Bản án số: 171/2025/HC- PT
Khiếu kiện yêu cầu huỷ quyết định hành chính
Số: 171/2025
Ngày: 13/11/2025
Tòa án xét xử: Tòa Phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Đà Nẵng
Cấp xét xử: Phúc thẩm

## Page 1

1 TÒA PHÚC THẨM TÒA ÁN NHÂN DÂN TỐI CAO TẠI ĐÀ NẴNG Bản án số: 171/2025/HC- PT Ngày: 13/11/2025 V/v: “Khiếu kiện yêu cầu hủy quyết định hành chính”
CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự do - Hạnh phúc


NHÂN DANH NƯỚC CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TÒA PHÚC THẨM TÒA ÁN NHÂN DÂN TỐI CAO TẠI ĐÀ NẴNG
- Thành phần Hội đồng xét xử phúc thẩm gồm có:
Thẩm phán – Chủ tọa phiên tòa: Ông Phùng Anh Dũng.
Các thẩm phán: Ông Đặng Kim Nhân;
 Ông Đinh Phước Hòa.
- Thư ký phiên tòa: Ông Lương Quang Toàn - Thư ký Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Đà Nẵng.
- Đại diện Viện Công tố và kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Đà Nẵng tham gia phiên tòa: Bà Bùi Ngô Ý Nhi - Kiểm sát viên.
Ngày 13 tháng 11 năm 2025, tại trụ sở Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối caot ại ĐàN ẵng, xét x ử phúc thẩm công khai v ụ án hành chính thụ lý s ố 140/2025/TLPT-HC ngày 01 tháng 7 năm 2025 về “Khiếu kiện yêu cầu hủy quyết định hành chính” . Do Bản án hành chính sơ thẩm số 17/2025/HC-ST ngày 23 tháng 6 năm 2025 của Tòa án nhân dân thành phố Đà Nẵng bị kháng cáo.
Theo Quyết định đưa vụ án ra xét xử phúc thẩm số: 82/2025/QĐ-PT ngày 17 tháng 10 năm 2025 giữa các đương sự:
- Người khởi kiện: Công ty TNHH B Người đại diện theo pháp luật: bà Trần Thị Thanh N1 – Chức vụ: Chủ tịch Hội đồng thành viên.
Địa chỉ: Tầng A Tòa nhà D nối dài, quận L, thành phố Đà Nẵng (nay là Tầng A Tòa nhà D nối dài, phường L, thành phố Đà Nẵng). Địa chỉ liên hệ: H H, phường T, thành phố Đà Nẵng.
Người đại diện theo ủy quyền:
1. Ông Đinh Tấn P, sinh năm 1979; địa chỉ: số G T, Phư ờng A, Qu ận A, Thành phố Hồ Chí Minh (nay là số G T, phường D, Thành phố Hồ Chí Minh). Có mặt.

## Page 2

2. Ông Võ Nguyễn Bảo T, sinh năm 1990; địa chỉ. số G T, Phường A, Quận A, thành phố Hồ Chí Minh (nay là số G T, phường D, Thành phố Hồ Chí Minh).
Có mặt.
3. Bà Nguyễn Thị D, sinh năm 1992; địa chỉ: số G T, Phường A, Quận A, thành phố Hồ Chí Minh (nay là số G T, phường D, Thành phố Hồ Chí Minh). Có mặt.
Người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp: Ông Lê Văn A - Luật sư Văn phòng Luật sư Lê Văn A; địa chỉ 6 Ông Í, thành phố Đà Nẵng; địa chỉ liên hệ hiện nay:
Số I đường T, phường H, thành phố Đà Nẵng). Có mặt.
- Người bị kiện: Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ, sau đổi thành Chi cục trưởng Chi cục Thuế khu vực X.
Người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng: Trưởng T thành phố Đà Nẵng.
Người đại diện theo ủy quyền: Ông Lê Bá T1 - Phó Trưởng Thuế thành phố Đà Nẵng. Có mặt.
Địa chỉ: số A P, phường H, thành phố Đà Nẵng
- Người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan:
1. Ủy ban nhân dân thành phố Đ. Địa chỉ: số B T, phường H, thành phố Đà Nẵng. Có văn bản đề nghị xét xử vắng mặt.
Đại diện theo ủy quyền: ông Lương Thạch V - Chức vụ: Phó Giám đốc Sở Xây dựng thành phố Đ. Vắng mặt.
2. Kiểm toán nhà nước Khu vực III. Địa chỉ: SốC X, quận C, thành phố Đà Nẵng (Nay là SốC X, phường C, thành phố Đà Nẵng).
Người đại diện theo ủy quyền: ông Nguyễn Huy H - Chức vụ: Phó Kiểm toán trưởng Kiểm toán Nhà nước Khu vực III. Vắng mặt.
NỘI DUNG VỤ ÁN:
* Tại đơn khởi kiện, trong quá trình tố tụng và tại phiên tòa người đại diện theo ủy quyền của người khởi kiện bà Nguyễn Thị D trình bày:
Ngày 24/12/2013, liên danh Nhà thầu đầu tư bao gồm Công ty Cổ phần B và Công ty TNHH B ký kết hợp đồng xây dựng – chuyển giao số 02/HDBT-UBND với Ủy ban nhân dân thành phố Đ để thực hiện dự án đầu tư xây dựng nút giao thông khác mức tại nút giao thông Ngã Ba H1, thành phố Đà Nẵng theo hình thức Hợp đồng BT, doanh nghiệp dự án là Công ty TNHH B.
Tháng 7/2017, Công ty TNHH B đã tổ chức nghiệm thu bàn giao công trình để đưa vào sử dụng và tiến hành kê khai thuế GTGT.

## Page 3

3 Ngày 02/11/2017, Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ ban hành Quyết định số 3678/QĐ-CT về việc xử phạt vi phạm hành chính v ề thuế đối với Công ty TNHH B. Theo đó, Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ căn cứ vào Biên bản làm việc tại cơ quan thu ế ngày 25/10/2017 gi ữa Cục Thuế thành phố Đ và đại diện Công ty, xác định Công ty TNHH B đã có đủ điều kiện kê khai thuế GTGT đầu ra tại thời điểm tháng 3/2015 để làm cơ sở xử lý vi phạm hành chính về thuế.
Không đồng ý với nội dung quyết định trên, Công ty TNHH B đã nhiều lần làm đơn khiếu nại Quyết định số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ.
Đến ngày 06/12/2023, Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ ban hành Công văn s ố 12539/CTDAN-TTKT3 v ề việc liên quan Đơn khi ếun ại s ố 25/023/ĐKN/TNBTNBH ngày 24/10/2023 của Công ty TNHH B có nội dung “việc ban hành Quy ết định xử phạt số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục Thuế thành phố Đ đối với hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm và hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế GTGT phải nộp vàch ậm nộp thuế là đúng quy định” và không chấp nhận yêu cầu khiếu nại của Công ty TNHH B.
Việc Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ ban hành Quyết định số 3678/QĐ- CT ngày 02/11/2017 về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế và Công văn số 12539/CTDAN-TTKT3 ngày 06/12/2023 v ề việc liên quan Đơn khi ếun ại s ố 25/023/ĐKN/TNBTNBH ngày 24/10/2023 của Công ty TNHH B là không phù hợp quy định của pháp luật, không đúng với tình hình thực tế khi thực hiện dự án, làm ảnh hưởng đến quyền lợi của Công ty TNHH B.
Để đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp của mình, Công ty TNHH Byêu cầu Tòa án giải quyết:
1. Hủy Quyết định số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
2. Hu ỷ Công văn s ố 12539/CTDAN-TTKT3 ngày 06/12/2023 cuảC ục trưởng Cục Thu ế thành phố Đ về việc liên quan Đơn khi ếun ại s ố 25/023/ĐKN/TNBTNBH ngày 24/10/2023 của Công ty TNHH B.
* Người đại diện theo ủy quyền của người khởi kiện ông Đinh Tấn P trình bày:
Việc xác định thời điểm hoàn thành Dự án đầu tư xây dựng nút giao thông khác mức tại nút giao thông Ngã ba Huế, thành phố Đà Nẵng là ngày 20/10/2017 khi có Biên bản nghiệm thu bàn giao đưa vào sử dụng, xác định khối lượng hoàn thành. Ngày 29/3/2015 chỉ là ngày cho thông xe, không có bất cứ văn bản nào chứng minh ngày nghiệm thu là ngày 29/3/2015.

## Page 4

* Người đại diện theo ủy quyền của người khởi kiện ông Võ Nguyễn Bảo T trình bày:
Khoản 5 Điều 8 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ T3 quy định về thời điểm xác định thuế GTGT “đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, bao gồm cả đóng tàu, là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu đư ợc tiền”. Và kho ản 2 Đi ều 16 Thông tư 39/2014/TT -BTC ngày 31/02/2014 của Bộ T3 quy định về thời điểm lập hóa đơn đối với hoạt động xây dựng cụ thể là “Ngày lập hóa đơn đối với xây d ựng, lắp đặt là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền”.
Khoản 2.10 phụ lục 4 Thông tư s ố 39/2014/TT-BTC ngày 31/02/2014 của Bộ T3 quy định “đối với Cơ sở xây dựng có công trình xây dựng, lắp đặt mà thời gian thực hiện dài, vi ệc thanh toán ti ền thực hiện theo ti ến độ hoặc theo khối lượng công việc hoàn thành bàn giao, phải lập hóa đơn thanh toán khối lượng xây lắp bàn giao”.
Mặt khác, tại kho ản 2 Đi ều 19 Thông tư s ố 39/2014/TT-BTC ngày 31/02/2014 của Bộ T3 quy định “Ngày lập hóa đơn đối với xây dựng, lắp đặt là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân bi ệt đã thu đư ợc tiền hay chưa thu đư ợc tiền”.
Theo quy định trên, cho thấy ngày lập hóa đơn đối với xây dựng là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành chứ không phải thời điểm công trình được đưa vào sử dụng.
Căn cứ khoản 3 Đi ều 2 Nghị định 108/2009/NĐ-CP ngày 27/11/2009 và khoản 1 Điều 2 Hợp đồng BT số 02/HĐBT-UBND ngày 24/12/2013 được ký kết giữa Nhà đầu tư và UBND thành phố Đ định nghĩa Hợp đồng Xây dựng – Chuyển giao (sau đây gọi tắt là hợp đồng BT) là: “Hợp đồng được ký kết giữa Cơ quan nhà nước có thẩm quyền và Nhà đầu tư để đầu tư xây dựng công trình; sau khi xây dựng xong, Nhà đầu tư chuyển giao công trình đó cho Cơ quan Nhà nước có thẩm quyền, Cơ quan Nhà nư ớc có thẩm quyền thanh toán cho Nhà đầu tư theo thỏa thuận của Hợp đồng BT”.
Về nghiệm thu hoàn thành và chuy ển giao công trình, căn c ứ khoản 11.3 Điều 11 Hợp đồng BT số 02/HĐBT-UBND cơ bản quy định: “Công trình hoàn thành toàn bộ và sau khi được chấp thuận của UBND thành phố Đ, Nhà đầu tư và các cơ quan liên quan s ẽ tổ chức thực hi ện theo quy định tại Nghị định 25/2013/NĐ-CP ngày 06/02/2013 và đảm bảo đầy đủ hồ sơ theo quy định và thông tư hướng dẫn hiện hành của Bộ X1”.

## Page 5

5 Về xác định giá trị quyết toán (có thể hiểu là nghiệm thu khối lượng hoàn thành của Nhà đầu tư thực hiện dự án), căn cứ điều 13 Hợp đồng BT số 02/HĐBT- UBND cơ bản quy định “Trong vòng sáu tháng kể từ ngày hoàn thành công trình dự án theo thỏa thuận tại Hợp đồng BT, Nhà đầu tư phải lập hồ sơ quyết toán giá trị vốn đầu tư xây dựng công trình phù hợp với hư ớng dẫn tại Thông tư s ố 166/2011/TT-BTC ngày 17/11/2011 của Bộ T3 và các quy định của pháp luật về xây dựng khác hiện hành và thực hiện kiểm toán độc lập. Sau khi hồ sơ quyết toán giá trị vốn đầu tư xây dựng công trình đã hoàn thành vi ệc kiểm toán, Cơ quan nhà nước có thẩm quyền là UBND thành phố sẽ thẩm tra, phê duy ệt quyết toán theo quy định của pháp luật hiện hành”.
Như vậy, thời điểm các chủ thể của Hợp đồng BT số 02/HĐBT-UBND thực hiện nghiệm thu khối lượng hoàn thành, bàn giao công trình đưa vào sử dụng là:
“sau khi dự án hoàn thành đảm bảo hồ sơ theo quy định pháp luật hiện hành và phải có sự chấp thuận của Cơ quan nhà nước có thẩm quyền là UBND thành phố Đ”.
Tại mục 3. Kết quả buổi làm việc (trang số 5) của Biên bản cuộc họp ngày 22/3/2024, Cơ quan Cục Thuế thành phố Đ lại đề nghị Công ty làm văn bản gửi Kiểm toán Nhà nước Khu vực III để xem xét lại nghĩa vụ thuế đối với trường hợp của Công ty. Điều này có thể khẳng định được rằng chính Cục Thuế thành phố Đ ban hành Quyết định số 3678 nhưng cũng không xác định chính xác Công ty có vi phạm hay không?
Hơn nữa, căn cứ vào các tài liệu: “Biên bản làm việc ngày 01/3/2017, Biên bản kiểm tra hiện trường ngày 01/3/2017, Công văn số 1151/SGTVT-QLCL ngày 14/3/2017 của Sở G, Công văn s ố 2038/UBND-SGTVT ngày 22/3/2017 của UBND thành phố Đ, Công văn số 6273/BGTVT-CQLXD ngày 12/6/2017 của Bộ G, Công văn s ố 3260/SGTVT-QLCL ngày 27/6/2017 của Sở G, Công văn s ố 5043/UBND-SGTVT ngày 04/7/2017 của UBND thành phố Đ” thể hiện thời điểm tháng 7/2017 mới tiến hành nghi ệm thu, bàn giao công trình. Do đó, thời điểm tháng 7/2017 Công ty xu ất hóa đơn GTGT vàn ộp thuế là phù hợp với quy định của pháp luật.
Tại khoản 10 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ T3 quy định:
“Điều 34a. Không tính tiền chậm nộp
1. Người nộp thuế cung ứng hành hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nư ớc nhưng chưa đư ợc đơn v ị sử dụng vốn ngân sách nhà nước thanh toán (sau đây gọi cung là ngư ời nộp thuế) nên không nộp thuế kịp thời dẫn đến nợ thuế thì không phải nộp tiền chậm nộp tiền thuế”.

## Page 6

6 Và tại Công văn số 2196/TCT-KK ngày 25/5/2017 của T4 cũng nêu rõ “về tính tiền chậm nộp: Dự án đầu tư xây dựng nút giao thông khác mức tại Ngã Ba H được thanh toán từ nguồn vốn Ngân sách nhà nước nhưng đến thời hạn thanh toán mà chưa được đơn vị sử dụng vốn Ngân sách nhà nước thanh toán thì thuộc trường hợp không tính tiền chậm nộp kể từ thời điểm đến hạn Ngân sách nhà nước phải thanh toán nhưng chưa thanh toán cho nhà đầu tư dự án”.
Đồng th ời, ngày 22/9/2017 UBND thành phố Đ có Công văn s ố 7484/UBND-SGTVT đã xác nhận đến thời điểm thanh toán nhưng Bộ G vẫn chưa hoàn thành các thủ tục bố trí kinh phí hoàn trả cho Công ty.
Do đó, đến thời điểm nộp thuế nhưng Công ty B chưa được thanh toán t ừ Ngân sách nhà nước nên không thuộc trường hợp bị phạt chậm nộp thuế.
* Người đại diện theo ủy quyền của người bị kiện Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ trình bày:
1. Về căn cứ ban hành Quyết định số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017:
Căn cứ thực hiện báo cáo kiểm toán: Theo Điều 7 Luật Kiểm toán nhà nước số 81/2015/QH13 ngày 24/6/2015 duy định:
“1. Báo cáo kiểm toán của Kiểm tra nhà nước sau khi phát hành và công khai có giá trị bắt buộc phải thực hiện đối với đơn kiểm toán về sai phạm trong việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công.
2. Báo cáo kiểm toán của Kiểm toán nhà nước là căn cứ để:
…
b) Chính phủ, cơ quan quản lý nhà nước và tổ chức, cơ quan khác của Nhà nước sử dụng trong công tác quản lý, điều hành và thực thi nhiệm vụ, quyền hạn của mình;”.
- Căn cứ ban hành Quyết định số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017”.
Công văn s ố 247/KTNN-TH ngày 26/7/2016 của Kiểm toán nhà nư ớc về việc gửi báo cáo kiểm toán liên quan đến việc kiểm toán ngân sách nhà nước địa phương năm 2015 của thành phố Đà Nẵng theo Quy ết định số 569/QĐ-KTNN ngày 30/3/2015. Báo cáo kiểm toán có nội dung liên quan đến vụ việc như sau:
+ Tiết lộ 1.1.6 điểm 1.1 tại khoản 1 mục I phần B: “Công tác ki ểm tra sau hoàn tại Công ty TNHH B đối với Dự án nút giao thông khác mức Ngã Ba H, Cục T chưa phát hiện giá trị khối xây dựng lắp đặt hoàn thành được Sở Giao thông vận tải thành phố Đ nghiệm thu là: 953.562trđ (giá trị chưa thuế VAT: 866.875trđ, thuế GTGT: 86.687trđ) đã đ ủ điều kiện kê khai thu ế GTGT theo quy định tại Điểm 5, Điều 8 Thông tư 219/2013/TT-BTC; Thông tư 39/2014/TT-BTC, để truy

## Page 7

7 thu s ố thuế GTGT 86.687trđ (Chi ti ết đi ểm 14, mục I, phần A, Phụ biểu s ố 08/BCKT-NSĐP, phụ biểu số 08a/KCKT-NSĐP)”.
+ Điểm 1.3 khoản 1 phần thứ hai (kiến nghị)” “(2) Chỉ đạo Sở G phối hợp Cục Thuế hoàn tất các hồ sơ nghiệm thu liên quan đến Công trình Nút giao thông khác mức Ngã Ba H đồng thời yêu cầu đơn vị kê khai thuế GTGT đúng quy định của Luật Quản lý thuế”.
+ Phụ biểu số 08/BCKT-NSĐP Bảng tổng hợp kiến nghị tăng thu ngân sách nhà nước năm 2015 tại thành phố Đà Nẵng: Công ty TNHH B tăng thu khoản thuế GTGT 86.687.496.877 đồng, + Phụ biểu số 08a/BCKT-NSĐP thuyết minh kiến nghị tăng thu ngân sách nhà nư ớc năm 2015 tại thành phố ĐàN ẵng: Công ty TNHH B với s ố tiền 86.687.496.877 đồng, thuyết minh nguyên nhân: thuế GTGT phải nộp tăng do xác định thuế GTGT đầu ra của giá trị hạng mục nghiệm thu của Sở G.
- Theo quy định tại khoản 5 Đi ều 8 (th ời điểm xác định thuế GTGT) của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 “Đối với việc xây dựng, lắp đặt, bao gồm cả đóng tàu, là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền” thì Công ty phải thực hiện xuất hóa đơn và kê khai thuế GTGT từ ngày dự án được đưa vào sử dụng. Dự án nút giao thông khác mức Ngã Ba H đã được Công ty cùng với UBND thành phố Đ và các Sở, ban, ngành liên quan t ổ chức khánh thành thông xe và D ự án đã đư ợc đưa vào s ử dụng từ ngày 29/3/2015.
- Tờ khai thuế GTGT của Công ty: Tại kỳ tính thuế tháng 3/2015, Công tyC thực hiện xuất hóa đơn GTGT và kê khai thu ế GTGT đầu ra (liên quan đến kỳ tính thuế tháng 3/2015, Công ty không nộp cho cơ quan thuế tờ khai thuế GTGT theo mẫu 01/VAT dành cho ngư ời nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, đây làm ẫu tờ khai có phát sinh chỉ tiêu doanh thu và thu ế GTGT đầu ra). Đến tháng 7 và tháng 8/2017, Công tyM thực hiện xuất hóa đơn GTGT và kê khai thuế GTGT (mẫu 01/VAT) là không đúng thời điểm, hành vi khai sai (so với kỳ tính thuế tháng 3/2015) dẫn đến thiếu số thuế GTGT phải nộp và phát sinh ti ền chậm nộp tiền thuế.
- Nghị định số 129/2013/NĐ-CP ngày 16/10/2013 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định tính thuế.
Cục Thuế thành phố Đ căn cứ các văn bản trên để ban hành Quyết định xử phạt số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017.
2. Về việc ban hành Công văn số 12539/CTDNA-TTKT3 ngày 06/12/2023:

## Page 8

8 Cục Thu ế thành phố Đ đãnh ận đư ợc Đơn khi ếun ại s ố 25/023/ĐKN/TNBTNBH ngày 24/10/2023 của Công ty TNHH B về nội dung Quyết định xử phạt số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục Thuế thành phố Đ chưa đúng quy định. Trên cơ sở hồ sơ công việc có liên quan và Cục T đã có buổi làm việc với Công ty vào ngày 20/11/2023, qua buổi làm việc chưa thống nhất ý kiến giữa các bên t ừ đó Cục T ban hành Công văn s ố 12539/CTDNA-TTKT3 ngày 06/12/2023 với các nội dung liên quan đến quyết định xử phạt vi phạm hành chính nói trên.
Về thời điểm lập hóa đơn:
- Theo quy định tại khoản 2a Điều 14 Thông tư 64/TT-BTC ngày 15/5/2013 hướng dẫn Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ, quy định ngày lập hóa đơn:
“Ngày lập hóa đơn đối với việc xây dựng, lắp đặt là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây d ựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.
Trường hợp giao hàng nhiều lần hoặc bàn giao từng hạng mục, công đoạn dịch vụ thì mỗi lần giao hàng hoặc bàn giao đều phải lập hóa đơn cho khối lượng, giá trị hàng hóa, dịch vụ được giao tương ứng”.
- Dự án nút giao thông khác mức Ngã Ba H đã được Công ty B với UBND thành phố Đ và các sở, ban, ngành liên quan tổ chức khánh thành thông xe và dự án đã được đưa vào hoạt động từ ngày 29/3/2015.
Việc lập hóa đơn không đúng thời điểm được xử lý theo quy định tại: Trường hợp tại thời điểm khối lượng công trình hoàn thành tháng 3/2015), Công ty chưa lập hóa đơn GTGT đến tháng 7, tháng 8.2017 Công ty mới lập hóa đơn cho khối lượng hoàn thành này sẽ bị xử phạt về lập hóa đơn sai thời điểm theo quy định tại Thông tư số 10/2014/TT-BTC ngày 17/01/2014 của Bộ T3.

Về tính tiền chậm nộp: Theo quy định tại khoản 10, Đi ều 2 Thông tư s ố 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 quy định về không tính tiền chậm nộp: “…đến thời hạn thanh toán mà chưa được đơn vị sử dụng vốn ngân sách nhà nước thanh toán thì thuộc trường hợp không tính tiền chậm nộp kể từ thời điểm đến hạn ngân sách nhà nước phải thanh toán nhưng chưa thanh toán cho nhà đầu tư dự án…”
Tại Công văn số 7478 ngày 22/9/2017 của UBND thành phố Đ cũng khẳng định dự án đã hoàn thành và đưa vào khai thác sử dụng từ tháng 3/2015.
Tại Bản án hành chính sơ thẩm số 17/2025/HC-ST ngày 23 tháng 6 năm 2025, Tòa án nhân dân thành phố Đà Nẵng đã quyết định:

## Page 9

9 Căn cứ Điều 30, Điều 32, điểm b khoản 2 Đièu 193, Điều 196, Điều 206 và Điều 213 của Luật Tố tụng hành chính;
Căn cứ Nghị quyết số 326/2016/UBTVQH14 ngày 30 tháng 12 năm 2016 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quẩn lý và sử dụng án phí và lệ phí Tòa án.
Tuyên xử: Chấp nhận toàn bộ yêu cầu khởi kiện của Công ty TNHH B đối với người bị kiện là Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ (nay là Chi cục trưởng Chi cục Thuế khu vực X), xử:
- Hủy Quyết định số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
- Hủy Công văn số 12539/CTDAN-TTKT3 ngày 06/12/2023 của Cục trưởng Cục Thu ế thành phố Đ về việc liên quan Đơn khi ếun ại s ố 25/023/ĐKN/TNBTNBH ngày 24/10/2023 của Công ty TNHH B.
Ngoài ra, bản án sơ thẩm còn quyết định về án phí và thông báo quyền kháng cáo theo quy định của pháp luật.
Ngày 07/7/2025, người bị kiện có đơn kháng cáo toàn bộ bản án sơ thẩm.
Tại phiên tòa phúc thẩm:
- Đại diện theo u ỷ quyền của người bị kiện Trưởng T thành phố Đà Nẵng (người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng của Cục trưởng Cục thuế thành phố Đ)
vẫn giữ nguyên nội dung kháng cáo.
- Đại diện Viện Công tố và kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Đà Nẵng đề nghị Hội đồng xét xử phúc thẩm xử bác kháng cáoc ủa người bị kiện và giữ nguyên quyết định của Bản án hành chính sơ thẩm số 17/2025/HC-ST ngày 23 tháng 6 năm 2025 của Tòa án nhân dân thành phố Đà Nẵng.
NHẬN ĐỊNH CỦA TÒA ÁN:
Sau khi nghiên cứu các tài liệu có trong hồ sơ vụ án, căn cứ vào kết quả tranh tụng các chứng cứ đã được xem xét tại phiên tòa. Sau khi nghe lời trình bày của các bên đương sự và tranh luận tại phiên tòa. Sau khi nghe ý ki ến phát biểu của Kiểm sát viên về việc giải quyết vụ án, việc tuân thủ pháp luật của Hội đồng xét xử cũng như các bên đương s ự trong quá trình ti ến hành tố tụng và tham giat ố tụng. Sau khi nghị án thảo luận, Hội đồng xét xử nhận thấy:
[1] Về thủ tục tố tụng:
[1.1] Tại phiên tòa hôm nay, ngư ời đại diện theo u ỷ quyền của người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan là Kiểm toán Nhà nước khu vực III vắng mặt không có lý do, UBND thành phố Đ có đơn xin xét xử vắng mặt. Xét trong quá trình tiến hành tố tụng, Kiểm toán Nhà nước khu vực III đã có văn bản trình bày ý kiến của

## Page 10

10 mình, việc vắng mặt tại phiên tòa hôm nay không ảnh hưởng đến việc xét xử vụ án nên Hội đồng xét xử tiến hành xét xử vắng mặt đương sự nêu trên.
[1.2] Về đối tượng khởi kiện:
Người khởi kiện yêu cầu hủy Quyết định số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ về việc xử phạt vi phạm hành chính v ề thuế; hủy Công văn số 12539/CTDAN-TTKT3 ngày 06/12/2023 của Cục trưởng Cục Thu ế thành phố Đ về việc liên quan Đơn khi ếun ại s ố 25/023/ĐKN/TNBTNBH ngày 24/10/2023 của Công ty TNHH B . Đây là các quyết định hành chính thu ộc đối tượng khởi kiện vụ án hành chính quy định tại Điều 3 Lu ật TTHC nên đư ợc Tòa án nhân dân thành phố Đà Nẵng đưa ra gi ải quyết xét xử sơ thẩm là đúng quy định theo Điều 30, Điều 32 Luật TTHC.
[1.3] Về thẩm quyền, thời hiệu khởi kiện:
Công ty TNHH B đã có đơn khiếu nại đối với Quyết định xử phạt hành chính số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ. Ngày 06/12/2023, Cục trư ởng Cục Thu ế thành phố Đ ban hành Công văn s ố 12539/CTDAN-TTKT3 về việc giải quyết đơn khiếu nại trên của Công ty TNHH B cón ội dung: “việc ban hành quy ết quy ết x ử phạt s ố 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục Thuế thành phố Đ đối với hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm và hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế GTGT phải nộp và chậm nộp thuế là đúng quy định” không chấp nhận yêu cầu khiếu nại của Công ty TNHH B.
Không đồng ý với kết quả giải quyết khiếu nại của Cục trưởng Cục thuế thành phố Đ tại Công văn s ố 12539/CTDAN-TTKT3 ngày 06/12/2023, tháng 6/2024, Công ty TNHH B làm đơn khởi kiện đến Tòa án yêu cầu hủy Công văn số 12539/CTDAN-TTKT3 ngày 06/12/2023 là còn thời hiệu khởi kiện theo quy định tại Điều 116 Luật TTHC.
Quyết định xử phạt hành chính s ố 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ là quyết định hành chính liên quan trong vụ án nên được xem xét giải quyết theo quy định tại Điều 193 Luật TTHC.
[2] Về nội dung:
[2.1] Xét nội dung kháng cáo của người bị kiện Cục trưởng Cục thuế thành phố Đ, nay là T2 thuế thành phố Đà Nẵng, yêu cầu Tòa án cấp phúc thẩm sửa án sơ thẩm theo hướng không chấp nhận yêu cầu khởi kiện Công ty TNHH B thì thấy rằng:
Người khởi kiện Công ty TNHH B khởi kiện yêuc ầu Tòa án hu ỷ: Quyết định số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 và Công văn s ố 12539/CTDAN-TTKT3 ngày 06/12/2023 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ. Còn người bị kiện trong

## Page 11

11 quá trình tham gia tố tụng đã trình bày ý kiến của mình là đề nghị Tòa án không chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty TNHH B.
[2.2] Xét yêu cầu hủy Quyết định xử phạt hành chính số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với Công ty TNHH B thì thấy:
Cục thuế thành phố Đ đã ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty TNHH B với các nội dung sau:
1/ Phạt tiền 6.000.000 đồng đối với hành vi xu ất hóa đơn không đúng thời điểm theo quy định tại đi ểm a, kho ản 3 Đi ều 11 Thông tư 10/2014/TT ngày 17/01/2014 cảu Bộ T3.
2/ Phạt 20% đối với hành vi khai sai số thuế phải nộp số tiền: 17.337.499.375 đồng theo kho ản 2 Đi ều 10 Nghị định s ố 129/2013/CP ngày 16/10/2013 của Chính phủ.
3/ S ố tiền chậm nộp ti ền thu ế là: 23.726.367.896 đồng tính đến ngày 31/12/2016 đối với hành vi chậm nộp thuế do khai sai thuế theo khoản 3 Điều 10 Nghị định s ố 129/2013/CP ngày 16/10/2013 và kho ản 1 Đi ều 3 Nghị định 100/2016/CP Ngày 01/01/2017. Điều 1 Thông tư số 06/2017 ngày 20/01/2017.
Tổng số tiền là: 41.069.867.271 đồng.
Hội đồng xét xử phúc thẩm xét thấy:
[2.2.1] Đối với hành vi xu ất hóa đơn không đúng thời đi ểm b ị phạt 6.000.000đ:
Tại khoản 2 Đi ều 16 Thông tư 39/2014/TT -BTC ngày 31/02/2014 của Bộ T3 quy định về thời điểm lập hóa đơn đối với hoạt động xây dựng được quy định như sau: “Ngày lập hóa đơn đối với xây dựng, lắp đặt là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây d ựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền”.
Theo các tài li ệu có trong h ồ sơ vụ án thể hiện thời điểm nghiệm thu đưa công trình vào sử dụng như sau:
Tại Công văn 3441/UBND -CT ngày 27/6/2024 của UBND thành phố Đ gửi cho Cục thuế thành phố Đ đã xác định:
“Về thời điểm nghiệm thu đưa công trình vào s ử dụng và bàn giao công trình, Sở GTVT thành phố Đ cung cấp thông tin:
Ngày 12/6/2017, Bộ G1 đã có Thông báo số 6273/BGTVT-CQLXD thông báo kết quả kiểm tra công tác nghi ệm thu đưa công trình vào s ử dụng, trong đó đồng ý giao Nhà đầu tư tổ chức nghiệm thu để đưa vào khai thác sử dụng.

## Page 12

12 Ngày 21/9/2017 trên cơ s ở ý kiến của UBND thành phố tại Công văn s ố 5043/UBND-SGTVT ngày 04/7/2017, Nhà đầu tư đã thực hiện bàn giao công trình cho Sở GTVT để đưa vào sử dụng khai thác”.
Như vậy Ủy ban nhân dân thành phố Đ là cơ quan qu ản lý nhà nư ớc có thẩm quyền đã xác nhận thời điểm nghiệm thu không phải là tháng 3/2015, đó là ngày dự án khánh thành cho thông xe.
Tại các Biên bản nghiệm thu đã thể hiện rõ: Từ tháng 7/2017, Công ty TNHH B bắt đầu thực hiện việc bàn giao công trình đưa vào s ử dụng, cụ thể: Công ty TNHH B đã ký nhiều Biên bản bàn giao hạng mục công trình đưa vào s ử dụng với các cơ quan chủ quản, chủ sử dụng là Sở Giao thông vận tải thành phố Đ, đơn vị trực tiếp quản lý sử dụng là Công ty Q. Các biên bản bàn giao bắt đầu từ tháng 7/2017 đến tháng 11/2017 thì hoàn tất việc bàn giao tất cả các hạng mục theo hợp đồng để đưa dự án vào sử dụng. Từ biên bản nghiệm thu xác định được khối lượng xây lắp và Công ty TNHH B mới xuất hóa đơn GTGT.
Căn cứ để Ủy ban nhân dân thành phố Đ xác định việc nghiệm thu bắt đầu từ tháng 7/2017 là sau khi Ủy ban nhân dân thành phố Đ có Văn bản s ố 2038/UBND ngày 22/3/2017 gửi Bộ Gyêu cầu kiểm tra công tác nghiệm thu công trình như sau: “đề nghị Bộ G xem xét tổ chức kiểm tra nghiệm thu công trình để bàn giao đưa vào quản lý và khai thác”.
Như vậy có cơ s ở vững chắc để xác định thời điểm nghiệm thu đưa công trình vào sử dụng là từ tháng 7/2017 (căn cứ các biên bản nghiệm thu).
Vậy nên, Cục thuế thành phố Đ đã căn cứ vào thời điểm ngày 29/3/2015 là ngày Dự án nút giao thông khác mức Ngã Ba H được khánh thành thông xe đ ể xác định thời điểm nghiệm thu đưa vào sử dụng để yêu cầu Công ty TNHH B phải xuất hóa đơn tại thời điểm tháng 3/2015 là không đúng thực tế, thiếu căn cứ và không đúng quy định của pháp luật theo khoản 2 Điều 16 Thông tư 39/2014/TT- BTC ngày 31/02/2014 của Bộ T3.
 Vì có căn cứ xác định thời điểm nghiệm thu đưa công trình vào sử dụng là từ tháng 7/2017 nên Công ty TNHH B đã xuất Hóa đơn GTGT vào tháng 7 và tháng 8 năm 2017 và đãn ộp đủ số thuế cho Nhà nư ớc số tiền: 86.686.496.887 đồng là đúng quy định của pháp luật.
Công ty TNHH B xuất hóa đơn đúng thời điểm và đã nộp thuế đúng thời hạn nên Quyết định xử phạt vi phạm hành chính đã phạt Công ty TNHH B 6.000.000 đồng đối với hành vi xuất hóa đơn không đúng thời điểm là trái quy định của pháp luật.
[2.2.2] Đối với việc xử phạt hành vi khai sai s ố thuế phải nộp số tiền:
17.337.499.375 đồng:

## Page 13

13 Cục Thuế thành phố Đ đã xác định Công ty TNHH B xuất hóa đơn chậm là đã khai sai thời gian nộp thuế vì vậy phải chịu phạt hành vi khai sai thuế là không đúng quy định của pháp luật, bởi vì:
Như phân tích ở trên, thì có căn cứ xác định thời điểm xuất hóa đơn là tháng 7 và tháng 8/2017 nên Công ty TNHH B không có hành vi khai sai thu ế do xuất hóa đơn không đúng thời điểm. Nên Quyết định xử phạt vi phạm hành chính đã phạt Công ty TNHH B 20% đối với hành vi khai sai s ố thuế với s ố tiền:
17.337.499.375 đồng là trái quy định của pháp luật.
[2.2.3] Đối với số tiền phạt chậm nộp tiền thuế là: 23.726.367.896 đồng tính đến ngày 31/12/2016 do có hành vi chậm nộp:
Cục Thuế thành phố Đ cho rằng vì Công ty TNHH B xuất hóa đơn sai thời điểm, đáng ra phải nộp thuế từ tháng 3/2015 nhưng đến tháng 7/2017 mới xuất hóa đơn và nộp thuế nên phải bị phạt tiền chậm nộp là không có căn cứ, bởi vì:
Như phân tích ở trên, Công ty TNHH B xuất hóa đơn đúng thời điểm, sau khi xuất hóa đơn đã nộp đầy đủ số thuế theo quy định.
Tại khoản 10 Đi ều 2 Thông tư s ố: 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ T3 quy định:
“Điều 34a. Không tính tiền chậm nộp
1. Người nộp thuế cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nư ớc nhưng chưa đư ợc đơn v ị sử dụng vốn ngân sách nhà nước thanh toán (sau đây gọi chung là người nộp thuế) nên không nộp thuế kịp thời dẫn đến nợ thuế thì không phải nộp tiền chậm nộp tiền thuế”.
Tại Công văn số: 2196/TCT-KK ngày 25/5/2017 của Tổng cục T4 đã hướng dẫn rõ: “Về tính tiền chậm nộp: dự án đầu tư xây dựng Nút giao thông khác mức tại Ngã Ba H được thanh toán từ nguồn vốn Ngân sách nhà nước nhưng đến thời hạn thanh toán mà chưa được đơn vị sử dụng vốn Ngân sách nhà nước thanh toán thì thuộc trường hợp không tính tiền chậm nộp kể từ thời điểm đến hạn Ngân sách nhà nước phải thanh toán nhưng chưa thanh toán cho nhà đầu tư dự án”.
Hồ sơ vụ án thể hiện, mặc dù dự án đã được nghiệm thu đưa vào s ử dụng, tuy nhiên đến thời điểm tháng 9/2017 vẫn chưa hoàn thành các thủ tục cấp kinh phí để thanh toán cho Công ty TNHH B. Ủy ban nhân dân thành phố Đ có Công văn số: 7484/UBND- SGTVT ngày 22/9/2017 xác nhận đến thời điểm thanh toán tháng 9/2017 nhưng Bộ G vẫn chưa hoàn thành các thủ tục bố trí kinh phí cho Dự án.
Như vậy, mặc dù tại thời điểm tháng 9/2017 nguồn vốn ngân sách Nhà nước chưa cấp để thanh toán cho Công ty TNHH B , nhưng Công ty TNHH B đã sử

## Page 14

14 dụng tiền của Công ty để nộp đủ số thuế vào ngày 21/8/2017 và ngày 07/9/2017.
Vậy nên Công ty TNHH B không có hành vi chậm nộp thuế.
Do đó, Quy ết định xử phạt hành chính đã phạt Công ty TNHH B số tiền chậm nộp là trái quy định của pháp luật.
[2.3] Xét yêu cầu hủy Công văn số 12539/CTDAN-TTKT3 ngày 06/12/2023 cuảC ục trư ởng Cục Thu ế thành phố Đ về việc liên quan Đơn khi ếun ại s ố 25/023/ĐKN/TNBTNBH ngày 24/10/2023 thì thấy:
Công ty TNHH B có đơn khi ếun ại Quy ết định s ố 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ. Ngày 06/12/2023, Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ ban hành Công văn số 12539/CTDAN-TTKT3 về việc giải quyết đơn khiếu nại và có kết luận không chấp nhận khiếu nại của Công ty TNHH B.
Như phân tích ở trên, có căn cứ xác định Quyết định số 3678/QĐ-CT ngày 02/11/2017 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ là trái pháp luật nên việc Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ ban hành Công văn số 12539/CTDAN-TTKT3 về việc giải quyết đơn khiếu nại không chấp nhận khiếu nại của Công ty TNHH B về việc yêu cầu hủy Quyết định xử phạt vi phạm hành chính trên là không đúng quy định, ảnh hưởng đến quyền và lợi ích hợp pháp của Công ty TNHH B.
Tại giai đo ạn phúc th ẩm, người khởi kiện bổ sung thêm tài li ệu chứng cứ mới là Hợp đồng dự án xây dựng chuyển giao số 02/2013 giữa Công ty TNHH B và UBND thành phố Đ qui định về nghiệm thu hoàn thành, chuy ển giao công trình, thời gian bảo hành công trình là 24 tháng; các biên bản nghiệm thu và xác nhận hết bảo hành công trình có ký xác nhận của cơ quan chủ quản sử dụng là Sở Giao thông vận tải thành phố Đ, đơn vị trực tiếp quản lý sử dụng là Trung tâm quản lý hạ tầng giao thông thành phố Đ và Công ty TNHH B thể hiện biên bản bàn giao đưa vào s ử dụng từ tháng 7/2017 biên bản phúc tra hi ện trường ngày 29/8/2022.
Do đó Tòa án cấp sơ thẩm đãch ấp nhận yêuc ầu khởi kiện của Công ty TNHH B, hủy các quyết định hành chính của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ là có căn cứ, đúng pháp luật.
Cục trưởng Cục Thuế thành phố Đ (nay là Trưởng T thành phố Đà Nẵng)
kháng cáo bản án sơ thẩm nhưng không cung cấp bổ sung được thêm tài li ệu, chứng cứ nào mới để chứng minh kháng cáo của mình là có cơ sở nên Hội đồng xét xử phúc thẩm không có căn cứ để chấp nhận.
Tại phiên tòa, ý kiến của đại diện Viện Công tố và kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Đà Nẵng phù hợp với nhận định của Hội đồng xét xử nên được chấp nhận.

## Page 15

15 [3] Về án phí hành chính phúc th ẩm: Do kháng cáo không đư ợc chấp nhận nên người bị kiện phải chịu theo quy định của pháp luật.
[4] Các quyết định khác của bản án sơ thẩm không bị kháng cáo, kháng nghị có hiệu lực pháp luật kể từ ngày hết thời hạn kháng cáo, kháng nghị.
Vì các lẽ trên;
QUYẾT ĐỊNH:
Căn cứ khoản 1 điều 241 luật Tố tụng hành chính;
1. Bác kháng cáoc ủa người bị kiện Trưởng T thành phố Đà Nẵng và giữ nguyên quyết định của Bản án hành chính sơ thẩm số 17/2025/HC-ST ngày 23 tháng 6 năm 2025 của Tòa án nhân dân thành phố Đà Nẵng.
2. Về án phí phúc th ẩm: Căn c ứ khoản 1 Đi ều 34 Nghị quyết s ố 326/2016/UBTVQH14 ngày 30/12/2016 của Ủy ban thư ờng v ụ Quốc hội quy định về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quản lý và s ử dụng án phí và l ệ phí Tòa án;
Cục Thuế thành phố Đ phải chịu 300.000 đồng án phí hành chính phúc thẩm, được khấu trừ vào số tiền tạm ứng án phí đã nộp theo Biên lai thu tạm ứng án phí, lệ phí Tòa án số 0000768 ngày 18/7/2025 của Thi hành án dân s ự thành phố Đà Nẵng.
3. Các quyết định khác của bản án sơ thẩm không bị kháng cáo, kháng nghị có hiệu lực pháp luật kể từ ngày hết thời hạn kháng cáo, kháng nghị.
4. Bản án phúc thẩm có hiệu lực pháp luật kể từ ngày tuyên án./.
Nơi nhận:
- TAND tối cao;
- Viện CT&KSXXPT tại Đà Nẵng;
- TAND Tp Đà Nẵng;
- VKSND Tp Đà Nẵng;
- THADS Tp Đà Nẵng;
- Những người tham gia tố tụng;
- Lưu HSVA, P.HCTP, LT.

TM. HỘI ĐỒNG XÉT XỬ PHÚC THẨM THẨM PHÁN - CHỦ TỌA PHIÊN TÒA



(Đã ký)


Phùng Anh Dũng