10月29日蘇方將長春市公安局長趙萬斌免職，易以共產分子張慶和。10月29日東北保安司令長官杜聿明中將飛抵長春，與東北行營熊式輝主任商軍隊登陸計劃。11月4日下午，蔣經國往晤蘇軍政治顧問，蘇方稱：“營口發見有大批第八路軍，蘇方駐營口軍隊不多，無法抵抗，故在撤退中。”“各地陸續發見反蘇運動之組織，故行營欲改編反正隊伍一節，無法同意。”11月5日下午31時，熊式輝、蔣經國、張嘉璈第五次去見馬林諾夫斯基，對方稱：營口發現八路軍系來自關內，經錦州而入營口，為數甚眾，且曾經抗日作戰者。故蘇軍無法繳彼等之械；留駐營口之少數蘇軍，只好為八路軍逼走；葫蘆島之蘇方少數部隊，亦為八路軍逼走；蘇軍若欲采取行動，必須調回軍隊，以致延緩撤兵期限，此為蘇軍所不愿為；“蘇方不干涉”在營口、葫蘆島的國共軍事沖突；行政人員可前往各省接收，但只能利用當地警察，不能改編偽滿軍隊，以免收容親日分子；各地方郵電機構亦可接收，唯長春偽機構尚不能接收；鐵路尚在蘇軍統一軍運組織之下，不能接收；國軍盡可空運來東北，不反對借用美國飛機運輸，但美方空運人員不能在地面工作。11月7日熊式輝、蔣經國、張嘉璈、董彥平往蘇軍駐長總司令部參加馬林諾夫斯基元帥的十月革命28周年招待會，熊式輝致答詞：“蘇聯不特第一國家放棄治外法權，亦系第一國家幫助中國抗戰，再加以中蘇友好協定之締結，中國政府與人民之感激，固不待言。此次馬元帥在東北之使命，更有重大之歷史意義。”11月8日蔣介石召集決策圈高層商談東北問題，王世杰反對撤回東北行營，蔣介石決定先電令熊式輝回渝匯報。11月9日張嘉璈到中長鐵路長春路局開始辦公。11月9日下午17時，熊式輝招待蘇方馬元帥及空軍元帥與參謀長暨紅軍軍官等三十人，國方陪客三十人，先由熊式輝致詞，馬元帥答詞，嗣張嘉璈起立致詞。11月10日熊式輝飛重慶匯報；董彥平副參謀長與巴佛洛夫斯基中將副參謀長接洽空運部隊，決定自11月17日起先在沈陽降落，自11月20日起在長春降落，沈長兩機場之地上勤務及警備均由蘇方負責，蘇方并準備在兩地劃出地區以備空運部隊駐扎，在沈陽以11月20日為限，長春以11月23日為限，此后即歸國方負責。1945年11月11日（另說為8日）下午14點，在蘇聯紅軍謝德林少校的陪同下，劉居英走進長春市政府大樓（現中共長春市委辦公樓）接任長春市長，曹肇元交出圖章、人員名單、金庫存款單，又交出八百零幾元的滿洲國貨幣，劉居英一一簽收，但對維持會圖章沒有接收。。長春市公安局公安總隊第一大隊大隊長吳樹勛亦解職，易以共產黨員賀炎藩。11月12日從萬毅的東北挺進縱隊調來的山東八路軍進入長春市區與機場周邊。11月12日熊式輝向蔣介石匯報共產黨軍隊已經進入長春市區。11月13日王世杰約見蘇聯駐華大使，稱中共軍隊進入營口、長春使國軍接收不可能。11月14日蔣介石決定撤回東北行營。11月15日王世杰找回蘇聯大使館，將召回東北行營，并通報給美、英使館以取得支持。11月15日，國軍第十三軍、第五十二軍從秦皇島猛攻山海關，16日攻占山海關，25日攻占錦州。11月15日下午16時半，蔣經國約張嘉璈到外交特派員公署通知：行營奉命移駐山海關，其所有人員一律空運山海關；留一軍事代表團隨同蘇軍總司部進止以保持聯系；以董彥平副參謀長彥平為軍事代表團團長，胡世杰為團員。當夜22時，董彥平副參謀長約晤巴佛洛夫斯基中將通告撤退日期。11月16日上午10時，張嘉璈召集東北行營所屬全體接收人員，宣布撤退命令：“奉委員長命令，本行營暫撤退至北平待命。” 16日，長春市公安局撤換原派守衛行營之警察，易以武裝警察。11月17日，東北行營160余人乘3架飛機離開長春。11月17日蘇聯駐華大使照會外交部：中國政府軍隊無阻礙在長春及沈陽降落，蘇軍將予應有之協助；蘇軍嚴守中蘇條約，對于東三省之共產黨過去未曾予以任何協助，現在亦然，其撤退區內之共產活動，乃由中央政權未樹立之故。如中國政府希望蘇軍緩撤，可延緩一月或二月。11月18日蔣介石召集軍政高層商討東北問題及對蘇政策，王世杰主張蘇軍緩撤1個月得到會議同意。11月19日蘇軍通知東北局：中長鐵路及沿線城市必須交給國軍，紅軍駐軍之處不許共軍與國軍交戰，共軍必須退出鐵路沿線數公里之外以便國軍接收。11月19日駐長春蘇軍城防司令卡爾洛夫中將召集新聞記者，宣布宣傳方針：不許反對國民政府、反對蔣委員長、反對中蘇友好、反對英美盟邦，以及刺激國共關系；只許解釋中蘇友好條約之精神，及蘇聯解放東北之意義；街上所貼之詆毀中央各項標語，一律撕下，而易以擁護聯合政府及國際合作之標語。11月19日中長鐵路護路總隊長孫九思，被長春市公安局長張慶和撤換為于天放。11月19日，國民政府外交部復蘇聯駐華大使照會：蘇軍須負責解除長春、沈陽市區及其飛機場附近非政府承認之各種武裝部隊，并允中國運送飛機地面工作人員，先到長春、沈陽指揮飛機起降；中方如須利用北寧鐵路及各港口，須予以可能之便利；對我接收工作人員，予以道義及物質的協助，并協助該項人員等赴各地籌組團警；以上如經蘇方同意，則蘇軍撤退時間可延長一個月。11月20日蘇聯駐華大使復外交部19日照會：蘇政府已指示空軍司令部，采取必要辦法，保證中國軍隊無阻礙在長春及沈陽降落；中國方面派地面工作人員至長春及沈陽飛機場，照料中國軍隊之來往飛機，蘇政府無反對意見；任何非政府軍隊，從未開入長春；中國軍隊在長春降落之阻礙，過去未曾存在，現在亦不存在；可能仍須商討之個別問題，認為仍由馬林諾夫斯基元帥與中國方面代表在當地決定。11月21日，蔣經國乘飛機從長春抵達大連，但在蘇軍的嚴密掌控下，毫無收獲，蔣經國自稱這是一次“痛苦之旅”、“失望之旅”；蔣經國于12月1日返回了長春，并通知在沈陽的國民黨大連市政府有關人員跟他一起回到重慶，而將接收旅大的后續事項交給董彥平處理。11月22日下午2時，董彥平董副參謀長依照中央命令，東北行營撤退后，以軍事代表團團長之資格，率領團員朱新民、邱楠等八人首次訪晤馬林諾夫斯基元帥，馬帥稱：“已下令撤換公安局長，希望中方介紹可繼任之人選，但此并非意味貴方接收長春市公安局，僅系協助蘇方物色繼任人選。其目的在對于貴代表團及市民盡保護之責。”“希望行營早日返長，蘇軍在中國政府軍隊未到達，及中央政府行政基礎未確實奠立之前，暫不撤退。”11月23日張嘉璈往晤馬林諾夫斯基元帥辭行。11月23日蘇方下令原任長春市長曹肇元復職。11月24日下午13時，張嘉璈率領東北行營最后一批撤退人員乘軍用飛機，17時抵北平。11月25日張嘉璈自北平飛抵重慶，當晚與熊式輝、蔣經國謁蔣介石，報告東北局面有轉機，中央軍五萬人去東北當無問題；經濟合作方案宜早日決定，庶幾省市接收，可望順利進行。1945年11月25日蘇聯駐華使館參贊米克拉舍夫斯基〈Miklashevsky〉對王若飛談到美軍是否進入滿洲時說：“根據現有的情報資料，美國人在北平——天津——秦皇島集結了大批軍隊，大概是準備尾隨國民黨軍隊進入滿洲地區。”11月26日蔣介石決定自山海關前進之軍隊，先至錦州為止，外交部擬定照會答復蘇大使：我方正準備以空運部隊至長春、沈陽；沈陽以南地區，蘇政府現聲明蘇軍已撤退，我軍已派軍隊進入該地區，并于日內即可到達錦州一帶；其他未經商定問題，及蘇軍撤退延期一個月問題，我方當照蘇方提議，即派代表來長春現地商定。11月28日，行政院長宋子文、外交部長王世杰反對在行政接收東北完成前與蘇聯談判在東北的經濟、工業合作事宜，并以此答復蘇聯。1945年11月29日，主持北滿分局工作的陳云主持起草，以陳云、高崗、張聞天的名義給中共東北中央局并轉中共中央的電報指出：“蘇聯對滿洲的政策基本上包括兩方面：一方面，把沈陽、長春、哈爾濱三大城市及長春鐵路干線交給國民黨；另一方面，援助我黨在滿洲力量的發展。保持遠東和平和世界和平，是蘇聯這一政策的基本目的。某一時期由于國際國內條件的變動及斗爭策略上的需要，蘇聯對于執行中蘇協定的程度，及對我援助的程度會有所變化。但蘇聯這些政策的本質，是一貫的，不變的。”“在美國積極支援下的國民黨軍隊，現在已經占領了山海關到錦州一線，雖然國民黨的處境甚為困難，但它的部隊仍均集結，準備向三大城市及長春鐵路干線前進。蘇聯除要我們軍隊退出大城市外，現在更要我們交還已接收的政權，禁止我們在三大城市中一切足以妨礙他們公開執行中蘇協定的措施。為了執行中蘇協定，蘇聯采取這樣的措施是必須的，是應該被我們諒解的。蘇聯軍隊原定于十一月底撤退完畢，現在又重新開回。這一方面是為了確保將三大城市及長春鐵路干線正式移交給國民黨；另一方面，也是為了以實力為后盾，拒絕美國力量直接滲入滿洲。”“他們還是盡力幫助我們的。”由于需要顧及國際關系及條約義務，蘇聯的“這種援助必然是不公開的，這種支持必然是暗示式的。”11月30日張嘉璈晤中共駐渝代表董必武，告以馬林諾夫斯基元帥認為國軍有必要榆（關）沈間鐵路打通，蘇軍正待中央軍到可自錦州向北撤退，請其通知八路軍在沈陽錦州間退出鐵路線以外。11月30日蘇聯駐華大使照會王世杰：同意蘇軍緩撤1個月。12月4日，張嘉璈、蔣經國由北平飛抵長春，次日與董彥平訪馬林諾夫斯基元帥，通知蘇方：空運1個師的部隊來長；鐵路輸送2個師的部隊至沈陽；省市行政人員到任，準備帶少數憲兵和警察，為維持地方秩序須組織若干保安部隊；希望蘇方解除區內非法武裝；省市行政人員蒞任后，凡未經中央承認之政權，一律取消，如有抗拒，蘇軍協助解決之。馬帥答復部隊來長沈無異議，沈陽以南無蘇軍。當晚張嘉璈、蔣經國電告重慶：催各市長即日來長；奉天〈沈陽〉市長保薦董文琦；空運部隊自12月10號起運；到達錦州部隊立即開始北進；蘇軍撤兵期限建議展至2月1日。12月6日董必武轉告延安復電，八路軍可自北寧路沿線撤退，希望國軍不予追擊，藉免戰釁。12月9日張嘉璈、蔣經國與董彥平往晤馬林諾夫斯基，通告：蘇軍自東北撤退完了日期，中國政府同意延期至1946年2月1日，將由外交部與蘇駐華大使交換文件；中國空運部隊，擬自12月12至15日開始運送，中國軍隊自錦州進駐沈陽之日期一俟確定通知蘇方；擬先接收大連、沈陽、長春、哈爾濱四市，各省主席，候命赴任。馬帥答復：中國空運軍隊至長春，隨時可來；已命令駐沈陽蘇軍隨時與中國自錦前進軍隊取得聯絡；長、沈、哈三市可先接收，大連市因歸濱海軍區司令管轄，當即請示莫斯科。12月16日至28日美英蘇三國外長莫斯科會議，發表公報要求中國成立團結民主政府，三國信守不干涉中國內政原則。12月22日行政接收長春。12月27日行政接收沈陽。12月底，中方又請求蘇聯緩撤1個月至1946年2月1日。1946年1月1日行政接收哈爾濱。1月8日在四平行政接收遼北省。1月12日接收松江省。國軍自錦州發動攻勢，1月12日進占新民縣，1月15日接收沈陽市鐵西區。1月15日，進駐沈陽的國軍運兵列車遭到蘇軍射擊。1月16日，蘇軍把國方新編組的1000多保安隊繳械。1月16日發生張莘夫事件。1月16日，國民政府經濟部特派員孫越崎飛抵長春，帶來了國民政府對蘇經濟合作問題之指示及經濟部關于《中蘇合辦東北工礦事業辦法原則》，實質是選擇幾個工礦企業與蘇聯合作，但東北完全行政接受前不能簽訂正式協議。1月19日，張嘉璈兩次致函蔣介石與翁文灝，希望在經濟問題上在做讓步，遭到蔣介石嚴詞拒絕：“關于經濟合作方針，此時只可緊縮，不易太寬。此事已考慮再三，不能不如此。。。總要使我主權與法理不發生惡影響，不為他人引以為例得矣。”1月20日，王世杰致電蔣經國：“我方對經濟合作事業處理，就實際項目磋商。對戰利品問題，我方不可故弄理論的立場（即日人在滿洲經營之事業，應視為對華賠償品）。”1月25日張嘉璈將《中蘇合辦東北工礦事業辦法原則》及合作項目送交蘇方。2月1日馬利諾夫斯基元帥正式拒絕了提案，蘇軍并未開始大規模撤軍。2月5日，張嘉璈飛回重慶。2月5日，王世杰約談張嘉璈，決定請蘇聯代表至北平與翁文灝非正式會談。2月7日，蔣介石約請王世杰、翁文灝、張嘉璈、蔣經國、張君勵商討對蘇經濟合作案，決定增加鞍山鋼鐵廠、鶴崗煤礦對蘇合作，撫順煤礦必須交還中國，遼東鹽場與東北民航可合作。2月9日王世杰與翁文灝、張嘉璈擬定了對蘇經濟合作最后方案。2月9日，美國向蘇聯、中國遞交了一份相同內容照會，要求東北工礦合作問題上違背了門戶開放政策，日本在東北的資產以戰利品處理必須經盟國共同協商決定。2月10日蔣介石召集宋子文、翁文灝、王世杰、張嘉璈、蔣經國的會議上通過。2月11日雅爾塔會議周年之際，美英公布了《雅爾塔協定》全文，在中國激起強烈反響。2月15日，王世杰約集孫科、王寵惠、邵力子、陳布雷、翁文灝、蔣經國討論東北問題，未有結論。2月16日一批東北人在重慶舉行反蘇游行。2月16日晚王世杰面見蔣介石，最后決定張嘉璈、蔣經國返回長春，與蘇方做最后交涉，經濟合作僅限于三、四個公司，“不得含有獨占性”，必須在蘇聯撤軍，完成東北接收后才能簽協議。2月18日，王世杰帶蔣介石手諭回重慶，指示張嘉璈對蘇做最后嘗試，“但切不可有一字增加”。2月19日，王世杰約見蘇聯駐華大使，通報張嘉璈、蔣經國返回長春與蘇方再做談判。2月20日，蔣介石通過長途電話，指示張嘉璈、蔣經國暫緩赴東北。2月22日，重慶沙坪壩各大中學2萬余人舉行了反蘇反共大游行，其口號為：蘇軍立即撤出東北；徹查張莘夫慘案；某黨應該愛護祖國；蘇聯應該尊重中國主權完整；擁護政府采取強硬外交；打倒新帝國主義等。北平、上海、南京、武漢、青島、太原也發生了學生響應東北問題請愿游行。一些大學教授與文化人公開發表談話或者宣言反蘇。2月26日蘇聯駐華大使提交抗議照會職責中國政府人士參與反蘇游行。3月1日，國民黨六屆二中全會在重慶召開，全面批判政協問題、中蘇條約與東北問題。3月5日王世杰在六屆二中全會上做外交報告，遭到右派中委鄒魯、白崇禧、王正廷、齊世英、張道藩、黃宇人、任卓宣、胡秋原、胡健中、蕭錚、劉健群、谷正綱、唐縱、王星舟、張九如、羅霞天等的激烈攻擊。3月6日，王世杰首次照會蘇聯駐華大使，要求蘇聯即行撤兵。3月7日，駐沈陽的蘇軍突然北撤，至12日全部撤完，隨即國軍由沈陽出發沿鐵路尾隨撤退蘇軍向北進攻。3月10日，王世杰告訴顧維鈞準備將東北提交安理會。3月15日，駐四平蘇軍全部北撤。3月18日，東北民主聯軍攻克四平。3月19日，王世杰委托駐蘇大使傅秉常向蘇方表示：蘇聯必須提早撤兵，并勿予非法武裝阻撓國軍之機會，否則中國國民對蘇聯的反感難以消除，“倘蘇聯不顧中國輿情，我政府或被迫放棄直接交涉”（即交由聯合國處理）。3月22日，蘇聯駐華大使照會王世杰，表示蘇軍至遲于4月底從東北撤軍完畢。3月25日，蘇聯駐華大使約見王世杰，聲明蘇聯同意中蘇經濟合作談判由長春遷至重慶；王世杰表示談判難以進行。3月27日蘇聯大使向王世杰提交了《中蘇經濟合作提議草案》，只要求7項合作。4月4日，王世杰突然向蘇聯大使表示立即在重慶開始談判。4月12日蘇軍開始從長春撤退，4月14日徹底撤出后，4月15日東北民主聯軍發起長春進攻戰役，至4月18日全殲守軍。中蘇經濟合作談判再無下文。5月3日蘇軍全部撤離東北。