובחצרו נאספו מצבות בית העלמין היהודי שהתגלו באבו כביר.
הוא נטע גן עצי פרי, שנתן השראה לטמפלרים, שהחלו לגדל פרי הדר בפרדסים במושבות שרונה ווילהלמה ושיווקו את תפוזיהם דרך נמל יפו במותג "Jaffa Oranges" הקיים עד היום.
בשנת 1740 הקים ועד פקידי קושטא בסמוך לנמל יפו אכסניה ליהודים העולים לרגל לירושלים, ואשר היה החאן היהודי היחיד שפעל בעיר עבור עולים יהודים.
בין המזכירים את המקום נמצא החיד"א, שביקר במבנה ב-1757, עם זאת, כעבור מספר שנים השתלטו ערביי יפו על המבנה, והתירו ליהודים להתפלל בו רק בשלושה ימים בשנה.
המקום חזר לבעלות יהודית רק לאחר מלחמת העצמאות לכשהוקם בו בית הכנסת לעולי לוב.
בשלהי המאה ה-18 פקדו את העיר מלחמות תכופות ומגפות מה שהביא לדלדול הקהילה היהודית.
בשנת 1825 נתמנה הרב רפאל יהודה מנחם לוי המכונה יהודה מרגוזה מטעם רבני ירושלים כנציגם ביפו לקבל את פני העולים היהודים.
בשנת 1832 תחת שלטון מוחמד עלי, שהגביר את הביטחון הפנימי בארץ, החל היישוב היהודי ביפו לגדול.
ב-1834 רכשה הקהילה חלקת שדה בעיר בכדי להקים בו בית עלמין יהודי.
לפי מפקד שערך משה מונטיפיורי ב-1839, היו ביפו 122 יהודים.
אליהם הצטרפה ב-1840, גם חלק מקבוצת העולים ממרוקו ואלג'יר שעלתה בראשות אברהם שלוש.
ב-1848 דיווח ויליאם פרנסיס לינץ' כי ביפו 300 יהודים.
בשנת 1853, שלח הרב יהודה מרגוזה מכתב למשה מונטיפיורי, השריף של לונדון, וכתב: "בחסד האל, הריני מצהיר בזה, שאני הישראלי הראשון שבא הנה ליפו אחד משבט דן...
אעשה ככל שביכולתי לעודד עבודת אדמה בין אנשי קהילתי מונה שבעים משפחות.
בשנת 1856 אחרי מלחמת קרים וקביעת ההסדרים לגבי השליטה על כנסיית הקבר בירושלים, נחתמו הסכמים בין מעצמות אירופה לבין האימפריה העות'מאנית על הנהגת משטר הקפיטולציות, שסיפקו ביטחון פיזי לאזרחים הזרים שבאו לתחום האימפריה.
כך גדל מספר עולי הרגל הנוצרים לארץ הקודש, שרובם הגיעו דרך נמל יפו.
העיר זכתה להתפתחות כלכלית ופיזית מהירה.
היא הייתה זירה של התערבות אירופית מתעצמת, דבר שבא לידי ביטוי בהקמת נציגויות קונסולריות, כנסיות, בתי-ספר, שירותי-רווחה ומוסדות-מסחר.
בעקבות ריבוי עולי הרגל והגידול במסחר החליטו מספר ירושלמים, ובראשם חיים אמזלאג, להשתקע ביפו.
בעקבותיהם ירדו לעיר אשכנזים נוספים וכך נוסדה העדה האשכנזית ביפו.
ב-1863 החלה הקהילה היהודית ביפו להתמסד.
הרב יהודה מרגוזה יזם את הקמת "ועד העיר יפו".
פעולתו הראשונה הייתה הקמת סניף של "כל ישראל חברים", שנשיאו היה אמזלאג.
ב-12 במרץ 1868 ייסדה החברה בעיר בית-ספר לבנים.
בשנת 1866 הקים ר' חיים שמואל שמרלינג, מן האשכנזים, יליד חברון, את עמילות המכס שמרלינג.
בשנת 1869 החלו לנסוע לירושלים בעגלות רתומות לסוסים במקום על חמורים.
בעגלה הראשונה שעלתה לירושלים נסע פרנץ יוזף הראשון קיסר האימפריה האוסטרו-הונגרית.
במסע הקיסר חנכו את הדרך החדשה לעיר ואת הקמת פונדק הדרכים בשער הגיא.
כך החלה תנועה ערנית של נוסעים ותיירים במסלול יפו-ירושלים: תוך שש שנים נסעו בדרך לירושלים חמישים עגלות.
בין השנים 1868–1879 גדלה אוכלוסיית העיר ונהרסו החומות שהקיפו אותה.
העיתון החבצלת מדווח בז' כסליו תרמ"ט (1888), "מועדון אכסקלוסיבי ביפו", ובהמשך הכתבה: "לפני איזו שבועות נפתחו ביפו שתי בתי מרזח !
האחת יהודית, מבעל בית-המלון "אשל ירושלים", הוא האדון הנכבד ר' ליפא קאמעניץ, הנודע בכישרונו הנפלא בהערכת בתים כאלה, כחוק בתים כאלה באייראפא, והשנית כונן האדון באסט הצרפתי עבור "צרפתים.
האדון באסט לקח נער עברי אחד ושמו אברהם לנדא לשרת שם.
בשנת 1887 הוקמה השכונה היהודית הראשונה בפרברי יפו, נווה צדק ובשנת 1890 – השנייה, נווה שלום.
בהמשך הוקמו שכונות נוספות, בהן שכונת שבזי, שעתידות היו להיכלל בתל אביב כשזו הוקמה ב-1909.
יהדות יפו הייתה לקהילה מגובשת בשנות השמונים של המאה ה-19. בתחילה נבחר יהודה ליב חפץ, מהקנאים שבחוג הרב יהושע לייב דיסקין, כרב העיר, אך לאחר שישה חודשים שב לירושלים.
אחריו נבחר הרב נפתלי הרץ הלוי, גם הוא ירושלמי מחוגו של דיסקין, ונשאר בתפקידו עד מותו בי"ב בסיוון תרס"ב.
עוד קודם לכן פרשו מן הקהילה חלק מהחסידים אשר הביאו לעצמם רב נפרד בשנת תר"ס-1900, הרב הוא רבי שניאור זלמן סלונים.
אברהם יצחק הכהן קוק היה רב העיר מתרס"ד עד תרע"ט, על אף שבפועל לא נכח בעיר החל משנת תרע"ד, עקב פרוץ מלחמת העולם הראשונה.
ב-1889 דווח מרדכי בן הלל הכהן שביפו כ-2,000 יהודים.
בעיר היו אז שלושה בתי מלון, וקונסוליות של עשר מדינות.
בקרבת העיר היו 300 פרדסים, שמהם נשלח פרי הדר רב לחו"ל.
באותה שנה עברו בנמל יפו 399 אוניות קיטור ו-554 אוניות מפרש.
דרך עתיקה הובילה מן הנמל אל ירושלים, שבחומתה היה קבוע שער יפו.
דרך זו הייתה במאה התשע עשרה לרחוב משגשג, שבו הוקמו בתי הארחה ובתי תפילה.
בשנים אלו היה נמל יפו מרכז לבואם של עולי העליות הראשונות לארץ ישראל.
היזם הירושלמי יוסף נבון האמין כי קו רכבת בין ירושלים לשפלת החוף יניב רווח גדול.
ב-28 באוקטובר 1888 קיבל נבון זיכיון להנחת מסילת רכבת מיפו לירושלים ולהפעילה במשך 71 שנים.
המסילה נמתחה מתחנת הרכבת יפו עד תחנת הרכבת ירושלים.
מסילת הרכבת יפו–ירושלים הושלמה באוגוסט 1892. ב-26 בספטמבר 1892 יצאה הרכבת הראשונה מיפו לירושלים כשהיא עטורה בדגלי האימפריה העות'מאנית.
משך הנסיעה בקו החדש היה כארבע שעות.
באוקטובר 1898 ביקר בעיר בנימין זאב הרצל.
תחילה למדו בגימנסיה 17 תלמידים.
לאחר שעלה מספר התלמידים עבר בית הספר לנווה שלום.
בשנת 1909 הועברה הגימנסיה לרחוב הרצל בתל אביב ואז נקראה הגימנסיה העברית "הרצליה", על שם בנימין זאב הרצל.
השפעתה של הגימנסיה העברית על הקהילה היפואית ומחוצה לה דרבנה את חרדי יפו, בעידוד הרב יהודה לייב פישמן מימון, ליזום הקמת מוסד דתי מקביל.
מימון ביקר בארץ ישראל בקיץ תרס"ח 1908 והמליץ לאנשי "המזרחי" להעניק חסות לבית ספר "תחכמוני", כיוון שראה בבית הספר בלם פוטנציאלי להתפתחות הגימנסיה.
עם הקמת תל אביב עבר בית הספר לרחוב לילינבלום.
יפו הייתה מרכז המושבות היהודיות בארץ ישראל.
אליה הגיעו היהודים מהגולה וממנה פנו למושבות הראשונות.
ביפו קיבלו את המידע על קרקעות שעמדו למכירה ועל מקומות עבודה פנויים.
פעילות זו התרכזה סביב חאן מנולי, אכסניה לעוברי אורח בבעלות ארמני בשם מנוּלי.
הייתה זו תחנה מרכזית של העגלות שנסעו למושבות הראשונות.
אליה הגיעו בני המושבות ליפו לשם קניית מוצרים ושיווק תוצרתם.
אל החאן הגיעו גם העולים החדשים ובו פגשו סוחרי קרקעות.
משה סמילנסקי כינה את החאן "מרכז המושבות ביפו".
בסביבתו היו גם מוסדות שסייעו לקליטת העולים: ועד חובבי ציון והמשרד הארצישראלי.
בשנת 1908 פרץ גל מעשי איבה נגד יהודים.
ביפו, בניגוד ליתר הערים, לא חיו היהודים ברובע נפרד, אלא בקרב האוכלוסייה הערבית והנוצרית.
בעקבות מהפכת הטורקים הצעירים השתנו היחסים בין הקהילות.
באותה תקופה החלו גם להתפרסם עיתונים אנטי-ציוניים.
היה זה אות שבישר את הידרדרות היחסים בין שתי האוכלוסיות ב-1921.
עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה היו בעיר כארבעים וחמישה אלף תושבים, ובהם כ-15,000 יהודים.
העיר שימשה מרכז לבאים לארץ.
היו בה אכסניות רבות לעולים, ותעסוקה רבה שסיפקו הפרדסים, הנמל, ותנועת התיירים המתמדת.
ב-30 במרץ 1917 (ז' בניסן – שבוע לפני חג הפסח) גירשו הטורקים את תושבי יפו, יהודים כערבים , בשל החשש כי הבריטים יכבשו את העיר.
תושבי יפו הערבים יצאו לכפרים שבסביבת העיר וחזרו לבתיהם במהרה.
ב-16 בנובמבר 1917 כבשו הבריטים את העיר.
לאחר ששבו אליה רבים מתושביה היהודים שהתפזרו לשאר חלקי הארץ ולמצרים, נמנו 8,740 יהודים ביפו ועוד 1,248 בתל אביב.
פרעות ביהודים בשנים 1920–1921 הביאו לבריחת התושבים היהודים שהתרכזו עתה בתל אביב שהפכה למרכז העירוני היהודי החשוב ביותר.
תחילתן של פרעות תרפ"א במצעד שנערך ביפו ב-1 במאי 1921 והפך להתפרעות-דמים: בין היתר התנפלו הפורעים על "בית העולים" בעיר, והרגו ביושביו.
בהרוגים בפרעות היה גם הסופר יוסף חיים ברנר אשר נרצח עם חמישה מחבריו סמוך לבית הקברות המוסלמי "שייח מוראד", כיום דרך קיבוץ גלויות בתל אביב.
בתחומי העיר יפו נותרו כמה אלפי יהודים, שרובם התרכזו בשכונות על הגבול עם תל אביב.
יפו הערבית הייתה כמעט ריקה מיהודים.
בתחילת שנות ה-30 של המאה ה-20 היו בשתי הערים יחדיו כ-80,000 איש.
המרד הערבי הגדול ("מאורעות תרצ"ו") הפתיע את היישוב.
ארבעה ימים לפני פריצתו הותקף רכב יהודי ובהלוויית אחד ההרוגים הותקפו הולכי רגל ערבים.
ביפו הופצה שמועת שווא, כאילו היהודים רצחו ארבעה ערבים.
ב-19 באפריל 1936 הוכרזה שביתה כללית בנמל יפו, ואחריה החלו אירועי הדמים בארץ.
לאחר זמן מה נאסף המון ערבי נזעם ליד בית הסראייה ותקף יהודים.
גם תושבי השכונות שבגבול תל אביב ויפו, נווה שלום, שכונת שפירא ושכונת התקווה, הותקפו בבתיהם ומן המארב.
במסגרת השביתה הכללית הושבת גם נמל יפו לשישה חודשים, דבר שנתן תמריץ לפתיחת נמל תל אביב.
כדי לדכא את המאורעות ביפו, העיר הראשונה שבה פרצו מהומות, הכינו הבריטים את "מבצע עוגן", במטרה להשתלט על מרכז העיר תוך פיצוץ מאות בתים, חלקם מהאוויר, כדי לפלס דרכים בשטח העירוני הצפוף.
נתיבים אלו הם דרכי המעבר המודרניות של העיר העתיקה.
במאי 1947 מינה האו"ם את ועדת אונסקו"פ, "הוועדה המיוחדת של האו"ם לענייני ארץ ישראל", לדון בשאלת ארץ ישראל.
הנציב העליון הבריטי שאל את אמין אל-חוסייני, מנהיג ערביי ארץ ישראל, האם יתמכו הערבים בתוכנית החלוקה אם תשונה ההצעה כך שיפו תישאר בידי הערבים, אך זה סירב נחרצות.
עם פרסום המלצות הוועדה החלה המערכה על יפו.
סירובו של המופתי התבסס על כך שיפו הייתה אחד המרכזים החשובים ביותר של האוכלוסייה הערבית בארץ.
ישבו בה חלק גדול ממערכות העיתונים והמוסדות המפלגתיים הערביים וגם הריכוז המתקדם ביותר של האוכלוסייה.
בינתיים עקבה "ההגנה" אחר הלך הרוחות בעיר.
בסתיו 1947 ביצרה "ההגנה" עמדות בשכונות הדרומיות של תל אביב, שגבלו ביפו, ואיישה אותן במגויסים.
בספטמבר 1947 התבקשה משלחת ארצות הברית לאו"ם "לעשות הכל כדי שתמצא פתרון לבעיית ארץ ישראל".
כך הוצע כי יפו, שאמורה הייתה להיכלל במדינה היהודית, תהיה מובלעת השייכת למדינה הערבית.
ואכן, כך נקבע בסופו של דבר בתוכנית החלוקה, על אף שהתנאי לא התקיים: הערבים לא ראו במחווה "פתרון לבעיית ארץ ישראל".
לקראת ההצבעה באו"ם על החלטת החלוקה הקים הוועד הערבי העליון, המוסד העליון של ערביי פלשתינה, "ועד לאומי" למען ניהול המאבק.
יום לאחר החלטת האו"ם נרצח יהודי בגבול תל אביב יפו.
אחריו נפגעו יהודים רבים נוספים מצליפות, בעיקר ממבנים גבוהים מסביב לתל אביב, דוגמת מסגד חסן בק, לעבר חלקים של רחובות הרצל, העלייה ואלנבי שהיו חשופים לאש הצלפים.
פעילות המסחר בתל אביב עברה למרכז העיר.
בהמשך הצטרפו מתנדבים מעיראק לצלפים מהמינרטים (צריחי המסגדים) וגם כבשו בתים נטושים באזורי ספר.
"ההגנה" העריכה כי הצלפים הם אנשי צבא לשעבר ואנשים שאומנו במיוחד.
בין דצמבר 1947 לאפריל 1948 נפגעו למעלה מ-1000 מתושביה היהודים של תל אביב, מהם כ-170 הרוגים.
כ-17,000 מתושבי השכונות שגבלו ביפו, נאלצו לברוח למרכז תל אביב וצפונה.
הצליפות מיפו הובילו לפעולות נגד, ואלה בוצעו בחלקן על ידי האצ"ל והלח"י.
תושבי יפו היו מפולגים: חלקם תמך במופתי וחלקם היו נגדו.
הזרים שהיו בעיר, ופגעו באוכלוסייה האזרחית, תרמו להורדת המורל ברחוב הערבי.
הם הבחינו היטב בסכנה הצפויה.
וכך כתב העיתון היפואי "א-דיפע" במאמר ראשי: "לשרתוק ניתן הכל מה שביקש...הוא קיבל את יפו, המוקפת חומה של אדמות יהודיות ומוצפת נחשול של איבה יהודית".
יפו הייתה נחותה צבאית: הדרכים לעיר היו בשליטה יהודית, ותושביה הערבים ללא פיקוד צבאי מסודר או מטרת לחימה מוגדרת.
אם כי הם קיבלו סיוע עקיף מערביי רמלה ולוד שחסמו את הדרך לירושלים בפני היהודים, ומערביי סלמה ויאזור, שתקפו את השכונות המזרחיות של תל אביב.
בסוף שנת 1947 היו באבו כביר ובשכונות הערביות הסמוכות לה כחמשת אלפים איש.
מיד לאחר 29 בנובמבר 1947 החלו ערביי אבו כביר לפגוע בתחבורה לירושלים ולמושבות הדרום עד שנאלצו לסלול כביש עוקף.
הערבים המשיכו לירות ולצלוף מאבו כביר על רחוב הרצל, שכונת שפירא ושכונת פלורנטין.
עם תחילת מעשי האיבה בין אנשי מיליציה מיפו לבין חברי ארגוני המחתרת מתל אביב, החלה יציאתם של ערבים מיפו.
כבר ב-2 בדצמבר דווח על יציאתם משכונות הספר מנשיה ואבו כביר, בעיקר אל מרכז העיר אך גם ליישובים ערביים אחרים.
היציאה ההמונית של תושבי שכונות הספר השפיעה גם על התושבים האחרים בעיר.
ב-8 בדצמבר הותקפה לראשונה שכונה בתל אביב באופן מאורגן ובכוחות גדולים.
300 ערבים מיפו ומסלמה תקפו את שכונת התקווה: 32 צריפים עלו באש, 300 אנשים נשארו ללא קורת גג ו-2,500 תושבים ברחו מהשכונה.
אולם הערבים לא ניצלו את הצלחתם בשל עיסוקם בביזה.
רבים מתושבי יפו, שכלכלתם התבססה על גידול וייצוא פרי הדר, ביקשו להפסיק את הפעולות הצבאיות לפחות בתקופה זו של השנה.
ב-9 בדצמבר, יום אחרי הקרב ב"שכונת התקווה", נחתם הסכם בין ראשי הערים להחזיר את השקט למשך עונת ההדרים.
ב-13 בדצמבר פשט האצ"ל לראשונה על יפו.
רוב הכוח היה משכונת התקווה ומכרם התימנים.
היו חדירות יבשתיות ליפו ונחיתה מהים בחוף מנשייה ובנמל יפו.
אירועי החודש הראשון ללחימה הוכיחו שתושבי תל אביב אינם ערוכים להגנה ותושבי יפו לא היו מוכנים כלל לבאות: הנמל הושבת והפרדסים לא טופלו.
הבריטים העריכו כי אנשי "ההגנה" ינסו לגרום לבריחת הערבים מיפו ומחיפה כדי לאכלס את בתיהם ביהודים.
הש"י קבע כי יוקרת "ההגנה" בעיר מעטה, בהיעדר תגובה מספקת על הפרעות.
בית הממשלה הטורקית ביפו (בית הסראייה) היה מסמלי הממשל, בין השאר הודות למיקומו במרכז המנהלי של העיר – כיכר השעון.
בבניין שכנו משרדי "הוועדה הלאומית של החוסיינים", ששימשה מרכז פיקוד לכל הכנופיות שפעלו באזור תל אביב וקיבלה הוראות ישירות מחאג' אמין אל-חוסייני – מנהיג ערביי ארץ ישראל.
ב-4 בינואר 1948 הביאו אנשי לח"י לקרבת המבנה מכונית תופת ופוצץ אותה.
בפיצוץ נהרגו עשרה ונפצעו למעלה ממאה, בהם חברי ה"ועדה הלאומית", ובתושבים אחזה בהלה.
מושל המחוז הבריטי דיווח על כך לנציב העליון, הצבא סגר את מבואות העיר והשאיר רק מוצא אחד פתוח לשאר חלקי הארץ.
לפיצוץ בניין העירייה הייתה השפעה עצומה בערעור המורל של התושבים.
השירותים העירוניים התמוטטו והיה מחסור חמור במזון.
בריחתם של בני מעמדות הביניים והמעמד העליון הביאה לסגירת בתי עסק ובעיר פשטה אבטלה, שהחמירה עוד יותר משום שבהשפעת מעשי האיבה חדלו מעסיקים יהודים להעסיק עובדים ערבים.
בסוף ינואר הגיעו לעיר קבוצות לוחמים מצבא ההצלה הערבי שכללו מתנדבים עיראקים ובוסנים שלקחו עליהם את האחריות להגנת העיר.
כיתורה של יפו החל בכיבוש שכונת אבו כביר, ששלטה על הכניסה היחידה לעיר.
הכיתור הושלם בשלבים: ב-12 בפברואר 1948 נפרצה הדרך אל מפקדת הערבים במרכז השכונה.
"ההגנה" נסוגה עם שני הרוגים.
ב-12 במרץ 1948 הופעלו לראשונה מרגמות "דוידקה" והפגיזו את אבו כביר.
השפעתם הפסיכולוגית של העשן וקולות הנפץ גרמה לערבים לנטוש את העמדות, וביפו נפוצו אגדות ומעשיות על "הפצצות המעופפות" ועל "פצצות האטום" שהם הנשק הסודי של היהודים.
ב-31 במרץ 1948 חודשה ההתקפה על אבו כביר.
המעבר ליפו היה תלוי בנוכחות כוחות שיטור בריטיים.
ההגנה המתינה לשעת כושר להשלים את כיבוש יפו.
ניתוק יפו משאר חלקי הארץ קבע את גורל העיר ונותרה רק שאלת העיתוי.
האצ"ל החליט לא להמתין ופתח במתקפה על יפו ב-25 באפריל 1948, בניסיון לנתק אותה מהשכונה הצפונית שלה מנשייה שחצצה בין יפו לבין תל אביב.
במהלך ההתקפה הומטרה אש מרגמות על יפו במשך שלושה ימים רצופים.
ביום השני להפגזות נחתו על מרכז יפו תשע טונות של חומר נפץ.
מטרות ההפגזה, לפי תדרוכו של עמיחי פאגלין, היו "למנוע תנועה צבאית סדירה בעיר, לשבור את רוחם של חיילי האויב ולגרום אנדרלמוסיה באוכלוסייה האזרחית, כדי שתקום בה תנועת בריחה המונית".
הפגזת המרגמות יצרה בהלה בקרב הצוות הרפואי של יפו, וחלקו נטש את בית החולים ונמלט מהעיר.
כוחות האצ"ל נתקלו בהתנגדות ערבית שגובתה בעזרה צבאית מסיבית של כוחות בריטיים שהוזרמו לעיר.
הבריטים דרשו מהאצ"ל לפנות את השכונה, ובמשא ומתן עם "ההגנה" והבריטים סוכם, כי "ההגנה" תיכנס לשכונה והבריטים יקבלו את יפו תחת חסותם ויפרידו בין היהודים לערבים.
מבצע חמץ הביא לסיום המערכה על יפו.
הוא החל בעקבות התקפות של האצ"ל על שכונת מנשייה.
כך החלה הנטישה של תושבי יפו אשר נמשכה עד ל-13 במאי 1948 עם כניעת האוכלוסייה הערבית.
כוח "ההגנה" מחטיבת אלכסנדרוני החל לכתר את יפו ב-28 באפריל 1948, כדי להשתלט על מבואותיה המזרחיים והדרומיים של תל אביב.
ההנחה הייתה שכיתור יפו יביא לכניעת תושביה מבלי שיגרור התנגשות עם הכוחות הבריטיים.
ב-30 באפריל הוכרע הקרב ומפקד "צבא ההצלה" בעיר נמלט ממנה בדרך הים.
כדי למנוע את עזיבת התושבים, הטילה "הוועדה הלאומית הערבית" ביפו מס מיוחד על היוצאים.
לאחר שהעזיבה לא קטנה, איימה המליציה העירונית בהחרמת רכוש העוזבים ואף בעונש מוות.
למרות זאת, רוב תושבי העיר נמלטו דרך הנמל והפליגו בעיקר לביירות ולעזה.
ב-13 במאי חתמה ועדת החירום הערבית של יפו על הסכם כניעה עם "ההגנה", וב-14 במאי עזבו את העיר המשטרה והצבא הבריטיים.
מאוכלוסייה של כ-70,000 ערבים לפני המלחמה נשארו בעיר כ-4,000 ערבים בלבד, 1400 מהם גברים, מכל שכבות החברה.
כיבוש יפו מתואר במספר יצירות של סופרים פלסטינים, בהם ע'סאן כנפאני ("ארץ התפוזים העצובים"), סמירה עזאם ("תרועות"), ומוחמד סעיד אל דין אל איראני ("כיכר לחם").
בקרבות ביפו ערב קום המדינה, נפגעו בתים רבים וחלק נהרסו כליל.
רוב התושבים הערבים נמלטו ויפו העתיקה הייתה לעיי חורבות.
הבתים הריקים שנותרו על כנם יושבו ביהודים.
קצינים ואנשי צבא אחרים נכנסו ביולי/אוגוסט 1948 ליפו שהוגדרה כשטח צבאי ותפסו לעצמם בתים.
בימי העלייה ההמונית שלאחר הקמת מדינת ישראל יושבו עולים רבים ביפו.
חלקם השתכנו בבתים שנטשו התושבים הערבים, ואחרים התיישבו בשיכונים שהוקמו לקליטתם.
במהלך השנים נהרסו בהדרגה חלק מהבתים הנטושים ובמקומם נבנו שיכונים חדשים.
משפחות עולים רבות, רובן מבולגריה, התיישבו ביפו החדשה, בשדרות ירושלים.
רבה של העיר היה הרב משה זאב פרידמן.
במאי 1949 הוסר הממשל הצבאי מן העיר.
עוד במרץ 1949 החליטו גורמים בממשלה לספח את יפו לתל אביב ויפו הפכה ל"מִינהל יפו" במסגרת עיריית תל אביב.
ב-24 באפריל 1950 הוכרז רשמית על ביטול עיריית יפו למפרע מ-1 בינואר 1950, העברת חלק משטחיה לתחומי חולון ובת ים, והעברת שאר השטח וכלל הנכסים וההתחייבויות של עיריית יפו לעיריית תל אביב, בשם תל אביב-יפו.