Bản án số: 462/2025/HC-PT
Công ty Hạnh A
Số: 462
Ngày: 11/11/2025
Tòa án xét xử: Tòa Phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Thành phố Hồ Chí Minh
Cấp xét xử: Phúc thẩm

## Page 1

TÒA ÁN NHÂN DÂN TỐI CAO TÒA PHÚC THẨM TÒA ÁN NHÂN DÂN TỐI CAO TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Bản án số: 462/2025/HC-PT Ngày 11 – 11 – 2025 V/v: “Khiếu kiện quyết định hành chính”
CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự do – Hạnh phúc NHÂN DANH NƯỚC CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TÒA PHÚC THẨM TÒA ÁN NHÂN DÂN TỐI CAO TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
- Thành phần Hội đồng xét xử phúc thẩm gồm có:
Thẩm phán – Chủ tọa phiên tòa: Bà Huỳnh Thanh Duyên Các Thẩm phán: Ông Nguyễn Văn Tửu Ông Hà Huy Cầu
- Thư ký phiên tòa: Ông Nguyễn Tấn Duy Minh – Thư ký Tòa Phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Thành phố Hồ Chí Minh.
- Đại diện Vi ện Công t ố và Kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh tham gia phiên tòa: Ông Nguyễn Vi Dũng – Kiểm sát viên.
Ngày 11 tháng 11 năm 2025, tại trụ sở Tòa Phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Thành phố Hồ Chí Minh xét xử phúc thẩm công khai vụ án hành chính thụ lý số 53/2025/TLPT -HC ngày 01 tháng 10 năm 202 5 về việc “Khiếu kiện quyết định hành chính trong lĩnh vực thuế”.
Do Bản án hành chính sơ thẩm số 157/2025/HC -ST ngày 14 tháng 5 năm 2025 của Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh bị kháng cáo.
Theo Quyết định đưa vụ án ra xét xử phúc thẩm số 1831/2025/QĐP T ngày 31 tháng 10 năm 2025, giữa các đương sự:
- Người khởi kiện:
Công ty TNHH T3 . Địa chỉ: Số B N, phường Đ, Quận A, Thành phố Hồ Chí Minh (nay là Phường S, Thành phố Hồ Chí Minh).
Người đại diện theo pháp luật: Bà Trần Thị H . Địa chỉ liên lạc: H H, Phường B, quận P, Thành phố Hồ Chí Minh (nay là phường C, thành phố Hồ Chí Minh); vắng mặt.
Người đại diện theo ủy quyền : Ông Nguyễn Thanh L . Địa chỉ: 3 N, Phường E, Quận C, Thành phố Hồ Chí Minh (nay là phường B, Thành phố Hồ Chí Minh); có mặt.

## Page 2

- Người bị kiện:
Chi cục trưởng Chi cục T4, Thành phố Hồ Chí Minh. (Từ ngày 08/3/2025 Chi cục T4 là Đ theo Quyết định số 308/QĐ-CT ngày 08/3/2025 của Cục trưởng Cục Thuế Thành phố H).
Người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng: T Thành phố Hồ Chí Minh. Địa chỉ: H N, phường S, Thành phố Hồ Chí Minh.
Người đại diện theo ủy quyền của người bị kiện: Ông Đào Mộng L1 – Phó trưởng Thuế Cơ sở 1 Thành phố Hồ Chí Minh (có đơn xin vắng mặt).
Người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người bị kiện: Ông Nguyễn Hiền N – Tổ phó (có mặt).
- Người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan:
Cục trưởng Cục thuế Thành phố H (từ ngày 03/3/2025 Cục Thuế Thành phố H là Chi cục Thuế khu vực I theo Quyết định số 904/QĐ -BTC ngày 03/3/2025 của Bộ trưởng Bộ T5).
Người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng của người bị kiện: Trưởng Thuế Thành phố H ; địa chỉ: F V, phường A , thành phố T, Thành phố Hồ Chí Minh (nay là phường A, Thành phố Hồ Chí Minh); (vắng mặt).
- Người kháng cáo: Người khởi kiện Công ty TNHH T3.
NỘI DUNG VỤ ÁN:
* Theo đơn khởi kiện cùng các tài liệu, chứng cứ đã cung cấp, Người khởi kiện: Công ty TNHH T3 có người đại diện hợp pháp là bà Trần Thị H và Luật sư Nguyễn Thanh L trình bày:
Nguyên vào ngày 03/3/2021 giữa Công ty TNHH T3 (Công ty T3) và đại diện Chi cục T4 - Đội Kiểm tra thuế số 4 có lập Biên bản không số vi phạm hành chính về thuế với nội dung như sau: Chi cục T4 cho rằng việc Công ty T3 đã thực hiện hành vi vi phạm hành chính: kê khai thuế Giá trị gia tăng (GTGT)
đầu vào và kê khai chi phí tính thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của hóa đơn bất hợp pháp (hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014 của Công ty CP Đ1 - MST: 0304266964). Thế nhưng, Chi cục T4 không xem xét đến các ý kiến của Công ty T3 đã xuất hóa đơn GTGT đầu ra “khống” số 0000582 ngày 30/7/2014 cho Công ty CP Đ2 (P2) cũng sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, để giải quyết theo quy định pháp luật.
Sau đó, Chi Cục trưởng Chi cục T4 ban hành Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021 về “Xử phạt vi phạm hành chính về thuế” (gọi là Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021) với số tiền thuế truy thu và tiền chậm nộp như sau:
+ Truy hoàn tiền thuế GTGT số tiền 255.859.727 đồng;
+ Truy thu tiền thuế TNDN số tiền 432.485.573 đồng;
+ Tiền chậm nộp tiền thuế GTGT là 202.282.700 đồng;

## Page 3

3 + Tiền chậm nộp tiền thuế TNDN là 320.298.815 đồng;
Tổng số tiền truy thu và phạt chậm nộp là 1.210.926.815 đồng là không đúng quy định pháp luật đã xâm phạm đến quyền và lợi ích hợp pháp của Công ty T3. Nên Công ty đã có đơn khiếu nại lần đầu đến Chi cục trưởng Chi cục T4.
Ngày 10/6/2021 Chi Cục trưởng Chi cục T4 ban hành Quyết định số 18996/QĐ-CCT-KN “Về việc giải quyết quyết khiếu nại của Công ty TNHH T3 (Lần đầu)” (gọi là Quyết định số 18996/QĐ -CCT-KN ngày 10/6/2021). Theo đó, không công nhận đối với toàn bộ nội dung khiếu nại của Công ty.
Công ty T3 nhận thấy, Chi cục trưởng Chi cục T4 giải quyết khiếu nại không đúng sự thật khách quan của vụ việc, vô trách nhiệm trong việc giải quyết khiếu nại và không có căn cứ để giải quyết được quy định tại Luật khiế u nại năm 2011, cũng như Quyết định số 178/QĐ -TCT ngày 25/2/2019 của Bộ T5 về ban hành quy trình giải quyết đơn khiếu nại tại cơ quan thuế các cấp.
Vì vậy, ngày 03/7/2021 Công ty T3 có đơn khiếu nại lần 2 gửi đến Cục Thuế Thành phố H (Cục T) xem xét, giải quyết. Theo đó, Công ty T3 yêu cầu hủy quyết định hành chính số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021 và Quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu số 18996/QĐ -CCT-KN ngày 10/6/2021 của Chi cục trưởng Chi cục T4.
Sau đó, Cục T ban hành Quyết định số 16/QĐ -CT-KN ngày 17/3/2023 “Về giải quyết khiếu nại của Công ty TNHH T3 (lần hai)” (gọi là Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023). Theo đó, Cục T công nhận một phần nội dung đơn khiếu nại của Công ty T3 về không truy thu tiền thuế TNDN số tiền 432.485.573 đồng và không tính tiền chậm nộp của tiền thuế TNDN là 320.298.815 đồng. Riêng đối với tiền thuế GTGT và tiền chậm nộp tiền thuế GTGT giữ nguyên.
Ngày 07/4/2023 đại diện Công ty T3 đến Cục T để nhận Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023.
Trước tiên, Công ty T3 đồng ý Cục T công nhận một phần Đơn khiếu nại đối với việc không truy thu tiền Thuế TNDN và tiền chậm nộp tiền thuế TNDN.
Theo Quyết định số 16/QĐ -CT-KN ngày 17/3/2023 thì Cục Thuế Thành phố căn cứ vào Điều 7, Điều 30 và Điều 34 Luật Quản lý Thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006 và Luật Quản lý Thuế số 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012 của Quốc hội để bác một phần đơn khiếu nại của Công ty T3 đối với tiền truy hoàn thuế GTGT là 255.859.727 đồng và tiền chậm nộp tiền thuế GTGT là 202.282.700 đồng là không đúng quy định pháp luật về thuế GTGT.
Bởi vì:
Theo Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023 có đề cập đến Bản án số 517/2020/HS-ST ngày 23/12/2020 của Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh thì “Các bên Công ty T3, Chi cục T4 và Cục T đều thừa nhận là Công ty T3 xuất 01 tờ hóa đơn GTGT đầu ra “khống” số 0000582 ngày 30/7/2014 cho Công ty CP Đ2 (P2)” và đồng thời Công ty T3 đã mua 01 tờ hóa đơn GTGT đầu

## Page 4

4 vào “khống” số 0000451 ngày 27/8/2014 của Công ty CP Đ1 . Vì vậy, hóa đơn GTGT đầu ra và hóa đơn GTGT đầ u vào đều là “Khống”; Như vậy, tất cả các bên đều thừa nhận vấn đề này nên không cần chứng minh.
Công ty T3 phản đối và không đồng ý cách giải quyết khiếu nại của Cục T về truy hoàn tiền thuế GTGT, vì giải quyết khiếu nại không toàn diện, không giải quyết về thuế GTGT, không nêu căn cứ pháp lý nào của Luật thuế Giá trị gia tăng để chứng minh cho việc giải quyết khiếu nại đối với hóa đơn GTGT đầu ra số 0000582 ngày 30/7/20 14 “khống” và Cục T cũng không đề cập giải quyết đến việc loại trừ 02 hóa đơn “khống” kê khai thuế GTGT mà chỉ truy hoàn số tiền thuế GTGT là không đúng quy định pháp luật về thuế GTGT.
Căn cứ khoản 1 Điều 1 8 Mục 2 (Hoàn thuế) của Thông tư 219/2013/TT - BTC ngày 31/12/2013 của Bộ T5 về “Hướng dẫn thi hành luật thuế Giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ -CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng” có quy định như sau (hướng dẫn VD 73):
Hoàn thuế thuế GTGT = Thuế GTGT đầu ra của dịch vụ bán ra - Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.
Các hóa đơn GTGT khống như sau:
 Hóa đơn GTGT số 0000451 ngày 27/8/2014 số tiền 2.814.457.000 đồng có số thuế GTGT đầu vào là 255.859.727 đồng.
 Hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/7/2014 số tiền 3.411.779.217 đồng, có số thuế GTGT đầu ra là 341.177.922 đồng.
Do cả 02 hóa đơn đều là hóa đơn GTGT khống nên không được chấp nhận và không có giá trị pháp lý dùng để kê khai thuế GTGT theo quy định nên buộc phải loại trừ khỏi kê khai. Do đó, số tiền hoàn thuế:
(-341.177.922 đồng) - (-255.859.727 đồng) = -85.318.195 đồng.
Theo quy định nêu trên thì Chi cục T4 phải tiếp tục hoàn số tiền thuế GTGT cho Công ty T3 số tiền 85.318.195 đồng.
Như vậy, Chi cục trưởng Chi cục T4 ban hành Quyết định số 10354/QĐ - CCT ngày 1 6/6/2023 “Về việc sửa đổi Quyết định số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021” (gọi là Quyết định số 10354/QĐ -CCT ngày 16/6/2023) và Quyết định giải quyết khiếu nại lần 2 của Cục Thoàn thuế GTGT 255.859.727 đồng đối với hóa đơn đầu vào khống mà không xét loại trừ thuế loại trừ tiền thuế GTGT đầu ra 341.177.922 đồng là không khách quan; không công bằng và không đúng quy định của luật thuế GTGT.
Ngoài ra, Cục T đã mâu thuẫn trong việc giải quyết khiếu nại: Doanh thu thì được loại trừ khi xác định thuế TNDN, còn tiền thuế GTGT đầu ra hay còn gọi là tiền thuế GTGT của doanh thu đó thì không được loại trừ ra khỏi kê khai GTGT mà Cục T không chỉ ra căn cứ pháp lý nào để chứng minh cho việc không loại trừ thuế GTGT đầu ra khống này.

## Page 5

5 Tại sao tiền thuế GTGT đầu vào “khống” thì loại trừ để truy thu tiền hoàn thuế của Công ty, trong khi đó tiền thuế GTGT đầu ra cũng “khống” thì không được loại trừ ra để xác định tiền thuế GTGT còn được hoàn thuế GTGT tiếp hay không. Như vậy, có công bằng trong xử lý hành chính hay không. Hành vi giải quyết của Cục T xâm phạm đến quyền lợi hợp pháp của Công ty T3. Từ đó, Cục T làm trái với quy định pháp luật được quy định tại khoản 3 Điều 4 Luật Quản lý Thuế năm 2006 Nguyên tắc quản lý thuế: “Việc quản lý thuế phải bảo đảm công khai, minh bạch, bình đẳng; bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp của người nộp thuế”.
Từ những lập luận và các căn cứ pháp luật nêu trên, Công ty T3 đề nghị Tòa án xem xét:
-Hủy toàn bộ Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/03/2021;
-Hủy toàn bộ Quyết định số 18996/QĐ-CCT-KN ngày 10/6/2021;
-Hủy toàn bộ Quyết định số 10354/QĐ-CCT ngày 16/6/2023;
-Xem xét đối với quyết định hành chính có liên quan là Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023, chấp nhận một phần Quyết định số 16/QĐ -CT- KN ngày 17/3/2023 về thuế TNDN và tiền chậm nộp thuế TNDN; T1 không công nhận đối với tiền truy hoàn thuế GTGT và tiền chậm nộp thuế GTGT.
* Người bị kiện Chi cục trưởng Chi cục T4, Thành phố Hồ Chí Minh có ý kiến:
1. Chi cục T4 nhận được công văn số 13198/CT-TTKT2 ngày 08/10/2020 của Cục T về việc đề nghị xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với Công ty T3, MST: 0311208843, địa chỉ số B N, phường Đ, Quận A, Thành phố Hồ Chí Minh; Công ty CP Đ1 , MST: 0304266964, địa chỉ: sốC T, phường T, Quận G, Thành phố Hồ Chí Minh (nay là Công ty CP D1, địa chỉ: F H, Phường N, Quận A, Thành phố Hồ Chí Minh ) do Công ty không mua bán hàng hóa, dịch vụ nhưng vẫn xuất hóa đơn giá trị gia tăng có nội dung: ”Thanh toán phí dịch vụ tư vấn, môi giới bất động sản ”, cụ thể: Công ty CP Đ1 xuất 01 tờ hóa đơn GTGT cho Công ty T3 , MST: 0311208843 : Hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014, có giá trị: 2.814.457.000 đồng.
2. Việc xử phạt vi phạm chính về thuế:
+ Kê khai hóa đơn đầu vào: Công ty T3 là kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào và lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế (Quyết định hoàn thuế số 2836/QĐ -HT ngày 22/12/2014 của Chi cục T4 ) của hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014 do Công ty CP Đ1 –mã số thuế 0304266964 xuất. Theo kết quả điều tra của Cơ quan Công an thì Công ty CP Đ1 đã xuất hóa đơn khống cho Công ty T3. Đồng thời, Công ty T3 cũng đã kê khai hóa đơn này vào chi phí hợp lý khi xác định thuế TNDN năm 2014 trên Báo cáo thuế năm 2014.
+ Tài liệu đầu vào gồm: Hợp đồng dịch vụ tư vấn số 02TV/2014/HA -DH ngày 30/7/2014, nội dung tư vấn và giới thiệu khách hàng nhận chuyển nhượng văn phòng, hóa đơn GTGT số 0000451 ngày 27/8/2014, phí dịch vụ giới thiệu

## Page 6

6 khách hàng theo HĐ số 02TV/2014/HA -DH, tiền dịch vụ 2.558.597.273 đồng, thuế GTGT 255.859.727 đồng, tổng tiền thanh toán 2.814.457.000 đồng.
+ Kê khai hóa đơn đầu ra: liên quan đến hóa đơn đầu vào trên Công ty T3 có ký Hợp đồng dịch vụ tư vấn số 02/2014/HA ngày 22/7/2014 với Công ty CP Đ2 (P2), mã số thuế 0305284081 và thực hiện xuất khống hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/7/2014, nội dung ghi trên hóa đơn có cùng nội dung với hóa đơn đầu vào 0000451, trong đó tiền dịch vụ bán ra 3.411.779.217 đồng, thuế GTGT 341.177.922 đồng, tổng tiền thanh toán 3.752.957.139 đồng.
Ngày 03/3/2021, Chi cục T4 đã lập Biên bản vi phạm hành chính với đại diện pháp luật Công ty T3, hành vi hành chính vi phạm: Kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào và kê khai chi phí tính thuế TNDN của hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014 do Công ty CP Đ1 – mã số thuế 0304266964 xuất.
Vi phạm quy định tại:
+ Điều 17 Luật Quản lý Thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019;
+ Điều 8, Điều 9 Luật Thuế TNDN số 14/2008/QH12 ngày 03/6/2008;
+ Điều 12 Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008;
+ Điều 20 Nghị định số 51/2010/NĐ -CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ;
Quyết định về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế số 921/QĐ -CT ngày 03/3/2021, số tiền thuế GTGT truy thu 255.859.727 đồng, số tiền thuế TNDN truy thu 432.485.573 đồng, số tiền chậm nộp 522.581.515 đồng. Không xử phạt hành vi kê khai sai về thuế GTGT do đã quá thời hiệu xử phạt (5 năm).
Không xử phạt đối với hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp (phát sinh năm 2014) do đã quá thời hiệu xử phạt.
3. Công ty T3 khiếu nại lần đầu:
Công ty T3 khiếu nại Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021.
Nội dung khiếu nại: Số thuế GTGT, thuế TNDN truy thu và tiền chậm nộp đối với việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế của hành vi kê khai thuế GTGT đầu vào và kê khai chi phí tính thuế TNDN của hóa đơn bất hợp pháp (hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014 của Công ty CP Đ1 – mã số thuế 0304266964). Biên bản vi phạm hành chính do Chi cục T4 lập ngày 03/03/2021.
Quyết định số 921/QĐ -CT ngày 03/3/2021, số tiền thuế GTGT khiếu nại 255.859.727 đồng, số tiền thuế TNDN khiếu nại 432.485.573 đồng, số tiền chậm nộp liên quan đến số thuế GTGT, TNDN truy thu khiếu nại 522.581.515 đồng.
Giải quyết khiếu nại lần đầu:
Căn cứ quy định tại: Điều 17 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019; Điều 8, Điều 9 Luật Thuế TNDN số 14/2008/QH12 ngày 03/6/2008;
Điều 12 Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008; Điều 20 Nghị định số 51/2010/NĐ -CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ; Khoản 1 Điều 8 Nghị định số 218/2013/NĐ -CP

## Page 7

7 ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN.
Từ đó, Chi cục T4 ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu số 18996/QĐ-CCT-KN ngày 10/6/2021, kết quả: Không công nhận toàn bộ nội dung khiếu nại của Công ty T3.
4. Công ty T3 khiếu nại lần 2:
Công ty T3 khiếu nại Quyết định số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021 và Quyết định số 18996/QĐ-CCT-KN ngày 10/6/2021.
Nội dung khiếu nại: Số thuế GTGT, thuế TND N truy thu và tiền chậm nộp đối với việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế của hành vi kê khai thuế GTGT đầu vào và kê khai chi phí tính thuế TNDN của hóa đơn bất hợp pháp (hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014 của Công ty CP Đ1 – mã số thuế 0304266964). Biên bản vi phạm hành chính do Chi cục T4 lập ngày 03/03/2021.
Quyết định về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế số 921/QĐ -CT ngày 03/3/2021, số tiền thuế GTGT khiếu nại 255.859.727 đồng, số tiền thuế TNDN khiếu nại 432.485.573 đồng, số tiền chậm nộp liên quan đến số thuế GTGT, TNDN truy thu khiếu nại 522.581.515 đồng.
Cục Thuế Thành phố có Thông báo số 12747/TB -CTTPHCM ngày 04/10/2021 về việc thụ lý gi ải quyết khiếu nại lần hai và có Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023 về việc giải quyết khiếu nại của Công ty T3 (lần 2), kết quả: công nhận một phần nội dung đơn khiếu nại không số đề ngày 03/7/2021 của Công ty T3. Yêu cầu Chi cục T4 có trách nhiệm ban hành Quyết định sửa đổi Quyết định số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021 bị khiếu nại, sửa đổi như sau:
-Giữ nguyên số tiền thuế GTGT truy hoàn.
-Loại trừ doanh thu của hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/7/2014 và loại trừ chi phí đối với tờ hóa đơn GTGT số 0000451 ngày 27/8/2014. Chi cục thuế T4 xác định lại số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp (nếu có) của năm 2014; Đồng thời xác định tiền phạt vi phạm hành chính về thuế và tiền chậm nộp tiền thuế TNDN (nếu có) theo Luật định.
Vì vậy, Chi cục T4 đã căn cứ:
Khoản 3 Điều 5 Chương 1 Luật Tổ chức Chính phủ số 76/2015/QH13 ngày 19/06/2015: “….; bảo đảm nguyên tắc cơ quan cấp dưới phục tùng sự lãnh đạo, chỉ đạo và chấp hành nghiêm các quyết định của cơ quan cấp trên.”…
Chi cục T4 đã ban hành Quyết định số 10354/QĐ-CCT ngày 16/6/2023 về việc sửa đổi Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021, sửa đổi như sau: Truy hoàn thuế GTGT: 255.859.727 đồng, tiền chậm nộp thuế GTGT: 202.282.700 đồng. Số lỗ năm 2014 tăng 853.181.944 đồng (do loại trừ doanh thu của hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/7/2014 (3.411.779.217 đồng) và loại trừ chi phí đối với tờ hóa đơn GTGT số 0000451 ngày 27/8/2014 (2.558.597.273 đồng).

## Page 8

- Khoản 1 Điều 5 (Kiểm tra và xử lý vi phạm) Thông tư số 94/2010/TT - BTC ngày 30/6/2010 quy định:
“1. Đối với doanh nghiệp được hoàn thuế trước kiểm tra sau, cơ quan thuế phải có trách nhiệm tổ chức kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định của pháp luật quản lý thuế. Căn cứ kết quả kiểm tra nếu phát hiện gian lận, trốn thuế (bao gồm cả việc không thực hiện thanh toán qua ngân hàng và không cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo đúng thời hạn) thì cơ quan thuế thu hồi lại số tiền thuế GTGT đã tạm hoàn vi phạm, đồng thời xử lý vi phạm pháp luật về thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 61/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ T5 hướng dẫn thực hiện xử lý vi phạm pháp luật về thuế.
Do Công ty T3 đã kê khai hóa đơn mua vào khống để khấu trừ và đã được cơ quan thuế hoàn thuế, nên Chi cục thuế T4 thu hồi tiền hoàn thuế đã hoàn là đúng quy định pháp luật.
5.Chế độ báo cáo:
Căn cứ công văn số 13198/CT -TTKT2 ngày 08/10/2020 của Cục T về việc đề nghị xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với Công ty T3, Chi cục T4 đã có công văn số 985/CCTQ1 -KT2 ngày 15/01/2024 về việc báo cáo theo công văn số 703/ANĐT -P6 ngày 06/8/202 0 gửi Cơ quan an ninh điều tra BộC (Phòng 6) và công văn số 986/CCTQ1 -KT2 ngày 15/01/2024 về việc báo cáo theo công văn số 3554/CTTPHCM-KTNB ngày 27/03/2023 gửi Cục T.
* Người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan Cục trưởng Cục Thuế Thành phố H có ý kiến:
Cục T (từ ngày 03/3/2025 là Chi cục Thuế khu vực I theo Quyết định số 904/QĐ-BTC ngày 03/3/2025 của Bộ trưởng Bộ T5) trình bày ý kiến đối với yêu cầu khởi kiện của Công ty T3 (MST: 0311208843) như sau:
I. Diễn biến vụ việc dẫn đến Công ty T3 khởi kiện:
1. Chi cục T4 (từ ngày 08/3/2025 là Đ theo Quyết định số 308/QĐ -CT ngày 08/3/2025 của Cục trưởng Cục T) thực hiện xử lý vi phạm hành chính về thuế.
a. Hành vi vi phạm của Công ty T3 Bản án hình sự sơ thẩm số 517/2020/HS -ST ngày 23/12/2020 của Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, Cáo trạng số 62/CT -VKSTC-V1 ngày 17/9/2020 của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, Bản Kết luận điều tra vụ án hình sự số 05/ANĐT -P6 ngày 26/4/2020 của Cơ quan An ninh Điều tra Bộ C, Công văn 703/ANĐT -P6 ngày 06/8/2020 của Cơ quan An ninh Điều tra BộC thể hiện hành vi vi phạm của Công ty T3 như sau (trích dẫn phần liên quan đến vụ kiện hành chính):
Công ty T3 lập “khống” 03 (ba) Hợp đồng dịch vụ môi giới ký Petroland, và xuất 03 (ba) hóa đơn GTGT cho P. Trong đó, hóa đơn có liên quan đến vụ án hành chính này:

## Page 9

9 + Hợp đồng số 02/2014/HA ngày 22/7/2014, hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/7/2014 nội dung phí dịch vụ tư vấn môi giới bất động sản, doanh thu 3.411.779.217 đồng, thuế GTGT 341.177.922 đồng, tổng tiền thanh toán 3.752.957.139 đồng.
Sau khi lập “khống” 03 (ba) Hợp đồng dịch vụ môi giới với P2, ông Lê Tú P1 là đại diện pháp luật Công ty T3 thời điểm 2014 nhận thấy doanh thu đầu ra lớn, nên ông P1 đã mua 03 hóa đơn GTGT đầu vào “khống”, trong đó hóa đơn có liên quan đến vụ án hành chính này:
+ Mua hóa đơn của Công ty CP Đ 1: hóa đơn GTGT số 0000451 ngày 27/8/2014 có giá trị đã bao gồm thuế GTGT là 2.814.457.000 đồng.
b. Xử lý của Chi cục T4.
Ngày 08/10/2020, Cục T ban hành công văn số 13198/CT-TTKT2 gửi Chi cục T4 về việc đề nghị xử lý vi phạm hành chính về thuế. Theo đó, nội dung công văn cho biết Cơ quan an ninh điều tra Bộ C1 đã có công văn số 703/ANĐT-P6 ngày 06/8/2020 đề nghị xử lý vi phạm hành chính về thuế đối với Công ty T3.
Căn cứ Luật Quản lý Thuế và các quy định pháp luật liên quan, theo chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền được giao, Chi cục T4 đã thực hiện xử lý vi phạm hành chính về thuế đối với Công ty T3. Kết thúc quá trình xác minh tình tiết vụ việc vi phạm, trên cơ sở Biên bản vi phạm hành chính ngày 03/3/2021, Chi cục T4 ban hành Quyết định số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021 về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế liên quan đến hành vi kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào là 255.859.727 đồng và kê khai chi phí tính thuế TNDN là 2.558.597.273 đồng của hóa đơn lập “khống” (Hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014 của Công ty CP Đ1 – MST: 0304266964) (Hóa đơn 0000451) đối với Công ty T3 với hình thức xử phạt và biện pháp khắc phục hậu quả như sau:
-Về thuế GTGT: Truy thu thuế GTGT Quý 3/2014: 255.859.727 đồng -Về thuế TNDN: Truy thu thuế TNDN năm 2014: 432.485.573 đồng -Về xử phạt vi phạm hành chính về thuế:
-Đối với hành vi kê khai sai: không xử phạt do đã quá thời hiệu -Đối với hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp năm 2014: Không xử phạt do đã quá thời hiệu -Tiền chậm nộp thuế GTGT: 202.282.700 đồng -Tiền chậm nộp thuế TNDN: 320.298.815 đồng
2. Chi cục T4 giải quyết khiếu nại lần đầu Không thống nhất về nội dung truy thu thuế và tiền phạt, tiền chậm nộp tại Quyết định số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021 liên quan đến hành vi vi phạm hành chính về thuế là 1.2 10.926.815 đồng do Công ty T3 kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào và kê khai chi phí tính thuế TNDN của hóa đơn bất hợp pháp,

## Page 10

10 Công ty T3 đã có đơn khiếu nại lần đầu không số (đề ngày 22/3/2021 của Công ty T3, văn thư đến Đ số 3946 ngày 22/3/2021) về nội dung này.
Ngày 10/6/2021, Chi cục T4 ban hành Quyết định số 18996/QĐ -CCT- KN, không công nhận đối với toàn bộ nội dung khiếu nại . Theo đó, yêu cầu Công ty T3 thực hiện Quyết định số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021 với hình thức xử phạt và biện pháp khắc phục hậu qu ả như sau: không xử phạt hành vi khai sai, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp; truy thu thuế GTGT là 255.859.727 đồng, tiền chậm nộp thuế GTGT là 202.282.700 đồng , truy thu thuế TNDN là 432.485.573 đồng, tiền phạt chậm nộp thuế TNDN là 320.298.815 đồng.
3. Cục trưởng Cục Thuế Thành phố giải quyết khiếu nại lần hai Không đồng ý với toàn bộ nội dung giải quyết khiếu nại lần đầu của Chi cục T4 tại Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021, ngày 10/6/2021 Công ty T3 tiếp tục khiếu nại lần hai đến Cục T về nội dung truy thu thuế GTGT, thuế TNDN và tiền chậm nộp tổng số tiền là 1.210.926.815 đồng đối với hành vi kê khai thuế GTGT đầu vào và kê khai chi phí tính thuế TNDN của hóa đơn bất hợp pháp - Hóa đơn số 0000451 tại Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021. Tuy nhiên, Chi cục T4 lại không loại trừ doanh thu của hóa đơn đầu ra liên quan đến hóa đơn đầu vào này do Công ty T3 hợp thức hóa bằng hóa đơn xuất choP (Hóa đơn số 0000582 ngày 30/7/2014 của Công ty T3 – MST:
0311208843) (Hóa đơn 0000582) mà vẫn tính thuế TNDN đầu ra đối với Công ty T3.
Ngày 17/3/2023, Cục T ban hành Quyết định số 16/QĐ -CT-KN về việc giải quyết khiếu nại lần hai của Công ty T3, công nhận một phần nội dung đơn khiếu nại. Theo đó, yêu cầu Chi cục T4 có trách nhiệm ban hành Quyết định sửa đổi Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021 như sau: Giữ nguyên số tiền thuế GTGT truy hoàn, loại trừ doanh thu của Hóa đơn 0000582; xác định lại số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp (nếu có) của năm 2014; xác định tiền phạt vi phạm hành chính về thuế và tiền chậm nộp tiền thuế TNDN (nếu có) theo luật định. Ngày 16/6/2021, Chi cục T4 ban hành Quyết định số 10354/QĐ -CCT về việc sửa đổi Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021.
II.Nội dung khởi kiện và ý kiến về yêu cầu khởi kiện của Công ty Hạnh An
1. Nội dung khởi kiện Ngày 16/11/2023, Công ty T3 có đơn khởi kiện ra Tòa án, không đồng tình với nội dung của Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/03/2021, Quyết định 18996/QĐ-CCT-KN ngày 10/6/2021, Quyết định s ố 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023 và Quy ết định s ố 10354/QĐ-CCT ngày 16/6/2023 nêu trên của Cơ quan thuế. Công ty cho rằng việc truy thu thuế GTGT và tiền chậm nộp liên quan đến hành vi kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào là 255.859.727 đồng của Hóa đơn 0000451 mà không loại trừ thuế GTGT đầu ra là 341.177.922 đồng của Hóa đơn 0000582 đều là hóa đơn GTGT “khống” với cùng nội dung là không hợp lý. Đồng thời, Chi cục T4 phải tiếp tục hoàn thuế GTGT với số tiền hoàn là

## Page 11

11 85.318.195 đồng theo khoản 1 Điều 19 Thông tư số 219/2013/TT -BTC ngày 31/12/2013 của Bộ T5 về việc hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ -CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều luật thuế giá trị gia tăng thay vì vẫn giữ nguyên số tiền thuế truy hoàn là 225.859.727 đồng theo Quyết định 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023.
2. Ý kiến của Chi cục Thuế khu vực I về yêu cầu khởi kiện của Công ty T3 (1).Trước tiên cần khẳng định, hành vi mua hóa đơn đầu vào và bán hóa đơn đầu ra của Công ty T3 là hành vi có dấu hiệu cấu thành Tội mua bán trái phép hóa đơn hoặc đồng phạm trong Tội trốn thuế theo quy định tại Điều 203 và Điều 200 Bộ luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017). Tuy nhiên, do hành vi mua, bán hóa đơn khống của Công ty T3 chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự nên cơ quan Công an đã kiến nghị xử lý hành chính theo thẩm quyền của cơ quan thuế.
(2).Phân biệt rõ hai hành vi: mua – bán hóa đơn không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo Việc xử lý vi phạm hành chính của cơ quan thuế đối với Công ty T3 được thực hiện tách biệt theo từng hành vi vi phạm cụ thể, bao gồm:
a) Hành vi mua hóa đơn không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo Đây là hành vi sử dụng không hợp pháp hóa đơn GTGT đầu vào, vi phạm quy định tại Luật Quản lý thuế và pháp luật về thuế GTGT. Theo quy định hiện hành, các hóa đơn này không đủ điều kiện để khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Do đó:
•Số thuế GTGT đã khấu trừ (nếu có) bị truy thu;
•Không xử phạt vi phạm hành chính do đã hết thời hiệu xử phạt theo quy định tại Luật Xử lý vi phạm hành chính.
b)Hành vi xuất hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo)
Hành vi này được xác định là hành vi cố ý vi phạm pháp luật thuế, không phải là sai sót trong kê khai thuế. Theo đó:
•Đây là hành vi có dấu hiệu hình sự (tội mua bán hóa đơn hoặc đồng phạm tội trốn thuế);
•Do đó, không thuộc trường hợp được kê khai bổ sung theo Luật Quản lý thuế khi hành vi đã bị phát hiện và xác định rõ ràng.
(3).Về nguyên tắc pháp lý không cho phép điều chỉnh hóa đơn khống Nếu cho phép người bán được điều chỉnh thuế GTGT đầu ra tương ứng với hóa đơn khống, điều này đồng nghĩa với việc hợp pháp hóa hành vi vi phạm, tạo tiền lệ xấu và mở ra cơ chế “xóa dấu vết” cho các hành vi gian lận thuế.
Thậm chí, việc đó còn dẫn đến hệ quả nguy hiểm là:

## Page 12

12 •Bên mua được khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào trái pháp luật;
•Bên bán không chịu nghĩa vụ thuế nào, đồng thời thoát khỏi chế tài tài chính.
Như vậy, ngân sách nhà nước bị thất thu, còn pháp luật bị lợi dụng.
(4).Không có quy định cho phép kê khai bổ sung đối với hóa đơn khống Pháp luật thuế và hóa đơn hiện hành không quy định về việc kê khai bổ sung hoặc loại trừ đối với hóa đơn GTGT đầu ra khống. Các chế tài xử lý chủ yếu áp dụng đối với người mua sử dụng hóa đơn khống, nhưng người bán là chủ thể khởi phát hành vi vi phạm cũng không được loại trừ nghĩa vụ thuế đã phát sinh.
Về bản chất, thuế GTGT là một loại thuế gián thu, tiền thuế được cấu thành trong giá cả hàng hóa, dịch vụ và người mua hàng làP sẽ là người chịu thuế, người nộp thuế như Công ty T3 chỉ đóng vai trò là người thay thế người mua hàng thực hiện nghĩa vụ nộp thuế cho nhà nước.
Trong trường hợp này, Công ty T3 sau khi bán hóa đơn khống có thuế GTGT cho P, P sử dụng khấu trừ với nghĩa vụ thuế GTGT phải nộp của mình.
Số thuế GTGT đầu vào này của Công ty P2 sau đó cũng không được khấu trừ và phát sinh thêm nghĩa vụ phải nộp thuế GTGT. Nhưng phần thiệt hại cuảP đã được Tòa án nhận định là các các nhân có liên quan phải bồi thường toàn bộ thiệt hại với từng hợp đồng tương ứng, bao gồm cả thuế GTGT cuảP phải chịu nên về nguyên tắc Petroland sẽ không còn thiệt hại.
Do số thuế GTGT này thuộc về người mua làP và người mua đã được bồi thường thiệt hại trong vụ án hình sự khác nên việc yêu cầu loại hóa đơn GTGT đầu ra trong trường hợp này không thuộc của Công ty T3. Do đó, việc yêu cầu loại Hóa đơn GTGT đầu ra đã kê khai của Công ty T3 là không có cơ sở.
III. Kết luận:
Căn cứ các quy định pháp luật nêu trên, việc xử lý vi phạm hành chính, giải quyết khiếu nại lần đầu và giải quyết khiếu nại lần hai của cơ quan thuế đối với nội dung khởi kiện của Công ty T3 là có cơ sở pháp lý và đúng thẩm quyền.
Chi cục trưởng Chi cục Thuế khu vực I kính đề nghị Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh bác đơn khởi kiện của Công ty T3.
Tại Bản án hành chính sơ thẩm số 157/2025/HC -ST ngày 14 tháng 5 năm 2025 của Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, quyết định:
Căn c ứ: Lu ật T ố tụng Hành chính; Lu ật Quản lý Thu ế năm 2006; Lu ật Thuế Giá trị gia tăng năm 2008, Lu ật Khiếu nại năm 2011; Lu ật xử lý vi phạm hành chính năm 2012; Nghị định 125/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 v ề “Quy định x ử phạt vi phạm hành chính v ề thuế” của Chính ph ủ; Quyết định s ố 178/QĐ-TCT ngày 25/02/2019 v ề “Việc ban hành quy trình gi ải quy ết đơn khiếun ạit ại Cơ quan thu ế các c ấp” của Tổng cục T6 và Nghị quyết

## Page 13

13 326/2016/UBTVQH14 ngày 30/12/2016 qu y định về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quản lý và sử dụng án phí và lệ phí Tòa án.
Tuyên xử:
Không chấp nhận yêuc ầu khởi kiện của Công ty TNHH T3 về việc yêu cầu Tòa án xử:
- Hủy toàn b ộ Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021 “V ề việc xử phạt vi phạm hành chính v ề thuế” của Chic ục trưởng Chi cục T4 (nay là Đ), Thành phố Hồ Chí Minh;
- Hủy toàn b ộ Quyết định s ố 18996/QĐ-CCT-KN ngày 10/6/2021 “V ề việc giải quyết khiếu nại của Công ty TNHH T3 (Lần đầu)” của Chi cục trưởng Chi cục T4 (nay là Đ), Thành phố Hồ Chí Minh;
- Hủy toàn b ộ Quyết định s ố 10354/QĐ-CCT ngày 16/6/2023 “V ề việc sửa đổi Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021” của Chic ục trưởng Chi cục T4 (nay là Đ), Thành phố Hồ Chí Minh;
- Xem xét đối với quyết định hành chính có liên quan là Quy ết định số 16/QĐ- CT-KN ngày 17/3/2023 “V ề việc giải quyết khi ếu nại của Công ty TNHH T3 (Lần hai)” của Cục trưởng Cục Thuế Thành phố H (nay là Chi cục Thuế khu vực I), chấp nhận một phần Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023 v ề thuế Thunh ập doanh nghi ệp và ti ền chậm nộp thu ế Thunh ập doanh nghi ệp; T1 không công nhận đối với tiền truy hoàn thu ế Giá trị gia tăng và ti ền chậm nộp thuế Giá trị gia tăng.
Ngoài ra bản án còn tuyên về án phí, phần thi hành án và quyền kháng cáo theo quy định pháp luật.
Ngày 3/6/2025, người khởi kiện Công ty TNHH T3 kháng cáo bản án sơ thẩm, đề nghị chấp nhận yêu cầu khởi kiện hủy toàn bộ quyết định bị kiện.
Tại phiên tòa phúc thẩm, người kháng cáo giữ nguyên yêu cầu kháng cáo.
Người đại diện theo ủy quyền của người khởi kiện trình bày: Công ty T3 bị Chi cục T4 truy thu thuế GTGT và TNDN từ các hóa đơn khống và bị xử phạt chậm nộp, sau khi khiếu nại lần đầu và lần hai, Cục Thuế chỉ chấp nhận một phần về thuế TNDN, còn thuế GTGT vẫn bị truy thu. Công ty P3 cách giải quyết GTGT, vì cả hóa đơn đầu vào và đầu ra đều khống nên phải loại trừ, nhưng Cục T chỉ truy thu đầu vào, không xét đầu ra, dẫn đến không công bằng. Công ty cho rằng quyết định của Cục T, vi phạm nguyên tắc quản lý thuế, xâm phạm quyền lợi hợp pháp. Do đó, Công ty đề nghị chấp nhận kháng cáo, hủy toàn bộ các quyết định khởi kiện.
Người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người bị kiện trình bày: Cơ quan Thuế Cơ sở 1 xử lý Công ty T3 do kê khai hóa đơn đầu vào khống và xuất hóa đơn đầu ra khống, lập biên bản vi phạm hành chính ngày 03/3/2021, truy thu GTGT và TNDN. Việc thu hồi tiền hoàn thuế GTGT được thực hiện theo quy định kiểm tra sau hoàn thuế, đồng thời Thuế Cơ sở 1 đã thực hiện đầy đủ chế độ

## Page 14

14 báo cáo theo yêu cầu cấp trên. Đề nghị bác kháng cáo của công ty và giữ nguyên án sơ thẩm.
Đại diện Viện Công tố và Kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh tham gia phiên tòa phát biểu quan điểm:
Về tố tụng: Hội đồng xét xử và các đương sự đều thực hiện đúng quy định của Bộ luật Tố tụng hình chính.
Về nội dung: Qua kiểm sát toàn bộ quá trình giải quyết vụ án và xem xét tài liệu, chứng cứ trong hồ sơ, Viện Kiểm sát nhận thấy Tòa án cấp sơ thẩm đã đánh giá khách quan, đầy đủ và áp dụng pháp luật đúng quy định khi bác yêu cầu khởi kiện của Công ty TNHH T3 . Do đó, Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử phúc thẩm không chấp nhận kháng cáo của Công ty T3 và giữ nguyên bản án sơ thẩm.
NHẬN ĐỊNH CỦA TÒA ÁN:
Sau khi nghiên cứu các tài liệu có trong hồ sơ vụ án được thẩm tra tại phiên tòa và căn cứ vào kết quả tranh tụng tại phiên tòa, sau khi nghe đại diện Viện Công tố và Kiểm sát xét xử phúc thẩm phát biểu ý kiến, sau khi thảo luận và nghị án, Hội đồng xét xử xét thấy:
[1] Về tố tụng:
[1.1] Tại phiên tòa phúc thẩm, đại diện hợp pháp của người bị kiện có đơn xin xét xử vắng mặt và cử người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp tham gia phiên tòa. Căn cứ khoản 4 Điều 225 Luật tố tụng hành chính năm 2015, Hội đồng xét xử xét xử vắng mặt các đương sự nêu trên.
[1.2] Về đối tượng khởi kiện, thời hiệu khởi kiện và thẩm quyền gi ải quyết:
Công ty T3 khởi kiện Chi cục trưởng Chi cục T4 (nay làT Thành phố Hồ Chí Minh ) yêu cầu hủy các quyết định: Quyết định số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021 về xử phạt vi phạm hành chính về thuế; Quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu số 18996/QĐ -CCT-KN ngày 10/6/2021; Quyết định số 10354/QĐ - CCT ngày 16/6/2023 sửa đổi Quyết định 921/QĐ -CCT; đồng thời đề nghị Tòa án xem xét Quyết định số 16/QĐ -CT-KN ngày 17/3/2023 của Cục trưởng Cục T.
Đây là vụ án “Khiếu kiện quyết định hành chính trong lĩnh vực thuế” và còn thời hiệu khởi kiện theo quy định tại Điều 116 Luật tố tụng hành chính. Căn cứ các Điều 3, 30 và 32 Luật Tố tụng hành chính, Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh thụ lý giải quyết vụ án theo thủ tục sơ thẩm là đúng thẩm quyền.
[2] Về nội dung:
[2.1] Xét về trình tự, thủ tục và thẩm quyền ban hành các quyết định hành chính bị khởi kiện.
[2.1.1] Đối với Quyết định x ử phạt s ố 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021 và Quyết định sửa đổi số 10354/QĐ-CCT ngày 16/6/2023

## Page 15

15 Căn cứ Công văn số 13198/CT -TTKT2 ngày 08/10/2020 của Cục T, vào ngày 03/3/2021 Chi cục T4 đã lập Biên bản vi phạm hành chính đối với Công ty T3, hành vi hành chính vi phạm: Kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào và kê khai chi phí tính thuế TNDN của hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014 do Công ty CP Đ1 – mã số thuế 0304266964 xuất.
Chi cục trưởng Chi cục T4 ban hành Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021.
Sau đó, căn c ứ Quyết định s ố 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023, Chic ục trưởng Chi cục thuế T4 ban hành Quyết định số 10354/QĐ-CCT ngày 16/6/2023 về việc sửa đổi Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021.
Căn cứ quy định tại Điều 8, khoản 3 Điều 32 Nghị định 125/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 về “Quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế” của Chính phủ, Điều 6 Lu ật Xử lý vi phạm hành chính năm 2012 (đư ợc sửa đổi, bổ sung năm 2020), kho ản 1 và 2 Đi ều 15 của Nghị định 118/2021/NĐ -CP ngày 23/12/2021 về “Quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Lu ật Xử lý vi phạm hành chính” của Chính phủ, việc ban hành các quy ết định trên là đúng quy định về trình tự, thủ tục và thẩm quyền.
[2.1.2] Đối với Qu yết định gi ải quy ết khi ếun ại s ố 18996/QĐ-CCT-KN ngày 10/6/2021 và Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023 Đối chiếu quy định của Luật Khiếu nại năm 2011, Quyết định số 178/QĐ- TCT ngày 25/02/2019 v ề “Việc ban hành quy trình gi ải quyết đơn khiếu nại tại Cơ quan thuế các cấp” của Tổng cục T6, có cơ s ở xác định Chi cục trưởng Chi cục T4, Cục trưởng Cục T đã căn c ứ các Đơn khi ếu nại của Công ty T3 , tiến hành thụ lý đơn khi ếun ại, xác minh, đối tho ại và ban hành Quyết định 18996/QĐ-CCT-KN ngày 10/6/2021, Quyết định s ố 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023 đã được thực hiện đúng trình tự, thủ tục và thẩm quyền.
[2.2] Căn c ứ Bản án hình s ự sơ thẩm s ố 517/2020/HS-ST ngày 23/12/2020 của Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, Cáo trạng số 62/CT- VKSTC-V1 ngày 17/9/2020 của Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao, Bản kết luận điều tra vụ án hình sự số 05/ANĐT -P6 ngày 26/4/2020 của Cơ quan An ninh Điều tra Bộ C, Công văn 703/ANĐT -P6 ngày 06/8/2020 của Cơ quan An ninh Điều tra Bộ C, công văn s ố 13198/CT-TTKT2 ngày 08/10/2020 của Cục T về việc đề nghị xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với Công ty T3 cùng thừa nhận của các bên đương s ự, có cơ s ở xác định: Công ty T3 có xuất khống hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/7/2014 choP với số tiền trên hóa đơn là 3.752.957.139 đồng (trong đó, thuế GTGT: 341.177.922 đồng), có cùng nội dung không có thật mà Công ty Đ1 đã xuất khống hóa đơn GTGT số 0000451 ngày 27/8/2014 cho Công ty T3 , với giá trị mua vào là 2.558.597.273 đồng (trong đó, thuế GTGT: 255.859.727 đồng).
Như vậy, trong vụ kiện này, vào năm 2014 Công ty T3 đã vi phạm nghiêm trọng Điều 7 (Nghĩa vụ của người nộp thuế) Luật Quản lý thuế năm 2006 và pháp luật về thuế GTGT, thực hiện hành vi trái pháp luật về quản lý, sử

## Page 16

16 dụng hóa đơn, kê khai thuế trong đó có hành vi mua hóa đơn không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo ( hóa đơn GTGT s ố 0000451 ngày 27/8/2014) và hành vi xuất hóa đơn khống ( hóa đơn GTGT s ố 0000582 ngày 30/7/2014 ) để kê khai thuế. Vì vậy, Công ty T3 sẽ không được sử dụng các hóa đơn trên để kê khai thuế, không được sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để khấu trừ thuế...và bị xử lý theo quy định của pháp luật. Theo đó:
- Đối với hóa đơn GTGT đầu vào: Ngoài việc bị xử phạt vi phạm hành chính (nếu còn thời hiệu), số thuế GTGT khấu trừ thuế GTGT (nếu có) bị truy thu (khoản 15 Đi ều 14 Thông tư 219/2013/TT -BTC ngày 31/12/2013 của Bộ T5 về “Hướng dẫn thi hành luật thuế Giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng”);
- Đối với hành vi xuất hóa đơn khống, đây là hành vi cố ý vi phạm pháp luật thuế, không phải là sai sót trong kê khai thuế, do đó không thuộc trường hợp được kê khai bổ sung theo pháp luật về thuế khi hành vi này bị phát hiện và xác định rõ ràng.
[2.3] Xét Quy ết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021 và Quy ết định số 10354/QĐ-CCT ngày 16/6/2023 v ề việc sửa đổi Quy ết định s ố 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021 của Chi cục trưởng Chi cục T4.
[2.3.1] Ngày 03/3/2021, Chi cục T4 đã lập Biên bản vi phạm hành chính đối với Công ty T3, hành vi hành chính vi phạm: Kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào và kê khai chi phí tính thuế TNDN của hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014 do Công ty CP Đ1 – Mã số thuế 0304266964 xuất. Cụ thể:
- Kê khai hóa đơn đầu vào: Công ty T3 kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào và lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế (Quyết định hoàn thuế số 2836/QĐ -HT ngày 22/12/2014 của Chi cục T4 ) của hóa đơn số 0000451 ngày 27/8/2014 do Công ty CP Đ1 - Mã số thuế 0304266964 xuất. Theo kết quả điều tra của Cơ quan Công An thì hóa đơn đầu vào là hóa đơn “khống”, Công ty T3 đã kê khai hóa đơn này vào chi phí hợp lý khi xác định thuế TNDN năm 2014 trên Báo cáo thuế năm 2014.
- Kê khai hóa đơn đầu ra: Công ty T3 có ký Hợp đồng dịch vụ tư vấn số 02/2014/HA ngày 22/ 7/2014 với P, mã số thuế 0305284081 và thực hiện xuất “khống” hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/7/2014, tiền dịch vụ bán ra 3.411.779.217 đồng, thuế GTGT 341.177.922 đồng, tổng tiền thanh toán 3.752.957.139 đồng. Đồng thời, Công ty T3 hợp thức hóa cho việc xuất “khống”
đầu ra này bằng hóa đơn đầu vào cũng “khống” nêu trên (Hóa đơn đầu vào số 0000451 ngày 27/8/2014 sau ngày hóa đơn đầu ra số 0000582 ngày 30/7/2014).
Từ đó, Chi cục trưởng Chi cục T4 ban hành Quyết định về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế số 921/QĐ-CT ngày 03/3/2021, cụ thể:

## Page 17

- Về thuế GTGT: Truy hoàn tiền thuế GTGT: 255.859.727 đồng (do Công ty đã được hoàn thuế theo Quyết định hoàn thuế số 2836/QĐ -HT ngày 22/12/2014 của Chi cục T4);
- Tiền chậm nộp thuế GTGT: 202.282.700 đồng;
- Về thuế TNDN truy thu: 432.485.573 đồng;
- Tiền chậm nộp thuế TNDN: 320.298.815 đồng;
- Không xử phạt hành vi kê khai sai về thuế GTGT do đã quá thời hiệu xử phạt;
- Không xử phạt đối với hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp (phát sinh năm 2014) do đã quá thời hiệu xử phạt.
[2.3.2] Xét thấy:
- Tại khoản 2 Điều 7 (Xác định thu nhập tính thuế) của Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03/6/2008 và Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 32/2013/QH13 ngày 19/6/2013, quy định: “Thu nhập chịu thuế bằng doanh thu trừ các khoản chi được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh cộng thu nhập khác, kể cả thu nhập nhận được ở ngoài Việt Nam.”
- Căn cứ Chuẩn mực kế toán số 01 -Chuẩn mực chung Ban hành và công bố theo Quyết định số 165/2002/QĐ -BTC ngày 31/12/2002 của Bộ trưởng Bộ T5 quy định nguyên tắc phù hợp của kế toán cơ bản "Việc ghi nhận doanh thu và chi phí phải phù hợp với nhau. Khi ghi nhận một khoản doanh thu thì phải ghi nhận một khoản chi phí tương ứng có liên quan đến việc tạo ra doanh thu đó.”
- Căn cứ khoản 1 Điều 5 (Kiểm tra và xử lý vi phạm) Thông tư số 94/2010/TT-BTC ngày 30/06/2010 về “Hướng dẫn thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu” của Bộ T5 quy định: “Đối với doanh nghiệp được hoàn thuế trước kiểm tra sau, cơ quan thuế phải có trách nhiệm tổ chức kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định của pháp luật quản lý thuế. Căn cứ kết quả kiểm tra nếu phát hiện gian lận, trốn thuế (bao gồm cả việc không thực hiện thanh toán qua ngân hàng và không cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo đúng thời hạn) thì cơ quan thuế thu hồi lại số tiền thuế GTGT đã tạm hoàn vi phạm, đồng thời xử lý vi phạm pháp luật về thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 61/2007/TT -BTC ngày 14/6/2007 của Bộ T5 hướng dẫn thực hiện xử lý vi phạm pháp luật về thuế.”
Theo những quy định pháp luật được viện dẫn trên và phân tích nêu trên, trong trường hợp này thì Chi cục T4 đã loại trừ chi phí đối với hóa đơn GTGT số 0000451 ngày 27/8/2014 thì phải loại trừ doanh thu của hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/7/2014.
Như vậy, có cơ sở xác định:

## Page 18

- Về thuế TNDN: Nội dung truy thu thuế TNDN: 432.485.573 đồng và tiền chậm nộp thuế TNDN: 320.298.815 đồng tại Quyết định số số 921/QĐ- CCT ngày 03/3/2021 là không đúng pháp luật.
- Về thuế GTGT: Biên bản vi phạm hành chính đã lập đúng hành vi vi phạm, đúng sự việc, đúng chủ thể vi phạm, chủ thể vi phạm đã thừa nhận hành vi vi phạm pháp luật, việc ban hành quyết định xử phạt đối với nội dung này phù hợp pháp luật. Theo đó, Công ty T3 đã bị truy hoàn tiền thuế GTGT:
255.859.727 đồng (do Công ty đã được hoàn thuế theo Quyết định hoàn thuế số 2836/QĐ-HT ngày 22/12/2014 của Chi cục T4 ) và T2 chậm nộp thuế GTGT:
202.282.700 đồng. Nội dung này của Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021 phù hợp pháp luật.
[2.3.3] Sau khi Chic ục trư ởng Chic ục T4 ban hành Quyết định số 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021, Công ty T3 đã khiếu nại, Chi cục trưởng Chi cục T4 đã ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu số 18996/QĐ-CCT-KN ngày 10/6/2021 không chấp nhận khiếu nại của Công ty.
Không đồng ý với kết quả giải quyết tại Quyết định số 18996/QĐ-CCT- KN ngày 10/6/2021, Công ty T3 tiếp tục khiếu nại.
Tại Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023 về việc giải quyết khiếu nại của Công ty T3 (lần 2) của Cục trưởng Cục T, có nội dung: Công nhận một phần nội dung khi ếu nại của Công ty T3 . Chi cục T4 có trách nhi ệm ban hành quyết định sửa đổi như sau: Giữ nguyên số tiền thuế GTGT truy hoàn ; Loại trừ doanh thu của hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/7/2014 và loại trừ chi phí đối với tờ hóa đơn GTGT số 0000451 ngày 27/8/2014. Chi cục T4 xác định lại số thuế TNDN phải nộp (nếu có) của năm 2014; Đồng thời xác định tiền phạt vi phạm hành chính về thuế và tiền chậm nộp tiền thuế TNDN (nếu có) theo Luật định.
Căn cứ Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023, Chi cục trưởng Chi cục T4 đã ban hành Quy ết định số 10354/QĐ-CCT ngày 16/6/2023 v ề việc sửa đổi Quyết định s ố 921/QĐ-CCT ngày 03/3/2021, sửa đổi như sau: Truy hoàn thuế GTGT: 255.859.727 đ ồng, tiền chậm nộp thuế GTGT: 202.282.700 đ ồng.
Số lỗ năm 2014 tăng 853.181.944 đồng (do lo ại trừ doanh thuc ủa hóa đơn GTGT số 0000582 ngày 30/07/2014 (3.411.779.217 đồng) và loại trừ chi phí đối với tờ hóa đơn GTGT số 0000451 ngày 27/08/2014 (2.558.597.273 đồng).
Xét thấy, nội dung của Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023 và Quyết định số 10354/QĐ-CCT ngày 16/6/2023 là có căn cứ, phù hợp pháp luật, phù hợp với nhận định của Hội đồng xét xử nên được chấp nhận.
[2.4] Từ những căn c ứ trên, Hội đồng xét x ử phúc thẩm, xét hành vi vi phạm pháp luật về thuế của Công ty T3 đã được Chi cục trưởng Chi cục thuế T4 và Cục trưởng Cục Thuế Thành phố giải quyết bằng các quyết định hành chính theo đúng pháp luật. Công ty T3 không chứng minh được yêu cầu kháng cáo của mình là có căn cứ nên Hội đồng xét xử không chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty T3.

## Page 19

19 [2.5] Quan điểm của Viện Công tố và Kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh phù hợp với quan điểm của Hộ i đồng xét xử nên chấp nhận.
[3] Về án phí hành chính phúc thẩm: Công ty T3 phải chịu theo quy định do yêu cầu kháng cáo không được chấp nhận.
[4] Các quyết định khác của bản án sơ thẩm không có kháng cáo, kháng nghị đã có hiệu lực pháp luật kể từ ngày hết thời hạn kháng cáo, kháng nghị.
Vì các lẽ trên;
QUYẾT ĐỊNH:
Căn cứ vào khoản 1 Điều 241 Luật Tố tụng hành chính;
Bác kháng cáo của Công ty TNHH T3.
Giữ nguyên Bản án hành chính sơ thẩm số 157/2025/HC -ST ngày 14 tháng 5 năm 2025 của Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh.
Căn cứ Luật Tố tụng Hành chính; Luật Quản lý Thuế năm 2006; Luật Thuế Giá trị gia tăng năm 2008, Luật Khiếu nại năm 2011; Luật xử lý vi phạm hành chính năm 2012; Nghị định 125/2020/NĐ -CP ngày 19/10/2020 về “Quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế” của Chính phủ; Quyết định số 178/QĐ-TCT ngày 25/02/2019 về “Việc ban hành quy trình giải quyết đơn khiếu nại tại Cơ quan thuế các cấp” của Tổng cục T6 và Nghị quyết 326/2016/UBTVQH14 ngày 30/12/2016 quy định về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quản lý và sử dụng án phí và lệ phí Tòa án.
Tuyên xử:
1. Không chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty TNHH T3 về việc yêu cầu Tòa án xử:
- Hủy toàn bộ Quyết định số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021 “Về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế” của Chi cục trưởng Chi cục T4 (nay là Đ), Thành phố Hồ Chí Minh;
- Hủy toàn bộ Quyết định số 18996/QĐ -CCT-KN ngày 10/6/2021 “Về việc giải quyết khiếu nại của Công ty TNHH T3 (Lần đầu)” của Chi cục trưởng Chi cục T4 (nay là Đ), Thành phố Hồ Chí Minh;
- Hủy toàn bộ Quyết định số 10354/QĐ -CCT ngày 16/6/2023 “Về việc sửa đổi Quyết định số 921/QĐ -CCT ngày 03/3/2021” của Chi cục trưởng Chi cục T4 (nay là Đ), Thành phố Hồ Chí Minh;
- Xem xét đối với quyết định hành chính có liên quan là Quyết định số 16/QĐ-CT-KN ngày 17/3/2023 “Về việc giải quyết khiếu nại của Công ty TNHH T3 (Lần hai)” của Cục trưởng Cục Thuế Thành phố H (nay là Chi cục Thuế khu vực I ), chấp nhận một phần Quyết định số 16/QĐ -CT-KN ngày 17/3/2023 về thuế Thu nhập doanh nghiệp và tiền chậm nộp thuế Thu nhập

## Page 20

20 doanh nghiệp; T1 không công nhận đối với tiền truy hoàn thuế Giá trị gia tăng và tiền chậm nộp thuế Giá trị gia tăng.
2. Các quyết định khác của bản án sơ thẩm không có kháng cáo, kháng nghị đã có hiệu lực pháp luật kể từ ngày hết thời hạn kháng cáo, kháng nghị.
3. Về án phí hành chính phúc thẩm:
Công ty TNHH T3 phải chịu án phí hành chính phúc thẩm là 300.000 (ba trăm ngàn) đồng, nhưng được khấu trừ vào số tiền tạm ứng án phí phúc thẩm đã nộp theo Biên lai thu số 00070861 ngày 12/6/2025 của Cục Thi hành án dân sự Thành phố Hồ Chí Minh (nay là Thi hành án dân sự Thành phố H).
4. Các quyết định khác của bản án sơ thẩm không có kháng cáo, kháng nghị đã có hiệu lực pháp luật kể từ ngày hết thời hạn kháng cáo, kháng nghị.
5. Bản án phúc thẩm có hiệu lực pháp luật kể từ ngày tuyên án.
Nơi nhận:
- Tòa án nhân dân tối cao;
- VCT&KSXXPT tại TP Hồ Chí Minh;
- TAND Thành phố Hồ Chí Minh;
- VKSND Thành phố Hồ Chí Minh;
- THADS Thành phố Hồ Chí Minh;
- Đương sự;
- Lưu VT (6), HS (2). T16b (BA36).
TM. HỘI ĐỒNG XÉT XỬ PHÚC THẨM THẨM PHÁN - CHỦ TỌA PHIÊN TÒA






Huỳnh Thanh Duyên