tomron87/hebrew-wikipedia-sentences-corpus huggingface dataset:
האקלים ביברוד הוא אקלים קר מאוד בחורף, בו הטמפרטורה בעיר עשויה להגיע ל-16 מעלות צלזיוס מתחת לאפס.
יש המשערים שמקור שמה של העיר הוא במילה הארמית-סורית "יברו", המבטאת קור.
בשל היותה בצל הגשם, המשקעים ביברוד מועטים, ובעיר יורדים בשנה פחות מ-150 מ"מ של משקעים.
ההתיישבות באזור יברוד החלה בתקופה הפלאוליתית התחתונה (תחילת תקופת האבן) על ידי הומו ארקטוס או טיפוס אדם קדם-מודרני אחר, שהתגורר במערות ובמחסות הסלע בעמק סקיפטה ובואדיות נוספים הסמוכים ליברוד.
ההתיישבות במערות אלו המשיכה לאורך כל התקופה הפרה-היסטורית, גם על ידי האדם הניאנדרטלי והאדם הנבון.
ביברוד התקיימו ציוויליזציות ותרבויות ייחודיות, שהבולטת שבהן היא התרבות היברודית שהתקיימה בשלהי התקופה הפלאוליתית התחתונה, לפני כ-400 עד 200 אלפי שנים.
ההתיישבות בואדיות יברוד המשיכה ברציפות גם בתקופת הברונזה ותקופת הברזל.
עד סוף אלף השלישי לפנה"ס התיישבו באזור אוכלוסיות של נוודים.
בסוף האלף השלישי לפנה"ס התחולל שינוי תרבותי באזור, והתושבים החדשים, שהיו גם הם נוודים, התיישבו במקום לאורך כל האלף השני לפנה"ס.
על פי ההערכות, בסוף האלף השני לפנה"ס הגיעו למקום מתיישבים חדשים שבנו את העיר מחדש במרכז האזור.
בתקופה הארמית, יברוד כבר הייתה עיר חשובה ומוכרת, כפי שמעידים אזכורים שלה בלוחות חרס של מסופוטמיה, בהם כתבים מתקופת שלמנאסר השלישי (המאה ה-9 לפנה"ס) ואשורבניפל (המאה ה-7 לפנה"ס) מלכי אשור.
ב-7 בדצמבר 2024 במסגרת קרב דמשק במתקפת המורדים הסורים כוחות צבא אסד נסוגו מהעיר.
עתיקות יברוד והעמקים הסמוכים לה נחפרו לראשונה בין השנים 1930–1933 על ידי אלפרד רוסט , ארכאולוג גרמני ששהה בבית החולים הדני בא-נַּבֶּכּ לרגל מחלתו, ובמהלך הבראתו חקר את המערות בעמק סקיפטה הסמוך ליברוד במשך מספר חודשים.
הוא חשף שם מערה עתיקה ושישה מחסות סלע , ובשנת 1950 פרסם את המאמר "תגליות מערות יברוד", בו פירט על תוצאות המחקר הארכאולוגי שערך בעמק סקיפטה, שלמעשה היה המחקר הארכאולוגי הראשון שנעשה על התקופה הפלאוליתית בסוריה.
הוא היה הראשון שזיהה את התרבויות הייחודיות שהתקיימו באזור בתקופה זו, ואף נתן לתרבות היברודית את שמה, על שם העיר יברוד הסמוכה.
לאחר מכן, בין השנים 1934–1940, חקר האב ג'וזף נסראללה, מספר ואדיות ועמקים נוספים הסמוכים ליברוד.
הוא הוזמן על ידי מינהל העתיקות הסורי, ותוצאות מחקריו פורסמו בכתב העת "תולדות הארכאולוגיה הסורית".
בחלק מהמערות ומחסות הסלע שהוא חשף, נמצאו שרידים המתוארכים לסוף התקופה האפיפלאוליתית ושייכים לתרבות הנאטופית, ובחלקם נמצאו כלי אבן המתוארכים לתקופה הכלקוליתית ושייכים לתרבות הע'סולית בארץ ישראל.
בשנות ה-60 של המאה ה-20 נחקרו האתרים הארכאולוגיים הסמוכים ליברוד באינטנסיביות על ידי מספר קבוצות חוקרים.
בין השנים 1963–1965 נערכו מספר חקירות ארכאולוגיות במקום, על ידי קבוצה אמריקאית מאוניברסיטת קולומביה בניו יורק, בראשותו של ראלף סולקי .
הוא השלים את מחקריו בעמק סקיפטה יחד עם אשתו ב-1987 וב-1989.
במקביל, בשנים 1964–1965, נערכו מספר חקירות וחפירות ארכאולוגיות ביברוד, על ידי המנהל הכללי הסורי לעתיקות ומוזיאונים בראשות עלי אבו עסאף וקאסם טווייר, לאחר שמספר בתי קברות אמוריים-כנעניים מתקופת הברונזה התיכונה, נתגלו במקרה על ידי איכר בצפונו של עמק סקיפטה.
הקברים נמצאו בעומק של 30–50 ס"מ, ומידותיהם היו בערך 240 X 135 ס"מ, מידה נפוצה לקברים בלבנט באותה תקופה, שבה נבנו גם הקברים בתל מגידו, תלוליות ע'סול, ואתרים סורים נוספים כמו אוגרית.
הקברים היו קברים משפחתיים, ובכל אחד מהם היו מונחות עצמותיהם של חמישה בני אדם לפחות.
בקבר השלישי נמצא להב של חנית ברונזה התקוע בחוליותו של אחד המתים, מה שמעיד על הריגתו.
הקבר הרביעי היה יוצא דופן בכך שהיה בו עשרה שלדים.
נראה שהוא שימש כקבר במשך תקופה ארוכה של כמעט ארבע מאות שנים, שכן נמצאו בו שני חותמות, שאחד מהם מתוארך לתקופה הבבלית הקדומה (המאה ה-19 לפנה"ס), והשני מתוארך לתקופה בה שלטה בסוריה ממלכת מיתני (1500–1350 לפנה"ס).
בקבר נמצאו גם רהיטים מכובדים וכלי מתכת רבים, ביניהם ארבעה גרזנים, שלשה פגיונות, סכינים, תכשיטים, קערות, כדי שמן, וכלים נוספים, המעידים על כך שבקבר נקבר אדם מכובד מהמעמד העליון.
במהלך חפירותיו של עלי אבו אסף, נחשפו גם יסודות של בתי מגורים פשוטים מהתקופה הכלקוליתית, שבהם נמצאו תנורים וכלים אבן שונים, המתוארכים לאלף הרביעי לפנה"ס.
בשכבה הארכאולוגית העליונה, נחשפו שרידי מגורים נוספים וכלי חרס שונים, המתוארכים לאלף השלישי לפנה"ס.
ב-1967 וב-1968 נמשכו החפירות במערות שגילה אלפרד רוסט, על ידי קבוצת ארכאולוגים יפנים, שמצאו כלי אבן נוספים המתוארכים לתקופה הפלאוליתית התחתונה.
לאחר הפסקה של יותר מ-20 שנה, נמשכו החפירות במערת סקיפטה בין השנים 2007–2010, על ידי משלחת של ארכאולוגים גרמנים, בראשות ניקולאס קונארד מאוניברסיטת טיבינגן.
המשלחת חשפה שרידים ארכאולוגיים רבים מהתקופה הפלאוליתית, בהם כלי אבן ייחודיים ועצמות של יונקים שונים.
יבשת שקועה היא אזור של קרום יבשתי שגודלו נרחב אך הוא נמצא ברובו מתחת לפני הים.
מונח זה משמש כמה פליאוגאולוגים וגאוגרפים בהתייחס לכמה יבשות (שאף אחת מהן אינה גדולה כמו כל אחת מהיבשות המוכרות).
ההגדרה של מונח זה אינה ברורה.
אם שברי יבשות ומיקרו-יבשות שקטנים מ-2,500,000 קמ"ר, שהם כשליש משטחה של יבשת אוסטרליה, אינם נכללים, אז זילנדיה (בעלת שטח של כ-4,900,000 קמ"ר) תהיה המאפיין הגאולוגי היחיד שניתן לסווגו כיבשת שקועה.
יבשות שקועות נוספות הן, לדוגמה, ברינגיה, דוגרלנד, רמת קרגלן, מאוריציה, סאהול וסונדה.
לאורך זמן רב אנשים חיפשו אחרי יבשות שקועות והועלו השערות לגבי "יבשת אבודה" אפשרית מתחת למי האוקיינוס האטלנטי.
בשנות ה-30 נערך גם חיפוש אחר למוריה, שחשבו כי הייתה יבשת שקועה בין חופי הודו ואפריקה.
יבסיי גריגורוביץ' ליברמן היה כלכלן יהודי-סובייטי שחי בחרקיב, הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית האוקראינית.
הוא ידוע כאדריכל הרפורמה הכלכלית בברית המועצות (1965), הידועה גם בשם "ליברמניזם" או "רפורמת ליברמן", על שמו.
ליברמן נולד בסלבוטה, האימפריה הרוסית, למשפחה יהודית אמידה.
הוא היה בוגר אוניברסיטת קייב, הפקולטה למשפטים ב-1920 ו בפקולטה לבניית מכונות ב-1933. במהלך שנות ה-20 עבד כחוקר ב, וכמו כן לימד במשך שנים רבות ב, ב ובאוניברסיטה הלאומית חרקוב.
ב-17 באפריל 1938 הוא נעצר באשמת ריגול וטרור.
התיק שלו נדון בישיבה סגורה, ללא שיתוף של התביעה וההגנה וללא הזמנת עדים.
ב-21 באפריל 1939 נידון ליברמן ל-15 שנים במחנה עבודה.
הוא לא הודה באישומים שהוגשו נגדו, ולאחר המשפט שהה שישה חודשים בכלא בחרקוב.
הוא הציע שיטות חדשות לתכנון כלכלי המבוססות על עקרונות לניניסטיים של צנטרליזם דמוקרטי ועל שילוב של עקרונות קפיטליסטיים בתוך המרקסיזם (אם כי הוא הכחיש זאת וטען כי הרעיונות שלו בסופו של דבר תומכים באידאולוגיה קומוניסטית ובתכנון מרכזי).
עבודת הגמר שלו התגבשה במאמר שכותרתו הייתה 'תוכנית, רווח, בונוס', ואשר פורסם בפראבדה ב-1962 והפך בהמשך לבסיס לרפורמות בכלכלה הסובייטית ב-1965. ליברמן גם שימש כיועצו של ניקיטה חרושצ'וב
יצירותיו הבולטות של ליברמן היו "מבנה האיזון של חברה תעשייתית" (1948), "אמצעים להעלאת הרווחיות של החברות הסוציאליסטיות" (1956), "ניתוח השימוש במשאבים" (1963), "תוכנית והטבות לכלכלה הסובייטית" (1965) ו"תכנון הסוציאליזם" (1967).
רפורמות בהשראתו של ליברמן ניסו ללא הצלחה להחיות את הכלכלה הסובייטית במהלך שנות ה-60. הצעות הרפורמה של ליברמן יושמו גם בגרמניה המזרחית.
אחת הטענות שהועלו כלפי יישום הרפורמה, הייתה שהיא נעשתה רק בכ-400 חברות, והצליחה רק באסטוניה, משום שרמת החיים בה הייתה גבוהה יותר מלכתחילה מאשר בשאר רחבי ברית המועצות.
אשתו של ליברמן, רגינה הורוביץ, פסנתרנית ופדגוגית, הייתה אחותו של הפסנתרן היהודי המפורסם ולדימיר הורוביץ.
נינתו, , גם היא פסנתרנית קונצרטים.
ליברמן נפטר בחרקוב בשנת 1981.
יִגְאָל אַלּוֹן (פַּיְיקוֹביץ'; 10 באוקטובר 1918, ד' בחשוון תרע"ט – 29 בפברואר 1980, י"ב באדר תש"ם) היה איש צבא ופוליטיקאי ישראלי שהיה מפקד הפלמ"ח, ממפקדי צה"ל במלחמת העצמאות בדרגת אלוף, מראשי מפלגת העבודה, ראש ממשלת ישראל בפועל (במשך 19 יום), חבר הכנסת, סגן ראש הממשלה ושר בממשלות ישראל.
אלון, יליד מֶסְחָה (כפר תבור), שהגן על שדות המושבה עוד מנעוריו, הצטרף לקיבוץ גינוסר ולתנועת העבודה, שהייתה עבורו שינוי אידאולוגי מבית גידולו.
בימי המרד הערבי התגייס ל"" כנוטר וכלוחם פו"ש ולאחר מכן לפלמ"ח, שם התבלט כמפקד פלוגה ומפקד יחידת מסתערבים בסוריה, והגיע לפיקוד הפלמ"ח כתלמידו של יצחק שדה וכמגשים חזונו.
כמפקד בפלמ"ח עסק בהגדלת הארגון, בארגונו בגדודים ובעידוד חבריו בתקופה קשה לארגון, אל מול הגיוס לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה.
במסגרת תנועת המרי העברי לאחר המלחמה תכנן ופעל בפעולות מכריעות, דוגמת ליל הגשרים, ופעולות נגד חסימת נתיבי לארץ ישראל.
במלחמת העצמאות פיקד על המבצעים לכיבוש הגליל, לוד ורמלה, עמד בראש חזית הדרום ופיקד על כיבוש כל הנגב עד אילת.
הוא היה טקטיקן מוכשר, דגל בהפתעת האויב בדרכים עקיפות ובלתי צפויות והיה מוכן לקחת סיכונים לשם כך.
לאחר שחרורו הכפוי מצה"ל על ידי ראש ממשלת ישראל, דוד בן-גוריון, וכשהוא עטור בתהילת המלחמה ונתפס כמייצג בולט של דור תש"ח, החל את דרכו הפוליטית – תחילה הצטרף לתנועת אחדות העבודה – ולאחר מכן דחף לאיחודה עם מפא"י וליצירת מפלגת העבודה.
עם השנים הגיע לתפקידים בכירים כסגן ראש הממשלה, שר החינוך ושר החוץ, הציג תוכנית מדינית ראשונה לעתיד השטחים בשם "תוכנית אלון" והיה שותף במגעים שהובילו להסכם ביניים מול מצרים.
למרות כל אלה, הוא נחשב למי שהחמיץ את הפסגה.
דוגמה בולטת לכך הייתה אי-מינויו לתפקיד שר הביטחון לפני מלחמת ששת הימים, למרות רצונם של ראשי מדינת ישראל, לטובת יריבו הפוליטי משה דיין.
לאחר המהפך הפוליטי, כשהחל את המרוץ לראשות מפלגת העבודה, נפטר במפתיע בגיל 61.
יגאל פייקוביץ' נולד במושבה כפר תבור.
אביו, ראובן פייקוביץ' (1876–1962), נולד בגרודנו שב (רוסיה הלבנה), עלה לארץ ישראל עם משפחתו ב-1890 בגיל 16 ונודע כאיכר חרוץ במושבות הגליל התחתון.
אימו, חיה (לבית שורץ; 1876–1924), הייתה בת למשפחת אברכים ותיקה מצפת ואביה, אלתר שוורץ, היה ממייסדי המושבה ראש פינה, שם גדלה והכירה את ראובן.
ברצונו להיות איכר עצמאי, קיבל ראובן ב-1908 חלקת אדמה מיק"א להחכרה במסחה, שהיה בזמנו יישוב עני, צחיח ויבש ממים, שסבל מהתנכלויות הערבים, הבדואים והפלאחים בסביבה.
אחרי ארבעה בנים ובת, שעזרו לאביהם בניהול המשק ועבדו עמו בשדה, נולד יגאל, בן הזקונים במשפחה.
כשהיה בן 5, ערב עלייתו לכיתה א', נפטרה אימו בגיל 48. עד מהרה עזבו אחיו הבוגרים את הבית לחיים עצמאיים, ויגאל גדל בצריף דל, יחד עם אביו הקפדן והסגפן, שלא נישא בשנית, ועם אחותו הגדולה דבורה, שמילאה את מקומה של אימו בחייו.
מילדותו עבד במשק אביו והיה ער לבעיות שמירה וביטחון של המושבה.
בשנים אלה חונך לעצמאות והועמד בפני מצבים מורכבים.
במסחה הזדמנו לו מדי פעם חוויות מרדף אחרי כנופיות ערבים שפשטו על שדות המושבה.
מנגד, אביו העסיק דרך קבע פועלים ערבים לעיבוד אדמתו, ויגאל נקשר אליהם מאוד.
אחד האירועים המכוננים בימי נעוריו היה בהגיעו לגיל בר מצווה, אז אמר לו אביו שהוא נעשה לאיש ומעכשיו יישא בנשק משלו.
הוא מסר לו אקדח, ועוד באותו הערב שלח אותו לשמור על חלקה מרוחקת ששמה "בלוּט" ("עץ אלון" בערבית).
כשהבחין בכמה רוכבי-סוסים ערבים שנכנסו לשדה והחלו לגנוב את התבואה, קרא לעברם, ירה באוויר, וכשהם דרכו את נשקם בתגובה הניס אותם אביו שהשגיח עליו בהיחבא.
לאחר מכן, כששאל את אביו מדוע לא ירה בהם, השיב לו בדברים שילוו את יגאל בהמשך חייו: "ירייה עלולה להסתיים במוות.
מותו של ערבי פותח חשבון-דמים העלול לארוך עשרות שנים.
אנחנו חיים כאן איתם, וכל סכסוך שניתן לפתור בידיים ובמקל, יש לסיימו ללא נשק.
בו יש להשתמש רק כאשר נשקפת סכנה ממשית לחייך".
לימים, כשתבע בן-גוריון מאלופי צה"ל לעַבְרת את שם משפחתם ורצה לקרוא לו "הגלעדי", העדיף יגאל את השם "אלון", על שמו של עץ האלון שבאותה חלקת בלוט; אביו היה מרוצה שהשם שבחר בנו נלקח מאדמתו.
ב-1934, בגיל 16, התקבל אלון ללימודים במחזור הראשון של בית הספר החקלאי כדורי שאך נוסד בסמוך למסחה, ואף עסק בבנייתו על מנת לסייע במימון לימודיו.
בלימודיו התחוור לו כי השכלתו הייתה מצומצמת לעומת חבריו שבאו מהעיר, אך מוריו עודדוהו כשהרגישו שהוא זקוק לעזרה.
למרות קשייו בלימודים שמר על מעמדו החברתי בהיותו בן כפר הבקיא בחקלאות וברכיבה.
בשנת 1936 הוזעק עם חבריו לספסל הלימודים לעימות עם רועים ערבים שפלשו לשדות מסחה.
הם נעצרו על ידי הבריטים אך יצאו זכאים בדין, כשאלון שימש כעד המרכזי במשפט.
כבן של איכר שהעסיק עובדים שכירים, השתייך אלון בנעוריו לימין החקלאי המתון, וייסד בכפרו את הסניף של תנועת הנוער ה"בורגנית" "המכבי הצעיר", אך ב"כדורי" החל לנטות מעט שמאלה והעיד כי "משכמו ומעלה היה שלמה צמח מנהל בית הספר, שקרע בפני צוהר לערכי חברה ואדם ובעקיפין – אל תנועת העבודה".
את המעבר המלא לתנועת העבודה הגשים אלון עם הצטרפותו שלו ושל חבריו מ"כדורי" בשנת 1937 לקיבוץ החדש גינוסר.
אביו לא עמד בדרכו להגיע לקיבוץ וביקש רק כי עם סיום הלימודים יבוא לעזור לו לסיים את עונת הקציר, אך לאחר מכן התאשפז ונדרש להחלמה ארוכה מחוץ למשק.
אלון החליט לחסל את משק אביו ובלי לשאול איש, מכר את בעלי החיים שלו ויצא עם זוג פרדות ועגלה על מנת למסורן לאחיו ביישובים הסמוכים.
אחיו כעסו עליו מאוד על שחיסל את המשק, אך כששמע זאת אביו הוא העיר להם: "ואתם נתתם לו לנסוע לבד בעגלה בימים כאלה?" יש הרואים במעשה זה, דוגמת אניטה שפירא, מחברת הביוגרפיה של אלון, את תחילת דרכו העצמאית.
לאחר שנה בה שירת כנוטר הצטרף אלון לקיבוץ גינוסר יחד עם חבריו מ"כדורי".
הוא הסביר את הסיבות להצטרפותו לקיבוץ, השונה מבית גידולו, בכך ש"לא מהפכנים ולא להט המילים הובילו אותי, אלא משמעות הימים ההם – הקיבוץ נתן תשובה נאותה לביטחון, להתיישבות ולתיקון עולם חברתי".
באותה התקופה הייתה בקיבוץ חצר קטנה באזור מסוכן ומבודד, רוחש כנופיות ערבים.
בנוסף לכך, חברת ההתיישבות פיק"א שאפה להורידו מהקרקע בטענה שמדובר בהשתלטות על אדמותיה.
באוקטובר 1939, עקב הטיית מי הקיבוץ והתקפה על שלושה נוטרים ששמרו על המים על ידי אנשי הכפר הסמוך אבו שושה, הוביל אלון כמה מחברי הקיבוץ להתקפה בתוך הכפר הערבי.
ההתקפה, שגררה שני נפגעים ערבים, הובילה את הבריטים לפתוח בחקירה ולכלוא את ראשי הקיבוץ, ואלון התמנה במקומם למזכיר המשק.
בתפקידו זה, שנמשך כשנה וחצי, קבע עובדות בשטח בסכסוך הקרקעות מול פיק"א, כשהחליט לחרוש שטחים מעוּבּדים הסמוכים לגינוסר ובכך להגדיל את שטח הקיבוץ, גם תוך עימות עם פיק"א ועם המושבה הסמוכה מגדל.
כמו כן עודד את הקבוצה להצטרף לתנועת הקיבוץ המאוחד, שנראתה לו ולחבריו כמי שתיתן את הגב החזק ביותר לבעיות הקיבוץ; נאם בשם הקיבוץ בכנס התנועה בגבעת השלושה ועשה רושם רב על ראשיה.
במיוחד התיידד עם מנהיגהּ ברל כצנלסון, שגם עזר לו ליישב את הסכסוך מול פיק"א.
בכך השלים למעשה את המעבר הרעיוני והמעשי לתנועת העבודה.
באותה התקופה פגש אלון בגינוסר ברות אֶפּיסדורף, שעלתה מגרמניה ב-1934 והצטרפה לחברת נוער גרמנית בתל יוסף.
לאחר רומן קצר נישאו השניים, כנראה ב-1939.
בקיץ 1936, עוד בטרם סיים את לימודיו ב"כדורי", החל גל פעולות איבה מצד ערביי ארץ ישראל (המרד הערבי הגדול).
בתגובה למאורעות אלה התגייס אלון לנוטרות – כוח הגנה על היישובים העבריים שהוקם באותה עת בחסות בריטית.
הוא ביצע הגנה ניידת בלילות באזור הגליל התחתון על גבי טנדרים בפיקודו של נחום שדמי, ועד מהרה התבלט והתמנה למפקד טנדר ועליו צוות נוטרים, שהגן על גוש טבריה.
ב-1937 פגש במסחה ביצחק שדה, שגייס באותה עת צעירים לפלוגות השדה (הפו"ש) שהקים במסגרת ארגון "ההגנה", והגיע למסחה לאחר ששמע על מפקד הנוטרים הצעיר.
שדה הורה לו לאסוף את חבריו וכולם יצאו למארב לילי ליד אחד מכפרי הערבים בסביבה.
לאחר מכן שטח את מטרתו בפניהם – יציאה למארבים והתקפות בכפרים ערביים בשעות הלילה, על מנת להקשות על הערבים לתקוף את היישובים היהודיים.
"אם נשכיל לשנות את התכסיסים, הערבים יעברו למגננה ויצומצם כוח ההגנה שלנו.
לא נלך בדרכי רצח ולא נפעיל טרור אישי", אמר להם.
רעיון זה הרשים מאוד את הצעירים ובמיוחד את אלון: "רסיסי מחשבה שהתרוצצו זמן רב בראשנו התגבשו לפתע לדוקטרינה שלמה" אמר.
מכאן ואילך הפך שדה לחונכו ולמפקדו של אלון במשך שנים ארוכות.
אלון עבר קורס מ"כים של הפו"ש, ובסוף 1937 יצא לקורס מפקדי מחלקות בכפר ויתקין ובג'וערה (שבו השתתף גם משה דיין) והתבלט שם מאוד.
במרץ 1938 השתתפו דיין ואלון במבצע העלייה לחניתה במסגרת חומה ומגדל כמפקדי טנדרים של הפו"ש, וכוחותיהם הניסו כנופיה שתקפה פועלים בדרך לקיבוץ (שם גם צולמה התמונה המפורסמת שבה יצחק שדה מחבק את שני "יורשיו" לעתיד, אלון ודיין).
אלון הפך למפקד המשמר הנע של גוש הגליל התחתון ונודע בשיטות פעולותיו לגירוש ערבים שעלו עם עדריהם על שדות היהודים, ובמארבים שטמן לכנופיות שחדרו ליישובים.
בתגובה לרציחות שביצעו כנופיות ערביות על יהודים, פיקד על פעולות תגמול, שכללו פיצוץ בתים (לאחר שהוצאו מהם האנשים) בכפרים מהם פשטו הרוצחים.
עם פירוק הפו"ש ב-1939 עזב אלון את הנוטרות ונשלח להדריך בקורס מפקדי מחלקות של "ההגנה" ביבנאל.
בעקבות גילוי המחנה על ידי שני שוטרים בריטים תכנן והוביל קבוצה מחניכי הקורס במסע רגלי לג'וערה עם חניית ביניים במסחה.
הם הגיעו בשלום, אך הקבוצה השנייה, שהלכה בדרך אחרת ונודעה לימים כ"מ"ג", נתפסה עם נשקה על ידי חיל הספר העבר-ירדני ונכלאה למשך כשנתיים.
במאי 1941 החליטה המפקדה הארצית של "ההגנה" להקים את הפלמ"ח, מתוך הכרה כי היישוב זקוק לכוח צבאי עצמאי וסדיר המתאמן באופן קבוע, שייטול את היוזמה מאויביו ויהיה בהיכון בעת אפשרית של פלישת גרמניה הנאצית לארץ ישראל.
מפקדי שתי הפלוגות הראשונות של הפלמ"ח גייסו בעצמם את אנשיהם: אלון נקרא לעמוד בראש פלוגה א' בכפר גלעדי, שאת אנשיה גייס ממושבות הגליל והעמק, רובם יוצאי הפו"ש, ומשה דיין עמד בראש פלוגה ב' שהתאמנה בחניתה.
תוך כדי האימונים, נקראו שתי הפלוגות בראשותם של אלון ודיין לסייע לשתי הבריגדות האוסטרליות שעמדו לפלוש לשטחי לבנון ביוני 1941, כחלק מהמערכה במלחמת העולם השנייה.
הן נדרשו לשמש כמורי דרך ולהחזיק בגשרים.
עקב הזמן הקצר שעמד לרשותם הם לא הספיקו להתאמן, לא היו ביניהם אנשים שהכירו את סוריה והם נאלצו לגייס ערבים מהסביבה כסיירים.
הכוח של אלון הצליח לתפוס את הגשרים על הליטאני באזור מרג' עיון, אך הסתבכותו של הכוח האוסטרלי מנעה את חבירת האוסטרלים אליהם, ולאחר שהחזיקו בגשרים כ-24 שעות נאלצו אלון ואנשיו לסגת, והצבא הצרפתי פוצץ אותם.
דיין החליט לכבוש תחנת משטרה ובאזור התפתח קרב קשה בו איבד את עינו.
זו הייתה ההשתתפות הישירה הראשונה של הפלמ"ח בפעולת מלחמה בחזית, ולמרות תרומתה המוגבלת, היא הפכה למיתוס בפלמ"ח ובסיס לבנייתו ככוח לוחם.
לאחר הפעולה בסוריה המשיך אלון לעמוד בראש פלוגה א', ובינואר 1942 מונה לעמוד בראש המחלקה הסורית, שהייתה יחידת המסתערבים הראשונה של הפלמ"ח.
היחידה פעלה בסוריה ובלבנון במטרה להכין תשתית למודיעין ופעולות חבלה למקרה של כיבוש גרמני.
אלון פעל לקידום המחלקה בשלושה מישורים: הגדלתה, שיפור מיומנות המסתערבים והכשרתם בהתחזות ובפעילות סמויה מן העין במדינה ערבית, וחתירה לעצמאות המחלקה מפיקוד הבריטים.
הוא לא נטה לשתף פעולה עם הבריטים שפיקחו על המחלקה, אותם ראה עדיין בחזקת אויב שלא נטה חסד עם אנשי הארגון (דבר שהרגיז אותם מאוד).
עם ירידת הסיכוי לפעילות מבצעית עקב התרחקות הסכנה הנאצית בגזרת הים התיכון וירידת המורל של אנשיה, הוחלט לפרק את היחידה, שלא זכתה להצלחה ממשית.
בשנת 1943 מונה אלון לסגן מפקד הפלמ"ח, יצחק שדה, במקום דוד נמרי, שעבר לתפקיד אחר.
המינוי התקבל בפלמ"ח כבחירה טבעית ללא עוררין, ושדה נתן לו גיבוי מלא.
אלון עסק בעיקר בארגון, מנהל ותקציבים, על מנת שהפלמ"ח ימשיך לתפקד בפועל.
הוא זה שניהל את ישיבות מטה הפלמ"ח במקומו של שדה, עיבד את רעיונותיו לתוכניות מעשיות בפועל, היה נושא ונותן עם סגל המפקדים בפלמ"ח והשתתף יחד עם שדה בדיונים עם ראש מטה "ההגנה", יעקב דורי.
אלון דגל במערכת יחסים בלתי פורמלית בין המפקדים לטוראים בפלמ"ח.
הוא הרבה להסתובב בין היחידות השונות, לדבר עם האנשים ולשאוב רעיונות, וביצע שיחות חתך עם המפקדים.
לאחר שהבריטים הפסיקו את מימון הפלמ"ח עם הצלחתם בקרב אל-עלמיין השני, ובעקבות זאת הפך הפלמ"ח ל"צבא עובד", שחבריו עבדו בקיבוצים, הטיל אלון את כל כובד משקלו בשכנוע החברים הנרגזים להמשיך לשרת בפלמ"ח למרות חוסר המעש באותו זמן, לאחר שרבים השתוקקו להתגייס לצבא הבריטי ולהילחם בנאצים.
הוא עבר בין אוהלי הפלמ"ח וקרא להם את קריאתו של שדה: "חברים, מי יישא את הרובה העברי?"
בשנת 1944 דחף אלון להקמת גדודי הפלמ"ח, במטרה שיאגדו תחתם את הפלוגות השונות ויקלו בכך על מטה הפלמ"ח את הטיפול בהן.
כמו כן, הוקמה המחלקה הימית על מנת להכשיר ימאים לפעולות ההעפלה שלאחר המלחמה.
בסוף אותה שנה התמנה אלון לסגן ראש מטה הסֶזוֹן, קרי, פעולות של "ההגנה" שנועדו לשבש ולבלום את מחתרות האצ"ל והלח"י שפתחו במרד נגד הבריטים.
עד מהרה, משהוחלט לשתף פעולה בעניין זה עם הבריטים, הודיע שהוא מתנגד לשיתוף הפלמ"ח בפעולות של חטיפות ופרש מתפקידו זה.
שמעון אבידן טען שאלון פרש מהמבצע לא מטעמים הומניים אלא פוליטיים, כשלא רצה "ללכלך את הידיים" בעניין לא נעים מבחינה חברתית.
עם תום מלחמת העולם השנייה תמך אלון ביציאת הפלמ"ח למאבק חמוש וגלוי בבריטים, כנגד המגמות שהנהיג הממשל נגד היישוב היהודי באותה עת, שכלל בין היתר את צמצום העלייה.
ב-1945 הוקמה תנועת המרי העברי, שהפלמ"ח היה שותף לה, יחד עם האצ"ל והלח"י.
עם זאת, הוא הקפיד שהפלמ"ח לא ישפוך דם של חפים מפשע, הן בקרב הערבים והן בקרב הבריטים, ואף היה מוכן לקחת סיכונים מבצעיים לשם כך.
הפעילויות הללו סיפקו לפלמ"ח ניסיון מבצעי רב, ולאלון – הזדמנות לפעילות צבאית רחבת היקף כמפקד בכיר.
הפעולה הגדולה והמסובכת ביותר של אלון כמפקד הפלמ"ח הייתה ליל הגשרים ב-16 ביוני 1946, שבמהלכו פוצצו מאות אנשי פלמ"ח בו-זמנית 11 גשרים בכל גבולות ארץ ישראל.
אלון תכנן את המבצע, שהצריך תיאום והכנה דקדקניים, ירד לכל פרטי הפעולה מבחינה טקטית ובסופו של דבר תרם להצלחתה.
לאחר התפרקות תנועת המרי החליטה הנהגת היישוב על הפסקת המאבק המיליטנטי בבריטים והעברתו לפסים המדיניים, תוך המשך ההעפלה, למורת רוחו של אלון, ששאף להמשיך במאבק הצבאי וטען כי ההנהגה בראשות בן-גוריון לקתה "בעודף רגש אחריות, הגובל בחוסר אחריות".
הוא אף ננזף על ידי משה שרת על שכתב אליו מכתב ברוח זו.
אלון הורה למפקדי ספינות המעפילים לבצע התנגדות לא חמושה של המעפילים עצמם, כמו סירוב לרדת מהספינות אם הן נתפסות, על מנת לאותת לבריטים לא לגרשם לארצות המוצא שלהם.
דבר זה גרר את הבריטים להשתמש בנשק ובזריקת פצצות גז מדמיע על המעפילים, אך אלון לא נרתע מכך, גם מול הביקורת על כך שתינוקות המעפילים סובלים מן הגז.
בדצמבר 1946 נסעו יגאל ורות אלון לאירופה.
רות נסעה למשך שנה בשליחות לגרמניה ובתם נורית בת השש, שהייתה על הספקטרום האוטיסטי, נמסרה לטיפול במעון.
אלון ובכיר "ההגנה" ישראל גלילי ערכו סיור באירופה לצורך השתתפות ב בבזל.
הם ביקרו בין יחידותיהם ביבשת ופגשו את פעילי הבריחה וההעפלה וגם את ניצולי השואה ששאפו לעלות לארץ ישראל.
המסע באירופה נמשך כארבעה חודשים.
בבזל פגש אלון את יצחק צוקרמן והשתתף בוועידה זוטא של אנשי "ההגנה", שהשתתפו בה משה סנה, שאול אביגור, גלילי, יעקב דורי ונחום שדמי.
מבזל נסעו אלון וגלילי דרך אוסטריה לגרמניה.
מאינסברוק לגרמניה נסעו במכוניתו של שמעון אבידן.
בגרמניה נסע אלון לבקר את רות במחנה העקורים לנדסברג, לשם נסעה כשליחה לבית ילדים יתומים ניצולי השואה.
אלון וגלילי חצו בהדרכת צבי נצר את הגבול לצ'כוסלובקיה ובתחילת ינואר 1947 חצו את הגבול לפולין, בעזרת תעודות מזויפות של אזרחים פולנים, ושהו בה כעשרה ימים.
הם נסעו ברכבת לקיבוץ הכשרה בקטוביץ ושוחחו עם הפעילים.
פעילי הבריחה המקומיים היו נרגשים מן המפגש עם מפקדי ההגנה.
אלון וגלילי נסעו מקטוביץ לאושוויץ ולבירקנאו.
אלון הזדעזע לנוכח המראות ולא חדל לומר שזה מעבר להשגת אנוש.
במכתביו לרות מאותה תקופה, כינה את אירופה "היבשת הארורה".
לאחר מכן חזר אלון לצרפת ויצא ממנה לסיור בנמלי היציאה של אניות המעפילים.
הוא שב מאירופה במרץ 1947, אך לא השיב את נורית בתו מהמעון.
עם זאת הוא הקפיד לבקרה לעיתים תכופות.
לרות כתב: "ביקוריי אצלה גורמים לי תמיד עונג רב וקורת־רוח, אך לא אכחד ממך ששמחתי מהולה תמיד בטיפת יגון על גורלה של יקירתנו".
עם פרוץ מלחמת העצמאות עמד אלון בראש הכוח העברי הסדיר הגדול והחזק ביותר שעמד לשימוש מנהיגות היישוב.
תחילה עסק בשילוב יחידות הפלמ"ח בצבא ההולך ונבנה, פיקח על גיוס הרזרבה (המילואים) של הפלמ"ח, על הכפלת כוחו ועל ארגון גדודיו.
הפלמ"ח לא הופעל כגוף אחד במהלך המלחמה, וגדודיו פוזרו בין החזיתות השונות לפי הצרכים המבצעיים.
מטה הפלמ"ח החל לאבד את משמעותו לטובת המטכ"ל, ואלון ביקש לצאת לחזית.
בדצמבר 1947 הוקמה "ועדת הנגב", שהייתה אחראית על ביצור יישובי הנגב וציודם, ואלון מונה לאחד מחברי הוועדה.
ב-27 במרץ 1948 טס לגוש עציון כדי להיות קרוב לקרב של שיירת נבי דניאל.
בגלל ירידת גשם על מסלול הנחיתה בגוש הוא לא הצליח לחזור עד 2 באפריל, ובעקבות זאת מונה שמעון אבידן לפקד על מבצע נחשון במקומו.
לאחר פינוי מצודת נבי יושע על ידי הבריטים, העברתה לידי הערבים, וכישלון הגדוד השלישי של הפלמ"ח לכובשה, עלה אלון לאצבע הגליל ב-25 באפריל 1948, על מנת לפקד על מבצע יפתח (שם שניתן לו על ידי יגאל ידין – ראשי תיבות של יגאל פייקוביץ' תל חי).
כצעד ראשון כינס את נציגי היישובים באזור וביקש מהם, וגם נענה, לתת לו את הנשק שנמצא ביישוביהם וכן כוח אדם, על מנת לרכז את כל הכוח ליציאה להתקפה במקום פיזורו.
על מנת להצליח לכבוש את צפת, החל אלון לנהל לוחמה פסיכולוגית נגד ערביי האזור, שנחשבו בעיניו "מהעזים והמחוצפים ביותר".
הפעולה הראשונה הייתה העלאת הגדוד הראשון של הפלמ"ח לגליל המזרחי על נשקו לאור היום, בשיירה שהתפרשה על פני קילומטרים.
תחילה נכבשה עין זיתון אחרי קרב קשה, ובתיה פוצצו לנגד עיני ערביי צפת על מנת לזרוע בהם בהלה.
כאשר החלו ההפגזות על רמות נפתלי ב-1 במאי 1948, הוא לא שעה להפצרות לשלוח אליהם תגבורת, מכיוון שרצה לרכז את הכוחות לכיבוש העיר ולא לשחק לידי האויב הערבי, שנאלץ בשל כך לשנות את תוכניותיו.
מגיני רמות נפתלי שלחו לו מברק ובו אולטימטום, שאם לא ישלח תגבורת בהקדם, הם יפנו את היישוב עם רדת החשכה.
אלון שלח אליהם מברק ובו הודיע שבקצה השביל היורד מהיישוב תמתין חוליה עם מקלע לעצירת המתפנים, אך גם דאג לשלוח אליהם תגבורת מאנשי המשקים בסביבה ומטוס פרימוס, מה שעצר את ההתקפה.
ב-6 במאי תקפו כוחותיו של אלון מחטיבת יפתח (הגדודים הראשון והשלישי של הפלמ"ח יחד עם גדוד חי"ש) את צפת, אך ההתקפה נכשלה.
אלון שינה טקטיקה והחליט קודם כל לתקוף את המשטרה וה"מצודה" הגבוהה בצפת – נקודות המפתח שהכשילו את ההתקפה הראשונה על העיר – וב-10 במאי הצליחו כוחות הפלמ"ח לשחרר את צפת.
בעקבות הבהלה הגדולה שפשטה ברובע הערבי של העיר, החלה מנוסה המונית וזרם של פליטים פנה אל הדרך של ואדי עמוד לכיוון מירון-סעסע שנשארה פתוחה.
לדברי אניטה שפירא, אלון "דאג תמיד להשאיר דרך פתוחה לבריחת הערבים".
למחרת נכנסו אנשי הפלמ"ח אל הרובע הערבי ומצאו "עיר רפאים".
אלון ניהל לוחמה פסיכולוגית גם כלפי אלפי הבדואים שישבו מצידי הכבישים באזור גינוסר ועמק החולה, נפגש עם מוח'תארי הסביבה ויעץ להם שמוטב להם להתפנות עקב כניסת כוחות יהודיים עצומים לאזור.
אלפים נסו על נפשם ובכך הצליח לכבוש את השטח ללא קרב (עם זאת, הוא כרת ברית עם שבט הבדואים אל-הייב מטובא, השאירוֹ במקומו ואף גייסו לפלמ"ח).
על מנת לכבוש את אל-מאלכיה, כפר ערבי שכוחותיו לא הצליח לכובשו בעת המבצע, ביצע אלון פעולת הסחה כאילו נערכת התקפה על חזית הכפר, וכשהערבים הפנו אליה את כוחותיהם הוא ביצע איגוף רכוב עם כוחותיו, נכנס מאחורי היישוב תוך הפתעת מגיניה הערבים והצליח לכובשו.
כמו כן, נכבשו חלקים מהגליל העליון המזרחי, ולצורך כך חדר הפלמ"ח זמנית לשטחים בדרום לבנון.
אלון תכנן לאגף את הסורים בעורפם, אך הכוח שעמד לרשותו לא הספיק, והדבר נכשל לבסוף.
לדברי יצחק רבין, כאשר נשלח על ידי מפקדי החזית, דוד מרכוס ואלון סגנו, לבשר לדוד בן-גוריון על כישלון המבצע והמלצתם לוותר על כיבוש לטרון לטובת השתלטות על דרך אלטרנטיבית לירושלים, צעק עליו בן-גוריון: "צריך לירות ביגאל!".
בזמן ההפוגה הראשונה, בצהרי 22 ביוני 1948, מונה אלון לפקד על כוחות צה"ל שפעלו מול כוחות אצ"ל חמושים שהיו בחוף תל אביב ובסביבתה, כחלק מפרשת אוניית הנשק "אלטלנה".
בשלב זה בפרשה כבר היו הרוגים ופצועים לשני הצדדים, בקרבות שונים ברחבי הארץ, כולל בחוף מול כפר ויתקין.
הממשלה דרשה מאנשי האצ"ל להיכנע ללא תנאי ולמסור את הנשק לידי צה"ל, אולם למרות הוראות מפורשות וניסיונות משא ומתן ארוכים בין נציגי הממשלה לאנשי האצ"ל, אנשי האצ"ל סירבו להישמע לפקודות צה"ל.
לדברי אלון הוא מונה לפיקוד זמני על מבצע שנועד "להדביר את התמרדות האצ"ל ולמנוע השתלטותו על תל אביב."
החל משעות הבוקר של אותו יום היו מטות הפלמ"ח וחיל הים בחוף נצורים על ידי כוחות גדולים של אנשי אצ"ל, ואירע ירי, כולל שימוש במקלעים, רימונים ומטולי פיאט, בין אנשי אצ"ל לחיילי צה"ל סביב מטה הפלמ"ח.
הוא הורה להעביר כוח מחטיבות יפתח והנגב לתל אביב.
כוח זה טיהר את הרחובות והסיר את המצור משתי המפקדות.
בנוסף שלח אלון גדוד נוסף של צה"ל, לעצור ולפרוק את הנשק של כוח של אנשי אצ"ל שערקו מיחידותיהם בצה"ל והתקדמו מכיוון צריפין אל תל אביב.
אלון העריך שהיו לו שלוש אפשרויות - לפתוח באש כבדה על "אלטלנה" ולגרום אבדות כבדות, או להניח לאנשי האונייה לרדת לחוף עם עוד נשק, דבר שהוא העריך שיגרום עוד קרבות רחוב עקובים מדם.
במקום שתי אפשרויות אלה, הוא פנה למטכ"ל של צה"ל וביקש שיטיל על חיל התותחנים - שלא היה נתון לפיקודו, לירות כמה פגזי אזהרה לקרבת האלטלנה, לפני הגשת אולטימטום לכניעה.
לטענת אלון, פגז פגע בטעות באלטלנה וגרם בה לדליקה.
מרגע שנודע לו, הוא פקד על חלק מאנשיו להניח את נשקם, לקפוץ לים ולהחיש עזרה לאנשי האונייה.
לאחר מכן התקשר למטכ"ל כדי לבקש מהם שיורו להפסיק את אש התותחים, וכן להזעיק את חיל הים לפעולות הצלה של אלטלנה.
בו בזמן השתלטו כוחות צה"ל על אנשי אצ"ל שנמצאו במבואות העיר ובתוכה.
לקראת סיום ההפוגה הראשונה, ביולי 1948, ביקש יגאל ידין למנות את אלון למפקד חזית המרכז, אך דוד בן-גוריון סירב והעדיף את מרדכי מקלף, יוצא הצבא הבריטי.
הסירוב הביא להתפטרות של ידין ושאר המטכ"ל ולהתפטרות של בן-גוריון.
בסופו של דבר הושגה פשרה שאלון יפקד על מבצע דני אך לא יהיה מפקד החזית, וכל המתפטרים שבו לתפקידיהם.
במבצע דני, מ-10 עד ל-18 ביולי, פיקד אלון על כיבוש רמלה ולוד והכפרים הערביים ב, ניצח את הכוחות העיראקיים שהתמקמו באזור וכוחות ערביים מקומיים, ואף הביא לגירוש תושביהן הערביים של הערים הכבושות.
בכך הסיר את האיום מעל תל אביב.
המבצע הצריך מאלון ללמוד בזמן קצר ותוך כדי לחימה, על מורכבות ההפעלה של עוצבה בעלת ארבע חטיבות יחד עם כוחות מסייעים, ולדעת לתאם ביניהם.
על גירוש ערביי לוד ורמלה אמר שלא הייתה ברירה אחרת אלא לפנות את הערבים מהן: "לא יכולתי להרשות שאלפי ערבים יישארו מאחורי קווי החזית שלי", ושפיקוק הצירים בפליטים ימנע התקדמות אפשרית של הלגיון הערבי מערבה.
עוד טען, כי זוהי תוצאה כפויה של "מלחמה שלא אנו בחרנו בה".
באוגוסט 1948, עם העתקת כובד המערכה מהמרכז לדרום, מונה אלון למפקד חזית הדרום בדרגת אלוף, והוא כבן 30 בלבד.
למטהו מינה בעיקר קציני פלמ"ח שהיו תחת פיקודו במבצעים הקודמים, ובראשם יצחק רבין כקצין המבצעים.
אחד ממפקדי חטיבותיו היה מפקדו לשעבר, יצחק שדה.
ב-15 באוקטובר פיקד על מבצע יואב לפתיחת הדרך לנגב הנצור, ולאחר קרבות קשים הצליח לכבוש את משלטי חוליקאת, ששלטו על הדרך ליישובי הנגב.
אלון נכשל בהתקפה הראשונה, שינה את התוכנית והצליח בשנייה.
הדרך לנגב נפתחה, ובמקום התקפה ישירה, העדיף לכתר אלפי חיילים מצרים בכיס פלוג'ה.
הוא ביקש להמשיך בתנופה לניצול ההצלחה מול המצרים הנסוגים, כשלחץ על המטכ"ל לכבוש את באר שבע, שלא נכללה בתוכניות המבצע.
למרות הסתייגותם של בן-גוריון וידין, ניתן לבסוף האישור והעיר נכבשה בידי חטיבת הנגב בפיקודו של נחום שריג.
לדעת אלון, "יואב" היה המבצע החשוב ביותר בקרבות הנגב, והוא סימל לראשונה את המעבר ממגננה למתקפה באזור.
בין המבצעים השונים הורה ראש הממשלה בן-גוריון ב-10 באוקטובר על פירוק מטה הפלמ"ח והכפפת חטיבותיו ישירות לצה"ל.
אלון שיגר באותו יום מכתב חריף לבן-גוריון, בו טען כי צעד זה "מזיק ביותר למאמץ המלחמה" ודרש ממנו לפרסם פקודה "על דחיית הפירוק עד לעיון מחדש".
לאחר מכן העלה אלון את הנושא בפני "מועצת הקיבוץ המאוחד".
בתגובה לצעד זה, דרש ראש הממשלה כעבור חודש מהרמטכ"ל יעקב דורי "לתת אזהרה לאלוף יגאל אלון" על כך שתקף פקודות צבאיות בהיותו קצין בצבא.
ב-7 בנובמבר מימש בן-גוריון את מהלך פירוק מטה הפלמ"ח.
אלון ניסה להיאבק בהחלטה זו, אך ללא הועיל.
בנובמבר נולד לאלון בנו יפתח.
ב-22 בדצמבר פיקד על מבצע חורב, במטרה לגרש את הכוחות המצריים שנותרו בנגב.
במסגרת המבצע החדיר אלון טור ישראלי אל תחומי חצי האי סיני שהגיע עד לאל עריש כמהלך עוקף, שמטרתו הייתה להוציא את המערך המצרי משיווי משקלו ולפצל את כוחותיו על מנת להקל על המערכה, או לחלופין, לכתר אותו ברצועת עזה.
ארצות הברית דרשה מבן-גוריון שישראל תיסוג מהמובלעת בסיני.
אלון נסע במיוחד לטבריה כדי לנסות להניא את בן-גוריון מכניעה ללחץ האמריקאי, אך דעתו לא התקבלה והוא החזיר את כוחותיו אל הנגב.
עוד בסיום מבצע יואב האיץ אלון במטכ"ל לנצל את ההזדמנות לכיבוש אילת.
בן-גוריון, שחשש מהתערבות בריטית, אישר לבסוף את מבצע עובדה להשתלטות על האזור, רק לאחר מבצע חורב ולאחר שאילץ את אלון ואת מפקדי חטיבותיו להתחייב בכתב שלא יגררו לעימות עם הלגיון הירדני.
ב-10 במרץ הגיעו כוחותיו לאילת.
אלון ניסה לשכנע את בן-גוריון לא לסיים את המלחמה ללא כיבוש יהודה ושומרון.
הוא סבר כי הרחבת השליטה בה ובמערב סיני נחוצה הן לצורך ביטחוני והן לצורך מדיני.
אולם דעתו לא נתקבלה עקב שיקולים מדיניים.
הוא ראה בהסכם שביתת הנשק עם עבר הירדן טעות היסטורית ואובדן הזדמנות חד-פעמית, ולאחר שחרורו מהצבא טען: "ניצחנו במלחמה, אך הפסדנו את השלום".
עוד בינואר 1948 היה אלון שותף להקמת מפ"ם.
בעודו בתפקיד אלוף פיקוד דרום, לקח חלק פעיל מאוד במערכת הבחירות לכנסת הראשונה בינואר 1949 והופיע באסיפות בחירות לבוש מדים.
במהלך מערכת הבחירות הציג בפני הציבור את עיקרי הוויכוח על כיבוש יהודה ושומרון.
בתגובה לכך, כתב ראש הממשלה לרמטכ"ל ב-17 בינואר, כי אין מפקד צבאי רשאי לדון באספות "על פקודות צבאיות שניתנו לו", ולמחרת כתב הרמטכ"ל לאלון: "חרגת מהמסגרת המותרת לקצין בצבא הגנה לישראל".
באספת בחירות של מפ"ם ב-21 בינואר, השיב על כך אלון, כי הלוחמים עצמם "זכאים וחייבים לחוות את דעתם, באשר יודעים הם ורוצים לדעת על מה הם נלחמים".
מערכת הבחירות נמשכה שלושה שבועות ואלון היה בה מאוד פופולרי, אולם הוצב רק במקום ה-58 הסמלי ברשימת מפ"ם, מקום אחד מתחת ליצחק שדה.
במרץ 1949, בעקבות הישארותה של מפ"ם באופוזיציה, התעמת אלון באופן פרטי עם ראשי המפלגה בצריף של יצחק טבנקין בעין חרוד.
הוא ביקר קשות את חבריו לתנועה, בשל אחיזתם באידאולוגיה פרו-קומוניסטית, והודיע להם על החלטתו לפרוש מהמפלגה.
לאחר סיום מלחמת העצמאות המשיך אלון לשרת כמפקד פיקוד הדרום עוד מספר חודשים.
בספטמבר 1949 הפקידו יגאל ורות את בתם נורית במוסד חינוכי באברדין, סקוטלנד.
משם המשיך אלון לסיור היכרות מקצועי בלונדון ולאחר מכן לסיור צבאי בפריז, ובין היתר סייר גם ביחידות הצבא הצרפתי באלג'יריה.
ב-10 באוקטובר, בזמן שהותו בצרפת, נודע לו על מינוי משה דיין במקומו למחליפו כמפקד פיקוד דרום.
הייתה זו הדחה שהגיעה ישירות מבן-גוריון.
ב-14 באוקטובר התקיים כינוס המוני שנכחו בו כ-25,000 אזרחים, שחלקו כבוד לכ-6,000 אנשי פלמ"ח, שהגיעו בעצמם לכינוס, בניגוד להוראתו המפורשת של ראש הממשלה ושר הביטחון בן-גוריון.
יצחק שדה, לעומת זאת, דרש מאלון לחזור לישראל ולהשתתף בכינוס, אולם אלון בחר להמשיך בביקורו הרשמי בצרפת.
בסוף נובמבר חזר אלון לישראל.
הוא התלבט אם לעזוב את הצבא, ובשתי פגישות שקיים עם בן-גוריון בסוף דצמבר, הובהר לו, לטענתו, שראש הממשלה חושד במפלגה שהשתייך אליה, מפ"ם, ב"אי-נאמנות למדינה" וכי עליו להתנער ממנה אם ברצונו להמשיך בצבא.
אלון העדיף לפרוש מהצבא מאשר להתנכר לאנשי הקיבוץ המאוחד.
בן-גוריון העריך מאוד את יכולותיו הצבאיות של אלון, אך גם ביקר אותו על כך שלא תמיד קיבל את מרותו ואת מרות המטכ"ל, ולפעמים "עשה דין לעצמו".
אלון התעמת עימו לא פעם, למשל בהגנתו על כמה ממפקדי הפלמ"ח שבן-גוריון ביקש להדיחם.
בן-גוריון גם חשד בו שלא תמיד שיתף את הפיקוד העליון בתוכניותיו הצבאיות והעדיף לדווח לאנשי מפלגתו על פניו, וכן חשד שהוא קידם מפקדים בהתאם להזדהותם הפוליטית עם מפ"ם.
צמרת הצבא הפכה למורכבת מאנשי מפא"י (כגון דיין) ומאישים בלתי-מפלגתיים.
ב-26 בדצמבר 1949 שלח אלון לרמטכ"ל יגאל ידין מכתב התפטרות מהצבא, ועם שחרורו מצה"ל שב לגינוסר.
בתחילת אוקטובר 1950 החל אלון ללמוד היסטוריה ופילוסופיה באוניברסיטת אוקספורד.
בשנת הלימודים הראשונה התגורר בלונדון ובשנה השנייה עבר לאוקספורד עצמה.
בתקופה זו גם כתב את חלקו ב"ספר הפלמ"ח".
בתום השנה הראשונה קבעה האוניברסיטה את מעמדו כ"סטודנט בכיר".
את השנה השנייה סיים בהצטיינות, אולם בספטמבר 1952 שב לישראל.
מלחמת העצמאות הקנתה לאלון פופולריות רבה בציבור, בייחוד בקרב בני הדור הצעיר של שנות המדינה הראשונות, "דור תש"ח", שרבים מהם ראו בו את נציגם בהנהגה הפוליטית וציפו ממנו לגדולות.
הוא חזר לגינוסר והשתלב בפעילות פוליטית במוסדות הקיבוץ המאוחד ובפטרונו הפוליטי, "אחדות העבודה", שהייתה אז חלק ממפלגת מפ"ם.
אלון הצטרף למזכירות הקיבוץ המאוחד, איתו הזדהה עוד כשהוביל לצירוף גינוסר אליו ב-1939 ולאורך שנותיו הביטחוניות, ובייחוד הזדהה עם ראשיו, יצחק טבנקין וישראל גלילי (שאלון היה תחת פיקודו ב"הגנה" לאורך שנים רבות).
אלון ומרבית אנשי "אחדות העבודה" התקשו להתיישר לפי הקו היוני של מפ"ם.
הם לא אהדו את ברית המועצות, היו אקטיביסטים מבחינה ביטחונית, הטיפו למדיניות של נקיטת יד קשה כנגד מדינות ערב בנוגע לאיומים על ישראל ועל גבולותיה, ולמדיניות של אי-התערבות במאבק בין הגושים, צעד שימנע מישראל הסתבכות ב.
בכלכלה הם היו קרובים למפ"ם בתמיכה בקו סוציאל-דמוקרטי מלא.
כאשר אלון הגיע למסקנה כי אין הצדקה לקיומה של מפ"ם המאוחדת, היה מיוזמי התפלגות "אחדות העבודה" ממנה.
ההגמוניה של "השומר הצעיר" בעיתון המפלגתי המשותף "על המשמר" הביאה להחלשת קולה של "אחדות העבודה" בו.
בעקבות זאת, החליטה מזכירות "הקיבוץ המאוחד", בהובלת אלון, להוציא ביטאון פוליטי סדיר של "אחדות העבודה" ובאפריל 1954 הוא החל בהכנות המעשיות להוצאת "למרחב".
צעד זה גרם להגשת אולטימטום מצד יריביו במפ"ם.
ב-20 באוגוסט כתב אלון במאמר מערכת כי "נפל הפור" והטיל את האחריות לפילוג על "השומר הצעיר".
ב-1954 היה אלון ממובילי פירוק מפ"ם הגדולה, לטובת הקמתה המחודשת של אחדות העבודה - פועלי ציון, שהפכה למפלגה עצמאית ואלון שימש כמזכ"ל שלה.
לאחר "פעולת עזה" פרסם אלון ב"למרחב" ב-4 במרץ 1955 את עקרונותיו הצבאיים-מדיניים: מדינות ערב נמצאות "במצב לחימה" עם ישראל, ומצב זה הופך כל פעולה צבאית ישראלית ללגיטימית, הן מבחינה מוסרית והן מבחינת המשפט הבין-לאומי.
בניגוד לאומות אחרות, לעם היהודי בישראל אין את האפשרות להיות מובס במלחמה, משום שמשמעותה של תבוסה תהיה כיליון.
המסקנה מכך היא שעל ישראל ליזום מלחמה ולא להסתפק ב"התגוננות פעילה" כפי שצה"ל נקט בפעולה בעזה.
בשנת 1955 נבחר אלון ל מטעם "אחדות העבודה" ושימש כחבר בוועדת החוץ והביטחון.
לאחר פרסום עסקת הנשק הצ'כוסלובקית-מצרית בספטמבר 1955 החל הציבור הישראלי לתרום מכספו למען קניית נשק לישראל.
כדי לארגן ולעודד את זרם התרומות, הוקם "הוועד הציבורי לקרן המגן", ואלון היה אחד מ-16 אישי הציבור שהובילו אותו.
בכנסת פעל אלון בוועדת הכלכלה, בוועדת החינוך והתרבות ובוועדת החוקה, חוק ומשפט.
הוא היה נואם מבוקש לאספות בחירות והביא אליהן קהל רב, אם כי הומוגני יחסית.
הוא זכה לפופולריות רבה בקרב ילידי ארץ ישראל, אך למרות ניסיונותיו לא הצליח לחדור ללבם של העולים החדשים יוצאי מדינות ערב, שפחות הכירו אותו כאיש צבא, או שלא הזדהו עם האידאולוגיה שהציג.
באוקטובר 1955 יצא אלון לסיור של חודש במערב אירופה.
אנשי "המגבית המאוחדת" סברו שאלון חזק בהסברה מדינית לצורך דיפלומטיה וגיוס כספים.
בפברואר 1956 השתתף בצילומי סרט תיעודי על ישראל, של העיתונאי האמריקאי המפורסם, אד מורו, ומספר ימים לאחר מכן יצא לביקורו הראשון בארצות הברית.
במהלך ביקורו השתתף בריאיון טלוויזיוני בהנחיית מורו, בו התעמת, באמצעות שני מסכים, עם מוחמד חסנין הייכל, עורך העיתון המצרי "אל-אהראם".
הסיור בארצות הברית נמשך כחודשיים, עד תחילת מאי, ומשם המשיך למשימות הסברה והתרמה בדרום אפריקה וביוני 1956 שב לישראל.
באוקטובר 1956, שבוע לפני פרוץ מבצע קדש, הצטרף למשלחת חברי כנסת ליוגוסלביה, שנפגשה בין השאר עם טיטו.
מייד עם שובו בנובמבר, לאחר תום המלחמה, יצא בהוראת שרת החוץ גולדה מאיר לשליחות מדינית לאנגליה, בשל הקשרים שפיתח עם מפלגת הלייבור, ועסק בהסברה ובגיוס כספים ל"מגבית החירום".
בלונדון הציע להבדיל בין מדבר סיני לרצועת עזה וטען כי "אין היא פחות אדמת ישראל מאשר תל אביב עצמה".
בתחילת דצמבר טען בכינוס מועצת ההסתדרות כי מבצע סיני "לא היה מלחמת מנע ואף לא מלחמה יזומה", אלא "מבצע התגוננות מובהק".
כנץ פוליטי, התנגד אלון יחד עם אנשי מפלגתו לנסיגת צה"ל מסיני והיה ממובילי הפגנת המונים ב-1957 כנגד הנסיגה, אולם למרות התנגדות זו, החליטה מפלגתו להישאר בממשלה.
ביולי-אוגוסט 1957 השתתף אלון בסמינר קיץ של "בית הספר הבין-לאומי של אוניברסיטת הרווארד" בארצות הברית, בניהולו של הד"ר הנרי קיסינג'ר.
בסמינר השתתפו עשרות מנהיגים צעירים מרחבי העולם.
באוקטובר 1958 הוקמה "מפלגת העבודה הערבית", שהוגדרה כמפלגת-אחות של "אחדות העבודה", אך בפועל מפלגה גרורה שלה.
באופן בלתי רשמי, היה אלון אחראי למפלגה הערבית מטעם הנהגת "אחדות העבודה".
בתחילת ינואר 1959 הגיע אלון לביקור בהודו.
הוא קיים בה פגישות רבות, שהחשובות שבהן היו עם ראש ממשלת הודו ג'ווהרלל נהרו, מספר שרים בכירים, הרמטכ"ל, סגן הנשיא, יושב ראש הפרלמנט, מנהיג המפלגה הסוציאליסטית ועם אינדירה גנדי, בתו של ראש הממשלה.
העיתון הקומוניסטי בהודו הציג את אלון כאחראי לליבוי המלחמה עם הערבים ב-1948 וכחבר בהנהגה הסודית של הפרוטוקולים של זקני ציון.
בשנת 1960, רק מספר חודשים לאחר שהכנסת הרביעית החלה לפעול, הודיע אלון על פרישתו ממנה ויצא שוב לאוניברסיטת אוקספורד, שם למד פילוסופיה, פוליטיקה וכלכלה.
בשנת 1961 שב אלון לישראל.
בבחירות בנובמבר שנה זו קיבלה מפלגת אחדות העבודה 8 מנדטים בלבד ואלון חזר לכהן כחבר כנסת מטעם מפלגתו.
הוא הצליח לחבור לאשכול ולהצטרף לממשלת בן-גוריון התשיעית כגורם משמעותי, זאת בניגוד לרצונו של בן-גוריון ליצור קואליציה עם הליברלים.
המשרד, שהיה מופרד ממשרד הסעד, התמקד בזכויות עובדים, כמו מתן פיצויי פיטורים, ובמציאת עבודה לעולים החדשים.
מלבד זאת, היה חבר גם ב"ועדת השרים לענייני פנים ושירותים" וב"ועדת השרים למינויים בשירות חוץ".
אלון לא השלים עם היותו חבר במפלגה קטנה יחסית, וחשב שהשפעה אמיתית על המדינה והחברה הישראלית יכולה להיעשות רק כחלק ממפלגה גדולה, שתאחד את כל מפלגות הפועלים הציוניות.
אחרי פרישת בן-גוריון מהממשלה, ביוני 1963, המשיכו אלון וישראל גלילי את המאבק בתוך מפלגתם לאיחוד הסיעה עם מפא"י לקראת ריצה משותפת לכנסת לקראת הבחירות לכנסת השישית ב-1965. מאמציהם נתקלו בהתנגדות מצד קבוצת ותיקי המפלגה בראשות יצחק טבנקין, שהציבה תנאים מוקדמים לאיחוד שכזה.
מאבק זה כמעט ופילג את המפלגה, עד שבשנת 1965 אכן התבצע האיחוד (במקביל להקמת מפלגת רפ"י ופרישת אנשיה ממפא"י) והוקמה סיעת המערך (אז הוא נודע בשם "המערך הזוגי"), שהשתתפה באותה שנה בבחירות לכנסת השישית.
בממשלה שהוקמה לאחריהן, בראשותו של לוי אשכול, המשיך אלון לכהן כשר העבודה.
הוא גם תפקד על תקן הביטחוניסט של הממשלה, היה שותף לוועדת השרים לענייני ביטחון, וקולו בתחום המדיני-ביטחוני תפס מקום חשוב בישיבות הממשלה.
אלון כיהן כשר העבודה בשנים 1961–1968. ביולי 1965 הניח הצעת חוק בנושא ה"קואופרציה" – אחריות משותפת לתעשייה ולעבודה, אולם היא נתקלה בהתנגדות מצד תנועת המושבים ולא התקבלה.
אחד מהישגיו כשר העבודה היה הסכם העבודה הקיבוצי בין ההסתדרות הכללית להתאחדות התעשיינים, שנחתם בינואר 1967. בשנת 1968 הגיש כשר העבודה את הצעת חוק בתי הדין לעבודה וזו אושרה בתחילת 1969.
ב-10 במאי 1967 הגיע אלון לביקור בברית המועצות, בראש משלחת לכנס של "ארגון הביטוח הסוציאלי העולמי" שהתקיים בלנינגרד כחלק מאירועי ציון 50 שנה ל.
אלון הגדיר את הביקור כ"אחת מחוויות החיים העזות" שלו.
הוא נפגש עם יהודים מקומיים, שקראו לעברו "יחי הפלמ"ח" ו"תחי מדינת ישראל", הוא ערך ביקורים בבתי הכנסת ונתכבד בפתיחת ארון הקודש.
ב-18 במאי ביקר עם אשתו בטביליסי, בירת גאורגיה, בה נערכה תערוכה חקלאית, ב-20 במאי ביקרו במוסקבה, שם נפגש עם סגן שר החוץ הסובייטי ולדימיר סמיונוב ולמחרת ביקרו בריגה.
ב-24 במאי, בעקבות מברק בהול שקיבל מהשר גלילי על רקע ההידרדרות במצב הביטחוני, שב לישראל ולמחרת ערך סיור ביחידות צה"ל בדרום ישראל יחד עם ראש הממשלה לוי אשכול והרמטכ"ל יצחק רבין.
בתקופת ההמתנה שלפני מלחמת ששת הימים, עם עליית המתיחות הביטחונית בעיקר מול מצרים, רבו גם הגישושים הפוליטיים.
רבים במערכת הפוליטית סברו שראש הממשלה אשכול צריך לפנות את תיק הביטחון, שאותו החזיק, לאישיות ביטחונית, שתוכל לעמוד בפרץ אם וכאשר תפרוץ מלחמה.
אלון שהה באותו זמן בברית המועצות, וישראל גלילי הפעיל את השפעתו למנות אותו לתפקיד, ואף נפגש בעניין זה עם אשכול.
ואולם מינויו של משה דיין, רמטכ"ל הניצחון של מלחמת סיני, נראה נכון יותר בעיני ראש המפד"ל, משה חיים שפירא, שאיים בפרישת המפד"ל אם לא תקום ממשלת אחדות הכוללת את מינויו של דיין לשר ביטחון.
אליו הצטרפו סיעות רפ"י, גח"ל ול"ע, שעמדו להצטרף לקואליציה ותמכו בדיין, אשר זכה גם לתמיכה ציבורית גדולה.
למרות זאת, שרי מפא"י החליטו על מינוי של אלון לשר ביטחון ושדיין ימונה כבכיר בפיקוד דרום.
אולם הלחצים להקמת ממשלת ליכוד לאומי הכריעו לבסוף את הכף במזכירות מפא"י לטובת דיין, ואלון נאלץ להסיר את מועמדותו לתפקיד שבו חשק.
בימים שקדמו למלחמה, לקח חלק פעיל בפעילות ההסברה הרשמית של הממשלה לציבור.
במהלך המלחמה היה אלון חבר ב"וועדת השלושה", לצד יגאל ידין ומשה דיין, שתפקידה היה לשמש "ועדה מייעצת לראש הממשלה" והיא אפשרה לו גישה חופשית ל"בור" ול.
במהלך המלחמה האיץ אלון בממשלה, יחד עם מנחם בגין, להחלטה על כיבוש מזרח ירושלים בפריצה מיידית אל העיר, בניגוד לעמדת דיין, שרצה לעשות איגוף דרך רמאללה או יריחו עד להפלת העיר.
לאחר המלחמה טען כי אלמלא היסוסי הדרג המדיני, ניתן היה לקצר את המלחמה ולהגיע להישגים טובים עוד יותר, בעיקר באמצעות מתקפה מיידית בחזית הסורית.
בזמן המלחמה סבר אלון כי מדובר בהזדמנות מצוינת לשינוי יסודי של הגבולות המדיניים, באמצעות תמיכה בהקמת מדינה דרוזית שתקום בהר הבשן ו"תהווה מעין מדינת חיץ בין סוריה, ירדן וישראל".
לאחר סיום המלחמה, ב-19 ביוני 1967, הצביע בעד "ההחלטה הסודית" שקיבלה ממשלת ישראל, שהציעה חוזה שלום עם סוריה על בסיס הגבול הבין-לאומי.
החלטה זו לא נועדה לשרטט את גבולות מדינת ישראל, אלא להוות תשובה ללחץ אמריקאי עתידי.
מאוחר יותר, ב-1979, כינה אותה אלון "אווילית".
על אף שתמך בהחלטה זו, המליץ לאשכול לאחר המלחמה "להחיל את המשפט הישראלי על רמת הגולן".
הוא הסביר כי בחר במילה "משפט" ולא "ריבונות", מתוך רצון להפחית את ההתנגדות הצפויה בממשלה.
להצעתו זו התנגדו שר החוץ אבא אבן ושר הביטחון דיין.
כעבור שנה הציע זאת רשמית במכתב לראש הממשלה, שבו ביקש להעלות את הנושא לדיון ולהצבעה בממשלה.
לוי אשכול סירב אפילו לקיים דיון, מכיוון שחשש שדיון על ריבונות יחבל במאמץ ההתיישבותי.
מייד אחרי מלחמת ששת הימים הציע אלון לרכוש שטחים במזרח ירושלים, כדי שלמדינת ישראל יהיו בה "גם ריבונות וגם בעלות".
זמן קצר אחר כך החליטה ממשלת ישראל לשקם את הרובע היהודי ב בירושלים ולהקים בו יחידות דיור במהירות האפשרית.
בין היתר קודמה תוכנית להקים מספר דירות שרד לשרי הממשלה.
בפועל, אלון היה הפוליטיקאי היחיד שעבר לגור ברובע, בבית שתוכנן ועוצב עבורו.
בישיבת "ההחלטה הסודית" של ממשלת ישראל ב-19 ביוני 1967, טען אלון כי לא רק אסטרטגיה צבאית אלא "גם מדיניות חוץ חייבת להיות דינמית" וכי יש לקבוע בשטחים שנכבשו "עובדות חוקיות והתיישבותיות".
בהתאם לכך, הציע "לחבר למדינת ישראל, נוסף לירושלים רבתי, את כל הר חברון לרבות הערבים שבה, במעמד דומה לערביי הארץ".
הוא טען כי הדבר נחוץ "כדי להרחיב טריטוריה" ולהבטיח את עתידה של ירושלים, כמו גם את "השליטה על חוף ים המלח, עד צפון ים המלח".
כמו כן, הציע להכליל "את בקעת הירדן מעמק בית שאן ועד ים המלח", כדי ליצור "רציפות טריטוריאלית בין צפון הארץ ודרומה לא רק לאורך החוף אלא גם בבקעת הירדן, ברוחב סביר שיהיה בו מספיק כדי להוות חגורה ביטחונית".
הוא טען שעובדות התיישבותיות נחוצות, "כי עוד לא החזקנו בשטח אם לא יישבנו אותו".
ב-13 ביולי 1967 הציג אלון לממשלה תוכנית מדינית לעתיד השטחים, שנודעה בשם "תוכנית אלון".
התוכנית הציעה שחלק מהאזורים שנכבשו במלחמה – ירושלים, גוש עציון ובקעת הירדן – יסופחו לישראל ויוקמו בהם יישובים יהודיים, ואילו בשטח צפוף האוכלוסין בשדרת ההר, הכולל את הערים הפלסטיניות הגדולות, יקום ממשל שייקבע על ידי תושביהם הפלסטינים או יוחזר לירדן.
אף על פי שתוכנית זו לא דיברה על מדינה פלסטינית אלא על אוטונומיה, כמעין פשרה בין הדוגלים בארץ ישראל השלמה לבין הדוגלים בהחזרת כל השטחים, היא סימנה שינוי מדיניות אצל אלון, שנחשב עד אז כאקטיביסט וכנץ פוליטי.
בדצמבר 1967 פנו אל אלון חברי תנועת הנוער "המחנות העולים" בבקשה ליישב מחדש את "בית הערבה", שפונה ב-1948, אולם אלון התנגד להתיישבות באותה נקודה, משום שזו הייתה מביאה ל"חסימת הפרוזדור" המתוכנן (בתוכנית אלון) שבין עמאן לרמאללה.
ואכן, חברי בית הערבה לא שבו לנקודה שננטשה ב-1948. זמן מה לפני חג הפסח תשכ"ח (1968), פנה אל אלון הרב משה לוינגר בבקשה לאשר לקבוצת יהודים לערוך את החג במלון פארק בחברון.
אלון הסכים לכך בתנאי שיסכים לכך גם המושל הצבאי.
לאחר קבלת ההסכמה, סייע אלון לקבוצה בעזרת תקציב משרד העבודה וגם ביקש מחנן פורת לצייד אותה בנשק.
הייתה זו תחילתו של חידוש היישוב היהודי בחברון.
בדצמבר 1968 הציע אלון להקים יישובים כפריים לאורך הבקעה ובגוש עציון, להקים בין יריחו לרמאללה] את "יריחו עלית" ובין ים המלח לחברון את "קריית חברון", וליצור רצף טריטוריאלי בין ירושלים לגוש עציון.
כמו כן, הציע להקים יישובים ישראלים בסיני ולהקים ברמת הגולן עיר ישראלית.
אלון סבר כי ירושלים זקוקה ל"הינטרלנד", יישובים יהודיים "המתחברים עם ים המלח ומדבר יהודה".
הוא היה מתוסכל מאוד מאי קבלת תוכניתו בממשלה, ואף רצה ב-1968 להתפטר מתפקידו ולחזור לגינוסר, בטענו: "לא הצלחתי לכבוש את המפלגה והקיבוץ המאוחד לדעותי.
נכשלתי ברכישת האמון של שותפינו למערך", אך חזר בו לבסוף.
למתנגדיו הפוליטיים נהג לומר: "אתם עוד תתגעגעו לתוכנית אלון".
אלון לא הצליח לגבש לתוכניתו רוב בממשלה והיא לא הובאה לאישורה, אך הייתה לה השפעה על מיקום ההתנחלויות בשטחים, שנפרסו בתמיכת אלון על פי גבולות תוכנית זו, עד לעליית הליכוד לשלטון ב-1977.
לאור הצלחת האיחוד הפוליטי של "המערך הזוגי", פעל אלון במרץ לאיחוד המערך עם רפ"י להקמת מפלגת העבודה בינואר 1968 ונמנה עם ראשיה.
ביוני אותה שנה הוקם משרד הקליטה ואלון כיהן כשר הקליטה מ-1 ביולי 1968 ועד 15 בדצמבר 1969. ביום מינויו לתפקיד זה, מונה גם לתפקיד סגן ראש הממשלה.
ב-9 בספטמבר 1968, במהלך ביקור בארצות הברית, נפגש אלון עם נשיא ארצות הברית לינדון ג'ונסון, ולמחרת נפגש עם מזכיר המדינה דין ראסק.
ב-27 בספטמבר 1968 השתתף לראשונה בלונדון במפגש של בכירים ישראלים עם חוסיין, מלך ירדן וראש ממשלתו, זיד א-ריפאעי.
בפגישה זו, בה החזיק על גופו מכשיר הקלטה, הציג אלון את עיקרי תוכניתו, אולם על פי עדותו של חוסיין, הוא דחה את התוכנית "על הסף".
עד מותו נפגש אלון עם המלך שמונה פעמים.
ראש ממשלת ישראל בפועל (1969)
כל אחד מהם אף גיבש מחנה סביבו, אך שניהם נאלצו לדחות את מאבק הירושה.
אלון לא הצליח לגבש אחריו את ותיקי מפא"י, בין היתר מפני שעדיין נחשב נטע זר שלא צמח במפלגה, וכן הייתה צפויה לו התנגדות תקיפה של אנשי רפ"י.
פנחס ספיר העלה את שמה של גולדה מאיר כמועמדת לראשות הממשלה והצליח לשכנע את אנשי המפלגה לתמוך בה.
לאחר הבחירות לכנסת השביעית באוקטובר 1969, התמנה אלון לתפקיד שר החינוך בממשלת גולדה מאיר ושמר על תוארו כסגן ראש הממשלה.
בדצמבר 1969 העמידה אותו הממשלה בראש ועדת השרים להתיישבות, אולם כעבור ארבעה חודשים פרש מתפקידו זה וישראל גלילי תפס את מקומו.
כשר החינוך, דגל אלון בהעמקת האינטגרציה בקרב תלמידים מאוכלוסיות שונות, ולשם כך הרחיב מאוד את גני הילדים בגיל הרך, תמך בפתיחת חטיבות ביניים ובהרחבת אפשרויות הבחירה של התלמידים לבחירת מקצוע לימוד לבחינות הבגרות.
כמו כן, קידם באופן משמעותי את מפעל המתנ"סים שראשיתו הייתה בימי קודמו, זלמן ארן.
ב-20 במרץ 1973 ניהל אלון את ישיבת הממשלה עקב נסיעת ראש הממשלה לארצות הברית, והתקבלה ההחלטה שהציע על הקמת "השירות לשמירת איכות הסביבה", שתפקידו היה לרכז מידע, לייעץ למשרדי הממשלה ולגופי התכנון ולהגיש דו"ח שנתי לממשלה על מצב איכות הסביבה.
בקיץ 1973 אירח אלון, לבקשתה של ראש הממשלה, את קנצלר גרמניה וילי ברנדט בגינוסר.
אלון, שהעיד על עצמו שחש עוינות כלפי גרמניה, סיפר מאוחר יותר כי בביקור זה "עבר את הרוביקון" בנוגע ליחסו והתנהלותו כלפי גרמניה.
לאחר מכן, בתקופת היותו שר החוץ, כבר היה מנוע לגמרי מ"להחרים את גרמניה".
מעמדו הפוליטי של אלון התחזק בממשלה, וגולדה מאיר הרבתה להתייעץ איתו ועם גלילי בענייני ביטחון.
הוא הפעיל את השפעתו על מהלכים שונים, כמו בחירת הממשלה בדוד אלעזר לרמטכ"ל בניגוד לרצון שר הביטחון דיין, וכחבר בקבינט הביטחוני השתתף בכל ההכרעות הביטחוניות שקדמו למלחמת יום הכיפורים ואלה שהתקבלו בזמן המלחמה.
עוד לפני המלחמה היה אלון ער לסכנה שהפסקת האש עם מצרים היא זמנית וקרא ב-1972 לפתוח במשא ומתן עימה בשני ערוצים מקבילים, להסדר חלקי ולהסדר כולל, אך כמו דיין ואחרים, גם הוא חשב שאין למצרים אופציה צבאית מיידית לפתוח במלחמה.
אלון לא צבר לעצמו בסיס תמיכה חזק במפלגתו, ובמאבק הירושה שהתפתח עם התפטרותה של גולדה מאיר ב-1974 הסתבר שוותיקי המפלגה העדיפו לתמוך ברמטכ"ל הניצחון של ששת הימים, יצחק רבין, ולא בו.
הדבר היווה מכה קשה עבורו, בייחוד עקב היותו של רבין בן טיפוחיו בפלמ"ח, אך הוא נרתם לסייע לרבין במרכז המפלגה.
לאחר היבחרו של יצחק רבין לראשות הממשלה, הִתנו אנשי רפ"י לשעבר את תמיכתם בממשלה במינויו של שמעון פרס לשר הביטחון, ואלון שוב נאלץ לוותר על תפקיד זה והתמנה לשר החוץ.
ב-3 באוקטובר 1974 נשא אלון בפני עצרת האו"ם את נאומו הראשון כשר החוץ, בו אמר כי "ישראל תהיה מוכנה לשקול בחיוב פשרה טריטוריאלית משמעותית".
ב-1975 מינה את חיים הרצוג לשגריר ישראל באו"ם, וב-1976 מינה את שלמה אבינרי למנכ"ל משרד החוץ – מינוי שעורר התנגדות חריפה בציבור ובממשלה, בשל השקפותיו ה"יוניות" של אבינרי.
כשר החוץ ניהל אלון, יחד עם רבין, את המגעים עם מזכיר המדינה האמריקאי הנרי קיסינג'ר להסדר ביניים עם מצרים, שהובילו בסופו של דבר להסכם הביניים בין ישראל למצרים בשנת 1975, שאִשרר את מחויבות שתי המדינות להמשך הפסקת האש ולפתרון הסכסוך ביניהן, וכלל נסיגה של צה"ל מרצועה צרה לאורך מפרץ סואץ.
ההסכם היווה נקודת מפנה במערכת היחסים עם מצרים.
אלון העיד שההסכם חשוב כשלעצמו, אך עיקר חשיבותו הוא בתרומתו הגדולה ליחסי ארצות הברית–ישראל, וכי הצליחו לסכל את הלחץ האמריקאי לוויתורים נוספים מצד ישראל (כנראה בנושא הגרעין) במסגרת הסכם הביניים.
אלון התנגד לביטול מדיניות העמימות הגרעינית של ישראל וכשר חוץ שיבח בינואר 1976 את "האמנה לפירוז" וכעבור זמן קצר הגיש למזכ"ל האו"ם הצעה ישראלית "לפירוז גרעיני של האזור".
מראשית כינון הממשלה העלה אלון על סדר היום את הבעיה הפלסטינית ותמך בהסדר הסיפוח החלקי עם ממלכת ירדן בהתאם לתוכנית אלון.
לאחר שהמלך חוסיין דחה את הצעתו להסכם ביניים עם ירדן ברוח זו, הוא חזר לתמוך בישות פלסטינית עצמאית באזורי הערים על מנת להרחיק את אש"ף מיהודה ושומרון, אך הממשלה לא אישרה זאת.
יחסיו של אלון עם רבין בתקופה זו ידעו עליות וירידות, לא תמיד התנהלו על מי מנוחות ואף לוו בהתנצחויות בדיוני הממשלה.
לאחר פלישת טורקיה לקפריסין, ביולי 1974, התנגד אלון למכירת נשק ליוון, בנימוק שבכוונת היוונים למסור אותו לידי קפריסין.
בספטמבר 1974 ביקר בישראל שר החוץ של רומניה גאורגי מקוביסקו .
במהלך הביקור אירח אותו אלון בגינוסר וגם בדירת השרד שלו בעיר העתיקה.
באוקטובר אותה שנה התארח בישראל שר החוץ של צרפת ז'אן סובאניארג, וגם אותו אירח אלון בגינוסר ואף ערך עימו שיט לילי על הכנרת.